TY - JOUR ID - 496 TI - مقایسه کارایی یک تابع انرژی دانش‌پایه و یک تابع نیروی دانش‌پایه در نمره‌دهی کمپلکس‌های پروتئین-پروتئین JO - پژوهش‌های سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران) JA - CMR LA - fa SN - 2383-2738 AU - جعفری, رحیم AU - میرزایی, مهدی AU - عرفانی مقدم, مجید AU - صادقی, مهدی AD - دانشجوی دکتری نانو بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس AD - عضو هیئت علمی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، دانشکده پیراپزشکی AD - عضو هیئت علمی دانشگاه تربیت مدرس AD - هیئت علمی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری Y1 - 2015 PY - 2015 VL - 27 IS - 4 SP - 495 EP - 505 KW - : انرژی دانش‌پایه KW - نیرو KW - تابع نمره‌دهی KW - داکینگ پروتئین-پروتئین DO - 2743 N2 - تابع نیروی دانش‌پایه نوعی از توابع نمره‌دهی می‌باشد که از آن در زمینه تشخیص فولد پروتئین‌ها با موفقیت قابل توجهی استفاده شده است. ما در این مطالعه کارایی نوعی تابع انرژی دانش‌پایه و تابع نیروی هم ارز آن را در تشخیص کمپلکس‌های درست پروتئین-پروتئین از کمپلکس‌های نادرست، با یکدیگر مقایسه کردیم. مقدار نیروی کل که از یک جزء کمپلکس (گیرنده/لیگاند) بر جزء دیگر وارد می‌شود به عنوان معیار پایداری کمپلکس، مورد استفاده قرار گرفت. چنین انتظار می‌رود که این نیرو در ساختار طبیعی کمترین مقدار را داشته باشد. جهت ارزیابی کارایی هر روش، دو مجموعه مورد استفاده قرار گرفت که یکی از آنها با الگوریتم داکینگ جسم نرم و دیگری با الگوریتم داکینگ جسم سخت ایجاد شده بودند. نتایج حاصل از این مقایسه نشان می‌دهد نرخ موفقیت مدل انرژی در انتخاب ساختار‌های طبیعی و نزدیک به طبیعی بالاتر از روش نیرو می‌باشد. ظاهرا وابستگی مقدار نیرو به شکل ناحیه اتصال کمپلکس‌ها باعث ایجاد خطاهایی در مدل نیرو شده که سبب نامناسب گردیدن آن در نمره‌دهی کمپلکس‌های داک شده می‌شود. UR - https://cell.ijbio.ir/article_496.html L1 - https://cell.ijbio.ir/article_496_4121d8516e02451be153c17431d20a47.pdf ER -