مقاله پژوهشی میکروبیولوژی

1. تولید و بهینه سازی پلی‌هیدروکسی آلکانوات (poly (3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyhexanoate)) بوسیله جدایه Aeromonas sp. EBA118 جدا شده از خاک به روش تک متغیره

زمزم جوادی؛ معصومه بحرینی؛ میرزا محمد رضا شریف مقدم

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 13 مرداد 1398

چکیده

  در این پژوهش با هدف جداسازی ‌باکتری‌های بومی تولیدکننده‌ی پلی‌هیدروکسی آلکانوات، خاک چندین منطقه کشاورزی اطراف مشهد مورد بررسی قرار گرفت. نمونه‌ها خالص سازی و سپس با استفاده از روش‌های رنگ آمیزی سودان سیاه B و آکریدین اورنج نمونه های تولید کننده PHAs جدا شدند. از میان 31 سویه جداسازی شده 2 گونه به‌عنوان تولیدکننده‌ی پلی‌مرهای پلی‌هیدروکسی ...  بیشتر در این پژوهش با هدف جداسازی ‌باکتری‌های بومی تولیدکننده‌ی پلی‌هیدروکسی آلکانوات، خاک چندین منطقه کشاورزی اطراف مشهد مورد بررسی قرار گرفت. نمونه‌ها خالص سازی و سپس با استفاده از روش‌های رنگ آمیزی سودان سیاه B و آکریدین اورنج نمونه های تولید کننده PHAs جدا شدند. از میان 31 سویه جداسازی شده 2 گونه به‌عنوان تولیدکننده‌ی پلی‌مرهای پلی‌هیدروکسی آلکانوات شناسایی شدند. جدایه 118EBA با داشتن بیش‌ترین میزان تولید پلی‌هیدروکسی آلکانوات به عنوان سویه منتخب برگزیده و تولید پلی‌مر در آن بهینه گردید. به‌منظور افزایش تولید، بهینه‌سازی دومرحله‌ای انجام شد. ابتدا برای افزایش توده سلولی مقادیر غلظت منبع نیتروژن و نوع آن، غلظت گلوکز،pH ، دما و میزان هوادهی در محیط اولیه بهینه‌سازی شدند. در مرحله دوم بهینه‌سازی که به‌منظور افزایش تولید پلی‌هیدروکسی آلکانوات انجام شد از محیط ثانویه‌ که دارای مقادیر بیشتری از گلوکز بود استفاده شد. در این تحقیق فاکتورهای نسبت کربن به نیتروژن، pH، دما و میزان هوادهی بهینه و تاثیر آن‌ها در تولید پلی‌هیدروکسی آلکانوات بررسی گردید. عصاره مخمر با غلظت g/l7 ، گلوکز با غلظت g/l 5 ، 8= pH ، دمای ºC20 و میزان هوادهی 75% شرایط حاصل‌شده از بهینه‌سازی مرحله اول بودند؛ در مرحله دوم بهینه‌‌‌سازی که با هدف افزایش تولید پلی‌مر انجام شد نسبت کربن به نیتروژن با مقدار 3:1، 7 pH=، دمای ºC 37 و هوادهی 80% به ترتیب به‌عنوان بهترین شرایط انتخاب شدند. نتایج طیف سنجی نشان داد پلی‌مر پلی‌هیدروکسی آلکانوات تولید شده توسط جدایه 118EBA Aeromonas sp. از نوع هموپلیمر پلی‌هیدروکسی‌بوتیرات خالص نیست و احتمالا نوعی کوپلی استر PHBHHx است.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی ژنتیک

2. بررسی ارتباط پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی rs2976394 ژن PSCA مرتبط با hsa-miR -3934 و ابتلا به سرطان معده

بهاره صمدی؛ کامران قائدی؛ محمد حسین صنعتی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 13 مرداد 1398

چکیده

  در سال های اخیرسرطان معده پنجمین علت مرگ و میر در اثر سرطان به شمار می‌رود که خود توجیه مناسبی جهت شناسایی بیومارکرهای مرتبط می باشد. بدین علت برای یافتن اطلاعات بیوانفورماتیکی بیشتر در این رابطه سایت‌های NCBI، miRNASNP، miRBase، phenomiR ، miRWALK2.0 و DAVID مورد استفاده قرار گرفت. مطالعات انجام شده در سایت‌های NCBI بیانگر آن است که یکی از ژن‌های درگیر ...  بیشتر در سال های اخیرسرطان معده پنجمین علت مرگ و میر در اثر سرطان به شمار می‌رود که خود توجیه مناسبی جهت شناسایی بیومارکرهای مرتبط می باشد. بدین علت برای یافتن اطلاعات بیوانفورماتیکی بیشتر در این رابطه سایت‌های NCBI، miRNASNP، miRBase، phenomiR ، miRWALK2.0 و DAVID مورد استفاده قرار گرفت. مطالعات انجام شده در سایت‌های NCBI بیانگر آن است که یکی از ژن‌های درگیر با این بیماری ژن‌ PSCA در جایگاه کروموزومی 8q24.2 می‌باشد. در این ارتباط به منظور شناسایی میکرو RNAهای مرتبط با آن از پایگاههای داده miRNASNP و miRdSNP استفاده شد. بررسی‌ها در جایگاه rs2976394 مشخص ساخت که آلل C به T تبدیل میشود، که ممکن است براتصال و عملکرد میکرو RNAهای مرتبط با این ناحیه اثر بگذارد. در نهایت hsa-miR-3934 به عنوان یکی از مهمترین میکرو RNAهای مرتبط با این ژن مشخص شده و با توجه به تأیید نقش hsa-miR-3934 در سرطان معده از طریق پایگاههای داده بیوانفورماتیکی از جمله phenomiR، بدست آوردن ژن‌های هدف آن از طریق پایگاه داده miRWALK2.0 و ارزیابی مسیرهای سیگنالی مرتبط با آن با استفاده از پایگاه داده DAVID، این میکرو RNA به منظور آنالیزهای بعدی انتخاب گردید. مطالعات حاصل از این تحقیق مشخص ساخت که در بررسی همراهی آلل‌های این SNP با ابتلا به سرطان معده ارتباط معنادار دارد و همراهی دیده می‌شود. همچنین در مطالعات ارتباط SNP با نمونه‌های هلیکوباکترپیلوری مثبت و متاستاز ارتباط معنادار دیده‌شد. در بررسی ارتباط primary tumor,RLN و stage بیماری با SNP مربوطه مطابقت دیده‌شد. در نهایت بر اساس داده‌ها الگوی توارثی ‌‌‌ Log-additive انتخاب گردید.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی میکروبیولوژی

3. شناسایی باکتری های پروبیوتیک عصاره آبی خرماهای مضافتی، پیارم و زاهدی

مینا سیف زاده؛ محمد ربانی؛ علی اصغر خانی پور

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 24 اردیبهشت 1399

چکیده

  مقدمه: تاثیر مفید باکتری‌های پروبیوتیک بر سلامت انسان و حیوان به نحو گسترده مورد مطالعه قرار گرفته و در موارد مختلف تایید شده است. برای دستیابی به باکتری‌های پروبیوتیک باسیلوس و اسیدلاکتیک خرما به عنوان یکی از مواد غذایی مهم که می‌توانند منبع جداسازی این باکتری‌ها باشند، بررسی شد. هدف: این مطالعه با هدف جداسازی باکتری‌های پروبیوتیک ...  بیشتر مقدمه: تاثیر مفید باکتری‌های پروبیوتیک بر سلامت انسان و حیوان به نحو گسترده مورد مطالعه قرار گرفته و در موارد مختلف تایید شده است. برای دستیابی به باکتری‌های پروبیوتیک باسیلوس و اسیدلاکتیک خرما به عنوان یکی از مواد غذایی مهم که می‌توانند منبع جداسازی این باکتری‌ها باشند، بررسی شد. هدف: این مطالعه با هدف جداسازی باکتری‌های پروبیوتیک اسید لاکتیک و باسیلوس از عصاره آبی خرماهای مضافتی، پیارم و زاهدی انجام شد. روش کار: برای جداسازی باکتری های اسید لاکتیک و باسیلوس، عصاره روی محیط MRS آگار و نوترینت آگار کشت داده شد. پس از ۵ روز انکوباسیون در دمای ۳۷ درجه سلسیوس در شرایط بی‌هوازی و هوازی کلنی‌های دارای خصوصیات مرفولوژی و شکل میکرسکپی مرتبط دارای باکتری‌های گرم مثبت کاتالاز منفی جدا شده از MRS آگار در شرایط بی‌هوازی و و کاتالاز مثیت جدا شده از نوترینت آگا در شرایط هوازی با روش‌های بیوشیمیایی و Polymerase chain reaction بررسی شدند. نتایج: با توجه به آزمایشات شیمیایی و مولکولی باکتری‌های جدا شده از عصاره خرمای مضافتی به Lecunostoc mesenteroeides subsp mesenteroeides، پیارم بهBacilus subtilis strain UD1022 و زاهدی به Pediococcus parvalus strainSC8B متعلق بود. هر سه باکتری پروبیوتیک بودند. بحث و نتیجه گیری: با توجه به نتایج آزمایشات خرما در مجموعه غذاهای پروبیوتیک قرار دارد. می توان عصاره آبی خرما را برای غنی سازی و تهیه مواد غذایی پروبیوتیک به کار برد. همچنین با توجه به ویژگی‌های باکتری‌های پروبیوتیک می‌توان عصاره آبی خرما یا گوشت خرما برای جلوگیری از جایگزینی باکتری‌های بیماری‌زا و بیماری برای مصرف کنندگان توصیه کرد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوفیزیک

4. مطالعه برهمکنش رنگ خوراکی قرمز آلورا با پپسین توسط طیف سنجی فلورسانس

فاطمه السادات محسنی شهری

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 10 شهریور 1398

چکیده

  دراین مقاله برهمکنش پپسین با رنگ خوراک قرمز آلورا با استفاده از روش طیف سنجی فلورسانس در شرایط شبه فیزیولوژیک مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد رنگ قرمز آلورا می تواند فلورسانس ذاتی پپسین را کاهش دهد، ثابت سرعت خاموشی (kq) نشان میدهد که مکانیسم خاموشی ازنوع پایا (استاتیک) است .ثابت اتصال ظاهری Ka))، تعداد جایگاه اتصال n) ) در دماهای مختلف ...  بیشتر دراین مقاله برهمکنش پپسین با رنگ خوراک قرمز آلورا با استفاده از روش طیف سنجی فلورسانس در شرایط شبه فیزیولوژیک مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد رنگ قرمز آلورا می تواند فلورسانس ذاتی پپسین را کاهش دهد، ثابت سرعت خاموشی (kq) نشان میدهد که مکانیسم خاموشی ازنوع پایا (استاتیک) است .ثابت اتصال ظاهری Ka))، تعداد جایگاه اتصال n) ) در دماهای مختلف مورد ارزیابی قرار گرفتند. نتایج نشان می دهند با افزایش دما ثابت اتصال رنگ قرمز آلورا به پپسین کاهش می یابد. آنتالپی (H°Δ) و آنتروپی (S°Δ) برهمکنش بین رنگ قرمز آلورا و پپسین به ترتیب 584/45- (kJ mol-1) و 052/49- (J K-1 mol-1) محاسبه گردید که نشان دهنده نقش مهم پیوند های هیدروژنی و بر همکنش های واندروالسی در این اتصال می باشد، علامت منفی مربوط به تغییرات انرژی آزاد (G°Δ) بیانگر تمایل اتصال رنگ به پروتئین است. طیف سنجی فلورسانس همزمان نشان داد که محیط اطراف باقی مانده های تریپتوفان و تیروزین در فرآیند اتصال تغییرقابل توجهی نداشته است. بر اساس داده های تجربی، اتصال بین رنگ قرمز آلورا و پروتئین می تواند فعالیت پپسین را مهار کند.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

5. بررسی تنوع ژنتیکی ارقام مختلف گندم نان (Triticum aestivum L.)با استفاده از نشانگرهای مولکولی ISSR و RAPD

مژده رحمانی؛ مهدی رحیمی؛ مریم عبدلی نسب؛ محمود ملکی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 10 شهریور 1398

چکیده

  ارزیابی دقیق مقدار و پراکنش تنوع ژنتیکی در گیاهان به منظور تدوین راهبرد حفاظت و استفاده از منابع ژنتیکی از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. در این پژوهش روابط ژنتیکی بین 40 رقم گندم نان (Triticum aestivum L.) با استفاده از 10 آغازگر ISSR و 4 آغازگر RAPD مورد بررسی قرار گرفت. 10 آغازگر ISSR تعداد 92 باند چندشکل با میانگین 2/9 باند چندشکل برای هر آغازگر تولید نمودند ...  بیشتر ارزیابی دقیق مقدار و پراکنش تنوع ژنتیکی در گیاهان به منظور تدوین راهبرد حفاظت و استفاده از منابع ژنتیکی از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. در این پژوهش روابط ژنتیکی بین 40 رقم گندم نان (Triticum aestivum L.) با استفاده از 10 آغازگر ISSR و 4 آغازگر RAPD مورد بررسی قرار گرفت. 10 آغازگر ISSR تعداد 92 باند چندشکل با میانگین 2/9 باند چندشکل برای هر آغازگر تولید نمودند و میانگین درصد چندشکلی 79/86% بود. همچنین چهار آغازگر نشانگر RAPD تعداد 19 باند چندشکل با میانگین 75/4 باند چندشکل برای هر آغازگر تولید کردند و میانگین درصد چندشکلی 85/67% بود. بالا بودن معیارهای تعداد آلل مؤثر، تنوع ژنی، شاخص شانون، محتوای اطلاعات چندشکل، در مورد نشانگرهای ISSR برای پرایمرهای UBC813، UBC816 و UBC824 و در مورد نشانگرهای RAPD برای پرایمرهای OH-04 و OPA02 نشان‌دهنده کارایی بالای این آغازگرها در تمایز ژنوتیپ‌های گندم مورد مطالعه در این تحقیق بود. تجزیه خوشه‌ای به روش UPGMA و بر اساس ضریب تشابه جاکارد بر اساس کل باندهای چندشکل نشانگر ISSR و RAPD ارقام گندم را در دو گروه جداگانه قرار داد. همچنین تجزیه به مختصات اصلی و تعیین ساختار جمعیت بر اساس روش بیزی با نرم‌افزار STRUCTURE ارقام را در دو گروه قرار دادند و نتایج تجزیه خوشه‌ای را تایید نمودند. تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که تنوع درون گروه‌ها بیشتر از بین گروه‌ها است. اطلاعات به دست آمده از این تحقیق و تنوع موجود در ارقام گندم می‌تواند در پژوهش‌های به‌نژادی برای افزایش عملکرد مورد استفاده قرار گیرد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوفیزیک

6. طراحی ساختار نانودیسک از فسفولیپید اسفنگومیلین جنین جوجه (DPSM) و کلسترول (CHOL) و مطالعه شکل گیری آن: شبیه سازی دینامیک مولکولی دانه درشت

جلیل پرچکانی چوزکی؛ مجید تقدیر

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 10 شهریور 1398

چکیده

  نانودیسک‌های دولایه ساختارهایی هستند که از دولایه غشایی فسفولیپیدی تشکیل شده‌اند و بین دولایه محتویات یا مولکول‌های آبی وجود ندارد. نانودیسک‌های چهارلایه در واقع شبیه سلول طبیعی هستند که از دو طرف بر آن فشار وارد شده است مثل ساختار گلبول قرمز خون که از دوطرف فرورفتگی دارد. ساختار نانودیسک قادر است داروهای محلول در آب را در بخش ...  بیشتر نانودیسک‌های دولایه ساختارهایی هستند که از دولایه غشایی فسفولیپیدی تشکیل شده‌اند و بین دولایه محتویات یا مولکول‌های آبی وجود ندارد. نانودیسک‌های چهارلایه در واقع شبیه سلول طبیعی هستند که از دو طرف بر آن فشار وارد شده است مثل ساختار گلبول قرمز خون که از دوطرف فرورفتگی دارد. ساختار نانودیسک قادر است داروهای محلول در آب را در بخش سطحی آبدوست خود و داروهای محلول در چربی را در داخل دو لایه خود که محیط آبگریز است، پوشش دهد. سنتز نانودیسک‌ها در محیط آزمایشگاهی و تجربی بسیار زمان‌بر و هزینه‌بر است. لذا در این تحقیق ساختار نانودیسکی با ترکیبی از مولکول‌های اسفنگومیلین جنین جوجه (DPSM) و کلسترول (CHOL) طراحی و ساخته شد. که برای انجام این کار از رویکرد شبیه‌سازی دینامیک مولکولی استفاده شد. بعد از انجام فرایند شبیه سازی، نتایج و آنالیزهای بدست آمده از مطالعه شبیه سازی دینامیک مولکولی نشان داد که مولکول‌های انتخابی ساختار نانودیسکی ایجاد کردند که ناشی از خواص شیمی-فیزیکی فسفولیپید اسفنگومیلین جنین جوجه و مولکول کلسترول است. لازم به ذکر است که فسفولیپید اسفنگومیلین جنین جوجه ساختار هندسی مخروطی و همچنین گروه سری بزرگتری نسبت به لیپیدهای دیگر داشته که موجب می‌شود که تمایل این مولکول به ایجاد ساختار نانودیسکی زیاد شود. مولکول کلسترول در بین فسفولیپیدهای اسفنگومیلین جنین جوجه قرار می‌گیرد و با آنها میانکنش برقرار می‌کند. این ویژگی مولکول کلسترول باعث افزایش پایداری ساختار نانودیسک می‌شود. آنالیزهای انرژی شامل انرژی کل، انرژی میانکنش‌های واندروالس و الکترواستاتیک نشان دادند که ساختار نانودیسک ایجاد شده به ثبات و پایداری مناسبی رسیده است.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوشیمی

7. بررسی تاثیر مشتقات 2-هیدروکسی 1و4-نفتوکوئینون بر روی ساختار و عملکرد آنزیم کاتالاز

سیمین خطایی؛ غلامرضا دهقان؛ سمانه رشتبری؛ مهرداد ایرانشاهی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 10 شهریور 1398

چکیده

  کاتالاز، به عنوان یک آنزیم آنتی اکسیدان مهم، سلول‌ها را در مقابل اثرات مخرب پراکسید هیدروژن محافظت می‌کند. 2-هیدروکسی 1و4-نفتوکوئینون یکی از مشتقات نفتوکوئینون‌هاست که دارای فعالیت‌های بیولوژیکی و دارویی گسترده از جمله اثرات ضد سرطانی و ضد باکتریایی می‌باشد. در این مطالعه، تاثیر مشتقات 2-هیدروکسی 1و4-نفتوکوئینون ( ANQو BNQ) بر روی ساختار ...  بیشتر کاتالاز، به عنوان یک آنزیم آنتی اکسیدان مهم، سلول‌ها را در مقابل اثرات مخرب پراکسید هیدروژن محافظت می‌کند. 2-هیدروکسی 1و4-نفتوکوئینون یکی از مشتقات نفتوکوئینون‌هاست که دارای فعالیت‌های بیولوژیکی و دارویی گسترده از جمله اثرات ضد سرطانی و ضد باکتریایی می‌باشد. در این مطالعه، تاثیر مشتقات 2-هیدروکسی 1و4-نفتوکوئینون ( ANQو BNQ) بر روی ساختار و عملکرد آنزیم کاتالاز کبد گاوی، به صورت تجربی و تئوری با استفاده از اسپکتروسکوپی مرئی-فرابنفش، فلورسانس، طیف سنجی مادون قرمز و شبیه سازی مولکولی مطالعه شد. داده های سینتیکی و پارامترهای ترمودینامیکی نشان دادند که غلظت‌های افزایشی این ترکیبات به ترتیب از طریق مهار مخلوط و رقابتی باعث کاهش فعالیت آنزیم کاتالاز می‌شوند. نتایج مطالعات فلورسانس در حضور غلظت‌های مختلف ANQ و BNQ در دو دمای مختلف نشان داد که فلورسانس ذاتی آنزیم در حضور این ترکیبات با مکانیسم استاتیک خاموش می‌شود. مطالعات شبیه سازی مولکولی در تایید یافته های تئوری نشان داد که تنها یک جایگاه اتصال برای ترکیبات مورد نظر بر روی آنزیم کاتالاز وجود دارد. با توجه به اهمیت بیولوژیکی و نقش دوگانه‌ی آنزیم کاتالاز، مطالعه‌ی تاثیر ترکیبات مختلف بر روی فعالیت و ساختار آنزیم کاتالاز می تواند حائز اهمیت باشد. چرا که استفاده‌ی بیش از حد این ترکیبات در داروهای مختلف می تواند باعث ایجاد اثرات جانبی شده و تهدید کننده ی سلامت انسان باشد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیولوژی سلولی

8. مهار سمیت روتنون در مدل سلولی بیماری پارکینسون با عصاره متانولی زیتون‌های ایرانی

دینا مرشدی؛ فرهنگ علی اکبری؛ سها پارسافر؛ حسین محمد بیگی؛ فائزه دهقانی عصمت آبادی؛ علیرضا امیری نودیجه

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 10 شهریور 1398

چکیده

  بیماری‌های تحلیل سیستم عصبی از جمله بیماری پارکینسون (PD) بیماری‌های درمان ناپذیر و به شدت رو به رشد در جوامع بشری هستند. در PD با از بین رفتن سلول‌های نورونی به ویژه در جسم سیاه مغز، بیمار با عوارض حرکتی و ادراکی غیر قابل برگشتی روبرو می‌شود. آسیب و مرگ نورونی همراه با تجمعات پروتئین آلفاسینوکلئین است. برخی سموم نیز با ایجاد شرایط استرس‌زا ...  بیشتر بیماری‌های تحلیل سیستم عصبی از جمله بیماری پارکینسون (PD) بیماری‌های درمان ناپذیر و به شدت رو به رشد در جوامع بشری هستند. در PD با از بین رفتن سلول‌های نورونی به ویژه در جسم سیاه مغز، بیمار با عوارض حرکتی و ادراکی غیر قابل برگشتی روبرو می‌شود. آسیب و مرگ نورونی همراه با تجمعات پروتئین آلفاسینوکلئین است. برخی سموم نیز با ایجاد شرایط استرس‌زا بر روی سلول‌های عصبی می‌توانند باعث ایجاد PD شوند. روتنون به عنوان سم عصبی باعث نابودی سلول‌های عصبی شده، منجر به PD می‌گردد. در این مطالعه به تاثیر عصاره‌های متانولی میوه سه رقم زیتونِ ایرانی شامل روغنی، زرد و مجنون بر روی سلول‌های مهندسی شده مدل PD با بیش بیان آلفا‌سینوکلئین پرداخته شد. این سلول‌ها به شدت به تیمار با روتنون واکنش نشان دادند. علاوه بر ایجاد سمیت، طول رشته‌های نوریت نیز در تیمار با روتنون کاهش یافت. عصاره‌ها به صورت معنی‌داری سلول‌ها را در مقابل سمیت ناشی از روتنون حفظ کرده و میزان ROS درون سلولی نیز به طور معنی‌داری کاهش یافت. پاکسازی رادیکالهای فعال نشان داد که این عصاره‌ها می‌توانند از طریق این مکانیزم نقش محافظتی برای سلول‌های نورونی داشته باشند، اما با توجه به رفتار متفاوت عصاره‌ها در محیط برون سلولی به نظر می‌رسد مکانیسم های پیچیده‌تری در نقش محافظتی آن‌ها در نورون‌ها دخیل باشند. این مطالعه نشان داد رقم‌های اصیل ایرانی روغنی و زرد می‌توانند به صورت معنی‌داری موجب زنده مانی سلول‌های حساس نورونی حتی در حضور روتنون شوند؛ باتوجه به بومی بودن رقم‌های زیتون ، این نتایج میتوانند بسیار ارزشمند باشند.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیولوژی سلولی

9. تغییرات بیان ژن آدنوزین دآمیناز (ADA) در سلول‌های سرطان پستان انسانی رده‌های MCF-7 و MDA-MB-231 و سلول‌های رده نرمال MCF-10A تیمار شده با عصاره شیرین بیان

اکبر صفی پور افشار؛ فاطمه سعید نعمت پور؛ امیر شیرزاد

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 16 شهریور 1398

چکیده

  هدف: آنزیم آدنوزین دآمیناز (ADA) در متابولیسم پورین‌ها شرکت داشته و نقش اساسی در تکثیر و بلوغ سلول‌های پستانداران دارد و همچنین فعالیت آن در سلول‌های سرطان پستان افزایش می‌یابد. در این پژوهش اثر عصاره آبی ریشه گیاه شیرین‌بیان بر درصد زنده‌مانی و بیان ژن ADA در دو رده‌ سرطانی پستان انسانی MCF-7 و MDA-MB-231 و همچنین یک رده نرمال MCF-10A مورد مطالعه ...  بیشتر هدف: آنزیم آدنوزین دآمیناز (ADA) در متابولیسم پورین‌ها شرکت داشته و نقش اساسی در تکثیر و بلوغ سلول‌های پستانداران دارد و همچنین فعالیت آن در سلول‌های سرطان پستان افزایش می‌یابد. در این پژوهش اثر عصاره آبی ریشه گیاه شیرین‌بیان بر درصد زنده‌مانی و بیان ژن ADA در دو رده‌ سرطانی پستان انسانی MCF-7 و MDA-MB-231 و همچنین یک رده نرمال MCF-10A مورد مطالعه قرار گرفت.مواد و روش‌ها: سمیت سلولی عصاره آبی شیرین‌بیان به روش رنگ سنجی MTT بررسی گردید و بیان ژن ADA با روش Real-time PCR سنجیده شد.نتایج: با افزایش غلظت عصاره درصد زنده ماندن سلول‌ها به ویژه در رده‌های سرطانی به طور معنی‌داری کاهش یافت و همچنین بیان ژن ADA در غلظت 200 میکروگرم در میلی لیتر عصاره در رده‌های MCF-7 و MDA-MB-231 به ترتیب به میزان 4 و 8/4 برابر کاهش پیدا کرد.نتیجه‌گیری: نتایج بیانگر آن است که عصاره این گیاه با کاهش بیان ژن ADA سبب کاهش درصد زنده‌مانی سلول‌های سرطانی پستان شده است.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوشیمی

10. بررسی الگوهای بیان High temperature requirement A2 (HtrA2) در رده‌ها و بافت‌های سلولی مختلف و تولید آن در میزبان پروکاریوتی

سمیرا شاطریان؛ سعید نژاوند؛ علی مطاع؛ محمد پاژنگ

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 26 بهمن 1398

چکیده

  HtrA2 سرین پروتئاز میتوکندریایی است که تقریبا در همه بافتها بیان میشود و تحت شرایط استرسی این پروتئاز به یک فاکتور پروآپوپتوزی تبدیل میشود و در القای آپوپتوز شرکت میکند. این پروتئین احتمالا دارای فعالیت چاپرونی نیز بوده و در تاخوردن مناسب پروتئین‌ها نقش دارد. باتوجه به اهمیت آنزیم HtrA2 در القای آپوپتوز و ارتباط آن با برخی بیماری‌ها، ...  بیشتر HtrA2 سرین پروتئاز میتوکندریایی است که تقریبا در همه بافتها بیان میشود و تحت شرایط استرسی این پروتئاز به یک فاکتور پروآپوپتوزی تبدیل میشود و در القای آپوپتوز شرکت میکند. این پروتئین احتمالا دارای فعالیت چاپرونی نیز بوده و در تاخوردن مناسب پروتئین‌ها نقش دارد. باتوجه به اهمیت آنزیم HtrA2 در القای آپوپتوز و ارتباط آن با برخی بیماری‌ها، الگوی بیان پروتئین HtrA2 در رده‌های سلولی طبیعی و برخی رده های بیماری بررسی شد. نتایج PCR نشان داد که ژن HtrA2 در سلول‌های طبیعی معده بیان می شود ولی در سلول‌های سرطانی معده بیان نمی شود. هم چنین در سلول‌های سرطانی ریه و سلولهای آدنوکارسینومای کولون انسان (رده سلولی SW480) نیز بیان دیده شد. با توجه به بیان متفاوت ژن HtrA2 در رده های سلولی های طبیعی و بیماری، الگوی مشخصی که نشان دهنده ارتباط بیان این پروتئاز با بیماری باشد مشاهده نگردید. در مرحله بعد با توجه به اهمیت HtrA2 ، قطعه cDNA مربوط به آنزیم HtrA2 درون وکتورpET21a(+) کلون و وکتور نوترکیب به سلول‌های مستعد E.coli سویه TOP10 منتقل شدند. در نهایت بیان پروتئین توسط SDS-PAGE آنالیز شد. سپس پروتئین تولید شده توسط ستون نیکل-آگارز خالص‌سازی شد و فعالیت پروتئازی آن توسط سوبسترای کازئین و با روش اسپکتروفتومتری سنجیده شد. نتایج نشان داد که آنزیم تولید شده فعال است و بنابراین HtrA2 تولید شده ساختار طبیعی داشته و می توان از آن در جهت تحقیقات بعدی استفاده نمود.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی ژنتیک

11. اثر جایگزینی miRNA-34a در مهار رشد و مهاجرت سلولی و افزایش بیان ژن های کاسپازی در رده سلولی HCT116 سرطان کلون

حبیب عنصری؛ نازنین جعفرپور؛ بهزاد برادران

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 20 شهریور 1398

چکیده

  سرطان کلون به عنوان شایع ترین سرطان دستگاه گوارش، چهارمین علت مرگ و میر در جهان است. بر اساس مطالعات انجام یافته، بیان miRNA-34a (miR-34a) در سرطان کولون کاهش می یابد. هدف این مطالعه، بررسی اثر جایگزینی miR-34a در مهار رشد و مهاجرت سلولی و القای آپوپتوز سلول های سرطان کلون می باشد. در این مطالعه تجربی از سلول‌های سرطانی HCT116 در محیط کشت RPMI1640 استفاده ...  بیشتر سرطان کلون به عنوان شایع ترین سرطان دستگاه گوارش، چهارمین علت مرگ و میر در جهان است. بر اساس مطالعات انجام یافته، بیان miRNA-34a (miR-34a) در سرطان کولون کاهش می یابد. هدف این مطالعه، بررسی اثر جایگزینی miR-34a در مهار رشد و مهاجرت سلولی و القای آپوپتوز سلول های سرطان کلون می باشد. در این مطالعه تجربی از سلول‌های سرطانی HCT116 در محیط کشت RPMI1640 استفاده شد. انتقال miR-34a به داخل سلول‌های سرطانی توسط ریجنت jetPEI صورت گرفت. تست MTT برای بررسی میزان زنده بودن سلول‌های سرطانی و تست qRT-PCR برای تایید انتقال miR-34a به داخل سلول ها و نیز بررسی بیان ژن های کاسپازی استفاده شد. در نهایت، تست Wound healing به‌منظور بررسی وضعیت مهاجرت سلول های ترانسفکت شده و کنترل انجام یافت. میزان تغییرات بیان ژن های مورد نظر در سلول های ترانسفکت شده نسبت به سلول های کنترل با روش 2-∆∆Ct بررسی شد. تست MTT نشان داد که القاء miR-34a به‌صورت وابسته به دوز باعث مرگ سلول‌های سرطان کلورکتال می شود. همچنین نتایج حاصل از تست qRT-PCR افزایش قابل‌توجه miR-34a را در سلول‌های HCT116 ترانسفکت شده نسبت به کنترل و همچنین افزایش بیان ژن های کاسپاز 3، 8 و 9 را در سلول های ترانسفکت شده نشان داد. در نهایت نتایج تست Wound healing کاهش مهاجرت سلول‌های ترانسفکت شده را در مقایسه با سلول‌های کنترل نشان داد. این مطالعه نشان داد که miRNA-34a نقش مهمی در مهار رشد و مهاجرت سلول های سرطان کولون دارد و می تواند کاندیدای مناسبی برای درمان های مولکولی باشد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

12. بررسی تغییرات پروتئوم ارقام حساس و مقاوم برگ گوجه فرنگی در واکنش به قارچ بیمارگر Alternaria solani

بتول صادقی؛ محمد سالاری؛ سعید میرزایی؛ ناصر پنجه که؛ سید کاظم صباغ

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 01 مهر 1398

چکیده

  ببیماری لکه موجی یا پژمردگی زود هنگام گوجه فرنگی از بیماریهای مهم گوجه فرنگی است که باعث کاهش کمی و کیفی محصول می‌شود. اما اطلاعات کمی در زمینه مکانیسم‌های مولکولی درگیر در دفاع میزبان موجود است. در این پژوهش به منظور درک بهتر پاسخ های مولکولی دفاعی، تغییرات پروتئوم برگ ارقام حساس و مقاوم گوجه فرنگی در تعامل با A. solani با استفاده از ...  بیشتر ببیماری لکه موجی یا پژمردگی زود هنگام گوجه فرنگی از بیماریهای مهم گوجه فرنگی است که باعث کاهش کمی و کیفی محصول می‌شود. اما اطلاعات کمی در زمینه مکانیسم‌های مولکولی درگیر در دفاع میزبان موجود است. در این پژوهش به منظور درک بهتر پاسخ های مولکولی دفاعی، تغییرات پروتئوم برگ ارقام حساس و مقاوم گوجه فرنگی در تعامل با A. solani با استفاده از الکتروفورز دو بعدی مورد بررسی قرار گرفت. مجموعا از 610 لکه تکرار پذیر ، 29 لکه دارای بیان معنی داری در ارقام حساس و مقاوم تیمارشده با بیمارگر بودند. شناسایی این لکه ها نشان داد که آنها در مسیرهای عملکردی استرس و دفاع، انرژی و متابولیسم، فتوسنتز و بیوسنتز پروتئین، و انتقال سیگنال دخالت داشتند. پروتئین‌های درگیر در استرس و دفاع(پروتئین‌های وابسته به بیماریزایی و پروتئین‌های در گیر در مسیر بیوسنتز ترکیبات فنلی) بیشترین فراوانی را داشتند. نتایج نشان داد که پروتئین‌های درگیر در تقویت دیواره سلولی، متابولیت‌ها و ترکیبات فنلی مهمترین نقش را در پاسخ‌های دفاعی و افزایش مقاومت گیاه در برابر بیمارگر A. solani دارند. نتایج این پژوهش می‌تواند در به کارگیری منابع جدید ژنتیکی برای تولید ارقام مقاوم گوجه فرنگی به بیماری لکه موجی موثر واقع شود.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوشیمی

13. مطالعه برهم­کنش پروتئین آستروپسین A و پاکلی­ تاکسول با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی و معادله پواسون- بولتزمن تطبیقی (APBS)

جابر جهانبین سردرودی؛ میترا دباغ حسینی پور؛ معصومه ایقایی بناب؛ علیرضا راستکار ابراهیم زاده

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 01 مهر 1398

چکیده

  در این مطالعه، برهم کنش مولکول پاکلی تاکسول با پروتئین آستروپسینA در محیط آبی از طریق شبیه سازی دینامیک مولکولی و معادله پواسون- بولتزمن مطالعه شده است. انرژی اتصال ما بین پاکلی‌تاکسول و آستروپسینA به کمک معادله پواسون- بولتزمن در سیستم های به تعادل رسیده محاسبه شده و با روش دینامیک مولکولی شبیه سازی شده است. هدف اصلی در این مطالعه، ...  بیشتر در این مطالعه، برهم کنش مولکول پاکلی تاکسول با پروتئین آستروپسینA در محیط آبی از طریق شبیه سازی دینامیک مولکولی و معادله پواسون- بولتزمن مطالعه شده است. انرژی اتصال ما بین پاکلی‌تاکسول و آستروپسینA به کمک معادله پواسون- بولتزمن در سیستم های به تعادل رسیده محاسبه شده و با روش دینامیک مولکولی شبیه سازی شده است. هدف اصلی در این مطالعه، بررسی سایت های فعال برای ایجاد برهم کنش موثر ما بین نانوذرات دارو و پروتئینها و همچنین تشکیل چهارچوبی برای دارو توسط پروتئین ها می باشد که بدین منظور از یک ، دو ، سه ، چهار و پنج آستروپسینA استفاده شده است. همچنین نتایج شبیه سازی دینامیک مولکولی همچون شعاع چرخش ، تابع توزیع شعاعی و پیوند هیدروژنی مورد بحث قرار گرفته است. نتایج حاصل از شبیه‎سازی سیستم ها در حضور و عدم حضور پاکلی تاکسول مورد مقایسه قرار گرفته است. نتایج بدست آمده نشان می‎دهند با اضافه کردن هر چه بیشتر آستروپسینA به پاکلی تاکسول، حلالیت پاکلی تاکسول در آب افزایش می‎یابد. همچنین مشخص می‎شود اسیدآمینه های گلایسین ٢، لوسین ٢١، فنیل ١٤، سیستئین 3، پیروگلوتامیک اسید ١ بیشترین برهم-کنش با پاکلی تاکسول در سیستم های به ترتیب شامل یک، دو ، سه، چهار و پنج آستروپسین A دارند. نتایج نشانگر این است که با افزایش تعداد آستروپسینA، میزان اتصال پاکلی تاکسول به آستروپسینA ، افزایش می یابد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

14. اصلاح خصوصیات سطح در سیستم میکروفلوییدیک به منظور شناسایی miR-21 و miR-486 در سرطان ریه

عبداله اله وردی؛ حسین نادری منش؛ الهام کشاورز؛ مسلم صدقی؛ علیرضا نادری سهی؛ فاطمه کوه کن

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 01 مهر 1398

چکیده

  میکرو RNA های گردشی به عنوان بیومارکرهایی جدید جهت تشخیص و حتی پیش‌آگاهی سرطان مطرح شده‌اند. استفاده از این مولکول‌ها علاوه بر تشخیص زودهنگام و به ‌موقع پیش از متاستاز، بدلیل امکان دستیابی غیرتهاجمی ، موجب کاهش آسیب‌های وارد شده به بیمار خواهند‌شد. در این مطالعه، بیوسنسوری جهت جداسازی و شناسایی میکروRNAهای گردشی خون در بستر میکروفلوئیدیک ...  بیشتر میکرو RNA های گردشی به عنوان بیومارکرهایی جدید جهت تشخیص و حتی پیش‌آگاهی سرطان مطرح شده‌اند. استفاده از این مولکول‌ها علاوه بر تشخیص زودهنگام و به ‌موقع پیش از متاستاز، بدلیل امکان دستیابی غیرتهاجمی ، موجب کاهش آسیب‌های وارد شده به بیمار خواهند‌شد. در این مطالعه، بیوسنسوری جهت جداسازی و شناسایی میکروRNAهای گردشی خون در بستر میکروفلوئیدیک طراحی شده است. انتخاب بر پایه تحقیقات گذشته مبنی بر دخالت دو میکروRNA (miR-21 وmiR-486) در ایجاد و گسترش سرطان ریه و همچنین استفاده به عنوان بیومارکر تشخیصی، انجام شده است.در این سیستم بر روی چیپ میکروفلوئیدیک، با استفاده از کاوشگر گیرنده (DNA تک رشته) که بوسیله لینکر GPTMS بر روی سطح PDMS تثبیت شده، جداسازی میکروRNA انجام شد. با اتصال میکروRNA به این پروب، پروب دوم که DNA بیوتینه مکمل بخش بالایی میکروRNA است به آن متصل شده و ساختار ساندویچی ایجاد می‌کند. در نهایت میکروRNA به دام افتاده میان دو کاوشگر بوسیله استرپتاویدین متصل به FITC تشخیص داده شد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیولوژی مولکولی

15. بررسی ویژگی های مولکولی و بیوشیمیائی واریته‌های کینوا (Chenopodium quinoa)

اعظم راسخی کازرونی؛ محمدرضا زمانی؛ فاطمه حیدریان نائینی؛ اسما راسخی کازرونی؛ علی رضا منصوریان؛ سعید سلامی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 01 مهر 1398

چکیده

  کینوا (Chenopodium quinoa Willd) به عنوان محصولی با ارزش، دارای مقاومت طبیعی به شرایط خشکی، گزینه مناسبی برای بهبود امنیت و کیفیت غذایی، مقاوم به استرس و از خانواده تاج خروسیان بوده که از هفت هزار سال پیش در مناطق آند کشت گردیده است. دانه‌های کینوا منابع غنی از پلی‌فنل‌ها بوده که قادرند، اجزای سلولی را در برابر آسیب اکسیداتیو محافظت نموده و ...  بیشتر کینوا (Chenopodium quinoa Willd) به عنوان محصولی با ارزش، دارای مقاومت طبیعی به شرایط خشکی، گزینه مناسبی برای بهبود امنیت و کیفیت غذایی، مقاوم به استرس و از خانواده تاج خروسیان بوده که از هفت هزار سال پیش در مناطق آند کشت گردیده است. دانه‌های کینوا منابع غنی از پلی‌فنل‌ها بوده که قادرند، اجزای سلولی را در برابر آسیب اکسیداتیو محافظت نموده و خطر بروز انواع بیماری‌های وابسته به تنش اکسیداتیو را کاهش دهند. در این مطالعه، پارامترهای سلولی و بیوشیمیایی واریته‌های کینوای کشت‌شده در شرایط اقلیمی میمه اصفهان شامل محتوای فنل کل، اسید‌آمینه آزاد کل، فعالیت سوپراکسید دیسموتاز، پروتئین محلول کل، SDS-PAGE پروتئین محلول و مشاهدات کروموزومی سنجیده شد. میکروسکوپ نوری ابزار مناسبی برای مطالعه کروموزوم‌های کینوا نبود. از 5 واریته کینوا، محتوای فنل کل به طرز معنی‌داری در Q29 (62/2±90/12 میکروگرم گالیک‌اسید بر میلی‌گرم دانه)، بیشتر بود. آنالیز واریانس محتوای اسید-آمینه کل، تفاوت‌های معنی‌داری بین واریته‌ها نشان داد (p

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی

16. استخراج و شناسایی یک پپتید فعال زیستی جدید حاصل از هیدرولیزات کرم سفید ریشه

عسل خواجه پور زاوه؛ احمد آسوده؛ حسین نادری منش

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 14 مهر 1398

چکیده

  امروزه، پپتیدهای فعال زیستی به دلیل گسترش فراوان، سنتز آسان ، نداشتن عواض جانبی و انباشته نشدن در کلیه‏ها و کبد به عنوان جایگزین مناسب برای داروهای شیمیایی مطرح هستند. حشرات با داشتن تنوع بالا و موفقیت در تمامی زیستگاه‏ها منبع خوبی برای استخراج پپتید های فعال زیستی هستند. این مطالعه با هدف استخراج و خالص سازی پپتید فعال زیستی از ...  بیشتر امروزه، پپتیدهای فعال زیستی به دلیل گسترش فراوان، سنتز آسان ، نداشتن عواض جانبی و انباشته نشدن در کلیه‏ها و کبد به عنوان جایگزین مناسب برای داروهای شیمیایی مطرح هستند. حشرات با داشتن تنوع بالا و موفقیت در تمامی زیستگاه‏ها منبع خوبی برای استخراج پپتید های فعال زیستی هستند. این مطالعه با هدف استخراج و خالص سازی پپتید فعال زیستی از هیدرولیزات کرم سفید ریشه انجام شد. پپتیدهای فعال زیستی حاصل از هیدرولیزات کرم سفید ریشه با استفاده از آنزیم های پاپائین ، پانکراتین ، پروتئیناز K-و تریپسین تولید شدند. نتایج بدست آمده نشان داد که هیدرولیزات پاپاپین در زمان 4 ساعت دارای بیشترین توانایی در حذف رادیکال های DPPH است(21%(. این هیدرولیزات توسط فاز معکوس کروماتوگرافی مایع با کارایی بالا جداسازی شد. فرکشن دارای بیشترین فعالیت آنتی اکسیدانی جداسازی و توسط طیف سنجی جرمی با توالی پپتیدیYPQSLRWRAK (6/1304 دالتون با نام Po-1) شناسایی شد. فعالیت حذف رادیکال های DPPH پپتید سنتتیک در 100 میکرومولار به مقدار 41/54 % رسید و مقدار IC50 پپتید در حذف رادیکال های DPPH، 45/76 میکرومولاربود در حالی که ترکیبات طبیعی ویتامینC و گلوتاتیون احیاء شده دارای مقادیر IC50 به ترتیب برابر با 27/3 و 96/9 میکرومولار بودند. نتایج نشان می دهد که پپتید فعال زیستی Po-1 دارای خاصیت آنتی اکسیدانی است که می‌تواند به عنوان ترکیب طبیعی در طراحی دارو در آینده استفاده شود.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی

17. بررسی بیان ژنهای کلیدی بیوسنتز دیوسژنین در گیاه دارویی شنبلیله (Trigonella foenum-graecum) در پاسخ به سالیسیلیک اسید و متیل جاسمونات

اسعد معروفی؛ مرضیه لطفی؛ احمد اسماعیلی؛ دارا دستان

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 17 مهر 1398

چکیده

  شنبلیله یک گیاه دارویی مهم است که دارای متابولیت‌های ثانویه با ارزشی است. دیوسژنین یک ساپونین استروئیدی است که به مقدار مناسب درگیاه شنبلیله تولید می شود و داری خواص درمانی زیادی می باشد. فعالیت ضدسرطانی دیوسژنین در بسیاری از مطالعات گزارش شده است. به منظور سنجش بیان برخی ژن‌های کلیدی در مسیر بیوسنتز دیوسژنین این پژوهش اجرا شد. ابتدا ...  بیشتر شنبلیله یک گیاه دارویی مهم است که دارای متابولیت‌های ثانویه با ارزشی است. دیوسژنین یک ساپونین استروئیدی است که به مقدار مناسب درگیاه شنبلیله تولید می شود و داری خواص درمانی زیادی می باشد. فعالیت ضدسرطانی دیوسژنین در بسیاری از مطالعات گزارش شده است. به منظور سنجش بیان برخی ژن‌های کلیدی در مسیر بیوسنتز دیوسژنین این پژوهش اجرا شد. ابتدا اعمال تیمارهای متیل جاسمونات با غلظت نیم میلی‌مولار و سالیسیلیک اسید با غلظت یک میلی‌مولار در آزمایشات جداگانه بر روی گیاهان انجام گرفت. سپس در زمان‌های 0، 12، 24 و 48 ساعت پس از اعمال تیمار نمونه‌‌‌‌‌‌‌برداری از برگ‌ها برای بررسی مراحل بیان ژن انجام شد. RNA کل از برگها استخراج و سپس cDNA سنتز شد. ژن‌های کلیدی انتخاب شده شامل سیکلوآرتنول سینتاز (CAS) ، اِسکوالن سینتاز (SQS) و اِسکوالن منواکسیژناز (SMO) بودند. جهت اطمینان از توالی ژن‌ها، قطعه تکثیر شده این ژن‌ها در وکتورpTG19-T همسانه سازی و ناحیه‌‌ی هدف آنها توالی‌یابی شد. پس از اطمینان از صحت توالی‌، بیان نسبی ژن‌ها با روش Real Time PCR (qRT-PCR) مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل نشان‌دهنده‌ی عدم تغییر بیان ژن CAS در گیاهان تحت تیمار با سالیسیلیک اسید نسبت به گیاهان شاهد بود، ولی ژن‌های SQS و SMO در برخی زمان‌ها افزایش بیان نشان دادند. در صورتی‌که، ژن‌های CAS، SQSو SMO در گیاهان تیمار شده با متیل جاسمونات افزایش معنی‌داری نسبت به گیاهان شاهد داشتند. بررسی بیان این ژن‌ها در مسیر بیوسنتز دیوسژنین نشان می‌دهد که احتمالا دیوسژنین در پاسخ به سالیسیلیک اسید و به‌ویژه متیل جاسمونات افزایش می‌یابد

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی

18. بررسی فعالیت ضد‌اکسیدانی و ضدمیکروبی عصاره متانولی برگ‌های نعناع دشتی

مرتضی یزدانی؛ فرشته جوکار کاشی؛ اکرم رحیمی مقدم

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 04 آبان 1398

چکیده

  با توجه به عوارض جانبی نامطلوب آنتی‌بیوتیک‌ها و ضد‌اکسیدان‌های مصنوعی بر سلامتی انسان و افزایش مقاومت پاتوژن‌ها نسبت به آنتی‌بیوتیک‌ها، لازم است جایگزین طبیعی مناسبی برای این ترکیب‌ها شناسایی شود. به این منظور خواص ضدمیکروبی و ضد‌اکسیدانی عصاره گیاه نعناع دشتی در این مطالعه بررسی گردید. عصاره‌گیری از برگ‌های گیاه نعناع دشتی ...  بیشتر با توجه به عوارض جانبی نامطلوب آنتی‌بیوتیک‌ها و ضد‌اکسیدان‌های مصنوعی بر سلامتی انسان و افزایش مقاومت پاتوژن‌ها نسبت به آنتی‌بیوتیک‌ها، لازم است جایگزین طبیعی مناسبی برای این ترکیب‌ها شناسایی شود. به این منظور خواص ضدمیکروبی و ضد‌اکسیدانی عصاره گیاه نعناع دشتی در این مطالعه بررسی گردید. عصاره‌گیری از برگ‌های گیاه نعناع دشتی با استفاده از دستگاه سوکسله و با حلال متانول انجام شد. مقدار فنل کل با استفاده از معرف فولین سیوکالتو و مقدار فلاونوئید کل با روش رنگ‌سنجی آلومینیوم کلرید اندازه‌گیری شد. فعالیت ضد‌اکسیدانی عصاره گیاه نعناع دشتی با روش DPPH و فعالیت ضدمیکروبی آن علیه میکروارگانیسم‌های مختلف با روش انتشار در آگار و تعیین کمترین غلظت مهارکننده رشد (MIC) بررسی گردید. بازده عصاره‌گیری از برگ‌های نعناع دشتی 60/22 درصد و میزان کل فنل و فلاونوئید به ترتیب 537/278 میکروگرم گالیک اسید بر میلی‌گرم وزن خشک عصاره و 579/75 میکروگرم بر میلی‌گرم وزن خشک عصاره بود. مقدار IC50 برای عصاره متانولی نعناع دشتی و استاندارد بوتیل هیدروکسی تولوئن، به ترتیب 243/61 و 8/19 میکروگرم بر میلی‌لیتر به دست آمد. براساس نتایج روش انتشار در آگار و آزمون MIC، بیشترین اثر مهاری عصاره گیاه نعناع دشتی به ترتیب علیه باکتری‌های اشرشیا کلی، باسیلوس سوبتیلیس، سودوموناس آئروژینوزا، کلبسیلا پونومونیه و استافیلوکوکوس اورئوس مشاهده شد و علیه قارچ‌ها ‌هیچ تأثیری نداشت. با توجه به نتایج حاصل از این پژوهش عصاره گیاه نعناع دشتی دارای فعالیت ضدمیکروبی و ضد‌اکسیدانی خوبی می‌باشد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی

19. بررسی روابط تبارزایی در هم‌تافت گونه‌ای گلپر (Heracleum sp.) ایران با استفاده از نشانگر ITS و trnl-rpl32

مریم عیدی؛ محمدتقی عبادی؛ محسن فلاحتی عنبران؛ عبدالعلی شجاعیان

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 19 آذر 1398

چکیده

  تیره کرفسیان (Apiaceae) یکی از تیره‌های بزرگ گیاهی با پراکنش گسترده بوده که در ایران حدود 114 سرده شامل 363 گونه گزارش شده است. سرده Heracleum با دارا بودن بیش از 100 گونه در جهان، دارای هشت گونه در ایران است که سه گونه آن اختصاصی می‌باشد. بر اساس تشریح آرایه‌شناسی در فلور ایرانیکا گونه‌های گزارش شده گلپر در ایران در بخشه‌های Pubescentia و Wendia شباهت‌های ...  بیشتر تیره کرفسیان (Apiaceae) یکی از تیره‌های بزرگ گیاهی با پراکنش گسترده بوده که در ایران حدود 114 سرده شامل 363 گونه گزارش شده است. سرده Heracleum با دارا بودن بیش از 100 گونه در جهان، دارای هشت گونه در ایران است که سه گونه آن اختصاصی می‌باشد. بر اساس تشریح آرایه‌شناسی در فلور ایرانیکا گونه‌های گزارش شده گلپر در ایران در بخشه‌های Pubescentia و Wendia شباهت‌های ریخت‌شناسی زیادی داشته بطوریکه برخی از صفات، تنوع جغرافیایی وسیعی را نشان داده و شناسایی دقیق گونه‌ها مشکل می‌باشد. به همین منظور، از نشانگرهای مولکولی شامل توالی هسته‌ای ITS و توالی کلروپلاستی rpl32-trnL برای ارزیابی روابط ژنتیکی جمعیت‌های مختلف از گونه‌های ایران و هم‌چنین گونه‌های دیگر این سرده استفاده شد. درخت تبارزایشی به روش استنباط بیزی ترسیم شد. نتایج نشان داد که توپولوژی درخت تبارزایی حاصل از دو توالی نسبتا مشابه بود با این تفاوت که تعداد جایگاههای اطلاع رسان در نشانگر ITS به مراتب بیشتر از rpl32-trnL بود و ترکیب دو توالی توانست گونه‌های مربوط به بخشه‌های مختلف را از هم جدا کند ولی نتوانست به صورت کامل گونه‌های داخل بخشه‌ها را از یکدیگر جدا کند. نتایج حاصل از این تحقیق نشان می‌دهد که اطلاعات مولکولی، طبقه‌بندی مورفولوژی گونه‌های موجود در فلور ایرانیکا را تأیید می کند. علاوه بر این جمعیت‌های گونه‌های مختلف داخل هر بخشه به غیر از گونه H. gorganicum از یکدیگر قابل تمایز نیستند. به منظور تأیید هر یک از گونه‌های معرفی‌شده انحصاری ایران از جمله H. anisactis و H. rechingeri تهیه کلید جدید آرایه‌شناسی ضروری به نظر می‌رسد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی

20. توسعه برنامه ای برای بررسی خودکار سمیت ترکیبات زیست فعال با استفاده از آزمون Artemia spp.

فاطمه سلیمی؛ علی متین نژاد؛ هلیا فرخ نیا؛ مینا نصرت زاده

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 02 دی 1398

چکیده

  ترکیبات مورد استفاده در صنایع دارویی، غذایی و آرایشی-بهداشتی بایستی غیرسمی باشند. یکی از آزمون‌های تعیین سمیت، با استفاده از لاروهای Artemia spp. به عنوان موجود حساس به سموم مختلف صورت می‌گیرد. در این آزمون‌ها ویژگی‌های مختلف این لاروها بررسی می‌شود. یکی از پرکاربرد‌ترین این فاکتورها بررسی بقا و مرگ لاروها است. تشخیص لاروهای زنده و ...  بیشتر ترکیبات مورد استفاده در صنایع دارویی، غذایی و آرایشی-بهداشتی بایستی غیرسمی باشند. یکی از آزمون‌های تعیین سمیت، با استفاده از لاروهای Artemia spp. به عنوان موجود حساس به سموم مختلف صورت می‌گیرد. در این آزمون‌ها ویژگی‌های مختلف این لاروها بررسی می‌شود. یکی از پرکاربرد‌ترین این فاکتورها بررسی بقا و مرگ لاروها است. تشخیص لاروهای زنده و مرده بر اساس حرکت یا عدم حرکت آنها صورت می‌گیرد. اگرچه حرکت سریع لاروها شمارش آنها را مشکل می‌سازد و قابلیت اطمینان آزمون کاهش می‌یابد. مطالعه حاضر با هدف توسعه برنامه‌ای برای تمایز خودکار لاروهای زنده و مرده و شمارش آن‌ها در زمانی کوتاه و با دقتی بالا انجام شده است. در این راستا برنامه‌ای در محیط MATLAB با روش‌هایImage Analysis به منظور تشخیص لاروها توسعه داده شد. حرکت لاروهای زنده با روش Image Subtraction تشخیص داده شد. برنامه، تصاویر ارسالی را از دوربین در دو بازه زمانی 20 ثانیه‌ای در انتهای دوره مجاورت لاروها در حضور ماده مورد بررسی دریافت و پردازش می‌کند. در هر بازه تصویر زمینه برای همان بازه محاسبه می‌شود. این کار موجب می‌شود لاروهایی که تاکنون مرده‌اند به تصویر زمینه اضافه گردند و در تشخیص لاروهای زنده شمارش نشوند. برنامه طراحی شده توانست با دقت بالا لاروهای زنده و مرده را شمارش کند. یافته‌های بدست آمده از برنامه با یافته‌های ارائه شده توسط کاربر متخصص به لحاظ آماری اختلاف معنا داری نداشتند (P>0.05). مزایای این آزمون‌ بهبود داده شده با برنامه نویسی عدم نیاز به شرایط آسپتیک، مواد و تجهیزات پرهزینه، حضور کاربر و خطای کاهش یافته است.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی

21. طراحی و ساخت سامانه میکروفلویدیک به منظور آنالیز کمی مهاجرت سلولی در سطح تک سلولی

حسین نادری منش؛ محمد قربانی؛ حسین سلیمانی؛ عبداله اله وردی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 08 دی 1398

چکیده

  چکیدهمهاجرت سلول های سرطانی و حرکت آنها در طول رگ ها و مویرگ ها از مراحل اولیه و کلیدی در تهاجم سرطان است. در روش های معمول بررسی مهاجرت سلولی امکان بررسی ناهمگونی سلول ها و همچنین شبیه سازی مرحله محدود کننده تهاجم سلولی که عبور سلول ها از مویرگ ها و رگ های لنفی را نداشته و اکثر روش های آزمایشگاهی نقطه پایانی است. در مطالعه حاضر ما یک ...  بیشتر چکیدهمهاجرت سلول های سرطانی و حرکت آنها در طول رگ ها و مویرگ ها از مراحل اولیه و کلیدی در تهاجم سرطان است. در روش های معمول بررسی مهاجرت سلولی امکان بررسی ناهمگونی سلول ها و همچنین شبیه سازی مرحله محدود کننده تهاجم سلولی که عبور سلول ها از مویرگ ها و رگ های لنفی را نداشته و اکثر روش های آزمایشگاهی نقطه پایانی است. در مطالعه حاضر ما یک سیستم میکروفلوئیدیک برای مطالعه کمی مهاجرت و تهاجم سلولی با امکان بررسی ناهمگونی سلول ها را فراهم کرده ایم. در این سیستم میکروفلوئیدیک یکسری مسیر های اصلی برای به دام افتادن سلول ها تعبیه شده است. در ادامه یکسری کانال های عمود بر کانالی های اصلی با قطر 10 میکرومتر وجود داشته که در واقع شبیه سازی مویرگ ها و رگ های لنفی هستند. مهاجرت سلولی در فرایند تهاجم نیازمند گرادیان از ترکیبات جذب کننده سلولی است. نتایج تئوری نشان دهنده عملکرد صحیح سیستم میکروفلوئیدیک در ایجاد گرادیان پایدار از ترکیب جذب کننده سلولی است. در راستای بررسی عمکلرد صحیح چیپ میکروفلوئیدیک تست های زنده مانی سلولی در داخل سیستم میکروفلوئیدیک، بررسی مهاجرت سلولی دو رده سلولی MCF-7 و MDA-MB-231 و آنالیز های کمی حرکت سلولی در این دو رده سلولی انجام شد. نتایج زنده مانی سلولی نشان دهنده عملکرد صحیح چیپ میکروفلوئیدیک در ایجاد شرایط مناسب برای رشد سلولی است. .....

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی

22. بررسی تاثیر پرتو فرابنفش B بر میزان تولید آتروپین و فعالیت آنزیم‌های آنتی‌اکسیدانی در ریشه‌های مویین گیاه شابیزک (Atropa belladonna L.)

بهنام کارجو؛ محمد فتاحی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 17 دی 1398

چکیده

  شابیزک (Atropa belladonna L.)یکی از مهمترین گیاهان دارویی خانواده سیب زمینی است که به واسطه داشتن تروپان آلکالویید‌های آتروپین و اسکوپولامین دارای اهمیت می‌باشد. استفاده از کشت ریشه مویین به علت رشد سریع، زمان دو برابر شدن کوتاه، سهولت نگهداری و توانایی سنتز طیف گسترده‌ای از ترکیبات شیمیایی، مزیت‌های بیشتری را به عنوان منبعی پیوسته برای ...  بیشتر شابیزک (Atropa belladonna L.)یکی از مهمترین گیاهان دارویی خانواده سیب زمینی است که به واسطه داشتن تروپان آلکالویید‌های آتروپین و اسکوپولامین دارای اهمیت می‌باشد. استفاده از کشت ریشه مویین به علت رشد سریع، زمان دو برابر شدن کوتاه، سهولت نگهداری و توانایی سنتز طیف گسترده‌ای از ترکیبات شیمیایی، مزیت‌های بیشتری را به عنوان منبعی پیوسته برای تولید متابولیت‌های ثانویه ارزشمند ایجاد می‌نماید. اثرات ناشی از کاهش لایه اوزون و افزایش اشعه فرابنفش امروزه توسط بسیاری از محققان مورد بررسی قرار گرفته است. در این تحقیق، اثر سطوح مختلف پرتو فرابنفش B بر تولید آتروپین و فعالیت برخی آنزیم‌های آنتی‌اکسیدانی در کشت ریشه‌های مویین گیاه شابیزک مورد مطالعه قرار گرفت. پرتو UV-B به مدت 3 روز و هر بار به مدت‌های 4، 8 و 12 دقیقه که به ترتیب 13، 26 و 39 کیلوژول بر متر مربع بود اعمال گردید. نتایج نشان داد که با افزایش پرتو UV-B وزن تر ریشه‌های مویین کاهش یافت. این پرتو میزان تولید آتروپین را در مقایسه با ریشه‌های مویین شاهد افزایش داد به طوری که بیشترین میزان آتروپین در انرژی 26 کیلوژول بر متر مربع بدست آمد. همچنین پرتو UV-B فعالیت آنزیم‌های آنتی‌اکسیدانی کاتالاز، گایاکول پراکسیداز و آسکوربات پر‌اکسیداز را در مقایسه با ریشه‌های مویین شاهد به طور معنی داری در سطح احتمال 1 درصد فزایش داد. طبق نتایج بدست آمده از این آزمایش تیمار با پرتو UV-B ld می تواند یکی از موثرترین روشها برای افزایش میزان تولید آتروپین و فعالیت آنزیم‌های آنتی‌اکسیدانی در ریشه‌های مویین گیاه شابیزک می‌باشد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوشیمی

23. بررسی میانکنش ترکیبات فلاونوئیدی بره موم با آنزیم استیل کولین استراز انسانی با استفاده از داکینگ مولکولی

صفا لطفی؛ الهام رضوان نژاد؛ حسین لنجانیان

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 20 بهمن 1399

چکیده

  استفاده از مهارکننده‌های آنزیم استیل‌کولین‌استراز (آنتی‌کولین‌استرازها) به منظور بهبود علایم بیماری آلزایمر و سایر فرم‌های زوال عقل و اختلالات سیستم عصبی مرکزی بسیار رایج است. بره‌موم (پروپولیس) یک ماده رزینی چسبنده است که توسط زنبور عسل تولید می‌شود و فعالیتهای زیستی متعددی نظیر ضدسرطان، آنتی‌اکسیدان، ضدمیکروبی و ضدقارچی ...  بیشتر استفاده از مهارکننده‌های آنزیم استیل‌کولین‌استراز (آنتی‌کولین‌استرازها) به منظور بهبود علایم بیماری آلزایمر و سایر فرم‌های زوال عقل و اختلالات سیستم عصبی مرکزی بسیار رایج است. بره‌موم (پروپولیس) یک ماده رزینی چسبنده است که توسط زنبور عسل تولید می‌شود و فعالیتهای زیستی متعددی نظیر ضدسرطان، آنتی‌اکسیدان، ضدمیکروبی و ضدقارچی را از خود نشان می‌دهد. اخیرا مقالاتی مبنی بر فعالیت آنتی‌کولین‌استرازی بره‌موم نیز منتشر شده است. در این مطالعه، میانکنش 17 ترکیب فلاونوئیدی بره‌موم با آنزیم استیل‌کولین‌استراز انسانی (hAChE) با روش داکینگ مولکولی مورد بررسی قرار گرفته است. این مطالعات با نرم‌افزار اتوداک‌وینا انجام گرفت و گرید باکس به گونه ای طراحی شد که بر روی شکاف جایگاه فعال آنزیم قرار گیرد. نتایج به دست آمده نشانگر آن بود که تمامی این ترکیبات با انرژی اتصال بسیار خوبی (7- تا 9/8- کیلوکالری بر مول) به این شکاف متصل می‌شوند. بیشترین و کمترین انرژی اتصال بترتیب مربوط به راتین و فیستین می‌باشد. بررسی آمینواسیدهای درگیر در میانکنش نشان داد که همه این ترکیبات با جایگاه آنیونی محیطی (PAS) و پاکت آسیل میانکنش می‌نمایند. دو ترکیب کافئیک‌اسید‌ فن‌اتیل‌استر (CAPE) و مایریستین با جایگاه آنیونی کاتالیتیک (CAS) و حفره اکسی‌آنیون نیز میانکنش می‌نمایند. مایریستین تنها ترکیبی است که توانایی اتصال به دو اسیدآمینه تریاد کاتالیتیک را نیز دارا می‌باشد. نتایج به دست آمده از این مطالعه پیشنهاد می‌نماید که همه این ترکیبات فلاونوئیدی از طریق اتصال به شکاف جایگاه فعال hAChE، می توانند این آنزیم را مهار نمایند و بنابراین گزینه‌های مناسبی به منظور انجام مطالعات بیشتر در راستای طراحی داروهای جدید آنتی‌کولین‌استراز محسوب می‌شوند.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

24. استفاده از روش 16S Single Specific Primer PCR (16S SSP- PCR) به منظور شناسایی و جداسازی اختصاصی جنس شیگلا

حمیدرضا ملاصالحی؛ نرگس واحدی پور؛ ماهرخ علیمی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 12 بهمن 1398

چکیده

  در این مطالعه با استفاده از ژنRNA ریبوزومی و بکارگیری روش Single Specific Primer PCR(SSP-PCR)، جنس شیگلا مورد شناسایی اختصاصی قرار گرفت. RNA های ریبوزومی که دارای پایداری بسیار بالا و تعداد کپی های فراوان در سلول هستند، یکی از ابزارهای مهم شناسایی اختصاصی سلول ها میباشند و ژن 16S rRNA به عنوان بیومارکری استاندارد برای طبقه بندی و شناسایی سلول های پروکاریوتی ...  بیشتر در این مطالعه با استفاده از ژنRNA ریبوزومی و بکارگیری روش Single Specific Primer PCR(SSP-PCR)، جنس شیگلا مورد شناسایی اختصاصی قرار گرفت. RNA های ریبوزومی که دارای پایداری بسیار بالا و تعداد کپی های فراوان در سلول هستند، یکی از ابزارهای مهم شناسایی اختصاصی سلول ها میباشند و ژن 16S rRNA به عنوان بیومارکری استاندارد برای طبقه بندی و شناسایی سلول های پروکاریوتی مورد استفاده قرار میگیرد. باتوجه به درصد بالای هموژنیسیته در این ژن و منطقه ی هتروژن اختصاصی کوتاه، در این مطالعه از روش SSP-PCR به منظور شناسایی و جداسازی ژن 16S rRNA استفاده شد. این روش با طراحی تنها یک پرایمر اختصاصی، تکثیر ژن انجام میشود. در این مطالعه، ژن 16S rRNA گونه های مختلف باکتری شیگلا با ژن مذکور در ۵۷ باکتری مرتبط دیگر، مورد الایمنت قرار گرفت و تک پرایمر اختصاصی در ناحیه ی متغییر V6 طراحی شد. امپلیکون به روش الکتروفورز دوبعدی بر روی ژل آگارز مورد بررسی قرار گرفت و تشکیل باند 253 bp به عنوان پاسخ مثبت در نمونه ها در نظر گرفته شد. مشخص گردید که در هر چهار گونه ی جنس شیگلا (شیگلا فلکسنری، شیگلا دیسانتری، شیگلابوییدی و شیگلا سونئی)، شناسایی به طور اختصاصی صورت گرفته و سایر گونه ها باند مرتبط را ایجاد نکردند. استفاده ژن 16S rRNA در کنار روش SSP-PCR ، یک ترکیب بسیار کاربردی در شناسایی اختصاصی باکتری ها در کوتاه ترین زمان با سهولت بالا میباشد. از کاربردهای این روش شناسایی میتوان به تشخیص زودهنگام عفونت های باکتریایی به ویژه در شرایط اضطرار اشاره کرد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی میکروبیولوژی

25. تولید اسید سیتریک از ضایعات کشاورزی با استفاده از Aspergillus niger به روش تخمیردر بستر جامد و بهینه سازی فرآیند تولید

فرنگیس آتش نور؛ معصومه انوری

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 16 بهمن 1398

چکیده

  اسید سیتریک یکی از اسیدهای آلی پرکاربرد است که به صورت گسترده در صنایع غذایی و دارویی مورد استفاده قرار می گیرد. این اسیدآلی معمولاَ توسط فرآیند تخمیر غوطه ور یا تخمیر سطحی و از طریق آسپرژیلوس نایجر تولید می شود. تحقیقات اخیر نشان دهنده ی موفقیت آمیز بودن تولید اسید سیتریک از طریق روش تخمیر در بستر جامد می باشد. در شرایط آزمایشگاهی ...  بیشتر اسید سیتریک یکی از اسیدهای آلی پرکاربرد است که به صورت گسترده در صنایع غذایی و دارویی مورد استفاده قرار می گیرد. این اسیدآلی معمولاَ توسط فرآیند تخمیر غوطه ور یا تخمیر سطحی و از طریق آسپرژیلوس نایجر تولید می شود. تحقیقات اخیر نشان دهنده ی موفقیت آمیز بودن تولید اسید سیتریک از طریق روش تخمیر در بستر جامد می باشد. در شرایط آزمایشگاهی چهار فاکتور مهم در تولید اسید سیتریک، در چهار سطح؛ شامل: نوع سوبسترا (کاه گندم، کاه برنج، سبوس برنج و پوست بادام زمینی )، (pH (4،5،6،7 ، دمای تیمارسوبسترا (شامل 45،60،75،90 درجه سانتیگراد )و زمان تیمار سوبسترا (30،60،90،120 دقیقه) در تولید اسید سیتریک توسط قارچ آسپرژیلوس نایجر مورد بررسی قرار گرفت. طبق نتایج این پژوهش حداکثر تولید اسید سیتریک درpH برابر با 5، زمان تیمارسوبسترا 60 دقیقه، دمای تیمارسوبسترا 60 درجه سانتیگراد و با استفاده از کاه گندم به عنوان بهترین سوبسترا بدست آمد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که قارچ آسپرژیلوس نایجر یک میکروارگانیسم مناسب جهت تولید اسید سیتریک می باشد؛ همچنین کاه گندم با توجه قیمت ارزان آن بستر مناسبی جهت تولید اقتصادی اسید سیتریک محسوب می شود. تمام چهار فاکتور مورد مطالعه در این پژوهش اثر معنی داری در تولید اسید سیتریک داشتند(P

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی

26. اندازه‌گیری یون روی با استفاده از پروتئین فلوئورسنت سبز بهبود یافته (EGFP) نمایش یافته در سطح باکتری

ساقی حکیمی نائینی؛ رضا حسن ساجدی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 08 فروردین 1400

چکیده

  امروزه با افزایش فعالیت‌های صنعتی و کشاورزی، آلودگی محیط زیست به فلزات سنگین و سمی افزایش پیدا کرده است. روی فلزی است که با وجود داشتن فواید بسیار، در غلظت‌های بیش از حد مجاز سمی بوده و باعث بروز مشکلات و اختلالات بسیاری از جمله مرگ و میر جانوران، نقص-های رشدی و آسیب‌های بافتی می‌شود. بنابراین توسعه یک سیستم ساده، ارزان و سریع برای ...  بیشتر امروزه با افزایش فعالیت‌های صنعتی و کشاورزی، آلودگی محیط زیست به فلزات سنگین و سمی افزایش پیدا کرده است. روی فلزی است که با وجود داشتن فواید بسیار، در غلظت‌های بیش از حد مجاز سمی بوده و باعث بروز مشکلات و اختلالات بسیاری از جمله مرگ و میر جانوران، نقص-های رشدی و آسیب‌های بافتی می‌شود. بنابراین توسعه یک سیستم ساده، ارزان و سریع برای شناسایی فلزات سمی بسیار حائز اهمیت است. در این مطالعه، برهمکنش بین پروتئین فلوئورسانس سبز بهبود یافته (EGFP) بیان شده بر روی سطح باکتری E. coli سویه‌ BL21(DE3) و پروتئین EGFP خالص شده با غلظت های مختلف نمک کلرید روی با استفاده از روش طیف سنجی فلوئورسانس بررسی گردید. نتایج نشان داد که در حضور روی، نشر فلوئورسانس سبز پروتئین‌ افزایش می‌یابد که با غلظت روی در محلول هماهنگ است. براساس نتایج بدست آمده کمترین غلظت روی قابل شناسایی توسط پروتئین EGFP بیان شده بر روی سطح باکتری و پروتئین خالص شده به ترتیب 31/0 نانومو

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی ژنتیک

27. ارتباط بین پلی مورفیسم rs2910164 ژن miR146a با سرطان سینه در زنان ایرانی به روش Tetra-Arms PCR

الهام سیاسی؛ مهکامه سلیمانی؛ صدیقه مهرابیان

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 03 فروردین 1399

چکیده

  مقدمه- بیان ژن ها را miRNAها، که RNA های کوچک غیر کد کننده هستند، تنظیم می کنند و تغییرات ژنتیکی مانند پلی مورفیسم های ژن های miRNAها، در پیش بینی استعداد ابتلا به سرطان ها به عنوان نشانگرهای زیستی مولکولی، هستند. یکی از miRNAهایی که با ژن های BRCA1/BRCA2 در ارتباط می باشد، miR146a است و در سرطان های زیادی از جمله سرطان سینه دخالت دارد. هدف از این تحقیق ...  بیشتر مقدمه- بیان ژن ها را miRNAها، که RNA های کوچک غیر کد کننده هستند، تنظیم می کنند و تغییرات ژنتیکی مانند پلی مورفیسم های ژن های miRNAها، در پیش بینی استعداد ابتلا به سرطان ها به عنوان نشانگرهای زیستی مولکولی، هستند. یکی از miRNAهایی که با ژن های BRCA1/BRCA2 در ارتباط می باشد، miR146a است و در سرطان های زیادی از جمله سرطان سینه دخالت دارد. هدف از این تحقیق بررسی ارتباط بین حضور پلی مورفیسم rs2910164در ژن miR146a و سرطان سینه در جمعیتی از زنان ایرانی بود.مواد و روش ها- این پژوهش بر روی 50 نمونه خون بیمار و 50 نمونه خون افراد کنترل انجام شد. از نمونه ها استخراج DNA انجام شد. سپس برای ژنوتایپینگ از روش Tetra Arms PCR استفاده گردید و نتایج آنالیز آماری شدند.نتایج – درصد فراوانی ژنوتیپ های GG، GC و CC به ترتیب در افراد سالم 330% ، 66% و 4% و در بیماران 46% ، 52% و 2% بدست آمد. بین فراوانی حضور الل های غالب و مغلوب این پلی مورفیسم بین افراد سالم و بیماران اختلاف معناداری مشاهده نشد (P>0.05).بحث- در نتایج تحقیق حاضر بین فراوانی آلل های G و C در گروه بیمار و کنترل , تفاوت معنیداری مشاهده نشد که می تواند بیانگر عدم وجود ارتباط بین حضور پلی مورفیسم rs2910164در ژن miR146a و سرطان سینه در جمعیت زنان ایرانی مورد مطالعه، باشد. البته برای تایید نتایج این تحقیق به مطالعات بیشتر با افزایش حجم نمونه نیاز است.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیولوژی مولکولی

28. بررسی شیوع دو جهش در ژن FLT3 در میان بیماران مبتلا به لوسمی های حاد میلوئیدی با کاریوتایپ طبیعی در شمال شرق ایران

سعیده قضایی؛ نفیسه امینی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 29 اردیبهشت 1399

چکیده

  زمینه و هدف: ارزش تشخیصی جهش ها در بیماران مبتلا به لوسمی میلوئیدی حاد (AML)، در مدیریت بیماران پرخطر و بکارگیری درمان هدفمند موثر است. یکی از این جهش ها در ژن FLT3 ، گزارش شده که محققان آن را به عنوان نشانگری ارزشمند برای تشخیص AML معرفی نموده‌اند. هدف ما در مطالعه، بررسی شیوع دو جهش شایع در ژن FLT3 به عنوان یک شاخص مولکولی موثر و ارزشمند در ...  بیشتر زمینه و هدف: ارزش تشخیصی جهش ها در بیماران مبتلا به لوسمی میلوئیدی حاد (AML)، در مدیریت بیماران پرخطر و بکارگیری درمان هدفمند موثر است. یکی از این جهش ها در ژن FLT3 ، گزارش شده که محققان آن را به عنوان نشانگری ارزشمند برای تشخیص AML معرفی نموده‌اند. هدف ما در مطالعه، بررسی شیوع دو جهش شایع در ژن FLT3 به عنوان یک شاخص مولکولی موثر و ارزشمند در تشخیص و درمان AML با کاریوتایپ طبیعی در شمال شرق ایران بود.روش کار: نمونه مغز استخوان تازه از 83 بیمار مبتلا به AML که هنوز درمان نشده اند و کاریوتایپ طبیعی داشتند، از لحاظ وجود دو نوع جهش در ژن FLT3 با انجام PCR برای تشخیص جهش FLT3-TKD و PCR-RFLP برای تشخیص جهش FLT3-ITD، مورد ارزیابی قرار گرفت.یافته ها: شیوع جهش در ژن FLT3، در بیماران AML در حدود 7/27 درصد تشخیص داده شد. از کل بیماران 3/19 درصد جهش FLT3-ITD و 4/8 درصد جهش FLT3-TKD را نشان دادند. اغلب بیماران حاوی جهش از لحاظ تشخیص ریخت‌شناسی مطابق با طبقه بندی FAB، در زیر گروه M2 قرار داشتند. برخلاف سن و جنس، افزایش تعداد گلبول سفید در میان بیماران حامل جهش های FLT3 معنی دار بود. ( 0.05>p).نتیجه گیری: استفاده از جهش های ژن FLT3 به عنوان نشانگرهای زیستی در ترسیم تصویر واضحی از پروسه های پاتوفیزیولوژیک دخیل در بیماری ها بسیار کارایی دارند و سبب می شوند تا تشخیص بیماری، پیگیری بیماران بصورت معنی داری بهبود یابد، بنابراین پزشکان تصمیمات درمانی هدفمندتری خواهند گرفت.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

29. بررسی بیان ژن‌های NAC6 و NAC10 بر روی گیاه تراریخت و غیر تراریخت برنج

کبری عرب؛ رودابه راوش؛ بهروز شیران

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 21 خرداد 1399

چکیده

  پروتئین‌های متصل شونده به عناصر پاسخ دهنده به تنش خشکی از اهمیت ویژه ای در بالا بردن مقاومت گیاه به تنش خشکی برخوردارند. در این تحقیق با هدف تعیین تفاوت بیان فاکتورهای رونویسی در بافت های مختلف، بیان ژن‌های کد کننده عوامل رونویسی NAC10 و NAC6 در برنج تحت تنش خشکی در بافت‌های برگ و بساک مورد بررسی قرار گرفتند. بذور گیاه تراریخته برنج و ...  بیشتر پروتئین‌های متصل شونده به عناصر پاسخ دهنده به تنش خشکی از اهمیت ویژه ای در بالا بردن مقاومت گیاه به تنش خشکی برخوردارند. در این تحقیق با هدف تعیین تفاوت بیان فاکتورهای رونویسی در بافت های مختلف، بیان ژن‌های کد کننده عوامل رونویسی NAC10 و NAC6 در برنج تحت تنش خشکی در بافت‌های برگ و بساک مورد بررسی قرار گرفتند. بذور گیاه تراریخته برنج و غیر تراریخته رقم Nipponbare کشت شدند و از بافت‌های برگ و بساک در مرحله میکروسپور جوان در زمانهای مختلف پس از قطع آبیاری، نمونه برداری صورت گرفت. آنالیز پروموتر انجام شد و دو فاکتورهای رونویسی از خانواده NAC انتخاب شدند. مقایسه بیان داده‌های ژن های سنتز کننده فاکتورهای رونویسی به وسیله Real-time PCR از طریق روش دلتا دلتا سی تی انجام گرفت. نتایج حاصل از این بررسی نشان داد که ژنهای NAC10 و NAC6 در برنج، هر دو در بافت‌های بساک و برگ بیان می‌شوند و بیان این ژن‌ها تحت تنش خشکی بطور معنی داری افزایش یافته است که بیشترین مقدار بیان هر دو فاکتور رونویسی مربوط به بافت بساک بوده است، بیشترین مقدار بیانی NAC10 مربوط به بساک گیاه غیر تراریخت در حدود 70 برابر حالت کنترل بود و بیشترین مقدار بیانی NAC6 مربوط به بساک گیاه تراریخت به مقدار 60 برابر حالت کنترل و در هر دو مورد بیشترین بیان در زمان 24 ساعت پس از شروع تنش رخ داده است. این نتایج حاکی از نقش مهم این فاکتور‌ها در بافت بساک گیاه برنج در هنگام مواجه شدن با تنش خشکی می باشد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیولوژی سلولی

30. بررسی اثرات سایتوتوکسیک تستوسترون بر رده سلولی سرطان کولون (HCT) و ارزیابی فعالیت کاسپازهای 3، 8 و 9

ندا امانی؛ مهرداد شریعتی؛ رحیم احمدی؛ سعید خاتم ساز؛ مختار مختاری

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 25 خرداد 1399

چکیده

  پیشینه و هدف: مطالعات نشان داده اند که استروییدهای جنسی بر تکثیر سلول های سرطانی در سطح سلولی و مولکولی تاثیرگذارند. این مطالعه به بررسی اثرات ضد تکثیری تستوسترون بر رده سلولی سرطان کلون (HCT) و ارزیابی فعالیت کاسپازهای 3، 8 و 9 می پردازد.روش بررسی: در این مطالعه آزمایشگاهی سلول های HCT به گروه شاهد (عدم مواجهه با هورمون) و گروه های تیمار ...  بیشتر پیشینه و هدف: مطالعات نشان داده اند که استروییدهای جنسی بر تکثیر سلول های سرطانی در سطح سلولی و مولکولی تاثیرگذارند. این مطالعه به بررسی اثرات ضد تکثیری تستوسترون بر رده سلولی سرطان کلون (HCT) و ارزیابی فعالیت کاسپازهای 3، 8 و 9 می پردازد.روش بررسی: در این مطالعه آزمایشگاهی سلول های HCT به گروه شاهد (عدم مواجهه با هورمون) و گروه های تیمار شده با غلظت های 0.001، 0.01، 0.1، 1 و 10 میلی گرم/ میلی‌لیتر تستوسترون تقسیم بندی شدند. اثر سیتوتوکسیک هورمون با استفاده از سنجش MTT اندازه گیری شد. همچنین میزان فعالیت کاسپازهای 3، 8 و 9 توسط کیت الایزا مورد ارزیابی قرار گرفت. داده‌ها با استفاده از آزمون واریانس یک‌ طرفه (آزمون تعقیبی Tukey) و تی- تست بین گروه ها مقایسه شدند.یافته ها: غلظت های 0.1 ،1 و 10 میلی‌گرم/ میلی‌لیتر تستوسترون سبب کاهش معنادار زنده مانی سلولهای HCT در مقایسه با گروه شاهد شد (P

---

• مشاهده مقاله

مقاله مروری بیوشیمی

31. به‎کارگیری پپتیدهای ضدسرطانی و نفوذپذیر سلولی در درمان سرطان

احمد آسوده؛ یاسمین خوارزمی خراسانی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 31 خرداد 1399

چکیده

  امروزه سرطان یکی از عوامل اصلی مرگ و میر در جهان درنظرگرفته می‎شود. استفاده از روش‎های رایج برای درمان سرطان از جمله شیمی درمانی به دلیل ایجاد مقاومت دارویی و عدم اختصاصی بودن برای تومورها دارای محدودیت های شده‎اند. بنابراین، شناسایی روش‎های جدید حائز اهمیت می‎باشد. پپتیدها به دلیل عواملی نظیر اندازه کوچک، سنتز راحت، فعالیت و ...  بیشتر امروزه سرطان یکی از عوامل اصلی مرگ و میر در جهان درنظرگرفته می‎شود. استفاده از روش‎های رایج برای درمان سرطان از جمله شیمی درمانی به دلیل ایجاد مقاومت دارویی و عدم اختصاصی بودن برای تومورها دارای محدودیت های شده‎اند. بنابراین، شناسایی روش‎های جدید حائز اهمیت می‎باشد. پپتیدها به دلیل عواملی نظیر اندازه کوچک، سنتز راحت، فعالیت و ویژگی بالا و تنوع بیولوژیکی توجه دانشمندان را به خود جلب کرده است. از جمله پپتیدهای درمانی که در سال‎های اخیر به منظور درمان سرطان مورد توجه قرارگرفته‎اند، می‎توان پپتیدهای کاتیونی ضدسرطانی و پپتیدهای نفوذپذیر سلولی را نام برد. در این پژوهش، تعدادی از مطالعات موجود در زمینه پپتیدهای ضدسرطانی و پپتیدهای نفوذپذیر مورد نقد و بررسی قرار گرفتند. نتایج پژوهش حاضر نشان داد که پپتیدهای ضدمیکروبی با خاصیت ضدسرطانی از طریق سازوکار‎های غشایی و غیرغشایی بر علیه سلول‎های سرطانی و تومورها عمل می‎کنند. همچنین پپتیدهای نفوذپذیر سلولی کونژوگه شده به عوامل درمانی از طریق غلبه بر مقاومت دارویی به عنوان یک سازوکار موثر در درمان سرطان درنظرگرفته می‎شوند. علاوه بر این، پپتیدهای ضدسرطانی و نفوذپذیر سلولی به دلیل عواملی همچون سمیت اندک، نحوه عمل و توانایی نفوذ در غشاء سلولی می‎توانند به عنوان یک کاندیدا در درمان سرطان پیشنهاد شوند. با این وجود، مطالعات بیشتری به منظور درک سازوکار عمل این پپتیدهای با پتانسیل درمانی مورد نیاز است.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوشیمی

32. بررسی اثر عصاره جَفت بلوط بر روند شکل‌گیری تجمعات آمیلوییدی و تجمع-زدایی فیبرهای پروتئین لیزوزیمِ سفیده تخم‌مرغ

معصومه فرامرزیان؛ سیف الله بهرامی کیا

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 01 تیر 1399

چکیده

  در شرایط نرمال فیزیولوژیکی، پروتئین‌ها عمدتاً دارای ساختار کروی و محلول در آب هستند. در برخی شرایط پروتئین‌ها به ساختارهایی به نام فیبریل‌ها یا پلاک‌های آمیلوئیدی که نامحلول و بیماری‌زا هستند تبدیل می‌شوند. در این مطالعه، اثرات عصاره هیدروالکلی جَفت بلوط ایرانی (Quercus brantii) بر شکل‌گیری فیبریل های لیزوزیمِ سفیده تخم‌مرغ و همچنین ...  بیشتر در شرایط نرمال فیزیولوژیکی، پروتئین‌ها عمدتاً دارای ساختار کروی و محلول در آب هستند. در برخی شرایط پروتئین‌ها به ساختارهایی به نام فیبریل‌ها یا پلاک‌های آمیلوئیدی که نامحلول و بیماری‌زا هستند تبدیل می‌شوند. در این مطالعه، اثرات عصاره هیدروالکلی جَفت بلوط ایرانی (Quercus brantii) بر شکل‌گیری فیبریل های لیزوزیمِ سفیده تخم‌مرغ و همچنین اثر این عصاره بر حذف فیبریل‌های از پیش شکل‌گرفته بررسی شده است. به همین منظور لیزوزیم سفیده تخم‌مرغ در حضور و غیاب عصاره هیدروالکلی جَفت بلوط در دمای ˚C60 به مدت 15 روز انکوبه شد. اثر عصاره با استفاده از آزمون‌های اتصال CR، طیف سنجی CD و تست فلورسانس THT و ANS و میکروسکوپ FE-SEM مورد بررسی قرار گرفت.نتایج نشان داد که عصاره جَفت بلوط در تمامی نسبت‌های مورد آزمایش دارای اثر مهاری بر شکل‌گیری فیبریل-های آمیلوئید است. همچنین عصاره جَفت اثر تسریع‌کننده بر تجمع‌زدایی فیبریل‌های آمیلوئیدی دارد و بیشترین اثر بر تجمع‌زدایی فیبریل‌های در نسبت 1: 5/0 عصاره به فیبریل مشاهده می‌شود. از نتایج به دست آمده در این مطالعه می‌توان نتیجه گرفت که جَفت بلوط حاوی ترکیباتی است که می‌تواند به‌عنوان عوامل موثر در تهیه داروها برای حذف پلاک‌های آمیلوئیدی در درمان بیماری‌های وابسته به آمیلوئید بکار گرفته شود.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوشیمی

33. بررسی عملکرد میکروارگانیسم خاکزی مولد آنزیم ارگانوفسفات هیدرولاز درسم زدایی ترکیبات ارگانوفسفره (دیازینون) و ارزیابی خواص کینتیکی آن

محمد حاجی ابوالحسنی؛ عباس صاحبقدم لطفی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 10 تیر 1399

چکیده

  ترکیبات ارگانوفسفره نظیردیازینون بدلیل ویژگیهای منحصربفردخود بطوروسیعی بعنوان آفت کش وحشره کش درکشاورزی مورداستفاده قرارمی گیرند. آنزیم ارگانوفسفات هیدرولاز(OPH) بطور موثری طیف وسیعی از ترکیبات استری ارگانوفسفاتهارا هیدرولیز می نماید. دراین تحقیق با استفاده ازدو تکنیک غنی سازی محیط کشت و حداکثرتکرار دررقت سازی، میکروارگانیسم ...  بیشتر ترکیبات ارگانوفسفره نظیردیازینون بدلیل ویژگیهای منحصربفردخود بطوروسیعی بعنوان آفت کش وحشره کش درکشاورزی مورداستفاده قرارمی گیرند. آنزیم ارگانوفسفات هیدرولاز(OPH) بطور موثری طیف وسیعی از ترکیبات استری ارگانوفسفاتهارا هیدرولیز می نماید. دراین تحقیق با استفاده ازدو تکنیک غنی سازی محیط کشت و حداکثرتکرار دررقت سازی، میکروارگانیسم تجزیه کننده دیازینون از نمونه های تیمار شده بادیازینون (مزارع شالیکاری)، جداسازی وباانجام تستهای مورفولوژیکی وبیوشیمیایی شناسایی شد.سپس آنزیم ازسویه باکتریایی استخراج و بترتیب بااستفاده ازرسوب دهی باسولفات آمونیوم وکروماتوگرافی تعویض یونی تخلیص گردید. خلوص آنزیم بااستفاده ازالکتروفورزSDS-PAGE تاییدووزن مولکولی آن نیز توسط مارکرپروتئینی مشخص وخواص کینتیکی آن بررسی گردید.بااستفاده ازتکنیک غنی سازی محیط کشت و افزایش عامل تجزیه زیستی نمونه های تیمارشده بادیازینون، زمان هیدرولیز آنزیمی باکاهش قابل توجهی به کمتراز10ساعت تقلیل یافت. متابولیت اصلی حاصل ازهیدرولیزآنزیمی دیازینون،-2 ایزو پروپیل--6 متیل-4-هیدروکسی پیریمیدین (IMHP) بااستفاده ازدوتکنیک کروماتوگرافی لایه نازک (TLC) و اسپکتروفتومتری شناسایی گردید. IMHP درمقایسه بادیازینونسمیت کمتری دارد. آنزیم OPH به میزان 48/57 مرتبه، بافعالیت ویژه 44/16 واحددر میلیگرم پروتئین ازمحلول عصاره آنزیمی وبازده4/11درصد ووزن مولکولی تقریبیKD40خالص سازی شد. دما وpH بهینه برای ماکزیمم فعالیت آنزیم بترتیب برابر Cͦ 37 و 5/8 بود. علاوه براین غلظت سوبسترا تاM05/0ویونهای فلزیCa+2, Co+2 به ترتیب 119و106درصد تاثیر مثبت برفعالیت آنزیم داشتند. پارامترهای ثابت میکائیلیس(Km) وحداکثر سرعت آنزیم(Vmax) برای دیازینون بعنوان سوبسترای واکنش بترتیب برابربا Mµ2/434 و Mµ3/107 دردقیقه محاسبه گردید. نتیجه اینکه آنزیم OPH بافعالیت تدریجی و موثر خود علاوه بر سم زدایی، می تواند نقشی کلیدی درآزادسازی فسفات برای تولیدکودزیستی ایفاءکند.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

34. طراحی،کلونینگ، بیان و خالص سازی پپتید هیستاتین 3 جهش یافته و بررسی اثرات ضد میکروبی آن

زهرا توکلی؛ بهناز صفار؛ کریم مهنام؛ روح الله همتی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 10 تیر 1399

چکیده

  پپتیدهای ضدمیکروبی اهداف مطلوبی به عنوان آنتی‌بیوتیک‌های جدید هستند. پپتیدهای هیستاتین،‌ پپتیدهای غنی از اسید آمینه هیستیدین هستند که به یک خانواده از پپتیدهای ضد میکروبی تعلق دارند. هیستاتین 3 انسانی، از نظر عملکردی هم خاصیت ضدمیکروبی و هم خاصیت التیام زخم دارد. در این پژوهش، طراحی جهش پپتید هیستاتین3 انجام شد. سپس به‌منظور تولید ...  بیشتر پپتیدهای ضدمیکروبی اهداف مطلوبی به عنوان آنتی‌بیوتیک‌های جدید هستند. پپتیدهای هیستاتین،‌ پپتیدهای غنی از اسید آمینه هیستیدین هستند که به یک خانواده از پپتیدهای ضد میکروبی تعلق دارند. هیستاتین 3 انسانی، از نظر عملکردی هم خاصیت ضدمیکروبی و هم خاصیت التیام زخم دارد. در این پژوهش، طراحی جهش پپتید هیستاتین3 انجام شد. سپس به‌منظور تولید این پپتید در مقیاس آزمایشگاهی، توالی ژنی آن به‌همراه پپتید الحاقی سومو در باکتری E.coli همسانه سازی و بیان شد و پس از آن توسط تکنیک‌ کروماتوگرافی تمایلی ستون نیکل خالص گردید و نتایج آن با تکنیک SDS-PAGE بررسی شد. نتایج آزمون‌‌های میکروبی آن (آزمون سنجش MIC)، نشان‌دهنده ارزش این پپتید بوده که برروی باکتری‌ گرم مثبت استافیلوکوکوس اورئوس که جز پاتوژن‌های بیمارستانی مقاوم به دارو می‌باشد، تاثیرگذار است. با توجه به پژوهش انجام شده، فعالیت ضدمیکروبی این پپتید و امکان تولید آن، امید است که از این پپتید در صنایع دارویی و پزشکی، به‌عنوان آنتی‌بیوتیک جدید یا درکنار آنتی‌بیوتیک‌های سنتی برای افزایش کارایی آن‌ها، بهره گرفت.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوشیمی

35. مطالعه تاثیر فلز کادمیوم بر فعایت آنزیم پروتئاز باکتری Pseudomonas aeruginosa

ندا سزاوار؛ داریوش مینایی تهرانی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 05 آبان 1399

چکیده

  کادمیوم یک فلز سنگین است که در صنعت مورد استفاد قرار می گیرد. این فلز از طریق پساب کارخانجات وارد آب و خاک شده و سبب آلودگی محیط زیست و در نتیجه تاثیر بر رشد گیاهان و میکروارگانیسمها می شود. کادمیوم می تواند با تاثیر بر آنزیمهای سلولی سبب اختلال در متابولیسم شود. Pseudomonas aeruginosa از باکتریهای خاک می باشد که در حذف آلودگیهای هیدروکربنی از ...  بیشتر کادمیوم یک فلز سنگین است که در صنعت مورد استفاد قرار می گیرد. این فلز از طریق پساب کارخانجات وارد آب و خاک شده و سبب آلودگی محیط زیست و در نتیجه تاثیر بر رشد گیاهان و میکروارگانیسمها می شود. کادمیوم می تواند با تاثیر بر آنزیمهای سلولی سبب اختلال در متابولیسم شود. Pseudomonas aeruginosa از باکتریهای خاک می باشد که در حذف آلودگیهای هیدروکربنی از قبیل آلودگیهای نفتی و پسابهای صنعتی نقش دارد. ورود کادمیوم به همراه پساب های صنعتی می تواند توانمندی این باکتری را در حذف آلودگی ها تحت تاثیر قرار دهد. در این مطالعه تاثیر حضور فلز کادمیوم بر رشد و تکثیر باکتری P. aeruginosa و تاثیر آن بر فعالیت آنزیم پروتئاز مطالعه گردید. نتایج نشان داد که حضور کادمیوم در محیط کشت سبب کاهش بیومس و فعالیت پروتئاز ترشح شده در محیط، شده است. تاثیر حضور منابع مختلف نیتروژن برای فعال کردن ترشح پروتئاز در محیط کشت، بررسی شد و مشخص شد نوترینت برات بیشترین تاثیر را در فعال کردن پروتئاز دارد. تاثیر غلظتهای مختلف کادمیوم بر پروتئاز استخراج شده مشخص نمود که کادمیوم می تواند سبب کاهش فعالیت آنزیم استخراج شده شود. مقدار IC50 در حدود 1/0 میلی مولار بدست آمد. pH و دمای اپتیمم آنزیم به ترتیب 9 و 40 درجه بدست آمد که حضور کادمیوم سبب کاهش فعالیت آنزیم در این pH و دما شد. در نهایت نتایج مشخص نمود که حضور کادمیوم نه تنها می تواند رشد باکتری را تحت تاثیر قرار دهد، بلکه سبب کاهش فعالیت آنزیم پروتئاز نیز میشود.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی ژنتیک

36. کارایی نشانگر مولکولی SCoT در بررسی روابط ژنتیکی میان گونه‌های دیپلوئید جنس Aegilops و Triticum

علی اشرف مهرابی؛ هومن شیروانی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 07 آبان 1399

چکیده

  تنوع و روابط ژنتیکی 25 جمعیت از‌ پنج گونه دیپلوئید جنس‌های Aegilops و Triticum با استفاده از 15 آغازگر SCoT مورد بررسی قرار گرفت که 12 آغازگر دارای باندهای قابل امتیاز بودند. بر اساس پارامترهای نشانگری PIC، RP، EMR و MI آغازگرهای SC6، SC11، SC63 و SC20 که میزان بالایی را نشان دادند، برای آنالیز مجموعه ژرم پلاسم گونه‌های Aegilops و Triticum در تحقیقات بعدی معرفی گردیدند. ...  بیشتر تنوع و روابط ژنتیکی 25 جمعیت از‌ پنج گونه دیپلوئید جنس‌های Aegilops و Triticum با استفاده از 15 آغازگر SCoT مورد بررسی قرار گرفت که 12 آغازگر دارای باندهای قابل امتیاز بودند. بر اساس پارامترهای نشانگری PIC، RP، EMR و MI آغازگرهای SC6، SC11، SC63 و SC20 که میزان بالایی را نشان دادند، برای آنالیز مجموعه ژرم پلاسم گونه‌های Aegilops و Triticum در تحقیقات بعدی معرفی گردیدند. فاصله ژنتیکی جمعیت‌های مورد بررسی با استفاده از ضریب فاصله جاکارد نشان داد که میانگین فاصله بین جمعیت‌ها 307/0 و متوسط فاصله بین گونه‌ای نیز 636/0 بود. همچنین دو زیرگونه Ae. tauschii و Ae. strangulateکه هردو دارای ژنوم D هستند کمترین فاصله را با یکدیگر داشتند. نتایج حاصل از تجزیه خوشه‌ای به روش UPGMA براساس ضریب فاصله جاکارد نشان داد که جمعیت‌ها در 5 گروه قرار گرفتند به طوری که گونه‌ها بصورت صد در صد از یکدیگر تفکیک شدند که نشان‌دهنده کارایی بالای نشانگر مورد استفاده می‌باشد، این نتایج با نتایج حاصل از ماتریس فاصله و تجزیه به مختصات اصلی صد در صد مطابقت داشت. آنالیز شاخص‌های ژنتیکی برای گونه‌های مورد بررسی نشان داد بیشترین تنوع درون جمعیتی و تنوع ژنی مربوط گونه Ae. tauschii بود. همچنین بیشترین میزان پلی مورفیسم نیز در بین جمعیت‌های این گونه مشاهده گردید.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی ژنتیک

37. چندشکلی جایگاه ژنی MHC-DAB II در ماهی فیتوفاگ (Hypophthalmicthys molitrix) تکثیرشده به روش نیمه طبیعی

الهام جرفی؛ محمدرضا کلباسی؛ مجید صادقی زاده

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 10 آبان 1399

چکیده

  ماهی فیتوفاگ (Hypophthalmichthys molitrix) با اختصاص بخش اعظم تولید ماهیان آب شیرین، جایگاه ویژه ای در صنعت آبزی پروری کشور دارد. روش رایج برای تکثیر این گونه در کشورمان، روش نیمه-طبیعی است که یکی از بارزترین ویژگیهای آن فراهم شدن فرصت انتخاب جفت برای مولدین می باشد. با توجه به اهمیت مجموعه ژنی MHC در بروز رفتارهای جنسی و نقش تاریخی آن در پروسه تکامل ...  بیشتر ماهی فیتوفاگ (Hypophthalmichthys molitrix) با اختصاص بخش اعظم تولید ماهیان آب شیرین، جایگاه ویژه ای در صنعت آبزی پروری کشور دارد. روش رایج برای تکثیر این گونه در کشورمان، روش نیمه-طبیعی است که یکی از بارزترین ویژگیهای آن فراهم شدن فرصت انتخاب جفت برای مولدین می باشد. با توجه به اهمیت مجموعه ژنی MHC در بروز رفتارهای جنسی و نقش تاریخی آن در پروسه تکامل موجودات زنده به ویژه از لحاظ مسایل ایمنی، الگوهای تنوع این جایگاه ژنی بین دو نسل از ماهی فیتوفاگ پرورشی مورد مطالعه قرار گرفت. تعداد 33 مولد نر و ماده فیتوفاگ در قالب دو گروه مستقل به روش نیمه طبیعی تکثیر شده و لاروهای حاصل از هر گروه نمونه برداری گردید. با استفاده از داده های ثبت شده در بانک ژن جهانی و طراحی پرایمر مناسب، جایگاه ژنی MHC-DAB در مولدین و لاروهای حاصله با روش SSCP مورد بررسی قرار گرفت. آنالیز فراوانی شش الگوی ژنوتیپی متفاوت به دست آمده در بین گروه ها بیانگر افزایش سطح هتروزیگوسیتی مشاهده شده (1) در برابر مقدار قابل انتظار (660/0-709/0) بوده است. انحراف از تعادل هاردی-وینبرگ در غالب گروه های مورد بررسی مشاهده شد و بخش عمده واریانس ژنتیکی به اختلافات درون فردی اختصاص یافت. الگوی توزیع ژنتیکی و تنوع بالای جایگاه MHC-DAB همزمان با حفظ تعداد الل ها در میان لاروها در مقایسه با والدین بیانگر جریان انتخاب مثبت می باشد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوفیزیک

38. شبیه سازی دینامیک مولکولی آنزیم استیل کولین استراز در حضور نانوذرات طلا

فرامرز مهرنژاد؛ حنانه اکبرنژاد؛ محمد برشان تشنیزی؛ رضا حسن ساجدی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 27 آبان 1399

چکیده

  خواص ویژه نانوذرات و برهمکنش آنها با مولکول های زیستی توجه بسیاری از محققان را به خود جلب کرده است. هنگامی که نانوذرات طلا به بدن وارد می‌شوند، با مولکول‌های زیستی مختلف مانند پروتئین‌ها، لیپید‌ها، پلی ساکارید‌ها، و اسید‌های نوکلئیک مواجه می‌شوند. پروتئین‌هامی‌توانند به راحتی به سطح نانوذرات طلا متصل شده و در اطراف نانوذرات ...  بیشتر خواص ویژه نانوذرات و برهمکنش آنها با مولکول های زیستی توجه بسیاری از محققان را به خود جلب کرده است. هنگامی که نانوذرات طلا به بدن وارد می‌شوند، با مولکول‌های زیستی مختلف مانند پروتئین‌ها، لیپید‌ها، پلی ساکارید‌ها، و اسید‌های نوکلئیک مواجه می‌شوند. پروتئین‌هامی‌توانند به راحتی به سطح نانوذرات طلا متصل شده و در اطراف نانوذرات طلا تشکیل یک پروتئین کرونا دهند. شکل‌گیری کرونا می‌تواند ساختار پروتئین‌های جذب شده را تغییر دهد و در عملکرد فیزیولوژیک آن‌ها اختلال ایجاد کند. بنابر‌این مطالعه برهمکنش‌های نانوذرات طلا و پروتئین‌ها می‌تواند نقطه آغاز مطالعات اثرات زیستی این نانوذرات محسوب ‌شود. در این تحقیق، نظر به نقش‌های کلیدی آنزیم استیل‌کولین استراز در سیستم عصبی و کاربرد‌های متعدد نانوذرات طلا در حوزه‌های مختلف، نحوه برهمکنش نانوذرات طلا با آنزیم استیل‌کولین استراز با استفاده از شبیهسازی دینامیک مولکولی مطالعه شده است. نتایج حاصل از بررسی ساختار دوم، RMSD و شعاع ژیراسیون نشان‌دهنده‌ی القای فشردگی در ساختار پروتئین به واسطه‌ی حضور نانوذرات طلا می‌باشد. همچنین، نتایج حاصل از آنالیز‌های DSSP، نشان‌گر پایداری ساختار دوم آنزیم طی برهمکنش است. باتوجه به نتایج این تحقیق می‌توان نتیجه گرفت نانوذرات طلا در مجاورت با آنزیم استیل کولین استراز، تغییرات کنفورماسیونی قابل توجهی در این پروتئین ایجاد نمی کنند.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

39. تأثیر الگوریتم‌های فراابتکاری در همترازی شبکه‌های مبتنی بر میانکنش پروتئین-پروتئین در پنج گونه زیستی

الهام مهدی پور؛ محمد قاسم زاده

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 28 آبان 1399

چکیده

  از طریق همترازی توالی ژنوم می‌توان دانش زیستی گونه‌های مختلف را به نواحی حفاظت شده‌ی توالی انتقال داد. به‌طور مشابه، از طریق همترازی شبکه زیستی، می‌توان دانش نواحی حفاظت شده‌ی شبکه‌های مولکولی را به نواحی مختلف حفاظت شده‌ی گونه‌های متفاوت انتقال داد. لذا با تکیه بر همترازی شبکه‌های زیستی می‌توان «همسانی مبتنی بر توالی» را ...  بیشتر از طریق همترازی توالی ژنوم می‌توان دانش زیستی گونه‌های مختلف را به نواحی حفاظت شده‌ی توالی انتقال داد. به‌طور مشابه، از طریق همترازی شبکه زیستی، می‌توان دانش نواحی حفاظت شده‌ی شبکه‌های مولکولی را به نواحی مختلف حفاظت شده‌ی گونه‌های متفاوت انتقال داد. لذا با تکیه بر همترازی شبکه‌های زیستی می‌توان «همسانی مبتنی بر توالی» را به «همسانی مبتنی بر شبکه» تعمیم داد. کشف همترازی شبکه‌ها به جهت کاربردهای آن، مانند کشف داروهای جدید، ردیابی روند پیشرفت بیماری‌ها و یا پیش‌بینی رفتار کاربران در شبکه‌های اجتماعی، از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. در این رابطه، چالش اصلی این است که یافتن همترازی‌های موجود در دو شبکه، یک مسئله‌ی از مرتبه‌ی «اِن پی-سخت» است. در چنین وضعیتی از راه‌حل‌های تقریبی مانند الگوریتم‌های فراابتکاری که نسبتاً سریع هستند، بهره می‌گیریم. بخش اصلی این پژوهش، مقایسه الگوریتم‌های همترازی شبکه از دیدگاه معیارهای ارزیابی مربوطه، زمان اجرا، میزان مصرف حافظه و میزان پیچیدگی شبکه‌های مورد تست می‌باشد. نتایج آزمایشی از اجرای جدیدترین و مشهورترین الگوریتم‌های مرتبط بر روی مجموعه داده‌ی شبکه‌های زیستی بیوگرید به‌دست‌آمده‌اند. نتایج پیاده‌سازی و ارزیابی حاکی از آن است که با بهره‌گیری از الگوریتم‌های فراابتکاری ژنتیک، میمتیک، بهینه‌سازی توده ذرات، تبرید شبیه‌سازی شده و کلونی مورچگان می‌توان به نتایج ارزشمندی دست یافت. روش‌های یادشده با به‌کارگیری توابع مکاشفه‌ای مناسب، تنها بخش‌های کوچکی از داده‌های قابل جستجو را مورد بررسی قرار می‌دهند، لذا غالباً موفق به کشف پاسخ بهینه و یا قابل‌قبول در زمان کوتاهی می‌شوند.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوشیمی

40. ارتباط کمی ساختار- فعالیت و داکینگ مولکولی بازدارنده های مشتقات پیرازولین بر سیکلواکسیژناز 2 با استفاده از روش های کموانفورماتیک

محمد اسدالهی بابلی؛ مهنوش محمد نظری

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 28 آبان 1399

چکیده

  در پژوهش حاضر مطالعه کمی ساختار-فعالیت خواص بازدارندگی مشتقات پیرازولین به عنوان بازدارنده های ضد التهابی سیکلواکسیژناز-2 با استفاده از روش های مختلف کموانفورماتیک انجام پذیرفته است. یکی از مهم ترین استراتژی ها در طراحی ترکیبات ضد التهابی قوی با کاهش قابل توجه اثرات جانبی، بازداری انتخابی آنزیم سیکلواکسیژناز-2 است. از روش های انتخاب ...  بیشتر در پژوهش حاضر مطالعه کمی ساختار-فعالیت خواص بازدارندگی مشتقات پیرازولین به عنوان بازدارنده های ضد التهابی سیکلواکسیژناز-2 با استفاده از روش های مختلف کموانفورماتیک انجام پذیرفته است. یکی از مهم ترین استراتژی ها در طراحی ترکیبات ضد التهابی قوی با کاهش قابل توجه اثرات جانبی، بازداری انتخابی آنزیم سیکلواکسیژناز-2 است. از روش های انتخاب متغییر طبقه بندی و رگرسیون درختی و روش رگرسیون خطی چندگانه قدم به قدم جهت انتخاب مهم ترین توصیف کننده های مولکولی استفاده گردید. مدل نهایی توسط سیستم استنتاج فازی عصبی انطباق پذیر و شبکه عصبی مصنوعی با استفاده از توصیف کننده های مولکولی انتخابی گسترش یافت. نتایج روش های ارزیابی مختلفی همچون ارزیابی متقاطع یکتایی، ارزیابی متقاطع چندتایی و سری پیش بینی نشان دهنده معتبر بودن مدل بدست آمده می باشد. در مرحله بعدی، مطالعات داکینگ مولکولی برای بدست آوردن الگوی اتصال گیرنده – لیگاند انجام شد. نتایج داکینگ مولکولی نشان داد آمینواسید های 44Arg، 46Glu، 465Glu و41Cys مهم ترین نقش را در برهمکنش گیرنده – لیگاند دارند. در مطالعه حاضر، تکنیک‌های مطالعه ارتباط کمی ساختار- فعالیت و داکینگ مولکولی قابل تفسیری برای پیش بینی غلظت بازدارندگی مشتقات پیرازولین استفاده گردید. با استفاده از نتایج حاضر می توان برای پیش بینی غلظت بازداری بازدارنده های آنزیم سیکلواکسیژناز-2 در طراحی دارو با صرف هزینه و زمان کمتر استفاده نمود.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

41. غربالگری مجازی مبتنی بر ساختار با توان بالا جهت انتخاب ترکیب(ترکیبات) شیمیایی مهارکننده‌ی جدید علیه کمپلکس فاکتور رونویسی FOXM1 با ترادف ژنومی هدف

حمید مهدیونی؛ طاهره مراتی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 28 آبان 1399

چکیده

  پروتئین FOXM1 به عنوان یک فاکتور رونویسی مهم، در عملکردهای متنوعی ازجمله کنترل بیان ژن‌های مختلف، انتقال سلول‌ها به فاز تقسیم، آنژیوژنز، مهاجرت و غیره درگیر می‌باشد و بیش‌بیان آن در انواع مختلف سرطان گزارش شده است. بنابراین، این پروتئین یک هدف دارویی بالقوه در درمان سرطان می‌باشد. تاکنون، داروها و ترکیبات زیادی FOXM1 را هدف قرار داده‌اند، ...  بیشتر پروتئین FOXM1 به عنوان یک فاکتور رونویسی مهم، در عملکردهای متنوعی ازجمله کنترل بیان ژن‌های مختلف، انتقال سلول‌ها به فاز تقسیم، آنژیوژنز، مهاجرت و غیره درگیر می‌باشد و بیش‌بیان آن در انواع مختلف سرطان گزارش شده است. بنابراین، این پروتئین یک هدف دارویی بالقوه در درمان سرطان می‌باشد. تاکنون، داروها و ترکیبات زیادی FOXM1 را هدف قرار داده‌اند، از جمله FDI-6 و RCM-1 که عملکرد آن‌ها مهار میان-کنش‌های FOXM1-DNA می‌باشد. در این مطالعه، به منظور پیش‌گیری از تشکیل کمپلکس FOXM1-DNA، زیرمجموعه In-vitro از پایگاه داده ZINC بصورت محاسباتی مورد بررسی قرار گرفت. برای دستیابی به این هدف، ابتدا جایگاه‌های اتصال لیگاند در پروتئین، با اجرای الگوریتم MDpocket مورد جست و جو قرار گرفتند. قبل از محاسبه‌ی انرژی اتصال‌پذیری ترکیبات به پاکت‌های پیش‌بینی شده، کتابخانه‌ها (حدود 260.000 ترکیب) با استفاده از وب‌سرور FAF-Drugs4 بر اساس خواص فیزیکوشیمیایی غربال شدند. پس از آن، ترکیبات منتخب با استفاده از AutoDock VINA علیه پاکت‌های پیش‌بینی شده FOXM1 داک شدند. فرایند غربالگری بر اساس انرژی اتصال‌پذیری، هشدارهای ساختاری و گروه‌های غیر توکسیک طراحی شد. بر این اساس، سه ترکیب با انرژی داکینگ تقریبا مشابه، نمره‌ی عبور را بدست آوردند. جهت تمایز و رتبه‌بندی ترکیبات انتخاب شده، روش MM/PBSA روی سه کمپلکس FOXM1-لیگاند اعمال شد و نهایتا، لیگاند1 بر اساس انرژی آزاد اتصال انتخاب شد. لیگاند معرفی شده در این مطالعه، مولکول‌ hit جدید نویدبخشی است که امید می‌رود میان‌کنش FOXM1 با DNA مرتبطش را قطع کند. با این حال، کوشش‌های تجربی بیشتری به‌منظور شناسایی لیگاند کشف شده به عنوان یک ترکیب lead باید انجام شود.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

42. آشکار سازی اگزوزم های مترشح از سلولهای سرطان ریه در بستر میکروفلویدیک به روش ایمونوفلورسانس

کوشا ایرانی؛ رویا کلا هچی؛ حسین نادری منش؛ عبداله اله وردی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 28 آبان 1399

چکیده

  سرطان ریه عامل بیشترین موارد مرگ و میر ناشی از سرطان در سراسر جهان است و هرساله منجر به مرگ میلیون‌ها نفر در جهان می شود ، بطوریکه آمار مرگ بعلت سرطان ریه از مجموع دو سرطان بعدی یعنی سرطان سینه و پروستات بیشتر است. نتیجه درمان در سرطان ریه در مقایسه با سرطان سینه و پروستات نامطلوب تر است، زیرا اکثر بیماران مبتلا به سرطان ریه در مرحله ...  بیشتر سرطان ریه عامل بیشترین موارد مرگ و میر ناشی از سرطان در سراسر جهان است و هرساله منجر به مرگ میلیون‌ها نفر در جهان می شود ، بطوریکه آمار مرگ بعلت سرطان ریه از مجموع دو سرطان بعدی یعنی سرطان سینه و پروستات بیشتر است. نتیجه درمان در سرطان ریه در مقایسه با سرطان سینه و پروستات نامطلوب تر است، زیرا اکثر بیماران مبتلا به سرطان ریه در مرحله ای از بیماری تشخیص داده می شوند که متاستاز رخ داده است. علت عدم تشخیص زود هنگام سرطان ریه، تشابه علایم و نشانه های سرطان با علایم بیماران ریوی و نبود روشی که بتوان آنرا در مراحل اولیه شناسایی کند. امروزه توجه زیادی به نشانگرهای زیستی نظیر میکروRNA ، اگزوزمها و تتراسپانین ها به عنوان بیومارکرهایی که می توان اطلاعاتی از وقایع داخل سلول بدست آورد شده است. در این تحقیق، ابتدا چیپ میکروفلویدیک طراحی و با روش لیتوگرافی نوری ساخته شد، سپس اگزوزم‌های مترشح از سلولهای سرطان ریه داخل چیپ میکروفلویدیک تثبیت شدند، سپس توسط آنتی بادی های CD63 و CD151 کنژوگه با FITC آشکار سازی شدند. اگزوزمهای تثبیت شده با این روش از چیپ استخراج و با میکروسکوپ نیروی اتمی و DLS مطالعه شدند. متوسط سایز اگزوزمها بدست آمده توسط DLS، 19 تا 37 نانومتر بود. متوسط سایز اگزوزمها محاسبه شده توسط میکروسکوپ نیروی اتمی برابر 35-37 نانومتر است که با نتایج بدست آمده توسط DLS مطابقت دارد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

43. جداسازی و شناسایی باکتری سرمادوست از روده سخت پوست گاماروس جدا شده از چشمه‌های آب سرد شهر سامان در استان چهارمحال و بختیاری وارزیابی آنزیم‌های مختلف آن

روح الله همتی؛ معصومه یوسف زاده؛ بهناز صفار؛ علیرضا نوری

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 02 آذر 1399

چکیده

  باکتری‌های سرما‌دوست به دلیل توانایی در تولید آنزیم‌هایی که در دماهای پائین قادر به کاتالیز واکنش‌های بیوشیمیایی می‌باشند، بسیار مورد توجه قرار گرفته اند. از این رو در سال‌های اخیر مطالعات زیادی بر روی این باکتری‌ها صورت گرفته است. این پژوهش نیز با هدف جداسازی و شناسایی باکتری‌های تولید کننده آنزیم‌های مقاوم به سرما از روده ...  بیشتر باکتری‌های سرما‌دوست به دلیل توانایی در تولید آنزیم‌هایی که در دماهای پائین قادر به کاتالیز واکنش‌های بیوشیمیایی می‌باشند، بسیار مورد توجه قرار گرفته اند. از این رو در سال‌های اخیر مطالعات زیادی بر روی این باکتری‌ها صورت گرفته است. این پژوهش نیز با هدف جداسازی و شناسایی باکتری‌های تولید کننده آنزیم‌های مقاوم به سرما از روده گونه جدید سخت‌پوست گاماروس، ساکن چشمه آب سرد ارتفاعات رشته کوه زاگرس واقع در استان چهارمحال و بختیاری ایران، صورت پذیرفت. ابتدا گاماروس‌ها جمع‌آوری و پس از انتقال به آزمایشگاه، از روده آنها بصورت کاملاً استریل نمونه‌برداری صورت گرفت و پس از تهیه رقت در محیط لوریا-برتانی آگار در دمای ˚C5 گرماگذاری شد. کلونی‌های رشد یافته، بر اساس ویژگی‌های مورفولوژیکی، آزمون‌های بیوشیمیایی مورد مطالعه قرار گرفتند و در نهایت تعیین هویت مولکولی بر اساس توالی‌یابی ژن 16SrRNA صورت پذیرفت. سویه بومی جدید شناسایی شده در این پژوهش با شماره دسترسی MK961220 در GenBank ثبت شد که متعلق به باکتری سرمادوست Pseudomonas fragi می‌باشد. طبق بررسی‌های صورت گرفته این سویه جدید توانایی تولید آنزیم‌های آمیلاز، زایلوز ایزومراز، کاتالاز، اکسیداز، سرین پروتئاز و لاکاز را دارد و حداکثر فعالیت آنزیم‌های بررسی شده در دمای 0 تا ˚C5 می‌باشد. این پژوهش برای اولین بار در کشور به منظور بررسی ظرفیت بالقوه و شناسایی منابع بومی تولید کننده آنزیم‌های صنعتی با کاربرد زیست فناوری انجام گرفته است. طبق بررسی‌های صورت گرفته این سویه جدید می‌تواند به عنوان کاندید مناسبی برای تخلیص و تولید آنزیم‌های سرمادوست جهت استفاده در صنایع مختلف مورد استفاده قرار گیرد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی میکروبیولوژی

44. مطالعه آزمایشگاهی اثرات ضد باکتریایی و سمیت سلولی فراکسیون‌های جدا شده از سم افعی زنجانی

جمیل زرگان؛ فرشید غلامی؛ حسین ثباتی؛ حمیدرضا گودرزی؛ اشکان حاجی نورمحمدی؛ محمدباقر صالحی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 03 آذر 1399

چکیده

  سابقه و هدف: در این بررسی اثرات ضد باکتریایی و سمیت سلولی فراکسیون‌های جدا شده از زهر افعی زنجانی در شرایط آزمایشگاهی مطالعه گردید.مواد و روش‌ها: فراکسیون های زهر خام افعی زنجانی با استفاده از RP-HPLC و پس از تزریق به ستون C-18، جداسازی، و سپس جمع‌آوری شدند. میزان پروتئین موجود در هر فراکسیون با استفاده از روش برادفورد تخمین و اثرات ضدباکتری ...  بیشتر سابقه و هدف: در این بررسی اثرات ضد باکتریایی و سمیت سلولی فراکسیون‌های جدا شده از زهر افعی زنجانی در شرایط آزمایشگاهی مطالعه گردید.مواد و روش‌ها: فراکسیون های زهر خام افعی زنجانی با استفاده از RP-HPLC و پس از تزریق به ستون C-18، جداسازی، و سپس جمع‌آوری شدند. میزان پروتئین موجود در هر فراکسیون با استفاده از روش برادفورد تخمین و اثرات ضدباکتری آن‌ها در غلظت μg/mL 20 با استفاده از روش‌های سنجشMIC و MTT، علیه باکتری‌های اشریشیا کولی، باسیلوس سوبتیلیس و استافیلوکوکوس اورئوس مطالعه گردید. سپس سمیت سلولی مؤثرترین فراکسیون‌های دارای اثرات ضدباکتریایی، با استفاده از روش‌های سنجش MTT و Neutral red uptake بر روی سلول HepG2 بررسی شد و اثر آنها بر القا آپوپتوز به کمک آزمایش کامت تعیین گردید.نتایج: نتایج نشان داد که اثرات ضدباکتریایی فراکسیون‌ها علیه باکتری‌های مورد بررسی متفاوت بود، به ترتیبی که فراکسیون شماره 2 روی باکتری باسیلوس سوبتیلیس، فراکسیون‌های شماره 2 و 9 روی باکتری اشریشیا کولی و فراکسیون‌های شماره 5، 7 و 9 روی باکتری استافیلوکوکوس اورئوس بیش‌ترین اثر را داشته‌اند. فراکسیون شماره 2 در غلظت μg/mL 20 و شماره 5 در غلظت های 10 و 20 میکروگرم بر میلی‌لیتر بیش‌ترین سمیت سلولی را داشته درحالی‌که فراکسیون شماره 7 کمترین سمیت را ایجاد کرده است بنابر نتایج، نوع مرگ سلولی القا شده توسط فراکسیونها به صورت وابسته به غلظت از نوع آپوپتوز و نکروز بود.نتیجه‌گیری: داده‌های این مطالعه برای اولین بار نشان داد که فراکسیون‌های جدا شده از زهر افعی زنجانی اثرات ضد باکتری و ضد سرطانی دارند.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی ژنتیک

45. بررسی وجود پلی‌مورفیسم در اگزون‌های 2 و 3 ژن DIRAS3 در زنان مبتلا به سرطان پستان و دیابت

فاطمه اردلان مقدم آل؛ ابوالحسن رضایی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 03 آذر 1399

چکیده

  ژن ARHI / NOEY2 / DIRAS3 یک ژن ایمپرینت‌شده با بیان پدری روی کروموزوم 1 انسان است. بنابراین اگر ژن پدری بیان نشود، فرد در معرض خطر ابتلا به دو سرطان‌پستان و تخمدان قرار میگیرد. از طرفی هر اندازه خطر ابتلا به بیماری دیابت افزایش یابد به همان اندازه نیز احتمال ابتلا به سرطان‌پستان افزایش می‌یابد. هدف این پژوهش شناسایی جهش‌ها و پلی‌مورفیسم‌های ...  بیشتر ژن ARHI / NOEY2 / DIRAS3 یک ژن ایمپرینت‌شده با بیان پدری روی کروموزوم 1 انسان است. بنابراین اگر ژن پدری بیان نشود، فرد در معرض خطر ابتلا به دو سرطان‌پستان و تخمدان قرار میگیرد. از طرفی هر اندازه خطر ابتلا به بیماری دیابت افزایش یابد به همان اندازه نیز احتمال ابتلا به سرطان‌پستان افزایش می‌یابد. هدف این پژوهش شناسایی جهش‌ها و پلی‌مورفیسم‌های اگزون 2 و 3 و اینترون 2 ژن DIRAS3در زنان مبتلا به سرطان‌پستان مجرایی تهاجمی (IDC)، سرطان‌پستان مجرایی تهاجمی (IDC)- دیابت و دیابت می‌باشد. در مطالعه حاضر چهار گروه از زنان (گروه‌های شاهد (50 نفر)، سرطان‌پستان مجرایی تهاجمی (IDC)(20 نفر)، سرطان‌پستان مجرایی تهاجمی-دیابت (15 نفر) و دیابت (15 نفر)) مورد مطالعه قرار گرفتند. پس از استخراج DNA، قطعه مورد نظر تکثیر و محصولات PCR روی ژل آگارز بررسی و سپس تعیین‌توالی گردیدند. خوانش‌ژنی به کمک نرم‌افزارهای Gene Runner و Chromas صورت گرفت. محاسبات آماری با استفاده از نرم افزارهای SNPAlyze V.8.1، assotest و SPSS V.22 با سطح معناداری P < 0.05 انجام گرفت. پس از تعیین‌توالی یک نوع پلی‌مورفیسم در جایگاهc.332-3 T>C در اینترون 2 یک بیمار سرطانی مشاهده شد، اما هیچ‌گونه پلی‌مورفیسم یا جهشی در محدوده اگزون 2 مشاهده نگردید، در حالیکه یک نوع پلی‌مورفیسم در جایگاه 5'UTR c.331 G>A در اگزون 3 بیماران سرطانی و افراد شاهد یافت شد. نتایج این تحقیق نشان داد که از بین پلی‌مورفیسم‌های موجود فقط پلی‌مورفیسم 5'UTR c.331 G>Aبا بیماری‌ سرطان‌پستان در ارتباط می‌باشد(P=0/04).واژه‌های کلیدی: سرطان‌پستان، دیابت، ژن DIRAS3، ژن NOEY2، ژن ARHI

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیولوژی مولکولی

46. بررسی اثر عصاره هیدروالکلی گیاه گزنه بر بیان ژن COX در سرطان القا شده تخمدان موش

لاله ضیایی؛ خدیجه شاهرخ آبادی؛ جواد بهارآرا؛ امیررضا تفرشیان

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 03 آذر 1399

چکیده

  چکیدهسرطان تخمدان بالاترین موارد مرگ‌و‌میر را در بین همه‌ بدخیمی‌های دستگاه تناسلی زنان دارد. این سرطان ششمین سرطان در کشورهای غربی و رتبه هشتم سرطان در زنان ایرانی است که در مراحل اولیه حتی مراحل بالاتر هیچگونه علامتی ندارد. یکی از ژن‌هایی که در این سرطان بیان زیادی دارد و مهار آن باعث افزایش پاسخ به درمان می‌شود ژن Cox است. لذا ...  بیشتر چکیدهسرطان تخمدان بالاترین موارد مرگ‌و‌میر را در بین همه‌ بدخیمی‌های دستگاه تناسلی زنان دارد. این سرطان ششمین سرطان در کشورهای غربی و رتبه هشتم سرطان در زنان ایرانی است که در مراحل اولیه حتی مراحل بالاتر هیچگونه علامتی ندارد. یکی از ژن‌هایی که در این سرطان بیان زیادی دارد و مهار آن باعث افزایش پاسخ به درمان می‌شود ژن Cox است. لذا هدف از این مطالعه بررسی سرطان تخمدان در مراحل اولیه، بررسی بیان ژن Cox و آنزیم‌های SGPT و SGOT و همچنین بررسی تیمار غلظت‌های مختلف عصاره گیاه گزنه است. در این مطالعه تجربی عصاره هیدروالکلی ساقه، برگ و ریشه گیاه گزنه تهیه و دوزهای 75 و 250 میلی‌گرم برکیلوگرم وزن بدن آماده گردید. جهت القا سرطان تخمدان در موش کوچک آزمایشگاهی از ماده DMBA استفاده گردید. پس از 28 روز برای سنجش مقدار آنزیم خونگیری انجام شد. سپس بافت تخمدان جداسازی، توزین و از لحاظ مرفولوژی با سایر اندام‌ها مقایسه گردید. استخراج RNA، نانودراپ، الکتروفورز، سنتز cDNA، و بررسی بیان ژن انجام شد. نتایج توسط نرم‌افزار SPSS مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج سنجش آنزیم SGOT نشان داد تیمارهای R250 و S75 و T2 دارای تغییرات معنی‌داری هستند. حد نرمال بیان ژن Cox مربوط به شاهد آزمایشگاهی (63/1) بوده و کمترین میزان بیان ژن مربوط به تیمار S75 در روز 28ام و بیشترین میزان بیان مربوط به R75 در همان روز است. بنابراین به نظر می‌رسد تغییرات بیان ژن Cox و آنزیم SGOT می‌تواند به عنوان مارکری جهت تشخیص زودرس سرطان تخمدان مورد استفاده قرار گیرد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

47. طراحی مجازی و مدلسازی مولکولی ترکیبات پپتیدی پایدار کننده ساختار چهارتایی گوانین

سید احمد عبادی؛ دارا دستان؛ مریم خزایی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 06 آذر 1399

چکیده

  مدلسازی مولکولی نقش بسیار مهمی در کشف و توسعه داروهای جدید دارد. روش‌های مجازی در کشف داروهای جدید هزینه‌ تولید را بسیار کاهش می‌دهند. مدلسازی مولکولی در توسعه داروهای ضدسرطان جایگاه خاصی دارد. ساختار چهارتایی گوانین یک ساختار ثانویه یکتا است که در برخی از توالی‌های غنی از گوانین تشکیل می‌گردد. ساختار چهارتایی گوانین در فعال‌کننده ...  بیشتر مدلسازی مولکولی نقش بسیار مهمی در کشف و توسعه داروهای جدید دارد. روش‌های مجازی در کشف داروهای جدید هزینه‌ تولید را بسیار کاهش می‌دهند. مدلسازی مولکولی در توسعه داروهای ضدسرطان جایگاه خاصی دارد. ساختار چهارتایی گوانین یک ساختار ثانویه یکتا است که در برخی از توالی‌های غنی از گوانین تشکیل می‌گردد. ساختار چهارتایی گوانین در فعال‌کننده آنکوژن‌ها تشکیل شده و مانع بیان آنها می‌شود. بنابراین ترکیبات پایدار کننده چهارتایی گوانین به عنوان هدف درمانی در سرطان شناخته می‌شوند. در این مطالعه به بررسی برهم‌کنش پپتید DSM و همچنین طراحی و مدلسازی پپتیدهای پایدار کننده ساختار چهارتایی گوانین پرداخته شده است. براساس نتایج بدست آمده، مهمترین پارامتر در اتصال به ساختار چهارتایی گوانین وجود دو گروه بازی در زنجیره پپتیدی است. در بهترین زنجیره‌های بدست آمده (KGREIGYAK و KGREIGMYAK) آمینو اسیدهای لیزین و آرژنین در فاصله مناسب از یکدیگر قرار گرفته‌اند و پتانسیل بالایی برای اتصال به چهارتایی گوانین دارند. این آمینو اسیدهای بازی با گروه‌های فسفات زنجیره DNA پیوندهای یونی تشکیل می‌دهند. آمینو اسید تایروزین با حلقه گوانین برهم‌کنش‌های π-π دارد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی ژنتیک

48. اثر میدان‌های الکترومغناطیسی با شدت‌های 25/0 و 5/2 میلی تسلا در دو نوع تابش پیوسته و ناپیوسته بر بیان ژن های miR-21 و miR-29 در رده‌های سلولی سرطان معده

الهام سیاسی؛ الهه منیری؛ سهیلا عبدی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 08 آذر 1399

چکیده

  مقدمه: مطالعات بیوالکترومغناطیس و نقش تابش‌های میدان‌های الکترومغناطیس با فرکانس بسیار پایین از عوامل محیطی مهم در بروز و درمان سرطان ها می‌باشد. در این مطالعه تغییرات بیان miR-21 و miR-29 در رده سلولی سرطان معده تحت تأثیر تابش میدان‌های الکترومغناطیس با شدت‌های 25/0 و 5/2 میلی تسلا در دو نوع تابش پیوسته و ناپیوسته بررسی شد.مواد و روش ها: ...  بیشتر مقدمه: مطالعات بیوالکترومغناطیس و نقش تابش‌های میدان‌های الکترومغناطیس با فرکانس بسیار پایین از عوامل محیطی مهم در بروز و درمان سرطان ها می‌باشد. در این مطالعه تغییرات بیان miR-21 و miR-29 در رده سلولی سرطان معده تحت تأثیر تابش میدان‌های الکترومغناطیس با شدت‌های 25/0 و 5/2 میلی تسلا در دو نوع تابش پیوسته و ناپیوسته بررسی شد.مواد و روش ها: رده سلولی سرطانی معده، تحت تابش میدان الکترومغناطیسی در دو شدت میدان 25/0 و 5/2 میلی تسلا و دو نوع تابش پیوسته و ناپیوسته قرار گرفتند و با یک گروه کنترل که تحت تابش قرار نداشت، مقایسه شدند. پس از استخراج RNA از سلول ها، سنتز cDNA انجام شد و با استفاده از روش Real Time PCR تغییرات بیان دو microRNA بررسی و نتایج انالیز اماری شدند.نتایج: بر اساس نتایج میزان بقای سلول ها در تابش میدان‌های الکترومغناطیسی نسبت به کنترل کاهش معنی‌داری نشان داد. افزایش میزان بیان miR-21 و miR-29 در هر دو میدان‌ الکترومغناطیسی با افزایش شدت میدان معنی دار بود. همچنین با افزایش بیان miR-21 و miR-29 در هر دو نوع تابش میزان زنده ماندن سلول‌ها کاهش معناداری نشان داد.بحث: نتایج مشخص نمود تابش میدان‌های الکترومغناطیس با فرکانس بسیار پایین در رده سلولی سرطان معده سبب افزایش بیان miR-21 و miR-29 شده که تایید تحقیقات بیشتر می تواند ان را بعنوان بیومارکر مولکولی برای سرطان معده مطرح نماید.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

49. بررسی تاثیر نانوذرات نقره بر بیان ژن per1-bla در جدایه های baumannii Acinetobacter مقاوم به آنتی بیوتیک، با استفاده از روش PCR Time Real quantitative

توحید پیری قراقیه؛ سیدعطاله سادات شاندیز؛ شیدا بیرانوند

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 26 آذر 1399

چکیده

  اسینتوباکتر بومانی یکی از عوامل پاتوژن شایع بیمارستانی است که به دلیل تولید بیوفیلم به بسیاری از آنتی بیوتیک ها مقاوم شده و درمان آن را مشکل ساخته است.در این مطالعه تجربی، سویه های اسینتوباکتر بومانی از 100 نمونه بالینی جداسازی شد. بعد از شناسایی سویه های اسینتوباکتر بومانی و تعیین مقاومت میکروبی آن، سویه های تشکیل دهنده بیوفیلمی با ...  بیشتر اسینتوباکتر بومانی یکی از عوامل پاتوژن شایع بیمارستانی است که به دلیل تولید بیوفیلم به بسیاری از آنتی بیوتیک ها مقاوم شده و درمان آن را مشکل ساخته است.در این مطالعه تجربی، سویه های اسینتوباکتر بومانی از 100 نمونه بالینی جداسازی شد. بعد از شناسایی سویه های اسینتوباکتر بومانی و تعیین مقاومت میکروبی آن، سویه های تشکیل دهنده بیوفیلمی با استفاده از روش واکنش زنجیره ای پلی مرازی (PCR) شناسایی شدند. میزان MIC (Minimum Inhibitory Concentration) سویه ها علیه نانوذرات نقره تعیین شد، تیمار سویه ها با غلظت زیر حد مهارکنندگی (SubMIC)‌ انجام گرفت و استخراج RNA و سنتز cDNA انجام گرفت. در نهایت، ارزیابی بیان ژن تشکیل بیوفیلم bla-per1 با استفاده از روش Real Time PCR مورد بررسی قرار گرفت. از میان 100 نمونه بالینی، 12 نمونه مربوط به اسینتوباکتر بومانی بودند که به تمامی آنتی بیوتیک ها بجز کلیستین مقاوم بودند. نتایج PCR نشان داد که تمامی 12 سویه دارای ژن bla-per1 بودند و دارای بیوفیلم بودند. نتایج Real Time PCR نشان داد که به دنبال تیمار سویه ها با غلظت SubMIC نانوذرات نقره، تمامی سویه ها دارای کاهش بیان معناداری در ژن bla-per1 (P

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

50. ارزیابی بیان موقت ژن های AS1 و 4'CGT در ﮔﻠﺒﺮگ‌ﻫﺎی بنفشه آفریقایی ﺑﺎ سیستم اﮔﺮواﯾﻨﻔﯿﻠﺘﺮﯾﺸﻦ جهت تولید رنگ جدید در گل

امیر رجبی؛ لیلا فهمیده؛ مجتبی کیخاصابر؛ ولی اله قاسمی عمران

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 17 دی 1399

چکیده

  تولید ارقام زینتی با رنگ‌های جدید هدف اصلی در صنعت گل و گیاهان زینتی است. بنفشه آفریقایی از لحاظ تجاری به خوبی شناخته شده و در رنگ‌های مختلفی به جز گل زرد موجود است. این پژوهش با هدف تغییر رنگ گلبرگ‌های بنفشه آفریقایی و تولید مسیر بیوسنتزی رنگدانه آئورون از طریق دست‌ورزی ژنتیکی ژنهای AS1 و 4'CGT انجام شد. بدین منظور‌، این ژن‌ها با استفاده ...  بیشتر تولید ارقام زینتی با رنگ‌های جدید هدف اصلی در صنعت گل و گیاهان زینتی است. بنفشه آفریقایی از لحاظ تجاری به خوبی شناخته شده و در رنگ‌های مختلفی به جز گل زرد موجود است. این پژوهش با هدف تغییر رنگ گلبرگ‌های بنفشه آفریقایی و تولید مسیر بیوسنتزی رنگدانه آئورون از طریق دست‌ورزی ژنتیکی ژنهای AS1 و 4'CGT انجام شد. بدین منظور‌، این ژن‌ها با استفاده از PCR با آغازگرهای اختصاصی از گلبرگ گل میمون زرد جداسازی و بترتیب در ناقل بیانی pCAMBIA1304 وpBI121 اتصال گردید. پلاسمیدهای نوترکیب4'CGT +pBI121 وAS1 ‌pCAMBIA1304+ با استفاده از بررسی‌های Colony PCR، هضم آنزیم، توالی‌یابی و هم‌ردیف سازی آن‌ها در بانک اطلاعاتی، مورد تایید قرار گرفت. سپس به روش الکتروپوریشن به آگروباکتریوم سویه LBA4404 منتقل و با استفاده از سیستم بیان موقت در گلبرگ‌های گیاه بنفشه آفریقایی مورد بررسی قرار گرفت. در این سیستم سوسپانسیون آگروباکتریوم حامل سازه‌ ژنی با استفاده از سرنگ در پایه گلبرگ‌ها تزریق شد. نتایج مورفولوژیکی پس از 3 روز به وضوح تغییر رنگ گلبرگ‌های سفید به زرد کم رنگ را نشان داد و هیچ تغییری در گلبرگ‌های شاهد مشاهده نشد. آنالیزPCR و مشاهده با میکروسکوپ نوری بترتیب بیان ژن وتغییرات فنوتیپی را تایید کردند. همچنین آئوروسیدین-6-او- گلوکزید (AOG) با استفاده از HPLC-DAD-MSn در گلبرگ‌های تراریخت شناسایی شد. با بکارگیری این سیستم می‌توان سازه ژنی را با اعتماد بیشتری برای تراریختگی دائم به گیاهان زینتی انتقال داد. همچنین این پژوهش می‌تواند راهی را برای مهندسی ایجاد رنگ زرد در گونه‌های گیاهان زینتی که فاقد این نوع رنگ هستند باز نماید.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

51. مطالعه‌ی مولکولی بیان ژن بیوفیلم icaD تحت اثر عصاره گیاهان زنجبیل و کنگر فرنگی در باکتری Staphylococcus aureus

متین قدرت؛ هادی حبیب الهی؛ محمد رضا صفری مطلق

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 29 دی 1399

چکیده

  بیوفیلم تجمعی از باکتری‌ها می‌باشد که باعث افزایش اتصال به سطوح بیولوژیکی و غیربیولوژیکی شده و در باکتری Staphylococcus aureus باعث ایجاد بیماری‌زایی و عفونت می‌گردد. ژن‌های اپرونی icaABCD در این امر دخالت دارند. ژن icaD نقش مهمی در حداکثر بیان آنزیم N – استیل گلوکزآمین ترانسفراز دارد و منجر به بیان فنوتیپیک پلی‌ساکارید خارج‌سلولی در S. aureus ...  بیشتر بیوفیلم تجمعی از باکتری‌ها می‌باشد که باعث افزایش اتصال به سطوح بیولوژیکی و غیربیولوژیکی شده و در باکتری Staphylococcus aureus باعث ایجاد بیماری‌زایی و عفونت می‌گردد. ژن‌های اپرونی icaABCD در این امر دخالت دارند. ژن icaD نقش مهمی در حداکثر بیان آنزیم N – استیل گلوکزآمین ترانسفراز دارد و منجر به بیان فنوتیپیک پلی‌ساکارید خارج‌سلولی در S. aureus می‌شود. در این تحقیق، تأثیر ضد میکروبی عصاره زنجبیل و کنگر فرنگی بر روی دو سویه از باکتری S. aureusبر اساس تست آنتی‌بیوگرام مطالعه گردید. همچنین پس از آزمون‌های پایین‌ترین غلظت مهارکنندگی (MIC) و پایین‌ترین غلظت باکتری‌کشی (MBC)، با استفاده از تکنیک Real time PCR، میزان بیان ژن بیوفیلم icaD تحت تیمار عصاره کنگر فرنگی و عصاره زنجبیل در سویه‌های مورد مطالعه ارزیابی شد. نتایج حاصل از آزمون انتشار از دیسک نشان داد که غلظت 100 میلی‌گرم بر میلی‌لیتر عصاره زنجبیل و نیز کنگر فرنگی در سویه استاندارد و پاتوژن استافیلوکوکوس اورئوس، به ترتیب هاله عدم رشد 15 میلی‌متری و حدود 9 میلی‌متری ایجاد می‌کند. آزمون MIC نیز نشان داد که سویه‌های مورد مطالعه در غلظت 5000 میکروگرم بر میلی‌لیتر عصاره‌های گیاهی نیز توان رشد دارند. نتایج حاصل از بررسی میزان بیان ژن icaD تحت تأثیر عصاره‌های کنگر فرنگی و زنجبیل در سویه استاندارد بیانگر افزایش بیان این ژن بود ولی در سویه پاتوژن استافیلوکوکوس اورئوس، عصاره زنجبیل و کنگر فرنگی با اختلاف معنی دار P0.01 به ترتیب منجر به کاهش قابل توجه بیان ژن icaD به حدود 28 درصد و 10 درصد نمونه کنترل شدند.

---

• مشاهده مقاله

مقاله مروری میکروبیولوژی

52. مروری بر فیلوژنتیک و سیتوپاتوژنز فیلوویروس‌ها، رتروویروس‌ها و کرونا ویروس‌های منتقل شونده از خفاش به انسان

منصور خالدی؛ ندا یوسفی نوجوکامبری؛ حامد افخمی؛ فاطمه ثامنی؛ سجاد یزدان ستاد

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 06 بهمن 1399

چکیده

  فیلوویروس‌ها، ویروس‌های رشته‌ای، پوشینه‌دار و دارایRNA تک رشته با قطبیت منفی هستند. ویروس‌های این خانواده از جمله ماربوگ و ابولا با خروج از مخزن خود و انتقال به انسان، موجب بروز تب‌های خونریزی دهندۀ حاد و کشنده می‌شوند. از این‌رو این خانواده ویروسی تهدیدهای جدی و خطرناکی برای سلامت جامعه به‌شمار می‌روند. در سال‌های اخیر خفاش‌ها ...  بیشتر فیلوویروس‌ها، ویروس‌های رشته‌ای، پوشینه‌دار و دارایRNA تک رشته با قطبیت منفی هستند. ویروس‌های این خانواده از جمله ماربوگ و ابولا با خروج از مخزن خود و انتقال به انسان، موجب بروز تب‌های خونریزی دهندۀ حاد و کشنده می‌شوند. از این‌رو این خانواده ویروسی تهدیدهای جدی و خطرناکی برای سلامت جامعه به‌شمار می‌روند. در سال‌های اخیر خفاش‌ها به‌طور فزاینده‌ای به‌عنوان مخازن بالقوه برای این ویروس‌ها و پدیدار شدن عفونت‌های ناشی از آنها‌ شناخته شده‌اند. خفاش‌ها در تمام قاره‌ها به‌جز مناطق قطبی و چند جزیره اقیانوسی یافت می‌شوند. ماهیت رژیم غذایی آنها از گیاهان، حشرات و حیوانات متنوع است. تنوع گونه‌های خفاش و برخی از ویژگی‌های بیولوژیکی و اکولوژیکی منحصر به فرد آنها، موجب شده که به‌عنوان میزبانانی برای انواع بی‌شماری از عوامل عفونی مهم در پزشکی مانند ویروس‌های ماربوگ، ابولا و کرونا مطرح باشند. مطالعه حاضر به بررسی روابط فیلوژنتیک فیلوویروس‌ها و رتروویروس‌های کلاس VI و VII خفاش و انتقال آن‌ها به انسان از جنبه‌های سیتوپاتوژنز آن‌ها می‌پردازد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

53. بهبود تولید و مقاومت به اتانل در مخمر ساکارومایسس سرویزیه با راهبرد مهندسی تکاملی با استفاده از تنش 1-بوتانل

فاطمه شیخی؛ خسرو رستمی؛ مهرداد آذین؛ محمدعلی اسداللهی؛ منصور ابراهیمی؛ پیام غیاثی؛ امیر فیضی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 08 بهمن 1399

چکیده

  در فرایند تولید بیواتانل، عوامل بسیار مهمی وجود دارد که کارایی تولید را تحت تاثیر قرار می‌دهد. تجمع اتانل در طول فرآیند تخمیر و اثر بازدارندگی بر رشد اجتناب‌ناپذیر است. افزایش تحمل به اتانل در سویه ساکارومایسس سرویزیه منجر به افزایش قدرت بقا و در نهایت افزایش تولید اتانل خواهد شد. رویکرد مهندسی تکاملی یک راهبرد مناسب برای بهبود صفت ...  بیشتر در فرایند تولید بیواتانل، عوامل بسیار مهمی وجود دارد که کارایی تولید را تحت تاثیر قرار می‌دهد. تجمع اتانل در طول فرآیند تخمیر و اثر بازدارندگی بر رشد اجتناب‌ناپذیر است. افزایش تحمل به اتانل در سویه ساکارومایسس سرویزیه منجر به افزایش قدرت بقا و در نهایت افزایش تولید اتانل خواهد شد. رویکرد مهندسی تکاملی یک راهبرد مناسب برای بهبود صفت تحمل به اتانل در سویه ساکارومایسس سرویزیه است. سازوکار اثر سمیت الکل‌های کوتاه زنجیره بر مخمر مشابه است. در تحقیق حاضر، سویه آزمایشگاهی ساکارومایسس سرویزیه CEN PK 113-7D باراهبرد مهندسی تکاملی طی یک دوره کشت 144 روزه تحت تنش 1- بوتانل قرار گرفت و نرخ ویژه رشد (µ) سویه تکامل یافته از h-1 048/0بهh-1 084/0 ارتقا یافت. افزایش تحمل به تنش 1- بوتانل منجر به افزایش تحمل به اتانل و همچنین افزایش تولید اتانل در سویه تکامل یافته شد. میزان تولید اتانل از 50/68 گرم بر لیتردر سویه والد به 02/87 گرم بر لیتر در سویه تکامل یافته افزایش یافت. نتایج تعیین توالی کل ژنوم سویه‌‌های تکامل یافته و مقایسه آن با سویه والد تغییرات پلی‌مورفیسم تک نوکلئوتیدی ژن‌های درگیر در این صفت را آشکار نمود. تغییرات در ژن‌هایی مثل PGM2,MTH1, TCB1 YAP1801, UBP2, IAH1 CIA1, و FAB1 ایجاد شده بود که این ژن‌ها در ارتباط با انتقال مواد درون سلول و مسیرهای دخیل در ترکیب و ساختار غشاء سیتوپلاسمایی، ساختار دیواره سلولی، متابولیسم قند و لیپیدها بودند. در تحقیق حاضر، برای اولین بار اهمیت گروه جدیدی از ژن‌های دخیل در افزایش تحمل به اتانل گزارش شده است.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

54. شناسایی و پیشگویی میکروRNA جدید و بیماری هموفیلی A

حلیمه رضائی؛ مجید متولی باشی؛ سید جواد مولی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 15 بهمن 1399

چکیده

  جهش‌های متنوعی در لکوس فاکتور VIII منجر به ایجاد اختلال خونریزی وابسته به X در هموفیلی A می‌شود. یکی از دلایل اصلی در درمان‌های ناکارامد برای بیماری هموفیلی A، عدم وجود روشی حساس و اختصاصی به منظور تشخیص به موقع می-باشد. میکروRNAها به علت داشتن پایداری در مایعات بدن و توانایی بالا در شناسایی، می‌توانند به‌عنوان نشانگرهای زیستی در تشخیص ...  بیشتر جهش‌های متنوعی در لکوس فاکتور VIII منجر به ایجاد اختلال خونریزی وابسته به X در هموفیلی A می‌شود. یکی از دلایل اصلی در درمان‌های ناکارامد برای بیماری هموفیلی A، عدم وجود روشی حساس و اختصاصی به منظور تشخیص به موقع می-باشد. میکروRNAها به علت داشتن پایداری در مایعات بدن و توانایی بالا در شناسایی، می‌توانند به‌عنوان نشانگرهای زیستی در تشخیص و پیش‌بینی مورد استفاده قرار گیرند. همچنین ارتباطی بین تغییر سطوح بیانی میکروRNAها با آغاز و پیشرفت هموفیلی A گزارش شده است. هدف مطالعه حاضر شناسایی و پیشگویی میکروRNA جدید و معرفی آن به‌عنوان تنظیم کننده ژن FVIII می‌باشد. توانایی بیان میکروRNA جدید در لکوس FVIII از طریق پایگاه‌های اطلاعاتی معتبر از قبیل SSCprofiler، RNAFold، miREval، FOMmiR، MaturBayes، miRFIND، UCSC genome browser ، Deep Sequencing و miRBase مطالعه شد. با تجزیه و تحلیل داده‌ها از پایگاه‌های اطلاعاتی مورد نظر، یک ساختار ساقه-حلقه برای بیان میکروRNA جدید شناسایی و پیشگویی شد. ساختار ساقه-حلقه ارائه شده را بعد از مرحله تایید آزمایشگاهی می‌توان به‌عنوان نشانگر زیستی در تشخیص و تنظیم ژن فاکتور VIII مورد استفاده قرار داد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیولوژی سلولی

55. ناهنجاری‌های کروموزومی القاء شده توسط فلزات سنگین در گیاه گلپر (Heracleum persicum Desf. ex fisch)

فاطمه حاج مرادی؛ فاطمه علیجانی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 15 بهمن 1399

چکیده

  باتوجه به رشد فزآینده آلاینده ها در محیط زیست، به منظور تعیین اثر تخریبی فلزات سنگین بر کروموزوم ها از انتهای ریشه‌ی گیاهان گلدار استفاده می‌شود. گیاه گلپر (Heracleum persicum Desf. ex fisch.) از تیره چتریان (َApiaceae) می باشد که دارای اهمیت غذایی و دارویی فراوانی است. هدف از این مطالعه مقایسه اثر برخی فلزات سنگین مانند سرب، مس و روی در چرخه میتوزی انتهای ...  بیشتر باتوجه به رشد فزآینده آلاینده ها در محیط زیست، به منظور تعیین اثر تخریبی فلزات سنگین بر کروموزوم ها از انتهای ریشه‌ی گیاهان گلدار استفاده می‌شود. گیاه گلپر (Heracleum persicum Desf. ex fisch.) از تیره چتریان (َApiaceae) می باشد که دارای اهمیت غذایی و دارویی فراوانی است. هدف از این مطالعه مقایسه اثر برخی فلزات سنگین مانند سرب، مس و روی در چرخه میتوزی انتهای ریشه گیاه گلپر می باشد. به این منظور انتهای ریشه این گیاه توسط غلظت های افزایشی (50، 100، 150، 200 پی پی ام) از فلزات سرب، روی و مس تیمار شدند. این مطالعه اولین گزارش از اثر فلزات سنگین در تقسیم میتوزی گیاه گلپر می‌باشد. بر اساس داده‌های حاصل، شاخص میتوزی و درصد ناهنجاری‌های کروموزومی محاسبه شدند. داده‌ها نشان دادند که تراکم فلزات سنگین با ممانعت از ورود سلول‌های انتهای ریشه به تقسیم میتوزی باعث کاهش قابل ملاحظه شاخص میتوزی شدند. ناهنجاری‌های میتوزی در سلول‌های انتهای ریشه، در تمام تیمارها افزایش وابسته به غلظت نشان دادند. از جمله ناهنجاری‌های میتوزی می‌توان به چسبندگی کروموزوم، میکرونوکلئوس، کروموزوم سرگردان، پل و جدا شدن زودهنگام کروموزوم‌ها اشاره کرد. نتایج این مطالعه نشان داد سه عنصر سرب، روی و مس به ویژه در غلظت‌های بالا تخریب کننده میتوز در گیاه گلپر می‌باشند. توانایی سمیت ژنی در سه عنصر بررسی شده به ترتیب از سرب به مس و روی دارای روند کاهشی است. با توجه به اهمیت غذایی و دارویی گیاه گلپر، نتایج این مطالعه می‌تواند زنگ خطری برای اثر سمی آلاینده‌های محیطی بر گیاهان و حتی سلامت انسان باشد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی میکروبیولوژی

56. معرفی باکتری های مولد بیودمولسیفایر جدا شده از خاک های آلوده به نفت و سنجش عملکرد آن ها در جداسازی آب از نفت

هدی سباتی؛ حسین معتمدی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 06 اسفند 1399

چکیده

  بیودمولسیفایرها گروهی از ترکیبات بیوسورفاکتانت با توانایی شکست امولسیون هستند که مهم‌ترین کاربردشان در جداسازی آب از نفت خام است. این ترکیبات با توجه به زیست‌سازگاری جایگزین خوبی برای دمولسیفایرهای شیمیایی هستند. هدف از این پژوهش، جداسازی باکتری‌های مولد بیودمولسیفایر و سنجش عملکرد آن‌ها در شکست امولسیون‌های آب از نفت می‌باشد. ...  بیشتر بیودمولسیفایرها گروهی از ترکیبات بیوسورفاکتانت با توانایی شکست امولسیون هستند که مهم‌ترین کاربردشان در جداسازی آب از نفت خام است. این ترکیبات با توجه به زیست‌سازگاری جایگزین خوبی برای دمولسیفایرهای شیمیایی هستند. هدف از این پژوهش، جداسازی باکتری‌های مولد بیودمولسیفایر و سنجش عملکرد آن‌ها در شکست امولسیون‌های آب از نفت می‌باشد. بدین منظور پس از نمونه برداری، جداسازی اولیه در محیط کشت پایه نمکی، غنی‌سازی در محیط کشت مولرهینتون براث و خالص‌سازی با تکنیک کشت پی‌درپی در محیط کشت مولر هینتون آگار انجام شد. تولید بیوسورفاکتانت توسط جدایه‌ها از طریق روش‌های کیفی مانند بررسی فعالیت همولیتیک، آزمون انهدام قطره، آزمون گسترش نفت و سنجش هیدروفوبیسیته سلولی براساس اندازه‌گیری چسبندگی میکروبی به هیدروکربن‌ها ارزیابی گردید. ماهیت بیودمولسیفایری این ترکیبات و موقعیت آن‌ها در سلول از طریق بررسی میزان شکست امولسیون‌های آب در نفت سفید در آزمون دمولسیفیکاسیون بررسی شد. جدایه‌های مولد بیودمولسیفایر بر اساس آزمون‌های بیوشیمایی وآنزیمی و نیز رنگ آمیزی به عنوان Bacillus sp. HS9، Staphylococcus sp. HS10، Bacillus sp. HS11، Bacillus sp. HS12 شناسایی شدند. میزان دمولسیفیکاسیون این جدایه‌ها در شکست امولسیون آب در نفت سفید به ترتیب 3±25، 5±57/28، 1±14/27 و 1±57/51 درصد گزارش شد. از میان جدایه‌ها، جدایه‌ی Bacillus sp. HS12 بیشترین درصد دمولسیفیکاسیون را نشان داد. با توجه به توانایی دمولسیفیکاسیون این جدایه‌ها، پیشنهاد می شود با هدف کاربردی شدن جدایه ها از جمله افزایش استحصال نفت و حذف امولسیون های نامطلوب نفتی در صنایع بالادستی، توانایی امولسیون زدایی جدایه ها در نفت خام و شرایط عملکردی کارخانجات نمک زدایی بررسی گردد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیولوژی مولکولی

57. خالص سازی و محلول‌سازی همزمان جسم‌توده‌ای MO-CBP2 با استفاده از شیب اوره

فاطمه ولایتی پور؛ سعید امین زاده؛ سید عبدالحمید انگجی؛ فاطمه فتوحی چاهوکی؛ مرضیه قلاسی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 11 اسفند 1399

چکیده

  امروزه بیان هترولوگ پروتئین‌ها نقشی کلیدی در بیوتکنولوژی و صنعت دارد. تشکیل اجسام توده‌ای در بیان هترولوگ پروتئین‌ها، به خصوص بیان پروتئین‌های یوکاریوتی در میزبان‌های پروکاریوت که معروف‌ترین آن‌ها E. coli است؛ یکی از پردردسر‌ترین چالش‌ها برای محققان می باشد. تشکیل جسم توده‌ای اغلب به دلیل بیان بالا، پیوند‌های دی‌سولفیدی، بار ...  بیشتر امروزه بیان هترولوگ پروتئین‌ها نقشی کلیدی در بیوتکنولوژی و صنعت دارد. تشکیل اجسام توده‌ای در بیان هترولوگ پروتئین‌ها، به خصوص بیان پروتئین‌های یوکاریوتی در میزبان‌های پروکاریوت که معروف‌ترین آن‌ها E. coli است؛ یکی از پردردسر‌ترین چالش‌ها برای محققان می باشد. تشکیل جسم توده‌ای اغلب به دلیل بیان بالا، پیوند‌های دی‌سولفیدی، بار و یا کانفورماسیون خاص پروتئین است. اجسام توده‌ای برخی پروتئین‌ها دارای فعالیت‌اند اما بسیاری نیز باید محلول و مجددا سرشته شوند تا فعالیت خود را به دست آورند. روش‌های سرشته کردن مجدد پروتئین اغلب نه تنها روش‌های چند مرحله‌ای و زمان‌برند بلکه بازده‌ی کمی نیز دارند. در این مطالعه، برای اولین بار پروتئین MO-CBP2 از گیاه گرمسیری مورینگا اولیفرا به صورت هترولوگ بیان شد اما در باکتری E. coli تشکیل جسم توده‌ای داد. روش‌های مختلفی برای جلوگیری از تشکیل جسم توده‌ای و یا سرشته کردن این پروتئین به کار گرفته شد که یکی از کارآمد ترین آن‌ها استفاده از کروماتوگرافی تمایلی ستون نیکل سفارز به همراه شیب غلظت اوره 8-0 مولار بود که با بازده‌ی زیاد، موجب خالص سازی و سرشته شدن مجدد همزمان این پروتئین در مراحل کمتر شد. این روش که در آن می‌توان پروتئین مورد نظر را تا حدود زیادی خالص و محلول کرد می‌تواند به عنوان روشی مناسب و کارآمد پیشنهاد ‌شود.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

58. تنوع باکتری‌های ریزوبیومی جدا شده از گره‌های ریبوزومی ریشه گیاه یونجه آلفا آلفا (Medicago sativa) با استفاده از قطعات برشی ژن 16rRNA

شهرزاد گلابکش؛ شهرزاد خرم نژادیان؛ ابراهیم رجب زاده قطرمی؛ محمد رشنو

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 17 اسفند 1399

چکیده

  گیاه یونجه آلفا آلفا (Medicago sativa)، از منطقه پشمینه‌زار اندیمشک و در فصل بهار سال 1398 جمع آوری شد. پس از کشت همسانه‌های هر جدایه روی محیط آگار مغذی، ویژگی‌های میکروسکپی بررسی شد. جهت بیان ژن 16S rDNA ، باکتری‌های ایزوله شده در محیط YMA در شرایط هوازی و در دمای 25-28 درجه‌ی سانتی‌گراد کشت داده شدند. پرایمرهای عمومی و کامل باکتری سینوریزوبیوم ...  بیشتر گیاه یونجه آلفا آلفا (Medicago sativa)، از منطقه پشمینه‌زار اندیمشک و در فصل بهار سال 1398 جمع آوری شد. پس از کشت همسانه‌های هر جدایه روی محیط آگار مغذی، ویژگی‌های میکروسکپی بررسی شد. جهت بیان ژن 16S rDNA ، باکتری‌های ایزوله شده در محیط YMA در شرایط هوازی و در دمای 25-28 درجه‌ی سانتی‌گراد کشت داده شدند. پرایمرهای عمومی و کامل باکتری سینوریزوبیوم بر اساس ژن 16s rRNA gene sequences از سایت NCBI استخراج و در توالی یابی ژن‌های باکتری‌های جداسازی شده در این مطالعه مورد استفاده قرار گرفتند. ترادف‌های بدست آمده با استفاده از نرم افزار Chromas Pro ویرایش و با استفاده از نرم افزار بلاست در پایگاه‌ داده‌های NCBI مورد تجزیه و تحلیل و مقایسه قرار گرفتند. سه سویه از ریزوسفر گیاه یونجه‌ی آلفا آلفا (Medicago sativa) جداسازی و شناسایی شد. در بررسی میکروسکوپی و ماکروسکوپی 3 سویه باکتری شناسایی شد. باکتری شماره 1 شناسایی شده گرم منفی و با ایجاد کلنی‌های کرم رنگ و برجسته، دومین باکتری گرم منفی و دارای کلنی‌های قرمز رنگ و کلنی باکتری سوم جداشده از گیاه جنس یونجه آلفا آلفا (Medicago sativa) صورتی بود. نتایج توالی‌یابی 16S rRNA سویه جدا شده از ریزوسفر گیاه یونجه را گونه (Sequence ID= CP 021215.1) Sinorhizobium meliloti (باکتری1)(درصد همپوشانی 97 و گپ های بازی ۲ درصد)، باکتری دوم Sequence ID= CP-000738.1)) Sinorhizobium medicae (باکتری 2)(درصد همپوشانی 97 و گپ های بازی ۲درصد) و باکتری سوم (Sequence ID= DQ-145546.1) Sinorhizobium meliloti (درصد همپوشانی 04/96 و گپ های بازی 4 درصد) شناسایی شد.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

59. بهینه سازی فرآیند زی تبدیلی ال تیروزین به ال دوپا توسط سویه جدید باکتری Paenibacillus sp. strain CT4W با استفاده از روش های تک عاملی و تاگوچی

مراحم آشنگرف؛ مینا صیادی؛ محمد مجدی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 17 اسفند 1399

چکیده

  ال-دوپا (3و 4 دی هیدروکسی فنیل ال-آلانین) از زمان ورود آن در ۱۹۶۰، به عنوان داروی طلایی برای درمان بیماری پارکینسون تشخیص داده شده است. در این مطالعه برای نخستین بار پتانسیل سویه جدید باکتریPaenibacillus sp. CT4W با قابلیت تبدیل زیستی ال-تیروزین به ال-دوپا بررسی شد. بهینه سازی پارامترهای موثر بر فرآیند زی تبدیلی ال-تیروزین به ال-دوپا، تحت استراتژی ...  بیشتر ال-دوپا (3و 4 دی هیدروکسی فنیل ال-آلانین) از زمان ورود آن در ۱۹۶۰، به عنوان داروی طلایی برای درمان بیماری پارکینسون تشخیص داده شده است. در این مطالعه برای نخستین بار پتانسیل سویه جدید باکتریPaenibacillus sp. CT4W با قابلیت تبدیل زیستی ال-تیروزین به ال-دوپا بررسی شد. بهینه سازی پارامترهای موثر بر فرآیند زی تبدیلی ال-تیروزین به ال-دوپا، تحت استراتژی سلول در حال استراحت، توسط روش‌های تک عاملی و طراحی تاگوچی انجام شد. براساس نتایج بدست آمده از بهینه سازی به روش تک عاملی، بهترین شرایط برای زی تبدیلی عبارت است از توده زیستی در غلظت 6 گرم در لیتر، یون مس در غلظت 045/0 گرم در لیتر، دمای 30 درجه سیلسیوس، pH برابر 7، دور شیکر 150 و عصاره مخمر در غلظت 1 گرم در لیتر بعنوان سوبسترای کمکی. تحت شرایط بهینه شده فوق غلظت ال-دوپای بدست آمده پس از 16 ساعت گرماگذاری 29/0 گرم در لیتر است. در ادامه از آرایه متعامد L18 طراحی تاگوچی برای بهینه سازی فرآیند استفاده شد. براساس نتایج بدست آمده، بهترین شرایط برای زی تبدیلی عبارت است از ال-تیروزرین در غلظت 5/1 گرم در لیتر، توده زیستی در غلظت 5 گرم در لیتر و یون مس در غلظت 03/0 گرم در لیتر. تحت شرایط بهینه شده فوق غلظت ال-دوپای بدست آمده پس از 20 ساعت گرماگذاری 96/0 گرم در لیتر با راندمان مولی 5/53% است.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیولوژی مولکولی

60. افزایش پایداری دمائی پروتئاز سالینی ویبریو پروتئولیتیکوس AF-2004 با استفاده از جهش زایی هدفمند مکانی

ماتیا سادات برهانی؛ زهرا اعتمادی فر

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 18 فروردین 1400

چکیده

  روش‌های جهش‌زایی هدفمند مکانی، یکی از موثرترین روش‌ها در بهبود فعالیت و پایداری آنزیم‌های صنعتی است. در مطالعه حاضر، اثر جایگزینی آمینواسید آلانین 56 به ایزولوسین، بر پایداری دمائی متالوپروتئاز تولید شده توسط یک باکتری نسبتا هالوفیل به نام سالینی‌ویبریو پروتئولیتیکوس بررسی شد. به منظور تهیه سویه جهش یافته مورد نظر، از پرایمرهای ...  بیشتر روش‌های جهش‌زایی هدفمند مکانی، یکی از موثرترین روش‌ها در بهبود فعالیت و پایداری آنزیم‌های صنعتی است. در مطالعه حاضر، اثر جایگزینی آمینواسید آلانین 56 به ایزولوسین، بر پایداری دمائی متالوپروتئاز تولید شده توسط یک باکتری نسبتا هالوفیل به نام سالینی‌ویبریو پروتئولیتیکوس بررسی شد. به منظور تهیه سویه جهش یافته مورد نظر، از پرایمرهای جهش‌زا (موتاژنیک) و سپس تیمار با آنزیم محدود الاثر Dpn I استفاده شد. ژن جهش یافته حاصله در سازه بیانی pQE80L، به سویه‌های بیانی مختلف اشریشیا کلای (مانند سویه‌های XL1-Blue، BL21(DE3) pLysS و Top10) ترنس‌فورم شد. سپس بیان آنزیم نوترکیب تحت شرایط مختلف کشت، بهینه‌سازی گردید. آنزیم جهش یافته و آنزیم طبیعی، از ژل زیموگرافی استخراج شدند. در نهایت، پایداری دمائی و فعالیت آنزیم جهش یافته و آنزیم طبیعی، بررسی شد. حداکثر میزان بیان آنزیم، با استفاده از سویه میزبانی E.coli BL21 (DE3) pLysS ، در محیط‌کشت Terrificبراث، در حضور IPTG 1 میلی مولار و بعد از 24 ساعت انکوباسیون در دمای°C37، به دست آمد. آنزیم طبیعی و جهش یافته، به ترتیب حدود 42 و 24 درصد از فعالیت خود را بعد از انکوباسیون در دمای °C70 به مدت 20 دقیقه از دست دادند. از طرفی، فعالیت آنزیم جهش یافته نسبت به آنزیم طبیعی، حدود 11 درصد بیشتر بود. بنابراین، فعالیت و پایداری دمائی متالوپروتئاز باکتری سالینی‌ویبریو پروتئولیتیکوس جهش یافته (جایگزینی آلانین 56 به ایزولوسین) نسبت به آنزیم طبیعی بهبود یافت.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

61. تجزیه پروتئوم: شناسایی پروتئین های گیاهی تجمع یافته در روده حشرات کامل Aelia acuminata

محمد سعادتی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 07 اردیبهشت 1400

چکیده

  برهمکنش حشره-گیاه وارد فاز مطالعات مولکولی گردیده است. پروتئومیکس یک تکنیک نسبتا جدید در این زمینه می باشد که می تواند تفاوت بیان پروتئین ها در بافت های مختلف را اندازه گیری نماید. شناسایی پرونئین های گیاهی وارد شده به دستگاه گوارش حشرات یکی از مهمترین چالش ها در اکولوژی تکاملی می باشد. در این مطالعه برای اولین بار تعدادی از پروتئین ...  بیشتر برهمکنش حشره-گیاه وارد فاز مطالعات مولکولی گردیده است. پروتئومیکس یک تکنیک نسبتا جدید در این زمینه می باشد که می تواند تفاوت بیان پروتئین ها در بافت های مختلف را اندازه گیری نماید. شناسایی پرونئین های گیاهی وارد شده به دستگاه گوارش حشرات یکی از مهمترین چالش ها در اکولوژی تکاملی می باشد. در این مطالعه برای اولین بار تعدادی از پروتئین های گیاهی گندم تجمع یافته در روده حشرات کامل سن های Aelia acuminate با استفاده از پروتئومیکیس مورد ردیابی و شناسایی قرار گرفتند. تعدادی مهار کننده آنزیمی شامل سرپین و مهار کننده آلفا-آمیلاز،همچنین تعدادی آنتی اکسیدانت شامل پراکسیداز و دهیدرواسکوربات ردکتاز وتعدادی پروتئین ذاتی مانند کالمودولین، بتا آمیلاز، داکسی میوژنیک اسید سنتاز، سیتوکروم سی، آگلوتینین ایزولستین 3 و هیپوتتیکال پروتئین شناسایی گردیدند. نتایج پیشنهاد می کنند که برای شناسایی پروتئین های موثر در برهمکنش های گیاه و گیاهخوار می توان از پروتئومیکس استفاده نمود و نقش هریک از پروتئین هایی که شناسایی می شوند را در فرایندهای فیزیولوژی مورد بحث قرار داد

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی ژنتیک

62. تجزیه ارتباطی صفات مورفو-فنولوژیک در توتون‌های شرقی (Nicotiana tabacum L.) با نشانگرهای SSR تحت شرایط حضور و عدم حضور گل‌جالیز

مریم طهماسب عالی؛ رضا درویش زاده؛ امیر فیاض مقدم

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 15 اردیبهشت 1400

چکیده

  شناسایی مکان‌های ژنی کنترل کنندة صفات کمّی به ویژه در وضعیّت تنش از موضوع‌های مهم حوزة ژنتیک و به-نژادی است. گل‌جالیز علف‌هرز هلوپارازیت (انگل اجباری) تضعیف کننده توتون (Nicotiana tabacum L.) با اثرات مخرب روی تولید آن است. در این مطالعه واکنش فنوتیپی 89 ژنوتیپ توتون شرقی در برابر انگل گل‌جالیز در قالب طرح پایه بلوک‌های کامل تصادفی با سه تکرار ...  بیشتر شناسایی مکان‌های ژنی کنترل کنندة صفات کمّی به ویژه در وضعیّت تنش از موضوع‌های مهم حوزة ژنتیک و به-نژادی است. گل‌جالیز علف‌هرز هلوپارازیت (انگل اجباری) تضعیف کننده توتون (Nicotiana tabacum L.) با اثرات مخرب روی تولید آن است. در این مطالعه واکنش فنوتیپی 89 ژنوتیپ توتون شرقی در برابر انگل گل‌جالیز در قالب طرح پایه بلوک‌های کامل تصادفی با سه تکرار در طول دو سال متوالی در آزمایشات گلدانی ارزیابی شدند. در هر سال، ژنوتیپ‌ها در دو آزمایش جداگانه؛ یکی در شرایط نرمال (عدم حضور انگل گل‌جالیز) و دیگری در شرایط حضور انگل گل‌جالیز که در آن خاک گلدان‌ها با 06/0 گرم بذر گل‌جالیز مخلوط شد کشت شدند. در آزمایش مولکولی از 26 جفت آغازگر SSR برای تهیه پروفیل مولکولی افراد استفاده شد. مطالعه ساختار جمعیت به عنوان پیش‌نیازی برای انجام تجزیه ارتباط به روش بیزین، نشان داد که دو زیر گروه احتمالی (2=K) در جمعیت مورد مطالعه وجود دارد. بر اساس آمارهD′ 31/4 درصد از جفت مکان‌های SSR به طور معنی‌داری (01/0>P) در عدم تعادل پیوستگی بودند. در تجزیه ارتباط به روش مدل خطی مخلوط بر اساس میانگین تکرارها در دو سال برای هر ژنوتیپ در هر یک از شرایط در رابطه با هر صفت، در مجموع 16 مکان ژنی مرتبط با صفات مورد ارزیابی در سطح احتمال پنج درصد (P

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوشیمی

63. بهینه سازی واکنش های اتّصال آمینو اسید به رزین وَنگ و نشاندار کردن پپتید با کروموفور(6/5)–کربوکسی فلورسین

ریحانه خسروی؛ مرتضی دلیری؛ زهرا عزیزی؛ محمدحسین صنعتی؛ مریم محقق؛ امیر نوروزی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 15 اردیبهشت 1400

چکیده

  متداول ترین روش سنتز پپتیدها، سنتز روی رزین جامد است. در بین انواع رزین، رزین وَنگ (Wang) یکی از رایج ترین آنها است. در این مطالعه روش هایی برای بهبود اتّصال اولین آمینو اسید از انتهای کربوکسیل(C-terminus) به رزین وَنگ و همچنین نشاندار کردن انتهای آمین پپتید سنتز شده با رنگ فلورسنت (6/5)- کربوکسی فلورسین ارائه می شود. پپتید تتراآرژینین(RRRR) بر ...  بیشتر متداول ترین روش سنتز پپتیدها، سنتز روی رزین جامد است. در بین انواع رزین، رزین وَنگ (Wang) یکی از رایج ترین آنها است. در این مطالعه روش هایی برای بهبود اتّصال اولین آمینو اسید از انتهای کربوکسیل(C-terminus) به رزین وَنگ و همچنین نشاندار کردن انتهای آمین پپتید سنتز شده با رنگ فلورسنت (6/5)- کربوکسی فلورسین ارائه می شود. پپتید تتراآرژینین(RRRR) بر روی رزین وَنگ به روش سنتز بر پایه جامد سنتز شده و به انتهای آن رنگ فلورسنت (6/5)- کربوکسی فلورسین متّصل شد. نشاندار کردن پپتید توسط تست کایزر(نین هیدرین) مورد ارزیابی قرار گرفت. بهره واکنش اتّصال اولین آرژینین (Fmoc-Arg(pbf)-OH) توسط آزاد سازی گروه Fmoc(Fluorenylmethyloxycarbonyl chloride) متصل به آن و سنجش میزان جذب ماوراء بنفش آن در طول موج 278 نانومتر مورد اندازه گیری کمّی قرار گرفت. جهت مقایسه بهره واکنش های "اتّصال اوّلین آمینو اسید به رزین" و "نشاندار کردن با رنگ فلورسنت"، از دو گروه فعال کننده معروف کربوکسیل به نام های DIC (N,N’-diisopropyl carbodiimid) وHBTU (N,N,N′,N′-Tetramethyl-O-(1H-benzotriazol-1-yl)uronium hexafluorophosphate) استفاده شد. در اتّصال اوّلین آمینو اسید آرژینین، واکنش گر DIC بهره واکنش را بیشتر از واکنش گر HBTU افزایش می دهد. هر چند لازم است طول زمان انکوباسیون به 17 ساعت افزایش یابد. در حالی که برای نشاندار کردن پپتیدها، HBTU عملکرد بهتری نسبت به DIC دارد. این در حالی است که در اکثر پروتکل ها از DIC برای نشاندار کردن پپتیدها توسط انواع رنگ فلورسنت استفاده شده است و برای اتّصال اوّلین آمینو اسید نیز زمان انکوباسیون بسیار کمتر از 17 ساعت پیشنهاد شده است.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوفیزیک

64. پیشگویی جهش‌های پایدارکننده بالقوه پروتئین اینترفرون بتا-a1 (سینووکس) به‌وسیله شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

کریم مهنام؛ سوگند امیری فر

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 23 خرداد 1400

چکیده

  داروی ایرانی سینووکس (اینترفرون بتا) یک داروی مهم در جلوگیری از پیشرفت بیماری‌ام. اس است و افزایش پایداری آن اهمیت زیادی دارد. در این تحقیق با طراحی پنج جهش برای این پروتئین و انجام شبیه‌سازی دینامیک مولکولی و داکینگ پایدارکننده‌ترین جهش، مشخص شد. برای انجام این کار در ابتدا ساختار طبیعی اینترفرون بتا به درگاه اینترنتی پاپ میوزیک ...  بیشتر داروی ایرانی سینووکس (اینترفرون بتا) یک داروی مهم در جلوگیری از پیشرفت بیماری‌ام. اس است و افزایش پایداری آن اهمیت زیادی دارد. در این تحقیق با طراحی پنج جهش برای این پروتئین و انجام شبیه‌سازی دینامیک مولکولی و داکینگ پایدارکننده‌ترین جهش، مشخص شد. برای انجام این کار در ابتدا ساختار طبیعی اینترفرون بتا به درگاه اینترنتی پاپ میوزیک داده شد تا جهش‌های پایدارکننده پیشگویی شوند. سپس مدل چهار جهش مناسب‌تر پیشگویی شده توسط این سرور و یک جهش ترکیبی (جهش ترکیبی 2 و 3 یا جهش 5) از این پروتئین تهیه شد. سپس مدل هرکدام از این جهش‌ها و ساختار طبیعی به‌طور جداگانه در دماهای 300 و 350 و 400 و 450 و 500 کلوین به مدت 20 نانوثانیه به‌وسیله برنامه گرومکس 5 شبیه‌سازی دینامیک مولکولی شدند. (درمجموع 600 نانوثانیه). سپس پارامترهای ساختاری برای هرکدام از این ساختارها در هر دما در 10 نانوثانیه آخر شبیه‌سازی‌ها محاسبه شد و نمودار دما در برابر میانگین پارامترها رسم شدند و شیب تغییرات ساختاری در اثر افزایش دما برای همه جهش‌ها و ساختار طبیعی به دست آمد تا ساختارهای پایدارتر مشخص شوند. نتایج به‌دست‌آمده نشان داد که جهش شماره سه (G127E) در بین پنج جهش پایداری بیشتری در مقایسه با ساختار اینترفرون طبیعی دارد. بعلاوه قدرت اتصال جهش شماره سه به گیرنده اینترفرون نسبت به حالت وحشی و سایر جهش‌ها بیشتر بود. به نظر می‌رسد که افزایش هیدروفیلیستی اطراف باقی‌مانده 127 در جهش 3 در سطح پروتئین منجر به افزایش حلالیت و پایداری بیشتر آن در خارج از بدن شده است.

---

• مشاهده مقاله

مقاله پژوهشی بیوتکنولوژی

65. مطالعات مولکولی، بیوانفورماتیکی و تعیین ویژگی های عملکردی آنزیم کتکول 2و3 دی‌اکسیژناز از سویه Aneurinibacillus migulanus Znu12

ثریا محمدزاده؛ نسرین احمدپور؛ زیبا میرزایی؛ وهب جعفریان

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 23 خرداد 1400

چکیده

  کتکول2و3 دی‌اکسیژنازها از آنزیم‌های کلیدی در متابولیسم ترکیبات آروماتیک موجود در باکتری‌های خاک می‌باشند که در زیست‌پالایی نقش بسزایی دارند. هدف از پژوهش حاضر، معرفی آنزیم کتکول 2و3 دی‌اکسیژناز جدید و همچنین بررسی بیوانفورماتیکی و بیوشیمیایی آن در حضور سوبستراهای گوناگون و بررسی فعالیت در گستره‌ی گوناگون pH در جهت استفاده وسیع ...  بیشتر کتکول2و3 دی‌اکسیژنازها از آنزیم‌های کلیدی در متابولیسم ترکیبات آروماتیک موجود در باکتری‌های خاک می‌باشند که در زیست‌پالایی نقش بسزایی دارند. هدف از پژوهش حاضر، معرفی آنزیم کتکول 2و3 دی‌اکسیژناز جدید و همچنین بررسی بیوانفورماتیکی و بیوشیمیایی آن در حضور سوبستراهای گوناگون و بررسی فعالیت در گستره‌ی گوناگون pH در جهت استفاده وسیع از این دسته آنزیم‌ها در صنعت زیست‌پالایی می‌باشد.برای این منظور، توالی رمزکننده آنزیم کتکول 2و3 دی‌اکسیژناز با روش PCRاز سویه Aneurinibacillus migulanus Znu12استخراج، با شماره دسترسی MN197546.1 در NCBI ثبت و درون وکتور pET28a همسانه سازی گردید. بررسی صحت همسانه سازی و عدم تغییر قالب خوانش با استفاده از تعیین توالی تایید شد. پس از تراریخت نمودن سلول‌های E. coli BL21(DE3) بیان پروتئین با روش SDS-PAGE ارزیابی شد. سپس خالص‌سازی، سنجش و بهینه‌سازی فعالیت آنزیم مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج واکنش PCR بر روی ژل آگاروز بیانگر قطعه‌ی ژنومی 915 جفت‌بازی معادل 304 باقی‌مانده آمینو‌اسیدی می-باشد. الکتروفورز با SDS-PAGE نیز تاییدکننده آنزیم تخلیص‌شده‌ی 34 کیلودالتونی از ستون کرماتوگرافی تمایلی نیکل آگاروز بود. بررسی عملکرد بیوشیمیایی آنزیم نیز نشان داد آنزیم در 2/7=pH دارای100 درصد فعالیت ولی در 4/7=pH فقط 70 درصد فعالیت داشت. بررسی ترجیح سوبسترایی نشان داد که کتکول سوبسترای مطلوب‌تری نسبت به پیروگالول و فنول برای آنزیم بود. بررسی نتایج بیوانفورماتیکی تأییدکننده این ترجیح به علت نوع و موقعیت باقی مانده‌های آمینواسیدی جایگاه فعال آنزیم می باشد.

---

• مشاهده مقاله