نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشگاه لرستان

2 عضو هیأت علمی دانشگاه لرستان

چکیده

میکرو RNA‌ها (miRNAs) دسته‌ای از مولکول‌های ریز RNA، غیر کد کننده‌ی درون‌زا، با طولی حدود 24-18 نوکلئوتید محسوب می‌شوند که ژن‌های هدف را در سطح پس از رونویسی در گیاهان کنترل می‌کنند. همچنین این گروه از RNA ها نقش مهمی در رشد و نمو، فرآیندهای زیستی، تکثیر سلولی و پاسخ به تنش‌ها در گیاهان ایفا می‌کنند. تا به امروز، هیچ‌گونه گزارشی از شناسایی miRNA‌ برای عدس ثبت نشده است، این در حالی است که چندین گزارش از وجود miRNA در سایر گونه‌های حبوبات وجود دارد. لذا در مطالعه حاضر به‌منظور پیش‌بینی و تحلیل miRNA‌های حفاظت شده بالقوه و ژن‌های هدفشان در عدس، RNA کل از بافت برگ با استفاده از روش ترایزول استخراج شد و مورد توالی‌یابی قرار گرفت. ابتدا یونی‌ژن‌های غیر‌کننده به پروتئین شناسایی شدند و به‌عنوان توالی‌های کاندید پیش‌ساز miRNA در نظر گرفته شد. در نهایت از بین آن‌ها پنج miRNA با عناوین miR156، miR166، miR167، miR171 و miR391 متعلق به 5 خانواده حفاظت شده miRNA پس از یکسری فیلترهای سخت‌گیرانه شناسایی شد. علاوه بر این، mRNA ژن‌های هدف با استفاده از نواحی جفت شده با miRNAها پیش‌بینی شدند. در مجموع با توجه به نقش تنظیمی میرناهای شناسایی شده بر طیف وسیعی از ژن‌های پایین‌دستی شبکه‌های ژنی، می‌توان از این میرناها به‌عنوان ژن‌های کاندید در برنامه‌های به‌نژادی عدس با هدف بهبود عملکرد کمی و کیفی بهره برد.

کلیدواژه‌ها

موضوعات

عنوان مقاله [English]

Identification and characterization of conserved miRNAs in lentil

نویسندگان [English]

  • Seyed Sajad Sohrabi 1
  • Ahmad Ismaili 2
  • Farhad Nazarian 1
  • Fallahi Hossein 1

1 Lorestan University

2 Lorestan University

چکیده [English]

MicroRNAs (miRNAs) are endogenous, noncoding, small RNA molecules consisting of 18-24 nucleotides (nts) that regulate target genes at the post-transcriptional level in plants. Also, this group of RNAs play a crucial role in development of plant, biological processes, cell proliferation and stress response. To date, no miRNAs have been identified in the lentil species although there are several reports on miRNAs in other legume species. Therefore, in this study, in order to identify and analysis of potential miRNAs and their target genes in lentil, total RNA from leaf tissue was extracted using with TRIzol method and was sequenced. Non-protein coding unigenes were identified and considered for candidates of miRNA precursor. Finally five miRNAs belonging to 5 highly conserved families were identified following a range of strict filtering criteria, designated as, lcu-miR156, lcu-miR166, lcu-miR167, lcu-miR171 and lcu-miR391. In addition, we predicted target mRNA genes form complementary base pair in seed region of miRNAs. Totally, due to the regulatory role of the identified miRNA on changing the range of downstream genes in the gene networks, it may be possible to use the identified microRNA as candidate genes in breeding programs aimed at improving the quality and quantity of lentil.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Computational analysis
  • MicroRNA
  • Secondary structure
  • Lentil
  • miRBase