@article { author = {hosseini, ebrahim and soltani, bahram and behmanesh, mehrdad}, title = {Test functionality of the human Trmt1 and Ppic predicted signal peptides by yeast secretion trap (YST)}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {27}, number = {4}, pages = {520-532}, year = {2015}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {2745}, abstract = {Secreted and transmembrane proteins are key players in various biological processes. they are accessible to various drug delivery mechanisms and they have a critical role as diagnostic and prognosis factors in clinical states . There are several bioinformatic softwares applied in the prediction of signal peptides and there are several experimental methods to trap signal peptides and identify secreted and transmembrane proteins. YST abbreviated form of yeast secretion trap is one of experimental methods based on pYST vectors and a host Saccharomyces cerevisiae strain 066-2. The host yeast is mutant and lacks invertase. The three pYST expression vectors encoding a mutant invertase in one of three frames and lacking the start codon and signal sequence. In this work we intended to set up YST system and for this purpose we examined two electronically predicted signal sequences in the amino terminal of cyclophilin c (ppic) and tRNA methyl transferase (Trmt1) human proteins. In addition we used putative signal sequence of pi16 as positive control and putative mitochondrial signal sequence of Tfam as the negative control to confirm functionality of the system. these sequences were amplified by PCR and then cloned to in frame in pYST expression vectors. Subsequently, The host yeast strain 066-2 recombinant were transformed with recombinant vectors and cultured on the selective agar media. The results of expriments confirmed the functionally of the system. Neither trmt1 nor ppic amino terminal predicted signal sequence did not function as signal sequence in this system.}, keywords = {"signal peptide,"yeast secretion trap (YST),"Ppic,Trmt1}, title_fa = {بررسی عملکرد توالی نشانه در انتهای آمین دو پروتئین Ppic و Trmt1 انسان با سیستم ترشح مخمر (YST)}, abstract_fa = {پروتئین¬های ترشحی و خلال غشایی در بسیاری از فرایندهای زیستی نقش کلیدی دارند. نرم افزار¬های بیو¬انفورماتیکی متعددی جهت یش¬بینی این پروتئین¬ها طراحی و ساخته شده است. همچنین چندین روش تجربی نیز جهت به دام انداختن این پروتئین¬ها معرفی شده است. سیستم ترشح مخمر یا به اختصار YST، یکی از روش¬های تجربی است که در این زمینه مورد استفاده قرار گرفته است. این سیستم شامل حامل¬های بیانی و یک سویه مخمر جهش یافته است. این سویه فاقد اینورتاز است. اینورتاز آنزیمی است که ترشح آن باعث رشد مخمر بر روی محیط انتخابی سوکرز می¬شود. سه وکتور بیانی این سیستم، اینورتاز فاقد متیونین آغازی و توالی نشانه را در سه قالب مختلف کد می¬کنند. عرضه cDNA های حاوی توالی نشانه در ابتدای اینورتاز ترشح آن و در نتیجه رشد مخمر بر روی محیط انتخابی سوکرز را فراهم می¬آورد. هدف از این تحقیق راه¬اندازی سیستم YST جهت شناسایی پروتئین های ترشحی و خلال غشایی بود. به این منظور عملکرد دو توالی نشانه پیش¬بینی شده توسط نرم¬افزار های بیو¬انفورماتیکی، در انتهای آمین دو پروتئین انسانی Ppic و Trmt1 و توالی نشانه شناخته شدهPi16 به عنوان کنترل مثبت وتوالی نشانه میتوکندری Tfam، به عنوان کنترل منفی با این روش مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج حاصل از کنترل مثبت و منفی حاکی از کارکرد صحیح سیستم بود و در مورد توالی مورد نظر در Trmt1، همانطور که انتظار می رفت در این سیتم فاقد عملکرد بود اما توالی مورد نظر در Ppic، بر خلاف انتظار قادر به عملکرد به عنوان توالی نشانه در این سیستم نبود.}, keywords_fa = {"توالی نشانه,"yeast secretion trap (YST)",ppic",Trmt1}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_432.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_432_bf446dff642a651eb3c9e34fc09b9ac8.pdf} }