نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 گروه زیست فناوری، دانکشده زیست فناوری، دانشگاه سمنان ، سمنان ، ایران

2 گروه زیست شناسی ، دانشکده زیست شناسی ، دانشگاه سمنان ، ایران

چکیده

زمینه مطالعه: گونه‌های باکتری متعلق به جنس سودوموناس از جمله باکتری‌های فرصت‌طلب بیماریزا هستند که بیشترین عامل عفونت‌های بیمارستانی را شامل می‌شود. با توجه به افزایش مقاومت این گروه از باکتری‌ها در برابر اکثر آنتی‌بیوتیک‌ها، فاژدرمانی و یا استفاده از لیزین فاژ یکی از جایگزین‌‌‌‌های درمان است. هدف: شناسایی خانواده‌ی باکتریوفاژ‌ موثر بر سودوموناس و ارزیابی مقدار ایمنی‌زایی لیزین ضد میکروبی این نوع فاژها می‌باشد.
روش کار: در این تحقیق، با استفاده از پایگاه‌های داده بیوانفورماتیک و ایمنوانفورماتیک، ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی خانواده‌های مختلف از فاژهای لیتیک موثر بر جنس سودوموناس، ساختار دوم وسوم لیزین‌های‌ فاژ و میزان القای پاسخ ایمنی سلولی و هومورال میزبان، مورد مطالعه قرار گرفته است.
نتایج: در بین خانواده‌های باکتریوفاژ موثر بر باکتری‌های از جنس سودوموناس، سه خانواده سیفوویریده، میووریده، پودوویریده با جمعیت بیش از ۹۰ درصد، بیشترین فراوانی را نشان داد. همچنین توالی آمینواسیدی اندولیزین هریک از این سه خانواده، تنها در نیمی از کل اسید آمینه‌ها با امتیاز برابر نصف حدآستانه نرم افزار، دارای خاصیت انتی‌ژنی برای سلول‌های لنفوسیت B و تنها در ۱ درصد اسید آمینه‌ها دارای میل اتصال قوی به مولکول‌های حامل MHC برای ارایه به سلول‌های T بودند. هیچ یک از لیزین‌های مورد مطالعه خاصیت انتی‌ژنی ندارند.
نتیجه گیری کلی: با توجه به نتایج بدست آمده از مقدار ایمنی‌زایی پروتئین‌‌های لیزین فاژ، آنها می‌توانند جایگزین آنتی‌بیوتیک باشند.
واژه‌های کلیدی:
باکتریوفاژ، لیزین‌، ایمنوانفورماتیک، سودوموناس

کلیدواژه‌ها

موضوعات

عنوان مقاله [English]

Immunoinformatics study of encoded lysines in bacteriophages effective on Pseudomonas genus bacteria

نویسندگان [English]

  • ashkan abbasifardsemnani 1
  • mehdi sadeghi 2
  • Shamsozoha Abolmaali 2
  • shakiba Darvish Alipour 1

1 Dep. for Biotechnology, Faculty of Biotechnology, Semnan University, IRAN

2 Dep. for Biology, Faculty of Basic Science, Semnan University, IRAN

چکیده [English]

Abctract
Background of study: Pseudomonas is considered as one of the most opportunistic and pathogenic microbes. Due to its high resistance to antibiotics, this bacterium has also encouraged the researchers to introduced alternative therapies, including phage therapy.
Aim:
Recognition of the family of phages affecting the family of Pseudomonas and evaluation of the immunogenicity of antimicrobial lysine are considered here.
Method:
Here, the physio-chemical features of the family of phages affecting the bacterium Pseudomonas was investigated using bioinformatic and immunoinformatic databases. The secondary and tertiary structures of the lysines and the capacity of antigenicity in the host cells were determined.
Results:
The results showed that the three bacteriophage families Siphoviridae, Myoviridae, podoviridae with more than 90% abundance had the highest frequency among the bacteriophage families affecting Pseudomonas genus. Analyses of the lysine sequences of each of these three families showed immunity in only half of the total amino acids with a numerial value of half of the threshold of the software for B cells. 1% of amino acids had a strong affinity for MHC molecules those subjected to T cells.
Total resulting:
Due to the low induction of the immune response by phage lysine protein, they can be a candidate as alternative therapies for antibiotic resistance.
Keywords:
Bacteriophage, lysine, immunoinformatics, Pseudomonas

کلیدواژه‌ها [English]

  • Bacteriophage
  • lysine
  • Pseudomonas
  • Immunoinformatics