@article { author = {Mahboobnia, Pegah and Rafiepour, Mostafa and Mahdian, Reza and behfarjam, farinaz}, title = {Identification of key genes as potential biomarkers involved in triple-negative breast cancer using RNA sequencing transcriptomic data analysis of breast cancer patients compared to healthy individuals}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {}, number = {}, pages = {-}, year = {2022}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Introduction: Triple Negative breast cancer is a common cancer in the world that grows in breast tissue. The disease has became the biggest human health problem worldwide. Therefore, identifying the key genes involved in this disease can be useful in the diagnosis, prognosis and treatment. The aim of this study was to identify genes with significant expression differences affecting triple negative breast cancer using RNA sequencing transcriptomic data analysis of breast cancer patients compared to healthy individuals. Methods: Illumina-sequenced transcriptomic data of three breast cancer patients and four healthy individuals were collected from the NCBI and SRA databases, and after controlling the quality of the readings using FastQC software, the sequences were aligned with Reference genome was performed with STAR software. Finally, featureCounts and DESeq2 softwares were used to investigate the differential expression of genes. Volcano graph was used to show genes with significant expression differences. Results: In this study, 31 genes with differential expression were identified with a significance level of p <0.05. Among these 31 genes, 11 genes showed reduced expression and 20 genes showed increased expression. Among of these gene set, we can mention to NEURL3, UPS34, CACNA1S, ETV3L, RNF223, FABP4, CRYBG3 genes. Conclusion: Studies on these genes indicate their important role in the pathways and molecular processes involved in the pathogenesis of triple negative breast cancer. Therefore, the introduction of these important biomarkers in the vital molecular mechanisms of cells can be very important and unique for diagnostic, therapeutic and preventive purposes.}, keywords = {Breast cancer,Differential gene expression,Transcriptome,NCBI}, title_fa = {شناسایی ژن های کلیدی دخیل در سرطان پستان سه گانه – منفی به عنوان نشانگر زیستی مستعد با استفاده از آنالیز داده‌های ترانسکریپتومی توالی یابیRNA مبتلایان به سرطان پستان در مقایسه با افراد سالم}, abstract_fa = {مقدمه: سرطان پستان از نوع سه گانه – منفی نوعی سرطان شایع در جهان است که در بافت پستان رشد میکند. این بیماری تبدیل به بزرگترین مشکل سلامتی انسان در سراسر جهان شده است. بنابراین شناسایی ژن‌های کلیدی درگیر در این بیماری می‌ در تشخیص، پیشآگهی و درمان مفید باشد. هدف تحقیق حاضر شناسایی ژن‌های با اختلاف بیان معنادار موثر بر سرطان پستان سه گانه منفی است که با استفاده از آنالیز داده‌های ترانسکریپتومی توالی یابیRNA مبتلایان به سرطان پستان در مقایسه با افراد سالم انجام گرفت. روش کار: دادههای ترانسکریپتوم تعیین توالی شده با دستگاه Illumina مربوط به سه فرد مبتلا به سرطان پستان از نوع سه گانه- منفی و چهار فرد سالم از پایگاه داده NCBI و SRA جمعآوری شده و پس از کنترل کیفیت خوانشها با استفاده از نرم‌افزار FastQC، همترازی توالیها با ژنوم مرجع با نرمافزار STAR انجام شد. در نهایت، جهت بررسی بیان افتراقی ژنها، از نرم‌افزارهای featureCounts و DESeq2 استفاده شد و ژن‌های با اختلاف بیان معنادار به کمک نمودار Volcano نمایه گردید. نتایج: در این تحقیق، 31 ژن دارای بیان افتراقی با سطح معنی داری p<0.05 شناسایی شد. در بین این 31 ژن، 11 ژن کاهش بیان و 20 ژن افزایش بیان نشان دادند. از جمله ژنهای شاخص این مجموعه ژنی، میتوان به ژنهای RNF223، ETV3L، CACNA1S، UPS34، NEURL3، CRYBG3 و FABP4 اشاره نمود. نتیجهگیری: بررسی و مطالعات انجام شده در مورد این ژنها حاکی از نقش مهم آنها در مسیرها و فرآیندهای مولکولی درگیر در بیماریزایی افراد مبتلا به سرطان پستان از}, keywords_fa = {Breast cancer,Differential gene expression,Transcriptome,NCBI}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_2214.html}, eprint = {} }