نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسنده

• الهام رضوان نژاد

کروه بیوتکنولوژی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی و فناوری پیشرفته کرمان

چکیده

پروتئین های شوک حرارتی (HSPs) نقش مهمی در پاسخ به تنش های محیطی مختلف دارند. در این مطالعه، ویژگی‌های ژنومی و پروتئومی دو نوع HSP (HSP90-a و HSP90-b) در بز نژاد تالی(Tali goat breed) بعلاوه ۷ گونه حیوان اهلی شامل گاو(B. taurus) ، گاومیش (B. bubalis)، گاو زبو (B. indicus)، بز(C. hircus)،گوسفند (O. aries) ، شتر تک کوهانه (C. dromedarius)، شتر دوکوهانه (C. bactrianus)با استفاده از ابزارهای مدلسازی و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک، هم‌ترازی توالی چندگانه وسوییس مدل مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. با استفاده از تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی جایگاه دو ژن برای گونه های موردیررسی تعیین گردید و مشخص شد جایگاه آنها در ژنوم شتر دوکوهانه تعیین نگردیده است. تعداد اگزون ها برای HSP90-a و HSP90-b در تمام گونه های موردبررسی بجز دو گونه شتر مشابه بود. مقایسه جهش های اتفاق افتاده در نژاد تالی بز با بز رفرنس نشان داد که هیچ کدام از جهش های بروزیافته منجر به تغییر اسیدآمینه نشده است. تجزیه و تحلیل Expasy نشان داد که HSP90-a و HSP90-b به ترتیب 733 و 724 اسید آمینه را برای همه گونه ها، بجز شتر دوکوهانه (۶۴۹ اسیدآمینه برای توالی HSP90-a) کد می کنند. داده ها نشان داد که پروتئینHSP90-a در گاومیش و شتر تک کوهانه دارای یک اسیدآمینه متغیر و در شتر دوکوهانه دارای شش اسید آمینه متغیر است، در حالی که پروتئینHSP90-b تنها شتر تک کوهانه و دوکوهانه دارای دو اسیدآمینه متغیر می باشند. مطالعه حاضر می تواند در انتخاب ژن‌های هدف برای سازگاری مولکولی دام کمک کننده باشد.

کلیدواژه‌ها

• پروتئین های شوک حرارتی (HSPs)
• سازگار شدن گرمایی
• تجزیه و تحلیل ژنومی
• تجزیه و تحلیل پروتئومی
• گونه های حیوانات اهلی

موضوعات

• بیوانفورماتیک

عنوان مقاله [English]

Genomic and proteomic bioinformatics analysis of two heat shock proteins (HSP90-a and HSP90-b) of Tali goat breed and their comparison in seven species of domestic animals

نویسنده [English]

• elham rezvannejad

department of biotechnology, graduate university of advanced technology

چکیده [English]

Heat shock proteins (HSPs) play an important role in responding to various environmental stresses. In this study, genomic and proteomic characteristics of HSP90-a and HSP90-b in Tali goats in addition to 7 species of domestic animals including sheep (O. aries), goat (C. hircus), water buffalo (B. bubalis), cattle (B. taurus), Zebo cattle (B. indicus), one-humped camel (C. dromedaries) and two-humped camel (C. bactrianus) were analyzed using Multiple sequence alignment, SWISS modeling and phylogenetics analysis tools. The location of HSP90-a and HSP90-b gene is determined in all of studied species but its position has not been determined in the two humped camels. The number of exons for HSP90-a and HSP90-b in all studied species except two camel species were similar. Comparison of mutations in the Tali breed with the reference goat showed that the mutations of the exon regions have not caused any change in amino acids. Analysis of the Expasy translation tool also showed that HSP90-a and HSP90-b encode 733 and 724 amino acids for all species, respectively, except for the two-humped camel, which has 649 amino acids for the HSP90-a protein. The results showed that HSP90-a protein had one variable amino acid in water buffalo and six variable amino acids in two-humped camel, while only one-humped camel and two-humped camel had two variable amino acids in HSP90-b protein. This study will be supportive in selection of target genes for molecular adaptation of livestock.

کلیدواژه‌ها [English]

• Heat Shock Proteins (HSPs)
• Thermal adaptation
• Genomic analysis
• Proteomic analysis
• Domestic animal species