انجمن زیست شناسی ایران مجله پژوهش‌های سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)(علمی) 2383-2738 39 1 2026 03 21 In silico analysis of some potential molecular alterations in breast tumors compared to the adjacent normal tissues تجزیه و تحلیل درون یارانه ای برخی تغییرات مولکولی بالقوه در تومورهای پستان در مقایسه با بافت های طبیعی مجاور 64 81 2443 10.22034/cmr.2025.8561.3312 FA الهه زاده حسینقلی گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه شهید مدنی آذربایجان، تبریز، ایران هانیه موسوی Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran محمدرضا صادقی دیزجی گروه پزشکی مولکولی، دانشکده علوم نوین پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی تبریز قادر مولوی بیمارستان امام حسین (ع)، دانشگاه علوم پزشکی تبریز، هشترود، ایران. Journal Article 2024 11 30 The incidence of breast cancer among women worldwide is on the rise. In recent decades, advancements in microarray technology have made it possible to collect and analyze extensive relevant data, allowing for a more precise identification of genes involved in the development and progression of cancers. In this study, we extracted and merged three datasets (GSE109169, GSE80754, and GSE72644) containing breast cancer tumor samples and adjacent healthy tissues from the NCBI database. Utilizing appropriate software, we identified key genes with altered expression and evaluated their co-expression. We also determined the gene ontology (GO) for these key genes and examined the associated microRNAs and transcription factors. Our findings revealed that the genes PPARG, LEP, ADIPOQ, LPL, LIPE, FABP4, PLIN1, and CIDEC exhibited significantly decreased expression. Conversely, ten genes—AURKA, DLGAP5, NCAPG, CCNB1, KIF23, KIF11, BUB1B, RRM2, UBE2C, and NUSAP1—showed increased expression. Additionally, two microRNAs, has-miR-6782-5p and has-miR-6836-5p, had the strongest associations with the down-regulated genes, while has-miR-7110-5p and has-miR-7106-5p were most closely linked to the up-regulated genes. Furthermore, PPARG was identified as the most important transcription factor regulating the key down-regulated genes, whereas E2F4, FOXM1, E2F1, and MYC were significant in controlling the up-regulated genes. The results of this study can inform the design of beneficial therapeutic methods to help prevent breast cancer. میزان ابتلا به بیماری سرطان سینه در میان جمعیت زنان در سراسر دنیا در حال افزایش است. در دهه های اخیر امکان تجمیع داده‌های مرتبط فراوان فناوری ریزآرایه و شناسایی دقیق تر ژن‌های مرتبط در ایجاد و توسعه سرطان‌ها فراهم شده است. در این مطالعه سه مجموعه‌داده (GSE109169، GSE80754 و GSE72644) شامل نمونه‌های تومور سرطان سینه و بافت های سالم مجاور تومور از پایگاه‌داده ی NCBI استخراج و ادغام شدند. با استفاده از نرم‌افزارهای مناسب ژن‌های کلیدی تغییر بیان یافته مشخص شدند و بیان همزمان آنها مورد ارزیابی قرار گرفت. هستی‌شناسی ژن‌های کلیدی (GO) تعیین شد و ریزآران‌ای‌ها و فاکتورهای رونویسی مرتبط ژن‌ها مورد بررسی قرار گرفت. نتایج این مطالعه نشان داد که ژن‌های PPARG، LEP، ADIPOQ، LPL، LIPE، FABP4، PLIN1 و CIDEC مهم‌ترین ژن‌های کاهش بیان یافته و ده ژن AURKA، DLGAP5، NCAPG، CCNB1، KIF23، KIF11، BUB1B، RRM2، UBE2C و NUSAP1 مهم‌ترین ژن‌های افزایش بیان یافته هستند. دو ریزآران‌ای با نام‌های has-miR-6782-5p و has-miR-6836-5p بیشترین ارتباطات را با ژن‌های کلیدی کاهش بیان یافته و دو ریزآران‌ای با نام‌های has-miR-7110-5p و has-miR7106-5p بیشترین ارتباطات را با ژن‌های کلیدی افزایش‌یافته داشتند. PPARG مهم‌ترین فاکتور رونویسی تنظیم‌کننده ژن‌های کلیدی کاهش بیان یافته و E2F4، FOXM1، E2F1 و MYC مهم‌ترین فاکتورهایی بودند که ژن‌های کلیدی افزایش بیان یافته را کنترل می‌کردند. از نتایج پژوهش حاضر میتوان برای طراحی متدهای درمانی سودمند برای جلوگیری از سرطان پستان استفاده کرد.