انجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273833320200922Investigating the effect of solvent type on the formation of daunoxome liposome (DSPC-CHOL) using coarse-grained molecular dynamics simulationبررسی تاثیر نوع حلال بر روی شکل گیری لیپوزوم دوناگزومه (DSPC-CHOL) با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی دانه درشت2612731588FAجلیلپرچکانی چوزکیبیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس،تهران، ایرانمجیدتقدیردانشگاه تربیت مدرسJournal Article20171213Liposomes are widely used as carriers for a large number of molecules in pharmaceutical studies. The stability and formation of liposomes is important in the drug delivery, and can be influenced by the phospholipid composition of the liposomal membrane. In this study, we are trying to investigate the effect of solvent type on the formation of daunoxome liposome (DSPC-CHOL). For this purpose, a molecular dynamics simulation method was used. The analysis of the radial distribution function that was performed to determine the formation and distribution of lipids, properly demonstrated that daunoxome liposome created dense nano-disk structure in a polar water environment and a spherical liposome in a non-polar water environment, and that the phospholipids have accumulated with homogeneous distribution. The solvent accessible surface area analysis showed a downward trend which indicates the accumulation of phospholipids alongside each other and the creation of the final structure. The analysis of the density and radius of gyration well showed that the final structures of the daunoxome liposome were formed in both environments. Due to the physio-chemical properties of 1,2-distearoyl-sn-glycero-3-phosphocholine phospholipid, it tends to create a spherical liposome structure. However, the type of solvent (ie., polar water environment) made the phospholipids to create a circular nano-disk structure in the polar water environment. According to other studies and our findings, polar water relatively to non-polar water with more force, pushing the lipid molecules to accumulate together, and making the lipid molecules in polar water to create a circular nano-disk structure.لیپوزومها به طور گسترده به عنوان حامل برای تعداد زیادی از مولکولها در مطالعات دارویی مورد استفاده قرار میگیرند. پایداری و شکلگیری لیپوزومی، در دارو رسانی، بسیار حیاتی و مهم است و میتواند متاثر از ترکیب فسفولیپیدی غشاء لیپوزوم باشد. در این تحقیق اثر نوع حلال بر روی شکلگیری لیپوزوم دوناگزومه(DSPC-CHOL) بررسی گردید. به این منظور از روش شبیه سازی دینامیک مولکولی استفاده شد. آنالیز تابع توزیع شعاعی که به منظور بررسی شکلگیری و توزیع لیپیدها انجام شد، به خوبی نشان داد که لیپورزوم دوناگزومه در محیط آب قطبی ساختار نانودیسکی متراکم و در محیط آب غیرقطبی ساختار کروی لیپوزومی را ایجاد کرده و فسسفولیپدها با توزیع همگنی در کنار یکدیگر تجمع یافته-اند. آنالیز ناحیه سطح در دسترس حلال دارای نمودار با روند نزولی است که بیانگر تجمع فسفولیپیدها در کنار همدیگر و ایجاد ساختار نهایی است. آنالیز چگالی و شعاع ژیراسیون نیز به خوبی نشان دادند که ساختارهای نهایی لیپوزوم دوناگزومه در هر دو محیط تشکیل شده است. به دلیل خواص شیمی-فیزیکی فسفولیپید ۱و۲-دی استئارویل-اس ان-گلیسرو-۳-فسفوکولین، این فسفولیپید تمایل به ایجاد ساختار لیپوزوم کروی دارد. ولی نوع حلال (محیط آب قطبی) باعث شد که این لیپید در محیط آب قطبی ساختار نانودیسک دایرهای ایجاد کند. طبق مقالات ارائه شده قبلی و یافته های ما، آب قطبی نسبت به آب غیرقطبی با نیروی بیشتری مولکولهای لیپید را مجبور میکند تا کنار هم تجمع یابند و همین عامل باعث میشود که مولکولهای لیپید در آب قطبی ساختار نانودیسک دایرهای ایجاد کنند.https://cell.ijbio.ir/article_1588_cfa7426143cd6e107795b0a19d36f2a6.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273833320200922h6h gene transcript enhancement and production of tropane alkaloids in Hyoscyamus reticulatus L. hairy root cultures elicited by Fusarium graminearum extractافزایش بیان ژن h6h و تولید تروپان آلکالوئیدها در کشت ریشههای موئین گیاه دارویی بذرالبنج مشبک تهییج شده با عصارهی قارچ فوزاریوم گرامینهروم2742881587FAکمالرشیدیگروه علوم باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ارومیه، ایرانبهمنحسینیهیات علمی دانشگاه ارومیهعلیشرفیمرکز تحقیقات بیوتکنولوژی دارویی زنجان، دانشکده داروسازی، دانشگاه علوم پزشکی زنجان، ایرانJournal Article20171212Hyoscyamus reticulatus L. is a main source of tropane alkaloids, hyoscyamine and scopolamine. In the present study, hairy roots were prepared from two-weekly cultures of cotyledon transformed by A7 strain of Agrobacterium rhizogenes. The effect of different concentrations of Fusarium graminearum extract (0, 5, 10 and 20 mg/L) at different exposure times (24, 48 and 72 hours) on growth rate, antioxidant enzymes activity, total phenol, tropane alkaloids contents and expression level of Hyoscyanamine-6-beta-hydroxylase (h6h) gene were investigated. Data analysis results showed that fresh and dry weight under influence of high concentrations of Fusarium fungus extract was reduced. The activity of antioxidant enzymes including catalase, guaiacol peroxidase and ascorbate peroxidase as well as total phenol content in treated hairy roots was enhanced compared to control. GC analysis showed that the highest levels of hyoscyamine and scopolamine (27.5 and 40.41% respectively) were found in 5 and 10 mg of elicitor at 48 h exposure time. RT-PCR expression analysis results revealed that the highest expression of this gene was obtained in Fusarium fungus extract (10 mg/l) at 48 h exposure time. Based on these results, it is concluded that the Fusarium graminearum elicitor can be used as an effective stimulant for the production of secondary metabolites, including tropane alkaloids.گیاه بذرالبنج مشبک Hyoscyamus reticulatus L.)) منبع غنی از آلکالوئیدهای تروپانی هیوسیامین و اسکوپولامین می باشد. در پژوهش حاضر، ریشههای موئین از ریزنمونههای کوتیلدون دو هفتهای، گیاه بذرالنج مشبک با استفاده از سویه A7 آگروباکتریوم رایزوژنز تهیه شدند. اثر غلظتهای مختلف (صفر، 5، 10 و20 میلیگرم بر لیتر) عصاره قارچ فوزاریوم گرامینهروم در زمانهای مختلف (24، 48 و 72 ساعت) بر میزان رشد، فعالیت آنزیمهای آنتی اکسیدانی، میزان فنل کل، میزان آلکالوئیدهای تروپانی و میزان بیان ژن هیوسیامین-6- بتا هیدروکسیلاز(h6h) در ریشههای موئین بذرالبنج مشبک بررسی گردید. نتایج آنالیز دادهها نشان داد که میزان وزن تر و خشک تحت تاثیر غلظتهای بالای محرک عصاره قارچ فوزاریوم کاهش یافت. فعالیت آنزیمهای آنتیاکسیدانی شامل کاتالاز، گایاکول پراکسیداز و آسکوربات پراکسیداز و همچنین میزان فنل کل در ریشههای موئین تیمار شده، در مقایسه با شاهد افزایش یافت. نتایج آنالیز GC نشان داد که در تیمار قارچ فوزاریوم بیشترین میزان هیوسیامین و آسکوپولامین (5/27 و 41/40 درصد به ترتیب) در غلظتهای 5 و 10 میلیگرم برلیتر و زمان 48 ساعت بدست آمدند. نتایج آنالیز بیان RT-PCR نشان داد که بیشترین میزان بیان این ژن در تیمار عصاره قارچ فوزاریوم در غلظت 10 میلیگرم برلیتر در 48 ساعت مشاهده شد. براساس این نتایج چنین استنباط میشود که محرک عصاره قارچ فوزاریوم گرامینهروم میتواند به عنوان محرک موثر جهت تولید متابولیتهای ثانویه گیاهی از جمله آلکالوئیدهای تروپانی مورد استفاده قرار گیرد.https://cell.ijbio.ir/article_1587_524c236ba0fbbc6b81a046fee5692a31.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273833320200922Micropropagation drug plant Stevia (Stevia rebaudiana Bertoni) through cultivation two explants end buds and node with various cocentrations activated charcoal and hormones BAP and Kn.ریز ازدیادی گیاه دارویی استویا (Stevia rebaudiana Berton) از طریق کشت دو ریزنمونه جوانهانتهایی و گره بههمراه غلظتهای مختلف زغال فعال و هورمونهای BAP و Kn2893011463FAبهارهشعفیدانشجوی کارشناسی ارشد گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بو علی سینا، همدان، ایران.0000-0000-0000-0000سید سعیدموسویاستادیار گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بو علی سینا، همدان، ایران.سعیدقمبرعلی باغنیدانشجوی کارشناسی ارشد گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بو علی سینا، همدان، ایران.محمد رضاعبداللهیدانشیار گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بو علی سینا، همدان، ایرانحسنساری خانیدانشیار گروه علوم باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بو علی سینا، همدان، ایرانJournal Article20170730Stevia rebaudiana Bertoni is from the dark Composite perennial plant, herbaceous and pollinator. Due to the being below seed germination perecentage and heterogenous multiplication of plants from seed in terms of sweetness micropropagation of this plant with use of tissue culture methods in order to replicate mass is desirable. In this study, the performance of two explant end bud and node using three treatments the concentration of the medium MS and different levels of activated charcoal and hormones BAP and Kn in two experiment compared and reviewed. So that in the first experiment the effect of active charcoal and concentration of culture media MS and in the second experiment use separate concentrations (at 0,0/5,1 and 1/5mgr/l) of hormones BAP and Kn in three repeat was implemented. Results showed the highest increase traits in the cultivation of end buds at full concentration seen of culture medium MS with to 1/5gr/l activated charcoal as absorber substance phenols. Use concentration 1/5 mgr/l of hormones BAP and Kn showed an increase in micropropagation efficiency of both explants. Performance comparison hormones BAP and Kn using 1/5 mgr/l BAP in the cultivation of the end buds showed the most characteristics of shoot length, number of nodes and the number of lateral stems.استویا با نام علمی Stevia rebaudiana Bertoni از تیره Composite گیاهی چندساله، علفی و دگرگردهافشان میباشد. با توجه به پایین بودن درصد جوانهزنی بذر و ناهمگنی گیاهان تکثیر یافته از بذور از نظر میزان شیرینی، ریزازدیادی این گیاه با استفاده از روشهای کشت بافت به منظور تکثیر انبوه مطلوب میباشد. در این مطالعه عملکرد دو ریزنمونه جوانه انتهایی و گره با استفاده از سه تیمار غلظت محیط کشت MS ، سطوح مختلف زغال فعال و هورمونهایBAP وKn در دو آزمایش مقایسه و بررسی گردیدند. به طوری که در آزمایش اول اثر زغال فعال وغلظت محیط کشت MS و در آزمایش دوم استفاده از غلظت-های جداگانه (0، 5/0، 1 و 5/1 میلیگرم در لیتر) از هورمونهای BAP وKn در سه تکرار اجرا گردید. نتایج نشان داد بیشترین میزان افزایش صفات در کشت جوانههای انتهایی در غلظت کامل محیط کشت MS به همراه 5/1 گرم در لیتر زغال فعال به عنوان ماده جاذب فنولها مشاهده گردید. استفاده از غلظت 5/1 میلیگرم در لیتر از هورمونهای BAP وKn تاثیر معنیداری را بر افزایش راندمان ریزازدیادی هر دو نوع ریزنمونه نشان داد. در مقایسه عملکرد هورمونهای BAP وKn استفاده از 5/1 میلی-گرم در لیتر BAP در کشت جوانههای انتهایی بیشترین میزان صفات طول ساقه، تعداد گره و تعداد ساقه جانبی را نشان داد.https://cell.ijbio.ir/article_1463_d086060063180cb936e74732cc5589e1.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273833320200922Effect of salicylic acid on antioxidant properties of cell culture of Lavandula angustifolia Mill.بررسی اثر سالیسیلیک اسید بر فعالیت آنتی اکسیدانی در کشت سلولی گیاه اسطوخودوس (Mill Lavandula angustifolia)3023111464FAفیروزهعلیرضاییدانشگاه الزهرا (س)خدیجهکیارستمیدانشگاه الزهرا (س)Journal Article20171009Plant cell cultures are potential source of valuable secondary metabolites such as antioxidant compounds, flavors and fragrances. This study was designed to improve antioxidant production and evaluation the effect of salicylic acid on antioxidant activity in cell suspension culture of Lavandula angostifolia. Cell suspensions of Lavandula angostifolia were established and maintained in MS medium, supplemented with 2mg/l NAA and 4mg/l BAP. Salicylic acid was added to the medium at concentrations of 3,6,12 and 18 mg/l in stationary phase. The antioxidant activity , phenolics and flavonoids were evaluated 48 and 72 h after salicylic acid treatment. As a result the highest free radical scavenging and higher reducing power activity ( respectively 107µg/ml,4.865 µM/ASA) , The highest value of superoxide anion scavenging activity (74.205%) as well as the highest value of total phenolics (814.23 mgGA/gdw) and flavonoids (4.865mgQE/gdw865/4) were observed 72h after treatment with 12mg/L salicylic acid. Over all treatment with12mg/L salicylic acid for 72 h was better in order to antioxidant activity and compounds with recognized antioxidant properties.کشت های سلولی گیاهان منابع بالقوه ای از متابولیت های ثانوی با ارزش مانند ترکیبات آنتی اکسیدنی ،ترکیبات معطر و طعم زا هستند.این پژوهش با هدف بهینه سازی تولید آنتی اکسیدان ها و بررسی اثر سالیسیلیک اسید بر فعالیت آنتی اکسیدانی گیاه اسطوخودوس در کشت سلولی انجام شده است. کشت سلولی اسطوخودوس در محیط MS در حضور غلظت NAA mg/l 2 وmg/l BAP 4 پایدار و <br />نگه داری شد.سالیسیلیک اسید در غلظت های 3، 6، 12 و 18 mg/lدر فاز سکون به محیط کشت اضافه شد. 48 و 72 ساعت پس از اعمال تیمار توده های سلولی برداشت شدند و محتوای ترکیبات فنلی ، فلاونوئیدی و فعالیت آنتی اکسیدانی آن ها بررسی شد. بر اساس نتایج حاصل بیشترین میزان ترکیبات فنلی (mg GA/gdw 814/23) و فلاونوئیدی(mg QE/gdw 865/4) و بیشترین فعالیت آنتی اکسیدانی با آزمون های سنجش فعالیت جاروب کنندگی رادیکال آزاد یا DPPH ( µg/ml107)، سنجش قدرت کاهشی یا RP(µM/ASA865/4) وسنجش فعالیت جاروب کنندگی آنیون سوپراکسید یا SO (205/74 درصد) در غلظت mg/l 12 سالیسیلیک اسید 72 ساعت پس از اعمال تیمار مشاهده شد. در مجموع غلظت mg/l 12سالیسیلیک اسید برای 72 ساعت برای فعالیت آنتی اکسیدانی و سنتز ترکیبات با فعالیت آنتی اکسیدانی مناسب تر بود.https://cell.ijbio.ir/article_1464_19e54a4566bd366a8be5ccdef71b524c.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273833320200922Evaluation of abiotic elicitor effects on some biochemical parameters of garlicارزیابی اثر الیسیتور غیرزیستی بر برخی پارامترهای بیوشیمیایی گیاه سیر3123251581FAپریسافتحی رضاییDepartment of Biology, Faculty of Science, University Of Maragheh0000-0003-0521-8669Journal Article20181030Nanoparticles due to their unique physicochemical properties, are widely used in biotechnology. Garlic (Allium sativum) is used as spice and drug for many years. Allicin as the best known active compound of garlic has a vast variety of biological effects. In this project effect of two abiotic elicitors including silver nanoparticles (AgNPs) and silver nitrate on growth and some biochemical parameters of garlic explants were studied. On silver nitrate-exposed samples; fresh weight, allicin, protein and cysteine contents, and catalase and guaiacol peroxidase activity was less than control. On AgNPs 25 ppm, growth, allicin, protein and cysteine contents was higher than untreated explants. Allicin content of AgNPs-treated explants was greater than the other treatments, on 25 ppm silver nitrate similar to control group and in 50 ppm-treated explants was the least. In conclusion because of the medicinal effects of allicin probably AgNPs could be a good candidate to increase allicin content.نانوذرات بدلیل ویژگیهای منحصربفرد فیزیکوشیمیایی کاربرد گستردهای در زمینه زیستفناوری دارند. سیر (Allium sativum) از دیرباز بصورت گسترده بعنوان دارو و ادویه استفاده میشود. آلیسین بعنوان مهمترین ماده مؤثره سیر اثرات زیستی بسیار متنوعی دارد. هدف این پروژه، بررسی اثر دو الیسیتور غیرزیستی نانوذرات نقره و نیترات نقره بر رشد و برخی از پارامترهای بیوشیمیایی ریزنمونههای سیر میباشد. در گیاهان تیمار شده با نیترات نقره، وزن تر، میزان آلیسین و پروتئین، فعالیت آنزیمهای کاتالاز و گایاکول پراکسیداز کمتر از گیاهان کنترل اندازهگیری شد. در غلظت 25 میلی گرم در لیتر نانوذره نقره افزایش رشد و محتوای آلیسین و پروتئین نمونهها مشاهده شد. میزان آلیسین نمونههای تیمار شده با نانوذرات نقره در هر دو غلظت بالاتر از بقیه تیمارها، گیاهان در معرض نیترات نقره 25 میلی گرم در لیتر مشابه کنترل و در غلظت 50 میلی گرم در لیتر از همه تیمارها کمتر بود. بدلیل نقش مهم آلیسین در خواص دارویی سیر احتمالاً نانوذرات نقره کاندیدای خوبی برای افزایش میزان آلیسین سیر باشد.https://cell.ijbio.ir/article_1581_a6af2559491267a9e536d6f0d4ba65be.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273833320200922In silico Analysis of Molecular Evolution and Expansion in Geranylgeranyl diphosphate synthase Protein Family in Plantsبررسی In silico روند تکامل مولکولی و گسترش خانوادۀ پروتئینی ژرانیلژرانیلدی فسفاتسنتاز در گیاهان3263421590FAسارافرحبخشدانشگاه بوعلی سینا
دانشکده کشاورزی
گروه بیوتکنولوژیسنبلناظریدانشگاه بوعلی سینا0000-0002-1232-3080زرینمینوچهرپژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، پژوهشکدۀ زیست فناوری صنعت و محیط زیست،
گروه زیست فناوری سامانهایJournal Article20180219GGPPS enzymes are responsible for the synthesis of geranyl geranyl diphosphate (GGPP), an important precursor for the production of variety terpenoids. In this study, by identifying the GGPPSs homologs UniProt database, the evolutionary process of this family was investigated using phylogenetic analysis, and the patterns of gene loss and gain over the course of evolution were inferred by parsimony-based optimization criterion. PLAZA database was used to study the role of whole genome duplication (WGD) and tandem gene duplication (TD). Results revealed that the GGPPS family is an expanding family and during plants evolution, GGPPS family has experienced expansion and contraction events in several alternate stages. Most of these expansions have been occurred as a result of the whole genome duplication (WGD) events. Nonetheless, tandem duplications (TDs) have occurred more in lineage specific expansions (LSEs). Furthermore, Protein Subcellular localization (PSL) analysis revealed that expansion process led to subfunctionalization in this protein family. Therefore, it seems that expansion in GGPPSs improve plants responses to stress and environmental stimuli, and ultimately, lead to a better adaptation to environmental conditions. Our analysis suggested that the selective pressure in different lineages of plants is variable and the positive selection was observed only in gymnosperms.آنزیمهایGGPPS مسئول سنتز ژرانیلژرانیل دی فسفات (GGPP)، یک پیشمادۀ مهم برای تولید بسیاری از ترپنوئیدها، هستند. در این تحقیق با شناسایی هومولوگهای خانوادۀ GGPPS در پایگاه دادۀ UniProt، روند تکاملی این خانواده با استفاده از آنالیزهای فیلوژنتیک مورد مطالعه قرار گرفت. همچنین، الگوی فرایندهای مضاعف شدن و از دست دادن ژن در طی تکامل گیاهان، با استفاده ازمعیار بهینه سازی مبتنی بر پارسیمونی بررسی شد. جهت بررسی نقش فرایندهای مضاعف شدن کل ژنوم (WGD) و تکثیر تکراری ژنها (TD) از پایگاه دادۀ PLAZA استفاده شد. نتایج مشخص نمود که خانوادۀ GGPPS یک خانوادۀ در حال گسترش است و در طی روند تکامل گیاهان، این خانوادۀ پروتئینی در چندین مرحلۀ متناوب فرایندهای گسترش و انقباض را تجربه نموده است. اغلب این فرایندهای گسترش در اثر پدیدۀ مضاعف شدن کل ژنوم ایجاد شدهاند. با این وجود، فرایندهای تکثیر تکراری ژنها در پدیدههایی که منجر به گسترش در یک تبار خاص (LSE) شده است، بیشتر به وقوع پیوسته است. همچنین بررسی تنوع جایابی پروتئین در داخل سلول(PSL) مشخص نمود که فرایند گسترش منجر به تفکیک عملکرد در این خانوادۀ پروتئینی شده است. لذا به نظر میرسد که گسترش خانوادۀ GGPPS در گیاهان باعث ایجاد پاسخهای مناسبتر به استرسها و محرکهای محیطی میشود و در نهایت به سازگاری بهتر گیاهان با محیط کمک میکند. بررسی اثر انتخاب طبیعی در این خانواده نشان داد که اعضای این خانواده در ردههای مختلف گیاهان تحت تاثیر فشارهای انتخابی متفاوتی قرار دارند و انتخاب طبیعی مثبت فقط در بازدانگان مشاهده شد.https://cell.ijbio.ir/article_1590_99b0c1795e56b1ba558c757fa2a45af1.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273833320200922Genetic variation study of Teucrium polium genotypes in the west of Iran using SCoT molecular markersبررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ های گونه مریم نخودی (Teucrium polium) در غرب ایران با استفاده از نشانگر مولکولی SCoT3433531467FAمحسنفرشادفرعضو هیات علمی دانشگاه پیام نور0000-0001-6845-9457هومنشیروانیمدرس گروه کشاورزی دانشگاه پیام نور0000-0001-8028-4311مصطفیامجدیانعضو هیات علمی/ دانشگاه پیام نورعبدالمهدینوریانعضو هیات عملی گروه زیست شناسی دانشگاه پیام نورJournal Article20171018Teucrium polium L. is one of the well-known medicinal and aromatic plants. In this study, we have used the SCoT marker to determine genetic variation among 17 genotypes of Teucrium polium collected from Kermanshah province, Iran. All of the SCoT primers showed 48 polymorphic bands. The primers of Sc20, Sc59 and Sc21 showed the highest number of band (6 bands) and Sc15 showed the lowest number of bands (2 bands). The mean polymorphic information content (PIC=0.361), marker index (MI= 1.525), Effective multiplex ratio (EMR= 4.197), polymorphism percentage (98.485%) and Resolving Power (RP=2.837) indices were calculated for all primers. The greatest similarity was between Gilan-gharb2 and Salas2 stations with 0.732 values. The lowest genetic similarity was between Naft-Shahr with Gilan-gharb1 and Gilan-gharb2 stations with 0.1. The cluster analysis group showed that the genotypes were classified into two groups, and the results of the clustering were confirmed by the use of molecular variance analysis (AMOVA) and principal components analysis (PCoA).مریم نخودی (L. Teucrium polium) از قدیمیترین گیاهان دارویی میباشد که در طب سنتی کاربرد فراوان دارد. جهت تعیین میزان تنوع ژنتیکی بین ژنوتیپهای مختلف مریم نخودی 17 ژنوتیپ از این گونه با استفاده از 15 آغازگر SCoT مورد بررسی قرار گرفت که 11 آغازگر دارای باندهای قابل امتیازدهی بودند. آغازگرهای SCoT در مجموع توانستند 48 باند چند شکل تولید کنند. میانگین تعداد باند تولید شده توسط هر آغازگر برای 17 ژنوتیپ برابر 82/2 بود. آغازگرهای SC20، SC21 و SC59 با 6 باند بیشترین تعداد و آغازگر SC15 با 2 باند کمترین تعداد باند را تکثیر نمود. میانگین درصد چند شکلی (PPB%)، محتوای اطلاعات چند شکلی (PIC)، شاخص نشانگری (MI)، شاخص نسبت چندگانه موثر (EMR) و شاخص تفکیک (RP) در بین آغازگرهای مورد بررسی به ترتیب برابر 485/۹۸، 361/۰، 525/۱ و 197/۴ بود. در حالت کلی و بر اساس تمام شاخصها، مناسبترین آغازگرها برای بررسی گونه مریم نخودی، آغازگرهای SC59 و SC11 تعیین شد. بیشترین تشابه را ژنوتیپهای (گیلان غرب2) با (ثلاث2) (732/0) و کمترین تشابه را ژنوتیپ (نفت شهر) با ژنوتیپهای (گیلان غرب1) و (گیلان غرب2) (10/0) داشت. گروهبندی حاصل از تجزیه کلاستر نشان داد که ژنوتیپها در 2 گروه قرار گرفته که نتایج حاصل از گروهبندی با استفاده از تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) و تجزیه به مؤلفههای اصلی (PCoA) تایید گردید.https://cell.ijbio.ir/article_1467_ab9aab5dcebefb7440c64531ad589d5c.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273833320200922Lifespan of cut flowers of gerbera under thyme essence and salicylic acid effectsطول عمر گل های شاخه بریده ژربرا تحت تاثیر اسانس آویشن و سالیسیلیک اسید3543691466FAمحمد رضاقلمبرانعضو هیات علمی دانشکده علوم و فناوری زیستی دانشگاه شهید بهشتی0000-0003-3865-8636فرانسوازبرناردعضو هیات علمی دانشکده علوم و فناوری زیستی دانشگاه شهید بهشتیمحمدعبدالهیدانشگاه شهید بهشتیJournal Article20190105The beauty of the gerbera flower depends on the lifespan of its petals. The lifespan of the petals depends on preserving the relative water content and the metabolic activity of the petals cells. The flower producers use compounds that protect and enhance the metabolism of the cells, as well as prevent the invasion of bacterial pathogens and the ability to maintain the water's potential for petals tissues. The present study was conducted to determine the lifespan and metabolic activities of the petals tissues under thyme essence and salicylic acid effects. Treatments were different concentrations of thyme essence (0, 150, 300, 600 μl L-1) and salicylic acid (0, 500, 1000, 2000 μM L-1) and their simultaneous use in aqueous medium. The treatments were sorted in the factorial experiment (4×4) on a randomized complete block design with three replications in laboratory conditions. The variables were lifespan, relative water content, activity of enzymes (phenylalanine ammonia lyase, peroxidase and catalase), malondialdehyde content and anthocyanin content in the petals cells. The most important results showed that 600 μl L-1 of thyme essence in the container of the cut flowers due to its antioxidant and antibacterial properties, increased the lifespan of the flowers compared with the control for 4 days. Also, 2000 μM L-1of salicylic acid due to the improved ability of the tissue defense system of the petals via arising of the resistance to oxidative stress of cells increased the life span of the cut flowers from 4 days to 8 days.زیبایی گل ژربرا به طول عمر گلبرگهای آن وابسته است و طول عمر گلبرگها به حفظ آب بافت گلبرگها و فعالیتهای متابولیسمی سلولها بستگی دارد. تولید کنندگان گل شاخه بریده از ترکیباتی که نقش حفاظت و تقویت کننده فعالیتهای متابولیسمی سلول و توانایی حفظ پتانسیل آب بافتها و دفع کننده عوامل بیماریزا را دارند، استفاده می کنند. تحقیق حاضر با هدف تعیین طول عمر و فعالیتهای متابولیسمی سلولهای بافت گلبرگها تحت مصرف اسانس آویشن و سالیسیلیکاسید، اجرا شد. تیمارها، غلظتهایی از اسانس آویشن (0، 150، 300 و 600 میکرولیتردر لیتر) و سالیسیک اسید (0، 500، 1000 و 2000 میکرومولار در لیتر) و استفاده همزمان از آنها در محیط آبی نگهداری گلهای شاخه بریده بودند. تیمارها بهصورت فاکتوریل (4×4) در قالب آماری کاملا تصادفی در سه تکرار و در شرایط آزمایشگاه مورد مطالعه قرار گرفتند. مهمترین صفات اندازه گیری شده در این تحقیق عبارت بود طول عمر، محتوی نسبی آب، فعالیت آنزیمها (فنیل آلانین آمونیالیاز، پراکسیداز و کاتالاز)، محتوی مالون دی آلدهید و محتوی آنتوسیانین در سلول گلبرگها. مهمترین نتایج بدست آمده نشان داد استفاده از غلظت 600 میکرو لیتر در لیتر از اسانس آویشن در ظرف نگهداری گلهای شاخه بریده ژربرا به دلیل داشتن خواص آنتیاکسیدانت و ضدمیکروبی طول عمر گلها را نسبت به شاهد 4 روز افزایش داد. همچنین غلظت 2000 میکرو مول بر لیتر از سالیسیلیکاسید به دلیل افزایش توان سیستم دفاعی بافت گلبرگها از طریق افزایش مقابله به تنش اکسیداتیو سلول ها طول عمر گلهای شاخه بریده ژربرا را از 4 روز به 8 روز افزایش داد.https://cell.ijbio.ir/article_1466_05e5a5ac055c6c3a9c134f580210b206.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273833320200922Identification and the survey of gene expression CURLY LEAF homologous during developmental stages in vegetative and reproductive organs of Brassica nigra L.شناسایی و بررسی بیان ژن همساخت CURLY LEAF طی مراحل نموی اندامهای رویشی و زایشی در خردل سیاه (Brassica niger L.)3703811600FAفرزادگنجعلیخانی حاکمیگروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران0000-0001-6814-0155فرخندهرضانژاداستاد گروه زیست شناسی دانشگاه شهید باهنر کرمان0000-0003-3825-0913محسناسدی خانوکیگروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایرانJournal Article20180521Growing faster and mass production of seed is always notable economically, industrially and pharmaceutically. Hence, the identification of the effective genes in growth, flowering and seed production is very valuable in the plants. The CURLY LEAF (CLF) is a key gene due to its important role in flowering inhibition. In this research, identification of CLF gene in black mustard (Brassica nigra L.), due to pharmaceutical and industrial consumption and its proximity to Arabidopsis model plant, was studied. For gene identification studies, the total RNA was extracted from the mature leaves in the vegetative stage. Gene expression was studied using extracted RNAs from leaves and shoot tips in both vegetative and generative stages as well as flower buds. Identification and expression were investigated after cDNA synthesis using the designed primers and the RT-PCR technique. The results confirmed a specific fragment of 665 nucleotides recorded in the gene bank as bnCLF (KT984485). The studies of phylogenetic tree showed that the CLF gene of the black mustard has a close relation with Brassicaceae family but the most homology was observed with Brassica rapa. The higher expression of CLF was observed in leaf and shoot tip at generative phase compared with vegetative phase. Further, the highest of expression amount was seen in floral buds in generative phase than leaf and shoot tip. Therefore, it seems that it is possible to accelerate flowering in some plants by identification and repression of this gene.همواره رویش سریعتر و تولید انبوه دانه از نظر اقتصادی، صنعتی و دارویی مورد توجه است و شناخت ژنهای مؤثر در رویش، گلدهی و تولید دانه، ارزش بسیار زیادی دارد. ژن CURLY LEAF (CLF) با نقش موثر خود به عنوان بازدارنده گلدهی اهمیت بسیار زیادی دارد. در این پژوهش شناسایی ژن همساخت CLF در گیاه خردل سیاه Brassica nigra L.)) بدلیل مصارف داروئی و صنعتی و همخانواده بودن با گیاه مدل آرابیدوپسیس، مورد مطالعه قرار گرفت. برای شناسایی این ژن، RNA کل از برگ بالغ گیاه در مرحله رویشی، و برای بررسی بیان آن، RNA کل از برگ و رأس ساقه در دو مرحله رویشی و زایشی و نیز از غنچه گل، استخراج و پس از ساخت cDNA، با استفاده از آغازگرهای طراحی شده و انجام فن RT-PCR، شناسایی این ژن و بیان آن مورد بررسی قرار گرفت. در نتایج بدست آمده، قطعه اختصاصی 665 نوکلئوتیدی تکثیر و در بانک ژن با نام bnCLF (KT984485) نامگذاری شد. مطالعه درخت فیلوژنتیکی نشان داد که ژن bnCLF با گونههای همخانواده خود (Brassicaceae) خویشاوندی نزدیک و بیشترین خویشاوندی را با گونه Brassica rapa دارد. بررسی بیان ژن نشان داد که میزان بیان در برگ و رأس ساقه در مرحله زایشی بیشتر از مرحله رویشی میباشد. همچنین، در مرحله زایشی بیشترین میزان بیان در غنچه گل در مقایسه با رأس ساقه و برگ مشاهده شد. بنابراین با شناسایی این ژن و خاموش کردن آن، میتوان گلدهی را در برخی گیاهان سریعتر کرد.https://cell.ijbio.ir/article_1600_43a919cc6f474f91d6678085cb4b7d18.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273833320200922Simulation of the L_α lipid phase behavior using systematic coarse-graining of dioleoylphosphatidylethanolamine moleculeشبیهسازی رفتار فاز لیپیدی L_α با استفاده از درشتدانهسازی سامانمند مولکول dioleoylphosphatidylethanolamine3823921448FAسعیدمرتضی زادهگروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، داشگاه تربیت مدرس، تهران، ایرانیوسفجمالیدانشکده ریاضی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایرانحسیننادری منشایران، تهران، دانشگاه تربیت مدرس، دانشکده علوم زیستی، گروه بیوفیزیک
ایران، تهران، مرکز تحقیقات علوم بنیادی، پژوهشکده علوم زیستیJournal Article20181203Among the various types of lipid phases, the bilayer structure is of particular importance in understanding the processes associated with cell membranes such as lipid membrane fusion. Hence, the research in modeling of L_α lipid phase has been a significant part of the simulation of bio-macromolecules. In this study, we have exploited the systematic coarse-graining approaches for modeling of the 1,2- dioleoylphosphatidylethanolamine (DOPE) lipid molecule. The implicit solvent coarse-grained model of the lipid molecule is composed of 14 beads so that the potential energy of the system consists terms of bonded, non-bonded, and electrostatic. Constructing the Coarse-grained model was accomplished based on the atomistic simulation of lipid molecules with the water content of 45 %wt using the methods of iterative Boltzmann inversion and inverse Monte Carlo. Although proper convergence in the bond and angle distribution functions was achieved at the end of iterative Boltzmann inversion procedure, the exact convergence in the torsion angle distribution functions and the radial distribution functions was obtained at the end of the Monte Carlo process. Using the obtained results, the lamellar L_α lipid phase was obtained in less than 10 nanoseconds. In addition, the coarse-grained potentials are capable of modeling the lipid multilayer fusion and the intermediate structure of lipidic particles.در میان انواع مختلف فازهای لیپیدی، ساختار لایهای از اهمیت ویژهای در درک فرآیندهای مرتبط با غشای سلولی اعم از همجوشی غشای لیپیدی برخوردار است. ازاینرو تحقیق در مدلسازی فاز L_α لیپیدی، بخش قابلتوجهی از شبیهسازی ماکرومولکولهای زیستی را به خود اختصاص داده است. در این تحقیق از درشتدانهسازی سامانمند بهمنظور مدلسازی فاز لایهای مولکول لیپید dioleoylphosphatidylethanolamine (DOPE)-1،2 استفاده کردهایم. مدل درشتدانه بدون حلال بوده و مولکول لیپید از ۱۴ دانه تشکیل میشود بهطوریکه انرژی پتانسیل سیستم شامل جملات پیوندی، غیر پیوندی و الکتروستاتیک هست. مدلسازی از روی شبیهسازی اتمی مولکولهای لیپید در محتوای آبی %۴۴٫۶ وزنی-وزنی با استفاده از روش معکوس بولتزمن تکرارشونده و مونتکارلو معکوس انجام گرفت. اگرچه همگرایی مناسب در توابع توزیع پیوندی و زاویهای در پایان فرآیند معکوس بولتزمن تکرارشونده حاصل گردید، اما همگرایی دقیق در توابع توزیع پیچشی و توابع توزیع شعاعی در پایان مونتکارلو معکوس بدست آمد. با استفاده از پتاسیلهای حاصله، فاز لایهای L_α در کمتر از 10 نانوثانیه بدست آمد. علاوه بر این، پتانسیلهای درشتدانه قادر به مدل کردن همجوشی چندلایهی لیپیدی و ساختار حد واسط ذرات لیپیدی هستند.https://cell.ijbio.ir/article_1448_bb5ee06cc1e86c682ac22501e9de6d96.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273833320200922The effect of trehalose feeding on antioxidant system of Arabidopsis thaliana ntrc mutantاثر تیمار ترهالوز بر سیستم آنتیاکسیدانت جهشیافتههای ntrc و گیاه وحشی آرابیدوپسیس تالیانا (Arabidopsis thaliana3934081465FAانیسهنوروزی پوردانشگاه گلستانمهنازاقدسیدانشگاه گلستانحمیدرضاصادقی پوردانشگاه گلستانJournal Article20180113Trehalose is the alpha, alpha-1,1-linked glucose disaccharide which plays pivotal roles in plants growth, development and resistance to stress. The NADPH-dependent thioredoxin reductase C (NTRC) acts as redox regulatory factor and involved in different chloroplastic processes. The aim of present study was to gain further insight into the effect of trehalose on plant antioxidant system activity. For this purpose, the seeds of Arabidopsis thaliana (WT) and ntrc mutant plants (as sensitive plants to stress) were grown on MS medium with or without 100 mM sucrose and/or trehalose for 14 days. The results showed that trehalose treatment induced peroxidase, ascorbate peroxidase and polyphenol oxidase in both mutant lines and WT seedlings, compared to control and sucrose treatment. Meanwhile these enzyme activities were higher in WT seedlings than that of ntrc mutants. Trehalose treatment decreased hydrogen peroxide and malon dialdehyde content in WT seedlings but increased phenol and anthocyanin content, compared to control. Also, the amount of hydrogen peroxide in WT seedlings was lower than mutant seedlings by trehalose feeding. The results revealed that trehalose eliminates reactive oxygen species by inducing plant antioxidant system. The obtained data can be useful to understand the role of trehalose in plant stress resistance.ترهالوز دی ساکاریدی است که از دو مولکول گلوکز با پیوند 1و1- آلفا و آلفا تشکیل شده است. این قند نقشهای بسیار مهمی در رشد و نمو و مقاومت به تنش در گیاهان بازی میکند. NADP+- تیوردوکسین ردکتاز C ((NTRC پروتیینی است که در کنترل چندین واکنش مهم کلروپلاستی نقش دارد. هدف از تحقیق حاضر بررسی اثر ترهالوز بر فعالیت سیستم آنتیاکسیدانت گیاه است. به این منظور بذر آرابیدوپسیس تالیانا و گیاه جهش یافته ntrc (به عنوان گیاه حساس به تنش اکسیداتیو) به مدت 14 روز بر محیط کشت MS حاوی غلظتهای 0 و 100 میلیمولار ساکارز و یا ترهالوز کشت داده شدند. نتایج نشان داد که تیمار ترهالوز سبب افزایش معنیدار فعالیت آنزیمهای پراکسیداز، آسکوربات پراکسیداز، و پلی فنل اکسیداز در گیاهچه وحشی و جهش یافته در مقایسه با تیمار شاهد و ساکارز شده است. همچنین میزان فعالیت این آنزیمها در تیمار ترهالوز در گیاهچه وحشی بالاتر از گیاهچه جهشیافته بود. تیمار ترهالوز سبب کاهش میزان پراکسید هیدروژن و مالون دی آلدهید و افزایش فنل و آنتوسیانین در گیاهچه وحشی در مقایسه با تیمار شاهد شده است. همچنین نتایج نشان داد که در تیمار ترهالوز مقدار پراکسیدهیدروژن گیاهچههای وحشی کمتر از لاینهای جهشیافته بود. این نتایج نشان میدهد که ترهالوز با فعال کردن سیستم آنتیاکسیدانت سبب پالایش رادیکالهای آزاد میشود. نتایج حاضر میتواند در درک چگونگی نقش ترهالوز در مقاومت به تنش در گیاهان مورد استفاده قرار گیرد.https://cell.ijbio.ir/article_1465_afa62e6356f673ba1fb8ef813669be65.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273833320200922Studying of STE20 & MYBA Genes Expression Related to Signal Transduction of Early-ripening in Yaghouti Grape of Sistanبررسی بیان ژن های STE20 و MYBA مرتبط با انتقال سیگنال در زودرسی انگور یاقوتی سیستان4094201637FAسجادنوروزیگروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایرانعباسعلیامام جمعهگروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی/ دانشکده کشاورزی/ دانشگاه زابل/ زابل/ ایران0000-0002-4602-1996محمودسلوکیگروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، ایرانفروزانحیدریگروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، ایرانJournal Article20190303Yaghouti grape of Sistan is an important fruit in Iran. Therefore, it is necessary some studies to evaluate different aspects related to early ripening in grape. This fruit can be harvested since first week of June. In this study, the genes related to signal transduction in early ripening were investigated, firstly; then two genes, MYBA and STE20, and GAPDH (as reference genes) were selected to more study. The expression of these genes were evaluated in different phenological growth stages and different early and late ripening genotypes of Sistan grape. The results indicated that expression of STE20 has been up-regulated highly in late-ripened genotypes (Fakhri and Cheshm-Gavi) during ripening stage. Also, there was significant difference between ripening and berry filling phenological growth stages as expression of STE20. On the other hand, this gene was down-regulated in early ripened Red-Yaghouti and White-Yaghouti genotypes. Also, the results indicated that expression of MYBA has up-regulated in early ripened Red-Yaghouti genotype of berry filling stage, while the expression of this gene was increased significantly in the late-ripened Chesm-Gavi genotype of ripening stage.انگور یاقوتی یک میوه مهم در ایران است. انگور یاقوتی سیستان به دلیل زودرسی و فرار از تنش های محیطی منطقه از لحاظ اقتصادی حائز اهمیت می باشد. این رقم زودرس ترین انگور کشور بوده و هفته اول خرداد قابل برداشت است. بنابراین بررسی عوامل زودرسی این انگور اهمیت ویژه ای دارد. در این پژوهش ابتدا ژن های مرتبط با انتقال سیگنال در فرآیند رسیدگی انگور مورد بررسی قرار گرفتند. سپس دو ژنSTE20 و MYBA مربوط به رسیدگی و ژن GAPDH به عنوان ژن رفرنس انتخاب شد. تفاوت بیانMYBA در یاقوتی قرمز با تحقیقات پیشین بودکه از نتایج جالب توجه این تحقیق به شمار می رود. بیان STE20در ارقام زودرس و دیررس متفاوت بود. این ژن در ارقام زورس در مرحله حبه پرکنی بیان شد؛ درحالی که بیان این ژن در ارقام دیررس در مرحله رسیدگی اتفاق افتاده است. به نظر می رسد بیان STE20 در ارقام زودرس به دلیل تولید اتیلن و در ارقام دیررس به دلیل مواجه با تنش های محیطی باشد. ژن MYBA در رقم یاقوتی قرمز بیان متفاوتی در مقایسه با سایر ارقام این پژوهش و پژوهش های پیشین داشت. به نظر می رسد MYBA یکی از ژن های کاندید در زودرسی رقم یاقوتی قرمز باشد. به دلیل اثرگذاری MYBA در دوره های تنش به نظر می رسد علاوه بر رسیدگی، وجود تنشهای محیطی از دیگر دلایل بیان MYBA در رقم چشم گاوی باشد.https://cell.ijbio.ir/article_1637_d5c5837c07e0a2c357388e528d965999.pdf