@article { author = {Mirzaei, Saeid}, title = {Transcriptome profiling of shoot and root tip of soybean}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {30}, number = {4}, pages = {409-421}, year = {2018}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Abstract Shoot apical meristem (SAM) and root apical meristem (RAM) are regions in the plant which contain stem cells. SAM provides cells for development of all above-ground structures such as leaves, flowers, branches and inter nodes and RAM is responsible for formation of plant underground organs. Furthermore, root is major component of plant nutrient and use of water in the plant. Therefore, the growth and development of the plant depends on the function of meristematic regions in shoot and root apex. In this study, the transcriptome of the shoot and root tip of soybean were investigated to identify genes that are highly expressed in this regions and likely to have major role in these areas. Hence, RNA-seq data were analyzed using the CLC Genomics workbench. Results revealed 1956 and 1725 genes were specifically expressed in the shoot and root tip, respectively. Moreover in the shoot tip in comparison with the root tip, 3750 genes of differentially expressed genes had a fold change of two or greater and 3710 of down-regulated genes in the shoot tip had a fold change of two or greater. Functional analysis of differentially expressed genes revealed that these genes are involved in catalytic, transcription, signaling and enzyme regulator activities.}, keywords = {Transcriptome,Shoot tip,Root tip,Soybean,RNA-seq}, title_fa = {پروفایل ترانسکریپتوم نوک شاخه و ریشه گیاه سویا}, abstract_fa = {چکیده در گیاهان مریستم های انتهای شاخه و ریشه، نواحی دارای سلول‌ های بنیادی هستند. مریستم نوک شاخه سلول های مورد نیاز برای توسعه ساختار های هوایی گیاه مانند برگ‌ها، گل‌ها، شاخه‌ها و فواصل بین Node ها را تامین می کند و مریستم نوک ریشه مسئول ایجاد اندام های زیر زمینی گیاه می باشد. علاوه بر این ریشه از اجزای اصلی تغذیه و استفاده از آب در گیاه می‌باشد. بنابراین رشد و توسعه گیاه وابسته به عمل نواحی مریستمی در ریشه و شاخه می‌باشد. در این مطالعه ترانسکریپتوم نوک شاخه و ریشه گیاه سویا مورد بررسی قرار گرفت تا ژن هایی که در هر یک از این نواحی بیان بالاتری را دارند و احتمالا نقش اساسی در این نواحی دارند شناسایی شوند. به این منظور داده های حاصل از RNA-seq به وسیله نرم افزار CLC Genomic workbench مورد آنالیز واقع شدند. نتایج نشان داد 1956 ژن به طور اختصاصی در نوک شاخه و 1725 ژن به طور اختصاصی در نوک ریشه بیان می شوند. علاوه بر این در نوک شاخه در مقایسه با نوک ریشه 3750 ژن دارای یک افزایش دو یا بیش از دو برابر و 3710 ژن از ژن‌های با کاهش بیان، کاهش بیانی در حد دو و یا بیش از دو را در نوک شاخه داشتند. آنالیز عملکردی ژن متمایز بیان شده نشان داد که این ژن‌ها در فعالیت‌های کاتالیتیک، رونویسی، سیگنالینگ و تنظیم کننده آنزیمی نقش دارند.}, keywords_fa = {ترانسکریپتوم,نوک شاخه,نوک ریشه,سویا,RNA-seq}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_1190.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_1190_0373a0c998f3a8aad65bfe76ef90e218.pdf} }