انجمن زیست شناسی ایران مجله پژوهش‌های سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)(علمی) 2383-2738 31 3 2018 09 23 Isolation, sequencing and bioinformatics analysis of regulatory elements in C3 gene promoter region of Salmon fish(Salmo salar) جداسازی، توالی یابی و بررسی بیوانفورماتیکی عناصر تنظیمی ناحیه پروموتوری ژن C3 در ماهی قزل آلا(Salmo salar) 342 352 1104 FA علی محمد احدی دانشگاه شهرکرد- دانشکده علوم پایه- گروه ژنتیک سمیه خاتمی دانشگاه شهرکرد هدا آیت دانشگاه شهرکرد- علوم پایه - ژنتیک Journal Article 2016 07 22 The complement system is one of the main components of the immune system in many organisms. The existence of this system has been confirmed in numerous organisms, but there is no information about the mechanisms regulating the expression of it in some of them. In this study, we have focused on the upstream element of salmon fish C3 gene. Different tissues of the fish were prepared and DNA was extracted with a modified phenol-chloroform method. Target sequence was amplified using unclassical PCR method by using of designed degenerate primers and PCR product was purified and sequenced and finally confirmed sequence was recorded in Genomic Bank Database. In the next step, a full anatomy of obtained sequence was examined for the presence of regulatory elements by application of different servers and software. Salmon fish C3 gene promoter region sequence was recorded in NCBI genomic data bank with accession number JQ799884.1. The presence of conserved TATA box and abaA, C/EBP, CTCF, IL-6, GR and PPAR transcription factors responsive elements were confirmed, however, responsive element sequence for factors such as Sp1, CRE, ERE were not detected. Our results can confirm the existence of an evolutionary well-developed regulatory system on the complement system in bony fishes and support ancestral nature of complement system genes. This study is the first detailed report on the regulatory elements controlling gene expression of the C3 gene and may suggest the involvement of complement derivatives in the early embryonic development steps that have been reported in some study. سیستم کمپلمان از اجزاء اصلی سیستم دفاعی بدن بسیاری از موجودات میباشد. وجود این سیستم در موجودات متعددی تایید شده است اما در مورد مکانیسم های تنظیم بیان آن در سطح ژنومی برخی از موجودات اطلاعاتی وجود ندارد. در این مطالعه به بررسی ناحیه بالادستی ژن C3 از ماهی قزل آلا پرداخته ایم. بافتهای مختلف ماهی تهیه و DNA با روش تغییر یافته فنل-کلروفرم استخراج شد. به کمک پرایمرهای دجنره طراحی شده برای ناحیه بالادستی این ژن که بر اساس اطلاعات سایر گونه ها انجام شد، با واکنش زنجیره پلیمراز غیر کلاسیک، قطعه هدف تکثیر و تعیین توالی و در نهایت در بانک اطلاعات ژنومی ثبت شد. در مرحله بعد به کمک سرورها و نرم افزارهای مختلف آناتومی کامل توالی بدست آمده از نظر وجود عناصر تنظیمی بررسی گردید. توالی ناحیه پروموتوری ژن C3 ماهی قزل آلا در بانک ژنومی NCBI با شماره دستیابی JQ799884.1 به ثبت رسید. وجود توالیهای حفاظت شده جعبه TATA و همچنین عناصر پاسخگو به فاکتورهایی مانند abaA ، C/EBP،CTCF، IL-6، GR و PPAR ردگیری شد، هرچند وجود نواحی پاسخگو مانند Sp1، CRE، ERE تایید نشد. نتایج این مطالعه علاوه بر تایید وجود سیستم نسبتا تکامل یافته ای از تنظیم روی سیستم کمپلمان در ماهی های استخوانی میتواند از قدیمی بودن این سیستم حمایت نماید. این مطالعه اولین گزارش دقیق از عناصر تنظیمی کنترل کننده بیان ژنی از سیستم کمپلمان است و شاید موید نقشهای جدیدی مانند دخالت مشتقات کمپلمان در تکوین اولیه جنین باشد که در مطالعاتی مطرح شده است.