پژوهش‌های سلولی و مولکولی(مجله زیست شناسی ایران)

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

1. بررسی بیان ژن‌های NAC6 و NAC10 بر روی گیاه تراریخت و غیر تراریخت برنج

کبری عرب؛ رودابه راوش؛ بهروز شیران

دوره 35، شماره 1 ، بهار 1401، صفحه 29-43

چکیده

پروتئین‌های متصل شونده به عناصر پاسخ دهنده به تنش خشکی از اهمیت ویژه ای در بالا بردن مقاومت گیاه به تنش خشکی برخوردارند. در این تحقیق با هدف تعیین تفاوت بیان فاکتورهای رونویسی در بافت های مختلف، بیان ژن‌های کد کننده عوامل رونویسی NAC10 و NAC6 در برنج تحت تنش خشکی در بافت‌های برگ و بساک مورد بررسی قرار گرفتند. بذور گیاه تراریخته برنج و ... بیشتر پروتئین‌های متصل شونده به عناصر پاسخ دهنده به تنش خشکی از اهمیت ویژه ای در بالا بردن مقاومت گیاه به تنش خشکی برخوردارند. در این تحقیق با هدف تعیین تفاوت بیان فاکتورهای رونویسی در بافت های مختلف، بیان ژن‌های کد کننده عوامل رونویسی NAC10 و NAC6 در برنج تحت تنش خشکی در بافت‌های برگ و بساک مورد بررسی قرار گرفتند. بذور گیاه تراریخته برنج و غیر تراریخته رقم Nipponbare کشت شدند و از بافت‌های برگ و بساک در مرحله میکروسپور جوان در زمانهای مختلف پس از قطع آبیاری، نمونه برداری صورت گرفت. آنالیز پروموتر انجام شد و دو فاکتورهای رونویسی از خانواده NAC انتخاب شدند. مقایسه بیان داده‌های ژن های سنتز کننده فاکتورهای رونویسی به وسیله Real-time PCR از طریق روش دلتا دلتا سی تی انجام گرفت. نتایج حاصل از این بررسی نشان داد که ژنهای NAC10 و NAC6 در برنج، هر دو در بافت‌های بساک و برگ بیان می‌شوند و بیان این ژن‌ها تحت تنش خشکی بطور معنی داری افزایش یافته است که بیشترین مقدار بیان هر دو فاکتور رونویسی مربوط به بافت بساک بوده است، بیشترین مقدار بیانی NAC10 مربوط به بساک گیاه غیر تراریخت در حدود 70 برابر حالت کنترل بود و بیشترین مقدار بیانی NAC6 مربوط به بساک گیاه تراریخت به مقدار 60 برابر حالت کنترل و در هر دو مورد بیشترین بیان در زمان 24 ساعت پس از شروع تنش رخ داده است. این نتایج حاکی از نقش مهم این فاکتور‌ها در بافت بساک گیاه برنج در هنگام مواجه شدن با تنش خشکی می باشد.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی

2. استخراج و شناسایی یک پپتید فعال زیستی جدید حاصل از هیدرولیزات کرم سفید ریشه

عسل خواجه پور زاوه؛ احمد آسوده؛ حسین نادری منش

دوره 35، شماره 1 ، بهار 1401، صفحه 1-15

چکیده

امروزه، پپتیدهای فعال زیستی به دلیل گسترش فراوان، سنتز آسان ، نداشتن عواض جانبی و انباشته نشدن در کلیه‏ها و کبد به عنوان جایگزین مناسب برای داروهای شیمیایی مطرح هستند. حشرات با داشتن تنوع بالا و موفقیت در تمامی زیستگاه‏ها منبع خوبی برای استخراج پپتید های فعال زیستی هستند. این مطالعه با هدف استخراج و خالص سازی پپتید فعال زیستی از ... بیشتر امروزه، پپتیدهای فعال زیستی به دلیل گسترش فراوان، سنتز آسان ، نداشتن عواض جانبی و انباشته نشدن در کلیه‏ها و کبد به عنوان جایگزین مناسب برای داروهای شیمیایی مطرح هستند. حشرات با داشتن تنوع بالا و موفقیت در تمامی زیستگاه‏ها منبع خوبی برای استخراج پپتید های فعال زیستی هستند. این مطالعه با هدف استخراج و خالص سازی پپتید فعال زیستی از هیدرولیزات کرم سفید ریشه انجام شد. پپتیدهای فعال زیستی حاصل از هیدرولیزات کرم سفید ریشه با استفاده از آنزیم های پاپائین ، پانکراتین ، پروتئیناز K-و تریپسین تولید شدند. نتایج بدست آمده نشان داد که هیدرولیزات پاپاپین در زمان 4 ساعت دارای بیشترین توانایی در حذف رادیکال های DPPH است(21%(. این هیدرولیزات توسط فاز معکوس کروماتوگرافی مایع با کارایی بالا جداسازی شد. فرکشن دارای بیشترین فعالیت آنتی اکسیدانی جداسازی و توسط طیف سنجی جرمی با توالی پپتیدیYPQSLRWRAK (6/1304 دالتون با نام Po-1) شناسایی شد. فعالیت حذف رادیکال های DPPH پپتید سنتتیک در 100 میکرومولار به مقدار 41/54 % رسید و مقدار IC50 پپتید در حذف رادیکال های DPPH، 45/76 میکرومولاربود در حالی که ترکیبات طبیعی ویتامینC و گلوتاتیون احیاء شده دارای مقادیر IC50 به ترتیب برابر با 27/3 و 96/9 میکرومولار بودند. نتایج نشان می دهد که پپتید فعال زیستی Po-1 دارای خاصیت آنتی اکسیدانی است که می‌تواند به عنوان ترکیب طبیعی در طراحی دارو در آینده استفاده شود.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیولوژی سلولی

3. بررسی اثرات سایتوتوکسیک تستوسترون بر رده سلولی سرطان کولون (HCT) و ارزیابی فعالیت کاسپازهای 3، 8 و 9

ندا امانی؛ مهرداد شریعتی؛ رحیم احمدی؛ سعید خاتم ساز؛ مختار مختاری

دوره 35، شماره 1 ، بهار 1401، صفحه 44-59

چکیده

پیشینه و هدف: مطالعات نشان داده اند که استروییدهای جنسی بر تکثیر سلول های سرطانی در سطح سلولی و مولکولی تاثیرگذارند. این مطالعه به بررسی اثرات ضد تکثیری تستوسترون بر رده سلولی سرطان کلون (HCT) و ارزیابی فعالیت کاسپازهای 3، 8 و 9 می پردازد.روش بررسی: در این مطالعه آزمایشگاهی سلول های HCT به گروه شاهد (عدم مواجهه با هورمون) و گروه های تیمار ... بیشتر

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوشیمی

4. بررسی عملکرد میکروارگانیسم خاکزی مولد آنزیم ارگانوفسفات هیدرولاز درسم زدایی ترکیبات ارگانوفسفره (دیازینون) و ارزیابی خواص کینتیکی آن

محمد حاجی ابوالحسنی؛ عباس صاحبقدم لطفی

دوره 35، شماره 1 ، بهار 1401، صفحه 60-74

چکیده

ترکیبات ارگانوفسفره نظیردیازینون بدلیل ویژگیهای منحصربفردخود بطوروسیعی بعنوان آفت کش وحشره کش درکشاورزی مورداستفاده قرارمی گیرند. آنزیم ارگانوفسفات هیدرولاز(OPH) بطور موثری طیف وسیعی از ترکیبات استری ارگانوفسفاتهارا هیدرولیز می نماید. دراین تحقیق با استفاده ازدو تکنیک غنی سازی محیط کشت و حداکثرتکرار دررقت سازی، میکروارگانیسم ... بیشتر ترکیبات ارگانوفسفره نظیردیازینون بدلیل ویژگیهای منحصربفردخود بطوروسیعی بعنوان آفت کش وحشره کش درکشاورزی مورداستفاده قرارمی گیرند. آنزیم ارگانوفسفات هیدرولاز(OPH) بطور موثری طیف وسیعی از ترکیبات استری ارگانوفسفاتهارا هیدرولیز می نماید. دراین تحقیق با استفاده ازدو تکنیک غنی سازی محیط کشت و حداکثرتکرار دررقت سازی، میکروارگانیسم تجزیه کننده دیازینون از نمونه های تیمار شده بادیازینون (مزارع شالیکاری)، جداسازی وباانجام تستهای مورفولوژیکی وبیوشیمیایی شناسایی شد.سپس آنزیم ازسویه باکتریایی استخراج و بترتیب بااستفاده ازرسوب دهی باسولفات آمونیوم وکروماتوگرافی تعویض یونی تخلیص گردید. خلوص آنزیم بااستفاده ازالکتروفورزSDS-PAGE تاییدووزن مولکولی آن نیز توسط مارکرپروتئینی مشخص وخواص کینتیکی آن بررسی گردید.بااستفاده ازتکنیک غنی سازی محیط کشت و افزایش عامل تجزیه زیستی نمونه های تیمارشده بادیازینون، زمان هیدرولیز آنزیمی باکاهش قابل توجهی به کمتراز10ساعت تقلیل یافت. متابولیت اصلی حاصل ازهیدرولیزآنزیمی دیازینون،-2 ایزو پروپیل--6 متیل-4-هیدروکسی پیریمیدین (IMHP) بااستفاده ازدوتکنیک کروماتوگرافی لایه نازک (TLC) و اسپکتروفتومتری شناسایی گردید. IMHP درمقایسه بادیازینونسمیت کمتری دارد. آنزیم OPH به میزان 48/57 مرتبه، بافعالیت ویژه 44/16 واحددر میلیگرم پروتئین ازمحلول عصاره آنزیمی وبازده4/11درصد ووزن مولکولی تقریبیKD40خالص سازی شد. دما وpH بهینه برای ماکزیمم فعالیت آنزیم بترتیب برابر Cͦ 37 و 5/8 بود. علاوه براین غلظت سوبسترا تاM05/0ویونهای فلزیCa+2, Co+2 به ترتیب 119و106درصد تاثیر مثبت برفعالیت آنزیم داشتند. پارامترهای ثابت میکائیلیس(Km) وحداکثر سرعت آنزیم(Vmax) برای دیازینون بعنوان سوبسترای واکنش بترتیب برابربا Mµ2/434 و Mµ3/107 دردقیقه محاسبه گردید. نتیجه اینکه آنزیم OPH بافعالیت تدریجی و موثر خود علاوه بر سم زدایی، می تواند نقشی کلیدی درآزادسازی فسفات برای تولیدکودزیستی ایفاءکند.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

5. طراحی،کلونینگ، بیان و خالص سازی پپتید هیستاتین 3 جهش یافته و بررسی اثرات ضد میکروبی آن

زهرا توکلی؛ بهناز صفار؛ کریم مهنام؛ روح الله همتی

دوره 35، شماره 1 ، بهار 1401، صفحه 75-88

چکیده

پپتیدهای ضدمیکروبی اهداف مطلوبی به عنوان آنتی‌بیوتیک‌های جدید هستند. پپتیدهای هیستاتین،‌ پپتیدهای غنی از اسید آمینه هیستیدین هستند که به یک خانواده از پپتیدهای ضد میکروبی تعلق دارند. هیستاتین 3 انسانی، از نظر عملکردی هم خاصیت ضدمیکروبی و هم خاصیت التیام زخم دارد. در این پژوهش، طراحی جهش پپتید هیستاتین3 انجام شد. سپس به‌منظور تولید ... بیشتر

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوشیمی

6. مطالعه تاثیر فلز کادمیوم بر فعایت آنزیم پروتئاز باکتری Pseudomonas aeruginosa

ندا سزاوار؛ داریوش مینایی تهرانی

دوره 35، شماره 1 ، بهار 1401، صفحه 89-104

چکیده

کادمیوم یک فلز سنگین است که در صنعت مورد استفاد قرار می گیرد. این فلز از طریق پساب کارخانجات وارد آب و خاک شده و سبب آلودگی محیط زیست و در نتیجه تاثیر بر رشد گیاهان و میکروارگانیسمها می شود. کادمیوم می تواند با تاثیر بر آنزیمهای سلولی سبب اختلال در متابولیسم شود. Pseudomonas aeruginosa از باکتریهای خاک می باشد که در حذف آلودگیهای هیدروکربنی از ... بیشتر کادمیوم یک فلز سنگین است که در صنعت مورد استفاد قرار می گیرد. این فلز از طریق پساب کارخانجات وارد آب و خاک شده و سبب آلودگی محیط زیست و در نتیجه تاثیر بر رشد گیاهان و میکروارگانیسمها می شود. کادمیوم می تواند با تاثیر بر آنزیمهای سلولی سبب اختلال در متابولیسم شود. Pseudomonas aeruginosa از باکتریهای خاک می باشد که در حذف آلودگیهای هیدروکربنی از قبیل آلودگیهای نفتی و پسابهای صنعتی نقش دارد. ورود کادمیوم به همراه پساب های صنعتی می تواند توانمندی این باکتری را در حذف آلودگی ها تحت تاثیر قرار دهد. در این مطالعه تاثیر حضور فلز کادمیوم بر رشد و تکثیر باکتری P. aeruginosa و تاثیر آن بر فعالیت آنزیم پروتئاز مطالعه گردید. نتایج نشان داد که حضور کادمیوم در محیط کشت سبب کاهش بیومس و فعالیت پروتئاز ترشح شده در محیط، شده است. تاثیر حضور منابع مختلف نیتروژن برای فعال کردن ترشح پروتئاز در محیط کشت، بررسی شد و مشخص شد نوترینت برات بیشترین تاثیر را در فعال کردن پروتئاز دارد. تاثیر غلظتهای مختلف کادمیوم بر پروتئاز استخراج شده مشخص نمود که کادمیوم می تواند سبب کاهش فعالیت آنزیم استخراج شده شود. مقدار IC50 در حدود 1/0 میلی مولار بدست آمد. pH و دمای اپتیمم آنزیم به ترتیب 9 و 40 درجه بدست آمد که حضور کادمیوم سبب کاهش فعالیت آنزیم در این pH و دما شد. در نهایت نتایج مشخص نمود که حضور کادمیوم نه تنها می تواند رشد باکتری را تحت تاثیر قرار دهد، بلکه سبب کاهش فعالیت آنزیم پروتئاز نیز میشود.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی ژنتیک

7. کارایی نشانگر مولکولی SCoT در بررسی روابط ژنتیکی میان گونه‌های دیپلوئید جنس Aegilops و Triticum

علی اشرف مهرابی؛ هومن شیروانی

دوره 35، شماره 1 ، بهار 1401، صفحه 105-121

چکیده

تنوع و روابط ژنتیکی 25 جمعیت از‌ پنج گونه دیپلوئید جنس‌های Aegilops و Triticum با استفاده از 15 آغازگر SCoT مورد بررسی قرار گرفت که 12 آغازگر دارای باندهای قابل امتیاز بودند. بر اساس پارامترهای نشانگری PIC، RP، EMR و MI آغازگرهای SC6، SC11، SC63 و SC20 که میزان بالایی را نشان دادند، برای آنالیز مجموعه ژرم پلاسم گونه‌های Aegilops و Triticum در تحقیقات بعدی معرفی گردیدند. ... بیشتر

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی ژنتیک

8. چندشکلی جایگاه ژنی MHC-DAB II در ماهی فیتوفاگ (Hypophthalmicthys molitrix) تکثیرشده به روش نیمه طبیعی

الهام جرفی؛ محمدرضا کلباسی؛ مجید صادقی زاده

دوره 35، شماره 1 ، بهار 1401، صفحه 122-136

چکیده

ماهی فیتوفاگ (Hypophthalmichthys molitrix) با اختصاص بخش اعظم تولید ماهیان آب شیرین، جایگاه ویژه ای در صنعت آبزی پروری کشور دارد. روش رایج برای تکثیر این گونه در کشورمان، روش نیمه-طبیعی است که یکی از بارزترین ویژگیهای آن فراهم شدن فرصت انتخاب جفت برای مولدین می باشد. با توجه به اهمیت مجموعه ژنی MHC در بروز رفتارهای جنسی و نقش تاریخی آن در پروسه تکامل ... بیشتر ماهی فیتوفاگ (Hypophthalmichthys molitrix) با اختصاص بخش اعظم تولید ماهیان آب شیرین، جایگاه ویژه ای در صنعت آبزی پروری کشور دارد. روش رایج برای تکثیر این گونه در کشورمان، روش نیمه-طبیعی است که یکی از بارزترین ویژگیهای آن فراهم شدن فرصت انتخاب جفت برای مولدین می باشد. با توجه به اهمیت مجموعه ژنی MHC در بروز رفتارهای جنسی و نقش تاریخی آن در پروسه تکامل موجودات زنده به ویژه از لحاظ مسایل ایمنی، الگوهای تنوع این جایگاه ژنی بین دو نسل از ماهی فیتوفاگ پرورشی مورد مطالعه قرار گرفت. تعداد 33 مولد نر و ماده فیتوفاگ در قالب دو گروه مستقل به روش نیمه طبیعی تکثیر شده و لاروهای حاصل از هر گروه نمونه برداری گردید. با استفاده از داده های ثبت شده در بانک ژن جهانی و طراحی پرایمر مناسب، جایگاه ژنی MHC-DAB در مولدین و لاروهای حاصله با روش SSCP مورد بررسی قرار گرفت. آنالیز فراوانی شش الگوی ژنوتیپی متفاوت به دست آمده در بین گروه ها بیانگر افزایش سطح هتروزیگوسیتی مشاهده شده (1) در برابر مقدار قابل انتظار (660/0-709/0) بوده است. انحراف از تعادل هاردی-وینبرگ در غالب گروه های مورد بررسی مشاهده شد و بخش عمده واریانس ژنتیکی به اختلافات درون فردی اختصاص یافت. الگوی توزیع ژنتیکی و تنوع بالای جایگاه MHC-DAB همزمان با حفظ تعداد الل ها در میان لاروها در مقایسه با والدین بیانگر جریان انتخاب مثبت می باشد.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوفیزیک

9. شبیه سازی دینامیک مولکولی آنزیم استیل کولین استراز در حضور نانوذرات طلا

فرامرز مهرنژاد؛ حنانه اکبرنژاد؛ محمد برشان تشنیزی؛ رضا حسن ساجدی

دوره 35، شماره 1 ، بهار 1401، صفحه 137-151

چکیده

خواص ویژه نانوذرات و برهمکنش آنها با مولکول های زیستی توجه بسیاری از محققان را به خود جلب کرده است. هنگامی که نانوذرات طلا به بدن وارد می‌شوند، با مولکول‌های زیستی مختلف مانند پروتئین‌ها، لیپید‌ها، پلی ساکارید‌ها، و اسید‌های نوکلئیک مواجه می‌شوند. پروتئین‌هامی‌توانند به راحتی به سطح نانوذرات طلا متصل شده و در اطراف نانوذرات ... بیشتر خواص ویژه نانوذرات و برهمکنش آنها با مولکول های زیستی توجه بسیاری از محققان را به خود جلب کرده است. هنگامی که نانوذرات طلا به بدن وارد می‌شوند، با مولکول‌های زیستی مختلف مانند پروتئین‌ها، لیپید‌ها، پلی ساکارید‌ها، و اسید‌های نوکلئیک مواجه می‌شوند. پروتئین‌هامی‌توانند به راحتی به سطح نانوذرات طلا متصل شده و در اطراف نانوذرات طلا تشکیل یک پروتئین کرونا دهند. شکل‌گیری کرونا می‌تواند ساختار پروتئین‌های جذب شده را تغییر دهد و در عملکرد فیزیولوژیک آن‌ها اختلال ایجاد کند. بنابر‌این مطالعه برهمکنش‌های نانوذرات طلا و پروتئین‌ها می‌تواند نقطه آغاز مطالعات اثرات زیستی این نانوذرات محسوب ‌شود. در این تحقیق، نظر به نقش‌های کلیدی آنزیم استیل‌کولین استراز در سیستم عصبی و کاربرد‌های متعدد نانوذرات طلا در حوزه‌های مختلف، نحوه برهمکنش نانوذرات طلا با آنزیم استیل‌کولین استراز با استفاده از شبیهسازی دینامیک مولکولی مطالعه شده است. نتایج حاصل از بررسی ساختار دوم، RMSD و شعاع ژیراسیون نشان‌دهنده‌ی القای فشردگی در ساختار پروتئین به واسطه‌ی حضور نانوذرات طلا می‌باشد. همچنین، نتایج حاصل از آنالیز‌های DSSP، نشان‌گر پایداری ساختار دوم آنزیم طی برهمکنش است. باتوجه به نتایج این تحقیق می‌توان نتیجه گرفت نانوذرات طلا در مجاورت با آنزیم استیل کولین استراز، تغییرات کنفورماسیونی قابل توجهی در این پروتئین ایجاد نمی کنند.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

10. تأثیر الگوریتم‌های فراابتکاری در همترازی شبکه‌های مبتنی بر میانکنش پروتئین-پروتئین در پنج گونه زیستی

الهام مهدی پور؛ محمد قاسم زاده

دوره 35، شماره 1 ، بهار 1401، صفحه 152-167

چکیده

از طریق همترازی توالی ژنوم می‌توان دانش زیستی گونه‌های مختلف را به نواحی حفاظت شده‌ی توالی انتقال داد. به‌طور مشابه، از طریق همترازی شبکه زیستی، می‌توان دانش نواحی حفاظت شده‌ی شبکه‌های مولکولی را به نواحی مختلف حفاظت شده‌ی گونه‌های متفاوت انتقال داد. لذا با تکیه بر همترازی شبکه‌های زیستی می‌توان «همسانی مبتنی بر توالی» ... بیشتر از طریق همترازی توالی ژنوم می‌توان دانش زیستی گونه‌های مختلف را به نواحی حفاظت شده‌ی توالی انتقال داد. به‌طور مشابه، از طریق همترازی شبکه زیستی، می‌توان دانش نواحی حفاظت شده‌ی شبکه‌های مولکولی را به نواحی مختلف حفاظت شده‌ی گونه‌های متفاوت انتقال داد. لذا با تکیه بر همترازی شبکه‌های زیستی می‌توان «همسانی مبتنی بر توالی» را به «همسانی مبتنی بر شبکه» تعمیم داد. کشف همترازی شبکه‌ها به جهت کاربردهای آن، مانند کشف داروهای جدید، ردیابی روند پیشرفت بیماری‌ها و یا پیش‌بینی رفتار کاربران در شبکه‌های اجتماعی، از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. در این رابطه، چالش اصلی این است که یافتن همترازی‌های موجود در دو شبکه، یک مسئله‌ی از مرتبه‌ی «اِن پی-سخت» است. در چنین وضعیتی از راه‌حل‌های تقریبی مانند الگوریتم‌های فراابتکاری که نسبتاً سریع هستند، بهره می‌گیریم. بخش اصلی این پژوهش، مقایسه الگوریتم‌های همترازی شبکه از دیدگاه معیارهای ارزیابی مربوطه، زمان اجرا، میزان مصرف حافظه و میزان پیچیدگی شبکه‌های مورد تست می‌باشد. نتایج آزمایشی از اجرای جدیدترین و مشهورترین الگوریتم‌های مرتبط بر روی مجموعه داده‌ی شبکه‌های زیستی بیوگرید به‌دست‌آمده‌اند. نتایج پیاده‌سازی و ارزیابی حاکی از آن است که با بهره‌گیری از الگوریتم‌های فراابتکاری ژنتیک، میمتیک، بهینه‌سازی توده ذرات، تبرید شبیه‌سازی شده و کلونی مورچگان می‌توان به نتایج ارزشمندی دست یافت. روش‌های یادشده با به‌کارگیری توابع مکاشفه‌ای مناسب، تنها بخش‌های کوچکی از داده‌های قابل جستجو را مورد بررسی قرار می‌دهند، لذا غالباً موفق به کشف پاسخ بهینه و یا قابل‌قبول در زمان کوتاهی می‌شوند.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوشیمی

11. ارتباط کمی ساختار- فعالیت و داکینگ مولکولی بازدارنده های مشتقات پیرازولین بر سیکلواکسیژناز 2 با استفاده از روش های کموانفورماتیک

محمد اسدالهی بابلی؛ مهنوش محمد نظری

دوره 35، شماره 1 ، بهار 1401، صفحه 168-182

چکیده

در پژوهش حاضر مطالعه کمی ساختار-فعالیت خواص بازدارندگی مشتقات پیرازولین به عنوان بازدارنده های ضد التهابی سیکلواکسیژناز-2 با استفاده از روش های مختلف کموانفورماتیک انجام پذیرفته است. یکی از مهم ترین استراتژی ها در طراحی ترکیبات ضد التهابی قوی با کاهش قابل توجه اثرات جانبی، بازداری انتخابی آنزیم سیکلواکسیژناز-2 است. از روش های انتخاب ... بیشتر در پژوهش حاضر مطالعه کمی ساختار-فعالیت خواص بازدارندگی مشتقات پیرازولین به عنوان بازدارنده های ضد التهابی سیکلواکسیژناز-2 با استفاده از روش های مختلف کموانفورماتیک انجام پذیرفته است. یکی از مهم ترین استراتژی ها در طراحی ترکیبات ضد التهابی قوی با کاهش قابل توجه اثرات جانبی، بازداری انتخابی آنزیم سیکلواکسیژناز-2 است. از روش های انتخاب متغییر طبقه بندی و رگرسیون درختی و روش رگرسیون خطی چندگانه قدم به قدم جهت انتخاب مهم ترین توصیف کننده های مولکولی استفاده گردید. مدل نهایی توسط سیستم استنتاج فازی عصبی انطباق پذیر و شبکه عصبی مصنوعی با استفاده از توصیف کننده های مولکولی انتخابی گسترش یافت. نتایج روش های ارزیابی مختلفی همچون ارزیابی متقاطع یکتایی، ارزیابی متقاطع چندتایی و سری پیش بینی نشان دهنده معتبر بودن مدل بدست آمده می باشد. در مرحله بعدی، مطالعات داکینگ مولکولی برای بدست آوردن الگوی اتصال گیرنده – لیگاند انجام شد. نتایج داکینگ مولکولی نشان داد آمینواسید های 44Arg، 46Glu، 465Glu و41Cys مهم ترین نقش را در برهمکنش گیرنده – لیگاند دارند. در مطالعه حاضر، تکنیک‌های مطالعه ارتباط کمی ساختار- فعالیت و داکینگ مولکولی قابل تفسیری برای پیش بینی غلظت بازدارندگی مشتقات پیرازولین استفاده گردید. با استفاده از نتایج حاضر می توان برای پیش بینی غلظت بازداری بازدارنده های آنزیم سیکلواکسیژناز-2 در طراحی دارو با صرف هزینه و زمان کمتر استفاده نمود.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

12. مطالعات مولکولی، بیوانفورماتیکی و تعیین ویژگی های عملکردی آنزیم کتکول 2و3 دی‌اکسیژناز از سویه Aneurinibacillus migulanus Znu12

ثریا محمدزاده؛ نسرین احمدپور؛ زیبا میرزایی؛ وهب جعفریان

دوره 35، شماره 1 ، بهار 1401، صفحه 16-28

چکیده

کتکول2و3 دی‌اکسیژنازها از آنزیم‌های کلیدی در متابولیسم ترکیبات آروماتیک موجود در باکتری‌های خاک می‌باشند که در زیست‌پالایی نقش بسزایی دارند. هدف از پژوهش حاضر، معرفی آنزیم کتکول 2و3 دی‌اکسیژناز جدید و همچنین بررسی بیوانفورماتیکی و بیوشیمیایی آن در حضور سوبستراهای گوناگون و بررسی فعالیت در گستره‌ی گوناگون pH در جهت استفاده وسیع ... بیشتر کتکول2و3 دی‌اکسیژنازها از آنزیم‌های کلیدی در متابولیسم ترکیبات آروماتیک موجود در باکتری‌های خاک می‌باشند که در زیست‌پالایی نقش بسزایی دارند. هدف از پژوهش حاضر، معرفی آنزیم کتکول 2و3 دی‌اکسیژناز جدید و همچنین بررسی بیوانفورماتیکی و بیوشیمیایی آن در حضور سوبستراهای گوناگون و بررسی فعالیت در گستره‌ی گوناگون pH در جهت استفاده وسیع از این دسته آنزیم‌ها در صنعت زیست‌پالایی می‌باشد.برای این منظور، توالی رمزکننده آنزیم کتکول 2و3 دی‌اکسیژناز با روش PCRاز سویه Aneurinibacillus migulanus Znu12استخراج، با شماره دسترسی MN197546.1 در NCBI ثبت و درون وکتور pET28a همسانه سازی گردید. بررسی صحت همسانه سازی و عدم تغییر قالب خوانش با استفاده از تعیین توالی تایید شد. پس از تراریخت نمودن سلول‌های E. coli BL21(DE3) بیان پروتئین با روش SDS-PAGE ارزیابی شد. سپس خالص‌سازی، سنجش و بهینه‌سازی فعالیت آنزیم مورد ارزیابی قرار گرفت.نتایج واکنش PCR بر روی ژل آگاروز بیانگر قطعه‌ی ژنومی 915 جفت‌بازی معادل 304 باقی‌مانده آمینو‌اسیدی می-باشد. الکتروفورز با SDS-PAGE نیز تاییدکننده آنزیم تخلیص‌شده‌ی 34 کیلودالتونی از ستون کرماتوگرافی تمایلی نیکل آگاروز بود. بررسی عملکرد بیوشیمیایی آنزیم نیز نشان داد آنزیم در 2/7=pH دارای100 درصد فعالیت ولی در 4/7=pH فقط 70 درصد فعالیت داشت. بررسی ترجیح سوبسترایی نشان داد که کتکول سوبسترای مطلوب‌تری نسبت به پیروگالول و فنول برای آنزیم بود. بررسی نتایج بیوانفورماتیکی تأییدکننده این ترجیح به علت نوع و موقعیت باقی مانده‌های آمینواسیدی جایگاه فعال آنزیم می باشد.

مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

1. طراحی آزمون PCR جهت تشخیص ویروس هپاتیت B و ارزیابی عملکرد این آزمون در غربالگری مراجعین به سازمان انتقال خون

روح الله نخعی سیستانی؛ سید مهدی سادات الحسینی

دوره 30، شماره 4 ، زمستان 1396، ، صفحه 430-438

چکیده

هپاتیت B از جمله ویروس‌های شایعی است که یکی از راه‌های انتقال آن خون و فرآورده‌های خونی می‌باشد. هدف از این پژوهش طراحی آزمونی است بر اساس واکنش زنجیره‌ای پلی‌مرازی (PCR) که بتوان از آن به منظور تشخیص ویروس هپاتیت B در نمونه‌های بالینی استفاده نمود. در این مطالعه یک نمونه‌ی خون با بار مشخص ویروس تهیه شد تا قابلیت جفت پرایمر طراحی ... بیشتر هپاتیت B از جمله ویروس‌های شایعی است که یکی از راه‌های انتقال آن خون و فرآورده‌های خونی می‌باشد. هدف از این پژوهش طراحی آزمونی است بر اساس واکنش زنجیره‌ای پلی‌مرازی (PCR) که بتوان از آن به منظور تشخیص ویروس هپاتیت B در نمونه‌های بالینی استفاده نمود. در این مطالعه یک نمونه‌ی خون با بار مشخص ویروس تهیه شد تا قابلیت جفت پرایمر طراحی شده در تشخیص ویروس مورد ارزیابی قرار گیرد. همچنین اختصاصیت آن نیز علاوه بر بررسی بیوانفورماتیکی، با آزمون علیه سه ویروس شایع دیگر تا حدی تأیید گردید. همچنین از این روش در غربالگری مراجعین سازمان انتقال خون کاشان نیز استفاده گردید و نتایج آن با نتایج حاصل از روش متداول در این سازمان مقایسه شد. نتایج این مطالعه نشان داد که جفت پرایمر طراحی شده بطور اختصاصی ژنوم ویروس هپاتیت B را تکثیر می‌نماید و حساسیت آن در حدود 100 ذره‌ی ویروس در هر میلی‌لیتر خون است که نزدیک به سه برابر حساس‌تر از روش الایزای متداول در سازمان انتقال خون است. همچنین در نمونه‌های بالینی، نتایج آزمون PCR کاملا مطابقت داشت با نتایج سازمان انتقال خون کاشان پس از انجام آزمون‌های تأییدی. آزمون طراحی شده، فاقد نتایج مثبت کاذب بود که علاوه بر جلوگیری از حذف داوطلبین سالم اهداء خون، در کاهش هزینه‌های سازمان هم می‌تواند نقش بسزایی داشته باشد. بنابراین به نظر می‌رسد بتوان آن را جایگزین روش جاری غربالگری این ویروس نمود که اولا هزینه‌ی انجام آن بسیار پایین‌تر می‌باشد و ثانیا بخشی از واجدین شرایط، از اهداء خون منع نمی‌گردند.

2. نقش رنگیزه های فتوسنتزی و آنزیمهای آنتی اکسیدان در مقابل تنش اکسیداتیو

دوره 26، شماره 3 ، پاییز 1392، ، صفحه 251-265

چکیده

در این پژوهش اثر تنش اکسیداتیو (Oxidative stress) ناشی از تنش خشکی و پیری بر میزان کلروفیل a، کلروفیل b، کاروتنوئیدها، پروتئین زیر واحد بزرگ آنزیم روبیسکو (rbcl)، آنزیمهای آنتی اکسیدان شامل سوپراکسید دیسموتاز (SOD) و آسکوربات پراکسیداز (APX) در مراحل شروع باروری، پرشدن دانه، شیری شدن ثانویه و خمیری نرم در شرایط مزرعه ای در دو ژنوتیپ جو با عملکرد متفاوت ... بیشتر در این پژوهش اثر تنش اکسیداتیو (Oxidative stress) ناشی از تنش خشکی و پیری بر میزان کلروفیل a، کلروفیل b، کاروتنوئیدها، پروتئین زیر واحد بزرگ آنزیم روبیسکو (rbcl)، آنزیمهای آنتی اکسیدان شامل سوپراکسید دیسموتاز (SOD) و آسکوربات پراکسیداز (APX) در مراحل شروع باروری، پرشدن دانه، شیری شدن ثانویه و خمیری نرم در شرایط مزرعه ای در دو ژنوتیپ جو با عملکرد متفاوت (ژنوتیپ Q13 با عملکرد 1390 کیلوگرم در هکتار و ژنوتیپ Q20 با عملکرد 1598 کیلوگرم در هکتار) در گیاهان تحت تیمارهای آبی و خشکی بررسی گردید. نتایج نشان دادند در هر دو ژنوتیپ تغییرات محتوای کلروفیل b به تنش کم آبی حساس تر از کلروفیل a می باشد. مقدار کاروتنوئیدها در ابتدای دوره تنش افزایش پیدا کرد اما با افزایش شدت تنش مقدار آنها کاهش یافت. میزان پروتئین زیر واحد بزرگ آنزیم روبیسکو با افزایش سن گیاه و در اثر تنش خشکی کاهش پیدا کرد. با افزایش سن گیاه فعالیت آنزیم سوپراکسید دیسموتاز در هر دو ژنوتیپ هم در گیاهان تیمار آبی و هم در گیاهان تیمار خشکی کاهش یافت. اما در گیاهان تحت تنش خشکی ژنوتیپ Q13 فعالیت این آنزیم با شدت بیشتری کاهش یافت. فعالیت آنزیم آسکوربات پراکسیداز با افزایش سن گیاهان ژنوتیپ Q13 در هر دو تیمار کاهش پیدا کرد. اما در ژنوتیپ Q20 با افزایش سن گیاهان هر دو تیمار کاهش معنی داری در فعالیت این آنزیم مشاهده نشد. به نظر می رسد توانایی بیشتر ژنوتیپ Q20 در حفظ فعالیت آنزیم سوپراکسید دیسموتاز در زمان تنش کم آبی و افزایش سن گیاه و همچنین حفظ فعالیت آنزیم آسکوربات پراکسیداز در طی مراحل پیری گیاه جو نقش مؤثری در بیشتر بودن عملکرد دانه این ژنوتیپ نسبت به ژنوتیپ Q13 دارد.

بیولوژی سلولی

3. بررسی هیستوپاتولوژی ترمیم زخم های عمیق پوستی غیر عفونی با عصاره هیدروالکلی گیاهان مرزه کوهی، بادرنجبویه، سدر، گل ختمی و حنا

مهران میراولیائی؛ ریحانه چلونگر؛ اکرم امین جعفری؛ اردشیر طالبی؛ مجید غیاث

دوره 30، شماره 2 ، تابستان 1396، ، صفحه 212-222

چکیده

ﺑـﺎ وﺟـﻮد ﭘﻴـﺸﺮﻓﺖ‌ﻫـﺎی ﻋﻤـﺪه در درﻣﺎن زﺧﻢ، ترمیم ﺑﻪ ﻋﻨﻮان ﻳﻜﻲ از چالش های مهم پیش رو ﺑﺎﻗﻲ ﻣﺎﻧﺪه اﺳﺖ. با توجه به خواص آنتی اکسیدانی، ضد میکروبی و ضد التهابی اثبات شده در گیاهان مرزه کوهی، بادرنجبویه، سدر، گل ختمی و حنا، تاثیر این گیاهان ﺑﺮ روﻧﺪ ﺗﺮﻣﻴﻢ زﺧﻢ ﭘﻮﺳﺘﻲ و هم چنین مقایسه با تتراسیکلین در ﻣﻮش ﺻﺤﺮاﻳﻲ ... بیشتر ﺑـﺎ وﺟـﻮد ﭘﻴـﺸﺮﻓﺖ‌ﻫـﺎی ﻋﻤـﺪه در درﻣﺎن زﺧﻢ، ترمیم ﺑﻪ ﻋﻨﻮان ﻳﻜﻲ از چالش های مهم پیش رو ﺑﺎﻗﻲ ﻣﺎﻧﺪه اﺳﺖ. با توجه به خواص آنتی اکسیدانی، ضد میکروبی و ضد التهابی اثبات شده در گیاهان مرزه کوهی، بادرنجبویه، سدر، گل ختمی و حنا، تاثیر این گیاهان ﺑﺮ روﻧﺪ ﺗﺮﻣﻴﻢ زﺧﻢ ﭘﻮﺳﺘﻲ و هم چنین مقایسه با تتراسیکلین در ﻣﻮش ﺻﺤﺮاﻳﻲ مورد بررسی قرار گرفت. در این مطالعه 48 رأس رت نر همسان نژاد ویستار در 8 گروه 6 تایی به صورت تصادفی دسته بندی شدند. پس از ایجاد زخم در رت ها، اثر عصاره گیاهان مرزه کوهی، بادرنجبویه، سدر، گل ختمی، حنا از یک سو و پماد تتراسیکلین (کنترل مثبت) از سوی دیگر، بر روند التیام زخم مورد بررسی قرار گرفت. یک گروه به عنوان کنترل و گروه دیگر نیز تحت تیمار مخلوط پنج گیاه قرار گرفتند. بررسی های ماکروسکپی و هیستوپاتولوژی نشان داد که پس از 7 روز (با شدت کمتر) و بعد از 14روز تیمار (تقریبا به طور کامل)، ناحیه درم واپیدرم پوست ترمیم یافته است. بررسی های میکروسکپی تفاوت معنادار را در میزان درصد بهبود لایه درم و اپیدرم پس از 14 روز تیمار (با پمادهای گیاهی)، در مقایسه با گروه کنترل، نشان می دهد (p<0.05). تیمار با عصاره گل ختمی (پس از چهارده روز) ، در روند بهبود ناحیه درم و اپیدرم نسبت به سایر گروه ها چشمگیر تر است. ﻋﺼﺎره گل ختمی به واسطه داشتن ﺗﺮﻛﻴﺒﺎت ضدالتهابی و آنتی اکسیدانی، در مقایسه با سایر عصاره ها، در التیام لایه اپیدرم ودرم موثرتر عمل نموده است.

4. جداسازی آنزیم لیپاز از باکتری Pseudomonas aeruginosa HR59 حاصل از عفونتهای سوختگی و بهینه سازی محیط کشت آن با استفاده از روش Box-Behnken

دوره 26، شماره 2 ، تابستان 1392، ، صفحه 229-241

چکیده

با توجه به کاربرد فراوان آنزیمهای لیپولیتیک بخصوص لیپاز باکتریایی در صنایع غذایی، دارویی و بهداشتی از یک طرف و قیمت بالای آن از طرف دیگر، جهت رفع مشکل تولید آنزیم لیپاز باکتریایی، تولید این آنزیم از یک منبع در دسترس و ارزان قیمت مورد بررسی قرار گرفته است. برای این منظور سوش جدید Pseudomonas aeruginosa HR59 از عفونت سوختگی جداسازی و شرایط ... بیشتر

5. جداسازی و شناسایی باکتریهای بومی تجزیه کننده سلولز از خاک

رضا عصاره؛ حسین شهبانی ظهیری؛ سیما عشقی

دوره 27، شماره 1 ، بهار 1393، ، صفحه 99-110

چکیده

مطالعه حاضر جداسازی و شناسایی باکتری¬های ترموفیلیک (°C 60) و مزوفیلیک (°C 37) تجزیه کننده سلولز را از خاک نشان می¬دهد. باکتری¬های ترموفیل و مزوفیل با استفاده از روش رقت¬سازی متوالی پس از غنی¬سازی محیطهای رشد در حضور میکروکریستالین سلولز به عنوان تنها منبع کربن، جداسازی و خالص¬سازی شدند. غربالگری باکتری¬های خالص سازی شده ... بیشتر

مقاله مروری بیوشیمی

1. به‎کارگیری پپتیدهای ضدسرطانی و نفوذپذیر سلولی در درمان سرطان

احمد آسوده؛ یاسمین خوارزمی خراسانی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 31 خرداد 1399

چکیده

امروزه سرطان یکی از عوامل اصلی مرگ و میر در جهان درنظرگرفته می‎شود. استفاده از روش‎های رایج برای درمان سرطان از جمله شیمی درمانی به دلیل ایجاد مقاومت دارویی و عدم اختصاصی بودن برای تومورها دارای محدودیت های شده‎اند. بنابراین، شناسایی روش‎های جدید حائز اهمیت می‎باشد. پپتیدها به دلیل عواملی نظیر اندازه کوچک، سنتز راحت، فعالیت و ... بیشتر امروزه سرطان یکی از عوامل اصلی مرگ و میر در جهان درنظرگرفته می‎شود. استفاده از روش‎های رایج برای درمان سرطان از جمله شیمی درمانی به دلیل ایجاد مقاومت دارویی و عدم اختصاصی بودن برای تومورها دارای محدودیت های شده‎اند. بنابراین، شناسایی روش‎های جدید حائز اهمیت می‎باشد. پپتیدها به دلیل عواملی نظیر اندازه کوچک، سنتز راحت، فعالیت و ویژگی بالا و تنوع بیولوژیکی توجه دانشمندان را به خود جلب کرده است. از جمله پپتیدهای درمانی که در سال‎های اخیر به منظور درمان سرطان مورد توجه قرارگرفته‎اند، می‎توان پپتیدهای کاتیونی ضدسرطانی و پپتیدهای نفوذپذیر سلولی را نام برد. در این پژوهش، تعدادی از مطالعات موجود در زمینه پپتیدهای ضدسرطانی و پپتیدهای نفوذپذیر مورد نقد و بررسی قرار گرفتند. نتایج پژوهش حاضر نشان داد که پپتیدهای ضدمیکروبی با خاصیت ضدسرطانی از طریق سازوکار‎های غشایی و غیرغشایی بر علیه سلول‎های سرطانی و تومورها عمل می‎کنند. همچنین پپتیدهای نفوذپذیر سلولی کونژوگه شده به عوامل درمانی از طریق غلبه بر مقاومت دارویی به عنوان یک سازوکار موثر در درمان سرطان درنظرگرفته می‎شوند. علاوه بر این، پپتیدهای ضدسرطانی و نفوذپذیر سلولی به دلیل عواملی همچون سمیت اندک، نحوه عمل و توانایی نفوذ در غشاء سلولی می‎توانند به عنوان یک کاندیدا در درمان سرطان پیشنهاد شوند. با این وجود، مطالعات بیشتری به منظور درک سازوکار عمل این پپتیدهای با پتانسیل درمانی مورد نیاز است.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

2. غربالگری مجازی مبتنی بر ساختار با توان بالا جهت انتخاب ترکیب(ترکیبات) شیمیایی مهارکننده‌ی جدید علیه کمپلکس فاکتور رونویسی FOXM1 با ترادف ژنومی هدف

حمید مهدیونی؛ طاهره مراتی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 28 آبان 1399

چکیده

پروتئین FOXM1 به عنوان یک فاکتور رونویسی مهم، در عملکردهای متنوعی ازجمله کنترل بیان ژن‌های مختلف، انتقال سلول‌ها به فاز تقسیم، آنژیوژنز، مهاجرت و غیره درگیر می‌باشد و بیش‌بیان آن در انواع مختلف سرطان گزارش شده است. بنابراین، این پروتئین یک هدف دارویی بالقوه در درمان سرطان می‌باشد. تاکنون، داروها و ترکیبات زیادی FOXM1 را هدف قرار داده‌اند، ... بیشتر پروتئین FOXM1 به عنوان یک فاکتور رونویسی مهم، در عملکردهای متنوعی ازجمله کنترل بیان ژن‌های مختلف، انتقال سلول‌ها به فاز تقسیم، آنژیوژنز، مهاجرت و غیره درگیر می‌باشد و بیش‌بیان آن در انواع مختلف سرطان گزارش شده است. بنابراین، این پروتئین یک هدف دارویی بالقوه در درمان سرطان می‌باشد. تاکنون، داروها و ترکیبات زیادی FOXM1 را هدف قرار داده‌اند، از جمله FDI-6 و RCM-1 که عملکرد آن‌ها مهار میان-کنش‌های FOXM1-DNA می‌باشد. در این مطالعه، به منظور پیش‌گیری از تشکیل کمپلکس FOXM1-DNA، زیرمجموعه In-vitro از پایگاه داده ZINC بصورت محاسباتی مورد بررسی قرار گرفت. برای دستیابی به این هدف، ابتدا جایگاه‌های اتصال لیگاند در پروتئین، با اجرای الگوریتم MDpocket مورد جست و جو قرار گرفتند. قبل از محاسبه‌ی انرژی اتصال‌پذیری ترکیبات به پاکت‌های پیش‌بینی شده، کتابخانه‌ها (حدود 260.000 ترکیب) با استفاده از وب‌سرور FAF-Drugs4 بر اساس خواص فیزیکوشیمیایی غربال شدند. پس از آن، ترکیبات منتخب با استفاده از AutoDock VINA علیه پاکت‌های پیش‌بینی شده FOXM1 داک شدند. فرایند غربالگری بر اساس انرژی اتصال‌پذیری، هشدارهای ساختاری و گروه‌های غیر توکسیک طراحی شد. بر این اساس، سه ترکیب با انرژی داکینگ تقریبا مشابه، نمره‌ی عبور را بدست آوردند. جهت تمایز و رتبه‌بندی ترکیبات انتخاب شده، روش MM/PBSA روی سه کمپلکس FOXM1-لیگاند اعمال شد و نهایتا، لیگاند1 بر اساس انرژی آزاد اتصال انتخاب شد. لیگاند معرفی شده در این مطالعه، مولکول‌ hit جدید نویدبخشی است که امید می‌رود میان‌کنش FOXM1 با DNA مرتبطش را قطع کند. با این حال، کوشش‌های تجربی بیشتری به‌منظور شناسایی لیگاند کشف شده به عنوان یک ترکیب lead باید انجام شود.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

3. آشکار سازی اگزوزم های مترشح از سلولهای سرطان ریه در بستر میکروفلویدیک به روش ایمونوفلورسانس

کوشا ایرانی؛ رویا کلا هچی؛ حسین نادری منش؛ عبداله اله وردی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 28 آبان 1399

چکیده

سرطان ریه عامل بیشترین موارد مرگ و میر ناشی از سرطان در سراسر جهان است و هرساله منجر به مرگ میلیون‌ها نفر در جهان می شود ، بطوریکه آمار مرگ بعلت سرطان ریه از مجموع دو سرطان بعدی یعنی سرطان سینه و پروستات بیشتر است. نتیجه درمان در سرطان ریه در مقایسه با سرطان سینه و پروستات نامطلوب تر است، زیرا اکثر بیماران مبتلا به سرطان ریه در مرحله ... بیشتر سرطان ریه عامل بیشترین موارد مرگ و میر ناشی از سرطان در سراسر جهان است و هرساله منجر به مرگ میلیون‌ها نفر در جهان می شود ، بطوریکه آمار مرگ بعلت سرطان ریه از مجموع دو سرطان بعدی یعنی سرطان سینه و پروستات بیشتر است. نتیجه درمان در سرطان ریه در مقایسه با سرطان سینه و پروستات نامطلوب تر است، زیرا اکثر بیماران مبتلا به سرطان ریه در مرحله ای از بیماری تشخیص داده می شوند که متاستاز رخ داده است. علت عدم تشخیص زود هنگام سرطان ریه، تشابه علایم و نشانه های سرطان با علایم بیماران ریوی و نبود روشی که بتوان آنرا در مراحل اولیه شناسایی کند. امروزه توجه زیادی به نشانگرهای زیستی نظیر میکروRNA ، اگزوزمها و تتراسپانین ها به عنوان بیومارکرهایی که می توان اطلاعاتی از وقایع داخل سلول بدست آورد شده است. در این تحقیق، ابتدا چیپ میکروفلویدیک طراحی و با روش لیتوگرافی نوری ساخته شد، سپس اگزوزم‌های مترشح از سلولهای سرطان ریه داخل چیپ میکروفلویدیک تثبیت شدند، سپس توسط آنتی بادی های CD63 و CD151 کنژوگه با FITC آشکار سازی شدند. اگزوزمهای تثبیت شده با این روش از چیپ استخراج و با میکروسکوپ نیروی اتمی و DLS مطالعه شدند. متوسط سایز اگزوزمها بدست آمده توسط DLS، 19 تا 37 نانومتر بود. متوسط سایز اگزوزمها محاسبه شده توسط میکروسکوپ نیروی اتمی برابر 35-37 نانومتر است که با نتایج بدست آمده توسط DLS مطابقت دارد.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

4. جداسازی و شناسایی باکتری سرمادوست از روده سخت پوست گاماروس جدا شده از چشمه‌های آب سرد شهر سامان در استان چهارمحال و بختیاری وارزیابی آنزیم‌های مختلف آن

روح الله همتی؛ معصومه یوسف زاده؛ بهناز صفار؛ علیرضا نوری

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 02 آذر 1399

چکیده

باکتری‌های سرما‌دوست به دلیل توانایی در تولید آنزیم‌هایی که در دماهای پائین قادر به کاتالیز واکنش‌های بیوشیمیایی می‌باشند، بسیار مورد توجه قرار گرفته اند. از این رو در سال‌های اخیر مطالعات زیادی بر روی این باکتری‌ها صورت گرفته است. این پژوهش نیز با هدف جداسازی و شناسایی باکتری‌های تولید کننده آنزیم‌های مقاوم به سرما از روده ... بیشتر باکتری‌های سرما‌دوست به دلیل توانایی در تولید آنزیم‌هایی که در دماهای پائین قادر به کاتالیز واکنش‌های بیوشیمیایی می‌باشند، بسیار مورد توجه قرار گرفته اند. از این رو در سال‌های اخیر مطالعات زیادی بر روی این باکتری‌ها صورت گرفته است. این پژوهش نیز با هدف جداسازی و شناسایی باکتری‌های تولید کننده آنزیم‌های مقاوم به سرما از روده گونه جدید سخت‌پوست گاماروس، ساکن چشمه آب سرد ارتفاعات رشته کوه زاگرس واقع در استان چهارمحال و بختیاری ایران، صورت پذیرفت. ابتدا گاماروس‌ها جمع‌آوری و پس از انتقال به آزمایشگاه، از روده آنها بصورت کاملاً استریل نمونه‌برداری صورت گرفت و پس از تهیه رقت در محیط لوریا-برتانی آگار در دمای ˚C5 گرماگذاری شد. کلونی‌های رشد یافته، بر اساس ویژگی‌های مورفولوژیکی، آزمون‌های بیوشیمیایی مورد مطالعه قرار گرفتند و در نهایت تعیین هویت مولکولی بر اساس توالی‌یابی ژن 16SrRNA صورت پذیرفت. سویه بومی جدید شناسایی شده در این پژوهش با شماره دسترسی MK961220 در GenBank ثبت شد که متعلق به باکتری سرمادوست Pseudomonas fragi می‌باشد. طبق بررسی‌های صورت گرفته این سویه جدید توانایی تولید آنزیم‌های آمیلاز، زایلوز ایزومراز، کاتالاز، اکسیداز، سرین پروتئاز و لاکاز را دارد و حداکثر فعالیت آنزیم‌های بررسی شده در دمای 0 تا ˚C5 می‌باشد. این پژوهش برای اولین بار در کشور به منظور بررسی ظرفیت بالقوه و شناسایی منابع بومی تولید کننده آنزیم‌های صنعتی با کاربرد زیست فناوری انجام گرفته است. طبق بررسی‌های صورت گرفته این سویه جدید می‌تواند به عنوان کاندید مناسبی برای تخلیص و تولید آنزیم‌های سرمادوست جهت استفاده در صنایع مختلف مورد استفاده قرار گیرد.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی میکروبیولوژی

5. مطالعه آزمایشگاهی اثرات ضد باکتریایی و سمیت سلولی فراکسیون‌های جدا شده از سم افعی زنجانی

جمیل زرگان؛ فرشید غلامی؛ حسین ثباتی؛ حمیدرضا گودرزی؛ اشکان حاجی نورمحمدی؛ محمدباقر صالحی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 03 آذر 1399

چکیده

سابقه و هدف: در این بررسی اثرات ضد باکتریایی و سمیت سلولی فراکسیون‌های جدا شده از زهر افعی زنجانی در شرایط آزمایشگاهی مطالعه گردید.مواد و روش‌ها: فراکسیون های زهر خام افعی زنجانی با استفاده از RP-HPLC و پس از تزریق به ستون C-18، جداسازی، و سپس جمع‌آوری شدند. میزان پروتئین موجود در هر فراکسیون با استفاده از روش برادفورد تخمین و اثرات ضدباکتری ... بیشتر سابقه و هدف: در این بررسی اثرات ضد باکتریایی و سمیت سلولی فراکسیون‌های جدا شده از زهر افعی زنجانی در شرایط آزمایشگاهی مطالعه گردید.مواد و روش‌ها: فراکسیون های زهر خام افعی زنجانی با استفاده از RP-HPLC و پس از تزریق به ستون C-18، جداسازی، و سپس جمع‌آوری شدند. میزان پروتئین موجود در هر فراکسیون با استفاده از روش برادفورد تخمین و اثرات ضدباکتری آن‌ها در غلظت μg/mL 20 با استفاده از روش‌های سنجشMIC و MTT، علیه باکتری‌های اشریشیا کولی، باسیلوس سوبتیلیس و استافیلوکوکوس اورئوس مطالعه گردید. سپس سمیت سلولی مؤثرترین فراکسیون‌های دارای اثرات ضدباکتریایی، با استفاده از روش‌های سنجش MTT و Neutral red uptake بر روی سلول HepG2 بررسی شد و اثر آنها بر القا آپوپتوز به کمک آزمایش کامت تعیین گردید.نتایج: نتایج نشان داد که اثرات ضدباکتریایی فراکسیون‌ها علیه باکتری‌های مورد بررسی متفاوت بود، به ترتیبی که فراکسیون شماره 2 روی باکتری باسیلوس سوبتیلیس، فراکسیون‌های شماره 2 و 9 روی باکتری اشریشیا کولی و فراکسیون‌های شماره 5، 7 و 9 روی باکتری استافیلوکوکوس اورئوس بیش‌ترین اثر را داشته‌اند. فراکسیون شماره 2 در غلظت μg/mL 20 و شماره 5 در غلظت های 10 و 20 میکروگرم بر میلی‌لیتر بیش‌ترین سمیت سلولی را داشته درحالی‌که فراکسیون شماره 7 کمترین سمیت را ایجاد کرده است بنابر نتایج، نوع مرگ سلولی القا شده توسط فراکسیونها به صورت وابسته به غلظت از نوع آپوپتوز و نکروز بود.نتیجه‌گیری: داده‌های این مطالعه برای اولین بار نشان داد که فراکسیون‌های جدا شده از زهر افعی زنجانی اثرات ضد باکتری و ضد سرطانی دارند.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی ژنتیک

6. بررسی وجود پلی‌مورفیسم در اگزون‌های 2 و 3 ژن DIRAS3 در زنان مبتلا به سرطان پستان و دیابت

فاطمه اردلان مقدم آل؛ ابوالحسن رضایی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 03 آذر 1399

چکیده

ژن ARHI / NOEY2 / DIRAS3 یک ژن ایمپرینت‌شده با بیان پدری روی کروموزوم 1 انسان است. بنابراین اگر ژن پدری بیان نشود، فرد در معرض خطر ابتلا به دو سرطان‌پستان و تخمدان قرار میگیرد. از طرفی هر اندازه خطر ابتلا به بیماری دیابت افزایش یابد به همان اندازه نیز احتمال ابتلا به سرطان‌پستان افزایش می‌یابد. هدف این پژوهش شناسایی جهش‌ها و پلی‌مورفیسم‌های ... بیشتر ژن ARHI / NOEY2 / DIRAS3 یک ژن ایمپرینت‌شده با بیان پدری روی کروموزوم 1 انسان است. بنابراین اگر ژن پدری بیان نشود، فرد در معرض خطر ابتلا به دو سرطان‌پستان و تخمدان قرار میگیرد. از طرفی هر اندازه خطر ابتلا به بیماری دیابت افزایش یابد به همان اندازه نیز احتمال ابتلا به سرطان‌پستان افزایش می‌یابد. هدف این پژوهش شناسایی جهش‌ها و پلی‌مورفیسم‌های اگزون 2 و 3 و اینترون 2 ژن DIRAS3در زنان مبتلا به سرطان‌پستان مجرایی تهاجمی (IDC)، سرطان‌پستان مجرایی تهاجمی (IDC)- دیابت و دیابت می‌باشد. در مطالعه حاضر چهار گروه از زنان (گروه‌های شاهد (50 نفر)، سرطان‌پستان مجرایی تهاجمی (IDC)(20 نفر)، سرطان‌پستان مجرایی تهاجمی-دیابت (15 نفر) و دیابت (15 نفر)) مورد مطالعه قرار گرفتند. پس از استخراج DNA، قطعه مورد نظر تکثیر و محصولات PCR روی ژل آگارز بررسی و سپس تعیین‌توالی گردیدند. خوانش‌ژنی به کمک نرم‌افزارهای Gene Runner و Chromas صورت گرفت. محاسبات آماری با استفاده از نرم افزارهای SNPAlyze V.8.1، assotest و SPSS V.22 با سطح معناداری P < 0.05 انجام گرفت. پس از تعیین‌توالی یک نوع پلی‌مورفیسم در جایگاهc.332-3 T>C در اینترون 2 یک بیمار سرطانی مشاهده شد، اما هیچ‌گونه پلی‌مورفیسم یا جهشی در محدوده اگزون 2 مشاهده نگردید، در حالیکه یک نوع پلی‌مورفیسم در جایگاه 5'UTR c.331 G>A در اگزون 3 بیماران سرطانی و افراد شاهد یافت شد. نتایج این تحقیق نشان داد که از بین پلی‌مورفیسم‌های موجود فقط پلی‌مورفیسم 5'UTR c.331 G>Aبا بیماری‌ سرطان‌پستان در ارتباط می‌باشد(P=0/04).واژه‌های کلیدی: سرطان‌پستان، دیابت، ژن DIRAS3، ژن NOEY2، ژن ARHI

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیولوژی مولکولی

7. بررسی اثر عصاره هیدروالکلی گیاه گزنه بر بیان ژن COX در سرطان القا شده تخمدان موش

لاله ضیایی؛ خدیجه شاهرخ آبادی؛ جواد بهارآرا؛ امیررضا تفرشیان

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 03 آذر 1399

چکیده

چکیدهسرطان تخمدان بالاترین موارد مرگ‌و‌میر را در بین همه‌ بدخیمی‌های دستگاه تناسلی زنان دارد. این سرطان ششمین سرطان در کشورهای غربی و رتبه هشتم سرطان در زنان ایرانی است که در مراحل اولیه حتی مراحل بالاتر هیچگونه علامتی ندارد. یکی از ژن‌هایی که در این سرطان بیان زیادی دارد و مهار آن باعث افزایش پاسخ به درمان می‌شود ژن Cox است. لذا ... بیشتر چکیدهسرطان تخمدان بالاترین موارد مرگ‌و‌میر را در بین همه‌ بدخیمی‌های دستگاه تناسلی زنان دارد. این سرطان ششمین سرطان در کشورهای غربی و رتبه هشتم سرطان در زنان ایرانی است که در مراحل اولیه حتی مراحل بالاتر هیچگونه علامتی ندارد. یکی از ژن‌هایی که در این سرطان بیان زیادی دارد و مهار آن باعث افزایش پاسخ به درمان می‌شود ژن Cox است. لذا هدف از این مطالعه بررسی سرطان تخمدان در مراحل اولیه، بررسی بیان ژن Cox و آنزیم‌های SGPT و SGOT و همچنین بررسی تیمار غلظت‌های مختلف عصاره گیاه گزنه است. در این مطالعه تجربی عصاره هیدروالکلی ساقه، برگ و ریشه گیاه گزنه تهیه و دوزهای 75 و 250 میلی‌گرم برکیلوگرم وزن بدن آماده گردید. جهت القا سرطان تخمدان در موش کوچک آزمایشگاهی از ماده DMBA استفاده گردید. پس از 28 روز برای سنجش مقدار آنزیم خونگیری انجام شد. سپس بافت تخمدان جداسازی، توزین و از لحاظ مرفولوژی با سایر اندام‌ها مقایسه گردید. استخراج RNA، نانودراپ، الکتروفورز، سنتز cDNA، و بررسی بیان ژن انجام شد. نتایج توسط نرم‌افزار SPSS مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج سنجش آنزیم SGOT نشان داد تیمارهای R250 و S75 و T2 دارای تغییرات معنی‌داری هستند. حد نرمال بیان ژن Cox مربوط به شاهد آزمایشگاهی (63/1) بوده و کمترین میزان بیان ژن مربوط به تیمار S75 در روز 28ام و بیشترین میزان بیان مربوط به R75 در همان روز است. بنابراین به نظر می‌رسد تغییرات بیان ژن Cox و آنزیم SGOT می‌تواند به عنوان مارکری جهت تشخیص زودرس سرطان تخمدان مورد استفاده قرار گیرد.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

8. طراحی مجازی و مدلسازی مولکولی ترکیبات پپتیدی پایدار کننده ساختار چهارتایی گوانین

سید احمد عبادی؛ دارا دستان؛ مریم خزایی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 06 آذر 1399

چکیده

مدلسازی مولکولی نقش بسیار مهمی در کشف و توسعه داروهای جدید دارد. روش‌های مجازی در کشف داروهای جدید هزینه‌ تولید را بسیار کاهش می‌دهند. مدلسازی مولکولی در توسعه داروهای ضدسرطان جایگاه خاصی دارد. ساختار چهارتایی گوانین یک ساختار ثانویه یکتا است که در برخی از توالی‌های غنی از گوانین تشکیل می‌گردد. ساختار چهارتایی گوانین در فعال‌کننده ... بیشتر

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی ژنتیک

9. اثر میدان‌های الکترومغناطیسی با شدت‌های 25/0 و 5/2 میلی تسلا در دو نوع تابش پیوسته و ناپیوسته بر بیان ژن های miR-21 و miR-29 در رده‌های سلولی سرطان معده

الهام سیاسی؛ الهه منیری؛ سهیلا عبدی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 08 آذر 1399

چکیده

مقدمه: مطالعات بیوالکترومغناطیس و نقش تابش‌های میدان‌های الکترومغناطیس با فرکانس بسیار پایین از عوامل محیطی مهم در بروز و درمان سرطان ها می‌باشد. در این مطالعه تغییرات بیان miR-21 و miR-29 در رده سلولی سرطان معده تحت تأثیر تابش میدان‌های الکترومغناطیس با شدت‌های 25/0 و 5/2 میلی تسلا در دو نوع تابش پیوسته و ناپیوسته بررسی شد.مواد و روش ها: ... بیشتر مقدمه: مطالعات بیوالکترومغناطیس و نقش تابش‌های میدان‌های الکترومغناطیس با فرکانس بسیار پایین از عوامل محیطی مهم در بروز و درمان سرطان ها می‌باشد. در این مطالعه تغییرات بیان miR-21 و miR-29 در رده سلولی سرطان معده تحت تأثیر تابش میدان‌های الکترومغناطیس با شدت‌های 25/0 و 5/2 میلی تسلا در دو نوع تابش پیوسته و ناپیوسته بررسی شد.مواد و روش ها: رده سلولی سرطانی معده، تحت تابش میدان الکترومغناطیسی در دو شدت میدان 25/0 و 5/2 میلی تسلا و دو نوع تابش پیوسته و ناپیوسته قرار گرفتند و با یک گروه کنترل که تحت تابش قرار نداشت، مقایسه شدند. پس از استخراج RNA از سلول ها، سنتز cDNA انجام شد و با استفاده از روش Real Time PCR تغییرات بیان دو microRNA بررسی و نتایج انالیز اماری شدند.نتایج: بر اساس نتایج میزان بقای سلول ها در تابش میدان‌های الکترومغناطیسی نسبت به کنترل کاهش معنی‌داری نشان داد. افزایش میزان بیان miR-21 و miR-29 در هر دو میدان‌ الکترومغناطیسی با افزایش شدت میدان معنی دار بود. همچنین با افزایش بیان miR-21 و miR-29 در هر دو نوع تابش میزان زنده ماندن سلول‌ها کاهش معناداری نشان داد.بحث: نتایج مشخص نمود تابش میدان‌های الکترومغناطیس با فرکانس بسیار پایین در رده سلولی سرطان معده سبب افزایش بیان miR-21 و miR-29 شده که تایید تحقیقات بیشتر می تواند ان را بعنوان بیومارکر مولکولی برای سرطان معده مطرح نماید.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

10. بررسی تاثیر نانوذرات نقره بر بیان ژن per1-bla در جدایه های baumannii Acinetobacter مقاوم به آنتی بیوتیک، با استفاده از روش PCR Time Real quantitative

توحید پیری قراقیه؛ سیدعطاله سادات شاندیز؛ شیدا بیرانوند

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 26 آذر 1399

چکیده

اسینتوباکتر بومانی یکی از عوامل پاتوژن شایع بیمارستانی است که به دلیل تولید بیوفیلم به بسیاری از آنتی بیوتیک ها مقاوم شده و درمان آن را مشکل ساخته است.در این مطالعه تجربی، سویه های اسینتوباکتر بومانی از 100 نمونه بالینی جداسازی شد. بعد از شناسایی سویه های اسینتوباکتر بومانی و تعیین مقاومت میکروبی آن، سویه های تشکیل دهنده بیوفیلمی با ... بیشتر

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

11. ارزیابی بیان موقت ژن های AS1 و 4'CGT در ﮔﻠﺒﺮگ‌ﻫﺎی بنفشه آفریقایی ﺑﺎ سیستم اﮔﺮواﯾﻨﻔﯿﻠﺘﺮﯾﺸﻦ جهت تولید رنگ جدید در گل

امیر رجبی؛ لیلا فهمیده؛ مجتبی کیخاصابر؛ ولی اله قاسمی عمران

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 17 دی 1399

چکیده

تولید ارقام زینتی با رنگ‌های جدید هدف اصلی در صنعت گل و گیاهان زینتی است. بنفشه آفریقایی از لحاظ تجاری به خوبی شناخته شده و در رنگ‌های مختلفی به جز گل زرد موجود است. این پژوهش با هدف تغییر رنگ گلبرگ‌های بنفشه آفریقایی و تولید مسیر بیوسنتزی رنگدانه آئورون از طریق دست‌ورزی ژنتیکی ژنهای AS1 و 4'CGT انجام شد. بدین منظور‌، این ژن‌ها با استفاده ... بیشتر تولید ارقام زینتی با رنگ‌های جدید هدف اصلی در صنعت گل و گیاهان زینتی است. بنفشه آفریقایی از لحاظ تجاری به خوبی شناخته شده و در رنگ‌های مختلفی به جز گل زرد موجود است. این پژوهش با هدف تغییر رنگ گلبرگ‌های بنفشه آفریقایی و تولید مسیر بیوسنتزی رنگدانه آئورون از طریق دست‌ورزی ژنتیکی ژنهای AS1 و 4'CGT انجام شد. بدین منظور‌، این ژن‌ها با استفاده از PCR با آغازگرهای اختصاصی از گلبرگ گل میمون زرد جداسازی و بترتیب در ناقل بیانی pCAMBIA1304 وpBI121 اتصال گردید. پلاسمیدهای نوترکیب4'CGT +pBI121 وAS1 ‌pCAMBIA1304+ با استفاده از بررسی‌های Colony PCR، هضم آنزیم، توالی‌یابی و هم‌ردیف سازی آن‌ها در بانک اطلاعاتی، مورد تایید قرار گرفت. سپس به روش الکتروپوریشن به آگروباکتریوم سویه LBA4404 منتقل و با استفاده از سیستم بیان موقت در گلبرگ‌های گیاه بنفشه آفریقایی مورد بررسی قرار گرفت. در این سیستم سوسپانسیون آگروباکتریوم حامل سازه‌ ژنی با استفاده از سرنگ در پایه گلبرگ‌ها تزریق شد. نتایج مورفولوژیکی پس از 3 روز به وضوح تغییر رنگ گلبرگ‌های سفید به زرد کم رنگ را نشان داد و هیچ تغییری در گلبرگ‌های شاهد مشاهده نشد. آنالیزPCR و مشاهده با میکروسکوپ نوری بترتیب بیان ژن وتغییرات فنوتیپی را تایید کردند. همچنین آئوروسیدین-6-او- گلوکزید (AOG) با استفاده از HPLC-DAD-MSn در گلبرگ‌های تراریخت شناسایی شد. با بکارگیری این سیستم می‌توان سازه ژنی را با اعتماد بیشتری برای تراریختگی دائم به گیاهان زینتی انتقال داد. همچنین این پژوهش می‌تواند راهی را برای مهندسی ایجاد رنگ زرد در گونه‌های گیاهان زینتی که فاقد این نوع رنگ هستند باز نماید.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

12. مطالعه‌ی مولکولی بیان ژن بیوفیلم icaD تحت اثر عصاره گیاهان زنجبیل و کنگر فرنگی در باکتری Staphylococcus aureus

متین قدرت؛ هادی حبیب الهی؛ محمد رضا صفری مطلق

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 29 دی 1399

چکیده

بیوفیلم تجمعی از باکتری‌ها می‌باشد که باعث افزایش اتصال به سطوح بیولوژیکی و غیربیولوژیکی شده و در باکتری Staphylococcus aureus باعث ایجاد بیماری‌زایی و عفونت می‌گردد. ژن‌های اپرونی icaABCD در این امر دخالت دارند. ژن icaD نقش مهمی در حداکثر بیان آنزیم N – استیل گلوکزآمین ترانسفراز دارد و منجر به بیان فنوتیپیک پلی‌ساکارید خارج‌سلولی در S. aureus ... بیشتر بیوفیلم تجمعی از باکتری‌ها می‌باشد که باعث افزایش اتصال به سطوح بیولوژیکی و غیربیولوژیکی شده و در باکتری Staphylococcus aureus باعث ایجاد بیماری‌زایی و عفونت می‌گردد. ژن‌های اپرونی icaABCD در این امر دخالت دارند. ژن icaD نقش مهمی در حداکثر بیان آنزیم N – استیل گلوکزآمین ترانسفراز دارد و منجر به بیان فنوتیپیک پلی‌ساکارید خارج‌سلولی در S. aureus می‌شود. در این تحقیق، تأثیر ضد میکروبی عصاره زنجبیل و کنگر فرنگی بر روی دو سویه از باکتری S. aureusبر اساس تست آنتی‌بیوگرام مطالعه گردید. همچنین پس از آزمون‌های پایین‌ترین غلظت مهارکنندگی (MIC) و پایین‌ترین غلظت باکتری‌کشی (MBC)، با استفاده از تکنیک Real time PCR، میزان بیان ژن بیوفیلم icaD تحت تیمار عصاره کنگر فرنگی و عصاره زنجبیل در سویه‌های مورد مطالعه ارزیابی شد. نتایج حاصل از آزمون انتشار از دیسک نشان داد که غلظت 100 میلی‌گرم بر میلی‌لیتر عصاره زنجبیل و نیز کنگر فرنگی در سویه استاندارد و پاتوژن استافیلوکوکوس اورئوس، به ترتیب هاله عدم رشد 15 میلی‌متری و حدود 9 میلی‌متری ایجاد می‌کند. آزمون MIC نیز نشان داد که سویه‌های مورد مطالعه در غلظت 5000 میکروگرم بر میلی‌لیتر عصاره‌های گیاهی نیز توان رشد دارند. نتایج حاصل از بررسی میزان بیان ژن icaD تحت تأثیر عصاره‌های کنگر فرنگی و زنجبیل در سویه استاندارد بیانگر افزایش بیان این ژن بود ولی در سویه پاتوژن استافیلوکوکوس اورئوس، عصاره زنجبیل و کنگر فرنگی با اختلاف معنی دار P0.01 به ترتیب منجر به کاهش قابل توجه بیان ژن icaD به حدود 28 درصد و 10 درصد نمونه کنترل شدند.

مشاهده مقاله

مقاله مروری میکروبیولوژی

13. مروری بر فیلوژنتیک و سیتوپاتوژنز فیلوویروس‌ها، رتروویروس‌ها و کرونا ویروس‌های منتقل شونده از خفاش به انسان

منصور خالدی؛ ندا یوسفی نوجوکامبری؛ حامد افخمی؛ فاطمه ثامنی؛ سجاد یزدان ستاد

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 06 بهمن 1399

چکیده

فیلوویروس‌ها، ویروس‌های رشته‌ای، پوشینه‌دار و دارایRNA تک رشته با قطبیت منفی هستند. ویروس‌های این خانواده از جمله ماربوگ و ابولا با خروج از مخزن خود و انتقال به انسان، موجب بروز تب‌های خونریزی دهندۀ حاد و کشنده می‌شوند. از این‌رو این خانواده ویروسی تهدیدهای جدی و خطرناکی برای سلامت جامعه به‌شمار می‌روند. در سال‌های اخیر خفاش‌ها ... بیشتر

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

14. بهبود تولید و مقاومت به اتانل در مخمر ساکارومایسس سرویزیه با راهبرد مهندسی تکاملی با استفاده از تنش 1-بوتانل

فاطمه شیخی؛ خسرو رستمی؛ مهرداد آذین؛ محمدعلی اسداللهی؛ منصور ابراهیمی؛ پیام غیاثی؛ امیر فیضی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 08 بهمن 1399

چکیده

در فرایند تولید بیواتانل، عوامل بسیار مهمی وجود دارد که کارایی تولید را تحت تاثیر قرار می‌دهد. تجمع اتانل در طول فرآیند تخمیر و اثر بازدارندگی بر رشد اجتناب‌ناپذیر است. افزایش تحمل به اتانل در سویه ساکارومایسس سرویزیه منجر به افزایش قدرت بقا و در نهایت افزایش تولید اتانل خواهد شد. رویکرد مهندسی تکاملی یک راهبرد مناسب برای بهبود صفت ... بیشتر در فرایند تولید بیواتانل، عوامل بسیار مهمی وجود دارد که کارایی تولید را تحت تاثیر قرار می‌دهد. تجمع اتانل در طول فرآیند تخمیر و اثر بازدارندگی بر رشد اجتناب‌ناپذیر است. افزایش تحمل به اتانل در سویه ساکارومایسس سرویزیه منجر به افزایش قدرت بقا و در نهایت افزایش تولید اتانل خواهد شد. رویکرد مهندسی تکاملی یک راهبرد مناسب برای بهبود صفت تحمل به اتانل در سویه ساکارومایسس سرویزیه است. سازوکار اثر سمیت الکل‌های کوتاه زنجیره بر مخمر مشابه است. در تحقیق حاضر، سویه آزمایشگاهی ساکارومایسس سرویزیه CEN PK 113-7D باراهبرد مهندسی تکاملی طی یک دوره کشت 144 روزه تحت تنش 1- بوتانل قرار گرفت و نرخ ویژه رشد (µ) سویه تکامل یافته از h-1 048/0بهh-1 084/0 ارتقا یافت. افزایش تحمل به تنش 1- بوتانل منجر به افزایش تحمل به اتانل و همچنین افزایش تولید اتانل در سویه تکامل یافته شد. میزان تولید اتانل از 50/68 گرم بر لیتردر سویه والد به 02/87 گرم بر لیتر در سویه تکامل یافته افزایش یافت. نتایج تعیین توالی کل ژنوم سویه‌‌های تکامل یافته و مقایسه آن با سویه والد تغییرات پلی‌مورفیسم تک نوکلئوتیدی ژن‌های درگیر در این صفت را آشکار نمود. تغییرات در ژن‌هایی مثل PGM2,MTH1, TCB1 YAP1801, UBP2, IAH1 CIA1, و FAB1 ایجاد شده بود که این ژن‌ها در ارتباط با انتقال مواد درون سلول و مسیرهای دخیل در ترکیب و ساختار غشاء سیتوپلاسمایی، ساختار دیواره سلولی، متابولیسم قند و لیپیدها بودند. در تحقیق حاضر، برای اولین بار اهمیت گروه جدیدی از ژن‌های دخیل در افزایش تحمل به اتانل گزارش شده است.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

15. شناسایی و پیشگویی میکروRNA جدید و بیماری هموفیلی A

حلیمه رضائی؛ مجید متولی باشی؛ سید جواد مولی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 15 بهمن 1399

چکیده

جهش‌های متنوعی در لکوس فاکتور VIII منجر به ایجاد اختلال خونریزی وابسته به X در هموفیلی A می‌شود. یکی از دلایل اصلی در درمان‌های ناکارامد برای بیماری هموفیلی A، عدم وجود روشی حساس و اختصاصی به منظور تشخیص به موقع می-باشد. میکروRNAها به علت داشتن پایداری در مایعات بدن و توانایی بالا در شناسایی، می‌توانند به‌عنوان نشانگرهای زیستی در تشخیص ... بیشتر

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیولوژی سلولی

16. ناهنجاری‌های کروموزومی القاء شده توسط فلزات سنگین در گیاه گلپر (Heracleum persicum Desf. ex fisch)

فاطمه حاج مرادی؛ فاطمه علیجانی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 15 بهمن 1399

چکیده

باتوجه به رشد فزآینده آلاینده ها در محیط زیست، به منظور تعیین اثر تخریبی فلزات سنگین بر کروموزوم ها از انتهای ریشه‌ی گیاهان گلدار استفاده می‌شود. گیاه گلپر (Heracleum persicum Desf. ex fisch.) از تیره چتریان (َApiaceae) می باشد که دارای اهمیت غذایی و دارویی فراوانی است. هدف از این مطالعه مقایسه اثر برخی فلزات سنگین مانند سرب، مس و روی در چرخه میتوزی انتهای ... بیشتر باتوجه به رشد فزآینده آلاینده ها در محیط زیست، به منظور تعیین اثر تخریبی فلزات سنگین بر کروموزوم ها از انتهای ریشه‌ی گیاهان گلدار استفاده می‌شود. گیاه گلپر (Heracleum persicum Desf. ex fisch.) از تیره چتریان (َApiaceae) می باشد که دارای اهمیت غذایی و دارویی فراوانی است. هدف از این مطالعه مقایسه اثر برخی فلزات سنگین مانند سرب، مس و روی در چرخه میتوزی انتهای ریشه گیاه گلپر می باشد. به این منظور انتهای ریشه این گیاه توسط غلظت های افزایشی (50، 100، 150، 200 پی پی ام) از فلزات سرب، روی و مس تیمار شدند. این مطالعه اولین گزارش از اثر فلزات سنگین در تقسیم میتوزی گیاه گلپر می‌باشد. بر اساس داده‌های حاصل، شاخص میتوزی و درصد ناهنجاری‌های کروموزومی محاسبه شدند. داده‌ها نشان دادند که تراکم فلزات سنگین با ممانعت از ورود سلول‌های انتهای ریشه به تقسیم میتوزی باعث کاهش قابل ملاحظه شاخص میتوزی شدند. ناهنجاری‌های میتوزی در سلول‌های انتهای ریشه، در تمام تیمارها افزایش وابسته به غلظت نشان دادند. از جمله ناهنجاری‌های میتوزی می‌توان به چسبندگی کروموزوم، میکرونوکلئوس، کروموزوم سرگردان، پل و جدا شدن زودهنگام کروموزوم‌ها اشاره کرد. نتایج این مطالعه نشان داد سه عنصر سرب، روی و مس به ویژه در غلظت‌های بالا تخریب کننده میتوز در گیاه گلپر می‌باشند. توانایی سمیت ژنی در سه عنصر بررسی شده به ترتیب از سرب به مس و روی دارای روند کاهشی است. با توجه به اهمیت غذایی و دارویی گیاه گلپر، نتایج این مطالعه می‌تواند زنگ خطری برای اثر سمی آلاینده‌های محیطی بر گیاهان و حتی سلامت انسان باشد.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی میکروبیولوژی

17. معرفی باکتری های مولد بیودمولسیفایر جدا شده از خاک های آلوده به نفت و سنجش عملکرد آن ها در جداسازی آب از نفت

هدی سباتی؛ حسین معتمدی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 06 اسفند 1399

چکیده

بیودمولسیفایرها گروهی از ترکیبات بیوسورفاکتانت با توانایی شکست امولسیون هستند که مهم‌ترین کاربردشان در جداسازی آب از نفت خام است. این ترکیبات با توجه به زیست‌سازگاری جایگزین خوبی برای دمولسیفایرهای شیمیایی هستند. هدف از این پژوهش، جداسازی باکتری‌های مولد بیودمولسیفایر و سنجش عملکرد آن‌ها در شکست امولسیون‌های آب از نفت می‌باشد. ... بیشتر بیودمولسیفایرها گروهی از ترکیبات بیوسورفاکتانت با توانایی شکست امولسیون هستند که مهم‌ترین کاربردشان در جداسازی آب از نفت خام است. این ترکیبات با توجه به زیست‌سازگاری جایگزین خوبی برای دمولسیفایرهای شیمیایی هستند. هدف از این پژوهش، جداسازی باکتری‌های مولد بیودمولسیفایر و سنجش عملکرد آن‌ها در شکست امولسیون‌های آب از نفت می‌باشد. بدین منظور پس از نمونه برداری، جداسازی اولیه در محیط کشت پایه نمکی، غنی‌سازی در محیط کشت مولرهینتون براث و خالص‌سازی با تکنیک کشت پی‌درپی در محیط کشت مولر هینتون آگار انجام شد. تولید بیوسورفاکتانت توسط جدایه‌ها از طریق روش‌های کیفی مانند بررسی فعالیت همولیتیک، آزمون انهدام قطره، آزمون گسترش نفت و سنجش هیدروفوبیسیته سلولی براساس اندازه‌گیری چسبندگی میکروبی به هیدروکربن‌ها ارزیابی گردید. ماهیت بیودمولسیفایری این ترکیبات و موقعیت آن‌ها در سلول از طریق بررسی میزان شکست امولسیون‌های آب در نفت سفید در آزمون دمولسیفیکاسیون بررسی شد. جدایه‌های مولد بیودمولسیفایر بر اساس آزمون‌های بیوشیمایی وآنزیمی و نیز رنگ آمیزی به عنوان Bacillus sp. HS9، Staphylococcus sp. HS10، Bacillus sp. HS11، Bacillus sp. HS12 شناسایی شدند. میزان دمولسیفیکاسیون این جدایه‌ها در شکست امولسیون آب در نفت سفید به ترتیب 3±25، 5±57/28، 1±14/27 و 1±57/51 درصد گزارش شد. از میان جدایه‌ها، جدایه‌ی Bacillus sp. HS12 بیشترین درصد دمولسیفیکاسیون را نشان داد. با توجه به توانایی دمولسیفیکاسیون این جدایه‌ها، پیشنهاد می شود با هدف کاربردی شدن جدایه ها از جمله افزایش استحصال نفت و حذف امولسیون های نامطلوب نفتی در صنایع بالادستی، توانایی امولسیون زدایی جدایه ها در نفت خام و شرایط عملکردی کارخانجات نمک زدایی بررسی گردد.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

18. تنوع باکتری‌های ریزوبیومی جدا شده از گره‌های ریبوزومی ریشه گیاه یونجه آلفا آلفا (Medicago sativa) با استفاده از قطعات برشی ژن 16rRNA

شهرزاد گلابکش؛ شهرزاد خرم نژادیان؛ ابراهیم رجب زاده قطرمی؛ محمد رشنو

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 17 اسفند 1399

چکیده

گیاه یونجه آلفا آلفا (Medicago sativa)، از منطقه پشمینه‌زار اندیمشک و در فصل بهار سال 1398 جمع آوری شد. پس از کشت همسانه‌های هر جدایه روی محیط آگار مغذی، ویژگی‌های میکروسکپی بررسی شد. جهت بیان ژن 16S rDNA ، باکتری‌های ایزوله شده در محیط YMA در شرایط هوازی و در دمای 25-28 درجه‌ی سانتی‌گراد کشت داده شدند. پرایمرهای عمومی و کامل باکتری سینوریزوبیوم ... بیشتر گیاه یونجه آلفا آلفا (Medicago sativa)، از منطقه پشمینه‌زار اندیمشک و در فصل بهار سال 1398 جمع آوری شد. پس از کشت همسانه‌های هر جدایه روی محیط آگار مغذی، ویژگی‌های میکروسکپی بررسی شد. جهت بیان ژن 16S rDNA ، باکتری‌های ایزوله شده در محیط YMA در شرایط هوازی و در دمای 25-28 درجه‌ی سانتی‌گراد کشت داده شدند. پرایمرهای عمومی و کامل باکتری سینوریزوبیوم بر اساس ژن 16s rRNA gene sequences از سایت NCBI استخراج و در توالی یابی ژن‌های باکتری‌های جداسازی شده در این مطالعه مورد استفاده قرار گرفتند. ترادف‌های بدست آمده با استفاده از نرم افزار Chromas Pro ویرایش و با استفاده از نرم افزار بلاست در پایگاه‌ داده‌های NCBI مورد تجزیه و تحلیل و مقایسه قرار گرفتند. سه سویه از ریزوسفر گیاه یونجه‌ی آلفا آلفا (Medicago sativa) جداسازی و شناسایی شد. در بررسی میکروسکوپی و ماکروسکوپی 3 سویه باکتری شناسایی شد. باکتری شماره 1 شناسایی شده گرم منفی و با ایجاد کلنی‌های کرم رنگ و برجسته، دومین باکتری گرم منفی و دارای کلنی‌های قرمز رنگ و کلنی باکتری سوم جداشده از گیاه جنس یونجه آلفا آلفا (Medicago sativa) صورتی بود. نتایج توالی‌یابی 16S rRNA سویه جدا شده از ریزوسفر گیاه یونجه را گونه (Sequence ID= CP 021215.1) Sinorhizobium meliloti (باکتری1)(درصد همپوشانی 97 و گپ های بازی ۲ درصد)، باکتری دوم Sequence ID= CP-000738.1)) Sinorhizobium medicae (باکتری 2)(درصد همپوشانی 97 و گپ های بازی ۲درصد) و باکتری سوم (Sequence ID= DQ-145546.1) Sinorhizobium meliloti (درصد همپوشانی 04/96 و گپ های بازی 4 درصد) شناسایی شد.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

19. بهینه سازی فرآیند زی تبدیلی ال تیروزین به ال دوپا توسط سویه جدید باکتری Paenibacillus sp. strain CT4W با استفاده از روش های تک عاملی و تاگوچی

مراحم آشنگرف؛ مینا صیادی؛ محمد مجدی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 17 اسفند 1399

چکیده

ال-دوپا (3و 4 دی هیدروکسی فنیل ال-آلانین) از زمان ورود آن در ۱۹۶۰، به عنوان داروی طلایی برای درمان بیماری پارکینسون تشخیص داده شده است. در این مطالعه برای نخستین بار پتانسیل سویه جدید باکتریPaenibacillus sp. CT4W با قابلیت تبدیل زیستی ال-تیروزین به ال-دوپا بررسی شد. بهینه سازی پارامترهای موثر بر فرآیند زی تبدیلی ال-تیروزین به ال-دوپا، تحت استراتژی ... بیشتر ال-دوپا (3و 4 دی هیدروکسی فنیل ال-آلانین) از زمان ورود آن در ۱۹۶۰، به عنوان داروی طلایی برای درمان بیماری پارکینسون تشخیص داده شده است. در این مطالعه برای نخستین بار پتانسیل سویه جدید باکتریPaenibacillus sp. CT4W با قابلیت تبدیل زیستی ال-تیروزین به ال-دوپا بررسی شد. بهینه سازی پارامترهای موثر بر فرآیند زی تبدیلی ال-تیروزین به ال-دوپا، تحت استراتژی سلول در حال استراحت، توسط روش‌های تک عاملی و طراحی تاگوچی انجام شد. براساس نتایج بدست آمده از بهینه سازی به روش تک عاملی، بهترین شرایط برای زی تبدیلی عبارت است از توده زیستی در غلظت 6 گرم در لیتر، یون مس در غلظت 045/0 گرم در لیتر، دمای 30 درجه سیلسیوس، pH برابر 7، دور شیکر 150 و عصاره مخمر در غلظت 1 گرم در لیتر بعنوان سوبسترای کمکی. تحت شرایط بهینه شده فوق غلظت ال-دوپای بدست آمده پس از 16 ساعت گرماگذاری 29/0 گرم در لیتر است. در ادامه از آرایه متعامد L18 طراحی تاگوچی برای بهینه سازی فرآیند استفاده شد. براساس نتایج بدست آمده، بهترین شرایط برای زی تبدیلی عبارت است از ال-تیروزرین در غلظت 5/1 گرم در لیتر، توده زیستی در غلظت 5 گرم در لیتر و یون مس در غلظت 03/0 گرم در لیتر. تحت شرایط بهینه شده فوق غلظت ال-دوپای بدست آمده پس از 20 ساعت گرماگذاری 96/0 گرم در لیتر با راندمان مولی 5/53% است.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیولوژی مولکولی

20. افزایش پایداری دمائی پروتئاز سالینی ویبریو پروتئولیتیکوس AF-2004 با استفاده از جهش زایی هدفمند مکانی

ماتیا سادات برهانی؛ زهرا اعتمادی فر

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 18 فروردین 1400

چکیده

روش‌های جهش‌زایی هدفمند مکانی، یکی از موثرترین روش‌ها در بهبود فعالیت و پایداری آنزیم‌های صنعتی است. در مطالعه حاضر، اثر جایگزینی آمینواسید آلانین 56 به ایزولوسین، بر پایداری دمائی متالوپروتئاز تولید شده توسط یک باکتری نسبتا هالوفیل به نام سالینی‌ویبریو پروتئولیتیکوس بررسی شد. به منظور تهیه سویه جهش یافته مورد نظر، از پرایمرهای ... بیشتر روش‌های جهش‌زایی هدفمند مکانی، یکی از موثرترین روش‌ها در بهبود فعالیت و پایداری آنزیم‌های صنعتی است. در مطالعه حاضر، اثر جایگزینی آمینواسید آلانین 56 به ایزولوسین، بر پایداری دمائی متالوپروتئاز تولید شده توسط یک باکتری نسبتا هالوفیل به نام سالینی‌ویبریو پروتئولیتیکوس بررسی شد. به منظور تهیه سویه جهش یافته مورد نظر، از پرایمرهای جهش‌زا (موتاژنیک) و سپس تیمار با آنزیم محدود الاثر Dpn I استفاده شد. ژن جهش یافته حاصله در سازه بیانی pQE80L، به سویه‌های بیانی مختلف اشریشیا کلای (مانند سویه‌های XL1-Blue، BL21(DE3) pLysS و Top10) ترنس‌فورم شد. سپس بیان آنزیم نوترکیب تحت شرایط مختلف کشت، بهینه‌سازی گردید. آنزیم جهش یافته و آنزیم طبیعی، از ژل زیموگرافی استخراج شدند. در نهایت، پایداری دمائی و فعالیت آنزیم جهش یافته و آنزیم طبیعی، بررسی شد. حداکثر میزان بیان آنزیم، با استفاده از سویه میزبانی E.coli BL21 (DE3) pLysS ، در محیط‌کشت Terrificبراث، در حضور IPTG 1 میلی مولار و بعد از 24 ساعت انکوباسیون در دمای°C37، به دست آمد. آنزیم طبیعی و جهش یافته، به ترتیب حدود 42 و 24 درصد از فعالیت خود را بعد از انکوباسیون در دمای °C70 به مدت 20 دقیقه از دست دادند. از طرفی، فعالیت آنزیم جهش یافته نسبت به آنزیم طبیعی، حدود 11 درصد بیشتر بود. بنابراین، فعالیت و پایداری دمائی متالوپروتئاز باکتری سالینی‌ویبریو پروتئولیتیکوس جهش یافته (جایگزینی آلانین 56 به ایزولوسین) نسبت به آنزیم طبیعی بهبود یافت.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

21. تجزیه پروتئوم: شناسایی پروتئین های گیاهی تجمع یافته در روده حشرات کامل Aelia acuminata

محمد سعادتی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 07 اردیبهشت 1400

چکیده

برهمکنش حشره-گیاه وارد فاز مطالعات مولکولی گردیده است. پروتئومیکس یک تکنیک نسبتا جدید در این زمینه می باشد که می تواند تفاوت بیان پروتئین ها در بافت های مختلف را اندازه گیری نماید. شناسایی پرونئین های گیاهی وارد شده به دستگاه گوارش حشرات یکی از مهمترین چالش ها در اکولوژی تکاملی می باشد. در این مطالعه برای اولین بار تعدادی از پروتئین ... بیشتر

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی ژنتیک

22. تجزیه ارتباطی صفات مورفو-فنولوژیک در توتون‌های شرقی (Nicotiana tabacum L.) با نشانگرهای SSR تحت شرایط حضور و عدم حضور گل‌جالیز

مریم طهماسب عالی؛ رضا درویش زاده؛ امیر فیاض مقدم

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 15 اردیبهشت 1400

چکیده

شناسایی مکان‌های ژنی کنترل کنندة صفات کمّی به ویژه در وضعیّت تنش از موضوع‌های مهم حوزة ژنتیک و به-نژادی است. گل‌جالیز علف‌هرز هلوپارازیت (انگل اجباری) تضعیف کننده توتون (Nicotiana tabacum L.) با اثرات مخرب روی تولید آن است. در این مطالعه واکنش فنوتیپی 89 ژنوتیپ توتون شرقی در برابر انگل گل‌جالیز در قالب طرح پایه بلوک‌های کامل تصادفی با سه تکرار ... بیشتر شناسایی مکان‌های ژنی کنترل کنندة صفات کمّی به ویژه در وضعیّت تنش از موضوع‌های مهم حوزة ژنتیک و به-نژادی است. گل‌جالیز علف‌هرز هلوپارازیت (انگل اجباری) تضعیف کننده توتون (Nicotiana tabacum L.) با اثرات مخرب روی تولید آن است. در این مطالعه واکنش فنوتیپی 89 ژنوتیپ توتون شرقی در برابر انگل گل‌جالیز در قالب طرح پایه بلوک‌های کامل تصادفی با سه تکرار در طول دو سال متوالی در آزمایشات گلدانی ارزیابی شدند. در هر سال، ژنوتیپ‌ها در دو آزمایش جداگانه؛ یکی در شرایط نرمال (عدم حضور انگل گل‌جالیز) و دیگری در شرایط حضور انگل گل‌جالیز که در آن خاک گلدان‌ها با 06/0 گرم بذر گل‌جالیز مخلوط شد کشت شدند. در آزمایش مولکولی از 26 جفت آغازگر SSR برای تهیه پروفیل مولکولی افراد استفاده شد. مطالعه ساختار جمعیت به عنوان پیش‌نیازی برای انجام تجزیه ارتباط به روش بیزین، نشان داد که دو زیر گروه احتمالی (2=K) در جمعیت مورد مطالعه وجود دارد. بر اساس آمارهD′ 31/4 درصد از جفت مکان‌های SSR به طور معنی‌داری (01/0>P) در عدم تعادل پیوستگی بودند. در تجزیه ارتباط به روش مدل خطی مخلوط بر اساس میانگین تکرارها در دو سال برای هر ژنوتیپ در هر یک از شرایط در رابطه با هر صفت، در مجموع 16 مکان ژنی مرتبط با صفات مورد ارزیابی در سطح احتمال پنج درصد (P

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوشیمی

23. بهینه سازی واکنش های اتّصال آمینو اسید به رزین وَنگ و نشاندار کردن پپتید با کروموفور(6/5)–کربوکسی فلورسین

ریحانه خسروی؛ مرتضی دلیری؛ زهرا عزیزی؛ محمدحسین صنعتی؛ مریم محقق؛ امیر نوروزی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 15 اردیبهشت 1400

چکیده

متداول ترین روش سنتز پپتیدها، سنتز روی رزین جامد است. در بین انواع رزین، رزین وَنگ (Wang) یکی از رایج ترین آنها است. در این مطالعه روش هایی برای بهبود اتّصال اولین آمینو اسید از انتهای کربوکسیل(C-terminus) به رزین وَنگ و همچنین نشاندار کردن انتهای آمین پپتید سنتز شده با رنگ فلورسنت (6/5)- کربوکسی فلورسین ارائه می شود. پپتید تتراآرژینین(RRRR) بر ... بیشتر متداول ترین روش سنتز پپتیدها، سنتز روی رزین جامد است. در بین انواع رزین، رزین وَنگ (Wang) یکی از رایج ترین آنها است. در این مطالعه روش هایی برای بهبود اتّصال اولین آمینو اسید از انتهای کربوکسیل(C-terminus) به رزین وَنگ و همچنین نشاندار کردن انتهای آمین پپتید سنتز شده با رنگ فلورسنت (6/5)- کربوکسی فلورسین ارائه می شود. پپتید تتراآرژینین(RRRR) بر روی رزین وَنگ به روش سنتز بر پایه جامد سنتز شده و به انتهای آن رنگ فلورسنت (6/5)- کربوکسی فلورسین متّصل شد. نشاندار کردن پپتید توسط تست کایزر(نین هیدرین) مورد ارزیابی قرار گرفت. بهره واکنش اتّصال اولین آرژینین (Fmoc-Arg(pbf)-OH) توسط آزاد سازی گروه Fmoc(Fluorenylmethyloxycarbonyl chloride) متصل به آن و سنجش میزان جذب ماوراء بنفش آن در طول موج 278 نانومتر مورد اندازه گیری کمّی قرار گرفت. جهت مقایسه بهره واکنش های "اتّصال اوّلین آمینو اسید به رزین" و "نشاندار کردن با رنگ فلورسنت"، از دو گروه فعال کننده معروف کربوکسیل به نام های DIC (N,N’-diisopropyl carbodiimid) وHBTU (N,N,N′,N′-Tetramethyl-O-(1H-benzotriazol-1-yl)uronium hexafluorophosphate) استفاده شد. در اتّصال اوّلین آمینو اسید آرژینین، واکنش گر DIC بهره واکنش را بیشتر از واکنش گر HBTU افزایش می دهد. هر چند لازم است طول زمان انکوباسیون به 17 ساعت افزایش یابد. در حالی که برای نشاندار کردن پپتیدها، HBTU عملکرد بهتری نسبت به DIC دارد. این در حالی است که در اکثر پروتکل ها از DIC برای نشاندار کردن پپتیدها توسط انواع رنگ فلورسنت استفاده شده است و برای اتّصال اوّلین آمینو اسید نیز زمان انکوباسیون بسیار کمتر از 17 ساعت پیشنهاد شده است.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوفیزیک

24. پیشگویی جهش‌های پایدارکننده بالقوه پروتئین اینترفرون بتا-a1 (سینووکس) به‌وسیله شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

کریم مهنام؛ سوگند امیری فر

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 23 خرداد 1400

چکیده

داروی ایرانی سینووکس (اینترفرون بتا) یک داروی مهم در جلوگیری از پیشرفت بیماری‌ام. اس است و افزایش پایداری آن اهمیت زیادی دارد. در این تحقیق با طراحی پنج جهش برای این پروتئین و انجام شبیه‌سازی دینامیک مولکولی و داکینگ پایدارکننده‌ترین جهش، مشخص شد. برای انجام این کار در ابتدا ساختار طبیعی اینترفرون بتا به درگاه اینترنتی پاپ میوزیک ... بیشتر داروی ایرانی سینووکس (اینترفرون بتا) یک داروی مهم در جلوگیری از پیشرفت بیماری‌ام. اس است و افزایش پایداری آن اهمیت زیادی دارد. در این تحقیق با طراحی پنج جهش برای این پروتئین و انجام شبیه‌سازی دینامیک مولکولی و داکینگ پایدارکننده‌ترین جهش، مشخص شد. برای انجام این کار در ابتدا ساختار طبیعی اینترفرون بتا به درگاه اینترنتی پاپ میوزیک داده شد تا جهش‌های پایدارکننده پیشگویی شوند. سپس مدل چهار جهش مناسب‌تر پیشگویی شده توسط این سرور و یک جهش ترکیبی (جهش ترکیبی 2 و 3 یا جهش 5) از این پروتئین تهیه شد. سپس مدل هرکدام از این جهش‌ها و ساختار طبیعی به‌طور جداگانه در دماهای 300 و 350 و 400 و 450 و 500 کلوین به مدت 20 نانوثانیه به‌وسیله برنامه گرومکس 5 شبیه‌سازی دینامیک مولکولی شدند. (درمجموع 600 نانوثانیه). سپس پارامترهای ساختاری برای هرکدام از این ساختارها در هر دما در 10 نانوثانیه آخر شبیه‌سازی‌ها محاسبه شد و نمودار دما در برابر میانگین پارامترها رسم شدند و شیب تغییرات ساختاری در اثر افزایش دما برای همه جهش‌ها و ساختار طبیعی به دست آمد تا ساختارهای پایدارتر مشخص شوند. نتایج به‌دست‌آمده نشان داد که جهش شماره سه (G127E) در بین پنج جهش پایداری بیشتری در مقایسه با ساختار اینترفرون طبیعی دارد. بعلاوه قدرت اتصال جهش شماره سه به گیرنده اینترفرون نسبت به حالت وحشی و سایر جهش‌ها بیشتر بود. به نظر می‌رسد که افزایش هیدروفیلیستی اطراف باقی‌مانده 127 در جهش 3 در سطح پروتئین منجر به افزایش حلالیت و پایداری بیشتر آن در خارج از بدن شده است.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی ژنتیک

25. ارزیابی بیان RNA طویل غیرکدکننده RMST در پی القای تمایز نورونی در سلول های پرتوان کارسینومای جنینی NT2

نجمه عباسی؛ حسین فهیمی؛ سید حمید جمال الدینی؛ ریحانه رمضانی؛ صادق باباشاه

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 31 مرداد 1400

چکیده

هدف: نورون زایی فرآیندی محدود است که در یک دوره بعد از تولد و در بزرگسالان نیز در دو منطقه‌ی زیر بطنی و هیپوکامپ مغز انجام می‌گیرد، به همین دلیل جایگزین کردن سلول عصبی به جای سلول‌های تخریب ‌شده برای درمان بیماری‌های انحطاط عصبی، راه‌ حلی ارزشمند است. اگرچه RNAهای طویل غیرکدکننده در بسیاری از فرآیندهای سلولی درگیر می‌باشند، نقش ... بیشتر هدف: نورون زایی فرآیندی محدود است که در یک دوره بعد از تولد و در بزرگسالان نیز در دو منطقه‌ی زیر بطنی و هیپوکامپ مغز انجام می‌گیرد، به همین دلیل جایگزین کردن سلول عصبی به جای سلول‌های تخریب ‌شده برای درمان بیماری‌های انحطاط عصبی، راه‌ حلی ارزشمند است. اگرچه RNAهای طویل غیرکدکننده در بسیاری از فرآیندهای سلولی درگیر می‌باشند، نقش آنها در تنظیم روند تمایز نورونی کاملاً شناسایی نشده است. بر این اساس این مطالعه به بررسی تغییرات بیانی RNA طویل غیرکدکننده‌ی RMST، در طی روند تمایز عصبی در سلول‌های پرتوان کارسینومای جنینی می‌پردازد. مواد و روش‌ها: در این مطالعه ابتدا سلول‌های NT2 همراه با رتینوئیک اسید و کوکتیل تمایزی به سلول‌های شبه عصبی متمایز شدند و روند تمایز 7 روز ادامه پیدا کرد. سپس برای ارزیابی بیان مارکرهای عصبی و RNA طویل غیر کد کننده‌ی RMST، از روش‌ Q-RT-PCR استفاده شد. نتایج: در طی تمایز عصبی سلول‌های NT2 افزایش معناداری در میزان بیان رونوشت ژن‌های مارکر عصبی NSE و MAP2 مشاهده شد (***P < 0.0001). نتایج همچنین حاکی از افزایش بیان RNA طویل غیرکدکننده RMST در روز هفتم تمایز عصبی نسبت به گروه کنترل بود (***P < 0.001).نتیجه‌گیری: تغییرات بیانی که در سطوح این lncRNA رخ داده است، پیشنهاد دهنده‌ی نقش بالقوه آن در طی روند نورون‌زایی و تمایز عصبی می‌باشد. بنابراین از آن جا که lncRNAها فعالیت تنظیمی رخدادهای سلولی را بر عهده دارند، شناسایی تغییرات بیانی RNA طویل غیر کد کننده‌ی RMST در طی روند تمایز عصبی می‌تواند گویای مسیر تنظیمی ویژه‌ای برای نورون زایی باشد.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوشیمی

26. سنتز سبز نانوذرات اکسید آهن (Fe3O4) با استفاده از عصاره‌ی آبی اندام‌های هوایی گیاه تلخه (Acroptilon repens L.)

لیلی نباتی سوها؛ محمدتقی آل ابراهیم؛ عزیز حبیبی ینگجه؛ سولماز فیض پور

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 31 مرداد 1400

چکیده

علم و فناوری نانو تولید ماده در ابعاد نانومتری است.امروزه یکی از کارآمدترین روشهای سنتز نانوذرات، روش سنتزسبز نانوذرات توسط گیاهان میباشد. هدف از انجام این تحقیق نیز سنتز یک روش سبز جهت تهیه نانوذرات آهن میباشد. در این پژوهش، نانوذرات اکسید آهن به وسیله عصاره گیاه تلخه (Acroptilon repens L.) که دارای ترکیبات فنولی میباشد سنتز شد. عصاره گیاه ... بیشتر علم و فناوری نانو تولید ماده در ابعاد نانومتری است.امروزه یکی از کارآمدترین روشهای سنتز نانوذرات، روش سنتزسبز نانوذرات توسط گیاهان میباشد. هدف از انجام این تحقیق نیز سنتز یک روش سبز جهت تهیه نانوذرات آهن میباشد. در این پژوهش، نانوذرات اکسید آهن به وسیله عصاره گیاه تلخه (Acroptilon repens L.) که دارای ترکیبات فنولی میباشد سنتز شد. عصاره گیاه با روش ماسراسیون به دست آمد. برای تهیه زیستی نانوذرات آهن با عصاره تلخه از روش همرسوبی استفاده شد. نمونه های به دست آمده توسط آنالیزهای توزین حرارتی (TGA)، سنجش مغناطیسی نمونه ارتعاشی (VSM)، طیف سنجی مادون قرمز (FTIR)، پراش اشعه ایکس (XRD) و میکروسکوپ الکترونی روبشی (SEM) مورد تجزیه قرار گرفتند. تغییر رنگ در محلول و ته نشین شدن رسوبات قهوه‌ای رنگ، تأیید کننده موفقیت آمیز بودن سنتز سبز نانوذرات آهن بود. در آنالیز طیف سنجی وجود پیک در محدوده 490 تا 600 نانومتر، حاکی از سنتز زیستی این نانوذرات با عصاره گیاه تلخه میباشد. اندازه و مورفولوژی نانوذرات سنتز شده توسط میکروسکوپ الکترونی روبشی تعیین شد و مشخص گردید که شکل ذرات چند وجهی و گرد و اندازه متوسط آنها در حدود 39 تا 50 نانومتر است. همچنین نتایج آنالیز پراش اشعه ایکس، نانوکریستالهای سنتز شده به وسیله عصاره تلخه را نشان داد. با توجه به نتایج به دست آمده میتوان گفت که ترکیبات پلی فنولی موجود در عصاره تلخه به عنوان عامل کاهنده یون فلز آهن عمل کرده، همچنین به عنوان عامل کمپلکس کننده هم موجب سنتز نانوذرات آهن و هم موجب پایداری آنها میشوند

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیولوژی سلولی

27. مقایسه خواص سیتوتوکسیک اسانس و عصاره سرشاخه های Juniperus excelsa در دو منطقة البرز، بر رده سلولی سرطان ریه A549

سیده مهدخت مداح؛ فرهنگ مراقبی؛ ستاره سرحدی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 06 مهر 1400

چکیده

سرطان ریه یکی از شایع‌ترین انواع سرطان در جهان و ایران، است. گیاهان منابعی از انواع ترکیبات آنتی-اکسیدان هستند که می‌توانند در جهت تولید داروهای ضد سرطانی استفاده شوند. در تحقیق حاضر اثر سمیت سلولی اسانس و عصاره‌ی هیدروالکلی گیاه Juniperus excelsa ، بر روی سلول‌های سرطان ریه ردة A549 بررسی شد. سرشاخه‌های پایه های نر گیاه ارس از دو منطقه‌ی ... بیشتر سرطان ریه یکی از شایع‌ترین انواع سرطان در جهان و ایران، است. گیاهان منابعی از انواع ترکیبات آنتی-اکسیدان هستند که می‌توانند در جهت تولید داروهای ضد سرطانی استفاده شوند. در تحقیق حاضر اثر سمیت سلولی اسانس و عصاره‌ی هیدروالکلی گیاه Juniperus excelsa ، بر روی سلول‌های سرطان ریه ردة A549 بررسی شد. سرشاخه‌های پایه های نر گیاه ارس از دو منطقه‌ی چهل چشمه در فیروزکوه و سیراچال در کرج جمع‌آوری شده و اسانس و عصاره به ترتیب با روش کلونجر و خیساندن تهیه گردید. میزان سمیت سلولی، غلظت‌های مختلف اسانس و عصاره سرشاخه‌های گیاه ارس دو منطقه، بر روی سلول‌های ردة A549 در سه زمان 24 ،48 و 72 ساعت با استفاده از روش MTT ارزیابی شد. از روش فلوسایتومتری برای بررسی مرگ سلولی و چرخه‌ی سلولی در سلول‌های تحت تیمار 72 ساعته با 10 µg/ml اسانس و عصاره دو منطقه استفاده گردید. نتایج بررسی میزان سمیت سلولی نشان داد قدرت کشندگی عصاره‌ها از اسانس‌ها به طور معنی داری بیشتر بود ولی بین مناطق مختلف تفاوت معنی داری از نظر میزان سمیت سلول وجود نداشت(P<0.01). همچنین کاهش بیشتر تعداد سلول‌های زنده و افزایش ورود سلول‌ها به فاز Sub G1 و در نتیجه افزایش آپوپتوز تحت تیمار با عصارة پایه‌های نر ثابت شد. به این ترتیب عصارة سرشاخه‌های این گیاه با توقف چرخه سلولی در مرحله G2/M خواص ضد سرطانی دارد.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

28. تاثیر مشتق های بوسولیک اسید 3-O-Acetyl-11-keto-β-boswellic acid (AKBA) روی ساختار مونومر و دیمر Aβ(1-40) و Aβ(1-42) : نگرش شبیه سازی دینامیک مولکولی

محمدرضا بزرگمهر؛ شهلا بلبلیان؛ علی مرسلی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 17 مهر 1400

چکیده

دو پپتید Aβ (1-40) و Aβ (1-42) در بیماری آلزایمر موثر هستند که به صورت تجمعات فیبریلی خارج سلول عصبی، باعث ایجاد بیماری می شوند. یکی از روش های مهار پیشرفت بیماری آلزایمر، تجویز داروهایی است که باعث کاهش این تجمعات شود. از جمله این داروها، داروهایی با منشا گیاهی هستند که عوارض جانبی کمتری هم دارند. گیاه بوسولیا (Boswellia) با خواص آنتی اکسیدانی ... بیشتر دو پپتید Aβ (1-40) و Aβ (1-42) در بیماری آلزایمر موثر هستند که به صورت تجمعات فیبریلی خارج سلول عصبی، باعث ایجاد بیماری می شوند. یکی از روش های مهار پیشرفت بیماری آلزایمر، تجویز داروهایی است که باعث کاهش این تجمعات شود. از جمله این داروها، داروهایی با منشا گیاهی هستند که عوارض جانبی کمتری هم دارند. گیاه بوسولیا (Boswellia) با خواص آنتی اکسیدانی بالا، اثرات درمانی در برابر بیماری های مختلف از جمله بیماری های عصبی دارد. در این تحقیق، برهم کنش یک مشتق بوسولیک اسید با نام 3-O-acetyl-11-keto-b-Boswellic acid (AKBA) به عنوان لیگاند با پپتیدهای Aβ (1-40) و Aβ (1-42) به صورت مونومر و دیمر به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی بررسی شد. نتایج آنالیزهای مختلف نشان دادند بیشترین میزان انعطاف دنباله ها در دنباله های C ترمینال پپتید دوم Aβ (1-40) و در حضور لیگاند است. همچنین، لیگاند تاثیر بازدارندگی و کاهش تشکیل ساختار صفحه را بر دنباله های پپتید Aβ (1-40) نشان می دهد. افینیته اتصال لیگاند به دنباله هایی از پپتیدها که بیشترین برخورد با لیگاند را داشتند، با استفاده از معیار فاکتور صورتبندی محاسبه شد و مشخص شد این دنباله ها انعطاف پذیری کمتر و در نتیجه تمایل بیشتری به پیوند با لیگاند دارند. در نهایت، جایگاه های اتصال از طریق محاسبه انرژی اتصال دنباله های مذکور معرفی شد که نتایج حاصل از این شبیه سازی دینامیک مولکولی تطابق خوبی با شواهد تجربی مربوطه داشت.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوشیمی

29. بررسی میانکنش نانوذره اکسید آهن (Fe2O3) با آلبومین سرم انسانی با استفاده از تکنیک‌های فلورسانس و دورنگ‌نمایی دورانی

علی ریاحی مدوار؛ علیرضا قاسمی نسب؛ فرشید برزگری دهج؛ زهرا زمانی؛ فاطمه رضائی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 17 مهر 1400

چکیده

نانوذرات کاربردهای وسیعی در صنایع مختلف دارند، بنابراین می‌توان انتظار داشت که آنها راهی را برای ورود به محیط زیست پیدا کنند و حیات موجودات زنده را با عواقب غیر قابل پیش‌بینی تحت تاثیر قرار دهند. با توجه به کاربردهای گسترده نانوذره اکسید آهن nFe2O3)) در صنایع مختلف، در این مطالعه، میانکنش این نانوذره در غلظت‌های مختلف با یکی از فراوانترین ... بیشتر نانوذرات کاربردهای وسیعی در صنایع مختلف دارند، بنابراین می‌توان انتظار داشت که آنها راهی را برای ورود به محیط زیست پیدا کنند و حیات موجودات زنده را با عواقب غیر قابل پیش‌بینی تحت تاثیر قرار دهند. با توجه به کاربردهای گسترده نانوذره اکسید آهن nFe2O3)) در صنایع مختلف، در این مطالعه، میانکنش این نانوذره در غلظت‌های مختلف با یکی از فراوانترین پروتئین‌های موجود در خون، یعنی آلبومین سرم انسانی (HSA) با استفاده از روش‌های فلورسانس ذاتی در دماهای مختلف، فلورسانس خارجی و دورنگ نمایی حلقوی (CD)، مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که با افزایش غلظت نانوذره در محیط و در تمام دماها، نشر فلورسانس ذاتی پروتئین کاهش می‌یابد. بر اساس ثابت سرعت خاموشی، مشخص گردید که مکانیسم برهمکنش بین HSA و nFe2O3 از نوع پایا می‌باشد. پارامترهای ترمودینامیکی نشان داد که آنتالپی (H∆) و آنتروپی (S∆) هر دو منفی می‌باشند که این مساله نشان دهنده نقش پیوندهای هیدروژنی و نیروهای واندروالسی در این میانکنش می‌باشند. منفی بودن تغییرات انرژی آزاد واکنش (G°∆)، بیانگر انرژی‌زا بودن و خودبخودی بودن این واکنش می‌باشد. از طرف دیگر، نشر فلورسانس خارجی ANS در حضور HSA میانکنش داده با نانوذره نسبت به HSA بیشتر افزایش می‌یابد. علاوه بر این، طیف-های ناحیه دور دورنگ‌نمایی حلقوی، نشان دهنده تغییر در ساختار دوم پروتئین پس از میانکنش با نانوذره می‌باشد. این نتایج در مجموع، نشان دهنده تغییراتی در ساختار پروتئین بعد از در معرض قرار گرفتن با این نانوذره می‌باشد که می‌تواند عملکرد آن را تحت تاثیر قرار دهد.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

30. اثر قارچ اندوفیت و نانوذره اکسید روی بر برخی شاخصهای رشدی و فیتوشیمیایی گیاه عروسک پشت‌پرده در شرایط درون‌شیشه

صالح شهابی وند؛ نسترن حیدری

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 25 مهر 1400

چکیده

قارچ اندوفیت ریشه Serendipita indica دارای خصوصیات مفید و منحصر به فردی جهت افزایش رشد، تولید محصول و مقاومت گیاهان به تنش‌های زیستی و غیرزیستی است. مطالعات اخیر نشان داده که رشد، فیزیولوژی و تولید مواد فیتوشیمیائی گیاه به‌طور قابل‌توجهی توسط نانو ذرات فلزی تحت تأثیر قرار می‌گیرد. هدف از این پژوهش بررسی تأثیرات قارچ S. indica و نانوذرات اکسید ... بیشتر قارچ اندوفیت ریشه Serendipita indica دارای خصوصیات مفید و منحصر به فردی جهت افزایش رشد، تولید محصول و مقاومت گیاهان به تنش‌های زیستی و غیرزیستی است. مطالعات اخیر نشان داده که رشد، فیزیولوژی و تولید مواد فیتوشیمیائی گیاه به‌طور قابل‌توجهی توسط نانو ذرات فلزی تحت تأثیر قرار می‌گیرد. هدف از این پژوهش بررسی تأثیرات قارچ S. indica و نانوذرات اکسید روی بر میزان همزیستی، شاخص‌های رشدی و تولید برخی از مواد فیتوشیمیائی گیاه داروئی عروسک پشت پرده (Physalis alkekengi) در شرایط درون شیشه بود. تیمارها شامل دو سطح قارچ (وجود قارچ و فقدان قارچ) و پنج سطح نانوذره اکسیدروی (0، 5، 10، 15 و 20 میلی‌گرم بر لیتر) بودند. با افزایش غلظت نانوذره در محیط کشت، درصد همزیستی و شاخص‌های رشدی گیاه بطور معنی‌داری افزایش یافتند. کاربرد نانوذره در برخی از سطوح، باعث افزایش در میزان فلاونوئید کل، فنل کل، آنتوسیانین و ظرفیت آنتی‌اکسیدان برگ و ساقه نسبت به گیاهان شاهد شد. حضور قارچ اندوفیت، شاخص‌های رشدی، فلاونوئید ساقه، آنتوسیانین برگ و ساقه، فنل کل برگ و ظرفیت آنتی‌اکسیدان برگ و ساقه را بطور معنی‌دار افزایش داد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که نانوذره اکسید روی، به خصوص در سطح 20 میلی‌گرم، به عنوان الیسیتور غیرزیستی و قارچ اندوفیت S. indica به عنوان الیسیتور زیستی می‌توانند باعث افزایش رشد و تولید برخی مواد فیتوشیمیائی در گیاه داروئی عروسک پشت‌پرده شوند.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

31. تهیه انواع فرمولاسیونهای لیپوزومی پیپراکتام و بررسی اثر ضد میکروبی بر Pseudomonas aeruginosa

حمیده میرزاخانلو؛ رابعه خوشنویس زاده؛ شهره زارع کاریزی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 25 مهر 1400

چکیده

سودوموناس آئروژینوزا از باکترهای متداول درعفونت های بیمارستانی بوده که با مکانیسم های مختلفی در برابر انواع آنتی بیوتیک ها مقاوم می شود. امروزه یکی از راهکارهای افزایش راندمان درمان، بهره گیری از سامانه های دارورسانی مثل لیپوزوم ها است. در این مطالعه پیپراکتام، آنتی بیوتیک موثر بر سودوموناس آئروژینوزا، در انواع فرمولاسیون لیپوزومی ... بیشتر سودوموناس آئروژینوزا از باکترهای متداول درعفونت های بیمارستانی بوده که با مکانیسم های مختلفی در برابر انواع آنتی بیوتیک ها مقاوم می شود. امروزه یکی از راهکارهای افزایش راندمان درمان، بهره گیری از سامانه های دارورسانی مثل لیپوزوم ها است. در این مطالعه پیپراکتام، آنتی بیوتیک موثر بر سودوموناس آئروژینوزا، در انواع فرمولاسیون لیپوزومی محصور شده و کارایی آنها با سنجش MIC مورد ارزیابی قرار گرفته است. اثر ضد میکروبی فرمولاسیون های لیپوزومی و محلول دارویی بر روی دو جدایه بالینی و یک سویه استاندارد سودوموناس آئروژینوزا به روش رقیق سازی سریالی مورد بررسی قرار گرفت میکروسکوپ الکترونی لیپوزوم های کروی شکلی را نمایش داد که نوع خنثی، کاتیونی و آنیونی آن به ترتیب دارای ابعاد8/133، 7/117 و 81/83 نانومتر و بار 56/6- ، 9/26 و 5/23- میلی ولت بوده است. تکنیک HPLC میزان انکپسولاسیون لیپوزوم خنثی، کاتیونی و آنیونی را به ترتیب 5/26، 8/31 و 6/37 درصد ارزیابی کرد. نتایج کمترین غلظت مهارکنندگی بر روی سویه استاندارد و دو جدایه 62 و 60 برای داروی آزاد 40، 8، 8 ، لیپوزوم خنثی 4، 32، 16، لیپوزوم کاتیونی 4، 8، 32 و لیپوزوم آنیونی 1، 2 و 1 میکروگرم بر میلی لیتر بدست آمد.تکنیک تبخیر فاز حلال، امکان تشکیل ذرات لیپوزومی را فراهم کرد که دارای ابعاد کوچک و درصد انکپسولاسیون مناسب بود.مقایسه نتایج میکروبی فرمولاسیون های مختلف با داروی آزاد نشان داد لیپوزوم آنیونی پیپراکتام با چهار فولد کاهش MIC نسبت به داروی آزاد، بهترین فرمولاسیون برای مهار رشد سویه های سودوموناسی مورد مطالعه در این تحقیق بوده است.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی میکروبیولوژی

32. ردیابی و تعیین خصوصیات بیولوژیکی و فیلوژنتیکی ویروس Y سیب زمینی (PVY) جدایه استان لرستان

فاطمه رحیمی؛ سیدحسین وفایی؛ سمیرا پاکباز

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 28 مهر 1400

چکیده

بیماری‌های ویروسی از جمله عوامل محدودکننده تولید سیب‌زمینی در جهان هستند. ویروس Y سیب‌زمینی (PVY) گونه جنس Potyvirus از خانواده Potyviridae یکی از مهم‌ترین بیماری‌های محصول سیب‌زمینی می‌باشد. به منظور ردیابی ویروس، تعداد 135 نمونه از گیاهانی که علائم موزائیک، کوتولگی، موجی بودن حاشیه برگ، لکه‌های کلروتیک و تغییر شکل برگ را نشان می‌دادند، ... بیشتر بیماری‌های ویروسی از جمله عوامل محدودکننده تولید سیب‌زمینی در جهان هستند. ویروس Y سیب‌زمینی (PVY) گونه جنس Potyvirus از خانواده Potyviridae یکی از مهم‌ترین بیماری‌های محصول سیب‌زمینی می‌باشد. به منظور ردیابی ویروس، تعداد 135 نمونه از گیاهانی که علائم موزائیک، کوتولگی، موجی بودن حاشیه برگ، لکه‌های کلروتیک و تغییر شکل برگ را نشان می‌دادند، از مزارع سیب‌زمینی استان لرستان جمع‌آوری گردید. عصاره گیاهان مشکوک در مرحله چهار برگی روی گیاهان محکNicotiana glutinosa ، N. occidentalis وN. debneyi مایه‌زنی گردید. پس از حدود ده روز علایمی نظیر زردی موضعی، رگبرگ‌روشنی و موزائیک روی N. occidentalis و پیسه ای شدن و نکروز موضعی روی N. glutinosa مشاهده شد. از گیاهان محک دارای علائم، استخراجRNA کل صورت گرفت و با استفاده از آزمون RT-PCR و آغازگرهای اختصاصی مربوط به بخشی از ناحیه ژنومی ژن CP و NIb ویروسPVY ، باندی در محدوده bp 1115 تکثیر شد و آلودگی نمونه‌ها به ویروس PVY اثبات شد. بررسی‌های فیلوژنتیکی نشان داد که جدایه ایرانی مورد مطالعه دارای 48/99-74/98 درصد همسانی ژنتیکی با دیگر توالی‌های ثبت شده در این ناحیه درNCBI بود. نتایج تجزیه و تحلیل‌های ژنتیکی نشان داد که جدایه‌های ویروس PVY در دو گروه قرار گرفتند و جدایه ردیابی شده از استان لرستان در گروه II و در کنار جدایه‌های مربوط به کشور آلمان که متعلق به نژاد Wilga بودند، قرار گرفت. توالی نوکلئوتیدی قطعه مورد نظر در NCBI به شماره دسترسی MT655949 ثبت گردید. این اولین گزارش از آلودگی مزارع سیب‌زمینی استان لرستان به ویروسPVY به کمک آزمایشات مولکولی می‌باشد.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی میکروبیولوژی

33. ارزیابی اثر سیتوتوکسیسیتی متابولیت‌های ترشحی و عصاره سلولی بیفیدوباکتریوم‌های جداسازی شده از محصولات لبنی بر رده سلولی سرطان کولون (SW1116) و نرمال کلیه (HEK 293)

مریم ثریا؛ الهام معظمیان

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 12 آبان 1400

چکیده

پروبیوتیک‌ها مکمل خوراکی میکروبی زنده هستند و با افزایش غلظت باکتری های مفید مثل لاکتوباسیلوس و بیفیدوباکتریوم و کاهش سطح میکروب‌های بیماری‌زا، میکروفلور روده را تغییر می‌دهند. پروبیوتیک ها توانایی قابل توجهی در درمان سرطان کولون دارند و ممکن است نقش مهمی در پیشگیری از سرطان داشته باشند. هدف از انجام این پژوهش جداسازی و شناسایی ... بیشتر پروبیوتیک‌ها مکمل خوراکی میکروبی زنده هستند و با افزایش غلظت باکتری های مفید مثل لاکتوباسیلوس و بیفیدوباکتریوم و کاهش سطح میکروب‌های بیماری‌زا، میکروفلور روده را تغییر می‌دهند. پروبیوتیک ها توانایی قابل توجهی در درمان سرطان کولون دارند و ممکن است نقش مهمی در پیشگیری از سرطان داشته باشند. هدف از انجام این پژوهش جداسازی و شناسایی بیفیدوباکتریوم‌ها و تاثیر متابولیت‌ها و عصاره سلولی باکتری بر رده-ی نرمال کلیه(HEK298) و رده‌ی سرطان کولون (SW1116) می باشد. در این تحقیق 100 نمونه محصولات لبنی سنتی جمع آوری و جهت جداسازی بیفیدوباکتریوم ها روی محیط بیفیدوباکتریوم آگار کشت داده شد. پس از شناسایی باکتری به روش بیوشیمیایی و مولکولی، اثر سیتوتوکسیسیتی متابولیت ترشحی و عصاره سلولی باکتری بر روی رده‌های سلولی سرطان کولون و نرمال کلیه از طریق تست ام تی تی (MTT)ارزیابی گردید. در این تحقیق بیفیدوباکتریوم های جداسازی شده گونه بیفیدیوم شناسایی شد. نتایج نشان داد که متابولیت ترشحی بیفیدوباکتریوم بیفیدیوم دو جدایه 2 و 3 بیشترین اثر سیتوتوکسیسیتی (95%) بر روی رده سرطان کولون نشان دادند. متابولیت ترشحی جدایه های 2 و 3 بر روی HEK-293 به ترتیب 12% و 81% اثر سیتوتوکسیسیتی نشان دادند. اثر سیتوتوکسیسیتی متابولیت ترشحی بیفیدوباکتریوم بیفیدیوم جدایه 2 بر روی رده ی نرمال HEK-293 بسیار کمتر از تاثیر آن بر روی رده ی سرطانی SW1116 می باشد. بنابراین می‌توان با انجام مطالعه‌های بیشتر از این باکتری به عنوان یک محصول پروبیوتیک ضدسرطان، در درمان و پیشگیری از سرطان کولون استفاده نمود.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیولوژی سلولی

34. بررسی اثرات ورزش میان‌مدت در پاسخ القا شده توسط تیمروزال در مسیر آتوفاژی بخش پری فرونتال موش نرِ نژاد ویستار

مجید نوائیان؛ مونا سوسنی راد؛ محمد ناصحی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 07 دی 1400

چکیده

زمینه و هدف: در افراد مبتلا به اوتیسم، ارتباط، تعامل اجتماعی و بازی تخیلی بطور مشخص آسیب دیده است. تیمروزال که بطور رایج مرتیولات شناخته می‌شود، یک ترکیب ارگانوجیوه با خواص ضدقارچی و آنتی سپتیک است. ارتباط بین احتمال ایجاد اوتیسم بوسیله واکسن‌های تیمروزال در سال‌های اخیر عمدتا توسط رسانه‌های عمومی مطرح شده است. پژوهش حاضر، تغییرارت ... بیشتر زمینه و هدف: در افراد مبتلا به اوتیسم، ارتباط، تعامل اجتماعی و بازی تخیلی بطور مشخص آسیب دیده است. تیمروزال که بطور رایج مرتیولات شناخته می‌شود، یک ترکیب ارگانوجیوه با خواص ضدقارچی و آنتی سپتیک است. ارتباط بین احتمال ایجاد اوتیسم بوسیله واکسن‌های تیمروزال در سال‌های اخیر عمدتا توسط رسانه‌های عمومی مطرح شده است. پژوهش حاضر، تغییرارت رفتاری وابسته به دوز را بعد از مواجهه زودهنگام با تیمروزال طبق الگوی زمانی واکسیناسیون کودکان در موش‌های نر صحرایی مورد بررسی قرار داد. مواد و روشها: ابتدا به موش‌های تازه به دنیا آمده در روزهای 7، 9، 11 و 15 مقدار 300 میکروگرمی تیمروزال تزریق شد. سپس از روز 31 تا روز 80 پس از تولد، پروتکل‌های مختلف ورزشی 1 و 2 اعمال شد، بلافاصله پس از انجام پروتکل‌ها، در مدت زمان کمتر از 30 ثانیه مغز از درون جمجمه خارج و پری فرونتال مغز بسرعت استخراج شد. در نهایت، جهت سنجش تام پروتئین‌ها با استفاده از تکنیک وسترن بلات، زیر واحدهای ژن ATG8 و ATG10 در پری فرونتال مورد بررسی قرار گرفت. نتیجه گیری: نتایج نشان داد، موش‌های دریافت کننده تیمروزالی که پروتکل‌های ورزشی انجام دادند، بویژه موش‌هایی که پروتکل اول ورزشی + پروتکل دوم ورزشی را انجام دادند، میزان بیان ژن‌های ATG8 و ATG10 بطور معناداری نسبت به گروه کنترل کمتر است. بنابراین می توان نتیجه گرفت ورزش میان‌مدت در رفع اثرات سوء تیمروزال در بیان ژن‌های آتوفاژیک موثر است.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیولوژی سلولی

35. مطالعه‌ی القای اتوفاژی و مرگ سلولی در سلول‌های MCF-7 در حضور کوئرستین

شاهرخ صفریان؛ آی سان عرفانی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 07 دی 1400

چکیده

در این مطالعه، امکان وقوع اتوفاژی مرگ در حضور کوئرستین به روی سلول‌های MCF-7 مورد بررسی قرار گرفته است. در ابتدا غلظت موثر از کوئرستین برای نابودی 50 درصد از سلول‌ها (LC50) با استفاده از روش MTT مشخص و معادل M 220 تعیین شد. برای تعیین نوع مرگ سلولی از روش فلوسیتومتری و نشانگرهای ویژه‌ی آن شامل Annexin-FITC و PI استفاده گردید. براین اساس، نوع اصلی ... بیشتر در این مطالعه، امکان وقوع اتوفاژی مرگ در حضور کوئرستین به روی سلول‌های MCF-7 مورد بررسی قرار گرفته است. در ابتدا غلظت موثر از کوئرستین برای نابودی 50 درصد از سلول‌ها (LC50) با استفاده از روش MTT مشخص و معادل M 220 تعیین شد. برای تعیین نوع مرگ سلولی از روش فلوسیتومتری و نشانگرهای ویژه‌ی آن شامل Annexin-FITC و PI استفاده گردید. براین اساس، نوع اصلی مرگ سلولی در تیمار سلول‌ها با کوئرستین، آپوپتوز و درصد آن معادل 54% تشخیص داده شد. در روش real time RT-PCR ژن‌های p53، Bax، Bcl-2 و casp-3 در رابطه با مسیر آپوپتوز مورد توجه قرار گرفت. مطالعات ما نشان داد که کاهش معنادار مشاهده شده در بیان Bcl-2، با توجه به نقش ضدآپوپتوزی آن، نمایانگر افزایش حساسیت سلولهای سرطانی پستان نسبت به مرگ آپوپتوزی در حضور کوئرستین میباشد. افزایش مقدار عددی مربوط به نسبت Bax/Bcl-2 نشان می‌دهد که علی‌رغم ثبات مضاهده شده در بیان ژن Bax،افزایش حساسیت سلولها نسبت به آپوپتوز از طریق کاهش بیان Bcl-2 امکان‌پذیر می‌باشد. به منظور بررسی اثرات کوئرستین در القای مسیر اتوفاژی، ژن‌های mTOR، LC3، Beclin-1 و DRAM انتخاب شدند و تغییرات بیان آنها در حضور کوئرستین مورد مطالعه قرار گرفت. کاهش سطح بیان ژن mTOR، در کنار افزایش شدیدی که در بیان LC3 مشاهده می‌شود، مجموعا وقوع اتوفاژی را به اثبات می‌رساند.این موضوع با استفاده از آنتیبادی LC3II و بهره‌گیری از روش ایمونوسیتوشیمی نیز مورد تایید قرار گرفت. یافته‌های ما نشان داد که کوئرستین توانایی نابودی سلول‌های سرطانی پستان را از طریق اتوفاژی مرگ دارا می‌باشد.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

36. تاثیر فاکتور‌های القایی بر توان رشد، کلون‌زایی و الگوی ژنتیکی سلول‌های بنیادی اسپرماتوگونی ماهی آزاد دریای خزر در شرایط آزمایشگاهی

محمدرضا کلباسی؛ حسین بهاروند؛ سمانه پورسعید؛ گورو یوشیزاکی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 12 دی 1400

چکیده

این مطالعه با هدف بررسی اثر فاکتور‌های مختلف رشد بر میزان تکثیر، کلون‌زایی و بیان برخی از ژن‌های اختصاصی‌ سلول‌های اسپرماتوگونی ماهی آزاد دریای خزر در شرایط آزمایشگاهی طراحی شده است. سلول‌های اسپرماتوگونی از بافت بیضه بچه ماهیان آزاد دریای خزر با استفاده از روش هضم آنزیمی دو مرحله‌ای جداسازی و از طریق حذف تمایزی خالص سازی شدند. ... بیشتر این مطالعه با هدف بررسی اثر فاکتور‌های مختلف رشد بر میزان تکثیر، کلون‌زایی و بیان برخی از ژن‌های اختصاصی‌ سلول‌های اسپرماتوگونی ماهی آزاد دریای خزر در شرایط آزمایشگاهی طراحی شده است. سلول‌های اسپرماتوگونی از بافت بیضه بچه ماهیان آزاد دریای خزر با استفاده از روش هضم آنزیمی دو مرحله‌ای جداسازی و از طریق حذف تمایزی خالص سازی شدند. تعلیق سلولی حاوی سلول‌های بنیادی اسپرماتوگونی در محیط کشت حاوی ترکیبی از فاکتور‌های مختلف رشد (bFGF، GDNF، IGF-I، EGF و LIF) به مدت چهارده روز کشت داده شدند. مساحت کلونی‌ها در روز چهاردهم در هر گروه اندازه‌گیری شد، همچنین از رنگ‌آمیزی ایمنوفلورسنت برای بررسی کیفی و کمی نشانگر DDX4/VASA در بین گروه‌های مختلف استفاده شد. بیان ژن‌های Vasa و Gfrα1 به عنوان ژن‌های اختصاصی سلول‌های زایا در گروه‌های مختلف مورد بررسی قرار گرفت. اندازه کلونی‌های اسپرماتوگونی در گروهی که تحت تاثیر چهار فاکتور رشد (bFGF+GDNF+IGF-1+EGF) قرار داشتند، به طور معنی‌داری بالاتر از سایر گروه‌های آزمایشی بود (001/0>P). با این وجود، در حضور LIF، اثر معنی داری بر روی تکثیر سلول‌های اسپرماتوگونی مشاهده نشد. رنگ‌آمیزی ایمنوفلورسنت نشان داد که کلونی‌های سلولی در گروه‌های مختلف برای نشانگر DDX4/VASA مثبت بودند و به جز گروه LIF اختلاف معنی‌داری در بین سایر گروه‌ها مشاهده نشد (05/0

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

37. مقایسه In silico پپتیدهای زیست‌فعال حاصل از آنزیم روبیسکو سه ریزجلبک با پروتئین-های متداول مصرفی

لیلا زرندی میاندوآب؛ سیده فهیمه رضوی؛ فرشاد پوریوسف؛ نادر چاپارزاده

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 24 اسفند 1400

چکیده

مقدمه: امروزه پپتیدهای زیست فعال یکی از ابزارهای مهم در بهبود سلامت انسان هستند. پروتئین‌های ریزجلبکی شاید بتوانند جایگزین خوبی به جای منابع گران‌قیمت مانند گوشت و شیر به‌عنوان پیش‌ساز تولید پپتیدهای زیست فعال باشند. RuBisCO یک آنزیم هگزادکامریک است که از هشت زیر واحد بزرگ و هشت زیر واحد کوچک تشکیل شده است و 2 تا 10 درصد از کل پروتئین ... بیشتر مقدمه: امروزه پپتیدهای زیست فعال یکی از ابزارهای مهم در بهبود سلامت انسان هستند. پروتئین‌های ریزجلبکی شاید بتوانند جایگزین خوبی به جای منابع گران‌قیمت مانند گوشت و شیر به‌عنوان پیش‌ساز تولید پپتیدهای زیست فعال باشند. RuBisCO یک آنزیم هگزادکامریک است که از هشت زیر واحد بزرگ و هشت زیر واحد کوچک تشکیل شده است و 2 تا 10 درصد از کل پروتئین سلولی را تشکیل می‌دهد. روش: پروتئین RuBisCO متعلق به‌ سه ریزجلبک (Arthrospira plantensis (Spirulina) ،Dunaliella salina ، Haematococcus pluvialis) به‌صورتin silico هضم آنزیمی شد. خواص آنتی اکسیدانی ، مهار آنزیم مبدل آنژیوتانسین و دیپپتیدیل پپتیداز -4 و فعال‌سازی پروتئولیز با واسطه یوبیکوتین پپتیدهای حاصله با محصولات پپتیدی پروتئین‌های متداول مانند گوشت و شیر با استفاده از پایگاه های اطلاعاتی بیوانفورماتیکی مختلف مانندBIOPEP ،ProtParam ، PeptiDeranker، Pepcalc و ToxinPred مقایسه شد. نتایج و بحث: طیف وسیعی از پپتیدهای فعال زیستی با قابلیت‌های متعدد طی هضم زیرواحد‌های بزرگ و کوچک RuBisCO با آنزیم‌های گوارشی انسانی، گیاهی و میکروبی پیش‌بینی شد. نتایج موید رتبه‌بندی بالا و سمیت پایین پپتیدهای مشتق از RuBisCO در مقایسه با پپتیدهای مشتق از پروتئین‌های گوشت و شیر است. نتیجه‌گیری: به‌نظر می‌رسد که پپتیدهای فعال مشتق از RuBisCO از ریزجلبک‌ها عملکرد خوبی به‌عنوان آنتی‌اکسیدان، ضد سرطان، ضد‌حساسیت و ضد آترواسکلروتیک دارند. این برتری به ترکیب اسیدآمینه‌های آن مربوط است. احتمالاً تهیه یک محصول، متشکل از پپتیدهای حاصل از آنزیم RuBisCO سه ریزجلبک، مکمل غذایی مناسبی برای پیشگیری و درمان برخی بیماری‌ها باشد.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

38. بررسی فعالیت تثبیت نیتروژن، بیان ژن nifH و رشد در سیانوباکتر Aliinostoc sp.، تحت تاثیرمنابع نیتروژن، فسفر و پتاسیم

محمد فارسی؛ مریم نبی پور؛ قربان علی نعمت زاده؛ امین میرشمسی کاخکی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 24 فروردین 1401

چکیده

سیانوباکترها قدیمی‌ترین فتواتوتروف‌های اکسیژنی با توزیع اکولوژیکی گسترده‌ بر روی زمین هستند. آنها با اثر بر خصوصیات فیزیکوشیمیایی خاک، موجب افزایش حاصلخیزی آن می‌شوند. به دلیل مضرات افزایش مصرف کودهای شیمیایی، جستجو برای منابع زیستی که حداقل قسمتی از نیاز محصول را فراهم کند، ضروری است. در این مطالعه با هدف افزایش کارایی کود زیستی ... بیشتر سیانوباکترها قدیمی‌ترین فتواتوتروف‌های اکسیژنی با توزیع اکولوژیکی گسترده‌ بر روی زمین هستند. آنها با اثر بر خصوصیات فیزیکوشیمیایی خاک، موجب افزایش حاصلخیزی آن می‌شوند. به دلیل مضرات افزایش مصرف کودهای شیمیایی، جستجو برای منابع زیستی که حداقل قسمتی از نیاز محصول را فراهم کند، ضروری است. در این مطالعه با هدف افزایش کارایی کود زیستی سیانوباکتریایی، تاثیر عناصر نیتروژن، فسفر و پتاسیم در قالب کودهای اوره، سوپرفسفات و کلرید پتاسیم، بر فعالیت تثبیت نیتروژن اندازه‌گیری شده به وسیله کروماتوگرافی گازی، بیان ژن nifH و رشد سیانوباکتر Aliinistoc sp.، بررسی شد. به طور کلی افزایش غلظت منابع نیتروژن و فسفر، رشد و فعالیت تثبیت نیتروژن را کاهش دادند. بیشترین اثر منبع نیتروژن بر میزان فعالیت نیتروژناری بود، به طوری‌که در انتهای دوره آزمایشی در مقایسه با ابتدای آن (پیش از تیمار)، میزان فعالیت نیتروژنازی در حضور 10 و 100 میلی‌گرم در لیتر اوره، به ترتیب 50 و 100 درصد کاهش یافت. فسفر اثر قابل توجهی بر رشد نمونه نشان داد و در بیشترین غلظت مورد استفاده از سوپرفسفات (500 میلی‌گرم در لیتر)، کاهش رشد حدود 80 درصدی مشاهده گردید. از طرف دیگر، پتاسیم به ویژه در کمترین غلظت مورد استفاده (125 میلی‌گرم در لیتر)، موجب افزایش قابل توجه حدود 20 درصدی رشد و افزایش دو برابری فعالیت نیتروژنازی شد. علاوه براین، ارزیابی بیان ژن nifH الگوی فعالیت نیتروژنازی را تایید نمود. در مجموع نتایج این مطالعه بیانگر لزوم توجه به مقدار عناصر مورد استفاده به همراه کود زیستی سیانوباکتریایی است.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوشیمی

39. بررسی محتوای فنول و فلاونوئید کل و فعالیت آنتی‌اکسیدانی و آنتی‌کولین‌استرازی نمونه‌های بره موم جمع آوری شده از سه منطقه استان کرمان

شهناز فتحی هفشجانی؛ صفا لطفی؛ الهام رضوان نژاد؛ مجتبی مرتضوی؛ علی ریاحی مدوار

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 24 فروردین 1401

چکیده

بره‌موم (پروپولیس)، یک ماده طبیعی رزینی با خواص زیستی متعدد است که توسط زنبور عسل تولید می‌شود. در این مطالعه، عصاره اتانولی نمونه‌های بره‌موم جمع‌آوری شده از سه منطقه استان کرمان (لاله زار، راین و سرآسیاب) مورد بررسی قرار گرفته است. محتوای فنل و فلاونوئید کل عصاره‌ها بترتیب با روش فولین-سیوکالتو و آلومینیوم کلراید و فعالیت آنتی‌اکسیدانی ... بیشتر

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی میکروبیولوژی

40. غربالگری و شناسایی مولکولی نوکاردیاهای با توانایی زیست پالایی هیدروکربنهای آروماتیک چند حلقه ای و فنل از اکوسیستمهای مختلف ایران

داود آزادی؛ شیوا حسینی؛ عبدالرحیم آب سالان

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 24 فروردین 1401

چکیده

آلاینده های شیمیایی مختلف اثرات جبران ناپذیر برسلامت انسان و اکوسیستم دارند. زیست پالایی یکی از روشهایی می‏باشد، که برای از بین بردن آلودگی‏های محیطی مورد استفاده قرار میگیرد. میکروارگانیسمهای مختلف از جمله نوکاردیاها،گروهی از باکتریها با پتانسیل بالا برای تولید متابولیت های ثانویه و فعال از نظر زیستی هستند که توانایی فعالیت ... بیشتر آلاینده های شیمیایی مختلف اثرات جبران ناپذیر برسلامت انسان و اکوسیستم دارند. زیست پالایی یکی از روشهایی می‏باشد، که برای از بین بردن آلودگی‏های محیطی مورد استفاده قرار میگیرد. میکروارگانیسمهای مختلف از جمله نوکاردیاها،گروهی از باکتریها با پتانسیل بالا برای تولید متابولیت های ثانویه و فعال از نظر زیستی هستند که توانایی فعالیت زیست پالایی را دارند. این مطالعه با هدف غربالگری و شناسایی گونه های نوکاردیا با پتانسیل تخریب زیستی از اکوسیستم های متنوع ایران انجام شده است. روش کار: ایزوله ها از 90 نمونه محیطی جدا شده و با استفاده از روش‏های میکروبیولوژیکی متداول و مولکولی از جمله تجزیه و تحلیل توالی 16rRNA و rpoB جداسازی شناسایی شدند. از آنالیز میزان رشد در حضور آلاینده‏ها، کروماتوگرافی، و روش گیبس برای تعیین توانایی زیست پالایی ایزوله‏ها استفاده شد. نتایج: در مجموع 19 ایزوله نوکاردیا از نمونه ها (1/21٪) که متعلق به 10 گونه مختلف بودند، بازیابی شدند. شایعترین گونه های نوکاردیای جدا شده به این ترتیب بودند: ن. فارسسینیکا، 4 ایزوله (21٪)؛ ن. سیریاسی جرجیکا و ن. کاشی جینسیس ، هر کدام 3 ایزوله (7/15٪)؛ ن. آستروئیدس و ن. کراپنستدتی، هر کدام 2 ایزوله (5/10٪). تایج مطالعه ما نشان داد که ایزوله های مورد بررسی واجد توانایی زیست پالایی PAH، فنل و دیگر مشتقات نفت می‏باشند. بحث و نتیجه گیری: نتایج ما نشان داد که گونه های مختلف نوکاردیا موجود در منابع زیست محیطی ایران، دارای پتانسیل زیادی در زیست پالایی آلاینده‏های شیمایی در محیط هستند که می‏توان از آنها در فرآیندهای تجزیه زیستی استفاده کرد،

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوشیمی

41. نقش پیش انکوباسیون در تشکیل کمپلکس سوپراملکولی لوسیجنین با پاراسولفوناتوکلیکس[4]آرن در محیط کشت سلولی

ریحانه خسروی؛ امیر نوروزی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 24 فروردین 1401

چکیده

رنگ فلورسانت لوسیجنین (LCG) به مولکول سبد مانند پاراسولفوناتوکلیکس[4]آرن یا CX4 متّصل شده و ایجاد کمپلکس می کند. به موجب تشکیل کمپلکس CX4‧LCG رنگ لوسیجنین دچار خاموشی فلورسانسی یا کووینچ می شود. این کمپلکس برای جایگزینی مولکول لیگاند رقیب (به عنوان آنالیت (A)) با LCG مورد استفاده قرار می گیرد. طی "سنجش جایگزینی نشانگر" مولکول آنالیت با ... بیشتر رنگ فلورسانت لوسیجنین (LCG) به مولکول سبد مانند پاراسولفوناتوکلیکس[4]آرن یا CX4 متّصل شده و ایجاد کمپلکس می کند. به موجب تشکیل کمپلکس CX4‧LCG رنگ لوسیجنین دچار خاموشی فلورسانسی یا کووینچ می شود. این کمپلکس برای جایگزینی مولکول لیگاند رقیب (به عنوان آنالیت (A)) با LCG مورد استفاده قرار می گیرد. طی "سنجش جایگزینی نشانگر" مولکول آنالیت با کمپلکس CX4‧LCG انکوبه می شود و آنالیت جای لوسیجنین را گرفته، کمپلکس CX4‧A تشکیل می شود و آزاد شدن LCG با افزایش نشر فلورسانس محلول همراه است. در این مطالعه یکبار CX4‧LCG با پپتید تتراآرژنین به عنوان آنالیت در بافر فسفات (محیط بدون لیگاند رقیب) پیش انکوبه شده و سپس با محیط کشت Ham’s F12 (حاوی انواع لیگاندهای رقیب) رقیق شده است و میزان LCG آزاد شده از طریق روبش فلورسانسی اندازه گیری شد. بار دیگر کل فرآیند تشکیل کمپلکس CX4‧LCG و انکوبه شدن با آنالیت تتراآرژنین از ابتدا در محیط کشت و در حضور لیگاندهای رقیب انجام شده است و سپس محلول مورد روبش فلورسانسی قرار گرفته است. بر خلاف باور رایج نتایج دو آزمایش تفاوت معنی داری نشان نمی دهند. به بیان دیگر ثابت اتّصال دستخوش تغییر نمی شود. بنابراین برهم کنش های سوپرامولکولی در نهایت به تعادل چند جانبه می رسد و از روش "سنجش جایگزینی نشانگر" جهت سنجش آنالیت در محیط های همراه با لیگاندهای رقیب و مزاحم –از جمله محیط کشت که بسیار پرکاربرد و مورد توجه گرایش های مختلف زیستی است– هم می توان استفاده کرد.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیولوژی سلولی

42. بررسی اثر6-شگول بر بیان ژن های Insig1 و FASN در رده ی سلولی سرطان خون لفنوبلاستی حاد Nalm-6

سمیه نجفی درچه؛ سهیلا رهگذر

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 24 فروردین 1401

چکیده

سرطان خون لنفوبلاستی حاد (ALL: Acute lymphoblastic leukemia) شایع‌ترین سرطان در میان کودکان است. تیم تحقیقاتی ما با بررسی اثر سیتوتوکسیک عصاره‌زنجبیل (Zingiber officinale Rosc.) بر سلول‌های ALL نشان داد، زنجبیل دارای اثر ضدسرطانی قوی در این سلول‌ها می‌باشد. 6-شگول به عنوان یکی از مشتقات فعال زنجبیل با اثر بر میزان بیان ژن-های دخیل در چرخه‌سلولی و آپوپتوز سبب ... بیشتر سرطان خون لنفوبلاستی حاد (ALL: Acute lymphoblastic leukemia) شایع‌ترین سرطان در میان کودکان است. تیم تحقیقاتی ما با بررسی اثر سیتوتوکسیک عصاره‌زنجبیل (Zingiber officinale Rosc.) بر سلول‌های ALL نشان داد، زنجبیل دارای اثر ضدسرطانی قوی در این سلول‌ها می‌باشد. 6-شگول به عنوان یکی از مشتقات فعال زنجبیل با اثر بر میزان بیان ژن-های دخیل در چرخه‌سلولی و آپوپتوز سبب ممانعت از رشد و تکثیر سلول‌های سرطانی می‌شود. هدف از این مطالعه بررسی اثر 6-شگول بر میزان بیان FASN (Fatty acid synthase)، از طریق افزایش بیان ژن Insig1 (Insulin induced gene 1) در سلول‌های سرطانی ALL، به منظور یافتن مسیرهای مولکولی مرتبط با این مشتق دارویی می‌باشد. در این مطالعه رده‌های سلولی Nalm-6، RN95، CCRF-CEM و R-CCRF-CEM با غلظت‌های افزایشی 6-شگول تیمار شدند. درصد زنده‌مانی با روش MTT‌ و میزان مرگ سلولی با روش رنگ آمیزی تریپان بلو ارزیابی شدند. اثر 6-شگول بر میزان بیان ژن‌های FASN و Insig1 با استفاده از تکنیک real-time PCR مورد بررسی قرار گرفت. جهت تجزیه و تحلیل داده‌ها از نرم‌افزار Graph Pad Prism 6 استفاده شد. نتایج این پژوهش نشان داد 6-شگول به طور معنی‌داری سبب کاهش درصد زنده‌مانی رده‌های سلولی Nalm-6، RN95 و R-CCRF-CEM می‌شود. این اثر مهاری در رده‌های سلولی R-CCRF-CEM‌ و Nalm-6‌ نسبت به رده سلولی CCRF-CEM‌ بیشتر بود. اضافه بر این، 6-شگول به طور معنی‌داری سبب کاهش بیان ژن FASN می‌شود در‌حالی-که اثر معنی‌داری بر میزان بیان نسبی ژن Insig1 نشان نداد، بنابراین ممکن است این مشتق دارویی اثر ضد‌سرطانی خود را با تأثیر بر سایر مسیرهای مولکولی القا کند.

مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

43. مطالعه تغییرات ساختاری و دینامیکی پروتئین GSK3β در حضور لیگاند CHIR99021 با استفاده از شبیه سازی و داکینگ مولکولی

جواد کاظمی؛ حسین شاهسوارانی؛ پرویز پاکزاد؛ محمد علی شکرگذار

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 30 فروردین 1401

چکیده

گلیکوژن سنتاز کیناز 3 بتا (GSK3β) یک سرین/ترئونین کیناز چند عملکردی است که بعنوان یک پروتئین اصلی در مسیر پیام رسانی WNT در عملکرد های مختلف سلول های بنیادی پرتوان (PSCs) شامل؛ خودنوزایی، بقا و تمایز ایفای نقش می کند. از آنجایی که مهار GSK3β سبب تمایز PSCs می شود استفاده از مهار کننده های مناسبی که در غلظت کمتر باعث مهار GSK3β شود می تواند به ... بیشتر گلیکوژن سنتاز کیناز 3 بتا (GSK3β) یک سرین/ترئونین کیناز چند عملکردی است که بعنوان یک پروتئین اصلی در مسیر پیام رسانی WNT در عملکرد های مختلف سلول های بنیادی پرتوان (PSCs) شامل؛ خودنوزایی، بقا و تمایز ایفای نقش می کند. از آنجایی که مهار GSK3β سبب تمایز PSCs می شود استفاده از مهار کننده های مناسبی که در غلظت کمتر باعث مهار GSK3β شود می تواند به لحاظ اقتصادی مقرون بصرفه باشد. CHIR99021 یکی از مهمترین مهار کننده های GSK3β است که با استفاده از سرور Way2drug روند این مهار مورد پیش بینی قرار گرفت تا بتواند جهت بهبود سیستم های کشت و تمایز PSCs مورد استفاده قرار گیرد. در مطالعه حاضر، رویکرد های مختلف شبیه سازی دینامیک مولکولی (MD) در حضور و عدم حضور CHIR99021 نیز مورد ارزیابی قرار گرفت و علاوه بر آن بمنظور بررسی دقیق تر برهمکنش لیگاند-پروتئین با استفاده از داکینگ انعطاف پذیر با سرور سوئیس داک انجام شد و میزان پایداری و تغییرات ساختاری پروتئین GSK3β شبیه سازی شد. نتایج این مطالعات نشان داد که CHIR99021 از طریق ایجاد پیوند هیدروژنی و واندروالسی در جایگاه فعال GSK3β متصل می شود و اثر مهار کنندگی خود را ایجاد می کند و در نتیجه سبب ناپایداری ساختار GSK3β می شود. همچنین نتایج داکینگ و شبیه سازی دینامیکی روشن ساخت این ترکیب به نحو موثرتری می تواند برای القای تمایز سلول های بنیادی پرتوان مورد استفاده قرار گیرد و به لحاظ اقتصادی مقرون به صرفه است.

مشاهده مقاله

تعداد دوره ها	34
تعداد شماره ها	119
تعداد مقاله ها	1156
تعداد نویسندگان	1,266
تعداد مشاهده مقاله	1,185,000
تعداد دریافت فایل اصل مقاله	468,548
نسبت مشاهده بر مقاله	2453.42
نسبت دریافت فایل بر مقاله	970.08
تعداد مقاله های ارسال شده	969
تعداد مقاله های رد شده	382
تعداد مقاله های پذیرفته شده	447
درصد پذیرش	46
زمان پذیرش	دو ماه
تعداد پایگاه های نمایه شده	5

دوره 35 (1401)

دوره 34 (1400)

دوره 33 (1399)

دوره 32 (1398)

دوره 31 (1397)

دوره 30 (1396)

دوره 29 (1395)

دوره 28 (1394)

دوره 27 (1393)

دوره 26 (1392)

1. بررسی بیان ژن‌های NAC6 و NAC10 بر روی گیاه تراریخت و غیر تراریخت برنج

چکیده

2. استخراج و شناسایی یک پپتید فعال زیستی جدید حاصل از هیدرولیزات کرم سفید ریشه

چکیده

3. بررسی اثرات سایتوتوکسیک تستوسترون بر رده سلولی سرطان کولون (HCT) و ارزیابی فعالیت کاسپازهای 3، 8 و 9

چکیده

4. بررسی عملکرد میکروارگانیسم خاکزی مولد آنزیم ارگانوفسفات هیدرولاز درسم زدایی ترکیبات ارگانوفسفره (دیازینون) و ارزیابی خواص کینتیکی آن

چکیده

5. طراحی،کلونینگ، بیان و خالص سازی پپتید هیستاتین 3 جهش یافته و بررسی اثرات ضد میکروبی آن

چکیده

6. مطالعه تاثیر فلز کادمیوم بر فعایت آنزیم پروتئاز باکتری Pseudomonas aeruginosa

چکیده

7. کارایی نشانگر مولکولی SCoT در بررسی روابط ژنتیکی میان گونه‌های دیپلوئید جنس Aegilops و Triticum

چکیده

8. چندشکلی جایگاه ژنی MHC-DAB II در ماهی فیتوفاگ (Hypophthalmicthys molitrix) تکثیرشده به روش نیمه طبیعی

چکیده

9. شبیه سازی دینامیک مولکولی آنزیم استیل کولین استراز در حضور نانوذرات طلا

چکیده

10. تأثیر الگوریتم‌های فراابتکاری در همترازی شبکه‌های مبتنی بر میانکنش پروتئین-پروتئین در پنج گونه زیستی

چکیده

11. ارتباط کمی ساختار- فعالیت و داکینگ مولکولی بازدارنده های مشتقات پیرازولین بر سیکلواکسیژناز 2 با استفاده از روش های کموانفورماتیک

چکیده

12. مطالعات مولکولی، بیوانفورماتیکی و تعیین ویژگی های عملکردی آنزیم کتکول 2و3 دی‌اکسیژناز از سویه Aneurinibacillus migulanus Znu12

چکیده

1. طراحی آزمون PCR جهت تشخیص ویروس هپاتیت B و ارزیابی عملکرد این آزمون در غربالگری مراجعین به سازمان انتقال خون

چکیده

2. نقش رنگیزه های فتوسنتزی و آنزیمهای آنتی اکسیدان در مقابل تنش اکسیداتیو

چکیده

3. بررسی هیستوپاتولوژی ترمیم زخم های عمیق پوستی غیر عفونی با عصاره هیدروالکلی گیاهان مرزه کوهی، بادرنجبویه، سدر، گل ختمی و حنا

چکیده

4. جداسازی آنزیم لیپاز از باکتری Pseudomonas aeruginosa HR59 حاصل از عفونتهای سوختگی و بهینه سازی محیط کشت آن با استفاده از روش Box-Behnken

چکیده

5. جداسازی و شناسایی باکتریهای بومی تجزیه کننده سلولز از خاک

چکیده

1. به‎کارگیری پپتیدهای ضدسرطانی و نفوذپذیر سلولی در درمان سرطان

چکیده

2. غربالگری مجازی مبتنی بر ساختار با توان بالا جهت انتخاب ترکیب(ترکیبات) شیمیایی مهارکننده‌ی جدید علیه کمپلکس فاکتور رونویسی FOXM1 با ترادف ژنومی هدف

چکیده

3. آشکار سازی اگزوزم های مترشح از سلولهای سرطان ریه در بستر میکروفلویدیک به روش ایمونوفلورسانس

چکیده

4. جداسازی و شناسایی باکتری سرمادوست از روده سخت پوست گاماروس جدا شده از چشمه‌های آب سرد شهر سامان در استان چهارمحال و بختیاری وارزیابی آنزیم‌های مختلف آن

چکیده

5. مطالعه آزمایشگاهی اثرات ضد باکتریایی و سمیت سلولی فراکسیون‌های جدا شده از سم افعی زنجانی

چکیده

6. بررسی وجود پلی‌مورفیسم در اگزون‌های 2 و 3 ژن DIRAS3 در زنان مبتلا به سرطان پستان و دیابت

چکیده

7. بررسی اثر عصاره هیدروالکلی گیاه گزنه بر بیان ژن COX در سرطان القا شده تخمدان موش

چکیده

8. طراحی مجازی و مدلسازی مولکولی ترکیبات پپتیدی پایدار کننده ساختار چهارتایی گوانین

چکیده

9. اثر میدان‌های الکترومغناطیسی با شدت‌های 25/0 و 5/2 میلی تسلا در دو نوع تابش پیوسته و ناپیوسته بر بیان ژن های miR-21 و miR-29 در رده‌های سلولی سرطان معده

چکیده

10. بررسی تاثیر نانوذرات نقره بر بیان ژن per1-bla در جدایه های baumannii Acinetobacter مقاوم به آنتی بیوتیک، با استفاده از روش PCR Time Real quantitative

چکیده

11. ارزیابی بیان موقت ژن های AS1 و 4'CGT در ﮔﻠﺒﺮگ‌ﻫﺎی بنفشه آفریقایی ﺑﺎ سیستم اﮔﺮواﯾﻨﻔﯿﻠﺘﺮﯾﺸﻦ جهت تولید رنگ جدید در گل

چکیده

12. مطالعه‌ی مولکولی بیان ژن بیوفیلم icaD تحت اثر عصاره گیاهان زنجبیل و کنگر فرنگی در باکتری Staphylococcus aureus

چکیده

13. مروری بر فیلوژنتیک و سیتوپاتوژنز فیلوویروس‌ها، رتروویروس‌ها و کرونا ویروس‌های منتقل شونده از خفاش به انسان

چکیده

14. بهبود تولید و مقاومت به اتانل در مخمر ساکارومایسس سرویزیه با راهبرد مهندسی تکاملی با استفاده از تنش 1-بوتانل

چکیده

15. شناسایی و پیشگویی میکروRNA جدید و بیماری هموفیلی A

چکیده

16. ناهنجاری‌های کروموزومی القاء شده توسط فلزات سنگین در گیاه گلپر (Heracleum persicum Desf. ex fisch)

چکیده

17. معرفی باکتری های مولد بیودمولسیفایر جدا شده از خاک های آلوده به نفت و سنجش عملکرد آن ها در جداسازی آب از نفت

چکیده

18. تنوع باکتری‌های ریزوبیومی جدا شده از گره‌های ریبوزومی ریشه گیاه یونجه آلفا آلفا (Medicago sativa) با استفاده از قطعات برشی ژن 16rRNA

چکیده