تنوع ژنتیکی ارقام نخل خرما در استان­های­ سیستان و بلوچستان و هرمزگان با ریزماهواره 

حسام الدین تقی­نژاد¹، لیلا فهمیده^1*، داوود صمصام پور² و مجید عسکری سیاهویی³ 

¹ زابل، دانشگاه زابل، دانشکده کشاورزی، گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی  

³ بندرعباس، دانشگاه هرمزگان، گروه باغبانی  

⁴ بندر عباس، مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی استان هرمزگان  

تاریخ دریافت: 2/9/96                   تاریخ پذیرش: 10/4/97 

 چکیده 

با توجه به اهمیت اقتصادی خرما، در این پژوهش تنوع ژنتیکی 14 رقم نر و 26 رقم ماده نخل خرما با استفاده از آغازگر SSR مورد ارزیابی قرار گرفت. استخراج DNA به روش CTAB انجام شد و با استفاده از 10 جفت آغازگر SSR تکثیر گردید. محصولات تکثیر شده با استفاده از ژل اکریل آمید 8% و رنگ­آمیزی با نیترات نقره مشاهده شدند. با استفاده از نرم افزار Gene Alex6.3 نتایج مربوط به تعداد آلل مشاهده شده، هتروزیگوسیتی مشاهده شده و محتوای اطلاعات چند شکلی محاسبه شد. از روش تجزیه خوشه­ای Nearest joining برای گروه­بندی استفاده شد و فاصله ژنتیکی بین ارقام از طریق ضریب تشابه نی محاسبه گردید. نتایج نشان داد که محتوای اطلاعات چند شکلی از 63% برای آغازگر HQ542225­ تا 85% برای آغازگر HQ542208 و با متوسط 77% متغیر بود. تعداد آلل در هر جایگاه از 6 تا 9 متغیر و با میانگین 6/7 بدست آمد. از 10 جفت آغازگر مورد استفاده در مجموع 76 آلل شناسایی شد که آغازگرهای HQ542208 و HQ542224 با 9 آلل بیشترین و آغازگرهای DP169 و HQ542225 با 6 آلل کمترین تعداد آلل­ را نشان دادند. بیشترین تشابه ژنتیکی بین ارقام آلمهتری و خنیزی و کمترین میزان تشابه بین رقم ابونارنجا و سایر ارقام بود. با توجه به یافته­های حاصل از این پژوهش، تصویر جامع­تری از ساختار ژنتیکی ارقام نر و ماده نخل خرما بدست آمده است که استفاده از آن­ها را برحسب مورد در برنامه بهنژادی ارقام نخل خرما ممکن می­سازد.

واژه­های کلیدی: ارقام نر و ماده، تنوع ژنتیکی، تجزیه خوشه­ای، نخل خرما، آغازگر SSR.

 * نویسنده مسئول، تلفن:  05431232124 ، پست الکترونیکی:  l.fahmideh@uoz.ac.ir 

مقدمه 

نخل خرما با نام علمی Phoenix dactyliferal گیاهی چند ساله و دو پایه است که در طول ادوار مختلف تاریخ بعنوان یک گیاه ارزشمند مطرح بوده و میوه آن بعنوان یک غذای مفید همواره مورد توجه انسان قرار گرفته است. در حال حاضر نیزنخل خرما یکی از محصولات باغی مهم و پر سود کشور ایران بشمار می­آید. توزیع نخل خرما تابع فاکتورهای محیطی و اکوسیستم‌های متنوع موجود در اقلیم‌های کم آب در بسیاری از کشورهای جهان می‌باشد (12). اولین قدم در اصلاح این گیاه شناسایی ارقام و دسته­بندی آن­ها است که روش­های مولکولی امکان تفکیک ارقام را فراهم آورده­اند. آغازگرهای مولکولی می­توانند بعنوان ابزاری قوی برای تشخیص افراد از منابع اصلاحی مختلف که از نظر ژنتیکی با هم شباهت دارند، مورد استفاده قرار گیرند (16). تنوع ژنتیکی با افزایش هتروزیگوسیتی باعث افزایش مقاومت گیاه به آفات و بیماری­ها می­شود و از فرسایش ژن­های مفید جلوگیری می­کند. آغازگرهای SSR ویژگی‌هایی مانند همبارزی را نشان داده‌اند. با این وجود این آغازگرها در نخل خرما کمتر مورد استفاده قرار گرفته‌اند.

خالد المیر و همکاران (2011) از 30 مارکر جدید ریز ماهواره جهت ارزیابی و تشخیص تنوع ژنتیکی 11 ژنوتیب مختلف نخل خرما از نقاط مختلف قطر استفاده کردند. نتایج بدست آمده از 30 آغازگرنشان داد که 7 آغازگر هیچ تکثیری را در PCR نداشتند و 13 آغازگر الگوی باندی تک شکلی را نشان داده و 10 آغازگر چند شکلی بالایی را نشان دادند. در مجموع 77 آلل مشاهده شدند که بطور متوسط در هر لوکوس 7/7 آلل وجود داشت (9). در پژوهشی، بررسی تنوع ژنتیکی23 رقم نر و 23 رقم ماده نخل خرما با استفاده از 11 آغازگرهای ریزماهواره SSR در دانشگاه منابع طبیعی رامین خوزستان صورت گرفت. نتایج مشخص نمود که بیشترین تشابه ژنتیکی بین ارقام سعمران، برحی و کلون‌های حاصله از کشت بافت آنها و کمترین میزان تشابه بین ارقام دگل- نور و آلمهتری بدست آمد (10).

احمد و همکاران (2009) از 61 آغازگر ریزماهواره جهت بررسی تنوع ژنتیکی و نسبت­های خویشاوندی 15 رقم نخل خرمای قطر استفاده کردند و ارقامی را که از نظر ژنتیکی شبیه هم و آن­هایی را که با هم فاصله زیادی داشتند، مشخص کردند (3).

عرب نژاد و همکاران (2009) با استفاده از آغازگرهای جدید SSR غنی از تکرارهایAG  و AGG بر اساس توالی DNA کلون شده از نخل خرما، 25 جفت آغازگر طراحی کردند و تنوع ژنتیکی بین ژنوتیپ­هایی که از مناطق مختلف جغرافیایی جمع­آوری شده بودند را بررسی کردند که فقط 22 آغازگر توانستند چند شکلی را در 16 رقم نخل خرما نشان دهند (5).

اصلاح نخل خرما بسیار مشکل است چرا که دارای چرخه زندگی طولانی بوده و میزان هتروزیگوسیتی آن در طبیعت بالاست. روش­های اصلاح نخل خرما شامل وارد کردن ارقام جدید، انتخاب، تلاقی برگشتی و کشت بافت می­باشند. بعد از عملیات قرنطینه، می­توان در صورت سازگاری با محیط، آنها را بطور مستقیم در محل اصلی کاشت و یا در برنامه­های دورگ گیری مورد استفاده قرار داد. باید توجه داشت چون والد نر نیز در کمیت و کیفیت خرما موثر است، باید به وارد کردن والد نر مناسب هر رقم نیز اقدام شود.جهت معرفی و اصلاح گیاهان غیر مشهور ولی دارای توان ژنتیکی بالا، شرط اصلی وجود تنوع ژنتیکی در جمعیت پایه می باشد تا شانس انتخاب افزایش یافته و امکان پیدا کردن صفات مطلوب بیشتر گردد. با توجه به کشت ارقام محدود و تجاری خرما بصورت گسترده توسط کشاورزان در سال­های اخیر سایر ارقام با وجود داشتن صفات خوب که می­توانند در اصلاح نباتات از آنها استفاده شوند به فراموشی سپرده شده­اند و از طرفی با توجه به اینکه تکثیر درخت خرما بصورت غیر جنسی و از طریق پاجوش انجام می­گیرد و این امر خود خطر از بین رفتن ارقام فراموش شده را افزایش می­دهد. لذا لزوم بررسی ژنتیکی ارقام مختلف خرمای  کشور و استفاده از صفات خوب آنها ضروری بنظر می­رسد.

تنوع و انتخاب دو رکن اصلی هر برنامه اصلاحی بوده و انجام انتخاب منوط به وجود تنوع مطلوب است. براساس پژوهش‌‌های گذشته گزارش شد که آغازگرهای ریزماهواره قادر هستند چند شکل بالایی را بین ارقام خرما نشان دهند و از این رو ابزار مفید برای انگشت نگاری ارقام و دسته‌بندی آنها در گروه مختلف به‌شمار می‌روند، همچنین می‌توانند برای مدیریت ذخایر توارثی از طریق شناسایی نمونه‌های تکرار و هم‌نام هم مورد استفاده قرار بگیرند. لذا هدف از انجام این تحقیق، بررسی تنوع موجود در ارقام نر و ماده نخل خرمای استان­های سیستان و بلوچستان و هرمزگان با استفاده از آغازگر SSR بود تا بتوان از طریق تعیین فاصله ژنتیکی ارقام، والدین مناسب را جهت انجام تلاقی‌های آتی انتخاب و به اصلاح این گیاه ارزشمند و مهم کمک نمود.

مواد و روشها

تهیه مواد گیاهی:  مواد گیاهی مورد استفاده شامل برگ­های جوان 14 رقم نخل خرمای نر و 26 رقم نخل خرمای ماده بود که نام و مشخصات آن در جدول های 1 و 2 آورده شده است.

استخراج DNA : استخراجDNA از برگ‌های جوان نخل خرما به روش CTAB سمبروک (1998) با اندکی تغییرات انجام شد (20) و DNA حاصل با استفاده از 11 جفت آغازگر SSR تکثیر گردید. نمونه­های برگی (از هر درخت به­طور تصادفی 3 نمونه برگ تازه و جوان توسط تیغ استریل بریده شد و سپس نمونه­ها در کیسه نایلونی بسته­بندی و بر روی یخ خشک نگهداری شدند و به آزمایشگاه مولکولی مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی بندرعباس منتقل شد) ارقام انتخابی نخل خرما از ایستگاه تحقیقات­ کشاورزی و منابع طبیعی شهرستان میناب و حاجی آباد و روستای فین از توابع شهرستان بندرعباس در استان هرمزگان و مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی شهرستان ایرانشهر واقع در استان سیستان و بلوچستان تهیه شدند. سپس نمونه­ها در کیسه نایلونی بسته­بندی و بر روی یخ خشک نگهداری شدند و به آزمایشگاه مولکولی مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی بندرعباس منتقل شد. برگ­ها با استفاده از ازت مایع پودر شدند و حدود 3/0 گرم از برگ­های پودر شده به میکروتیوپ 2 میلی­لیتری منتقل شدند.

PCR  و الکتروفورز محصولات PCR : واکنش زنجیره­ای پلیمراز در دستگاه ترموسایکلر توسط 10 آغازگر SSR (جدول3) انجام شد. چرخه دمایی مورد نیاز جهت انجام واکنش زنجیره­ای پلیمراز نیز در جدول 4 آورده شده است. محصول واکنش زنجیره­ای پلیمراز توسط دستگاه الکتروفورز عمودی ساخت شرکتAPELEX  و با استفاده از ژل آکریل آمید 8% در مدت زمان 3 ساعت و توان 200 وات، بصورت باندهایی تفکیک شدند.

رنگ آمیزی باندها: رنگ آمیزی باندها توسط نیترات نقره به روش باسام و همکاران (1993) انجام شد. پس از رنگ آمیزی، اندازه­گیری طول باندها بر اساس خط­کش مولکولی روی ژل آکریل آمید 8%، انجام شد (6).

تجزیه و تحلیل­های آماری: برای تجزیه داده­ها بایستی ماتریس تشابه بین ارقام را تشکیل داد. با استفاده از نرم افزار Gene Alex6.3 نتایج مربوط به تعداد آلل مشاهده شده و هتروزیگوسیتی مشاهده شده و محتوای اطلاعات چند شکلی محاسبه شد.

برای تعیین کارآیی و مقایسه نشانگرها در تفکیک ژنوتیپ­های مورد مطالعه، از معیار میزان اطلاعات چند شکلی (PIC) استفاده شد (8). میزان اطلاعات چند شکلی از رابطه pj²pi²2Σin-1ΣjnPIC= 1 −Σpin pi² − بدست می­آید (i=1 و j=1+1 ) و pi فراوانی الل i ام و pj فراوانی الل i+1 است. احتمال شناسایی ازرابطه ² Σ𝑝𝑖⁴−ΣΣ(2𝑝𝑖𝑝𝑗)­بدست آمد (i=1 و j=1+1 ) و pi فراوانی الل i ام و pj فراوانی الل i+1 است (8، 14). در نهایت با استفاده از نرم افزار DARVIN5.0 و به روش  Neighbor joining تجزیه خوشه­ای ارقام انجام شد.

نتایج و بحث

پس از نمره­دهی باندها بر اساس طول باندها روی ژل آکریل آمید 8%، وجود چند شکلی و تشابه ژنتیکی در تمامی ارقام مورد اندازه­گیری و بررسی قرار گرفت و از 10 جفت آغازگر مورد استفاده در مجموع 76 آلل شناسایی شد که آغازگرهای HQ542208 و HQ542224 با 9 آلل بیشترین (شکل ­1) و آغازگرهای DP169 و HQ542225 با 6 آلل کمترین تعداد آلل­ را نشان دادند (شکل ­2). میانگین تعداد آلل در کل جایگاه­ها برابر 6/7 بود که از تعداد آلل مورد مطالعه توسط اکاک و همکاران (2009) با متوسط 412/6 بیشتر بود (4) ولی از تعداد آلل مشاهده شده در مطالعه بایلوت و همکاران­ با متوسط 025/11 آلل کمتر بود (7).

شکل 1- الگوی باندی تولید شده توسط آغازگر HQ542208

شکل 2- الگوی باندی تولید شده توسط آغازگر DP169

محتوای اطلاعات چند شکلی با متوسط 77%، از 63% برای آغازگر HQ542225 تا 85% برای HQ542208 در نوسان بود (جدول 5). در مورد محتوای اطلاعات چند شکلی، نتایج این تحقیق بطور متوسط از دامنه محتوای اطلاعات چند شکلی 15% تا 83% تحقیق اکاک و همکاران (2009) برتر بود (4). این برتری را شاید بتوان مربوط به وجود ارقام نر در این تحقیق دانست زیرا در تحقیقات قبل فقط ارقام ماده وجود داشته است و یا اینکه تعداد ارقام نر خیلی کمتر از ارقام ماده مورد مطالعه در این تحقیق، بوده است. از نتایج بالا می­توان استنباط نمود که محتوای اطلاعات چند شکلی نمی­تواند عدد ثابتی باشد و به عواملی مثل تعداد آغازگرها، تعداد آلل تولیدی توسط هر جایگاه، تعداد و نوع ارقام مورد استفاده در تحقیق بستگی دارد. میزان هتروزیگوسیتی ارقام ماده از 40% در رقم پیارم تا 90% در رقم ربی متغیر بوده است (جدول ­6) و میزان هتروزیگوسیتی ارقام نر از 40% در رقم 2008 تا 100% در رقم جرویس متغیر بوده است (جدول 7).

جهت انجام تجزیه خوشه­ای ارقام نر و ماده نخل خرما از روش Neighbor joining و برای تشکیل ماتریس تشابه، از ضریب تشابه نی (1973) استفاده شد (13، 17). مقدار تشابه ژنتیکی ارقام ماده بین صفر تا 85% متغیر بود که بیشترین تشابه ژنتیکی ارقام ماده بین دو رقم خنیزی و آلمهتری استان هرمزگان (­85%­) و کمترین تشابه ژنتیکی بین رقم ابونارنجای استان سیستان و بلوچستان و سایر ارقام صفر بود. تشابه ژنتیکی ارقام نر بین صفر تا 47% برآورد شد که حداکثر تشابه ژنتیکی ارقام نر بین دو رقم 2009 و 2007 استان هرمزگان (47%­) و کمترین تشابه ژنتیکی ارقام نر بین دو رقم جرویس و نر دوم استان هرمزگان (­25%­) بود.

بر اساس تجزیه خوشه­ای ارقام ماده (محل برش در فاصله 0 تا 1/0) در 3 گروه قرار گرفتند. خوشه گروه اول ارقام ماده از بالا به پایین شامل ارقام آلمهتری، خنیزی، پیارم، خلوزرد، مجول، ابونارنجا، شاهانی، دیری، رعنا طلا، بگشی، کلگلی و نلسون می­باشد که ارقام ابونارنجا، رعناطلا و کلگلی مربوط به استان سیستان و بلوچستان می­باشند. گروه دوم از ارقام ماده شامل گچخواه، کبکاب، برحی، خاصویی، ربی، مرداسنگ، قصب (زاهدی) و هلیلی می­باشد که دو رقم گچخواه و ربی مربوط به استان سیستان و بلوچستان می­باشند. گروه سوم از ارقام ماده شامل ارقام گرم­بیت، ابومعان، کوش زباد، فرد ماده، نباتسیف و توری می­باشد که رقم توری مربوط به استان هرمزگان می­باشد (شکل 3).

ارقام نر نیز بر اساس دندوگرام حاصل از تجزیه خوشه­ای، در 3 گروه قرار گرفتند. گروه اول ارقام نر از بالا به پایین شامل ارقام نر دوم، جرویس، مسکوتان، فنوج، نر 2002 و نر 2005 می­باشد. دو رقم مسکوتان و فنوج از گروه اول ارقام نر، مربوط به استان سیستان و بلوچستان می­باشند (ارقام دارای هتروزیگوسیتی بالا شامل جرویس، مسکوتان و فنوج در گروه اول قرار گرفته­اند). گروه دوم ارقام نر از بالا به پایین شامل ارقام نر محلی، نر 2004، نر 2006، نر فرد و نر 2003 می­باشد گروه سوم از بالا به پایین به دو زیر گروه تقسیم شده است که در زیر گروه یک دو رقم 2007 و 2009 قراردارند و در زیر گروه دوم از گروه سوم رقم  2008 قرار دارد که تمامی ارقام این گروه مربوط به استان هرمزگان می­باشند (شکل 4).

برای داشتن دیدگاه بهتر راجع به تشابه ژنتیکی ارقام، تجزیه به مختصات اصلی نیز مکمل روش تجزیه خوشه­ای انجام شد که گروه­بندی حاصل از تجزیه خوشه­ای را در بر گرفت که این مساله نشان دهنده قطع نمودار تجزیه خوشه­ای از محل مناسب می­باشد (شکل 5).

نتایج حاصل از تجزیه خوشه­ای ارقام نر و ماده را از راست به چپ به 3 گروه تقسیم کرد. گروه اول شامل دو رقم (شماره 11 و 12) نر 2002 و توری می­باشد که هر دو رقم مربوط به استان هرمزگان می­باشند. گروه دوم به دو زیر گروه و هر زیر گروه به دو شاخه و هر شاخه به دو زیر شاخه تقسیم شده است که در شاخه یک ارقام (شماره 8، 10، 9، 24، 38، 22، 21، 23، 18، 16 و 17) مجول، فردنر، نر2003، نر 2006، فردماده، نلسون، کلگلی، بگشی، نر محلی، نر 2004، قصب (زاهدی) و در شاخه دوم ارقام (شماره 32، 6، 7، 3، 2، 36، 1، 25، 35، 37، 4 و 5) نبات­سیف، هلیلی، نر 2005، نر دوم، نر جرویس، مرداسنگ، کبکاب، نر 2008، گچخواه، ربی، خاصویی و برحی قرار دارند. گروه سوم شامل دو زیر گروه است که در زیر گروه یک فقط رقم ابونارنجای سیستان و بلوچستان به تنهایی قرار دارد و زیر گروه دوم به دو شاخه و هر شاخه به دو زیر شاخه تقسیم شده است که در زیر شاخه یک ارقام (شماره 19، 20، 39، 40، 33، 13، 14 و 15) دیری، شاهانی، نرمسکوتان، رعناطلا، خلوزرد، پیارم، خنیزی و آلمهتری ­ و در زیر شاخه دوم ارقام (شماره 31، 26، 30، 29، 27 و 28) نر فنوج، نر 2009، گرم­بیت، کوش­زباد، نر 2007 و ابومعان قرار گرفته­اند (شکل 6). گروه­بندی حاصل از تجزیه خوشه­ای این تحقیق تا حد زیادی با شرایط اقلیمی محل کشت ارقام نر و ماده دو استان سیستان و بلوچستان و هرمزگان مطابقت دارد و بخوبی نشان می­دهد که نشانگرهای SSR حتی اگر تعدادشان هم کم باشند مشابهت و اختلاف­های ارقام نخل خرما را نشان دادند. در مجموع با توجه به یافته­های حاصل از این تحقیق تصویر جامع­تری از ساختار ژنتیکی ارقام نر و ماده نخل خرما بدست آمده است که استفاده از آن­ها را برحسب مورد در برنامه بهنژادی ارقام نخل خرما ممکن می­سازد.

آغازگرهای SSR قابلیت بیان چند شکلی بین ارقام مختلف نخل خرما را دارند. میانگین تعداد آلل در کل جایگاه­ها برابر 6/7 بود که از تعداد آلل مورد مطالعه توسط اکاک و همکاران (2009) با متوسط 412/6 بیشتر بود (4) ولی از تعداد آلل مشاهده شده در مطالعه بایلوت و همکاران­ (2004) با متوسط 025/11 آلل کمتر بود (7). نتایج پژوهش بررسی تنوع ژنتیکی ارقام نخل خرمای کشور عربستان با استفاده ضریب تشابه نی مشخص نمود که بیشترین تشابه بین دو رقم شکری و خنیزی و کمترین تشابه بین ارقام برحی با هر یک از ارقام خصاب، شاهیل، خنیزی و شکری بود (9). نژاد حبیب (2013) با استفاده از 11 آغازگرهای ریزماهواره 46 رقم نر و ماده نخل خرما را در دانشگاه منابع طبیعی رامین خوزستان مورد ارزیابی قرار دادند. براساس دندروگرام، 46 رقم مورد مطالعه در 4 گروه قرار گرفتند که بررسی آنها نشان‌دهنده وجود تنوع زیاد بین ارقام مورد آزمایش بود. به طوری که ارقام بر اساس یک پراکنش جغرافیایی و بازار پسندی در گروه مختلف قرار گرفتند. که تأییدکننده کارایی بالایی این نشانگر در دسته‌بندی گونه‌های مختلف می­باشد (10).

در تحقیقی با طراحی 16 پرایمر چندشکلی در سراسر ژنوم مختلف نخل خرما از کشورهای (آمریکا، عراق، عمان، الجزایر، تونس، سودان، عربستان سعودی و مراکش) نشان داده شد و میزان چند شکلی در حدود 76 درصد و تعداد آلل در هر لوکوس حدود 14 برآورد گردید. تاکور و همکارن (2016) تنوع ژنتیکی را در 40 رقم نخل خرما بررسی کرده و قرابت آنها را با 14 گونه دیگر نخل تعیین کردند و مشاهده کردند که در برخی از این گونه­ها، دارای خویشاوندی نزدیک و در برخی از آنها دارای خویشاوندی­های دور می­باشند (7 ، 22).

شکل 3- تجزیه خوشه­ای ارقام ماده رسم شده براساس روش Neighbor joining و ضریب تشابه نی

شکل4- تجزیه خوشه­ای ارقام نر رسم شده بر اساس روش Neighbor joining و ضریب تشابه نی

شکل 5- نمودار تجزیه به مختصات اصلی ارقام نر (سمت راست) و ماده (سمت چپ) نخل خرما

جانی‌پور و همکاران (2018) با استفاده از نشانگرهای مولکولی ISSR جمعیت‌های مختلف گیاه دارویی زیره سبز را مورد ارزیابی قرار دادند. نتایج مشخص نمود که زیره سبز سبزوار بعنوان مرکز تنوع این گیاه بر اساس جمعیت­های مورد بررسی پیشنهاد و دورترین جمعیت­ها جهت تلاقی های احتمالی و ایجاد تنوع جدید و مفیدتر زیره سبز سبزوار و زیره سبز کاشان معرفی می­شوند (2).

در پژوهشی بررسی تنوع ژنتیکی 15 رقم از ارقام نخل خرمای کشور قطر با استفاده از ضریب تشابه جاکارد مورد مطالعه قرار گردید نتایج مشخص نمود که میزان تشابه بین صفر تا 1% بود و بیشترین تشابه بین ارقام شیشه­ای و قصب (زاهدی)، حتمی و ابومعان، هلیلی و شیشه­ای مشاهده شده است (3). همچنین گزارش شده است که از آغازگرهای ریزماهواره جهت تجزیه تنوع ژنتیکی و نسبت­های خویشاوندی در میان 15 رقم نخل خرمای قطر استفاده شد، ضریب خویشاوندی در میان 15 رقم نخل خرما محاسبه و بر اساس آنها دندروگرام ترسیم گردید که نتایج نشان داد که این مار کر توانست ارقامی را که از نظر ژنتیکی شبیه هم و آنهایی را که با هم فاصله زیادی دارند را مشخص کند (3 و 19). در پژوهشی، نتایج نشان داد که با استفاده از آغازگرهای جدید SSR غنی از تکرارهایAG  و AGG بر اساس توالی DNA کلون شده از نخل خرما 25 جفت پرایمر طراحی کردند و تنوع ژنتیکی بین ژنوتیپ­هایی که از مناطق مختلف جغرافیایی (­ایران، عراق و آفریقا) جمع­آوری شده بودند را بررسی کردند که فقط 22 پرایمر توانستند چند شکلی را در 16 رقم نخل خرما نشان دهند. آغازگرهای SSR انتخاب شده بطور کلی 16 آلل، با میانگین 8/4 آلل در هر لوکوس را نشان دادند (5، 11).

شکل 6. تجزیه خوشه­ای ارقام نر و ماده رسم شده بر اساس روش Neighbor joining و ضریب تشابه نی