نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 فارغ التحصیل رشته بیماری شناسی گیاهی، گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه آزاد اسلامی خرم آباد. خرم آباد. ایران

2 استادیار گروه گیاهپزشکی. دانشکده کشاورزی. دانشگاه آزاد اسلامی خرم آباد. خرم آباد. ایران

3 استادیار گروه گیاهپزشکی.دانشکده کشاورزی.دانشگاه لرستان. لرستان. ایران

چکیده

بیماری‌های ویروسی از جمله عوامل محدودکننده تولید سیب‌زمینی در جهان هستند. ویروس Y سیب‌زمینی (PVY) گونه جنس Potyvirus از خانواده Potyviridae یکی از مهم‌ترین بیماری‌های محصول سیب‌زمینی می‌باشد. به منظور ردیابی ویروس، تعداد 135 نمونه از گیاهانی که علائم موزائیک، کوتولگی، موجی بودن حاشیه برگ، لکه‌های کلروتیک و تغییر شکل برگ را نشان می‌دادند، از مزارع سیب‌زمینی استان لرستان جمع‌آوری گردید. عصاره گیاهان مشکوک در مرحله چهار برگی روی گیاهان محکNicotiana glutinosa ، N. occidentalis وN. debneyi مایه‌زنی گردید. پس از حدود ده روز علایمی نظیر زردی موضعی، رگبرگ‌روشنی و موزائیک روی N. occidentalis و پیسه ای شدن و نکروز موضعی روی N. glutinosa مشاهده شد. از گیاهان محک دارای علائم، استخراجRNA کل صورت گرفت و با استفاده از آزمون RT-PCR و آغازگرهای اختصاصی مربوط به بخشی از ناحیه ژنومی ژن CP و NIb ویروسPVY ، باندی در محدوده bp 1115 تکثیر شد و آلودگی نمونه‌ها به ویروس PVY اثبات شد. بررسی‌های فیلوژنتیکی نشان داد که جدایه ایرانی مورد مطالعه دارای 48/99-74/98 درصد همسانی ژنتیکی با دیگر توالی‌های ثبت شده در این ناحیه درNCBI بود. نتایج تجزیه و تحلیل‌های ژنتیکی نشان داد که جدایه‌های ویروس PVY در دو گروه قرار گرفتند و جدایه ردیابی شده از استان لرستان در گروه II و در کنار جدایه‌های مربوط به کشور آلمان که متعلق به نژاد Wilga بودند، قرار گرفت. توالی نوکلئوتیدی قطعه مورد نظر در NCBI به شماره دسترسی MT655949 ثبت گردید. این اولین گزارش از آلودگی مزارع سیب‌زمینی استان لرستان به ویروسPVY به کمک آزمایشات مولکولی می‌باشد.

کلیدواژه‌ها

موضوعات

عنوان مقاله [English]

Detection and Determination of Biological and Phylogenetic Characteristics of Potato Virus Y (PVY) Isolate of Lorestan Province

نویسندگان [English]

  • Fatemeh Rahimi 1
  • Seyed Hossein Vafaei 2
  • Samira Pakbaz 3

1 MS.c of Plant Pathology, Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture, Islamic Azad University of Khorramabad. Khorramabad. Iran

2 Assistant Professor, Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture, Islamic Azad University of Khorramabad. Khorramabad. Iran

3 Assistant Professor, Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture, Lorestan University Lorestan.Iran

چکیده [English]

Viral diseases are among the factors limiting potato production in the world. Potato virus Y (PVY; genus Potyvirus, family Potyviridae) is one of the most important viruses infecting potato production. In order to detect the virus, plants with viral symptoms (135 samples) such as: mosaic, dwarf, wavy leaf margin, chlorotic spots and leaf malformation were collected from potato fields of different regions of Lorestan province. Infected plants extract was mechanically inoculated on indicator plants: Nicotiana glutinosa, N. occidentalis and N. debneyi. Ten days after inoculation, symptoms including local yellowing, vein clearing, mottling and mosaic on N. occidentalis, mottling and local necrotic on N. glutinosa were observed. Total RNA was extracted from positive indicator plants and cDNA synthesized with specific primers related to CP and NIb gene using RT-PCR. DNA fragments with the expected size of 1115 bp were obtained and PVY contamination was confirmed. Phylogenetic analysis showed that the studied isolate in this research had 98.74 to 99.48% genetic similarity with other recorded sequences in NCBI. The nucleotide sequence of PVY Lorestan isolate was aligned and compared with the related 17 isolates from NCBI. Results of phylogenetic analyses showed that PVY isolates were grouped in two clusters where the PVY Lorestan isolate was placed in cluster ΙI with isolates from Germany which had belonged to Wilga strain. The determined nucleotide sequence in this study was implemented in NCBI with Accession No. MT655949. This is the first report of PVY contamination of potato fields in Lorestan province using the molecular tests.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Coat protein
  • Khorramabad
  • Potato
  • Potyvirus
  • Sequencing