مقاله مروری
مراحم آشنگرف؛ ایرج نحوی
دوره 27، شماره 3 ، پاییز 1393، صفحه 316-334
چکیده
گرایش جوامع بشری برای مصرف فرآورده های معطر طبیعی موجب ترغیب محققین در استفاده از زیست واکنشگرهای میکروبی برای سنتز محصولات معطر طبیعی گردیده است. وانیلین بعنوان یکی از ترکیبات آروماتیک طبیعی بطور وسیعی در صنایع بهداشتی، آرایشی، غدایی، دارویی و پزشکی و بویژه در صنعت طعم دهنده ها و خوشبوکننده ها بعنوان یکی از ترکیبات پایه از اهمیت ...
بیشتر
گرایش جوامع بشری برای مصرف فرآورده های معطر طبیعی موجب ترغیب محققین در استفاده از زیست واکنشگرهای میکروبی برای سنتز محصولات معطر طبیعی گردیده است. وانیلین بعنوان یکی از ترکیبات آروماتیک طبیعی بطور وسیعی در صنایع بهداشتی، آرایشی، غدایی، دارویی و پزشکی و بویژه در صنعت طعم دهنده ها و خوشبوکننده ها بعنوان یکی از ترکیبات پایه از اهمیت بسزائی برخورداراست. دو روش عمده دستیابی به وانیلین طبیعی شامل استخراج مستقیم از منابع گیاهی و واکنش های زیست تبدیلی میکروبی می باشد. با توجه به کاربرد گسترده وانیلین و افزایش روزافزون تقاضا برای مصرف وانیلین طبیعی و همچنین از آنجایی که استخراج از منابع گیاهی بسیار پرهزینه و زمان بر بوده و به تنهایی قادر به تامین بازارهای جهانی نمی باشد، بنابراین لزوم توسعه فرآیندهای بیوتکنولوژیک جایگزین مناسب الزامی می باشد. زیست تبدیلی با استفاده از سلول های میکروبی بطور وسیعی برای تغییرات در ساختار شیمیایی ترکیبات آلی مورد بهره برداری قرار گرفته است. سلول های میکروبی بعنوان زیست واکنشگرهای کارآمد و سازگار با محیط زیست در تبدیل سوبستراهای بکار گرفته شده بعنوان پیش ساز، به ترکیبات طبیعی با ارزش افزوده بالا کاربرد دارند. در این مقاله مروری، کاربرد زیست تبدیلی میکروبی در تولید زیستی وانیلین طبیعی از پیش سازهای فنیل پروپانوئیدی (ایزواوژنول، اوژنول و اسید فرولیک) مورد مطالعه قرار گرفته است.
مقاله پژوهشی
عباس اخوان سپهی؛ شبنم ایران نژاد؛ محمد علی آموزگار؛ امیر توکمه چی
دوره 27، شماره 3 ، پاییز 1393، صفحه 335-345
چکیده
در این پژوهش برای اولین بار شناسایی میکروارگانیسم نمک دوست نسبی جنس Salinivibrio از دریاچه ی شور ارومیه مورد مطالعه قرار گرفت که منجر به شناسایی سویه های جدیدی از این جنس گردید. دریاچه ی ارومیه دریاچه ی پرشوری است که در شمال غربی ایران واقع شده و شورترین دریاچه ی دائمی ایران و از معدود دریاچه های فوق اشباع دائمی در جهان می باشد. ابتدا نمونه ...
بیشتر
در این پژوهش برای اولین بار شناسایی میکروارگانیسم نمک دوست نسبی جنس Salinivibrio از دریاچه ی شور ارومیه مورد مطالعه قرار گرفت که منجر به شناسایی سویه های جدیدی از این جنس گردید. دریاچه ی ارومیه دریاچه ی پرشوری است که در شمال غربی ایران واقع شده و شورترین دریاچه ی دائمی ایران و از معدود دریاچه های فوق اشباع دائمی در جهان می باشد. ابتدا نمونه ها از مناطق مختلف دریاچه ، جمع آوری و در شرایط استریل به آزمایشگاه منتقل شدند. بعد از غنی سازی و کشت نمونه ها در شرایط تعریف شده، برای دستیابی به کلنی های خالص کشت های متوالی انجام گرفت. سپس سویه های منتخب از نظر ویژگی های فنوتیپی و فیلوژنتیکی (به وسیله تکنیک توالی یابی 16S rRNA) مورد مطالعه قرار گرفتند. از بین کل سویه های متعلق به Salinivibrio sp. ، 57% و 43% سویه ها نزدیکترین تشابه را به ترتیب به S. costicola subsp. alcaliphilus و S. sharmensis نشان دادند.این پژوهش، سعی در ارائه ذخایر ژنتیکی جدید از منابع عظیم میکروبی دریاچه ی ارومیه بخصوص انواع Salinivibrio دارد که پایه کاربردهای وسیعی در دانش بیوتکنولوژی می باشند.
مقاله پژوهشی
ابوالفضل اژدرپور؛ سیدباقر مرتضوی؛ غلامرضا موسوی
دوره 27، شماره 3 ، پاییز 1393، صفحه 346-353
چکیده
پساب های روغنی از جمله پساب هایی است که باعث آلودگی محیط زیست و آسیب شدید به حیات آبزیان می شود. روش های مختلفی برای تصفیه این پساب ها به کار گرفته شده است که یک از مهم ترین آنها روش های بیولوژیکی است. تصفیه آنزیمی فاضلاب نیز نمونه ای از روش های بیولوژیکی است که در تحقیقات اخیر، توجه زیادی را به خود جلب کرده است. هدف از این تحقیق، جداسازی ...
بیشتر
پساب های روغنی از جمله پساب هایی است که باعث آلودگی محیط زیست و آسیب شدید به حیات آبزیان می شود. روش های مختلفی برای تصفیه این پساب ها به کار گرفته شده است که یک از مهم ترین آنها روش های بیولوژیکی است. تصفیه آنزیمی فاضلاب نیز نمونه ای از روش های بیولوژیکی است که در تحقیقات اخیر، توجه زیادی را به خود جلب کرده است. هدف از این تحقیق، جداسازی باکتری های تولید کننده آنزیم لیپاز و سپس استفاده از آنها در تصفیه پساب های روغنی بود. دو محل جداسازی شامل خاک پالایشگاه آبادان و تصفیه خانه فاضلاب شهرک صنعتی بهشهر بود. در بین باکتری های جدا شده، دو باکتری که متعلق به سویه های استافیلوکوک و فلاووباکتر بود، برای انجام مطالعات بعدی مورد استفاده قرار گرفت. میزان فعالیت لیپازی آنها بین 6/0 تا 3.25 واحد بر میلی لیتر متغیر بود. همچنین مقدار حذف روغن که با روش گراویمتری اندازه گیری شد، برای غلظت های کمتر از 4 گرم در لیتر حدود 95 درصد و برای غلظت های بیشتر از 4 گرم از 20 تا 50 درصد متغیر بود.
مقاله پژوهشی
سعید رضایی زارچی؛ مسعود نگهداری
دوره 27، شماره 3 ، پاییز 1393، صفحه 354-366
چکیده
در این مطالعه ما به معرفی حسگر زیستی جدیدی برای اندازه گیری گلوکز با استفاده از آنزیم گلوکز اکسیداز، نانوذرات اکسید کادمیوم و الکترود خمیر کربن پرداختیم. نانوذرات اکسید کادمیومی که در این تحقیق تهیه و مورد بررسی قرار گرفت، دارای اندازه 43 نانومتر بودند. نتایج بدست آمده از این تحقیق بیانگر این است که الکترود خمیر کربن اصلاح شده با ...
بیشتر
در این مطالعه ما به معرفی حسگر زیستی جدیدی برای اندازه گیری گلوکز با استفاده از آنزیم گلوکز اکسیداز، نانوذرات اکسید کادمیوم و الکترود خمیر کربن پرداختیم. نانوذرات اکسید کادمیومی که در این تحقیق تهیه و مورد بررسی قرار گرفت، دارای اندازه 43 نانومتر بودند. نتایج بدست آمده از این تحقیق بیانگر این است که الکترود خمیر کربن اصلاح شده با نانو ذرات اکسید کادمیوم سنتزی، می تواند انتقال الکترون را در آنزیم گلوکز اکسیداز تثبیت شده روی سطح الکترود تسهیل نماید. همچنین فرم احیا شده آنزیم گلوکز اکسیداز می تواند بوسیله اکسیژن محلول با انجام یک واکنش الکترو کاتالیتیکی اکسید شود، که این اکسایش، به علت واکنش بین فرم اکسید شده گلوکز اکسیداز و گلوکز، بوسیله گلوکز مهار می شود. بر اساس کاهش پاسخ الکتروکاتالیتیکی آنزیم گلوکز اکسیداز در محلول اشباع از اکسیژن در حضور گلوکز، یک حسگر جدید برای گلوکز طراحی شد. حسگر طراحی شده دارای حساسیت بالا و در محدوده خطی 20 تا 360 میکرومولار می تواند جهت تعیین گلوکز مورد استفاده قرار گیرد. همچنین این حسگر دارای پایداری بسیار خوبی می باشد.
مقاله پژوهشی
صابر زهری؛ ابوالفضل بضاعت پور؛ آرش عبدالملکی
دوره 27، شماره 3 ، پاییز 1393، صفحه 367-376
چکیده
کمپلکس های فلزی سالن با توانایی بالقوه درمانگری،آنتی اکسیدانی و ضد سرطانی بطور وسیعی مورد مطالعه قرار گرفته است. در این تحقیق لیگاند سالن سنتز و در غلظتهای مختلف در روز سوم انکوباسیون جنین مرغ درون کیسه هوا تزریق گردید. سلولهای کبدی و فیبروبلاستی از جنین شاهد جداسازی، کشت و تیمار شدند. درصد بقاء جنین‌ها در بالاترین غلظت 5/23% بود و ...
بیشتر
کمپلکس های فلزی سالن با توانایی بالقوه درمانگری،آنتی اکسیدانی و ضد سرطانی بطور وسیعی مورد مطالعه قرار گرفته است. در این تحقیق لیگاند سالن سنتز و در غلظتهای مختلف در روز سوم انکوباسیون جنین مرغ درون کیسه هوا تزریق گردید. سلولهای کبدی و فیبروبلاستی از جنین شاهد جداسازی، کشت و تیمار شدند. درصد بقاء جنین‌ها در بالاترین غلظت 5/23% بود و LD50 برابر با 8/91 میکرومولار/تخم مرغ برآورد شد. ناهنجاریهای پاچنگکی، بدشکلی در منقار، بسته نشدن حفره شکمی و حذف و کلسیفیه نشدن مهره های دمی در جنین ها مشاهده شد. نتایج سایتوتوکسیسیتی سلولهای کبدی و فیبروبلاستی نشانگر گرد شدن سلول‌ها، سست شدن اتصالات بین سلولی و کاهش سرعت تکثیرسلولی بود و میزان IC50 آن به ترتیب برابر با 1159و 7/964میکرومولار است. در غلظت های پایین اثرات سمی فراوانی بر روی جنین و کشت سلول مشاهده نشد. با این وجود، بطور قابل توجهی سلولهای در حال تکثیر را تحت تاثیر قرار میداد.
مقاله پژوهشی
احسان شکری؛ نجمه نصیری؛ قربانعلی نعمت زاده
دوره 27، شماره 3 ، پاییز 1393، صفحه 377-388
چکیده
پمپ پروتونی H+-ATPase یکی از پروتئین¬های مهم موجود در غشای پلاسمایی گیاهان می¬باشد که نقش مهّمی در فیزیولوژی مولکولی پاسخ به تنش ایفاء می¬کند. گراس Aeluropus littoralis بواسطه مقاومت به برخی از استرس¬های محیطی مثل تنش شوری و عناصر سنگین مدل خوبی برای مطالعه ساختار و عملکرد این پمپ می¬باشد. در این مطالعه بعنوان نقطه آغاز، ترادف کامل ناحیه ...
بیشتر
پمپ پروتونی H+-ATPase یکی از پروتئین¬های مهم موجود در غشای پلاسمایی گیاهان می¬باشد که نقش مهّمی در فیزیولوژی مولکولی پاسخ به تنش ایفاء می¬کند. گراس Aeluropus littoralis بواسطه مقاومت به برخی از استرس¬های محیطی مثل تنش شوری و عناصر سنگین مدل خوبی برای مطالعه ساختار و عملکرد این پمپ می¬باشد. در این مطالعه بعنوان نقطه آغاز، ترادف کامل ناحیه کدکننده این ژن در هالوفیت Aeluropus littoralis شناسایی و همسانه¬سازی شد. اطلاعات اولیه بدست آمده نشان می¬دهد ترادف نوکلئوتیدی پمپ پروتونی H+-ATPase غشای پلاسمایی یک ناحیه ORF کامل بطول bp 2856 می¬باشد که همولوژی معنی¬داری با گونه¬های Sorghum bicolor ، Oryza sativa و Zea mays دارد. همچنین ترادف آمینواسیدی این ژن، پپتیدی با وزن مولکولی 104567 دالتون متشکل از 951 اسیدآمینه را رمز می¬کند که از نظر نوع و ساختار دامین، بیشترین تطابق را با پروتئین¬های H+-ATPase غشای پلاسمایی گیاهی و قارچی نوع سوم (type III) از خانواده بزرگ پمپ¬های ATPase p-type دارد. همردیفی مقایسه¬ای ترادف آمینواسیدی ژن H+-ATPase غشای پلاسمایی گیاه Aeluropus littoralis (Alha) برخی گونه¬ها نشان می¬دهد که جایگزینی¬های نوکلئوتیدی نقاط حساس و عملکردی پروتئین را هدف قرار نداده و این مناطق در توالی مورد بررسی، حفاظت¬شده باقی مانده¬اند. در نهایت این ترادف با شماره دسترسیGI:346230720 در پایگاه داده NCBI ثبت گردید.
مقاله پژوهشی
فاطمه شیخی؛ محمد رعایایی اردکانی؛ نعیمه عنایتی ضمیر؛ غلامرضا قزلباش
دوره 27، شماره 3 ، پاییز 1393، صفحه 389-398
چکیده
.چکیده:در تجزیه لیگنین، مجموعه¬ای از آنزیم¬ها تحت عنوان لیگنیناز نقش دارند. لاکاز به علت ویژگی¬های خاص خود در بین آنزیم¬های تجزیه¬کننده لیگنین از اهمیت خاصی برخوردار است. از ویژگی¬های لاکاز،اکسیداسیون انواع متعدد سوبستراها، تحمل گرمایی بالا، داشتن pH ایزوالکتریک اسیدی است. شناسایی میکروارگانسیم¬های جدید با قدرت تولید ...
بیشتر
.چکیده:در تجزیه لیگنین، مجموعه¬ای از آنزیم¬ها تحت عنوان لیگنیناز نقش دارند. لاکاز به علت ویژگی¬های خاص خود در بین آنزیم¬های تجزیه¬کننده لیگنین از اهمیت خاصی برخوردار است. از ویژگی¬های لاکاز،اکسیداسیون انواع متعدد سوبستراها، تحمل گرمایی بالا، داشتن pH ایزوالکتریک اسیدی است. شناسایی میکروارگانسیم¬های جدید با قدرت تولید و ترشح بالاتر این آنزیم صنعتی از اهمیت انکارناپذیری برخوردار است. لذا در این تحقیق جداسازی، غربالگری و شناسایی قارچ¬های تولیدکننده لاکاز از باگاس و ریزوسفر نیشکر انجام شد. به منظور غربالگری سویه¬های مولد لاکاز از محیط کشت MEA حاوی 1/0 گرم در لیتر ABTS و 5/0 میلی¬مول در لیتر گایاکل استفاده شد. برای سنجش میزان کمی آنزیم لاکاز از روش نیکو پاولا استفاده شد. در این تحقیق از بین 22 قارچ غربالگری شده، دو جدایه Alternaria alternata و Retroconis sp با بیشترین میزان تولیدآنزیم لاکاز شناسایی شدند. دو جدایه با استفاده از تکثیرPCR و تعیین توالی ناحیه ITS DNA ریبوزومی و همچنین خصوصیات مورفولوژیک شناسایی شدند. میزان تولید لاکاز جدایه¬ها در شرایط هوادهی و سکون بررسی شد. مطالعه بر روی این جدایه¬ها نشان داد که شرایط هوادهی و سکون اثرات متفاوتی در میزان تولید لاکاز ازاین جدایه¬ها داشت.
مقاله پژوهشی
ایمان صادقی؛ مهرداد بهمنش؛ مظفر شریفی؛ بهرام محمد سلطانی؛ نجمه احمدیان چاشنی
دوره 27، شماره 3 ، پاییز 1393، صفحه 399-405
چکیده
قرن هاست که از شیمی درمانی برای درمان سرطان استفاده می شود. داروها و ترکیبات مختلفی در شیمی درمانی استفاده می شود که هر کدام برای نوع خاصی از سرطان استفاده می شود. در این بین ترکیبات گیاهی از جمله لیگنان ها، مدت هاست که در پزشکی و داروسازی مورد استفاده قرار می گیرند. پودوفیلوتوکسین یکی از اعضای خانواده لیگنان ها بوده که عمدتا از گونه ...
بیشتر
قرن هاست که از شیمی درمانی برای درمان سرطان استفاده می شود. داروها و ترکیبات مختلفی در شیمی درمانی استفاده می شود که هر کدام برای نوع خاصی از سرطان استفاده می شود. در این بین ترکیبات گیاهی از جمله لیگنان ها، مدت هاست که در پزشکی و داروسازی مورد استفاده قرار می گیرند. پودوفیلوتوکسین یکی از اعضای خانواده لیگنان ها بوده که عمدتا از گونه های جنس Podophyllum استخراج می شود. این ترکیب دارای خواص بیولوژیکی مختلفی از جمله خاصیت ضد ویروسی، ضد قارچی و ضد توموری است. از خاصیت ضد توموری آن در درمان تومورهایی مانند تومور Wilms و تومورهای دستگاه تناسلی استفاده می شود. هم چنین نشان داده شده است که پودوفیلوتوکسین باعث القای آپوپتوز رده سلولی کارسینومای تخمدان (Hela) می شود. تاکنون گزارشی درباره تاثیر پودوفیلوتوکسین روی سلول های رده کارسینومای مثانه و از جمله 5637 داده نشده است. ما در این مطالعه به بررسی تاثیر پودوفیلوتوکسین روی بقای سلولی و آپوپتوز سلول های 5637 پرداختیم و نشان دادیم که پودوفیلوتوکسین باعث القای آپوپتوز و مرگ این سلول ها می شود.به نظر میرسد که پودوفیلوتوکسین می تواند به عنوان ماده فعالی برای القای آپوپتوز سلول های سرطانی استفاده شود.
مقاله پژوهشی
فریبا محسن زاده
دوره 27، شماره 3 ، پاییز 1393، صفحه 406-417
چکیده
آلودگی¬ نفتی از مهم ترین آلودگی¬های خاک می¬باشد. زیست پالایی، فن¬آوری موثر و کاربردی جهت پاکسازی خاک¬های آلوده است. برخی از میکروارگانیسم¬ها قابلیت زیست پالائی ترکیبات¬نفتی را دارند. در این پژوهش جهت بررسی باکتری های بومی دارای قابلیت تجریه زیستی نفت خام در مناطق سردسیر، شهر تبریز به عنوان نماینده ای از مناطق سردسیر ایران ...
بیشتر
آلودگی¬ نفتی از مهم ترین آلودگی¬های خاک می¬باشد. زیست پالایی، فن¬آوری موثر و کاربردی جهت پاکسازی خاک¬های آلوده است. برخی از میکروارگانیسم¬ها قابلیت زیست پالائی ترکیبات¬نفتی را دارند. در این پژوهش جهت بررسی باکتری های بومی دارای قابلیت تجریه زیستی نفت خام در مناطق سردسیر، شهر تبریز به عنوان نماینده ای از مناطق سردسیر ایران انتخاب گردید. نمونه های خاک آلوده از مناطق آلوده پالایشگاه تبریز جمع آوری و باکتری¬های آن ها با نفت خام سازگار گردید. سپس باکتری های موجود در نمونه، جداسازی، دسته بندی و شناسائی گردید. میزان رشد هر سوش باکتریائی از طریق اندازه گیری کدورت حاصله از رشد باکتری ها ، و راندمان حذف نفت از طریق انحلال نفت خام باقیمانده در یک حلال آلی و سپس تبخیر حلال و اندازه گیری میزان نفت خام باقیمانده، در غلظت¬های مختلف نفت خام در مدت یک ماه، برآورد گردید. در این تحقیق 7 گونه مختلف باکتریائی سازگار با نفت خام، یافت شد. بیشترین راندمان حذف توسط باکتری سودوموناس ائروژنز، در غلظت 5/0% نفت خام معادل 5/89% برآورد گردید. با توجه به نتایج چنین استنباط گردید که حذف زیستی نفت خام توسط فلور باکتریائی خاک، به عنوان یک روش سازگار با محیط¬زیست، جهت پاکسازی خاک¬های آلوده مناطق سردسیر، با راندمان بالا امکان¬پذیر می¬باشد.
مقاله پژوهشی
مازیار محیطی اصلی؛ محمود شیوازاد؛ مجتبی زاغری؛ مریم رضائیان؛ سعید امین زاده
دوره 27، شماره 3 ، پاییز 1393، صفحه 418-427
چکیده
در آزمایشی اثرات نحوه خوراک‌دهی مرغ‌های مادر گوشتی بر عملکرد تولید مثلی و ریخت‌شناسی تخمدان در سن 42 تا 54 هفتگی، با استفاده از 50 قطعه مرغ مادر گوشتی راس 308 مطالعه شد. مرغ‌ها به طور تصادفی به دو گروه تغذیه محدود (160 گرم در روز) و آزاد (208 گرم در روز) تقسیم شدند. در پایان، مرغ‌های گروه تغذیه آزاد 630 گرم وزن بیشتری نسبت به گروه محدودیت غذایی ...
بیشتر
در آزمایشی اثرات نحوه خوراک‌دهی مرغ‌های مادر گوشتی بر عملکرد تولید مثلی و ریخت‌شناسی تخمدان در سن 42 تا 54 هفتگی، با استفاده از 50 قطعه مرغ مادر گوشتی راس 308 مطالعه شد. مرغ‌ها به طور تصادفی به دو گروه تغذیه محدود (160 گرم در روز) و آزاد (208 گرم در روز) تقسیم شدند. در پایان، مرغ‌های گروه تغذیه آزاد 630 گرم وزن بیشتری نسبت به گروه محدودیت غذایی داشتند. مرغ‌هایی که به طور آزاد تغذیه می‌شدند، 3/23 درصد افت تولید تخم‌مرغ را در دو هفته اول آزمایش نشان دادند. وزن تخم‌مرغ تولیدی مرغ‌های مادری که به طور آزاد تغذیه می‌شدند طی 5 هفته ابتدای آزمایش به سرعت افزایش و سپس این روند به کندی ادامه یافت. درصد باروری و جوجه‌درآوری در مرغ‌های با تغذیه آزاد کاهش معنی‌داری را نسبت به گروه محدودیت غذایی داشت (05/0≥P). تعداد فولیکول‌های تحلیل‌رفته و نوع سه در مرغ‌های گروه تغذیه آزاد بیشتر بود (05/0≥P) و وزن مجرای تخم‌گذاری در گروه تغذیه آزاد کمتر بود (05/0≥P). وزن چربی محوطه بطنی، وزن کبد، درصد چربی کبد و درصد کلسترول کبد در گروه تغذیه آزاد نسبت به گروه تغذیه محدود به طور معنی‌داری بیشتر بود (05/0≥P). در بررسی میکروسکوپی بافت کبد مرغ‌هایی که به طور آزاد تغذیه شده بودند واکوئل‌های بزرگی از چربی در کبد مشاهده شد در حالی‌که گروه با تغذیه محدود فاقد چنین واکوئل‌هایی بودند. نتایج نشان می‌دهند که تغذیه آزاد مرغ‌های مادر با افزایش ذخایر چربی در محوطه بطنی و کبد سبب کاهش عملکرد تولید مثلی در آنها می‌شود.
مقاله پژوهشی
سهیلا منتصری؛ نصرالله مقدم چرکری؛ فاطمه زارع میرک آباد
دوره 27، شماره 3 ، پاییز 1393، صفحه 428-437
چکیده
مولکول RNA نقش مهم و اساسی در فرآیندهای زیستی ایفا می¬کند. در بیشتر مواقع، عملکرد RNAها توسط ساختار آنها مشخص می¬شود. با توجه به پیچیدگی و هزینه بر بودن روش¬های آزمایشگاهی برای پیشگویی ساختار RNAها، از روش¬های محاسباتی استفاده می¬گردد. الگوریتم¬های متنوعی جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول RNA وجود دارد. در این مقاله، یک الگوریتم ...
بیشتر
مولکول RNA نقش مهم و اساسی در فرآیندهای زیستی ایفا می¬کند. در بیشتر مواقع، عملکرد RNAها توسط ساختار آنها مشخص می¬شود. با توجه به پیچیدگی و هزینه بر بودن روش¬های آزمایشگاهی برای پیشگویی ساختار RNAها، از روش¬های محاسباتی استفاده می¬گردد. الگوریتم¬های متنوعی جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول RNA وجود دارد. در این مقاله، یک الگوریتم ژنتیک بنام RNAG جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول RNA براساس حداقل انرژی آزاد ارائه می¬شود. در این الگوریتم، هر فرد از جمعیت شامل تعدادی ساقه می¬باشد. افراد براساس مقدار برازندگی حداقل انرژی آزاد شده از ساقه¬ها و حلقه¬ها به¬ترتیب صعودی رتبه¬بندی شده و در ادامه به¬ترتیب عملگرهای تقاطع و جهش روی آنها برای ایجاد نسل بعد اجرا می¬گردد. فرآیند تولید نسل تا زمان تولید یک فرد با حداقل انرژی آزاد مناسب ادامه می¬یابد. در پایان این فرد به¬عنوان ساختار دوم بهینه در نظر گرفته می¬شود. الگوریتم پیشنهادی روی تعدادی از RNAها در باکتری¬ها اجرا می¬گردد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان می¬دهد که الگوریتم RNAG در مقایسه با سایر روش¬های مشابه دارای دقت بسیار بالا است.
مقاله پژوهشی
مهرو وهابی؛ شاهرخ صفریان؛ سید جلال زرگر؛ لعیا علی اصغری
دوره 27، شماره 3 ، پاییز 1393، صفحه 438-452
چکیده
دی‌متیل‌سولفوکسید (DMSO) یکی از حفاظت‌کننده‌های سرمایی است که در زمان انجماد و نگهداری طولانی مدت سلول‌ها مورد استفاده قرار می‌گیرد. در این مطالعه، ساز و کار حفاظتی این ماده در رابطه با مسیرهای بقای سلولی و اتوفاژی مد نظر قرار گرفته است. بررسی سطح بیان ژن‌های دخیل در اتوفاژی با استفاده از Real time RT-PCR نشان داد که در پایین‌ترین غلظت ...
بیشتر
دی‌متیل‌سولفوکسید (DMSO) یکی از حفاظت‌کننده‌های سرمایی است که در زمان انجماد و نگهداری طولانی مدت سلول‌ها مورد استفاده قرار می‌گیرد. در این مطالعه، ساز و کار حفاظتی این ماده در رابطه با مسیرهای بقای سلولی و اتوفاژی مد نظر قرار گرفته است. بررسی سطح بیان ژن‌های دخیل در اتوفاژی با استفاده از Real time RT-PCR نشان داد که در پایین‌ترین غلظت از DMSO ژن‌های دخیل در مسیر اتوفاژی (atg5، lc3، beclin1، dram و p53) افزایش بیان مییابند و به همین علت، با راه افتادن اتوفاژی مرگ، سلول‌ها توان حیاتی پایینتری را در قیاس با سلولهایی که در غلظتهای بالاتر از مادهی حفاظتکنندهی سرمایی منجمد شدهاند دارا میباشند. افزایش توان حیاتی سلول‌ها در غلظتهای بالاتر DMSO (بالاتر از 10%) به خاطر تبدیل اتوفاژی مرگ به اتوفاژی بقا روی میدهد که با افزایش سطح بیان ژن‌های مسیر AKT/mTOR مورد ﺗﺄیید قرار گرفته است. مطالعه‌ی همزمان اتوفاژی و مسیر AKT/mTOR میتواند به عنوان یکی از روشهای تفکیک اتوفاژی مرگ و بقا تلقی و استفاده گردد.
مقاله پژوهشی
جعفر همت؛ باقر یخچالی؛ علی اصغر کارخانه؛ مهناز مظاهری اسدی؛ سوذابه کریمی
دوره 27، شماره 3 ، پاییز 1393، صفحه 453-461
چکیده
در این تحقیق بیان پروتئین هسته ای بالغ ویروس هپاتیت C (HCVC173) منطبق با ایزوتیپ a ویروسی موجود در ایران در اشرشیا کلی بررسی گردید. پروتئین مزبور با وزن ملکولی 20 کیلودالتون به مقدار قابل توجه تا 18% پروتئین میزبانی بیان گردید. که به طور عمده به صورت نامحلول (به صورت اینکلوژن بادی) در سیتوزول باکتری مشاهده شد. تمایل به تجمع شدن به هنگام انجام ...
بیشتر
در این تحقیق بیان پروتئین هسته ای بالغ ویروس هپاتیت C (HCVC173) منطبق با ایزوتیپ a ویروسی موجود در ایران در اشرشیا کلی بررسی گردید. پروتئین مزبور با وزن ملکولی 20 کیلودالتون به مقدار قابل توجه تا 18% پروتئین میزبانی بیان گردید. که به طور عمده به صورت نامحلول (به صورت اینکلوژن بادی) در سیتوزول باکتری مشاهده شد. تمایل به تجمع شدن به هنگام انجام فرآیند بازتاخوردگی پروتئین محلول شده پدیده غالب غیر قابل انتظار بود. ارزیابی نرم افزاری پروتئین هسته ای دو ناحیه مستعد بی نظمی در پروتئین HCVC173 را پیش بینی کرد که ممکن است از دلایل مجتمع شدن آن باشد. بنابراین پروتئین هدف دارای وِیژگی های انواع پروتئین های بدون ساختار است. این یافته می تواند تمایل قابل توجه این پروتئین را به تجمع حین بازتاخوردگی توجیه کند. به علاوه راهکار ارائه شده در این پژوهش حداقل راه حلی بر غلبه بر محدودیت بیان فرم بالغ این پروتئین است.
مقاله پژوهشی
فرزانه مجیری؛ احمد اسماعیلی؛ فرهاد نظریان فیروزآبادی؛ رضا مؤمنی
دوره 27، شماره 3 ، پاییز 1393، صفحه 462-472
چکیده
آویشن کرک¬آلود (Thymus pubescens) یکی از گیاهان دارویی خانواده نعناعیان است. با توجه به مشکلات اصلاحی گیاهان دارویی، استفاده از نشانگرها در بررسی تنوع ژنتیکی آنها ابزار قدرتمندی محسوب می¬شود. در این تحقیق جهت تعیین تنوع ژنتیکی آویشن¬های کرک¬آلود از 30 آغازگر نیمه¬تصادفی از دو گروه آغازگرهای اینترونی و اگزونی استفاده شد. پس از مشاهده ...
بیشتر
آویشن کرک¬آلود (Thymus pubescens) یکی از گیاهان دارویی خانواده نعناعیان است. با توجه به مشکلات اصلاحی گیاهان دارویی، استفاده از نشانگرها در بررسی تنوع ژنتیکی آنها ابزار قدرتمندی محسوب می¬شود. در این تحقیق جهت تعیین تنوع ژنتیکی آویشن¬های کرک¬آلود از 30 آغازگر نیمه¬تصادفی از دو گروه آغازگرهای اینترونی و اگزونی استفاده شد. پس از مشاهده محصولهای واکنش زنجیره¬ای پلیمراز بر روی ژل آگارز و امتیازدهی باندهای DNA، تجزیه و تحلیل با نرم¬افزار DARwin5 انجام شد. کل آغازگرها 96 درصد چندشکلی نشان داد. بیشترین میزان اطلاعات چندشکلی و شاخص نشانگر در آغازگرهای اینترونی و اگزونی را به ترتیب آغازگرهایIT18-1 و ET12-27 تشکیل دادند. در هر دو گروه آغازگرها بیشترین شباهت ژنتیکی را دو توده با منشأ جغرافیایی یکسان تشکیل دادند و گروه¬بندی تجزیه خوشه¬ای با گروه¬بندی تجزیه مولفه¬های اصلی همخوانی داشت. نتایج نشان داد که آغازگرهای اینترونی بهتر از آغازگرهای اگزونی توانسته توده-های آویشن کرک¬آلود را از هم تفکیک کنند.
