@article { author = {Abtahi Froushani, Seyyed Meysam and esmaeili, hadi and Mansouri, bahman}, title = {New approach to the immunomodulatory effects of calcitriol in NMRI-mouse}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {28}, number = {4}, pages = {458-467}, year = {2016}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Recent evidence demonstrated an important role for Th-17 and FoxP3+Treg lymphocytes in immunity system .Although, previous reports have determined the immunomodulatory potential of calcitriol, but this study was mostly done before the discovery of recent lymphocytes. The present study was set out to investigate the effects of calcitriol on immunity system in NRMI-mice after challenge with sheep red blood cells (SRBC). The study population was consist of 14 male mice that randomly allocated in two equal groups and immunized with SRBC. Mice in the treatment group were intraperitoneally received 5 μg/Kg calcitriol every other day from the beginning of the study and continued for 2 weeks. The results of the present study indicated a significant increase in the level of anti-SRBC antibody and simultaneously a significant decrease in the level of DTH in the treatment group compared to control group. The level of respiratory burst in phagocytic cells of splenocytes and the level of lymphocyte proliferation were significantly decreased in treatment group compared to control group. Moreover, calcitriol caused a significant reduction in the production of pro-inflammatory IL-17 as well as IFN-γ, parallel to increasing FoxP3+Treg cells. Also the level of anti-inflammatory IL-10 was significantly increased. Therefore, the major immunomudlatoty effects of calciteriol may be due to a significant decrease in Th17 cells activity and concurrently a significant decrease in the expansion of FoxP3+Treg lymphocytes.}, keywords = {Calcitriol,Humoral immunity,Cellular immunity,Lymphocyte response}, title_fa = {نگرش جدید به اثرات ایمونومودلاتوری کلسی‌تریول در موش سوری}, abstract_fa = {در سال‌های اخیر توجه زیادی به نقش لنفوسیت‌های Th17 و FoxP3+Treg در سیر پاسخ‌های ایمنی شده است. با وجودی که برخی مطالعات قبلی مؤید نقش تعدیل کننده ایمنی کلسی‌تریول بوده است، ولی این اثرات عمدتا قبل از زمان کشف رده‌های اخیر بوده است. هدف از این مطالعه ارزیابی اثرات کلسی‌تریول بر پاسخ‌های دستگاه ایمنی متعاقب چالش با پادگن گویچه‌های سرخ گوسفند (SRBC) در مدل موشی می‌باشد. جامعه مورد مطالعه، شامل 14 موش‌های نر سوری بود که در دو گروه مساوی به طور تصادفی قرار گرفتنند و با پادگن SRBC ایمونیزه شدند. موش‌های گروه تیمار از ابتدای مطالعه به مدت دوهفته کلسی‌تریول(μg/Kg 5–یک روز در میان-داخل صفاقی) دریافت نمودند.نتایج به دست آمده حاکی از افزایش معنی‌دار تیتر پادتن ضد SRBC در سرم موش‌های گروه تیمار همزمان با کاهش شدت واکنش DTH در قیاس با موش‌های شاهد می‌باشد. میزان قابلیت انفجار تنفسی در جمعیت سلول‌های فاگوسیتیک طحال و همچنین شدت تکثیر لنفوسیت‌های طحالی در این گروه از موش‌ها در مقایسه با گروه شاهد به طور معنی‌داری کاهش یافته بود. در عین حال کلسی‌تریول، موجب کاهش معنی‌دار در تولید سایتوکاین‌های پیش التهابی 17-IL و IFN-γهمزمان با افزایش فراوانی سلول‌های FoxP3+Treg شد . سطح سایتوکاین ضد التهابی IL-10 نیز به طور معنی‌داری افزایش یافت. بنابراین ممکن است که عمده اثرات ایمونومدولاتوری منتسب به کلسی-تریول مربوط به کاهش معنی‌دار فعالیت سلول‌های Th17، همزمان با القای لنفوسیت‌های FoxP3+Treg باشد.}, keywords_fa = {کلسی تریول,ایمنی هومورال,ایمنی سلولی,پاسخ لنفوسیتی}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_777.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_777_a01ed743a42b9ec568ff12adb1d4de9d.pdf} } @article { author = {Esmaeili Nezhad, Masoumeh and Zeinoddini, Mehdi and Maghsoodi, nader}, title = {The role of Asn 28 and Lys 30 of aequorin photoprotein in calcium sensitivity}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {28}, number = {4}, pages = {468-474}, year = {2016}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Introduction: The photoprotein aequorin, isolated from the jellyfish Aequoera victoria, is a calcium-sensitive bioluminescent protein formed with the apoprotein apoaequorin and the prosthetic group coelenterazine that emits light upon calcium binding. The protein is believed to be a monomer containing four helix-loop-helix motifs (EF hand) of which three domains can bind calcium. On the other hand, excess calcium in brain is associated with many neurodegenerative diseases and conditions including Alzheimer’s, Parkinson’s, and stroke. Aequorin as a natural calcium binding protein taking up excess calcium in brain cells much like a sponge. The aim of this study is production of mutant aequorin for calcium sensitivity increase. Material and method: The mutated aequorin (N28D, K30T), in EF hand I, were prepared using site directed mutagenesis and subcloned in the pET21 expression vector. According to design of His-taq, purified mutants aequorin prepared using nickel affinity chromatography. Finally calcium sensitivity compared between wild-type and mutant aequorin.Results: Calcium sensitivity of mutated aequorin indicated aeq-K30T is more sensitive than wild type and aeq-N28D.}, keywords = {photoprotein aequorin,Mutation,Calcium,sensitivity}, title_fa = {مطالعه اهمیت و نقش اسیدهای آمینه آسپارژین 28 و لیزین 30 فوتوپروتئین اکورین در جذب کلسیم}, abstract_fa = {زمینه: فوتوپروتئین اکورین جدا شده از عروس دریایی اکوریا ویکتوریا ، فوتوپروتئین حساس به کلسیم است که از اپواکورین و گروه پروستاتیک کوالنترازین تشکیل شده و دراثر اتصال به کلسیم سبب نشر نور آبی می شود. این پروتئین مونومری شامل چهار موتیف EF hand است که سه موتیف آن می تواند به کلسیم متصل شود. از سوی دیگر افزایش کلسیم در مغز می تواند منجر به بیماری های عصبی نظیر آلزایمر، پارکینسون و سکته مغری گردد. اکورین با توجه به اینکه در گروه پروتئین های متصل شونده به کلسیم (CBPs) قرار دارد، همانند یک اسفنج می تواند کلسیم مازاد را در نرون های عصبی جذب نماید. هدف تحقیق حاضر ایجاد جهش های هدفمند در اکورین به منظور افزایش حساسیت آن به کلسیم است.مواد وروش‌ها: در این تحقیق ، با استفاده از روش جهش زایی هدفمند، دو جهش نقطه ای در اسیدهای آمینه آسپاراژین 28 و لیزین 30 K30T)و (N28D در ناحیه EF hand  طراحی گردید و درون سیستم بیانی pET21 کلون و بیان شد. با توجه به طراحی دنباله هیستیدین، تخلیص پروتئین های جهش یافته به کمک ستون های نیکله انجام شد و در نهایت حساسیت جهش های مذکور به کلسیم با نمونه اولیه، مقایسه گردید. نتیجه گیری: نتایج حساسیت پروتئین های تولیدی به کلسیم، نشان داد که جهش K30T در مقایسه با نمونه اولیه ، حساسیت و میل ترکیبی بالاتری به کلسیم از خود نشان می دهد.}, keywords_fa = {فوتوپروتئین اکورین,جهش,کلسیم,حساسیت}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_650.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_650_5710fb7b663128e60f9eaeaf74df2b1f.pdf} } @article { author = {amjady, fariba and golestani imani, bahram and karimi, Farokh}, title = {An investigation of the effect of copper nanoparticles on E.coli genome by RAPD molecular markers}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {28}, number = {4}, pages = {475-487}, year = {2016}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {AbstractRegarding the bacterial resistence of common antibiotecs and anti-microbial agents , a great number of studies have been conducted to discover the recent types of anti-microbial agents. With the recent developments in nanotechnology, copper has been extensively used as nanoparticles against all positive-gram and to negative-gram particles due to its low price and high anti-microbial activity.In the present study, copper oxide nanoparticles of (<20 nm) have been used to study its effect on the genome of Escherichia coli strain O157: H7 as a model for Gram-negative bacteria.To this end, the bacteria were first treated with 30 and 60 µg/mL copper oxide nanoparticles at the intervals of 2, 4, and 24 hours. and then their DNA were extracted.In order to investigate the effects of copper oxide nanoparticles on the genome, the chain reaction techniques of (RAPD-PCR) was employed. Using the software NTSYS-PC, the results obtaind from electrophoresis of PCR products on agaros gel were analyzed.The results of the studiy revealed that copper oxide nanoparticles not only affects the growth of bacteris but also affect the sequencing of genomic DNA and leads to the changes of them in different points.Key words: nanoparticles copper oxide , Escherichia coli , Rapid polymerase chain reaction (RAPD-PCR)}, keywords = {Copper nanoparticles,Escherichia coli,Rapid polymerase chain reaction (RAPD-PCR)}, title_fa = {بررسی اثر نانوذرات اکسید مس روی ژنوم باکتری اشریشیاکلی با استفاده از نشانگرهای مولکولی RAPD}, abstract_fa = {چکیدهبا توجه به مقاومت باکتری ها نسبت به آنتی بیوتیک ها و عوامل ضد میکروبی مرسوم، تحقیقات بسیاری برای یافتن انواع جدید عوامل ضد میکروبی موثر انجام شد. با توسعه فناوری نانو، مس به طور فزاینده ای به شکل نانوذرات با فعالیت های ضد میکروبی بالا و قیمت ارزان علیه همه باکتری های گرم منفی و گرم مثبت مورد استفاده قرار گرفته است. در این تحقیق از نانو ذره اکسیدمس با اندازه (کمتر از 10 نانومتر) برای بررسی اثر آن روی ژنوم باکتری اشریشیاکلی سویهO157:H7 به عنوان مدل برای باکتریهای گرم منفی استفاده شد. بدین منظور ابتدا باکتریها را با غلظتهای 30 و 60 میکروگرم بر میلی لیتر با این نانوذرات تیمار کرده و در فاصله های زمانی 2، 4 و 24 ساعت خاصیت ضد میکروبی نانوذره بررسی گردیده و استخراج DNA صورت گرفت. تکنیک واکنش زنجیره ای پلیمراز رپید ( RAPD-PCR) جهت بررسی اثر نانوذره اکسیدمس روی ژنوم به کار گرفته شد. با استفاده از نرم افزار NTSYS-PC، نتایج حاصل از الکتروفورزیس محصولات PCR روی ژل آگارز مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. در این تحقیق مشاهده گردید که علاوه بر اثر مهارکنندگی نانوذرات اکسیدمس، روی رشد باکتریها مشخص شد که این نانوذرات روی توالی DNA ژنومی این باکتری اثر گذاشته و باعث تغییر آن در نقاط مختلف گردید.}, keywords_fa = {نانوذره اکسیدمس,باکتری اشریشیاکلی,واکنش زنجیره ای پلیمراز رپید ( RAPD-PCR)}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_790.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_790_d0604e2d4d7237576d8091c72757f9c2.pdf} } @article { author = {جدیر, سونیا and DEHGHAN NAYERI, fatemeh}, title = {Study of expression of the MADS-box transcription factors involved in flower formation in saffron (Crocus sativus L.)}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {28}, number = {4}, pages = {488-499}, year = {2016}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {In plants many genes have been identified with a significant role in the control of flowering pathway. Most of these genes belong to a large family of MADS-box transcription factors. Crocus sativus is a triploid sterile plant characterized by its long red stigmas having commercial value. Understanding flower development in this plant can be useful in increasing yield and reducing production cost. In the present study, the expression pattern of two classes of MADS-box genes (Ag1 and Sep3) involved in flower formation was analyzed in both flower parts and vegetative organs by semi quantitative RT-PCR. Based on the analysis, two C classes of MADS-box genes including Ag1a and Ag1b were expressed in three sexual organs including ovary, stigma and stamens. These two genes showed higher expression in saffron stigma and stamens compared to ovary. Expression level of Ag1a and Ag1b genes was low in petal, leaf, corn and root organs. The expression of Sep3a, Sep3b, Sep3c and Sep3d genes from class E of MADS-box family detected in petal, stamen, stigma and ovary while it was not detectable in vegetative organs including corn and root by semi quantitative RT-PCR.}, keywords = {Gene expression,Saffron,MADS-box transcription factors,Semi quantitative RT-PCR}, title_fa = {بررسی بیان ژن‌های عوامل رونویسی MADS-box موثر در تشکیل گل در زعفران (Crocus sativus L.)}, abstract_fa = {بسیاری از ژن‌های کنترل کننده گلدهی در گیاهان شناسایی شده‌اند که بیشتر آنها متعلق به خانواده بزرگ عوامل رونویسی MADS-box هستند. گیاه زعفران (Crocus sativus) یک گیاه تریپلوئید نرعقیم و ارزشمند است که به منظور استفاده از گل و بویژه کلاله آن کشت می‌شود. درک چگونگی تشکیل گل در گیاه زعفران به افزایش عملکرد و کاهش هزینه‌های تولید آن کمک زیادی می‌کند. در این تحقیق بیان ژن‌های دو گروه Ag1 و Sep3 از خانواده MADS-box که در تشکیل گل بویژه در شکل‌گیری کلاله نقش دارند با روش PCR نیمه کمی (semi quantitative RT-PCR) در زعفران واریته ایرانی بررسی شد و میزان بیان این ژن‌ها در کلاله و سایر اندام‌های گل و نیز اندام‌های رویشی مورد مقایسه قرار گرفت. ژن‌های Ag1a و Ag1b از کلاس C خانوادهMADS-box در سه اندام جنسی تخمدان، کلاله و پرچم بیان شدند بطوریکه میزان بیان آنها در اندام‌های کلاله و پرچم نسبت به تخمدان بیشتر بود. بیان این ژن‌ها در اندام‌های گلبرگ، برگ، پیاز و ریشه در مقایسه با کلاله و پرچم پایین بود. بیان ژن‌های Sep3a، Sep3b، Sep3c و Sep3d از کلاس E این خانواده ژنی در چهار اندام گلبرگ، پرچم، کلاله و تخمدان تعیین شد در صورتیکه میزان بیان با روش PCR نیمه کمی در اندام‌های رویشی برگ، پیاز و ریشه تعیین نگردید.}, keywords_fa = {بیان ژن,زعفران,عوامل رونویسی MADS-box,روش PCR نیمه کمی}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_663.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_663_3df7c947d4e5ba04164fcf3af7d4b584.pdf} } @article { author = {khademi, sara and shokrolahi, parvin and زندی, مژگان and Irani, shiva}, title = {Gelatin-chitosan coating enhances L929 fibroblasts proliferation on supramolecular nano-fibrous scaffolds}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {28}, number = {4}, pages = {500-512}, year = {2016}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Aim: The goal of tissue engineering is regeneration and restoration of damaged tissues and organs. Scaffolds are the main part of tissue engineering ،and gelatin/chitosan surface modification is one of the proper methods for surface modification of polymer scaffolds. Evaluation of fibroblasts behavior on gelatin/chitosan coated supramolecular PCL (SP-PCL) was the aim of this study. Materials and Methods: SP-PCL nano-fibers were prepared by electrospinning. Morphology of the nano-fibrous mats was investigated using scanning electron microscopy MTT assay was performed to examine cell activity on the nano-fibers. DAPI staining was carried out to evaluate cell viability.Result: The SEM images of the cells onto the scaffold showed good biocompatibility of the scaffold. In addition, the MTT assay results showed a proper metabolic activity of cells on the scaffolds The sPCL nano-fibrous mats coated with gelatin-chitosan blend show significantly (p<05/0 ) increased cells proliferation compared to control(tissue culture plate, TCP), and also this significant increased proliferation has been observed until the seventh day post seeding. Discussion: The experiments showed that the nano-fibrous electrospun SP-PCL coated with gelatin/chitosan blend, provides a suitable environment for fibroblasts adhesion, and proliferation, possibly because of similarity to nano-fibrous natural ECM network.}, keywords = {tissue engineering'',nano fiber'',gelatin / chitosan blend'',Supramolecular PCL}, title_fa = {پوشش‌دهی ژلاتین-کیتوسان روی داربست پلی کاپرولاکتون سوپرامولکولی و بررسی تاثیر آن بر رفتار سلول‌های فیبروبلاست موشی}, abstract_fa = {هدف : علم مهندسی بافت در کنار علم پزشکی به احیا و ترمیم بافت ها و اندام های آسیب دیده می پردازد. داربست به عنوان جزء اصلی مهندسی بافت تعریف می گردد. در این پژوهش از روش اصلاح سطح داربست نانولیفی پلی کاپرولاکتون سوپرامولکولی (Sp-PCL) برای بهبود حدفاصل زیست ماده-سلول های فیبروبلاست بهره برده شد. هدف مطالعه بررسی اثر اصلاح سطحی با ژلاتین -کیتوسان بر رفتار سلول های فیبروبلاست روی داربست Sp-PCL تهیه شده با روش الکتروریسندگی است. موادوروشها: نانوالیاف SP-PCL توسط روش الکتروریسندگی تهیه شدند. نانوالیاف تهیه شده بااستفاده ازآمیزه ژلاتین کیتوسان پوشش داده شد. مورفولوژی نانواالیاف تهیه شده توسط SEM بررسی گردید وآزمون زیست سازگاری برروی آن ها انجام شد. برای بررسی فعالیت سلولی بر روی نانوالیاف آزمون MTT انجام گرفت. برای بررسی حیات سلولی روی داربست، رنگ آمیزی DAPI مورد استفاده قرارگرفت. نتایج: نتایج حاصل از بررسی میکروسکوپی رشد سلول درکنارداربست نشان دادکه داربست زیست سازگاری مناسبی دارد.علاوه براین، نتایج بررسی فعالیت متابولیکی سلول ها برروی داربست با استفاده از تست MTT نشان داد که پوشش سطحی نانوالیاف SP-PCL با آمیزه ژلاتین-کیتوسان به طور معنی داری(50.0> (P تکثیر سلولی را نسبت به کنترل افزایش داده و همچنین این افزایش معنی دارتا روز هفتم ادامه داشته است.بحث: : آزمایشات نشان دادکه نانوالیاف الکتروریسی شده SP-PCL پوشیده شده باآمیزه ژلاتین-کیتوسان به دلیل شباهت به شبکه نانولیفی ECM طبیعی، بسترمناسبی برای چسبندگی، و تکثیرسلولهای فیبروبلاستی فراهم کرد.}, keywords_fa = {مهندسی بافت'',نانوالیاف'',آمیزه ژلاتین کیتوسان'',PCLسوپرامولکول}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_657.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_657_df13f6567beb91bdf8251b0f73536b6c.pdf} } @article { author = {خسروی, هوشنگ}, title = {Evaluation of some physiological characteristics of Rhizobium leguminosarum bv. viciae native to Iranian soils}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {28}, number = {4}, pages = {513-523}, year = {2016}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Nitrogen is one the most important and most in need element for plants growth. In agriculture, the need of plants to nitrogen supplied through chemical fertilizers that causes many environmental problems. Biological nitrogen fixation is one of the exceptional natural phenomena that accomplished by some of bacteria including Rhizobia. Rhizobium leguminosarum bv. viciae is the specific symbiotic nitrogen fixer of fababean. Plant infection test is one of the inexpensive and reliable methods for detection of Rhizobium. In this research the sampling of Rhizobium root nodules of fababean in 50% flowering stage in fields of farmers from Khouzestan, Lorestan, Golestan, Mazandaran and Gilan provinces was accomplished. A total, 168 Rhizobium root nodules were collected from these areas. After isolation of bacteria from nodules, various morphological and physiological tests are performed on the isolates. Accordingly, 101 isolates were purified and detected. Plant infection test revealed that 42 isolates are able to form root nodules on fababean. The symbiotic effectiveness of selected isolates was 5-165. Thecae isolates showed diversity about antibiotic resistance.}, keywords = {Nitrogen,symbiotic,fixation}, title_fa = {بررسی برخی خصوصیات فیزیولوژیک Rhizobium leguminosarum bv. viciae بومی ایران}, abstract_fa = {نیتروژن یکی از مهمترین و پرنیازترین عناصر برای رشد گیاهان است. نیتروژن در کشاورزی، معمولا از طریق کود شیمیایی در اختیار گیاه قرار می‌گیرد که باعث مشکلات زیست محیطی فراوانی می‌شود.. تثبیت زیستی نیتروژن از پدیده‌های طبیعی و استثنایی است که توسط گروهی از باکتری‌ها از جمله ریزوبیوم‌ها انجام می‌شود. باکتری اختصاصی همزیست تثبیت کننده نیتروژن باقلا Rhizobium leguminosarum bv. viciae می‌باشد. یکی از راه‌های مطمئن و ارزان برای تشخیص این باکتری آزمون آلودگی گیاه می‌باشد. در این پژوهش در موعد 50 درصد گلدهی نمونه‌برداری از گره‌های ریزوبیومی ریشه باقلا از استان‌های خوزستان، لرستان، گلستان، مازندران و گیلان انجام شد. در مجموع، تعداد 168 نمونه گره از این مناطق جمع‌آوری شد. پس از جداسازی باکتری‌ها از گره‌ها، آزمایشات مرفولوژیک و فیزیولوژیک مختلفی از جمله آزمون آلودگی گیاه و بررسی کارآیی تثبیت زیستی نیتروژن (S.E.) بر روی نمونه‌ها انجام شد. بر این اساس تعداد 101 جدایه، خالص‌سازی و شناسایی شدند. تعداد 42 جدایه بر اساس توان ایجاد گره در ریشه شناسایی و تأیید شدند. بر اساس نتایح کارایی تثبیت نیتروژن تعداد 19 جدایه انتخاب شدند. مقدار S.E. جدایه‌های انتخاب شده بین 5 تا 165 بود. از نظر مقاومت به آنتی بیوتیک‌ها دارای تنوع زیستی بودند.}, keywords_fa = {نیتروژن,همزیستی,تثبیت}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_784.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_784_3ca122c9032875662fdbbe126b9280f2.pdf} } @article { author = {Roshani Yasaghi, Elaheh and Taghdir, Majid and : Mohammad Ali Shokrgozar, Mohammad Ali and نادری منش, حسین}, title = {Design and synthesis of self-assembled peptide based on three dimensional nano hydrogels for soft tissue engineering}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {28}, number = {4}, pages = {524-538}, year = {2016}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Injectable hydrogels are among the most applicable materials in soft tissue engineering. Synthetic biology is been applied to design and produce new hydrogel biomaterials with suitable mechanical properties and in situ gel formation capability in in vivo conditions. Amphiphiles peptides are one mostly used group of these biomaterials. Biological, chemical and mechanical optimizations are necessary for a good soft tissue ECM simulation based on hydrogels. The aim of this work is to construct a novel three-dimensional nano-composite hydrogels with different mechanical and biological properties. The Spectroscopic and microscopic methods consisting of CD, FTIR, TEM, and AFM are used for optimization of the co-assembly process and to assess the probable effects of bio-epitope segments in final properties of co-assembled hydrogels. Our results show that not only the amount of each peptide but also hydrophobicity and the volume of bio-epitope segments affect the strength and geometry of hydrogen bonds, inter-febrile interactions, and final stability of hydrogels. These data suggest that it is possible to produce different hydrogels without major alterations in the main parts of peptide amphiphiles just by designing right combination of mixed peptide amphiphiles and their bio-derivatives.}, keywords = {amphiphile peptide,self-assembly,co-assembly,nano-fiber,mechanical properties}, title_fa = {طراحی و ساخت نانو هیدرو ژل‌های سه‌بعدی بر پایه پپتیدهای خود آراینده جهت مهندسی بافت‌های نرم}, abstract_fa = {هیدرو‌ژل‌های تزریقی ازجمله مواد مناسب در مهندسی بافت‌های نرم هستند. امروزه یکی از اهداف بیولوژی سنتزی، طراحی و تولید زیست‌مواد هیدروژل شونده است که ضمن داشتن ویژگی‌های فیزیکی مناسب قادر به خودآرایی درجا در شرایط درون تنی باشند. پپتیدهای دوگانه‌دوست گروهی از این مواد هستند. شبیه‌سازی هرچه بهتر ماتریکس خارج سلولی بافت‌های نرم با هیدرو ژل‌های حاصل از خودآرایی پپتیدهای دوگانه دوست، مستلزم بهینه‌سازی‌های زیستی، شیمیایی و فیزیکی است. در این تحقیق هدف ساخت هیدرو ژل‌های سه‌بعدی نانوکامپوزیتیی با خواص زیستی و مکانیکی متفاوت است که طی فرایند هم‌آرایی و تنها با تغییر نسبت پپتید دوگانه دوست و دو مشتق زیست فعال آن، به وجود آمده باشند. برای بهینه نمودن فرایند هم‌آرایی و بررسی اثرات احتمالی ناشی از وجود توالی‌های مختلف زیست فعال بر ویژگی‌های هم‌آرایه‌های نهایی از روش‌های طیف‌سنجی همچون FTIR و CD در کنار روش‌های میکروسکوپی مانند TEM و AFM استفاده‌شده است. نتایج به‌دست‌آمده حاکی از آن است که نه‌تنها مقادیر هر یک از مولکول‌ها در هم‌آرایی بلکه درصد آب‌گریزی و آب‌دوستی بخش زیست‌فعال آن‌ها نیز بر قدرت و جهت‌گیری پیوندهای هیدروژنی، میانکش‌های بین فیبری و پایداری نهایی هیدروژل‌ها مؤثر است؛ بنابراین می‌توان بدون تغییر در بخش‌های اصلی تشکیل‌دهنده مولکول‌های دوگانه‌دوست و تنها با طراحی هم‌آرایی‌های مناسب میان این مولکول‌ها و مشتقاتشان به هیدروژل‌هایی با خواص متفاوت رسید.}, keywords_fa = {پپتید دوگانه دوست,خود‌آرایی,هم‌آرایی,نانو فیبر,خواص مکانیکی}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_670.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_670_5c0f6c08de132f873216c37a6c9fba80.pdf} } @article { author = {Zangishei, Zahra and Salari, Hooman}, title = {Monitoring the Expression Pattern of Genes encoding S-adenosyl-L-methionine:phosphoethanolamine N-methyltransferase (PEAMT) enzyme in Arabidopsis under Drought Stress}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {28}, number = {4}, pages = {539-550}, year = {2016}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {In this study we use relative expression analysis via quantitative Real-Time PCR to evaluate the effects of drought on the expression pattern of genes coding for the enzyme S-adenosyl-L-methionine: phosphoethanolamine N-methyltransferase (PEAMT) in Arabidopsis thaliana. Tissues including fast-expanding leaves, fully expanded leaves, and roots have been considered. PEAMT plays a key role in the biosynthesis of phosphocholine. According to the Arabidopsis thaliana genome database (TAIR) there is one known gene At3g18000 (AtNMT1) and two putative genes At1g48600 (AtNMT2) and At1g73600 (AtNMT3) coding for the PEAMT enzyme. The tissue mRNA induction level of AtNMT1and AtNMT3 genes varied in response to drought levels, while AtNMT2 gene expression was affected negligibly by these factors. While withholding water for 12 days reduced the expression level of AtNMT1 in fast expanding and fully expanded leaves by about 0.8 folds, the expression level of the gene increased in roots by about 4.5 folds. In contrast, after 16 days without watering, the expression level of AtNMT1 rose about 2.5 folds and reduced to the level of control in fast expanding leaves and roots, respectively. The expression pattern of AtNMT3 suggests that AtNMT3 may be a drought responsive gene in roots. AtNMT3 expression in roots increased about 3.5 and 9 folds in response to 12 and 16 days of water deficit, respectively, despite the lack of changes and/or reduction in leaves. We conclude that the genes AtNMT1 and AtNMT3 may influence the response to drought stress in Arabidopsis.}, keywords = {Arabidopsis thaliana,drought stress,S-adenosyl-L-methionine: phosphoethanolamine N-methyltransferase,phosphatidylcholine,qRT-PCR}, title_fa = {اثر تنش خشکی بر بیان ژن‏های کدکننده آنزیم‎ اس-آدنوزیل-ال‎متیونین: فسفواتانول‎آمین‎ان-متیل‎ترانسفراز (PEAMT) در آرابیدوپسیس}, abstract_fa = {در این مطالعه با استفاده از روش آنالیز نسبی بیان ژن‎ها به‎کمک تکنیک (qRT-PCR) Quantitative Real Time PCR تاثیر دو سطح تنش خشکی 12 و 16 روزه بر بیان خانواده ژنی‎ رمزکننده آنزیم اس-آدنوزیل-ال‎متیونین: فسفواتانول‎آمین‎ان-متیل‎ترانسفراز (PEAMT) در سه اندام آرابیدوپسیس؛ شامل برگ‌های درحال توسعه، برگ‌های توسعه یافته و ریشه؛ ارزیابی شد. این آنزیم نقش کلیدی در بیوسنتز فسفوکولین دارد. تاکنون یک ژن به ‎طور قطع (AtNMT1) و دو ژن به‎ صورت احتمالی (AtNMT2 و AtNMT3) به عنوان رمزکننده آنزیم‎های خانواده PEAMT در آرابیدوپسیس معرفی شده‎اند. رفتار این سه ژن در مواجهه با تنش خشکی متفاوت بود. درحالیکه بیان ژن AtNMT2 چندان متاثر از تنش و نوع اندام نبود، بیان دو ژن AtNMT1 و AtNMT3 بسیار به این عوامل وابسته بودند. بیان AtNMT1 در پاسخ به 12 روز قطع آبیاری در برگ‎های درحال توسعه و توسعه یافته کاهشی تقریبا 8/0 برابری داشت، اما بیان آن در ریشه تا حدود 5/4 برابر شاهد افزایش یافت. پس از 16 روز قطع آبیاری بیان این ژن در برگ‎های در حال توسعه تقریبا 5/2 برابر افزایش یافت و در ریشه با کاهش روبرو و به سطح شاهد بازگشت. بیان ژن AtNMT3 در 12 و 16 روز قطع آبیاری، به رغم عدم تغییر و کاهش در اندام‎های هوایی، به ترتیب در حدود 5/3 و 9 برابر در ریشه افزایش یافت. به نظر می‎رسد AtNMT3 احتمالا ژن حساس ‎به خشکی در ریشه است. به‎طور کلی، شاید بتوان گفت که دو ژن AtNMT1 و AtNMT3 ایزوفرم‎های موثر رمزکننده آنزیم‎های PEAMTدر شرایط مواجهه با تنش خشکی در آرابیدوپسیس هستند.}, keywords_fa = {آرابیدوپسیس تالیانا,تنش خشکی,اس-آدنوزیل-ال‎متیونین: فسفواتانول‎آمین‎ان-متیل‎ترانسفراز,فسفاتیدیل‎کولین,qRT-PCR}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_792.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_792_acf1dfddaca17394a6c9406466cdb59e.pdf} } @article { author = {sharghi, leila and محمودی, فاطمه and Ahmadabadi, mohammad}, title = {Improving salt tolerance in Arabidopsis thaliana via overexpression of a calcium sensor gene}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {28}, number = {4}, pages = {551-559}, year = {2016}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Soil salinity is a major limiting factor of agricultural crops in the world. Increase in the level of expression of some genes that involved in salt tolerance of plants, can lead to improving performance. The salt stress induces SALT-OVERLY-SENSITIVE (SOS) pathway in Arabidopsis (Arabidopsis thaliana). SOS3 protein has an important role in this regulatory pathway. In this study, we have isolated the cDNA of AtSOS3 gene and cloned it into the pBIN61 vector under control of CaMV35S expression promoter. Then we have transformed Arabidopsis plants by Agrobacterium containing the recombinant plasmid, by Floral dip method. The mature seeds of transformed plants was selected on the culture media with kanamycin. The presence of the SOS3 transgene in the transgenic plant cells was verified by the PCR method. Analysis of second generation of transgenic and wild type plants for their salt tolerance in different doses (0,50,100,150mM) of NaCl showed that transgenic plants are more tolerant to salinity stress.}, keywords = {Gene Transformation,Floral dip,cloning,Salt tolerance,AtSOS3}, title_fa = {بهبود تحمل به شوری در آرابیدوپسیس تالیانا از طریق بیش بیانی یک ژن حسگر کلسیم}, abstract_fa = {افزایش در سطح بیان برخی ژن‌های دخیل در تحمل به شوری منجر به بهبود عملکرد گیاه در تنش شوری می شود. تنش شوری مسیر SOS ( (SALT OVERLY SENSITIVE را در آرابیدوپسیس تالیانا القا می‌کند. پروتئین 3 SOS نقش مهمی در این مسیر تنظیمی دارد. در این مطالعه cDNAی ژن حسگر کلسیم 3 SOS از گیاه آرابیدوپسیس تالیانا جداسازی و در ناقلpBIN61 و پایین دست پروموتر بیانی CaMV35S کلون شد. پس از انتقال ناقل حاصل به آگروباکتریوم، گیاهان آرابیدوپسیس با استفاده از این سلول‌ها و به روش فلورال دیپ تراریخت شدند. بذرهای گیاهان تراریخت شده جمع‌آوری و در محیط حاوی آنتی‌بیوتیک کانامایسین انتخاب شدند. از گیاهان انتخاب شده، DNA استخراج شده و وجود ژن 3SOS انتقال یافته در ژنوم گیاهان تراریخت به وسیله PCR تایید شد. آزمون میزان تحمل به شوری گیاهان نسل دوم که در محیط‌های با درجات شوری صفر، 50، 100 و 150 میلی‌مولار NaCl کشت شده نشان داد که گیاهان تراریخت حاصل، تحمل بیشتری نسبت به گیاهان وحشی در شرایط شوری دارند.}, keywords_fa = {انتقال ژن,فلورال دیپ,همسانه سازی,تحمل به شوری,AtSOS3}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_817.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_817_4e8f4b11e5bf88762763e98a59c926c4.pdf} } @article { author = {sadrmomtaz, afsaneh and asghari, seyed mohsen}, title = {comparable studies on the stability of proteases from Pseudomonas aeruginosa against thermolysin from Bacillus thermoproteolyticus in the presence of organic solvents}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {28}, number = {4}, pages = {560-567}, year = {2016}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Extensive research has been conducted on the stability of proteases in organic solvents, because they have numerous applications in organic media. Thermolysin from Bacillus thermoproteolyticus is a highly thermostable Zn-metalloprotease and is applied in industry for peptide synthesis, a reaction essentially performs in organic media. However, thermolysin has low stability at organic solvents.In contrast, its homologous enzyme, Pseudomonas aeruginosa elastase (PAE) is an organic solvent stable protease. In the present study, recombinant PAE was purified and compared with thermolysin in different organic solvents. For this purpose, activity of enzymes was measured in ethanol, methanol, isopropanol, dimethylformamide, glycerol and ethylenglycol (0-50 % (V/V)). Except isopropanol and ethanol, not only the elastase activity was not decreased, but also strongly increased in organic solvents. However, activity of thermolysin was abolished in all organic solvents. In the presence of DTT 1mM, the PAE activity was notably decreased in organic solvents. Considering that PAE contains two disulfide bonds at N- and C-terminal domains, it may suggest that disulfide bonds play a role in organic solvent stability of PAE.}, keywords = {metaloprotease,thermolysin,elastase,organic solvent,activity of enzymes}, title_fa = {مطالعات مقایسه‌ای مقاومت پروتئازحاصل ازسودوموناس آئروجینوزا در مقایسه با ترمولیزین حاصل از باسیلوس ترموپروتئولیتیکوس در حلال‌های آلی}, abstract_fa = {تحقیقات گسترده‌ای برروی پایدار ی پروتئازها درحلالهای آلی انجام شده است، زیرا این آنزیمها کاربردهای فراوانی درحلالهای آلی دارند. الاستاز حاصل از سودوموناس آئروجینوزا ازجمله Zn-متالوپروتئازهای مقاوم به حلال‌های آلی است. اما، آنزیم همولوگ آن، ترمولیزین باسیلوس ترموپروتئولیتیکوس، دارای پایداری دمایی بالا است درحالیکه پایداری بسیار کمی در حلال‌های آلی دارد. این آنزیم از نظر صنعتی مهم بوده و به ویژه در سنتز پپتید کاربرد دارد. در این تحقیق الاستاز نوترکیب خالص گردید و با ترمولیزین در حضور حلال‌های آلی مختلف مورد مطالعات مقایسه ای قرار گرفت. بدین منظور، فعالیت آنزیم‌ها در غلظت‌های V/V)% 50-0 )از حلال‌های آلی اتانول، متانول، ایزوپروپانول، دی متیل فرمامید، گلیسرول و اتیلن گلیکول اندازه‌گیری شد. فعالیت الاستاز در حضور همه حلال‌های آلی، به کار رفته به جز اتانول، در تمامی غلظت‌ها نه تنها کاهش نیافته بلکه روند افزایشی را نشان داده، در حالی که فعالیت ترمولیزین در شرایط مشابه کاملا از دست رفت. از سوی دیگر، فعالیت الاستاز در حضور DTT 1 میلی مولاردر تمام حلال‌ها به شدت کاهش یافت. با توجه به اینکه الاستاز دارای یک پیوند دی سولفیدی در دمین آمینوترمینال و یک پیوند دی سولفیدی در دمین کربوکسی ترمینال می‌باشد می‌توان پیشنهاد نمود که دلیل پایداری الاستاز در حلال‌های آلی وجود این پیوندهای دی‌سولفیدی می‌باشد.}, keywords_fa = {متالو پروتئاز,ترمولیزین,الاستاز,حلال آلی,فعالیت آنزیمی}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_793.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_793_cdec4454648679eeb4586a7af2ce0bad.pdf} } @article { author = {fathalizadeh, parisa and Dashtizad, Mojtaba and اسعدی تهرانی, گلناز and دلیری جوپاری, مرتضی}, title = {The effect of vitrification on pluripotency specific genes, Oct4 and Nanog in mouse blastocysts}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {28}, number = {4}, pages = {568-578}, year = {2016}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Introduction: From the first vitrification of mouse embryos in 1985, considerable efforts have been made to develop and improve cryopreservation techniques, but still biochemical and fetal chromosomal abnormalities caused by vitrification can cause changes in the pattern of genes expression involved in embryonic development and function, reduced implantation and fetal death. The purpose of this study was to investigate the effects of vitrification on survival and the expression of pluripotency specific genes like Oct4 and Nanog in the vitrified-warmed mouse blastocysts. Methods & Materials: Harvested blastocysts from superovulated female mice were vitrified in the presence of dimethyl sulfoxide 15%, ethylene glycol 15% and sucrose 0.5 M as cryoprotectants and vitrified in liquid nitrogen after loading on Cryotop. Thawing process was performed by immersing the blastocysts in thawing solution prepared using sucrose 1 M. Survival and hatching rates were evaluated and also the Oct4 and Nanog genes expression in vitrified- thawed and fresh blastocysts (control group) were assessed by real time-PCR method. Results: Survival and hatching rates decreased significantly in vitrified blastocysts compared with control group (94.43± 5.81% vs. 100% for survival and 57.78± 11.76% vs. 86.88± 5.80% for hatching). Also increased expression of Nanog and Oct4 genes were observed in vitrified- warmed blastocysts. Conclusion: Considering the results of this study, it can be said that vitrification of mouse embryo at the blastocyst stage can change gene expression and quality of the embryo.}, keywords = {"Vitrification","Mouse blastocyst","Oct4 and Nanog genes"}, title_fa = {بررسی اثر انجماد شیشه ای بر میزان بیان نشانگرهای اختصاصی پرتوانی، Oct4 و Nanog، در بلاستوسیست های موش سوری}, abstract_fa = {مقدمه: از زمان اولین انجماد شیشه‌ای رویان موش در سال 1985، تلاش‌ها‌ی قابل توجهی برای توسعه و بهبود این تکنیک صورت گرفته است اما همچنان انجماد با اعمال آسیب‌های جدی بیوشیمیایی و کروموزومی بر روی رویان می‌تواند باعث تغییراتی در الگوی بیان ژن‌های دخیل در تکوین و عملکرد، کاهش لانه‌گزینی و نهایتا مرگ رویان گردد. هدف از این مطالعه بررسی تاثیرات انجماد شیشه‌ای بر زنده‌مانی و رشد و بررسی بیان ژن‌های تخصصی پرتوانی موثر در تکوین رویان از جمله ژن‌های Oct4 و Nanog در بلاستوسیست‌های منجمد- ذوب شده‌ی موش بود. روش کار: پس از تحریک تخمک‌گذاری موش‌های ماده و استحصال بلاستوسیست، فرآیند انجماد با حضور دی‌متیل سولفوکسید 15%، اتیلن‌گلیکول 15% و ساکارز 5/0 مولار به عنوان مواد سرما‌محافظ در محیط‌های انجمادی انجام شد و بلاستوسیست‌ها با قرار‌گیری روی Cryotop، به درون ازت مایع منتقل گشتند. فرآیند ذوب نیز با شست‌و‌شوی رویان‌ها در محیط ذوب حاوی ساکارز 1 مولار صورت پذیرفت. نهایتا میزان زنده‌مانی، خروج بلاستوسیست‌ها از زونا و نیز بیان ژن‌های Oct4 و Nanog به روش real time- PCR در بلاستوسیست‌های منجمد- ذوب شده و شاهد ارزیابی شد. نتایج: نرخ زنده‌مانی و خروج بلاستوسیست‌ها از زونا در تیمار انجماد نسبت به بلاستوسیست‌های منجمد نشده بطور معنی‌داری کاهش یافتند (81/5±43/94% در مقابل 100% برای زنده‌مانی و 76/11±78/57% در مقابل80/5± 88/86% برای خروج بلاستوسیست از زونا). همچنین بیان ژن‌های Nanog و Oct4 افزایش یافت. نتیجه‌گیری: با توجه به یافته‌های این آزمایش می‌توان گفت که انجماد شیشه‌ای بلاستوسیست موش سوری در مرحله‌ی بلاستوسیست می‌تواند باعث تغییر بیان ژن و کیفیت رویان گردد.}, keywords_fa = {"انجماد شیشه‌ای","بلاستوسیست موش","ژن‌های Oct4 و Nanog "}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_662.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_662_17551edc6a2c5f00986eb815c7b3e8f9.pdf} } @article { author = {Gardoonpar, Hossein and mohajal, hanieh and Hosseinpour feizi, Mohammad ali}, title = {Study of the effect of rolC and trolC genes on chlorosis in Tobacco plants}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {28}, number = {4}, pages = {579-587}, year = {2016}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {The rol (rooting locus) genes are located on T-DNA (Transferred DNA) of Agrobacterium rhizogenes and induce the morphological and developmental abnormalities upon the integration in to the plant genome. In this study we investigated the effect of bacterial rolC gene and its homologue in Tobacco -tobacco rolC or ''trolC'' gene- on growth of Nicociana tabaccum cv.samsun plants. In the first time, the presence of rolC and trolC genes was confirmed in transgenic lines and then using RT-PCR technique, we have shown that the transgenic plants expressing the bacterial rolC or tobacco trolC genes -which demonstrate the chlorotic phenotype-, have very low or no expression of the chloroplastic gene ''psbA''. This gene encodes for one of the proteins of photosystem II. We conclude that the lack of expression of chloroplastic psbA gene and thus the defective feature of chloroplasts in rolC/trolC transgenic plants may cause the chlorotic phenotype of these plants.}, keywords = {''Agrobacterium'',''chlorosis'',''RT-PCR'',''rolC'',''trolC''}, title_fa = {بررسی مولکولی القا کلروز توسط ژنهای rolC و trolC در گیاه توتون}, abstract_fa = {ژنهای rooting locus) rol) بر روی Transferred DNA) T-DNA) باکتری Agrobacterium rhizogenes قرار دارند که با انتقال به میزبان گیاهی باعث ایجاد تغییرات مورفولوژیک و رشد و نموی در گیاه می شوند. این تحقیق با هدف بررسی تاثیر ژن rolC از این باکتری و هومولوگ گیاهی آن یعنی ژن trolC از گیاه توتون، بر رشد و نمو گیاه Nicotiana tabacum cv.samsun انجام گرفته است. در این تحقیق ابتدا DNA گیاهان تراژن rolC و trolC استخراج و از حضور ژنهای مورد نظر اطمینان حاصل شد. با توجه به اینکه گیاهان تراژن با بیان ژنهای rolC وtrolC، فنوتیپ کلروزه نشان می دهند انتظار میرفت که بیان ژنهای کلروپلاستی نیز با بیان تراژنها کاهش یابد. برای بررسی این موضوع، استخراج RNA از گیاهان تراژن، سنتز cDNA و در نهایت واکنش PCR بر روی نمونه‌ها با پرایمرهای اختصاصی ژن psbA کلروپلاستی انجام گرفت. نتایج حاصل از RT-PCR نشان داد که بیان ژن فوق که کد کننده یکی از پروتئینهای فتوسیستم II می باشد در گیاهان تراژن و کلروزه بشدت کاهش یافته یا متوقف میشود و به عبارت دیگر یکی از دلایل ایجاد کلروز ناشی از این تراژنها از نقطه نظر مولکولی میتواند نقص بیان ژن psbA در گیاهان بیان کننده ژنهای rolC و trolC باشد.}, keywords_fa = {"آگروباکتریوم",'' کلروز'',''rolC'',''trolC'',''RT-PCR''}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_802.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_802_a69b542ae55796077bc1d0d68f12d17b.pdf} } @article { author = {Mohseni, Mojtaba and معقول, شیماسادات}, title = {Toxicity assay of heavy metals Pb, Cd and Cu by luminescent bacterium isolated from the Caspian Sea}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {28}, number = {4}, pages = {588-598}, year = {2016}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Due to widespread environmental pollution contaminants and heavy metals, using of modern, fast and high performance methods for detection of contaminants has great significance. One of the methods to assay the toxicity of environmental samples is use of luminescent bacteria for toxicity assay based on bioluminescence inhibition. The purpose of current study was toxicity assay of heavy metals using luminescent bacterium isolated from the Caspian Sea. Water samples were collected from different depth of the Caspian Sea. For isolation of luminescent bacteria, samples were inoculated into specific medium and incubated at 28 °C. Growth and luminescence of isolate were studied using spectrophotometry and luminometry. Then assessment of toxicity of heavy metals including Pb, Cd and Cu was performed using luminescence property of the isolate. Of the sea water a luminescent bacterium was isolated named MM1. The result of bioluminescence investigation revealed that the isolate MM1 can be able to emit steady and high level of light. The light emission of isolate MM1 was significantly decreased in the presence of heavy metals. The results revealed that the isolate was able to detect low concentration of heavy metals. The EC50 values for Pb, Cd and Cu were assayed 8.55, 18.46 and 3.77 mgL-1, respectively. The results of this study demonstrated that luminescence activity of bacterium isolated from the Caspian Sea was sensitive to the presence of heavy metals and was significantly reduced. The isolate can be used for toxicity assay of environmental pollutants especially for heavy metals.}, keywords = {Luminescent bacterium,Heavy metals,toxicity assay,Caspian Sea}, title_fa = {سنجش سمیت فلزات سنگین سرب، کادمیوم و مس توسط باکتری نورافشان جدا‌شده از دریای مازندران}, abstract_fa = {امروزه با توجه به آلودگی گسترده محیط زیست به انواع آلاینده‌ها و فلزات سنگین، استفاده از روش‌های نوین، سریع و با کارایی بالا برای تشخیص آلاینده‌ها اهمیت زیادی پیدا کرده است. یکی از روش‌های سنجش سمیت نمونه‌های محیطی، استفاده از باکتری‌های نورافشان برای آزمون سنجش سمیت بر اساس مهار بیولومینسانس می‌باشد. هدف پژوهش حاضر، سنجش سمیت فلزات سنگین با استفاده از باکتری نورافشان جدا شده از دریای مازندران بود. نمونه آب از اعماق مختلف دریای مازندران جمع آوری شد. برای جداسازی باکتری نورافشان، نمونه‌ها در محیط کشت اختصاصی تلقیح و در دمای 28 درجه سانتی‌گراد گرماگذاری شد. رشد و نورافشانی جدایه به روش اسپکتروفتومتری و لومینومتری بررسی شد. سپس سنجش سمیت فلزات سنگین سرب، کادمیوم و مس توسط خاصیت لومینسانس جدایه نورافشان انجام شد. باکتری نورافشان به نام جدایه MM1 از آب دریا جداسازی شد. نتایج بررسی نورافشانی نشان داد که جدایه MM1 توانایی نورافشانی پایدار و با سطح بالا داشت. نور ساطع شده از جدایه‌ی MM1 کاهش قابل توجهی در حضور فلزات سنگین داشت. نتایج نشان داد که جدایه قادر به تشخیص غلظت بسیار پایین فلزات سنگین می‌باشد. مقادیر EC50 برای فلزات سنگین سرب، کادمیوم و مس به ترتیب mgL-1 55/8، mgL-1 46/18 و mgL-1 77/3 سنجیده شد. نتایج مطالعه حاضر نشان داد که فعالیت لومینسانس باکتری نورافشان جدا شده از دریای مازندران به حضور فلزات سنگین حساس بوده و به طور قابل توجهی کاهش یافت. این جدایه می‌تواند برای سنجش سمیت آلاینده‌های زیست محیطی بویژه فلزات سنگین مورد استفاده قرار گیرد.}, keywords_fa = {باکتری نورافشان,فلزات سنگین,سنجش سمیت,دریای مازندران}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_798.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_798_613dae5a8de14d7aa2770cec7324c04a.pdf} } @article { author = {moradyar, mahdi and zamani, mohammad reza and motalebi, mostafa and Aghazadeh, rostam}, title = {Transformation of canola with a chimeric chitinase gene under control of the SP-FF synthetic pathogen-inducible promoter}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {28}, number = {4}, pages = {599-611}, year = {2016}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Plants are constantly challenged by the invading pathogens in their natural habitat. Expression of defensive genes from a promoter that is specifically activated in response to pathogen invasion is highly desirable for engineering disease-resistant plants. In this study, synthetic promoters were placed upstream of the chimeric chitinase defense gene to produce transformation vectors. Canola plants were transformed with three constructs, pGFC, pGMPC, pBISM2 containing synthetic promoters, SP-FF (FF elements + minimal promoter), SP-MP (only minimal promoter), and the CaMV 35S constitutive promoter, respectively. Enzyme activity assay indicated that the synthetic pathogen-inducible promoter (SP-FF) was responsive to the Methyl jasmonate (MJ) elicitor, whereas pGMPC, as a negative control did not respond. Transgenic lines were also evaluated for antifungal activity against two phytopathogenic fungi. Data show that leaf extracts from transgenic plants containing the SP-FF promoter treated with MJ, strongly inhibited fungal growth, especially that of Sclerotinia sclerotiorum, the major pathogen of canola. Results indicated that not only the SP-FF synthetic promoter is highly responsive to MJ, as an important chemical signal in necrotrophic pathogen defense, but the induced expression of the transgene under control of the synthetic promoter can increase the resistance of transgenic plants against pathogenic fungi.}, keywords = {"Synthetic promoter,Canola,Chimeric chitinase,Antifungal activity"}, title_fa = {انتقال ژن کیتیناز کایمری به کلزا و بیان القائی تراژن، تحت پیشبر ساختگی القاء پذیر با بیمارگر SP-FF}, abstract_fa = {گیاهان به صورت دائمی، در محیط زیست شان، در معرض بیمارگرهای مختلف قرار دارند. بیان ژن های مقاومت توسط پیشبرهایی که صرفا در زمان حمله بیمارگرها فعال می شوند راهبردی بسیار کارآمد در تولید گیاهان تجاری مقاوم به بیماری می باشد. در این مطالعه، ژن مقاومت کیتیناز کایمری تحت کنترل پیشبر ساختگی القاء پذیر با بیمارگر SP-FF، به گیاه کلزا منتقل شده و پتانسیل این سازه، در مهار رشد بیمارگرهای قارچی مورد ارزیابی قرار گرفت. در این راستا، سه سازه ی pGFC، pGMPC و pBISM2 به ترتیب حاوی پیشبر SP-FF ( شامل دوعنصر F بالادست پیشبر حداقل)، SP-MP (شامل فقط پیشبر حداقل) و CaMV35S ( شامل پیشبر دائمی) جهت تراریختی گیاه کلزا مورد استفاده قرار گرفت. بررسی فعالیت کیتینازی نشان داد پیشبر القاء پذیر با بیمارگر (SP-FF)، نسبت به مسیر پیام رسانی متیل جاسمونات حساس می باشد در حالی که نسبت به مسیر سالیسیلیک اسید القاء پذیری چندانی مشاهده نشد. همچنین، بررسی ها نشان داد عصاره پروتئینی برگ گیاهان تراریخت تیمار شده با متیل جاسمونات به نسبت گیاهان شاهد افزایش معنی داری در میزان مهار رشد بیمارگرهای قارچی S. sclerotiorum و R. solani داشت. به این ترتیب، پیشبر SP-FF، نه تنها نسبت به متیل جاسمونات به عنوان مولکول پیام رسان در مسیر مقاومت به بیمارگرهای نکروترف القاء پذیر می باشد، بلکه میزان بیان تراژن مقاومت، تحت کنترل این پیشبر نیز جهت افزایش مقاوت نسبت به بیمارگرهای قارچی مناسب به نظر می رسد.}, keywords_fa = {"پیشبر ساختگی,کیتیناز کایمری,کلزا,فعالیت ضد قارچی"}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_800.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_800_dec9e0a2f2f8e495d231e3a86c70046d.pdf} } @article { author = {مشیری, مریم and قادری زفره ای, مصطفی and قانع گلمحمدی, فرزان}, title = {Comparison of machine learning algorithms on missing values estimation accuracy of microarray datasets}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {28}, number = {4}, pages = {612-622}, year = {2016}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Existence of missing values in DNA microarray data would decrease the accuracy of regulatory gene networks construction and may cause mistake in clustering and classifying gene expression for downstream analysis. Therefore, missing value imputation is a pivotal step in preprocessing of DNA microarray data. Selection a proper algorithm for achieving the most accurate conclusions in missing values imputation remains to be quite compelling. In this study, three microarray datasets were used to compare the performance of different machine learning algorithms in imputing DNA microarray missing values. In this way, after determining the dimensions of matrix of expression data and normalizing the data, different missing percentages were applied on each datasets. By running 11 machine learning algorithms on these datasets, the accuracy of each algorithm under different conditions were measured. Based on the results, the accuracy of different algorithms depended on missing value percentages and its distribution in the dataset. Also, the number of experimental samples in the datasets affected the accuracy of missing values imputation algorithms. The results showed a decreasing trend in accuracy by increasing the percentage of missing data in the dataset. In general, Least Square Adaptive and Local Least Square algorithms shown to be more robust in terms of accuracy when the level of missing values percentage increased in the dataset. Therefore, we would suggest these algorithms could be considered in working out sound missing values imputation in DNA microarray data.}, keywords = {Machine Learning Algorithms,Missing value estimation,DNA Microarray}, title_fa = {مقایسه الگوریتم‌های برپایه یادگیری ماشین بر دقت تخمین داده‌های گمشده حاصل از آزمایش‌های ریزآرایه}, abstract_fa = {وجود داده‌های گمشده در داده‌های ریزآرایه، سبب کاهش دقت رسم شبکه‌های تنظیمی ژن، ایجاد اشتباه در خوشه بندی و تقسیم‌بندی تخصصی ژن‌ها و سایر تحلیل‌ها می‌شود. بنابراین تخمین داده-های گمشده مرحله مهمی در پیش پردازش داده‌های ریزآرایه، محسوب می‌شود. عملکرد الگوریتم-های تخمین در مجموعه داده‌های مختلف و با درصدهای متفاوت گمشدگی، متغیر است. همواره انتخاب مناسب‌ترین الگوریتم به منظور دستیابی به بیشترین دقت در محاسبات داده‌های گمشده از اهمیت خاصی برخوردار است. در این مطالعه از سه مجموعه داده آزمایش‌های ریزآرایه استفاده شد. پس از مشخص کردن ابعاد ماتریس بیانی و نرمال کردن داده‌ها، درصدهای مختلفی از گمشدگی، بر مجموعه داده‌های مورد مطالعه اعمال شد. سپس نتایج حاصل با استفاده از 11 الگوریتم بر پایه یادگیری ماشین، به منظور بررسی میزان دقت هر یک از الگوریتم‌ها در تعیین میزان درصد گمشدگی، مورد مقایسه قرار گرفت. بر اساس نتایج، دقت الگوریتم‌های مختلف به مجموعه داده به کار رفته، درصد گمشدگی و توزیع گمشدگی داده‌ها وابسته است. همچنین تعداد نمونه‌های آزمایشی موجود در مجموعه داده‌ها نیز می تواند بر دقت الگوریتم‌های تخمین داده‌های گمشده موثر باشد. نتایج بیانگر کاهش دقت تمامی الگوریتم‌ها با افزایش درصد داده‌های گمشده بود، اما الگوریتم‌های Least Square Adaptive و Local least square دقت بیشتری در مقابل افزایش درصد گمشدگی داده‌ها نسبت به سایر الگوریتم‌ها نشان دادند.}, keywords_fa = {الگوریتم‌های بر پایه یادگیری ماشین,تخمین داده‌های گمشده,ریزآرایه}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_788.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_788_5a068cc9df74474c3c20d515f2f5c835.pdf} }