@article { author = {Jafari, Rahim and Mirzaei, Mehdi and Erfani Moghaddam, Majid and Sadeghi, Mehdi}, title = {Comparing the performance of a knowledge-based potential and a knowledge-based force functions in the scoring of protein-protein complexes}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {27}, number = {4}, pages = {495-505}, year = {2015}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {2743}, abstract = {The knowledge-based force function is a new type of the scoring functions that has been used in the field of protein fold recognition with a noticeable success. In this study we compared the performance of a knowledge-based potential function and its corresponding force function in discrimination of the correct protein-protein complexes from the incorrect ones. The total force imposed by one component (receptor/ligand) upon another was used as a measure of complex stability. This force is expected to be the lowest in the native structure. To test the performance of each method, two decoy sets were used; one generated by soft body docking and the other by rigid body docking algorithms. The results of this comparison show that, for both decoy sets, the success rates in native and near native selections of the energy model are higher than that of the force model. It seems, the dependence of amount of the force on shape of the interface region introduces errors in the later model and therefore makes it inappropriate for the scoring of docked complexes.}, keywords = {knowledge-based potential,force,scoring function,protein-protein docking}, title_fa = {مقایسه کارایی یک تابع انرژی دانش‌پایه و یک تابع نیروی دانش‌پایه در نمره‌دهی کمپلکس‌های پروتئین-پروتئین}, abstract_fa = {تابع نیروی دانش‌پایه نوعی از توابع نمره‌دهی می‌باشد که از آن در زمینه تشخیص فولد پروتئین‌ها با موفقیت قابل توجهی استفاده شده است. ما در این مطالعه کارایی نوعی تابع انرژی دانش‌پایه و تابع نیروی هم ارز آن را در تشخیص کمپلکس‌های درست پروتئین-پروتئین از کمپلکس‌های نادرست، با یکدیگر مقایسه کردیم. مقدار نیروی کل که از یک جزء کمپلکس (گیرنده/لیگاند) بر جزء دیگر وارد می‌شود به عنوان معیار پایداری کمپلکس، مورد استفاده قرار گرفت. چنین انتظار می‌رود که این نیرو در ساختار طبیعی کمترین مقدار را داشته باشد. جهت ارزیابی کارایی هر روش، دو مجموعه مورد استفاده قرار گرفت که یکی از آنها با الگوریتم داکینگ جسم نرم و دیگری با الگوریتم داکینگ جسم سخت ایجاد شده بودند. نتایج حاصل از این مقایسه نشان می‌دهد نرخ موفقیت مدل انرژی در انتخاب ساختار‌های طبیعی و نزدیک به طبیعی بالاتر از روش نیرو می‌باشد. ظاهرا وابستگی مقدار نیرو به شکل ناحیه اتصال کمپلکس‌ها باعث ایجاد خطاهایی در مدل نیرو شده که سبب نامناسب گردیدن آن در نمره‌دهی کمپلکس‌های داک شده می‌شود.}, keywords_fa = {knowledge-based potential,force,scoring function,protein-protein docking}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_496.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_496_4121d8516e02451be153c17431d20a47.pdf} }