انجمن زیست شناسی ایران
پژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)
2383-2738
2383-2746
26
2
2013
09
22
بررسی پروتئومیکی گیاهان تراریخت شده باGR-RBP2 در مقایسه با گیاه وحشی
154
163
FA
2621
GR-RBP2 یکی از 8 عضو خانواده GR-RBP در گیاه آرابیدوپسیس است که پس از ترجمه درمیتوکندری جای می گیرد. مطالعه حاضر به منظور بررسی پروتئومیکی گیاهان تراریخت شده با <em>GR-RBP2</em> در مقایسه با گیاه وحشی صورت گرفته است. در این مطالعه ژن <em>GR-RBP2</em> از گیاه آرابیدوپسیس جداسازی و در پلاسمید<em> </em>pBIN19 کلون شد. سپس پلاسمید نوترکیب از طریق باکتری<em>Agrobacterium tumefaciens </em><em> </em>و به روش<em> </em>Floral Dipping به گیاه آرابیدوپسیس انتقال یافت. با انتقال cDNA کامل <em>GR-RBP2</em><em> </em>بیست و یک لاین به دست آمد. گیاهان تراریخت شده از نظر فنوتیپی و زمان گلدهی تفاوتی را با گیاه وحشی نشان نداده و قادر به تولید بذر بودند. میزان بیان ژن در سه لاین تراریخت شده مختلف و گیاه وحشی تعیین شد. میزانmRNA درگیاهان تراریخت شده 2 برابر بیشتر از گیاه وحشی بود. آنالیز پروتئومیکی با استفاده از دو سیستم ژل مختلف صورت گرفت: 2D IEF/ SDS PAGE و 2D Blue-native/SDS PAGE. تمام ژلها با نقره رنگ آمیزی شدند. نتایج حاصل از ژل الکتروفورز 2 بعدی نشان داد که پروتئین GR-RBP2 در لاینهای تراریخت شده افزایش بیان داشته است. این نتایج نشان داد که پروتئینهای زنجیره تنفسی در لاینهای تراریخت شده مورد بررسی و گیاه وحشی به فراوانی وجود دارد. کمپلکس V زنجیره تنفسی (کمپلکس (F1 تا حدودی تخریب شده بود اما این امردر تمام لاینهای تراریخت شده و گیاه وحشی مشابه بود. آنالیز طیفهای MS به شناسایی 110 لکه پروتئینی منجر شد که 6 لکه پروتئینی در لاینهای تراریخت شده در مقایسه با گیاه وحشی افزایش نشان داد. نگاهی به برخی پروتئینهای شناخته شده نشان داد که هیچ تغییرعمده ای که نشاندهنده تحریک یا سرکوب برخی مسیرهای متابولیکی باشد وجود ندارد.
GR-RBP2 ، آنالیز پروتئومیکی,میتوکندری و انتقال ژن
https://cell.ijbio.ir/article_178.html
https://cell.ijbio.ir/article_178_d44343b3d7ef44a3a02083f3ec45c5e0.pdf
انجمن زیست شناسی ایران
پژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)
2383-2738
2383-2746
26
2
2013
08
23
بررسی تنوع وراثتی ارقام زراعی و گونه های خودروی جنس Crocusبا استفاده از نشانگر ISSR در ایران
164
173
FA
2622
جنس <em>Crocus</em> شامل تقریبا هشتاد گونه است که عمدتاً توسط گونه زراعی آن <em>Crocus sativus</em> شناخته می شود. تنوع ژنتیکی میان 16 نژادگان جنس فوق در ایران برای اولین بار توسط نشانگر ISSR مورد مطالعه قرار گرفت. چهارده نشانگر، در مجموع 208 قطعه قابل تشخیص و تکرار پذیر تولید کردند که تمام قطعات چند شکل بودند. قطعات ایجاد شده بر اساس وجود و عدم وجود امتیاز دهی شدند و از داده های فوق برای محاسبه ضرایب شباهت دایس، جاکارد و تطابق ساده استفاده گردید. دندروگرام مربوطه توسط نرم افزار NTSYSpc (نسخه 02/2) و بر اساس الگوریتم Complete Linkageو UPGMA ترسیم گردید. تجزیه و تحلیل خوشه ای، نژادگان را به پنج گروه اصلی تقسیم نمود. علاوه بر این، نمودارهای به دست آمده از تحلیل PCoA نیز نژادگان را به پنج گروه تفکیک می نماید. قدرت تفکیک تجمعی برابر با 134، میزان کمینه قدرت تفکیک برابر با 87/4 در آغازگر UBC872 و میزان بیشینه برابر با 5/15 در آغازگر UBC851و متوسط قدرت تفکیک برابر با 6/9 می باشد. نتایج به دست آمده سودمندی بالای نشانگر های ISSR را برای گروه بندی گونه های <em> Crocus</em> و تحلیل روابط زنتیکی آنها را نشان می دهد.
انگشت نگاری,تنوع ژنتیکی,زعفران,قدرت تفکیک,ISSR
https://cell.ijbio.ir/article_186.html
https://cell.ijbio.ir/article_186_eff1a0bb14e860614ec49eb58a891b5d.pdf
انجمن زیست شناسی ایران
پژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)
2383-2738
2383-2746
26
2
2013
08
23
تهیه کریستال لوسیفراز جهش یافته گونه Lampyris turkestanicus و بررسی اولیه پراشهای حاصل از آن
174
185
FA
2623
لوسیفرازها آنزیمهایی هستند که از سوبسترایی به نام لوسیفرین همراه با ATP وMg<sup>2+</sup> و اکسیژن مولکولی برای انتشار نورهایی با رنگهای متنوع استفاده مینمایند. بسته به فاکتورهای متفاوت - که یکی از مهم ترین آنها اسیدآمینههای تشکیل دهنده لوسیفراز است- نورهایی با طیف رنگی متفاوت از لوسیفرازها منتشر میشود. لوسیفراز حشره شبتاب گونه ایرانی با نام علمی <em>Lampyris turkestanicus</em> نور سبز منتشر میکند. در این کار برای اولین بار کریستال لوسیفراز جهش یافته <em>Lampyris turkestanicus</em> (E354R/R356/H432Y) - که نور قرمز ساطع میکند- به منظور مطالعه و تعیین ساختار سه بعدی و در نهایت مطالعه مکانیسم تغییر رنگ در مقایسه با لوسیفرازهای تعیین ساختار شده دیگر با روش کریستالوگرافی اشعه X تهیه شد. تهیه کریستال با استفاده از روش کریستالوگرافی قطره نشسته انجام شد و کریستال تتراگونالی با حد تفکیک 2/2 آنگستروم بهدست آمد. تک واحدهای کریستال دارای ابعاد a=85.01 b=85.01 c=97.09 است.
لوسیفراز جهش یافته (E354R/R356/H432Y),کریستالوگرافی اشعه X,Lampyris turkestanicus
https://cell.ijbio.ir/article_187.html
https://cell.ijbio.ir/article_187_88797ab7ddc1dab37c4d00bb30168928.pdf
انجمن زیست شناسی ایران
پژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)
2383-2738
2383-2746
26
2
2013
08
23
بررسی اثر مشتقات پکتینی در القای مرگ برنامه ریزی شده یا آپوپتوز در دودمان سلولی سرطان پروستات انسانی DU145
186
199
FA
2624
مواد پکتینی، پلی ساکارید های پیچیده غنی از زیر واحد های گالاکتوز می باشند. مطالعات نشان داده است که، این مواد قادر به القای آپوپتوز در سلولهای سرطانی هستند. تحقیق حاضر جهت بررسی اثر آپوپتوزی اسید پکتیک (AP) و پکتین مرکبات (CP) روی دودمان سلولی سرطان پروستات انسانی DU145 ، که وابسته به آندروژن می باشد، صورت گرفته است. با تغییر pH و دما نمونه های تغییر یافته ای از اسید پکتیک و پکتین مرکبات به دست آمد و اثر این مواد (MAP (modified acid pectic)) MCP و (modified citrus pectin) و نیز روی سلولهای مذکور مورد بررسی قرار گرفت. اثر آپوپتوتیکی این مواد پکتینی با Pectasol، به عنوان کنترل مثبت در القای آپوپتوز روی این سلولها، مقایسه گردید. درصد آپوپتوز سلولها پس از تیمارهای مختلف، به وسیله رنگ آمیزی آکریدین اورنج و اتیدیوم برماید و همچنین بررسی سیکل سلولی با استفاده از تکنیک فلوسایتومتری، مورد بررسی قرار گرفت. نتیجه این مطالعه نشان می دهد که، غلظت mg/ml 5 از محلولهای AP، MCP و mg/ml 1 از Pectasol میزان بالای آپوپتوز را در سلولهای سرطانی DU145 نسبت به کنترل القاء می کند (0.001 < p). در حالی که MAP با همین دُز قدرت آپوپتوتیکی کمی را نشان می دهد. در ضمن، درصد نکروز سلولها، توسط رنگ آمیزی آکریدین اورنج و اتیدیوم برماید، مطالعه گردید. میزان آپوپتوز سلولها نسبت به میزان نکروز آنها به مراتب بالاتر می باشد. نتیجه این پژوهش نشان داد که، CP قدرت القای آپوپتوز در سلولهای DU145 را ندارد و پس از آنکه به وسیله pH و دما تغییر پیدا می کند (MCP) دارای قدرت آپوپتوتیک می شود. درحالی که، AP یا پکتین سیب بدون تغییر دارای این قدرت است و اگر تغییر داده شود، یعنی به مولکولهای کوچکتر تبدیل گردد این قدرت را به طور معنی دار از دست می دهد. این مسأله می تواند حاکی از برتری پکتین سیب به پکتین مرکبات باشد؛ پکتین سیب، مولکولی کوچکتر از پکتین مرکبات دارد و در بخش خوراکی این میوه قرار دارد و بدون نیاز به شکسته شدن توسط تغییرات دما و pH قادر به القای آپوپتوز در سلولهای سرطانی تحت تیمار خود می باشد، در حالی که پکتین مرکبات دارای مولکولی بزرگ است که به صورت طبیعی قادر به القای آپوپتوز در سلولهای سرطانی پروستات DU145 نمی باشد. در ضمن این پکتین در پوست غیر خوراکی آن بوده و نیاز به شکسته شدن توسط دما و pH، برای القای آپوپتوز در سلولهای سرطانی تحت تیمار خود دارد.
آپوپتوز,اسید پکتیک,پکتین مرکبات,سلولهای DU145
https://cell.ijbio.ir/article_188.html
https://cell.ijbio.ir/article_188_f46a53126bd12da3ac1e3812f8a8d9fa.pdf
انجمن زیست شناسی ایران
پژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)
2383-2738
2383-2746
26
2
2013
08
23
تأثیر دما و عوامل معدنی و آلی بر رشد و تکثیر Paramecium caudatum در محیط کشت مخمر
200
207
FA
2625
تک یاختگان مژه دار مانند <em>Paramecium caudatum</em> را می توان در محیط کشت مخمر پرورش داد. در این پژوهش تأثیر دما و غنی سازی محیط کشت مخمر بر رشد و تکثیر جمعیت <em>P. caudatum</em> بررسی شد. رشد جمعیت <em>P. caudatum</em><em> </em>در محیط کشت مخمر تحت دماهای مختلف (40-20 درجه سانتی گراد) و تحت غنی سازی با یونهای Ca<sup>2+ </sup><sup> </sup>وMg<sup>2+</sup> و اسید آمینه ال-آرژینین مورد مقایسه قرار گرفت. طبق نتایج، جمعیت این جانوران 48 ساعت پس از پاساژ در دمای 30 درجه سانتی گراد نسبت به سایر دماها افزایش قابل ملاحظه ای داشت (001/0p<). همچنین غنی کردن محیط کشت با یونهای Ca<sup>2+</sup> وMg<sup>2+</sup> و به ویژه افزودن اسید آمینه ال-آرژینین در دمای بهینه موجب افزایش بیشتر جمعیت <em>P. caudatum</em> در این محیط نسبت به محیط کشت معمولی مخمر شد (001/0p<). بررسی منحنی رشد این جانوران تک سلولی در محیط کشت معمولی مخمر تحت دمای بهینه نشان داد که رشد و تکثیر این جانوران تک سلولی دارای چهار مرحله است. مقایسه منحنیهای رشد محیط معمولی نسبت به محیط غنی شده، نشان دهنده رشد بیشتر سلولها در محیط غنی شده نسبت به محیط معمولی است. بر اساس یافته های حاضر محیط کشت غنی شده مخمر را تحت دمای 30 درجه سانتی گراد می توان به عنوان یک محیط کشت مصنوعی مناسب برای تکثیر و ازدیاد <em>P. caudatum</em> معرفی کرد.
P. caudatum,دمای بهینه,محیط کشت مخمر,عوامل معدنی و آلی,منحنی رشد
https://cell.ijbio.ir/article_189.html
https://cell.ijbio.ir/article_189_9b90ab571555464bd2240ef745a1a4d7.pdf
انجمن زیست شناسی ایران
پژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)
2383-2738
2383-2746
26
2
2013
08
23
ارزیابی سیتوژنتیکی گل محمدی (. (Rosa damascena Millمناطق مختلف کشور
208
220
FA
2626
گل محمدی یکی از گونههای ارزشمند گیاهی است که در بسیاری از کشورها از جمله ایران سابقه کشت زیادی دارد. به منظور بررسی تنوع سیتوژنتیکی بین جمعیتهای مختلف گل محمدی موجود در مؤسسه تحقیقات جنگلها و مراتع کشور، تعداد 14 جمعیت (اکسشن) انتخاب شد و از قلمه ریشه دار شده آنها مریستم انتهایی ریشه تهیه گردید. برای مطالعات کاریوتیپی این جمعیتها از سیستم آنالیز تصویری و برای اندازه گیری پارامترهای سیتوژنتیکی از نرم افزار Micromeasure<em> </em>استفاده شد. دادهها پس از جمع آوری در قالب یک طرح کاملاً تصادفی با 3 تکرار مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. نتایج نشان داد که بین جمعیتها از لحاظ پارامترهای سیتوژنتیکی طول بازوی کوتاه، طول بازوی بلند، نسبت بازوی بلند به بازوی کوتاه، شاخص عدم تقارن درون کروموزومی، درصد شکل کلی کاریوتیپ، درصد بازوی بلند و<em> </em>درصد بازوی کوتاه اختلاف معنی داری در سطح 1 درصد و برای صفت طول کل کروموزوم بین جمعیتها اختلاف معنی داری در سطح 5 درصد وجود داشت. در تجزیه به مؤلفههای اصلی، سه مؤلفه اول بیش از 98 درصد از کل واریانس بین جمعیتها را توجیه نمودند. در مؤلفه اول با سهم 51 درصد از کل واریانس، صفات طول بازوی کوتاه، نسبت بازوی بلند به بازوی کوتاه، شاخص عدم تقارن درون کروموزومی و درصد شکل کلی به عنوان مهم ترین صفات در گروه بندی جمعیتها شناخته شدند. در مؤلفه دوم با سهم 24 درصد از کل واریانس، صفات درصد بازوی بلند و درصد بازوی کوتاه دارای اهمیت بیشتری در ایجاد تنوع بودند. همچنین در مؤلفه سوم با سهم 22 درصد از کل واریانس، صفات طول بازوی بلند و طول کل کروموزوم نقش بیشتری در ایجاد تنوع بین جمعیتها داشتند. برای گروه بندی جمعیتها براساس صفات کاریوتیپی، تجزیه خوشه ای به روش Ward انجام شد که با برش دندروگرام در فاصله اقلیدسی 35/4، جمعیتها در 4 کلاس مختلف قرار گرفتند. در این بررسی بیشترین فاصله بین دو جمعیت اصفهان 9) و ایلام 1) و کمترین فاصله بین دوجمعیت گیلان 1) و اصفهان 7) مشاهده شد. دیاگرام حاصل از پراکنش جمعیتها براساس سه مؤلفه اصلی، جمعیتهای مورد بررسی را در 4 گروه قرار میدهد که این امر مؤید نتایج حاصل از خوشه بندی است.
گل محمدی (Rosa damascena Mill.),سیتوژنتیک,کاریوتیپ,تجزیه خوشه ای و تجزیه به مؤلفههای اصلی
https://cell.ijbio.ir/article_190.html
https://cell.ijbio.ir/article_190_da8c3a813b096987a515366a58666334.pdf
انجمن زیست شناسی ایران
پژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)
2383-2738
2383-2746
26
2
2013
08
23
تکثیر، همسانه سازی و بررسی امکان بیان ژن زیرواحد فرعی آنتی ژن عامل کلونیزاسیون I (CFaE) از باکتری اشریشیاکولی انتروتوکسیژنیک (ETEC)
221
228
FA
2627
باکتری <em>اشریشیا کلی</em> انتروتوکسیژنیک (ETEC) شایع ترین عامل اسهال باکتریایی کودکان زیر پنج سال و همچنین رایج ترین عامل اسهال مسافر در بالغین در دنیا است، که سالانه تعداد زیادی از کودکان را به کام مرگ کشانده و تعداد کثیر دیگری را تحت تأثیر قرار می دهد. از این رو هدف WHO تولید واکسن علیه این عامل می باشد. فیمبریه CFA/I یکی از عوامل ویرولانس مهم و شایع این باکتری است که نقش اساسی در فرآیند بیماریزایی این باکتری دارد. از این رو پروتئین انتهایی این فیمبریه (CFaE) می تواند به عنوان کاندید واکسن مطرح باشد. هدف از این مطالعه، بررسی امکان بیان پروتئین نوترکیب CFaE از توالی طبیعی ژن مربوطه بعد از همسانه سازی آن در ناقل بیانی، بوده است. بعد از طراحی پرایمر برای ژن <em>cfaE</em> ، با استفاده از واکنش PCR تکثیر شد. در مرحله بعد، ژن مذکور در ناقل pTZ57R/T همسانه سازی اولیه و سپس با استفاده از آنزیمهای محدودالاثر در ناقل بیانی pET28a(+) زیر همسانه سازی شد. بررسی بیان با استفاده از ماده IPTG با تغییر پارامترهای مختلف صورت گرفته در دو میزبان <em>E</em>.<em>coli</em> سویه های BL21(DE3)pLysS و Rosetta مورد ارزیابی قرار گرفت. فرآیند همسانه سازی و زیر همسانه سازی با موفقیت انجام گرفت. نمونه های تست در مقایسه با کنترل در مواجهه با IPTG پروتئین نوترکیب قابل تشخیصی را روی ژل SDS-PAGE نشان نداد. این نتیجه با تغییر پارامترهای مختلف (زمان القاء، دما و غلظتهای متفاوت IPTG) تکرار شد. به نظر می رسد توالی طبیعی ژن <em>cfaE</em> دارای میزان A+T بالا و همچنین کدونهای نادر زیادی است که باعث می شود قابلیت تولید بالای پروتئین در <em>E</em>.<em>coli</em> با این الگوی کدونی وجود نداشته باشد. از این رو پیشنهاد می گردد توالی این ژن بعد از بهینه سازی کدونها ، سنتز شده و سپس بررسی بیان آن مجدداً ارزیابی شود.
اشریشیا کلی انتروتوکسیژنیک,زیرواحد فرعی آنتی ژن عامل کلونیزاسیون I (CFaE),همسانه سازی,بیان پروتئین نوترکیب
https://cell.ijbio.ir/article_191.html
https://cell.ijbio.ir/article_191_f8bdaa9e1284407b465fd4c842572193.pdf
انجمن زیست شناسی ایران
پژوهشهای سلولی و مولکولی (مجله زیست شناسی ایران)
2383-2738
2383-2746
26
2
2013
08
23
جداسازی آنزیم لیپاز از باکتری Pseudomonas aeruginosa HR59 حاصل از عفونتهای سوختگی و بهینه سازی محیط کشت آن با استفاده از روش Box-Behnken
229
241
FA
2628
با توجه به کاربرد فراوان آنزیمهای لیپولیتیک بخصوص لیپاز باکتریایی در صنایع غذایی، دارویی و بهداشتی از یک طرف و قیمت بالای آن از طرف دیگر، جهت رفع مشکل تولید آنزیم لیپاز باکتریایی، تولید این آنزیم از یک منبع در دسترس و ارزان قیمت مورد بررسی قرار گرفته است. برای این منظور سوش جدید <em>Pseudomonas aeruginosa </em>HR59 از عفونت سوختگی جداسازی و شرایط کشت آن با استفاده ار روش سطح پاسخ برای چهار فاکتور غلظت کلسیم، غلظت توئین-80، غلظت روغن زیتون و زمان انکوباسیون بهینه سازی شده است. نتایج حاصل از این روش آماری نشان داده است که زمان انکوباسیون بیشترین تأثیر و غلظت روغن زیتون کمترین تأثیر مثبت را بر ترشح آنزیم دارند. در نتیجه اعمال شرایط بهینه شده در محیط کشت باکتری (3 میلی مولار کلسیم، V/V 1.5 روغن زیتون، V/V 0.4 توئین-80 و 72 ساعت آنکوباسیون)، ترشح آنزیم به حداکثر مقدار خود می رسد.
لیپاز باکتریایی,عفونت سوختگی,بهینه سازی محیط کشت,روش آماری سطح پاسخ,Box- Behnken Design (BBD)
https://cell.ijbio.ir/article_192.html
https://cell.ijbio.ir/article_192_a5e9b278a30e887fb37ec4d948d3a64e.pdf