نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 گروه محیط زیست، دانشکده فنی دانشگاه آزاد اسلامی، واحد دماوند، دماوند، ایران.

2 گروه محیط زیست، دانشکده فنی دانشگاه آزاد اسلامی، واحد دماوند، دماوند، ایران

3 گروه شیلات، دانشکده منابع طبیعی دریا، دانشگاه علوم و فنون دریایی، خرمشهر، ایران

4 گروه ایمونولوژی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جندی‌شاپور اهواز، اهواز، ایران؛ مرکز تحقیقات سلولی و مولکولی، دانشگاه علوم

چکیده

گیاه یونجه آلفا آلفا (Medicago sativa)، از منطقه پشمینه‌زار اندیمشک و در فصل بهار سال 1398 جمع آوری شد. پس از کشت همسانه‌های هر جدایه روی محیط آگار مغذی، ویژگی‌های میکروسکپی بررسی شد. جهت بیان ژن 16S rDNA ، باکتری‌های ایزوله شده در محیط YMA در شرایط هوازی و در دمای 25-28 درجه‌ی سانتی‌گراد کشت داده شدند. پرایمرهای عمومی و کامل باکتری سینوریزوبیوم بر اساس ژن 16s rRNA gene sequences از سایت NCBI استخراج و در توالی یابی ژن‌های باکتری‌های جداسازی شده در این مطالعه مورد استفاده قرار گرفتند. ترادف‌های بدست آمده با استفاده از نرم افزار Chromas Pro ویرایش و با استفاده از نرم افزار بلاست در پایگاه‌ داده‌های NCBI مورد تجزیه و تحلیل و مقایسه قرار گرفتند. سه سویه از ریزوسفر گیاه یونجه‌ی آلفا آلفا (Medicago sativa) جداسازی و شناسایی شد. در بررسی میکروسکوپی و ماکروسکوپی 3 سویه باکتری شناسایی شد. باکتری شماره 1 شناسایی شده گرم منفی و با ایجاد کلنی‌های کرم رنگ و برجسته، دومین باکتری گرم منفی و دارای کلنی‌های قرمز رنگ و کلنی باکتری سوم جداشده از گیاه جنس یونجه آلفا آلفا (Medicago sativa) صورتی بود. نتایج توالی‌یابی 16S rRNA سویه جدا شده از ریزوسفر گیاه یونجه را گونه (Sequence ID= CP 021215.1) Sinorhizobium meliloti (باکتری1)(درصد همپوشانی 97 و گپ های بازی ۲ درصد)، باکتری دوم Sequence ID= CP-000738.1)) Sinorhizobium medicae (باکتری 2)(درصد همپوشانی 97 و گپ های بازی ۲درصد) و باکتری سوم (Sequence ID= DQ-145546.1) Sinorhizobium meliloti (درصد همپوشانی 04/96 و گپ های بازی 4 درصد) شناسایی شد.

کلیدواژه‌ها

موضوعات

عنوان مقاله [English]

Variation of rhizobium bacteria isolated from the ribosomal nodes of the root of alfalfa (Medicago sativa) plant using 16rRNA gene shear fragments

نویسندگان [English]

  • Shahrzad Golab Kesh 1
  • Ebrahim Rajabzadeh Ghatromi 3
  • Mohammad Rashno 4

1 Department of Environment, Damavand Branch, Islamic Azad University,Damavand,Iran

3 Department of Fisheries, Faculty of Natural Resources of the Sea, Khormashahr University of Marine Sciences and Technology, Khormashahr, Iran.

4 Department of Immunology, Faculty of Medicine, Ahvaz Jundishapur University of Medical Sciences, Ahvaz, Iran; Cellular and Molecular Research Center, Ahvaz Jundishapur University of Medical Sciences Ahvaz, Iran

چکیده [English]

The alfalfa (Medicago sativa) plant was collected from the area of Andimeshk and in the spring of 2018. To express the 16S rDNA gene, the isolated bacteria were cultured in YMA environment under aerobic conditions and at a temperature of 25-28 °c. Genomic DNA localization was performed using the DNA extraction kit of SINA Gene Co. General and complete primers of sinobium bacteria were extracted from the NCBI site based on 16s rRNA gene sequences, and were used in sequencing the isolated bacteria genes in this study. The sequencing obtained by using Chromas Pro software was edited and compared using blasting software in NCBI database of three strains of alpha-alpha (Medicago sativa) were isolated and identified. The microscopic and macroscopic studies of the bacteria were identified. Bacterium 1 was identified as Gram-negative and caused by cream and embossed colonies, the second Gram-negative bacteria, with red-colored colonies and third bacterial colony isolated from the genus Alfalfa (Medicago sativa) plant. Sequencing results of 16S rRNA strains isolated from the Rhizoum species (Sequence ID = CP 021215.1) Sinorhizobium Meliloti (bacter1) (overlapping percentages 97 and game chats 2 percent), the second bacterium Sequence ID = CP-000738.1)) Sinorhizobium Medicae (bacteria 2) (the overlap percentage of 97 and 2-percent game chats) and third bacteria (Sequence ID = DQ-145546.1) Sinorhizobium meliloti (overlapping percentages 04.96 and 4% game chats) were identified.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Diversity
  • pathogenic bacteria
  • Khak
  • Alfalfa
  • 16rRNA gene