@article { author = {مجیری, فرزانه and اسماعیلی, احمد and nazarian firoozabadi, farhad and مؤمنی, رضا}, title = {Comparison of intron and exon markers in assessment of genetic diversity between Thymus pubescens}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {27}, number = {3}, pages = {462-472}, year = {2014}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {27314}, abstract = {Thymus pubescens is one of the medicinal plants of Lamiaceae, growing endemically in most regions (especially in north and west) of Iran. Molecular markers were used in genetic diversity studies of medicinal plants for breeding applications. In this study, 30 semi-random primers, including IT (intron targeting) and ET (exon targeting), were used for assessment of genetic diversity among Thymus pubescens accessions. DNA extracted from fresh leaves of Thyme and polymerase chain reaction products were separated on 1.5% agarose gel by electrophoresis. All of primers produced 559 bands which 96% of them were polymorphic. 302 and 257 polymorphic bands belong to IT and ET primers, respectively. The highest polymorphic information content (PIC) and marker index (MI) among IT and ET primers belonged to IT18-1 and ET12-27, respectively. Cluster analysis 0f IT and ET primers, using UPGMA method, Dice's similarity coefficient and DARwin5 software, divided accessions into three and four clusters, respectively. In both dendrogram, the highest genetic similarity showed between two accessions with similar geographical origin. Cluster analysis results were aligned with grouping of principal component analysis. Results of this study revealed that IT primers could discriminate Thymus pubescens accessions in compared with ET primers.}, keywords = {Thyme,Exon,Intron,Cluster analysis,Polymorphism}, title_fa = {مقایسه نشانگرهای اینترونی و اگزونی در ارزیابی تنوع ژنتیکی آویشن کرک‌آلود (Thymus pubescens)}, abstract_fa = {آویشن کرک¬آلود (Thymus pubescens) یکی از گیاهان دارویی خانواده نعناعیان است. با توجه به مشکلات اصلاحی گیاهان دارویی، استفاده از نشانگرها در بررسی تنوع ژنتیکی آنها ابزار قدرتمندی محسوب می¬شود. در این تحقیق جهت تعیین تنوع ژنتیکی آویشن¬های کرک¬آلود از 30 آغازگر نیمه¬تصادفی از دو گروه آغازگرهای اینترونی و اگزونی استفاده شد. پس از مشاهده محصولهای واکنش زنجیره¬ای پلیمراز بر روی ژل آگارز و امتیازدهی باندهای DNA، تجزیه و تحلیل با نرم¬افزار DARwin5 انجام شد. کل آغازگرها 96 درصد چندشکلی نشان داد. بیشترین میزان اطلاعات چندشکلی و شاخص نشانگر در آغازگرهای اینترونی و اگزونی را به ترتیب آغازگرهایIT18-1 و ET12-27 تشکیل دادند. در هر دو گروه آغازگرها بیشترین شباهت ژنتیکی را دو توده با منشأ جغرافیایی یکسان تشکیل دادند و گروه¬بندی تجزیه خوشه¬ای با گروه¬بندی تجزیه مولفه¬های اصلی همخوانی داشت. نتایج نشان داد که آغازگرهای اینترونی بهتر از آغازگرهای اگزونی توانسته توده-های آویشن کرک¬آلود را از هم تفکیک کنند.}, keywords_fa = {آویشن کرک آلود,تنوع ژنتیکی,اگزون,اینترون,چندشکلی}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_502.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_502_e51f0cc4ffe31144fcbbfa3d9fd98278.pdf} }