انجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273832120190522Isolation, identification and study of defensin gene structure (Def1) in Raphanus sativusجداسازی، شناسایی و بررسی ساختار ژن دفنسین (Def1) تربچه خوراکی (Raphanus sativus)1361451308FAمریماعتباریپژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوریمصطفیمطلبیهیات علمی
پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوریمحمدرضازمانیهیات علمی پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوریزهرامقدسی جهرمیپژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوریJournal Article20170816Different studies have demonstrated that the plants, by producing antifungal peptides, such as defencins, cause the pores in the fungal plasma membrane which leads to efflux and influx of cellular components. These changes ultimately lead to fungal cell death.The purpose of this research was to isolate, identify, and study of defencin gene structure in Raphanus sativus by cloning and sequencing. The genomic DNA extraction from Raphanus sativus was achived by CTAB method. Amplification of this gene was performed using the specific primers (RDeff /RDefr). The amplified DNA fragment (356 bp) was cloned into pJET1.2 cloning vector and the constructs were confirmed via enzyme digestion and PCR patterns. Also, the cDNA of this gene, which was about 243 bp, was synthesized after extraction of RNA by specific primers. The amplified fragment of the cDNA was confirmed, cloned in the pJET1. 2 vector and sequenced. Comparison of genomic DNA and cDNA sequences showed that Def1gene contains one intron (113bp) and its open reading frame encodes a peptide with a length of 80 amino acids. Alignment of the amino acid sequence of Def1 shows 90 to 98.8% homology with other reported defensin sequences. <br />The identification and cloning of this gene could be used in future for fungal diseases management.امروزه مطالعات نشان داده است که گیاهان، با تولید پپتیدهای ضدقارچی به نام دفنسین ها، سبب ایجاد منافذی درغشاء سلولی قارچ مهاجم و در نتیجه خروج ترکیبات سلولی به بیرون ازغشاء، تغییر در پتانسیل غشاء و نهایتاً مرگ سلولی را منجر می شوند. هدف این تحقیق جداسازی، شناسایی و بررسی ساختار ژن Def1 تربچه خوراکی (Raphanus sativus) با کلون کردن و تعیین توالی آن است. برای این منظور پس از استخراج DNA ژنومی به روش CTAB، تکثیر این ژن با استفاده از آغازگرهای اختصاصی RDeff و RDefr انجام شد. قطعه تکثیر شده به طول تقریبی 356 جفت باز در ناقل pJET1.2 کلون شد. سازه به دست آمده با استفاده ازالگوهای هضم آنزیمی و PCR تأیید شد. همچنین cDNA این ژن، که به طول تقریبی 243 جفت باز بود، پس از استخراج RNA با استفاده ازآغازگرهای اختصاصی فوق سنتز گردید. قطعه تکثیرشده از cDNA پس از تأیید در ناقل pJET1.2 کلون و تعیین توالی گردید. مقایسه توالی DNA ژنومی و cDNA این ژن نشان داد که ژن Def1 گیاه تربچه حاوی یک اینترون به طول 11۳ جفت باز بوده و open reading frame آن یک پپتید به طول 80 اسید آمینه را کد می کند. مقایسه توالی پپتید بدست آمده از ژن Def1 از گیاه تربچه با توالی های ثبت شده مرتبط در بانک ژنی مشابهتی بین 90 تا 8/98 درصد را نشان داد. <br />شناسایی و همسانه سازی این ژن می تواند در آینده در راستای مدیریت کنترل و مبارزه با بیماری های قارچی مورد استفاده قرار گیرند.https://cell.ijbio.ir/article_1308_e1055fc2cf1cb62dd0d2bef38a033229.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273832120190522Investigation of the effect of rolC and trolC genes on germination and growth parameters of transgenic tobacco (Nicotiana tabacum) seedlingsبررسی تأثیر ژن های rolC و trolC برجوانه زنی و رشد گیاهچه های تراژن توتون (Nicotiana tabacum)10181317FAگیتاامینیدانشجوی دکتری دانشگاه تبریزهانیهمحجل شجاهیأت علمی- دانشگاه تبریزالهاممحجل کاظمیهیات علمی دانشگاه تبریزروح الهمتفکر آزادهیات علمی دانشگاه تبریزJournal Article20171006Agrobacterium rhizogenes is a soil-borne, gram negative bacterium which induces hariy root disease in plants. A DNA sequence in the bacterial plasmid called T-DNA (transferred DNA) is transferred in to the plant genome upon infection. T-DNA carries the rooting-locus (rol) genes: rolA, rolB and rolC. Somme plants also contain, naturally, the homologues of rol genes. In this study, the effects of bacterial rolC gene and its homologous in tobacco, trolC, was evaluated in transgenic plants in a completely randomized design experiment with 3 replications. The expression of rolC and trolC genes in transgenic tobacco seedlings was under the control of dexamethasone inducible promoter. Different concentrations of dexamethasone (0, 1, 3, 10 and 30 µM) were used in order to induce the expression of transgenes. Our results showed that the presence of only very low quantity of dexamethasone (1µM) in the culture medium induces the expression of genes and affect significantly the growth of seedlings. Phenotypically, the length of seedlings was shorter in both transgenic plants than control and the roots of transgenic seedlings were twisted and the leaves were smaller and pale green. Since these characteristics are present in both transgenic seedlings, we can conclude that the bacterial rolC gene has preserved its ancestral function after insertion into the plant genome during evolution.آگروباکتریوم ریزوژنز(Agrobacterium rhizogenes) باکتری گرم منفی خاکزی است که در گیاهان موجب القای ریشه های موئین می گردد. وجود DNA انتقالی (transferred DNA or T-DNA) در پلاسمید القاگر ریشه root-inducing plasmid)) باکتری-که حامل ژن های لوکوس ریشه (root locus or rol) rolA، rolB و rolC می باشد- مسئول انتقال مواد ژنتیکی باکتری به درون ژنوم گیاه میزبان است. در این پژوهش تأثیر ژن rolC باکتریایی و هومولوگ گیاهی آن، trolC، بر ویژگی های رشدی گیاهچه های تراژن توتون (Nicotiana tabacum) در شرایط کشت in vitro و در قالب یک طرح کاملاً تصادفی با 3 تکرار مورد بررسی قرار گرفت. ژن های rolC و trolC در این گیاهان تحت کنترل پروموتر القایی با گلوکوکورتیکوئید دگزامتازون بودند که به منظور بیان آنها از غلظتهای مختلف دگزامتازون (10،3،1،0و Mµ30) استفاده شد. نتایج آماری نشان دادند که استعمال حتی مقادیر بسیار اندک از دگزامتازون (Mµ1) موجب بیان ژن های مذکور شده و اثر معنی داری بر اغلب ویژگی های رشدی گیاهچه های تراژن داشت. به لحاظ ویژگی های فنوتیپی ظاهر ریشه در گیاهچه های تراژن پیچ خورده و برگ ها نیز در مقایسه با گیاهچه های شاهد کلروزه و کوچکتر بودند. از آنجایی که این ویژگی ها در هر دو گروه از گیاهچه های تراژن rolC و trolC مشاهده شد؛ می توان نتیجه گیری نمود که ژن rolC باکتریایی پس از انتقال افقی به گیاه مذکور در طول زمان و تکامل گیاه توانسته است ویژگیهای عملکردی خود را حفظ نماید.https://cell.ijbio.ir/article_1317_d5b9a11c3b27c0dd28217a248520fad2.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273832120190522Inhibitor discovery against beta lactamase CTX-M-9 from E.coli by molecular docking, MM/PBSA and molecular dynamics studiesکشف مهارکننده علیه بتا لاکتاماز CTX-M-9 باکتری E.coli با استفاده از مطالعات داکینگ ملکولی، MM/PBSA و دینامیک ملکولی19311498FAکامبیزداوریگروه میکروبیولوژی، واحد تهران شمال، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایرانجمیلهنوروزیگروه میکروبیولوژی، واحد تهران شمال، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایرانفرزانهحسینیگروه میکروبیولوژی، واحد تهران شمال، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران0000000193441507عباساخوان سپهیگروه میکروبیولوژی، واحد تهران شمال، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران0000-0002-4112-8962ساکومیرزائیهیات علمی دانشگاه آزاد اسلامی واحد سنندج، سنندج، ایرانJournal Article20180127Nowadays, antibiotic resistance in bacteria is a major challenge for human health. These new emerging resistances cause ineffectiveness of antibiotics and raising the severity of diseases and treatment costs. One of the most abundant antibiotic resistances is beta lactam antibiotic resistance, especially penicillin and cephalosporin resistances. In most cases, a converting enzyme, named beta lactamase is involved. These enzymes hydrolase the beta lactam-containing antibiotics. Based on Ambler classification, and with regard to their amino acid sequence similarities, these enzymes are classified to four groups; A, B, C and D. In the current study, among 13842 structures, we employed the molecular docking method in virtual screening process to select the potent and effective inhibitors against beta lactamase CTX-M-9 from E.coli. The structures with the lowest free binding energy were conducted to molecular dynamics (MD) studies. Our molecular modeling analysis demonstrates that a compound with Drug-Bank ID of DB01753 has ideal characteristics as potent beta lactamase CTX-M-9 inhibitor. After the 50 ns MD studies, DB01753 interacted with beta lactamase residues Ser 237, Asn 104, Glu 166, Ser 274 and Tyr 105 via hydrogen bonding. MM/PBSA analysis showed that the free energy of binding between DB01753 and beta lactamase was -111.5 kJ.mol-1. Also, ADME analysis exhibited that all pharmaco-kinteic parameters were in reasonable range.امروزه، مقاومت آنتی بیوتیکی در باکتری ها به یک چالش عمده برای سلامت بشر تبدیل شده است ظهور مقاومت آنتی بیوتکی، منجر به ناکارآمدی آنتی بیوتیک ها ، عدم درمان مناسب بیماری های عفونی و افزایش هزینه های درمانی شده است. یکی از فراوانترین انواع مقاومتهای انتی بیوتیکی مقاومت به آنتی بیوتیکهای بتالاکتام بخصوص پنی سیلین و سفالوسپورین میباشد که در بیشتر موارد با یک مکانیسم آنزیم تغییر دهنده به نام بتالاکتاماز ایجاد می گردد. این آنزیم ها، حلقه بتا لاکتام آنتی بیوتیک های واجد این حلقه را هیدرولیز می کنند. بتالاکتامازها، طبق طبقه بندی آمبلر که بر اساس تشابه توالی آمینو اسیدهای پروتئینی انجام می پذیرد، به چهار گروه A، B، C، و D تقسیم می شوند. در مطالعه حاضر، با استفاده از داکینگ ملکولی در فرآیند غربالگری مجازی، از میان 13842 ترکیب، قویترین مهار کننده ها بر علیه آنزیم بتا لاکتاماز CTX-M-9 انتخاب شد. ترکیبات با کمترین انرژی آزاد اتصال توسط مطالعات دینامیک ملکولی بررسی شدند. مطالعات مدلسازی ما مشخص کرد که ترکیب با کد بانک دارویی DB01753 دارای خصوصیت مهار کنندگی آنزیم بتا لاکتاماز CTX-M-9 است. بعد از 50 نانوثانیه مطالعه دینامیک ملکولی، ترکیب DB01753 با آمینو اسیدهای سرین 237، آسپارژین 104، گلوتامات 166، سرین 274 و تیروزین 105 تشکیل پیوند هیدروژنی داد. مطالعات MM/PBSA مشخص کرد که انرژی آزاد اتصال بین آنزیم بتا لاکتاماز و DB01753 برابر 5/111- کیلوژول بر مول است. مطالعات ADME نشان داد که همه پارامترهای فارماکوکینتیکی در محدوده قابل قبول هستند.https://cell.ijbio.ir/article_1498_a6bbd1c675488e03a811661e84e58116.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273832120190522The comparison of antibacterial and antifungal effects of Pistacia atlantica gum with some inuse antibiotics.مقایسه اثرات ضد باکتریایی و ضد قارچی صمغ گیاه بنه (Pistacia atlantica) با برخی آنتیبیوتیکهای رایج درمانی32431513FAبهروزدوستیگروه زیست شناسی، واحد خرم آباد، دانشگاه آزاد اسلامی، خرم آباد، ایران0000-0001-7287-2674Journal Article20180108According the known side effects of using some antibiotics and the results of antibacterial and antifungal compounds in Pistacia atlantica, in this research antibacterial and antifungal effects of Pistacia atlantica were compared with common antibiotics. After collecting gum of pistacia atlantica in habitats(Lorestan province, Kohdasht city), its antimicrobial effects on Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Candida albicans and Candida glaberata was investigated by disc diffusion method and MIC, MBC, MFC were determined. The data were analyzed by t-test and one-way ANOVA variance.<br />Among the bacteria, the most diameter of the inhibition zone at a concentration of 5 mg/ml is related to Staphylococcus aureus (more than amikacin and less than Vancomycin) and the least diameter of the inhibition zone at a concentration of 0.156 mg/ml is related to pseudomonas aeruginosa. The lowest levels of MIC and MBC were 5.312 and 625 μg/ml, respectively for Staphylococcus aureus. Among the fungi, the most diameter of the inhibition zone at a concentration of 5 mg/ml is related to Candida albicans (less than fluconazole and nystatin) and the least diameter of the inhibition zone at a concentration of 0.156 mg/ml is related to Candida glaberata. The lowest MIC and MFC related to C. albicans were 625 and 1250 μg/ml, respectively. It seems that pistacia atlantica gum has a stronger antibacterial activity rather than some tested antibiotics.با توجه به عوارض شناخته شده برخی آنتی بیوتیکها و نتایج تحقیقاتی مبنی بر وجود ترکیبات ضد باکتریایی و ضد قارچی در گیاه بنه، در این تحقیق اثرات ضدباکتریایی و ضدقارچی صمغ بنه با آنتیبیوتیکهای رایج مقایسه شدند. پس از جمعآوری صمغ گیاه بنه از شهرستان کوهدشت در استان لرستان، اثرات ضدمیکروبی غلظتهای مختلف آن روی باکتریهای استافیلوکوک اورئوس، سودو مو ناس آئروجینوزا، اشرشیاکلی و قارچهای کاندیدا آلبیکنس و کاندیدا گلابراتا با روش انتشار دیسک بررسی شد و میزان MIC، MBC و MFC نیز تعیین شد. دادهها توسط آزمون t و واریانس یک طرفه ANOVA آنالیز شدند. در بین باکتریها بیشترین قطر هاله مهاری، در غلظت 5 میلیگرم بر میلیلیتر مربوط به استافیلوکوک اورئوس (بیشتر از آمیکاسین و کمتر از وانکوماسین) و کمترین قطر هاله مهاری در غلظت 0.156 میلیگرم بر میلیلیتر مربوط به سودوموناس آئروجینوزا بود. کمترین میزان MIC و MBC برابر با 5.312 و 625 میکروگرم بر میکرولیتر، مربوط به استافیلوکوک اورئوس بود. بیشترین قطر هاله مهاری در غلظت 5 میلی گرم بر میلی لیتر مربوط به قارچ کاندیدا آلبیکنس (کمتر از فلوکونازول و نیستاتین) و کمترین قطر هاله مهاری در غلظت 0.156 میلیگرم بر میلیلیتر مربوط به کاندیدا گلابراتا بود کمترین میزان MICو MFC مربوط به قارچ کاندیدا آلبیکنس به میزان 625 و 1250 میکروگرم بر میلیلیتر بود. به نظر میرسد صمغ بنه فعالیت ضدباکتریایی قویتری نسبت به آنتیبیوتیک آمیکاسین دارد.https://cell.ijbio.ir/article_1513_1e0094ab050d92d746c9a4a7f8ce02f4.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273832120190522Identification of the newly isolated staphylococcus lentus SLKr1 as a keratinase enzyme producing bacteriaشناسایی باکتری استافیلوکوکوس لنتوس SLKr1 به عنوان یک سویه جدید تولید کننده آنزیم کراتیناز44531226FAسمیهرحیمنهالدانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح دام، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان، ملاثانیامیرمیمندیپوراستادیار پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک ایران، تهرانجمالفیاضیدانشیار، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان، ملاثانیمهدیشمسارااستادیار پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری ایران تهرانمحمدتقیبیگی نصیریدانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستانعلی اصغرکارخانهایاستادیار پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری ایران تهرانحسینطراحیمفردکارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح دام، دانشگاه کشاورزی و منایع طبیعی رامین خوزستان0000-0003-3970-5190پریساونکیکارشناسی ارشد میکروبیولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران شمالJournal Article20170515Background and Objectives: Feathers, a largely wastes produced in poultry industries represents a rich insoluble protein resource containing over 90% keratins. The aim of this study was to analyze and characterize the diversity of keratinase producing bacteria in broiler chicken litter house.<br />Materials and Methods: A total of 10 gram samples were cultured in skim milk agar. The isolates were cultured on keratine and Azokeratin agar medium using keratin as the sole source of carbon to isolate keratinolytic microbes. The colonies with high feather hydrolyzing ability were subjected to identification by microscopic observation, biochemical characterization and molecular analysis.<br />Results: The results showed that among a total of 10 bacterial strains obtained from skim milk agar plates with proteolytic activity, only four bacteria were capable of degrading keratin. According to the biochemical and morphological characters, the isolated strain was grouped under the genus of Coccus (Staphylococcus). Based on 16S rRNA typing and phylogenetic analysis this strain was identified as Staphylococcus lentus SLKr1 and according to diameter clear zone on keratin agar medium, exhibited higher level of keratinolytic activity among other isolated strains.<br />Conclusion: Staphylococcus lentus SLKr1 as a new keratinase producing bacteria also possessed high caseinase activity but was negative in amylase, lecithinase, cellulase and gelatinase production. Taken together, these results suggest Staphylococcus lentus SLKr1, a new keratinase producing bacteria with high keratinolytic activities which have the potential use in industrial biotechnology.هدف: پر از محصولات فرعی صنعت طیور میباشد که به میزان زیادی تولید میشود و 90 درصد ساختار آن از پروتئین غیر محلول کراتین تشکیل شده است. هدف از این مطالعه آنالیز و تعیین خصوصیت باکتریهای تولید کننده کراتیناز حاصل از بستر جوجههای گوشتی میباشد.<br />مواد و روشها: مقدار 10 گرم بستر مرغداری بر روی محیط کشت اسکیم میلک آگار کشت داده شد. به منظور جداسازی کلنیهای کراتینولیتیک، کلنیهای جداسازی شده، بر روی محیط کشت جامد حاوی آزوکراتین و کراتین به عنوان تنها منبع کراتین کشت داده شدند. کلنیهای با قابلیت هیدرولیز پر انتخاب شده و با استفاده از روشهای میکروسکوپی، بیوشیمیایی و مولکولی شناسایی شدند. <br />یافتهها: در نتایج حاصل از این مطالعه تعداد 10 سویه باکتریایی با فعالیت پروتئولیتیکی بدست آمد که از این تعداد تنها 4 باکتری توانایی تجزیه کراتین را دارا بودند. طبق نتایج مورفولوژیکی و بیوشیمیایی سویه با بیشترین فعالیت کراتینولیتیکی، زیر گروه کوکوس (استافیلوکوکوس) طبقهبندی شد. بر اساس تکثیر ژن 16S rRNA و آنالیز فیلوژنی، این سویه استافیلوکوکوس لنتوس SLKr1 شناسایی شد که با توجه به قطر هاله ایجاد شده بر روی محیط جامد حاوی کراتین، استافیلوکوکوس لنتوس SLKr1 در بین سایر سویهها، بیشترین فعالیت کراتینولیتیکی را دارا بود. استافیلوکوکوس لنتوس SLKr1 به عنوان یک سویه جدید کراتینولیتیک با قابلیت بالای کازئیناز میباشد که توانایی تولید آمیلاز، لسیتیناز، سلولاز و ژلاتیناز را ندارد. <br />نتیجهگیری: نتیجه گیری کلی از این تحقیق نشان میدهد که باکتری استافیلوکوکوس لنتوس SLKr1 یک باکتری تولید کننده کراتیناز با قابلیت کراتینولیتیکی بالا میباشد که قابلیت استفاده در صنعت بیوتکنولوژی را دارد.https://cell.ijbio.ir/article_1226_28bd3b45701608f28f5e14ddfff656fd.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273832120190522ITS-rDNA and molecular typing of Leishmania spp. in suspected patients with cutaneous leishmaniasis in Sistan and Balochestan province, Iranتعیین هویت مولکولی انگل لیشمانیا با هدف قرار دادن ژن ITS-rDNAدر بیماران مشکوک به لیشمانیوز جلدی در استان سیستان وبلوچستان- ایران54641500FAاحمدزارع زادهزابل، دانشگاه زابل، پردیس خودگردان، گروه زیست شناسیغلامرضامطلبعضو هییت علمی دانشگاه زابل
دانشکده علوم پایه
گروه زیست شناسی0000-0002-4891-2610هادیمیراحمدیگروه انگل شناسی و قارچ شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی زاهدان، زاهدان، ایرانعلیرضاسلیمی خراشادگروه انگل شناسی و قارچ شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی زاهدان، زاهدان، ایرانJournal Article20180525Leishmaniasis is a parasitic disease caused by Leishmania species. The early diagnosis is by clinical symptoms and direct observation of the parasites. Molecular methods are more sensitive than the direct microscopy. The identity of the species in Sistan-Baluchistan province has not been taken yet. ITS-rDNA was used to detect the species of Leishmania in patients in Sistan-Baluchistan province using molecular methods. This study was conducted during 2014-2015. 82 positive smear samples were collected for molecular studies. The parasites were inoculated in N.N.N culture (with RPMI-1640 medium and 10% fetal calf serum) for rapid proliferation. After DNA extraction, the PCR-RFLP was carried out to determine the Leishmania species. SPSS and Multalin software were used to analyze the results. 46 (56%) and 36 patients (44%) were diagnosed with Leishmania major and Tropica respectively. The dominant species in the city of Chabahar and Mirjaveh was Leishmania tropica and Leishmania major respectively. In the center region of the province, both leishmania major and tropica was diagnosed as responsible for the disease. PCR-RFLP has high sensitivity for the diagnosis of leishmaniasis and rapid species identification of the parasites.لیشمانیوزیک بیماری انگلی ناشی ازگونه های لیشمانیا می باشد. تشخیص اولیه توسط علام بالینی و مشاهده مستقیم انگل است. حساسیت روشهای مولکولی نسبت به دید مستقیم توسط میکروسکوپ بیشتر است. تاکنون مطالعات جامع و کاملی در زمینه تعیین هویت گونه انگل در استان سیستان و بلوچستان صورت نگرفته است. در این پژوهش گونه های لیشمانیا با استفاده از روشهای مولکولی با هدف قرار دادن ژن ITS-rDNA در بیماران مراجعه کننده به مراکز درمانی استان سیستان و بلوچستان صورت گرفت. این مطالعه در سال 1393تا1394 انجام گرفت. 82 نمونه لام مثبت جهت مطالعات مولکولی جمع آوری گردید. بخشی از نمونه های برداشت شده به محیط کشت N. N. N تلقیح و برای تکثیر سریع و ازدیاد به محیط کشت RPMI-1640همراه با 10 درصد سرم جنین گوساله انتقال داده شد. پس ازاستخراجDNA با استفاده از تکنیک RFLP PCR- تعیین گونه های لیشمانیا صورت گرفت. نرم افزارهای SPSS و multalin جهت آنالیز نتایج استفاده گردید. تعداد 46 بیمار (٪56)آلوده به لیشمانیا ماژور و36بیمار(٪44)آلوده به لیشمانیا تروپیکا تشخیص داده شد. گونه غالب در شهرستان چابهار گونه لیشمانیا تروپیکا ودر شهرستان میرجاوه لیشمانیا ماژور بود. در مرکز استان هردو گونه لیشمانیا ماژور وتروپیکا مسؤل بیماری تشخیص داده شد. روش PCR-RFLP دارای حساسیت و اختصاصیت بالا بوده و برای تشخیص لیشمانیوزها و تعیین گونه سریع انگل های عامل بیماری مناسب می باشد.https://cell.ijbio.ir/article_1500_b3d42a769a551a6334f009558d13fc7c.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273832120190522The effects of plant growth regulators and explants on callus induction in Ajowanبررسی اثر تنظیم کنندههای رشد و جداکشت بر پینهزایی گیاه دارویی زنیان65701218FAبهمنفاضلی نسبدانشگاه زابل0000-0002-3268-8351زیبافولادونددانشگاه زابلJournal Article20160815Ajowan (Carum copticum) has been considered as an important medicinal plant because it contains many alkaloids such as Thymol. In vitro culture of Ajowan provides new tissue sources such as callus, cell suspension and seedlings to produce secondary metabolites. The present study describes callus production optimization procedures experiment that was a factorial experiment based on completely randomized design at three levels with four explants (root, shoot, leaf and coleoptile) on Murashige and Skoog (MS) medium supplemented with different concentrations of BAP (0.25, 0.5 and 1 mg/l) and 2,4-D(2, 4 and 8 mg/l). Comparison of means showed that the maximum callus production was obtained from shoot explants, the coleoptile and leaf explants were in the second orders. In overall, 0.25 mg /l BAP alone and also with 2, 4-D mg/l concentrations proved to be optimal for the production of maximum callus and also were more effect on callus weight, callus volume and callus color. The best explant based on callus weight was coleoptile explant and for callus volume was shoot explant. The result were shown that the effective hormone combination and explant was 0.25 mg /l BAP alone and also with 2, 4-D mg/l concentrations were more effect on callus induction and shoot explant, respectively.زنیان (Carum copticum) به عنوان یک گیاه دارویی مهم مورد توجه بوده زیرا شامل تعداد زیادی از آلکالوئیدها و متابولیت های ثانویه از جمله تیمول می باشد. کشت بافت زنیان میتواند به عنوان یک فن جدید منابعی مانند پینه و سوسپانسیون سلولی و نهایت تولید متابولیت های ثانویه را فراهم سازد. در این تحقیق القای پینه در گیاه دارویی زنیان در شرایط درون شیشهای بهعنوان یکی از مقدمات اصلاح این گیاه پرکاربرد مورد نظر بود. بدین منظور از آزمایش فاکتوریل در قالب طرح کاملاً تصادفی با فاکتورهای، منشأ جداکشت (ریشه، ساقه، برگ و کلئوپتیل)، تنظیمکننده رشد ((2, 4-D؛ 2، 4 و 8 میلیگرم در لیتر) و تنظیمکننده رشد (BAP؛ 25/0، 5/0 و 1 میلیگرم در لیتر)) در سه تکرار استفاده شد. مقایسه میانگین نشان داد که جداکشت ساقه پیشترین پینهزایی داشت و قطعات کلئوپتیل و برگ در رتبههای بعدی پینهزایی بودند. در این آزمایش تیمارهای دو میلیگرم در لیتر 2, 4-D بهتنهایی و یا به همراه 25/0 میلیگرم در لیتر BAP بیشترین پینه را تولید و مؤثرترین بر وزن پینه، حجم پینه و رنگ پینه بودند. ضمناً از لحاظ وزن پینه جداکشت کلئوپتیل و از لحاظ حجم پینه جداکشت ساقه بهترین بود.https://cell.ijbio.ir/article_1218_227f09154bdfe596d22d27cd07cfe604.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273832120190522Optimization of Piriformospora indica pectinase production from sugar beet pulp by Taguchi methodبهینه سازی تولید پکتیناز پریفورموسپورا ایندیکا از ضایعات چغندرقند به روش تاگوچی71861505FAپریسافتحی رضاییایران، مراغه، دانشگاه مراغه، دانشکده علوم پایه، گروه زیستشناسی0000-0003-0521-8669سمیهکیانیگروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه مراغه، مراغه، ایرانفرشتهتقویدانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایرانصالحشهابی وندعضو هیئت علمی دانشگاه مراغهJournal Article20181104Pectinases, as a large group of enzymes, catalysis break down of pectin to smaller molecules including galacturonic acid, and they are widely produced by many microorganisms. Nowadays, abundant waste from agriculture and fruit processing industries including sugar beet pulp, apple and citrus pomace as rich source of pectin are employing to induce pectinase production by many microorganisms. The aim of this study was optimization of Piriformospora indica pectinase production by using sugar beet pulp (SBP) by Taguchi method. First, P. indica was cultured on Kaefer medium supplemented with SBP, then biomass and spore production, enzyme activity and total protein content were measured for ten days. According to the results, maximum biomass production and pectinase activity were detected, 6.125 g/l and 3.2 U/ml in the presence of SBP at 6th day, respectively. Furthermore the effect of different concentrations of glucose and ammonium sulphate and their interaction on enzyme activity was investigated. Based on the results by increasing the amount of them alone the activity was increased but in the case of their interaction with sugar beet pulp the activity was decreased. Next, enzyme production was optimized by Taguchi method to 8.35 U/ml which was 2.5 times more than non-optimized condition. In conclusion, because of pectinase production of P. indica by using sugar beet pulp as a suitable and cheap substrate, economically is valuable and moreover cause to decrease environmental pollution.پکتینازها بهعنوان یک گروه بزرگ از آنزیمها، پکتین را به مولکولهای سادهتر نظیر اسیدگالاکتورونیک تجزیه میکنند و بهطورگسترده توسط بسیاری از میکروارگانیسمها تولید میشوند. امروزه ضایعات فراوان صنایع کشاورزی و فرآوری میوه شامل تفاله چغندرقند، سیب و مرکبات بهعنوان منابع غنی از پکتین برای القاء تولید پکتیناز توسط بسیاری از میکروارگانیسمها بکار برده میشوند. هدف این پروژه بهینهسازی تولید پکتیناز قارچ پریفورموسپورا ایندیکا از تفاله چغندرقند به روش طراحی آزمایش تاگوچی بود. پریفورموسپورا ایندیکا در محیط کشت کافر حاوی تفاله چغندرقند کشت داده شد، سپس میزان زیستتوده و تولید اسپور قارچ، فعالیت آنزیمی و پروتئین محلول به مدت ده روز اندازهگیری گردید. براساس نتایج، بیشینه تولید زیستتوده و آنزیم در روز ششم پس از تلقیح بهترتیب 125/6 گرم در لیتر و 8/3 واحد در میلیلیتر اندازهگیری شد. علاوه بر این اثر غلظتهای مختلف پارامترهایی مانند گلوکز و سولفات آمونیوم به تنهایی و نیز اثر متقابل آنها مورد بررسی قرار گرفت. براساس نتایج، با افزایش غلظت آنها به تنهایی فعالیت آنزیمی روند افزایشی نشان داد اما اثر متقابل آنها با تفاله چغندرقند موجب کاهش فعالیت آنزیمی شد. فعالیت آنزیمی با روش تاگوچی به 35/8 واحد در میلیلیتر رسید که 5/2 برابر شرایط غیر بهینه بود. در مجموع تولید پکتیناز توسط پریفورموسپورا ایندیکا از تفاله چغندرقند بهعنوان سوبسترای مناسب و ارزان قیمت علاوه بر ارزش اقتصادی، موجب کاهش آلودگی زیست محیطی نیز میشود.https://cell.ijbio.ir/article_1505_2a3284d4e34ea3b20d67b24b3b875934.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273832120190522Optimization of effective environmental parameters on Astrazon Red GTL removal by dominant species Bacillus and Aeromonas: in a concurrent culture studyبهینه سازی پارامترهای تاثیرگذار محیط روی توانایی حذف استرازول رد جی تی ال توسط گونه های غالب Bacillus و Aeromonas در یک مطالعه کشت همزمان87971329FAفرهادقادریگروه مهندسی محیط زیست، دانشگاه صنعتی نوشیروانی بابل، بابل، ایران.0000-0002-9164-4922امیرحسینسیاح زادهدانشکده مهندسی عمران و معماری، گروه مهندسی عمران، دانشگاه ملایر، ملایر، ایران.مسعودابراهیمی قادیدانشجوی کارشناس ارشد مهندسی عمران- مهندسی محیط زیست، دانشجوی مهمان دانشگاه صنعتی نوشیروانی بابل، بابل، ایران.Journal Article20180429Astrazon Red GTL is one of chemical dyes that vastly used in various industries. According to effects of this dye, degradation of wastewater containing Astrazon Red GTL is vital. According to previous researches, suspended microorganisms reactor is one of economically methods. suspended biofilm microorganisms reactor can reach to optimal efficiency in suitable retention time. In this research, for the first time, two cylindrical reactor was used and a new reactor was designed and called as “circulating feed biofilm reactor”. Every of these cylindrical reactors had 2.75 litter volume, 10 cm area and 35 cm height. In this research “circulating feed biofilm reactor” was used for growing of mixed culture microorganism containing Bacillus and Aeromonas. This reactor was used for treatment of Astrazon Red GTL wastewater. In “circulating feed reactor”, two independent variables including retention time and input concentration of pollutant were measured and the effect of each variable were studied on the removal percentage of dye. Following that, modeling and determining the optimum conditions for operating the FB/FFMBBR was carried out based on Response Surface Methodology (RSM). The results showed that the optimum condition occurred at retention time of 6.21 h and input dye concentration of 74.77 mg/l. Based on this research, retention time has the greatest impact on the removal efficacy of this biological system.استرازول رد جیتیال یکی از مواد رنگزای شیمیایی است که در صنایع مختلف مورد استفاده قرار میگیرد. با توجه به اثرات این ماده، تصفیه فاضلاب حاوی این ماده امری حیاتی است. بر اساس مطالعات پیشین، راکتور با میکروارگانیسمهای بیوفیلمی معلق یکی از روشهای کارآمد از نظر اقتصادی است و در زمان ماند کمتری به راندمان حذف مطلوب میرسد. در این تحقیق، از دو راکتور استفاده شد که هر یک، استوانهای به حجم 75/2 لیتر بود که قطر قاعدهی آن cm 10 و ارتفاع آن نیز cm 35 بود. دو راکتور به یکدیگر متصل شدند به طوری که در مسیرهای اتصال دو راکتور، دبی در جریان بود و در طی زمان ماند فرآیند، 50 درصد از حجم راکتورها به یکدیگر منتقل میشد و برای اولین بار راکتور جدیدی با نام راکتور بیوفیلمی با تغذیه گردشی طراحی و برای رشد میکروارگانیسمهای کشت ترکیبی شاملBacillus و Aeromonas و تصفیه فاضلاب حاوی استرازول رد جیتیال استفاده شد. در این سیستم، اثر دو متغیر مستقل زمان ماند و غلظت ورودی اولیه آلاینده بر توانایی حذف بررسی شد و تاثیر پارامترهای محیطی در بهینهسازی راندمان حذف رنگزای مذکور توسط گونههای میکروبی مطالعه گردید. در این تحقیق، مدلسازی نتایج بر اساس روش سطح پاسخ انجام گرفت. بر اساس نتایج حاصل، شرایط بهینه بهرهبرداری در زمان ماند 6 ساعت و 13 دقیقه و غلظت ورودی 77/74 میلی گرم بر لیتر اتفاق میافتاد و راندمان حاصل برابر با 75/73 درصد بدست آمد. بر اساس مدل این تحقیق زمان ماند بیشترین تاثیر را بر راندمان حذف این سیستم بیولوژیکی دارد.https://cell.ijbio.ir/article_1329_b385e8d08520bd1fb248ff208022381f.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273832120190522Antimicrobial effect of several Iranian honeys alone and in combination with ciprofloxacin on an E. coli mutant strainبررسی اثر ضد میکروبی چند نوع عسل ایرانی به تنهایی و در ترکیب با سیپروفلوکساسین بر روی سویهموتان E. coli981051219FAفریدهقلم فرسادانش آموخته کارشناسی ارشد دانشگاه شهرکرد، گروه ژنتیکراضیهپوراحمدعضو هیات علمی دانشگاه شهرکرد، گروه ژنتیکبهزادشارقیعضو هیات علمی دانشگاه شهرکرد، گروه بیوشیمیJournal Article20161108Antibiotic resistance is a growing problem and human health treat. Honey is a unique food product containing bioactive compounds derived from bees and plants. These bioactive compounds are related to antimicrobial activity and enable to destroy or inhibit growth of some pathogenic microorganisms. Ciprofloxacin is a member of fluroquinolones that used against infections caused by E. coli. The aim of this research was to study the antimicrobial activity of honey alone and in combination with ciprofloxacin on E. coli mutant strain with increased AcrAB-TolC pump expression. Agar dilution method was used to measure minimum inhibitory concentration (MIC). MIC of honey was 70% and 80% in wild type and mutant strain, respectively. Honey in concentration lower than MIC in combination with ciprofloxacin caused 60% and 50% decrease in MIC of ciprofloxacin in wild type and mutant strain, respectively. In conclusion, although honey possesses antimicrobial activity alone, its combination with ciprofloxacin increases this activity.مقاومت آنتی بیوتیکی به عنوان مشکل بالینی در حال رشد و یک تهدید کنندهی سلامت انسان می باشد. عسل یک محصول غذایی منحصر به فرد است که شامل ترکیبات زیست فعال مشتق شده از زنبورها و گیاهان می باشد. این ترکیبات زیست فعال می توانند با فعالیت ضد میکروبی در ارتباط باشند و توانایی نابودسازی یا مهار رشد برخی از میکروارگانیسمهای پاتوژن را دارند. سیپروفلوکسازین یک آنتی بیوتیک از خانواده فلوروکینولونها است که علیه عفونت های حاصل از E. coli استفاده می شود. هدف از این پژوهش بررسی فعالیت ضد میکروبی عسل به تنهایی و در ترکیب با سیپروفلوکسازین بر روی سویه موتان باکتری E.coli با افزایش بیان پمپ AcrAB-TolC بود. از روش تهیه رقت متوالی در محیط جامد برای تعیین حداقل غلظت مهاری(MIC) استفاده شد. MIC عسل برای سویه تیپ وحشی و موتان به ترتیب 70% و 80 % بود. عسل در غلظت زیر حد مهاری (30%) در ترکیب با سیپروفلوکسازین باعث کاهش 60 و 50 درصدی MIC سیپروفلوکسازین به ترتیب در سویههای تیپ وحشی و موتان شد. نتیجه اینکه هر چند عسل به تنهایی فعالیت ضد میکروبی دارد، ترکیب آن با سیپروفلوکسازین این فعالیت را افزایش می دهد.https://cell.ijbio.ir/article_1219_56bc13c319706579f6155f053ad0d202.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273832120190522The relationship of ISSR markers to agronomic traits in rice under flooding and drought conditionsارتباط نشانگرهای ISSR با صفات زراعی برنج در شرایط غرقاب و تنش خشکی1061221461FAمحمدرضاکریمکارشناس ارشد بیوتکنولوژی کشاورزیحسینصبوریعضو هیات علمی دانشگاه گنبد کاووسمحمد علیابراهیمیدانشیار گروه بیوتکنولوژی، دانشگاه پیام نور، تهران، ایرانJournal Article20161125The relationship between agronomic traits and molecular markers in rice using 21 and 144 characters band consists of 10 pairs of markers in 59 genotypes of rice were studied. The highest polymorphic information content (PIC) of the primer ISSR-7 with 0.49 and Markers ISSR-2, ISSR-8, ISSR-9 and ISSR-10 with 0.47 lowest PIC is allocated to the. Based on regression analysis of molecular data and morphological traits, a total of 70 indicates normal condition and 72 markers for drought conditions for morphological traits were detected. In normal conditions, flag leaf width and 9 markers in drought conditions during the pod heading, flag leaf width, whole grains, number of grains panicle and yield per hectare, with 6 indicating the highest showed positive Markers. Highest trait variations in normal conditions of handling time (0.20) by gene sites ISSR6-7, ISSR10-11, ISSR7-4, ISSR1-7 ISSR2-5, ISSR8-9, ISSR4-8, ISSR1 -5, ISSR1-2, ISSR5-1 be explained. Drought conditions in most of the observed variations in yield per hectare (0.17) by gene sites 1 ISSR2-8, ISSR9-ISSR1-6, ISSR10-8, ISSR10-10, ISSR3-1 explained. Number of Markers with more than one attribute on the results of this study are the first to provide information useful for indirect selection of traits associated with Markers professionalism.در این تحقیق ارتباط بین صفات زراعی و نشانگرهای مولکولی دربرنج با استفاده از 21 صفت زراعی و 144 باند تشکیل شده حاصل از 10 جفت آغازگربین ریزماهواره در 59 ژنوتیپ برنج مورد مطالعه قرار گرفت. آبیاری مزرعه در هر دو محیط غرقاب و تنش، تا مرحله پنجهدهی ارقام به طور غرقاب انجام شد سپس برای ایجاد تنش، از 40 روز پس از نشاء (مرحله حداکثر پنجهزنی) تا پایان فصل زراعی به فاصله 25 روز انجام شد بیشترین محتوای اطلاعات چند شکل(PIC) را آغازگر ISSR-7 با 49/0 و آغازگرهایی ISSR-2، ISSR-8، ISSR-9 و ISSR-10 با 47/0 کمترین مقدار PIC را به خود اختصاص دادند. براساس تجزیه رگرسیون دادههای مولکولی و صفات مورفولوژیکی، در مجموع 70 نشانگر برای شرایط نرمال و 72 نشانگر برای شرایط تنش خشکی برای صفات مرفولوژیکی شناسایی شد. در شرایط نرمال عرض برگ پرچم با 9 نشانگر و در شرایط تنش خشکی طول خروج خوشه از غلاف، عرض برگ پرچم، تعداد دانه کل، تعداد دانه پر خوشه و عملکرد در هکتار با 6 نشانگر بیشترین نشانگرهای مثبت را نشان دادند. بیشترین توجیه تغییرات در شرایط نرمال مربوط به صفت مدت زمان رسیدگی (20/0) توسط مکانهای ژنی ISSR6-7, ISSR10-11, ISSR7-4, ISSR1-7 ISSR2-5, ISSR8-9, ISSR4-8, ISSR1-5, ISSR1-2, ISSR5-1 تبین شد. در شرایط تنش خشکی بیشترین توجیه تغییرات مربوط به صفت عملکرد در هکتار(17/0) توسط مکانهای ژنی ISSR2-8, ISSR9-ISSR1-6, ISSR10-8, ISSR10-10, ISSR3-1 تبیین شد. تعدادی از نشانگرها با بیش از یک صفت در ارتباط میباشند از نتایج این تحقیق در تامین اطلاعات اولیه برای انتخاب غیر مستقیم صفاتhttps://cell.ijbio.ir/article_1461_4ebead10e827c0e707a5bb7607f63543.pdfانجمن زیست شناسی ایرانپژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)2383-273832120190522Biosynthesis of silver nanoparticles and the comparison of their antibacterial activity against Bacillus cereus and Serratia marcescensسنتز زیستی نانوذرات نقره و مقایسه فعالیت ضدباکتریایی آنها علیه باسیلوس سرئوس و سراشیا مارسسنس1231321497FAجعفرهمتعضو هیئت علمی- سازمان پژوهش های علمی و صنعتی ایرانفریباحاج محمدیپژوهشکده زیست فناوری، سازمان پژوهش های علمی و صنعتی ایران، تهران، ایرانJournal Article20180421The extracellular biosynthesis of silver nanoparticles (AgNPs) using a bacterial system could be a probable approach, avoiding using destructive chemicals. The aim of this study was the biosynthesis of silver nanoparticles and the comparison of their antibacterial activity against Bacillus cereus and Serratia marcescens. Biosynthesis of AgNPs was done using novel strains of alkalophile Isoptericola variabilis sp.IRSH1 and waste agriculture. AgNPs were characterized by dynamic light scattering (DLS) and scanning electron microscopy (SEM). Their synthesis was optimized by experimental design using response surface methodology (RSM). The antibacterial activities of the silver nanoparticles were examined by the standard Kirby–Bauer disc diffusion method on Muller–Hinton agar plates. The results showed the optimized silver nanoparticles were formed with an average size of 77.30 nm and 0.45 polydispersity index (PDI). The antibacterial property of the nanoparticles increased with their increasing concentrations and the maximum inhibition zones against Bacillus cereus and Serratia marcescens were found 9.66 mm and 10.66 mm in 3000 µg/ml concentration of silver nanoparticles, respectively. Despite reducing the density of AgNPs from 3000 µg/ml concentration to 500 and 100 µg/ml concentrations, antibacterial activity against Bacillus cereus and Serratia marcescens were still visible. Consequently, the biosynthesized AgNPs has efficient antibacterial activity against Bacillus cereus and Serratia marcescens. The results indicate that Serratia marcescens is approximately five times more sensitive than Bacillus cereus to silver nanoparticles.سنتز زیستی خارج سلولی نانوذرات نقره، با استفاده از سیستم باکتریایی می تواند یک روش مناسب جهت عدم بکارگیری مواد شیمیایی باشد. بر این اساس، هدف این مطالعه سنتز زیستی نانوذرات نقره و مقایسه فعالیت ضدباکتریایی آنها علیه باسیلوس سرئوس و سراشیا مارسسنس بود. سنتز زیستی نانوذرات نقره با استفاده از سویه جدید قلیادوست ایزوپتریکولا واریابلیس IRSH1 و ضایعات سلولزی انجام شد. نانوذرات نقره بوسیله پراکندگی نوری پویا و میکروسکوپ الکترونی روبشی و DLS مشخصهیابی شدند. سپس نانوذرات تولیدی با طراحی آزمایش با استفاده از روش سطح پاسخ بهینه شدند. فعالیت ضدباکتریایی نانوذرات نقره با استفاده از روش انتشار دیسک (کربی_بائر) بر روی محیط مولر هینتون آگار بررسی شد. نتایج نشان داد که نانوذرات نقره بهینه شده با متوسط اندازه 3/77 نانومتر و شاخص پراکندگی 45/0 به دست آمدند. خواص ضدباکتریایی نانوذرات با افزایش غلظت آنها افزایش یافت، حداکثر قطر هاله عدم رشد در غلظت 3000 میکروگرم بر میلیلیتر از نانوذرات نقره برای باسیلوس سرئوس و سراشیا مارسسنس به ترتیب66/9 و 66/10 میلیمتر تعیین شد. اما با کاهش تراکم نانوذرات نقره تا غلظت های 500 و 100 میکروگرم بر میلی لیتر هم، فعالیت ضدباکتریایی علیه باکتریهای باسیلوس سرئوس و سراشیا مارسسنس همچنان قابل مشاهده است. نتایج بدست آمده بیانگر حساسیت بیشتر سراشیا مارسسنس در مقایسه با باسیلوس سرئوس نسبت به نانوذرات نقره بود. بنابراین، نانوذره سنتز شده دارای خاصیت ضد باکتریایی موثر است و سراشیا مارسسنس نسبت به باسیلوس سرئوس در مقابل آن تقریبا پنج برابر حساستر است.https://cell.ijbio.ir/article_1497_cc270a9a8ff61c0706930775e21359bc.pdf