@article { author = {mortazavi, mojtada and shakeri, shahryar and khoshbasirat, farshad and maleki, mahmood}, title = {Investigation and bioinformatics analysis of squalene synthase gene and protein in native strain of Aurantiochytrium}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {31}, number = {3}, pages = {386-397}, year = {2018}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Squalen is a polyunsaturated triterpene with wide range of applications in pharmacy. In this study, production of squalen and bioinformatic analysis of corresponding gene were investigated in native strain of Aurantiochytrium. This strain produced 3.7 and 1.6 g/l biomass and oil rich in squalene, respectivelly. The amount of produced squalene by this strain was assessed as 48.9 mg/l. Also, Aurantiochytrium squalen synthase gene was identified and sequenced by molecular analysis. Using the bioinformatics software's, some of codon parameters were evaluated and graphical chart was drawn. By use of modeling databases and their software's, the modeling process of this enzyme was conducted. The results of modeling confirmed the role of some amino acids as alanine, glutamic acid, leucine in construction of alpha helix structure. These types of studies help in identification of squalene synthase reaction mechanism. Evaluation of these hidden information can improve the knowledge of the squeal-like scalene folding process and the challenges of protein expression and will be effective in the new design of the enzyme.}, keywords = {Squalene,Squalene synthase,Aurantiochytrium}, title_fa = {بررسی و آنالیز بیوانفورماتیک ژن و پروتئین اسکوالن سنتاز در سویه ی بومی آئورانتیوکیتریوم}, abstract_fa = {اسکوالن یک تری ترپن غیر اشباع می باشد که کاربردهای گسترده ای در داروسازی دارد. در این تحقیق تولید اسکوالن و بررسی بیوانفورماتیکی ژن آن در سویه بومی آئورانتیوکیتریوم مورد بررسی قرار گرفت. این سویه به ترتیب به میزان 7/3 و 6/1 گرم بر لیتر بیومس و روغن غنی از اسکوالن تولید می کند. مقدار اسکوالن تولیدی توسط این سویه 9/48 میلی گرم بر لیتر می باشد. همچنین ژن اسکوالن سنتاز از این سویه توسط آنالیز مولکولی شناسایی و تعیین توالی شد. بررسی ویژگی کدونی این توالی از نظر تعداد و درصد آنها، مجموع پورین و پیریمیدین‌ها و رسم نمودار گرافیکی آن به کمک نرم‌افزارهای بیوانفورماتیک انجام شد. به کمک نرم‌افزارها وپایگاه‌های مدل‌سازی، فرایند مدل‌سازی این آنزیم صورت گرفت. مدل به دست آمده، تأیید کننده نقش اسیدهای آمینه آلانین، گلوتامیک اسید، لوسین در ایجاد ساختار آلفا هلیکس می‌باشد. این نوع از مطالعات به شناسایی مکانیسم واکنش آنزیم اسکوالن سنتاز کمک می‌کند. ارزیابی این اطلاعات پنهان می تواند دانش فرایند فولدینگ اسکوالن سنتاز و چالش-های بیان پروتئین را بهبود داده و در طراحی جدید از این آنزیم، موثر واقع شود.}, keywords_fa = {اسکوالن,اسکوالن سنتاز,آئورانتیوکیتریوم}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_1306.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_1306_02f31d086e819a362a159eca9ae9585a.pdf} }