نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 بیوشیمی،علوم زیستی،تربیت مدرس،تهران،ایران

2 دانشگاه علوم پزشکی بقیه الله(عج)، تهران، ایران

3 گروه بیوتکنولوژی پزشکی، انستیتو پاستور ایران، تهران، ایران

4 گروه بیوشیمی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران

چکیده

قوز قرنیه حالتی نامتقارن از نازک شدن قرنیه است که بطور معمول در سنین نوجوانی بروز کرده و میزان شیوع آن حدود 1 نفر در هر 2000 نفر از جمعیت انسانی می‌باشد. به منظور آشکارسازی تغییرات فراوانی پروتئین‌های نمونه‌ی اشک میان دو گروه بیمار و شاهد، مقدارسنجی پپتیدهای حاصل از هضم پروتئولیتیکی پروتئین‌ها، بدون نشاندار کردن آنها با استفاده از استراتژی الکتروفورز ژلی یک بعدی و کروماتوگرافی مایع-طیف سنجی جرمی متوالی انجام شد. نتایج حاصل از آنالیز آماری نشان داد که از میان 42 پروتئینی که بیان آنها بطور متمایزی متاٌثر از قوز قرنیه تغییر کرده بود، به ترتیب 28 و 14 پروتئین کاهش و افزایش سطح بیان نشان دادند. بر اساس نتایج حاصل شده از آنالیزهای بیوانفورماتیکی مانند آنالیز هسته شناسی ژنی فرآیندهای زیستی که بطور عمده‌ای در اثر تغییرات سطح بیان این زیر مجموعه از پروتئین‌ها در آسیب شناسی بیماری درگیر می‌شوند شامل: فرآیندهای سلولی ( % 1/27)، فرآیندهای متابولیکی (% 2/20)، تنظیم زیستی (% 6/11)، سازماندهی اجزای سلولی (%3/9) و پاسخ به محرک‌ها (%3/9) هستند. همچنین آنالیز هسته شناسی ژنی مرتبط با موقعیت مکانی زیر مجموعه‌ی پروتئینی مذکور حاکی از اختصاص گروه عمده ای از این پروتئین‌ها به فضای داخل سلولی می‌باشد. این قبیل مطالعات پروتئومیک می‌توانند به منظور ارتقای دانش پایه‌ی ما از فرآیندهای زیستی و درک عمیق‌تر مکانیسم‌های زمینه‌ساز بیماری‌ها و نیز در حیطه‌ی تحقیقات بالینی در راستای شناسایی نشانگرهای زیستی بالقوه‌ی بیماری و اهداف دارویی بسیار مفید واقع شوند.

کلیدواژه‌ها

موضوعات

عنوان مقاله [English]

Identification and relative quantification of differential tear-based proteome alterations affected by Keratoconus.

نویسندگان [English]

  • Soodabeh Shafiee 1
  • khosro Jadidi 2
  • Behrouz vaziri 3
  • khosro khajeh 4

1 Biochemistry,Biological Sciences,Tarbiat Modares University,Tehran,Iran

2 Baqiyatallah University of Medical Sciences, Tehran,Iran

3 Medical Biotechnology, Pasteur Institute of Iran, Tehran, Iran

4 Biochemistry, biological sciences, tarbiat modares university, tehran, Iran

چکیده [English]

Keratoconus is an asymmetric condition of corneal thinning that typically occurs in early adulthood and has an estimated prevalence of about 1/2,000 human population. Aimed at revealing alterations in the abundances of tear proteins between two groups of patients and controls, measurements of peptides derived from proteolytic digestion of proteins was performed using one-dimensional gel electrophoresis and liquid chromatography-tandem mass spectrometry strategy. The results of statistical analysis showed that 42 proteins represented differential expression, of those 28 and 14 proteins indicated decreament and increament in their levels of expression, respectively. Based on the bioinformatics analyses of the differentially expressed tear proteins like gene ontology biological processes, the most affected underlying processes include: cellular processes (27.1%), metabolic processes (20/2%), biological regulation (11/6%), cellular compartment organization (9/3%) and response to stimuli (9/3%). Moreover, gene ontology analysis associated with the cellular localization of this protein subset indicated that a large number of these proteins belonge to the intracellular space. Such proteomic studies can enhance our basic knowledge of biological processes and give rise to a deeper understanding of the disease underlying mechanisms as well as in clinical research to identify potential biomarkers for disease and as drug targets.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Proteomics
  • Keratoconus
  • LC-MS/MS
  • Gene Ontology