نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 بخش ژنتیک، گروه زیست شناسی، موسسه آموزش عالی نوردانش، میمه، اصفهان، ایران

2 گروه زیست شناسی،دانشکده علوم،دانشگاه اصفهان،اصفهان،ایران

3 پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری،تهران،ایران

چکیده

در سال های اخیرسرطان معده پنجمین علت مرگ و میر در اثر سرطان به شمار می‌رود که خود توجیه مناسبی جهت شناسایی بیومارکرهای مرتبط می باشد. بدین علت برای یافتن اطلاعات بیوانفورماتیکی بیشتر در این رابطه سایت‌های NCBI، miRNASNP، miRBase، phenomiR ، miRWALK2.0 و DAVID مورد استفاده قرار گرفت. مطالعات انجام شده در سایت‌های NCBI بیانگر آن است که یکی از ژن‌های درگیر با این بیماری ژن‌ PSCA در جایگاه کروموزومی 8q24.2 می‌باشد. در این ارتباط به منظور شناسایی میکرو RNAهای مرتبط با آن از پایگاههای داده miRNASNP و miRdSNP استفاده شد. بررسی‌ها در جایگاه rs2976394 مشخص ساخت که آلل C به T تبدیل میشود، که ممکن است براتصال و عملکرد میکرو RNAهای مرتبط با این ناحیه اثر بگذارد. در نهایت hsa-miR-3934 به عنوان یکی از مهمترین میکرو RNAهای مرتبط با این ژن مشخص شده و با توجه به تأیید نقش hsa-miR-3934 در سرطان معده از طریق پایگاههای داده بیوانفورماتیکی از جمله phenomiR، بدست آوردن ژن‌های هدف آن از طریق پایگاه داده miRWALK2.0 و ارزیابی مسیرهای سیگنالی مرتبط با آن با استفاده از پایگاه داده DAVID، این میکرو RNA به منظور آنالیزهای بعدی انتخاب گردید. مطالعات حاصل از این تحقیق مشخص ساخت که در بررسی همراهی آلل‌های این SNP با ابتلا به سرطان معده ارتباط معنادار دارد و همراهی دیده می‌شود. همچنین در مطالعات ارتباط SNP با نمونه‌های هلیکوباکترپیلوری مثبت و متاستاز ارتباط معنادار دیده‌شد. در بررسی ارتباط primary tumor,RLN و stage بیماری با SNP مربوطه مطابقت دیده‌شد. در نهایت بر اساس داده‌ها الگوی توارثی ‌‌‌ Log-additive انتخاب گردید.

کلیدواژه‌ها

موضوعات

عنوان مقاله [English]

Study of association between rs2976394 single nucleotide polymorphism of PSCA gene related to hsa-miR-3934 and suffering from gastric cancer

نویسندگان [English]

  • bahare samadi 1
  • Kamran Ghaedi 2
  • Mohammad Hossein Sanati 3

1 Department of Biology,Faculty of Science,Nourdanesh Institute of Higher Education,Meymeh,esfahan,Iran

2 Devision of Cellular and Molecular Biology,Department of Biology,faculty of Science,Isfahan.iran

3 National Institute og Genetic Engeneering and biotechnology,Shahrak-e-Pajoohesh,km 15,Tehran-Karaj Highway,Tehran,Iran

چکیده [English]

In recent years, gastric cancer ranks as the fifth cause of death and it demands for recognizing biomarkers. To get more information, we used NCBI, miRNA SNP, miRBase, phenomiR, miRWALK2.0 and DAVID data bases as the bioinformatic tools. As was shown in NCBI, one of the genes that showed a close relationship with gastric cancer was PSCA on a locus of 8q2.42. To find recognizing related miRNAs, we used miRNASNP and miRdSNP. There was one SNP of rs2976394, for substitutuion of allele C with T which affected binding affinity of the related microRNA which was hsa-miR-3924. has-miR-3934 has known as one of the most important microRNAs, according to its role in gastric cancer by the data obtained from bioinformatics web sites including phenomiR, and miRWALK2.0. Therefore this miRNA was selected for futrther analyses.Results have shown meaningful association between rs2976394 and incidence of gastric cancer. Also, statistical results have shown significant relation between rs2976394 and H.pylori and metastasis. In addition, there is a conformity between RLN,primary tumor,stage and rs2976394. Finally according to statistical information, Hereditary pattern of Log-additive has chosen.

کلیدواژه‌ها [English]

  • gastric cancer
  • Single nucleotide polymorphism
  • rs2976394
  • PSCA