انجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273827320141122Biological Production of Natural Vanillin Based on the Microbial Conversion of Phenylpropanoidsتولید زیستی وانیلین طبیعی از سوبستراهای فنیل پروپانوئیدی بوسیله زیست تبدیلی با استفاده از سلول های میکروبی3163345072731FAمراحمآشنگرفعضو هیات علمی دانشکده علوم پایه دانشگاه کردستانایرجنحویعضو هیات علمی دانشگاه اصفهانJournal Article20130814The rising popularity of natural aroma products has triggered off significant research activities to use biocatalysts for the production of natural flavor compounds. Vanillin is of major interest for the flavor and fragrance industry. It has been widely used as a flavoring agent in foods, perfumes, beverages, pharmaceuticals and medical industries. Two main approaches for the production of natural vanillin are direct extraction from botanical sources and microbial bioconversion. Considering the various applications of vanillin and increasing consumer-led demand for natural vanillin and also due to the fact that the extraction from botanic sources is very time consuming, expensive and does not satisfy the worldwide demand, alternative biotechnological methods for its production are being constantly explored.<br />Microbial bioconversion has been extensively exploited to make modifications in the structure of the organic compounds. Microbial cells can be efficiently used as a eco-friendly biocatalyst in the conversion of substrates as precursors into value-added products. The current review emphasizes the microbial bioconversion routes involved biological production of natural vanillin based on the microbial conversion of henylpropanoids.گرایش جوامع بشری برای مصرف فرآورده های معطر طبیعی موجب ترغیب محققین در استفاده از زیست واکنشگرهای میکروبی برای سنتز محصولات معطر طبیعی گردیده است. وانیلین بعنوان یکی از ترکیبات آروماتیک طبیعی بطور وسیعی در صنایع بهداشتی، آرایشی، غدایی، دارویی و پزشکی و بویژه در صنعت طعم دهنده ها و خوشبوکننده ها بعنوان یکی از ترکیبات پایه از اهمیت بسزائی برخورداراست. دو روش عمده دستیابی به وانیلین طبیعی شامل استخراج مستقیم از منابع گیاهی و واکنش های زیست تبدیلی میکروبی می باشد. با توجه به کاربرد گسترده وانیلین و افزایش روزافزون تقاضا برای مصرف وانیلین طبیعی و همچنین از آنجایی که استخراج از منابع گیاهی بسیار پرهزینه و زمان بر بوده و به تنهایی قادر به تامین بازارهای جهانی نمی باشد، بنابراین لزوم توسعه فرآیندهای بیوتکنولوژیک جایگزین مناسب الزامی می باشد. زیست تبدیلی با استفاده از سلول های میکروبی بطور وسیعی برای تغییرات در ساختار شیمیایی ترکیبات آلی مورد بهره برداری قرار گرفته است. سلول های میکروبی بعنوان زیست واکنشگرهای کارآمد و سازگار با محیط زیست در تبدیل سوبستراهای بکار گرفته شده بعنوان پیش ساز، به ترکیبات طبیعی با ارزش افزوده بالا کاربرد دارند. در این مقاله مروری، کاربرد زیست تبدیلی میکروبی در تولید زیستی وانیلین طبیعی از پیش سازهای فنیل پروپانوئیدی (ایزواوژنول، اوژنول و اسید فرولیک) مورد مطالعه قرار گرفته است.انجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273827320141122Presentation of Novel Strains of Halophile Bacteria Salinivibrio sp. from Urmia Lakeمعرفی سویه های جدیدی از باکتری نمک دوست Salinivibrio sp. از دریاچه ی ارومیه3353454432732FAعباساخوان سپهیدانشگاه آزاد اسلامیشبنمایران نژاددانشگاه آزاد واحد تهران شمالمحمد علیآموزگارآزمایشگاه اکستریموفیل ها، گروه میکروبیولوژی، دانشکده زیست شناسی، پردیس علوم، دانشگاه تهرانامیرتوکمه چیگروه پاتوبیولوژی و کنترل کیفی، پژوهشکده آرتمیا و جانوران آبزی، دانشگاه ارومیهJournal Article20120823In this research, for the first time identification of moderate halophile microorganism of the genus Salinivibrio was studied, which leaded to identification of novel strains of this genus. Urmia Lake is a hypersaline lake located at the north-west region of Iran and it is the saltiest perennial lake of Iran and one of the rare perennial hyper saturation lakes in the world.<br />At first, samples were collected from different sites of Urmia Lake and transferred to the laboratory under sterile conditions. After enrichment and culture of samples under defined conditions, repeated cultures were carried out to achieve pure cultures. Then selected strains were studied regarding phenotypic and phylogenetic (by sequencing 16S rRNA technique) characteristics. <br />From total strains which were belonged to Salinivibrio sp. , 57% and 43% of the strains showed closest similarity with S. costicola subsp. alcaliphilus and S. sharmensis , respectively.<br />This study is attempted to present of novel genetic pools from great microbial sources of Urmia Lake and especially Salinivibrio sp. that they are the base of wide applications in biotechnological science.در این پژوهش برای اولین بار شناسایی میکروارگانیسم نمک دوست نسبی جنس Salinivibrio از دریاچه ی شور ارومیه مورد مطالعه قرار گرفت که منجر به شناسایی سویه های جدیدی از این جنس گردید. دریاچه ی ارومیه دریاچه ی پرشوری است که در شمال غربی ایران واقع شده و شورترین دریاچه ی دائمی ایران و از معدود دریاچه های فوق اشباع دائمی در جهان می باشد. <br />ابتدا نمونه ها از مناطق مختلف دریاچه ، جمع آوری و در شرایط استریل به آزمایشگاه منتقل شدند. بعد از غنی سازی و کشت نمونه ها در شرایط تعریف شده، برای دستیابی به کلنی های خالص کشت های متوالی انجام گرفت. سپس سویه های منتخب از نظر ویژگی های فنوتیپی و فیلوژنتیکی (به وسیله تکنیک توالی یابی 16S rRNA) مورد مطالعه قرار گرفتند. <br />از بین کل سویه های متعلق به Salinivibrio sp. ، 57% و 43% سویه ها نزدیکترین تشابه را به ترتیب به<br /> S. costicola subsp. alcaliphilus و S. sharmensis نشان دادند.<br />این پژوهش، سعی در ارائه ذخایر ژنتیکی جدید از منابع عظیم میکروبی دریاچه ی ارومیه بخصوص انواع Salinivibrio دارد که پایه کاربردهای وسیعی در دانش بیوتکنولوژی می باشند.انجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273827320141122Treatment of oily wastewaters by Lipase enzyme producing bacteriaتصفیه پساب های روغنی با استفاده از باکتری های تولید کننده آنزیم لیپاز3463534352733FAابوالفضلاژدرپوردانشگاه تربیت مدرسسیدباقرمرتضویاستاد دانشگاه تربیت مدرسغلامرضاموسویاستاد دانشگاه تربیت مدرسJournal Article20111024Abstract<br />Oily Wastewater causes severe environmental pollution and damage to aquatic life. Different methods for treating the wastewater are applied to one of the most important biological methods. Enzymatic treatment of wastewater is also an example of the ways in which biological research has attracted much attention. The purpose of this study, isolation of bacteria producing lipase enzyme and then use them in the oily wastewater treatment. Two separate locations, including Abadan refinery soil and the Behshar Industrial town sewage treatment plant. Among the isolated bacteria, two strains of bacteria belonging to Staphylococcus and Flavobacter was used for subsequent studies. They ranged between 0.6 to 3.25 u/ml of lipase activity. The removal of the oil was measured using gravimetric, for concentrations less than 4 grams per liter to about 95% and for concentrations greater than 4 gr/l ranged from 20 to 50 percent.<br />Keyword: wastewater treatment, oil, lipase, bacteria <br />.پساب های روغنی از جمله پساب هایی است که باعث آلودگی محیط زیست و آسیب شدید به حیات آبزیان می شود. روش های مختلفی برای تصفیه این پساب ها به کار گرفته شده است که یک از مهم ترین آنها روش های بیولوژیکی است. تصفیه آنزیمی فاضلاب نیز نمونه ای از روش های بیولوژیکی است که در تحقیقات اخیر، توجه زیادی را به خود جلب کرده است. هدف از این تحقیق، جداسازی باکتری های تولید کننده آنزیم لیپاز و سپس استفاده از آنها در تصفیه پساب های روغنی بود. دو محل جداسازی شامل خاک پالایشگاه آبادان و تصفیه خانه فاضلاب شهرک صنعتی بهشهر بود. در بین باکتری های جدا شده، دو باکتری که متعلق به سویه های استافیلوکوک و فلاووباکتر بود، برای انجام مطالعات بعدی مورد استفاده قرار گرفت. میزان فعالیت لیپازی آنها بین 6/0 تا 3.25 واحد بر میلی لیتر متغیر بود. همچنین مقدار حذف روغن که با روش گراویمتری اندازه گیری شد، برای غلظت های کمتر از 4 گرم در لیتر حدود 95 درصد و برای غلظت های بیشتر از 4 گرم از 20 تا 50 درصد متغیر بود.انجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273827320141122Design a biosensor to measure glucose by using modified electrode with cadmium oxide nanoparticles and glucose oxidase enzymeطراحی حسگر زیستی اندازه گیری گلوکز با استفاده از الکترود اصلاح شده با نانو ذرات اکسید کادمیوم و آنزیم گلوکز اکسیداز3543664332734FAسعیدرضایی زارچیدانشگاه پیام نور یزدمسعودنگهداریدانشگاه آزاد اسلامی واحد مرودشت، باشگاه پژوهشگران جوان، مرودشت، ایرانJournal Article20111001In this study, we introduced a new biosensor for measurement of glucose by using of glucose oxidase enzyme, cadmium oxide nanoparticles and carbon paste electrode. Size of cadmium oxide nanoparticles were about 43 nm. The results indicated that produced carbon paste electrode modified with cadmium oxide nanoparticles, can facilitates electron transfer in stabilized glucose oxidase enzyme on the electrode surface. In addition, the reduced form of glucose oxidase enzyme could oxidize by solutions oxygen with an electro catalytic reaction, that this oxidation, due to reaction between the oxidized form of glucose and glucose oxidase and this reaction inhibited by glucose. Based on electro catalytic decrease of glucose oxidase enzyme in saturated oxygen solution in the presence of glucose, a new sensor was designed for glucose. Designed sensor has high sensitivity and in linear range of 20 µM to 360 µM and can be used to determine glucose. This biosensor also has very good stability.در این مطالعه ما به معرفی حسگر زیستی جدیدی برای اندازه گیری گلوکز با استفاده از آنزیم گلوکز اکسیداز، نانوذرات اکسید کادمیوم و الکترود خمیر کربن پرداختیم. نانوذرات اکسید کادمیومی که در این تحقیق تهیه و مورد بررسی قرار گرفت، دارای اندازه 43 نانومتر بودند. نتایج بدست آمده از این تحقیق بیانگر این است که الکترود خمیر کربن اصلاح شده با نانو ذرات اکسید کادمیوم سنتزی، می تواند انتقال الکترون را در آنزیم گلوکز اکسیداز تثبیت شده روی سطح الکترود تسهیل نماید. همچنین فرم احیا شده آنزیم گلوکز اکسیداز می تواند بوسیله اکسیژن محلول با انجام یک واکنش الکترو کاتالیتیکی اکسید شود، که این اکسایش، به علت واکنش بین فرم اکسید شده گلوکز اکسیداز و گلوکز، بوسیله گلوکز مهار می شود. بر اساس کاهش پاسخ الکتروکاتالیتیکی آنزیم گلوکز اکسیداز در محلول اشباع از اکسیژن در حضور گلوکز، یک حسگر جدید برای گلوکز طراحی شد. حسگر طراحی شده دارای حساسیت بالا و در محدوده خطی 20 تا 360 میکرومولار می تواند جهت تعیین گلوکز مورد استفاده قرار گیرد. همچنین این حسگر دارای پایداری بسیار خوبی می باشد.انجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273827320141122Teratogenic and cytotoxic effects of Salen, A current ligand in vanadium complexesاثرات تراتوژنیک و سمیت سلولی سالن، یک لیگاند رایج در کمپلکسهای وانادیوم3673764392735FAصابرزهریدانشگاه محقق اردبیلیابوالفضلبضاعت پوردانشگاه محقق اردبیلیآرشعبدالملکیدانشگاه محقق اردبیلیJournal Article20120522Metal salen complexes have been widely studied as potentially pharmaceutical substances with antioxidant and anti cancer effects. In this investigation the salen ligand was synthesized and injected in the air sac of the eggs. The liver and fibroblast cell cultures were treated by the compound and the proportion of the live cells was recorded. The survival fraction of the embryos was 23.5% in the uppermost concentration of the compound and the LD50 was 91.8 μM/egg. The morphological studies showed clubfoot, the abnormality of beak and ectopic viscera, and the skeletal staining showed the deletion and unosification of the caudal vertebrates, the brevity and the bending of tibia. The compound inhibited the growth of liver and fibroblast cells with the IC50 of 1159.3 and 964.7 μM, respectively. The treated cells were round, the inter-cellular connection became loose, the proliferation was inhibited, and the granules in the cytoplasm were increased. The compound significantly affected the proliferative cells compared with the cells were arrested in growth.کمپلکس های فلزی سالن با توانایی بالقوه درمانگری،آنتی اکسیدانی و ضد سرطانی بطور وسیعی مورد مطالعه قرار گرفته است. در این تحقیق لیگاند سالن سنتز و در غلظتهای مختلف در روز سوم انکوباسیون جنین مرغ درون کیسه هوا تزریق گردید. سلولهای کبدی و فیبروبلاستی از جنین شاهد جداسازی، کشت و تیمار شدند. درصد بقاء جنینها در بالاترین غلظت 5/23% بود و LD50 برابر با 8/91 میکرومولار/تخم مرغ برآورد شد. ناهنجاریهای پاچنگکی، بدشکلی در منقار، بسته نشدن حفره شکمی و حذف و کلسیفیه نشدن مهره های دمی در جنین ها مشاهده شد. نتایج سایتوتوکسیسیتی سلولهای کبدی و فیبروبلاستی نشانگر گرد شدن سلولها، سست شدن اتصالات بین سلولی و کاهش سرعت تکثیرسلولی بود و میزان IC50 آن به ترتیب برابر با 1159و 7/964میکرومولار است. در غلظت های پایین اثرات سمی فراوانی بر روی جنین و کشت سلول مشاهده نشد. با این وجود، بطور قابل توجهی سلولهای در حال تکثیر را تحت تاثیر قرار میداد.انجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273827320141122Molecular Cloning of Plasma Membrane H+-ATPase Coding Sequence from Aeluropus littoralis Halophyte Grassهمسانه سازی مولکولی ترادف رمزکننده ژن H+- ATPase غشای پلاسمایی در گراس شورزی Aeluropus littoralis3773884372736FAاحسانشکریپژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری کشاورزی طبرستاننجمهنصیریدانشگاه علومکشاورزی و منابعطبیعی ساریقربانعلینعمت زادهپژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساریJournal Article20120314H+-ATPase proton pump is one of the major proteins found in plasma membrane of plants which plays an important role in molecular physiology of stress response. Aeluropus littoralis grass due to resistance to some environmental stresses like salinity and heavy metals is a good model for studying the structure and function of the plasma H+ATPase pump. In this study as a starting point, the complete coding sequence of the gene were identified and cloned from Aeluropus littoralis halophyte. Preliminary data showed that nucleotide sequence of A. littoralis plasma membrane proton pump contains a 2856 bp full-length ORF region that shared a significant homology with Sorghum bicolor ، Oryza sativa and Zea mays. Also the predicted peptide of this gene consists of 165 amino acid residues with a molecular weight of 104567 Da which is in terms of domains type and structure, consistent with most plant and fungal plasma membrane H + ATPase protein type III (type III) from a large family pump ATPase p-type. Comparative alignment of amino acid sequence of A.littoralis plasma membrane H+ATPase with some species indicated that nucleotide substitutions did not targeted critical and functional positions of protein and these regions remained conserved. At last the sequence was submitted to GenBank with accession number of GI: 346230720.پمپ پروتونی H+-ATPase یکی از پروتئین¬های مهم موجود در غشای پلاسمایی گیاهان می¬باشد که نقش مهّمی در فیزیولوژی مولکولی پاسخ به تنش ایفاء می¬کند. گراس Aeluropus littoralis بواسطه مقاومت به برخی از استرس¬های محیطی مثل تنش شوری و عناصر سنگین مدل خوبی برای مطالعه ساختار و عملکرد این پمپ می¬باشد. در این مطالعه بعنوان نقطه آغاز، ترادف کامل ناحیه کدکننده این ژن در هالوفیت Aeluropus littoralis شناسایی و همسانه¬سازی شد. اطلاعات اولیه بدست آمده نشان می¬دهد ترادف نوکلئوتیدی پمپ پروتونی H+-ATPase غشای پلاسمایی یک ناحیه ORF کامل بطول bp 2856 می¬باشد که همولوژی معنی¬داری با گونه¬های Sorghum bicolor ، Oryza sativa و Zea mays دارد. همچنین ترادف آمینواسیدی این ژن، پپتیدی با وزن مولکولی 104567 دالتون متشکل از 951 اسیدآمینه را رمز می¬کند که از نظر نوع و ساختار دامین، بیشترین تطابق را با پروتئین¬های H+-ATPase غشای پلاسمایی گیاهی و قارچی نوع سوم (type III) از خانواده بزرگ پمپ¬های ATPase p-type دارد. همردیفی مقایسه¬ای ترادف آمینواسیدی ژن H+-ATPase غشای پلاسمایی گیاه Aeluropus littoralis (Alha) برخی گونه¬ها نشان می¬دهد که جایگزینی¬های نوکلئوتیدی نقاط حساس و عملکردی پروتئین را هدف قرار نداده و این مناطق در توالی مورد بررسی، حفاظت¬شده باقی مانده¬اند. در نهایت این ترادف با شماره دسترسیGI:346230720 در پایگاه داده NCBI ثبت گردید.انجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273827320141122Isolation and identification of two laccase producer fungi from bagass and sugarcane rhizosphereجداسازی وشناسایی دو قارچ تولیدکننده آنزیم لاکاز از باگاس و ریزوسفر نیشکر3893984402737FAفاطمهشیخیموسسه تحقیقات و آموزش توسعه نیشکرمحمدرعایایی اردکانیاستاد-دانشگاه شهید چمران اهوازنعیمهعنایتی ضمیراستاد- دانشگاه شهید چمران اهوازغلامرضاقزلباشدانشگاه شهید چمران اهوازJournal Article20120519Abstract<br />Complex of enzymes in the name of Ligninase are involved in lignin degradation. Special properties of Laccase among the lignin degradation enzymes make them more important. Oxidation of wide range of substrates, high heat tolerance and acidic isoelectric pH are main properties of laccase. Identification of new microorganism with higher production and secretion laccase is very valuable. In this research, laccase producing fungi was isolated, screened and identified from bagass and sugarcane rhizosphere. In order to screen laccase producing strains malt extract agar medium containing 0.1gl-1 ABTS or 0.5mMl-1 Guaiacol was used. Laccase activity was determined as described by Niku-Paavola et al. In this study, among 22 fungi screened, Alternaria alternata and Retroconis sp isolates were identified with the highest laccase production. Two species were identified using PCR amplification and sequencing of the internal transcribed spacer ‘ITS’regions of the ribosomal DNA and by basic morphology. In this research laccase activity has been determined in agitation and stationary state. These results showed that agitation and stationary conditions had different effects on laccase production rate of these isolates..<br />چکیده:<br />در تجزیه لیگنین، مجموعه¬ای از آنزیم¬ها تحت عنوان لیگنیناز نقش دارند. لاکاز به علت ویژگی¬های خاص خود در بین آنزیم¬های تجزیه¬کننده لیگنین از اهمیت خاصی برخوردار است. از ویژگی¬های لاکاز،اکسیداسیون انواع متعدد سوبستراها، تحمل گرمایی بالا، داشتن pH ایزوالکتریک اسیدی است. شناسایی میکروارگانسیم¬های جدید با قدرت تولید و ترشح بالاتر این آنزیم صنعتی از اهمیت انکارناپذیری برخوردار است. لذا در این تحقیق جداسازی، غربالگری و شناسایی قارچ¬های تولیدکننده لاکاز از باگاس و ریزوسفر نیشکر انجام شد. به منظور غربالگری سویه¬های مولد لاکاز از محیط کشت MEA حاوی 1/0 گرم در لیتر ABTS و 5/0 میلی¬مول در لیتر گایاکل استفاده شد. برای سنجش میزان کمی آنزیم لاکاز از روش نیکو پاولا استفاده شد. در این تحقیق از بین 22 قارچ غربالگری شده، دو جدایه Alternaria alternata و Retroconis sp با بیشترین میزان تولیدآنزیم لاکاز شناسایی شدند. دو جدایه با استفاده از تکثیرPCR و تعیین توالی ناحیه ITS DNA ریبوزومی و همچنین خصوصیات مورفولوژیک شناسایی شدند. میزان تولید لاکاز جدایه¬ها در شرایط هوادهی و سکون بررسی شد. مطالعه بر روی این جدایه¬ها نشان داد که شرایط هوادهی و سکون اثرات متفاوتی در میزان تولید لاکاز ازاین جدایه¬ها داشت.انجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273827320141122Induced apoptosis of bladder carcinoma cell line 5637 by podophyllutoxin treatmentالقای آپوپتوز رده سلولی کارسینومای مثانه 5637 در اثر تیمار با پودوفیلوتوکسین3994054382738FAایمانصادقیدانشگاه تربیت مدرسمهردادبهمنشاستاد دانشگاه تربیت مدرسمظفرشریفیدانشگاه تربیت مدرسبهراممحمد سلطانیدانشگاه تربیت مدرسنجمهاحمدیان چاشنیدانشگاه تربیت مدرسJournal Article20120428Chemotherapy has been used for centuries in cancer therapy. Different compounds and drugs are used in chemotherapy; each is applied for a specific type of cancer. Among them; plant compounds including lignans, have been used in medicine for a long time. Podophyllutoxin is a member of lignans family that is mostly extracted from Podophyllum species. It has multiple biological properties such as antiviral, antifungal and anticancer properties. Considering anticancer property of podophyllutoxin, it is used in Wilm`s tumor and genital tumors treatment. Also, it has been shown that podophyllutoxin causes apoptosis in ovary carcinoma cell line (Hela). There is not yet any report of the effect of podophyllutoxin on bladder carcinoma cell line such as 5637. In this study, we have evaluated the effect of podophyllutoxin on cell viability and apoptosis of 5637 cell line, and we have shown that podophyllutoxin causes apoptosis and death of these cells. It seems that podophyllutoxin can be an active agent to induce apoptosis of cancer cells.قرن هاست که از شیمی درمانی برای درمان سرطان استفاده می شود. داروها و ترکیبات مختلفی در شیمی درمانی استفاده می شود که هر کدام برای نوع خاصی از سرطان استفاده می شود. در این بین ترکیبات گیاهی از جمله لیگنان ها، مدت هاست که در پزشکی و داروسازی مورد استفاده قرار می گیرند. پودوفیلوتوکسین یکی از اعضای خانواده لیگنان ها بوده که عمدتا از گونه های جنس Podophyllum استخراج می شود. این ترکیب دارای خواص بیولوژیکی مختلفی از جمله خاصیت ضد ویروسی، ضد قارچی و ضد توموری است. از خاصیت ضد توموری آن در درمان تومورهایی مانند تومور Wilms و تومورهای دستگاه تناسلی استفاده می شود. هم چنین نشان داده شده است که پودوفیلوتوکسین باعث القای آپوپتوز رده سلولی کارسینومای تخمدان (Hela) می شود. تاکنون گزارشی درباره تاثیر پودوفیلوتوکسین روی سلول های رده کارسینومای مثانه و از جمله 5637 داده نشده است. ما در این مطالعه به بررسی تاثیر پودوفیلوتوکسین روی بقای سلولی و آپوپتوز سلول های 5637 پرداختیم و نشان دادیم که پودوفیلوتوکسین باعث القای آپوپتوز و مرگ این سلول ها می شود.به نظر میرسد که پودوفیلوتوکسین می تواند به عنوان ماده فعالی برای القای آپوپتوز سلول های سرطانی استفاده شود.انجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273827320150224The study of microbial removal efficiency of crude oil in contaminated soils of cold climates areas (case study: Tabriz refinery)بررسی راندمان زیست پالائی آلودگیهای نفتی توسط سویههای باکتریائی بومی جدا شده از خاکهای آلوده مناطق سردسیری (مطالعه موردی: پالایشگاه تبریز)40641751027313FAفریبامحسن زادهعضو هیات علمی دانشگاه بوعلی سیناJournal Article20121225Petroleum pollution is the most important soil pollution. Bioremediation is an effective and usable technology for remediation of polluted soils. Some microorganisms have bioremediation potency for petroleum compounds. In this research Tabriz city was selected as a cold area of Iran for studying of native bacteria with biodegradation potency of crude oil. Soil samples were collected from polluted soils of Tabriz refinery and their bacteria were accommodated to crude oil. The bacterial strains exited in the samples were isolated, grouped and determined. The growth ability and petroleum removal efficiency were evaluated for the each bacterium at the different crude oil concentrations during a month. In this research, seven bacterial species were found that are well accommodated to crude oil. The highest petroleum removal efficiency (98%) was determined for Pseudomonas aerogenesis at concentration of 0.5%. Biological removing of crude oil with high efficiency is possible by soil bacterial flora, as an environmental friendly method, even for soil cleaning of the industrial areas in cold temperature regions.آلودگی¬ نفتی از مهم ترین آلودگی¬های خاک می¬باشد. زیست پالایی، فن¬آوری موثر و کاربردی جهت پاکسازی خاک¬های آلوده است. برخی از میکروارگانیسم¬ها قابلیت زیست پالائی ترکیبات¬نفتی را دارند. در این پژوهش جهت بررسی باکتری های بومی دارای قابلیت تجریه زیستی نفت خام در مناطق سردسیر، شهر تبریز به عنوان نماینده ای از مناطق سردسیر ایران انتخاب گردید. نمونه های خاک آلوده از مناطق آلوده پالایشگاه تبریز جمع آوری و باکتری¬های آن ها با نفت خام سازگار گردید. سپس باکتری های موجود در نمونه، جداسازی، دسته بندی و شناسائی گردید. میزان رشد هر سوش باکتریائی از طریق اندازه گیری کدورت حاصله از رشد باکتری ها ، و راندمان حذف نفت از طریق انحلال نفت خام باقیمانده در یک حلال آلی و سپس تبخیر حلال و اندازه گیری میزان نفت خام باقیمانده، در غلظت¬های مختلف نفت خام در مدت یک ماه، برآورد گردید. در این تحقیق 7 گونه مختلف باکتریائی سازگار با نفت خام، یافت شد. بیشترین راندمان حذف توسط باکتری سودوموناس ائروژنز، در غلظت 5/0% نفت خام معادل 5/89% برآورد گردید. با توجه به نتایج چنین استنباط گردید که حذف زیستی نفت خام توسط فلور باکتریائی خاک، به عنوان یک روش سازگار با محیط¬زیست، جهت پاکسازی خاک¬های آلوده مناطق سردسیر، با راندمان بالا امکان¬پذیر می¬باشد.انجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273827320141122Effects of feeding strategy on reproductive performance and ovarian morphology of broiler breeder hensاثرات نحوه خوراکدهی بر عملکرد تولید مثلی و ریختشناسی تخمدان در مرغهای مادر گوشتی41842743427310FAمازیارمحیطی اصلیدانشگاه تهرانمحمودشیوازادعضو هیات علمی دانشگاه تهرانمجتبیزاغریعضو هیات علمی دانشگاه تهرانمریمرضائیانعضو هیات علمی دانشگاه تهرانسعیدامین زادهپژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک0000-0001-7852-4523Journal Article20111010The effects of feeding strategy of broiler breeder hens on reproductive performance and ovarian morphology from 42 to 54 week of age were studied with using 50 Ross 308 broiler breeder hens. Hens were randomly divided to 2 groups of restricted (160 g/d) and ad libitum (208 g/d) feeding. Ad libitum fed hens had 630 g heavier body weight than restricted hens. Egg production rate decreased 23.3% during the first 2 weeks of experiment in ad libitum fed hens compared to restricted hens. Egg weight was increased quickly during first 5 week of experiment in ad libitum fed hens and then continued slowly. Percentage of fertility and hatchability significantly decreased in ad libitum fed hens compared to restricted hens (P≤0.05). Ad libitum fed hens had more atretic and third follicles (P≤0.05). However, there were no significant difference in ovary weight between the two feeding group, oviduct weight was lower in ad libitum fed hens (P≤0.05). Abdominal fat pad weight, liver weight, percentage of liver lipids and cholesterol was higher in ad libitum fed hens compared to restricted hens (P≤0.05). Microscopic examination of liver tissue revealed huge vacuoles of fat which was not detected in restricted hens. Results indicate that ad libitum feeding of broiler breeder hens by increasing of fat deposit in abdomen and liver, reduce reproductive performance.در آزمایشی اثرات نحوه خوراکدهی مرغهای مادر گوشتی بر عملکرد تولید مثلی و ریختشناسی تخمدان در سن 42 تا 54 هفتگی، با استفاده از 50 قطعه مرغ مادر گوشتی راس 308 مطالعه شد. مرغها به طور تصادفی به دو گروه تغذیه محدود (160 گرم در روز) و آزاد (208 گرم در روز) تقسیم شدند. در پایان، مرغهای گروه تغذیه آزاد 630 گرم وزن بیشتری نسبت به گروه محدودیت غذایی داشتند. مرغهایی که به طور آزاد تغذیه میشدند، 3/23 درصد افت تولید تخممرغ را در دو هفته اول آزمایش نشان دادند. وزن تخممرغ تولیدی مرغهای مادری که به طور آزاد تغذیه میشدند طی 5 هفته ابتدای آزمایش به سرعت افزایش و سپس این روند به کندی ادامه یافت. درصد باروری و جوجهدرآوری در مرغهای با تغذیه آزاد کاهش معنیداری را نسبت به گروه محدودیت غذایی داشت (05/0≥P). تعداد فولیکولهای تحلیلرفته و نوع سه در مرغهای گروه تغذیه آزاد بیشتر بود (05/0≥P) و وزن مجرای تخمگذاری در گروه تغذیه آزاد کمتر بود (05/0≥P). وزن چربی محوطه بطنی، وزن کبد، درصد چربی کبد و درصد کلسترول کبد در گروه تغذیه آزاد نسبت به گروه تغذیه محدود به طور معنیداری بیشتر بود (05/0≥P). در بررسی میکروسکوپی بافت کبد مرغهایی که به طور آزاد تغذیه شده بودند واکوئلهای بزرگی از چربی در کبد مشاهده شد در حالیکه گروه با تغذیه محدود فاقد چنین واکوئلهایی بودند. نتایج نشان میدهند که تغذیه آزاد مرغهای مادر با افزایش ذخایر چربی در محوطه بطنی و کبد سبب کاهش عملکرد تولید مثلی در آنها میشود.انجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273827320141122A genetic approach to accurately predict RNA secondary structureپیشگویی دقیق ساختار دوم RNA مبتنی بر الگوریتم ژنتیک42843743627311FAسهیلامنتصریدانشگاه تربیت مدرسنصراللهمقدم چرکریدانشگاه تربیت مدرسفاطمهزارع میرک آباددانشگاه صنعتی امیرکبیرJournal Article20111122RNA molecule plays important and fundamental roles in many biological processes. In the most times, activities of RNAs are determined by their structures. In notice to complexity and costly of laboratory methods to predict RNAs structure, computational approaches are used. There are variety of algorithms to predict RNA secondary structure. In this paper, a genetic algorithm called RNAG is presented to predict the RNA secondary structure based on minimum free energy (MFE). In this algorithm, each individual of population includes some stems. The individuals are increasingly ranked based on fitness value of MFE from stems and loops, and in the follow, crossover and mutation operations are done on individuals to make a new population, respectively. Process of population generation continues until an individual with proper MFE is produced. Finally, this individual is selected as an optimal RNA secondary structure. The proposed algorithm is performed on some RNAs in the bacteria. Results of the paper show that RNAG algorithm has a high accuracy in comparison with the other related methods.مولکول RNA نقش مهم و اساسی در فرآیندهای زیستی ایفا می¬کند. در بیشتر مواقع، عملکرد RNAها توسط ساختار آنها مشخص می¬شود. با توجه به پیچیدگی و هزینه بر بودن روش¬های آزمایشگاهی برای پیشگویی ساختار RNAها، از روش¬های محاسباتی استفاده می¬گردد. الگوریتم¬های متنوعی جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول RNA وجود دارد. در این مقاله، یک الگوریتم ژنتیک بنام RNAG جهت پیشگویی ساختار دوم مولکول RNA براساس حداقل انرژی آزاد ارائه می¬شود. در این الگوریتم، هر فرد از جمعیت شامل تعدادی ساقه می¬باشد. افراد براساس مقدار برازندگی حداقل انرژی آزاد شده از ساقه¬ها و حلقه¬ها به¬ترتیب صعودی رتبه¬بندی شده و در ادامه به¬ترتیب عملگرهای تقاطع و جهش روی آنها برای ایجاد نسل بعد اجرا می¬گردد. فرآیند تولید نسل تا زمان تولید یک فرد با حداقل انرژی آزاد مناسب ادامه می¬یابد. در پایان این فرد به¬عنوان ساختار دوم بهینه در نظر گرفته می¬شود. الگوریتم پیشنهادی روی تعدادی از RNAها در باکتری¬ها اجرا می¬گردد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان می¬دهد که الگوریتم RNAG در مقایسه با سایر روش¬های مشابه دارای دقت بسیار بالا است.انجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273827320141122Quantitative Study of the Genes Involved in Survival and Autophagy Pathways in T-47D Cell Line with Emphasis on Upgrading Cold Resistance of the Cells in the Presence of DMSOمطالعهی کمی بیان ژنهای دخیل در مسیرهای بقاء سلولی و اتوفاژی در ردهی سلولی T-47D با ﺗﺄکید بر اعمال مقاومت سرمایی در سلولها در حضور DMSO43845244427312FAمهرووهابیگروه علوم سلولی و مولکولی، دانشکده زیست شناسی، پردیس علوم، دانشگاه تهران، تهران، ایران.شاهرخصفریانگروه علوم سلولی و مولکولی، دانشکده زیست شناسی، پردیس علوم، دانشگاه تهران، تهران، ایران.سید جلالزرگرگروه علوم سلولی و مولکولی، دانشکده زیست شناسی، پردیس علوم، دانشگاه تهران، تهران، ایران.لعیاعلی اصغریگروه علوم سلولی و مولکولی، دانشکده زیست شناسی، پردیس علوم، دانشگاه تهران، تهران، ایران.Journal Article20121208Dimethylsulfoxide (DMSO) is one of the cryoprotectants utilizing in freezing and long term maintenance of the cells. In this study, the mechanism of protection of this mater in relation with cell death and autophagy is envisaged. Study of the expression level of autophagic genes (atg5، lc3، beclin1، dram و p53), using real time RT-PCR, indicated that at the lowest concentration of DMSO the genes involved in autophagy are over-expressed, thus regarding to death autophagy induction, the cells have lower viability relative to those cells which are freezed at the higher concentrations of cryoprotectant. Increasing cell viability, at the greater concentrations of DMSO (over than 10%), occurs because of the converting of death autophagy to cytoprotective one which is supported by means of over-expression of the genes involved in the survival pathway. Simultaneous study of autophagy and AKT/mTOR pathway can be utilized as a separating method for death and survival autophagy.دیمتیلسولفوکسید (DMSO) یکی از حفاظتکنندههای سرمایی است که در زمان انجماد و نگهداری طولانی مدت سلولها مورد استفاده قرار میگیرد. در این مطالعه، ساز و کار حفاظتی این ماده در رابطه با مسیرهای بقای سلولی و اتوفاژی مد نظر قرار گرفته است. بررسی سطح بیان ژنهای دخیل در اتوفاژی با استفاده از Real time RT-PCR نشان داد که در پایینترین غلظت از DMSO ژنهای دخیل در مسیر اتوفاژی (atg5، lc3، beclin1، dram و p53) افزایش بیان مییابند و به همین علت، با راه افتادن اتوفاژی مرگ، سلولها توان حیاتی پایینتری را در قیاس با سلولهایی که در غلظتهای بالاتر از مادهی حفاظتکنندهی سرمایی منجمد شدهاند دارا میباشند. افزایش توان حیاتی سلولها در غلظتهای بالاتر DMSO (بالاتر از 10%) به خاطر تبدیل اتوفاژی مرگ به اتوفاژی بقا روی میدهد که با افزایش سطح بیان ژنهای مسیر AKT/mTOR مورد ﺗﺄیید قرار گرفته است. مطالعهی همزمان اتوفاژی و مسیر AKT/mTOR میتواند به عنوان یکی از روشهای تفکیک اتوفاژی مرگ و بقا تلقی و استفاده گردد.انجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273827320141122Lab and In silico study of expression and aggregation of recombinant core protein of Hepatitis C virus in Escherichia coliمطالعه آزمایشگاهی و نرم افزاری بیان و مجتمع شدن درون سلولی پروتئین هسته ای نوترکیب هپاتیت C در اشرشیا کلی45346144127313FAجعفرهمتعضو هیئت علمی- سازمان پژوهش های علمی و صنعتی ایرانباقریخچالیعضوهیئت علمی- پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیکعلی اصغرکارخانهعضو هیئت علمی- پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیکمهنازمظاهری اسدیعضو هیئت علمی- سازمان پژوهش های علمی و صنعتی ایرانسوذابهکریمیسازمان پژوهشهای علمی و صنعتی ایرانJournal Article20120520In this study, expression of mature Hepatitis C virus core protein (HCVC173), consistent with a viral isotype isolated in Iran, was studied in E. coli. The 20 kDa- HCVC173 protein was expressed while it contains 18% of total expressed proteins in which a part was partially soluble but the main part was expressed in insoluble inclusion body. However, the produced inclusion body has not shown the expected purity and HCVC173 has been aggregated with the host proteins. Moreover, during refolding of insoluble HCVC173, notable aggregation of the protein was undesirable phenomena. Intramolecular evaluation of target expressed protein predicted two irregularity area in the HCVC173 which may aggregate the expressed protein. Consequently, HCVC173 has the features of the intrinsically unstructured proteins. This character may justify its aggregation during refolding. Moreover, the approach presented in this paper is an alternative solution to overcome the expression limitation of mature form of the HCVC protein.در این تحقیق بیان پروتئین هسته ای بالغ ویروس هپاتیت C (HCVC173) منطبق با ایزوتیپ a ویروسی موجود در ایران در اشرشیا کلی بررسی گردید. پروتئین مزبور با وزن ملکولی 20 کیلودالتون به مقدار قابل توجه تا 18% پروتئین میزبانی بیان گردید. که به طور عمده به صورت نامحلول (به صورت اینکلوژن بادی) در سیتوزول باکتری مشاهده شد. تمایل به تجمع شدن به هنگام انجام فرآیند بازتاخوردگی پروتئین محلول شده پدیده غالب غیر قابل انتظار بود. ارزیابی نرم افزاری پروتئین هسته ای دو ناحیه مستعد بی نظمی در پروتئین HCVC173 را پیش بینی کرد که ممکن است از دلایل مجتمع شدن آن باشد. بنابراین پروتئین هدف دارای وِیژگی های انواع پروتئین های بدون ساختار است. این یافته می تواند تمایل قابل توجه این پروتئین را به تجمع حین بازتاخوردگی توجیه کند. به علاوه راهکار ارائه شده در این پژوهش حداقل راه حلی بر غلبه بر محدودیت بیان فرم بالغ این پروتئین است.انجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273827320141122Comparison of intron and exon markers in assessment of genetic diversity between Thymus pubescensمقایسه نشانگرهای اینترونی و اگزونی در ارزیابی تنوع ژنتیکی آویشن کرکآلود (Thymus pubescens)46247250227314FAفرزانهمجیریدانشگاه لرستاناحمداسماعیلیعضو هیأت علمی دانشگاه لرستان0000-0001-8718-3943فرهادنظریان فیروزآبادیدانشگاه لرستانرضامؤمنیدانشگاه زابلJournal Article20130208Thymus pubescens is one of the medicinal plants of Lamiaceae, growing endemically in most regions (especially in north and west) of Iran. Molecular markers were used in genetic diversity studies of medicinal plants for breeding applications. In this study, 30 semi-random primers, including IT (intron targeting) and ET (exon targeting), were used for assessment of genetic diversity among Thymus pubescens accessions. DNA extracted from fresh leaves of Thyme and polymerase chain reaction products were separated on 1.5% agarose gel by electrophoresis. All of primers produced 559 bands which 96% of them were polymorphic. 302 and 257 polymorphic bands belong to IT and ET primers, respectively. The highest polymorphic information content (PIC) and marker index (MI) among IT and ET primers belonged to IT18-1 and ET12-27, respectively. Cluster analysis 0f IT and ET primers, using UPGMA method, Dice's similarity coefficient and DARwin5 software, divided accessions into three and four clusters, respectively. In both dendrogram, the highest genetic similarity showed between two accessions with similar geographical origin. Cluster analysis results were aligned with grouping of principal component analysis. Results of this study revealed that IT primers could discriminate Thymus pubescens accessions in compared with ET primers.آویشن کرک¬آلود (Thymus pubescens) یکی از گیاهان دارویی خانواده نعناعیان است. با توجه به مشکلات اصلاحی گیاهان دارویی، استفاده از نشانگرها در بررسی تنوع ژنتیکی آنها ابزار قدرتمندی محسوب می¬شود. در این تحقیق جهت تعیین تنوع ژنتیکی آویشن¬های کرک¬آلود از 30 آغازگر نیمه¬تصادفی از دو گروه آغازگرهای اینترونی و اگزونی استفاده شد. پس از مشاهده محصولهای واکنش زنجیره¬ای پلیمراز بر روی ژل آگارز و امتیازدهی باندهای DNA، تجزیه و تحلیل با نرم¬افزار DARwin5 انجام شد. کل آغازگرها 96 درصد چندشکلی نشان داد. بیشترین میزان اطلاعات چندشکلی و شاخص نشانگر در آغازگرهای اینترونی و اگزونی را به ترتیب آغازگرهایIT18-1 و ET12-27 تشکیل دادند. در هر دو گروه آغازگرها بیشترین شباهت ژنتیکی را دو توده با منشأ جغرافیایی یکسان تشکیل دادند و گروه¬بندی تجزیه خوشه¬ای با گروه¬بندی تجزیه مولفه¬های اصلی همخوانی داشت. نتایج نشان داد که آغازگرهای اینترونی بهتر از آغازگرهای اگزونی توانسته توده-های آویشن کرک¬آلود را از هم تفکیک کنند.