بیوشیمی
احمد آسوده؛ یاسمین خوارزمی خراسانی
مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 31 خرداد 1399
چکیده
امروزه سرطان یکی از عوامل اصلی مرگ و میر در جهان درنظرگرفته میشود. استفاده از روش‌های رایج برای درمان سرطان از جمله شیمی درمانی به دلیل ایجاد مقاومت دارویی و عدم اختصاصی بودن برای تومورها دارای محدودیت های شدهاند. بنابراین، شناسایی روش‌های جدید حائز اهمیت میباشد. پپتیدها به دلیل عواملی نظیر اندازه کوچک، سنتز راحت، فعالیت و ...
بیشتر
امروزه سرطان یکی از عوامل اصلی مرگ و میر در جهان درنظرگرفته میشود. استفاده از روش‌های رایج برای درمان سرطان از جمله شیمی درمانی به دلیل ایجاد مقاومت دارویی و عدم اختصاصی بودن برای تومورها دارای محدودیت های شدهاند. بنابراین، شناسایی روش‌های جدید حائز اهمیت میباشد. پپتیدها به دلیل عواملی نظیر اندازه کوچک، سنتز راحت، فعالیت و ویژگی بالا و تنوع بیولوژیکی توجه دانشمندان را به خود جلب کرده است. از جمله پپتیدهای درمانی که در سالهای اخیر به منظور درمان سرطان مورد توجه قرارگرفتهاند، می‌توان پپتیدهای کاتیونی ضدسرطانی و پپتیدهای نفوذپذیر سلولی را نام برد. در این پژوهش، تعدادی از مطالعات موجود در زمینه پپتیدهای ضدسرطانی و پپتیدهای نفوذپذیر مورد نقد و بررسی قرار گرفتند. نتایج پژوهش حاضر نشان داد که پپتیدهای ضدمیکروبی با خاصیت ضدسرطانی از طریق سازوکارهای غشایی و غیرغشایی بر علیه سلولهای سرطانی و تومورها عمل میکنند. همچنین پپتیدهای نفوذپذیر سلولی کونژوگه شده به عوامل درمانی از طریق غلبه بر مقاومت دارویی به عنوان یک سازوکار موثر در درمان سرطان درنظرگرفته میشوند. علاوه بر این، پپتیدهای ضدسرطانی و نفوذپذیر سلولی به دلیل عواملی همچون سمیت اندک، نحوه عمل و توانایی نفوذ در غشاء سلولی می‌توانند به عنوان یک کاندیدا در درمان سرطان پیشنهاد شوند. با این وجود، مطالعات بیشتری به منظور درک سازوکار عمل این پپتیدهای با پتانسیل درمانی مورد نیاز است.
بیوتکنولوژی
سید احمد عبادی؛ دارا دستان؛ مریم خزایی
مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 06 آذر 1399
چکیده
مدلسازی مولکولی نقش بسیار مهمی در کشف و توسعه داروهای جدید دارد. روش‌های مجازی در کشف داروهای جدید هزینه تولید را بسیار کاهش می‌دهند. مدلسازی مولکولی در توسعه داروهای ضدسرطان جایگاه خاصی دارد. ساختار چهارتایی گوانین یک ساختار ثانویه یکتا است که در برخی از توالی‌های غنی از گوانین تشکیل می‌گردد. ساختار چهارتایی گوانین در فعال‌کننده ...
بیشتر
مدلسازی مولکولی نقش بسیار مهمی در کشف و توسعه داروهای جدید دارد. روش‌های مجازی در کشف داروهای جدید هزینه تولید را بسیار کاهش می‌دهند. مدلسازی مولکولی در توسعه داروهای ضدسرطان جایگاه خاصی دارد. ساختار چهارتایی گوانین یک ساختار ثانویه یکتا است که در برخی از توالی‌های غنی از گوانین تشکیل می‌گردد. ساختار چهارتایی گوانین در فعال‌کننده آنکوژنها تشکیل شده و مانع بیان آنها میشود. بنابراین ترکیبات پایدار کننده چهارتایی گوانین به عنوان هدف درمانی در سرطان شناخته میشوند. در این مطالعه به بررسی برهمکنش پپتید DSM و همچنین طراحی و مدلسازی پپتیدهای پایدار کننده ساختار چهارتایی گوانین پرداخته شده است. براساس نتایج بدست آمده، مهمترین پارامتر در اتصال به ساختار چهارتایی گوانین وجود دو گروه بازی در زنجیره پپتیدی است. در بهترین زنجیرههای بدست آمده (KGREIGYAK و KGREIGMYAK) آمینو اسیدهای لیزین و آرژنین در فاصله مناسب از یکدیگر قرار گرفتهاند و پتانسیل بالایی برای اتصال به چهارتایی گوانین دارند. این آمینو اسیدهای بازی با گروههای فسفات زنجیره DNA پیوندهای یونی تشکیل می‌دهند. آمینو اسید تایروزین با حلقه گوانین برهمکنشهای π-π دارد.
بیوتکنولوژی
مریم ربیعی؛ فرزانه محمدی فارسانی
دوره 32، شماره 3 ، پاییز 1398، ، صفحه 305-318
چکیده
سموم حیوانات حاوی توکسین‌های متعدد با فعالیت‌های فیزیولوژیک مختلف می‌باشند که مشکلاتی همچون واکنش‌های آلرژیک، لخته شدن خون، نکروز، ایست تنفسی ایجاد می‌نمایند. با این حال بررسی‌ها نشان داده است که این سموم می‌توانند به عنوان دارو برای درمان بسیاری از بیماری‌ها مانند سرطان مورد استفاده قرار گیرند. این مولکول‌های زیستی می‌توانند ...
بیشتر
سموم حیوانات حاوی توکسین‌های متعدد با فعالیت‌های فیزیولوژیک مختلف می‌باشند که مشکلاتی همچون واکنش‌های آلرژیک، لخته شدن خون، نکروز، ایست تنفسی ایجاد می‌نمایند. با این حال بررسی‌ها نشان داده است که این سموم می‌توانند به عنوان دارو برای درمان بسیاری از بیماری‌ها مانند سرطان مورد استفاده قرار گیرند. این مولکول‌های زیستی می‌توانند سبب مهار یک پروتئین سلولی، القا آپوپتوز و فرآیندهای دیگر شوند. دیس‌اینتگرین‌ها، یک خانواده از پروتئین‌های کوچک هستند که از سم گونه‌های مار افعی به دست می‌آیند. بررسی‌ها نشان داده است این پپتیدها با ایجاد تداخل در مسیرهای پیام رسانی داخل سلولی می‌توانند فعالیت‌های ضدسرطانی ایفا کنند. در این تحقیق محتوای اسیدآمینه و ساختار توکسین‌های دیس‌اینتگرین به دست آمده از سم گونه‌های مار افعی بررسی شده و ارتباط فیلوژنتیکی آنها ترسیم گردید. جهت بررسی محتوای اسیدآمینه‌ای این توکسین‌ها؛ توالی‌های پروتئینی پپتید مورد نظر، از پایگاه اطلاعاتی NCBI دریافت شد. بررسی‌های مقایسهای این توالی‌ها و رسم درخت فیلوژنتیکی آنها توسط نرم افزار MEGA6صورت گرفت. سپس ساختار تعدادی از این پپتیدها با استفاده از نرم‌افزار Modeller شبیه سازی و با استفاده از نرم‌افزار SPDBV آنالیز شدند. بررسی توالی و محتوای اسیدآمینه‌ای این پپتیدها، منجر به شناسایی ریشه‌های حفاظت شده و مهم در تشکیل ساختار و عملکرد آنها شد. آنالیزهای فیلوژنتیکی نشان داد که دیس‌اینتگرین‌های مورد بررسی را می‌توان در سه گروه تکاملی تقسیم‌بندی نمود. بررسی‌های ساختاری پپتیدهای این سه گروه نیز نشان داد که دیس‌اینتگرین‌های دو گروه با جد تکاملی نزدیکتر، دارای شباهت ساختاری قابل توجهی هستند که تایید کننده‌ی نتایج به دست آمده از بررسی‌های فیلوژنتیکی است.
سوده دهقانی؛ مونا سلیمی؛ نرگس نیکونهادلطف آبادی
دوره 32، شماره 2 ، تابستان 1398، ، صفحه 205-215
چکیده
سابقه وهدف:سرطان پستان،شایع ترین سرطان تشخیص داده شده وعلت اصلی مرگ ناشی از سرطان در میان زنان است.مقاومت دارویی و سمیت سلولی داروهای ضدسرطانی از دلایلی هستند که سبب جستجو برای یافتن عوامل ضدسرطانی جدیدتر شدند و محققان از آزمایشگاه های مختلف،داوطلب یافتن راه حل مناسب تری جهت درمان سرطان هستند.مشتقات هیدرازیدی فعالیت های دارویی مختلفی ...
بیشتر
سابقه وهدف:سرطان پستان،شایع ترین سرطان تشخیص داده شده وعلت اصلی مرگ ناشی از سرطان در میان زنان است.مقاومت دارویی و سمیت سلولی داروهای ضدسرطانی از دلایلی هستند که سبب جستجو برای یافتن عوامل ضدسرطانی جدیدتر شدند و محققان از آزمایشگاه های مختلف،داوطلب یافتن راه حل مناسب تری جهت درمان سرطان هستند.مشتقات هیدرازیدی فعالیت های دارویی مختلفی شامل:ضدباکتریایی، ضدقارچ،ضددرد، ضدالتهاب، ضدافسردگی وفعالیت های ضدسرطانی را از خود نشان دادند.با در نظر گرفتن این نکته،مشتق جدیدی از این سری ترکیبات، ترکیب1، سنتز شده وفعالیت ضد سرطانی آن در محیط In vitro ثابت شد.جهت تایید بیشتر داده های قبلی ،فعالیت ضد توموری این ترکیب در موش های ماده ی BALB/C سرطانی شده با سلول های 4T1مورد بررسی قرار گرفتند. موادوروش ها: سلول های 4T1 کارسینومای پستان(به میزان 106 سلول) به صورتfatpad در ناحیه ی غدد پستانی (اولین پستان در سمت راست هر سر موش در ناحیه ی قفسه ی سینه)موش های ماده ی BALB/Cبه جهت ایجادتومور پستان تزریق شدند. یافته ها: تزریقIP(تزریق داخل صفاقی)سه دوزازترکیب 1 mg/kg)1،10،50 (به طور معنی داری رشد تومور را بعداز سه هفته به تأخیر انداخت.عود رشد تومور در3تا4هفته رخ داد که با نکروز گسترده ونفوذ لکوسیت ها همراه بود که با روش هیستوپاتولوژی تأیید گردید .قابل ذکر است که ترکیب1(1میلی گرم بر کیلوگرم)به طور موثر متاستاز ریه را کاهش داد که توسط مطالعات هیستوپاتولوژی ثابت شد. نتیجه گیری:نتایج ما در مجموع قوی بودن ترکیب 1را به عنوان یک کاندید امیدوارکننده ی شیمی درمانی برای درمان سرطان پستان انسان آشکار کرد.
بیوتکنولوژی
نازنین غلامپور فاروجی؛ علی اکبر حداد مشهدریزه؛ سمانه دولت آبادی
دوره 29، شماره 4 ، زمستان 1395، ، صفحه 409-423
چکیده
گونه‌های اکسیژن فعال که می‌توانند از دو مسیر داخل وخارج سلولی منجربه استرس‌های اکسیداتیو و بیماری‌های ناشی از آن شوند، توسط برخی از آنزیم‌های باکتریایی قابل شناسایی و حذف می‌باشند. لذا پایش ساختاری، عملکردی و آشکارسازی دامنه میزبانی این نوع از آنزیم‌ها، ضمن ارائه راهکارهایی در جهت طراحی سازه‌های ژنتیکی، معرفی گونه‌های باکتریایی ...
بیشتر
گونه‌های اکسیژن فعال که می‌توانند از دو مسیر داخل وخارج سلولی منجربه استرس‌های اکسیداتیو و بیماری‌های ناشی از آن شوند، توسط برخی از آنزیم‌های باکتریایی قابل شناسایی و حذف می‌باشند. لذا پایش ساختاری، عملکردی و آشکارسازی دامنه میزبانی این نوع از آنزیم‌ها، ضمن ارائه راهکارهایی در جهت طراحی سازه‌های ژنتیکی، معرفی گونه‌های باکتریایی با قابلیت پروبیوتیکی را به دنبال خواهد داشت. به این منظور توالی نوکلئوتیدی و پروتئینی ژن‌های katA،katE،*katE، sodA،sodA*،gshR، gshR1، gshR4، trxB1 و trxRاز بانک‌های اطلاعاتی استحصال، پایش ساختاری، عملکردی، ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی، توپولوژیکی، و نیز دامنه میزبانی و قرابت‌‌یابی آنزیم‌های مرتبط صورت پذیرفت. نتایج حاصل از این تحقیق علاوه بر آشکارسازی ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی، ترشحی بودن آنزیم‌های KATE، KATA، KATE* و SODA را آشکار نمود. پایش ساختاری این آنزیم‌ها ضمن معرفی دمین‌های عملکردی و مشترک با قابلیت حذف گونه‌های فعال اکسیژن، تجزیه پراکسید هیدروژن و تنظیم واکنش‌های اکسایش کاهش، دمین‌هایی با قابلیت تحریک پاسخ ایمنی و حذف آمونیاک را در برخی موارد نشان داد. در همین راستا بررسی میل اتصالی آنزیم‌ها به عوامل اکسیدان، میل بالای آنها به ویژه KATA به مولکول - O2را مشخص نمود. همچنین بررسی پراکنش میزبانی این آنزیم‌ها، حضور توالی‌های همگون به‌ویژه شبه توالی‌های مشابه باTRXB1 وTRXR با ارزش مناسب در گونه‌های مختلف از جنس‌های باکتریایی غیر‌میزبانی شامل Weissella،Pediococcus،Leuconostoc،Tetragenococcus، PeptoniphilusوListeria را مشخص نمود، که در این میان حضور 7 نوع توالی کدگذار با قابلیت احتمالی مقاومت به استرس‌های اکسیداتیو در محتوی ژنومی گونه‌های باکتریایی Pediococcus acidilactici، Lactobacillus pentosus و Lactobacillus plantarum آشکار شد.
بیولوژی مولکولی
مصطفی جواهری مقدم؛ حسن آریاپور؛ علی اکبر دهنوخلجی
دوره 28، شماره 2 ، تابستان 1394، ، صفحه 178-190
چکیده
در حال حاضر روش‌های in silico یکی از کم هزینه‌ترین و سریعترین روش‌های موجود جهت طراحی و کشف دارو در زمینه درمان محسوب می گردد. در این مطالعه ما علاقه‌مند شدیم تا با انجام طراحی محاسباتی دارو به روش داکینگ مولکولی ترکیباتی را معرفی کنیم که نقش موثری در مهار پلی‌مریزاسیون توبولین‌ها به عنوان عوامل اصلی تقسیم سلولی در تومورهای سرطانی ...
بیشتر
در حال حاضر روش‌های in silico یکی از کم هزینه‌ترین و سریعترین روش‌های موجود جهت طراحی و کشف دارو در زمینه درمان محسوب می گردد. در این مطالعه ما علاقه‌مند شدیم تا با انجام طراحی محاسباتی دارو به روش داکینگ مولکولی ترکیباتی را معرفی کنیم که نقش موثری در مهار پلی‌مریزاسیون توبولین‌ها به عنوان عوامل اصلی تقسیم سلولی در تومورهای سرطانی دارند. بدین منظور ترکیبات کرومنی که توسط محققین مختلف خواص ضد سرطانی آنها مورد آزمایش قرار گرفته بودند، جمع آوری، و بر اساس جایگاه اتصال آنها به توبولین، آنالوگهای جدیدی طراحی شدند. سپس، با استفاده از روش داکینگ مولکولی توسط نرم افزار آکادمیک AutoDock Vina ترکیبات قویتر شناسایی شدند و برهمکنشهای احتمالی این ترکیبات با جایگاه اتصال کلشیسین در توبولین آنالیز شد. با توجه به اینکه ترکیبات طراحی شده با مقدار انرژی پایینتری نسبت به کلشیسین به ساختار پروتئین داک شدند، می‌توانند به عنوان ترکیبات بالقوه دارویی مورد ارزیابیهای بعدی قرار بگیرند.
