@article { author = {بنی اسدی, فاطمه and باقی زاده, امین and شهیدی بنجار, غلامحسین}, title = {Evaluation of antagonistic effect and genetic diversity of Streptomyces strains isolated from soils of the kerman province as biological control of Sclerotinia sclerotiorum}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {30}, number = {3}, pages = {219-229}, year = {2017}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {At the present research, 30 isolates of Actinomycetes have been isolated from agricultural soils of Kerman Province of Iran and assayed for antagonistic activity against Sclerotinia sclerotiorum. 10 isolates showed antagonistic effect of In Disc-Agar method, Among selected isolates, Streptomyces isolate 363 UK showed high antagonistic activity. Also, in order to determine genetic diversity of 30 isolates of Streptomyces, the DNA was extracted using CTAB method in laboratory. To do molecular investigation 10 RAPD primers were used for PCR. After doing electrophoresis, 128 sharp bands between 250 and 2800 base pair were recognized. The experiment results were analyzed using NTSYS software and UPGMA method with Dice coefficient. The analyzed cluster found from Dice coefficient divided the 30 Streptomyces isolates in two major groups. In the first group, 10 isolates were antagonistic properties,and in the second group of 20 isolates were no antagonistic effect. Grouping isolates using principal components analysis was performed and two-dimensional and three-dimensional plots respective was drawn. The isolates were divided into eight groups.}, keywords = {Streptomyces,Sclerotinia sclerotiorum,Genetics Diversity,RAPD Molecular Marker}, title_fa = {بررسی خاصیت آنتاگونیستی وتنوع ژنتیکی جدایه های استرپتومایسس استخراج شده از خاکهای استان کرمان جهت کنترل بیولوژیک قارچ بیمارگر Sclerotinia sclerotiorum}, abstract_fa = {در تحقیق حاضر برای تعیین جدایه های مناسب استرپتومایسس، اثرات آنتاگونیستی 30 جدایه استخراج شده از خاکهای استان کرمان علیه قارچ بیمارگر Sclerotinia sclerotiorum مورد بررسی قرار گرفت. از مجموع این جدایه ها ، 10 جدایه استرپتومایسس در روش Dual Culture از خود خاصیت آنتاگونیستی نشان دادند که بیشترین آن به استرپتومایسس جدایهUK 363 مربوط بوده است. آنگاه به منظور بررسی رابطه فیلوژنی و تنوع ژنتیکی 30 جدایه مذکور، استخراج DNA از آنها به روش CTAB صورت گرفت و از 10 آغازگر RAPD جهت انجام PCR استفاده شد. پس از انجام الکتروفورز 128 باند قوی و واضح در محدوده bp250 تا bp2800 تشخیص داده شد. اطلاعات بدست آمده توسط نرم افزار NTSYS و به روش UPGMA با ضریب تشابه دایس آنالیز شدند. درختچه بدست آمده، 30 جدایه استرپتومایسس را در خط برش 58% ، در دو گروه کلی قرار داد. در گروه اول 10 جدایه دارای خاصیت آنتاگونیستی و در گروه دوم 20 جدایه فاقد خاصیت قرار گرفتند. گروه بندی جدایه ها با استفاده از روش تجزیه به مؤلفه های اصلی نیز انجام شد و پلات های دو بعدی و سه بعدی مربوطه رسم گردید و جدایه ها به هشت گروه مختلف تقسیم شدند.}, keywords_fa = {استرپتومایسس,Sclerotinia sclerotiorum,تنوع ژنتیکی,نشانگر RAPD}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_1092.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_1092_8eedc7b712b304b54d7b9d595cbd99b2.pdf} } @article { author = {Rajabi far, Pegah and Chehregani rad, Abdolkarim}, title = {Development of anther, ovule and gametophytes in Batrachium fluitans Lam}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {30}, number = {3}, pages = {230-241}, year = {2017}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Embryological characteristics of Batrachium fluitans were studied in this research. The flowers and buds in different developmental stages were removed, fixed in FAA70, stored in 70% ethanol, embedded in paraffin and sectioned with a microtome. Staining was carried out with Hematoxylin and eosine. Results indicated that ovules are anatropous, bitegumic and crassinucellate. The megaspore tetrads are linear or T-shaped. The development of embryo sac conform to the Polygonum type and fertilization of central cell is prior to ovule. Results showed that development of stamens is beginning with the formation of ovular shaped cell mass on the receptacle. They are five in number and surrounding style. Anther wal composed of an epidermis, an endothecium, a transitional layer and a tapetum layer adjusted to pollen mother cells. Tapetum cells remain in their position, at the developmental stages, and they are from secretory ones. Microspore tetrads are tetrahedral. Microspores are not vacuolated and showed regular shape with condensed cytoplasm and centrally located nucleus.}, keywords = {Ranunculaceae,development,Ovule,Embryo sac,Pollen grain}, title_fa = {تکوین پرچم. تخمک و گامتوفیت نر و ماده در آلاله آبی Batrachium fluitans Lam.}, abstract_fa = {در این پژوهش مراحل و چگونگی تکوین تخمک در گیاه لاله آبی Batrachium fluitans بررسی شد. گلها و غنچه‌ها در مراحل مختلف نموی برداشت، در فیکساتور FAA70 تثبیت و در الکل 70% نگهداری شد. نمونه ها پس از قالبگیری در پارافین با میکروتوم برش گیری و رنگ آمیزی با هماتوکسیلین و ائوزین انجام گرفت. لام‌های تهیه شده از مراحل مختلف تکوینی با دقت با استفاده از میکروسکوپ بررسی و از مراحل مورد نظر عکس تهیه شد. .بر اساس نتایج حاصل از این بررسی، در گونه مورد مطالعه تخمک از نوع واژگون است. سلول مگاسپور موقعیت لایه سوم تا چهارم زیر اپیدرمی دارد، تقسیم میوز منجر به تولید تترادهای خطی و یا T شکل می شود. موقعیت مگاسپور عملکردی از نوع بنی است، تکوین کیسه رویانی از تیپ پلی گونوم تبعیت می کند و لقاح سلول تخم ضمیمه بر تخم اصلی مقدم است. نتایج نشان داد تکوین پرچم‌ها با پدید آمدن توده‌های سلولی بیضی شکلی بر روی نهنج آغاز می‌شود و تعداد پرچم‌ها پنج عدد است که خامه را در بر گرفته‌اند. لایه‌های بساک از بیرون به داخل شامل یک لایه سلول اپیدرمی، یک لایه مکانیکی، یک لایه میانی (موقت) و یک لایه تاپی در مجاورت سلول‌های مادر گرده می‌باشد. یاخته-های لایه تاپی در مراحل مختلف نمو بساک و دانه‌های گرده در جای خود ثابت باقی مانده و تحلیل نمی‌روند و این لایه از نوع ترشحی است. تتراد‌های میکروسپوری از نوع تترهدرال هستند. میکروسپورها در زمان آزاد شدن واکوئله نبوده، دارای شکل منظم، سیتوپلاسم متراکم و هسته مشخص در وسط هستند.}, keywords_fa = {تیره آلاله,تکوین,تخمک,کیسه رویانی,دانه گرده}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_994.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_994_0c7d786fbf1fbe63b398574dd8cf52b4.pdf} } @article { author = {Rahmati, Fereshteh and Tashakor, Amin and Hosseinkhani, Saman and Heydari, Akbar}, title = {Investigating the effects of Choline-based Deep Eutectic Solvent on bioluminescent reaction of wild type and Arg-rich mutant luciferase}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {30}, number = {3}, pages = {242-251}, year = {2017}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Deep eutectic solvents (DES) are significantly important in enzymatic reactions. These solvents increase the efficient contact between substrate and enzyme and therefore, may increase enzyme stability and activity. Bioluminescence is the production and emission of light by a living organism. The principal chemical reaction in bioluminescence involves the light-emitting pigment luciferin and the enzyme luciferase. The enzyme catalyzes the oxidation of luciferin, which requires the energy-carrying molecule adenosine triphosphate (ATP). Because of its easily detectable product, luciferase has found a wide range of application in biotechnology and molecular biology. However, its low thermostability, low turnover number and high Km for ATP restrict further use of luciferase based systems in commercial application. Newly developed method which can be used to increase the stability of proteins and biocatalysts is to take advantage of Deep eutectic solvents (DESs). One group of Deep eutectic solvents are generally composed of organic salts with hydrogen bond donors, as a result of which hydrogen bonds are formed. In this study, we investigated the effects of these solvents on kinetic properties of wild type and E354R/Arg356 mutant Lampyris turkestanicus luciferases in the presence of choline chloride: glycerol with molar ratio of 2:1 as DES. For this, both wild type and mutant, expressed in Escherichia coli BL21, the protein of interest purified through affinity chromatography and used for kinetic studies. Based on the obtained results, DES has positive effect on the thermostability of wild type and mutant luciferases.}, keywords = {Bioluminescence,Luciferase,Deep eutectic solvents,Thermostability}, title_fa = {بررسی تأثیر حلال بسازودگداز مبتنی بر کولین بر واکنش بیولومینسانس آنزیم لوسیفراز وحشی و جهش یافته غنی از آرژینین}, abstract_fa = {حلال‌های بسازودگداز (DES) در واکنش‌های آنزیمی، از اهمیت بسزایی برخوردار می‌باشند. این حلال‌ها تماس موثر بین واکنشگر و آنزیم را میسر می‌سازد و از اینرو می‌تواند موجب افزایش پایداری و فعالیت آنزیم شود. بیولومینسانس پدیده تولید و نشر نور توسط موجودات زنده است. واکنش شیمیایی اصلی در بیولومینسانس شامل رنگدانه مولد نور لوسیفرین، و آنزیم لوسیفراز می‌باشد.آنزیم لوسیفراز اکسیداسیون لوسیفرین را کاتالیز می‌کند که به مولکول حامل انرژی آدنوزین‌تری‌فسفات نیاز دارد. لوسیفراز به دلیل محصولی که به سهولت قابل ردیابی است، کاربردهای فراوانی در بیوتکنولوژی و زیست شناسی مولکولی یافته است. با این‌حال، پایداری حرارتی پایین، عدد تبدیل کم و تمایل شدید لوسیفراز به ATP موجب محدودیت در استفاده از سیستم‌های مبتنی بر لوسیفراز در کاربردهای تجاری شده است. استفاده از حلال‌های بسازودگداز روشی نوین جهت پایدارسازی پروتئین‌ها و کاتالیزورهای زیستی است. یک گروه از حلال‌های بسازودگداز عموماً شامل یک نمک ارگانیک و گروه‌های دهنده هیدروژن می‌باشند که در نتیحه آن پیوندهای هیدروژنی تشکیل می‌شوند. در این مطالعه، اثرات این حلال‌ها بر ویژگی های سینتیکی آنزیم لوسیفراز Lampyris turkestanicus وحشی و جهش‌یافته (E354R/Arg356) در حضور کولین‌کلراید: گلیسرول با نسبت مولی 1:2 به عنوان حلال بسازودگداز بررسی شد. بدین منظور، هر دو آنزیم وحشی و جهش‌یافته در باکتری اشریشیاکلی سویه BL21 بیان گردید و پروتئین مورد نظر از طریق کروماتوگرافی تمایلی تخلیص و برای مطالعات سینتیکی استفاده شد. بر اساس نتایج به دست آمده، حلال بسازودگداز باعث افزایش پایداری دمایی لوسیفرازهای وحشی و جهش‌یافته E354R/Arg356 شد.}, keywords_fa = {بیولومینسانس,لوسیفراز,حلال های بسازودگداز,پایداری دمایی}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_668.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_668_0c5cf856591049dab46670ebf86c6700.pdf} } @article { author = {SHAKERAN, ZAHRA and Keyvanfar, Mehrnaz}, title = {Leaf Explant Browning of Four Species of Solanaceae Family after Induction by Agrobacterium Rhizogenes Species}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {30}, number = {3}, pages = {252-263}, year = {2017}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {The hairy root formation is performed by transferring of special genes of Agrobacterium rhizogenes plasmid's to the explants. These roots are used to increase of valuable pharmaceutical secondary metabolites. One of the most important factors that inhibits the hairy root formation after induction of explants by A. rhizogenes is browning. The cause of browning in leaf explants is probably release of phenolic compounds from the wound site or defense mechanisms performed in plant cells against infection by A. rhizogenes. In this study, the root explants of four species of solanaceae family including Atropa belladonna, Hyoscyamus niger, Datura stramonium and Datura metel were induced by different strains of A. rhizogenes (AR318, AR15834, AR9543, A7, AR9402, and A4) and the percent of browning evaluated in these explants. For the results, the minimum percent (2% and 6%) of browning observed in leaf explants that induced by strains of A4 and AR15834 respectively. Hence, the use of these strains is appropriate for induction of hairy roots in the solanaceae family.}, keywords = {Leaf explant,Agrobacterium rhizogenes,browning,hairy root,solanaceae}, title_fa = {قهوه‌ای شدن ریزنمونه‌های برگی چهار گونه‌ی گیاهی از خانواده سولاناسه پس از القا شدن با سویه‌هایی از باکتری آگروباکتریوم رایزوژنز}, abstract_fa = {تشکیل ریشه‌های مویین بوسیله انتقال ژن‌های خاصی از پلاسمید باکتری آگروباکتریوم رایزوژنز به ریزنمونه‌های گیاهی صورت می‌گیرد. استفاده از این ریشه‌ها سبب افزایش تولید متابولیت‌های ثانویه با ارزش دارویی می‌شود. یکی از مهمترین عواملی که باعث عدم تولید ریشه‌های مویین در ریزنمونه‌های گیاهی پس از مجاورت با سویه‌های مختلف باکتری آگروباکتریوم رایزوژنز می‌شود، قهوه‌ای شدن ریزنمونه‌ها است. علت قهوه‌ای شدن ریزنمونه‌های برگی احتمالاً آزاد شدن ترکیبات فنولی از محل‌های زخم ریزنمونه‌ها و یا به منظور اجرای مکانیسم‌های دفاعی توسط سلول‌های گیاهی به منظور مقابله با آلودگی بوسیله باکتری آگروباکتریوم رایزوژنز می‌باشد. در پژوهش حاضر، میزان قهوه ای شدن ریزنمونه‌های برگی چهار گونه‌ی گیاهی از خانواده سولاناسه شامل (آتروپا بلادونا، هیوسیاموس نایجر، داتورا استرامونیوم و داتورا متل) پس از آلودگی با سویه‌های مختلف آگروباکتریوم رایزوژنز (AR318 ,AR15834 , AR9543 , A7 , AR9402 ,A4) مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج این پژوهش نشان داد که در هر چهار گونه گیاهی، کمترین میزان قهوه‌ای شدن (2٪ و 6٪) در ریزنمونه‌های برگی آلوده شده با سویه‌های A4 و AR15834 مشاهده گردید. بنابراین، استفاده از این دو سویه برای القای ریشه‌های مویین در گونه‌های مربوط به خانواده‌ی سولاناسه مناسب‌تر است.}, keywords_fa = {ریزنمونه‌های برگی,آگروباکتریوم رایزوژنز,قهوه‌ای شدن,ریشه‌های مویین,سولاناسه}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_904.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_904_3e4179910d2b9352cc2207c51969a6f2.pdf} } @article { author = {قاسمی, زینب and معصومی اصل, اسد and امیری فهلیانی, رضا}, title = {Study of direct plantlet regeneration in two populations of medicinal bitter melon (Citrulus colosynthis L.) using types of explants and growth regulators}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {30}, number = {3}, pages = {264-273}, year = {2017}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Bitter melon is an anticancer medicinal plant that its saponins and flovonoids induce immunity system of body, thus it is one of the most important medicinal plants. Direct plantlet regeneration from Iranian accessions of this plant for its in vitro propagation will be very functional. For this, an experiment was conducted in factorial based on Complete Randomized Design. It`s factors included explants (stem and leaf), hormonal combinations (different levels of BAP ad NAA), culture medium (complete MS, ½MS and ¼MS) and population (Gachsaran and Dehdasht). In Dehdasht accession, stem explants were better than leaf explants, but in Gachsaran accession was equal for both explants. In respect to shoot regeneration percent, shoot number and shoot length, hormonal combination of 1.5 mg.L-1 BAP together with 1 mg.L-1 NAA in ½MS showed the best direct regeneration in both populations (44.4 and 33.3 percent, respectively). The best medium for rooting in plantlet obtained from regeneration was MS medium containing 0.5 mg.L-1BAP and 0.5 mg.L-1NAA (76.8 and 73.33 percent, respectively). The results of this research showed that these two assessed Iranian populations have good response to tissue culture and direct plantlet regeneration .}, keywords = {Shooting,Rooting,Benzylaminopurine,genotype}, title_fa = {بررسی باززایی مستقیم گیاهچه در دو جمعیت گیاه داروئی هندوانه ابوجهل (Citrullus colosynthis L.)با استفاده از انواع ریزنمونه و تنظیم‌کننده‌های رشد}, abstract_fa = {هندوانه ابوجهل از گیاهان دارویی ضد سرطان است که ساپونین‌ها و فلاونوئیدهای موجود در آن، سیستم ایمنی بدن را تحریک کرده و از این‌رو یکی از مهمترین گیاهان داروئی می‌باشد. باززایی مستقیم گیاهچه در جمعیت‌های ایرانی این گیاه در جهت تکثیر درون شیشه‌ای آن بسیار کاربردی خواهد بود. به این منظور، آزمایشی بصورت فاکتوریل در قالب طرح کاملا تصادفی انجام شد که فاکتورهای آن شامل ریزنمونه (ساقه و برگ)، ترکیبات هورمونی (سطوح مختلف BAP و NAA)، محیط کشت (MS کامل، ½MS و MS ¼) و جمعیت (گچساران و دهدشت) بودند. نتایج نشان دادند که در جمعیت دهدشت، ریزنمونه ساقه بهتر از ریزنمونه برگ، ولی در جمعیت گچساران میزان باززایی مستقیم از هر دو ریزنمونه یکسان بود. با توجه به صفات درصد شاخساره‌زایی، تعداد شاخساره و طول شاخساره در هر دو جمعیت دهدشت و گچساران، ترکیب هورمونی 5/1 میلی‌گرم در لیتر BAP همراه با 1 میلی‌گرم در لیتر NAAدر محیط کشت‌ ½MS بهترین باززایی مستقیم را در هر دو جمعیت (به ترتیب 4/44 و 3/33 درصد) نشان داد. بهترین محیط ریشه‌زایی برای گیاهچه‌های حاصل از باززایی در هر دو جمعیت گچساران و دهدشت محیط کشت MS حاوی 5/0 میلی‌گرم در لیتر NAA و 5/0 میلی‌گرم در لیتر BAP بود (به ترتیب 8/76 و 33/73 درصد). نتایج این تحقیق نشان داد که دو جمعیت ایرانی مورد بررسی به کشت بافت و باززای مستقیم گیاهچه پاسخ خوبی می‌دهند.}, keywords_fa = {شاخساره‌زایی,ریشه‌زایی,بنزیل آمینوپورین,ژنوتیپ}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_1115.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_1115_e5df2a3867565ce5a12bcf5fb0761da4.pdf} } @article { author = {Mohammadi, Parvin and Pourahmad, Raziyeh and Shareghi, Behzad and Farhadian, Sadegh}, title = {The effect of alkaloid extract of Sophora alopecuroides on MIC value and intracellular accumulation of rciprofloxacin in a ciprofloxacin resistant mutant of Escherichia coli}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {30}, number = {3}, pages = {274-281}, year = {2017}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Infections, which are caused by multiple drug resistance bacteria is an increasing problem. This is due to emergence and distribution of microbial drug resistance, and none development of new antibiotics. The use of phytochemical products and plant extract as a resistance reducing agent is an increasingly active subject of research. This study was aimed to study the effect of total alkaloides extract of Sophora alopecuroides on MIC value and intracellular accumulation of ciprofloxacin in an Escherichia coli ciprofloxacin resistant mutant. For this purpose serial dilution method for determining MIC value and spectrofluorometric assay assays for measuring intracellular accumulation of ciprofloxacin antibiotic were used. Results showed that plant extract decreased ciprofloxacin MIC. This extract also increased intracellular accumulation of antibiotic in the Escherichia coli ciprofloxacin resistant mutant. In conclusion, extract containing alkaloids of Sophora alopecuroides can increase sensitivity to ciprofloxacin in resistant mutants through its effect on membrane efflux pump, AcrAB-TolC.}, keywords = {Drug resistance,Ciprofloxacin,Sophora alopecuroides,spectrofluorometry}, title_fa = {اثر عصاره آلکالوئیدی گیاه تلخ بیان بر میزان MIC و تجمع داخل سلولی سیپروفلوکساسین در موتان مقاوم به سیپروفلوکساسین اشریشیا کلی}, abstract_fa = {عفونت‌های ناشی از باکتری‌های مقاوم چنددارویی یک مشکل در حال افزایش می‌باشد. علت آن ظهور و انتشار مقاومت دارویی میکروبی و عدم توسعه آنتی‌بیوتیک‌های جدید است. استفاده از محصولات فیتوشیمیایی و عصاره گیاهان به عنوان عوامل کاهنده مقاومت به طور فزاینده‌ای، به یک موضوع تحقیق فعال تبدیل شده ‌است. هدف این پژوهش مطالعه اثر عصاره حاوی کل آلکالوئیدهای استخراج شده از دانه گیاه تلخ‌بیان بر میزان حداقل غلظت مهاری و تجمع درون‌سلولی سیپروفلوکساسین در موتانت مقاوم باکتری اشریشیا‌کلی بود. برای این منظور از روش رقت‌های متوالی برای تعیین مقادیر حداقل غلظت مهاری و از سنجش‌‌های اسپکتروفلوریمتری برای اندازه‌‌گیری میزان تجمع درون‌سلولی آنتی‌‌بیوتیک سیپروفلوکساسین استفاده شد. نتایج نشان داد که عصاره مورد استفاده باعث کاهش حداقل غلظت مهاری سیپروفلوکساسین شد. همچنین این عصاره باعث افزایش تجمع آنتی‌‌بیوتیک در موتانت مقاوم باکتری اشریشیا‌کلی گردید. در ‌نتیجه، عصاره حاوی آلکالوئیدهای دانه گیاه تلخ‌بیان می‌تواند از طریق تاثیر بر پمپ انتشار به خارج AcrAB-TolC غشاء باعث افزایش حساسیت به سیپروفلوکساسین در موتانت‌های مقاوم شود.}, keywords_fa = {مقاومت دارویی,سیپروفلوکساسین,گیاه تلخ بیان,اسپکتروفلوریمتری}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_1206.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_1206_6ecaa7a584c85c956358694287696205.pdf} } @article { author = {ملک پور, فاطمه and ghasemi, abdollah and سلیمی, اعظم and ممتاز, حسن}, title = {Effects of chitosan on gene expression of chavicol-O-methyl transferase and phenylpropanoid components of Ocimum basilicum (purple cultivar) under water deficit}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {30}, number = {3}, pages = {282-294}, year = {2017}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Chavicol -O-methyl transferase (CVOMT) is a key enzyme in phenylpropanoid pathway in basil (Ocimum basilicum L.), which is a medicinal and aromatic plant of the Lamiaceae family. In this study, the effect of chitosan elicitor on essential oils yield, phenylpropanoid components and chavicol -O- methyl transfrase gene expression under water deficit was evaluated. The plants under different irrigation regimes were treated with 0.2 and 0.4 g/L chitosan in three stages of growth. Phenylpropanoid compounds were identified by Gas Chromatography and Gas Chromatography/Mass Spectrometry (GC/MS) and the level of gene expression was monitored by Semi quantitative RT-PCR. An analysis of variance indicated that oil yield and CVOMT gene expression and methylchavicol increased under water deficit and chitosan elicitor compared to untreated plants. The changes observed in methylchavicol components were in accordance with the changes of gene expression of chavicol -O-methyl transferase. Thus, chitosan as a biotic elicitor could increase phenylpropanoid components in purple basil by increased gene expression and activity of chavicol -O-methyl transferase.}, keywords = {Chitosan,Gene expression,phenylpropanoid compound,purple basil (Ocimum basilicum L.)}, title_fa = {اثر کیتوزان بر بیان ژن چاویکول – O- متیل ترانسفراز و ترکیبات فنیل پروپانوئیدی ریحان بنفش L. Ocimum basilicum تحت تنش خشکی}, abstract_fa = {آنزیم چاویکول-O- متیل‌ترانسفراز یک آنزیم کلیدی در مسیر ساخته‌شدن فنیل‌پروپانوئیدها در ریحان (Ocimum basilicum L.) یک گیاه دارویی و معطر از خانواده نعناعیان (Lamiaceae) است. در این پژوهش اثر الیسیتور کیتوزان بر میزان اسانس، ترکیبات فنیل‌پروپانوئیدی و بیان ژن آنزیم چاویکول-O- متیل‌ترانسفراز در گیاه ریحان تحت شرایط تنش خشکی مورد بررسی قرار گرفت. تیمارهای این تحقیق شامل تنش خشکی (نرمال، تنش ملایم و متوسط) و محلول پاشی کیتوزان با غلظت‌های 2/0 و 4/0 گرم در لیتر بودند. میزان متیل‌چاویکول به وسیله کروماتوگرافی گازی (GC) و کروماتوگرافی گازی متصل به طیف سنج جرمی (GC/MS) تعیین شد و سطح بیان ژن چاویکول-O- متیل‌ترانسفراز نیز با روش Semi-quantitative RT-PCR بررسی گردید. نتایج تجزیه واریانس نشان داد میزان اسانس، میزان بیان ژن چاویکول-O- متیل‌ترانسفراز و ترکیب متیل‌چاویکول تحت تأثیر تنش خشکی و الیسیتور کیتوزان در مقایسه با نمونه‌های شاهد افزایش معنی‌داری یافت؛ به‌طوری که بیشترین میزان آن با به‌کارگیری غلظت 4/0 گرم در لیتر از کیتوزان در تنش ملایم یعنی آبیاری در 30 تخلیه رطوبتی از ظرفیت زراعی به‌دست آمد. تغییرات میزان ترکیب متیل‌چاویکول با میزان بیان ژن آنزیم چاویکول– O- متیل ترانسفراز مطابقت داشت، که می‌توان بخشی از این تغییرات را ناشی از تغییر در سطح بیان ژن آنزیم چاویکول-O- متیل‌ترانسفراز درنظرگرفت. بنابراین کیتوزان به عنوان یک الیسیتور زیستی می‌تواند از طریق افزایش بیان ژن و فعالیت آنزیم چاویکول-O- متیل‌ترانسفراز سبب افزایش ترکیبات فنیل‌پروپانوئیدی گیاه ریحان در شرایط تنش خشکی شود.}, keywords_fa = {بیان ژن,ریحان,فنیل پروپانوئیدها,کیتوزان}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_1088.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_1088_e9b7096f657212d84b2a30d58483b43f.pdf} } @article { author = {Mantashlo, Jafar and Deljou, Ali and Piri, Khosro}, title = {The study of flavonoids and antioxidant power of ٍetanolic,metanolic,hydroalcholic and etylacetatic extracts of branch and stem bark of Salix alba}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {30}, number = {3}, pages = {295-303}, year = {2017}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Medical Plants like Salix alba are potential sources of natural antioxidants and produce various antioxidative compounds to counteract reactive oxygen species. The aim of the present study was to determine total phenol and flavonoid and antioxidant activity of four various extracts of stem and branch barks of Salix alba from Hamedan. In this study Phenol and flavnoid tests were done To determine antioxidant compounds. 2, 2-diphenyl-1-picrylhydrazyl (DPPH) assay was used to determine the free radical quenching capacity.The collected data was analyzed by SPSS software. The highest value of total phenol were relevant to ethanolic extracts of branch and stem barks that 60.87± 1.19 and 69.98 ± 1.41 mg Gallic acid/g dw was measured, respectively and the lowest value of total phenol were determined to chloroformic extracts. The highest level of total flavnoid in branch and stem barks were relevant to ethanolic extract amount 71.20± 4.08 and 60.87± 1.19 respectively and also the lowest level were determined to chloroformic extracts of stem and branch barks amount 12.56± 0.29 and 13.80± 0.57 respectively. Furthermore the most activity of the free radical quenching capacity DPPH after Ascorbic Acid were determined to ethanolic extracts of branch and stem bark 0.129 and 0.130 mg /ml. There were significant differences between means of total flavnoid and total phenol of stem and branch barks.In conclusion,The best antioxidant activity were relevant to ethanolic extracts of branch and stem barks.}, keywords = {Antioxidant activity,Total phenol,Total flavonoid,Salix alba}, title_fa = {بررسی میزان فنول و فلاونوئید ها و فعالیت آنتی اکسیدانی عصاره های اتانولی، متانولی، کلروفرمی واتیل استاتی پوست تنه و شاخه درخت بید(Salix alba. L)}, abstract_fa = {چکیده: گیاهان دارویی مانند بید منابع پتانسیلی از آنتی اکسیدان های طبیعی هستند و ترکیبات آنتی اکسیداتیو گوناگونی برای خنثی کردن گونه های اکسیژن واکنش پذیر تولید می کنند. هدف از این مطالعه اندازه گیری میزان فنول و فلاونوئید تام و فعالیت آنتی اکسیدانی 4 نوع عصاره مختلف پوست تنه و شاخه درخت بید همدان بود. دراین این مطالعه تجربی، برای اندازه گیری ترکیبات آنتی اکسیدانی آزمون فنول و فلاونوئید کل به کار رفت . جهت ارزیابی خاصیت آنتی رادیکالی از آزمون دی فنیل پیکریل هیدرازیل (DPPH) استفاده گردید. داده های بدست آمده با استفاده از نرم افزار SPSSV:16 تجزیه و تحلیل شدند. بیشترین محتوای فنول کل مربوط به عصاره اتانولی پوست شاخه های جوان و پوست تنه به‌ ترتیب به میزان 41/1±98/69‌ و19/1±87/60‌ میلی گرم اسید گالیک بر گرم وزن خشک و کمترین میزان فنول هم مربوط به عصاره های کلروفرمی بود. بیشترین محتوای فلاونوئید کل در پوست شاخه و تنه، مربوط به عصاره اتانولی به میزان 08/4±20/71 و 19/1±87/60 و نیز کمترین مقادیر مربوط به عصاره های کلروفرمی پوست تنه و شاخه به میزان 29/0±56/12 و57/0±80/13 بدست آمدند. همچنین بیشترین فعالیت مهار رادیکال‌های آزاد DPPH بعد از اسید آسکوربیک مربوط به عصاره اتانولی شاخه و تنه به ترتیب 129/0 و 130/0 بودند. بین میانگین های فلاونوئید کل و فنول کل عصاره پوست تنه و شاخه اختلاف معنی داری وجود داشت. در نتیجه، بهترین فعالیت های آنتی اکسیدانی مربوط به عصاره اتانولی شاخه و تنه بودند.}, keywords_fa = {فعالیت آنتی اکسیدان,فنول کل,فلاونوئید کل,درخت بید}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_1087.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_1087_eb943b78a24e28d81694ff699dc7fefd.pdf} } @article { author = {oora, Homa and Shahabivand, Sakeh and Karimi, Farrokh and Aghaee, Ahmad and Darvishi, Farshad}, title = {Optimization of growth and biomass production in the endophytic fungus Piriformospora indica}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {30}, number = {3}, pages = {304-312}, year = {2017}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {Background & Objectives: The endophytic fungus Piriformospora indica increases nutrient uptake in plants and allows plants to survive under biotic and abiotic stresses. This fungus stimulates growth and seed production of plants and increases the secondary metabolite contents of medicinal plants. There is little information on cultivation of symbiotic fungi therefore the development of methods to the mass culture of symbiotic fungi is very importance for practical applications. The aim of this study was to reveal a simple culture medium to higher biomass production for this fungus. Materials & Methods: A comparison of YPG simple medium and Kafer Complex medium was carried out on the dry weight of fungus. Then Taguchi method was used to design experiments for medium optimization to determine the effect of four factors including glucose, yeast extract and peptone concentrations, and pH on the fungal biomass production in a non-continuous culture. Results: Comparison of the growth curve of the fungus in both the Kafer and YPG media showed that P. indica growth was better and higher in YPG medium. After optimization of YPG medium, biomass production was reached to 19/3 g.L-1 in compared with the initial amount i.e. 16/2 g.L-1. Conclusion: Our results suggested that YPG medium can be used as a suitable medium to P. indica industrial production for agricultural application, due to the higher biomass production of P. indica in YPG medium by 2.5-fold and its low cost in compare to Kafer medium.}, keywords = {Optimization,Biomass,Piriformospora indica,YPG medium}, title_fa = {بهینه سازی رشد و تولید زیست توده قارچ اندوفیت Piriformospora indica}, abstract_fa = {سابقه و هدف: قارچ اندوفیت Piriformospora indica جذب مواد غذایی را در گیاهان افزایش داده و اجازه بقای گیاه تحت تنش‌های زیستی و غیر‌زیستی را می‌دهد. این قارچ همچنین رشد و تولید بذر را تحریک می‌کند و سبب افزایش متابولیت های ثانویه گیاهان دارویی می‌شود. مطالعات کمی در رابطه با کشت قارچ‌های همزیست وجود دارد لذا توسعه‌ی روش‌هایی که قادر به کشت انبوه قارچ‌های همزیست باشد، می‌تواند برای مطالعات عملی مناسب باشد. هدف این تحقیق تهیه محیط کشت ساده با بازده بالاتر جهت تولید زیست توده بیشتر برای این قارچ است. مواد و روش‌ها: مقایسه دو محیط کشت ساده YPG (عصاره مخمر، پپتون، گلوگز) و پیچیده‌ی کافر بر اساس میزان وزن خشک قارچ صورت گرفت، سپس برای طراحی آزمایشات جهت بهینه سازی محیط از روش تاگوچی در بررسی تاثیر چهار عامل غلظت گلوکز، غلظت عصاره مخمر، غلظت پپتون و pH محیط بر روی غلظت زیست توده قارچ مورد نظر در یک کشت غیر مداوم استفاده شد. یافته ها: مقایسه منحنی رشد در دو محیط کافر و YPG نشان داد که قارچ P. indica در محیط YPG رشد بهتر و بیشتری دارد. پس از بهینه سازی محیط YPG میزان تولید زیست توده به 3/19 گرم در لیتر در مقایسه با میزان اولیه یعنی2/16 گرم در لیتر رسید. نتیجه گیری: با توجه به تولید 5/2 برابری وزن خشک قارچP.indica و همچنین ساخت مقرون به صرفه محیط کشت YPG نسبت به محیط کافر، می توان از محیط YPG به عنوان محیط کشت مناسب برای تولید انبوه این قارچ در کشاورزی استفاده نمود.}, keywords_fa = {بهینه سازی,زیست توده,Piriformospora indica,محیط کشت YPG}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_1093.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_1093_3f7eff1e62a5a29be6446b64c7bb23a9.pdf} } @article { author = {Niazian, Mohsen and سادات نوری, سید احمد and Tohidfar, Masood and Galuszka, petr and مرتضویان, سید محمد مهدی}, title = {Optimization of Agrobacterium-mediated gene transformation in Ajowan medicinal plant (Trachyspermum ammi L.) using fld gene}, journal = {Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology)}, volume = {30}, number = {3}, pages = {313-327}, year = {2017}, publisher = {Iraninan Biology Society}, issn = {2383-2738}, eissn = {2383-2746}, doi = {}, abstract = {To optimize gene transformation condition in ajowan medicinal plant effect of individual parameters such as optical density of Agrobacterium cell culture, Agrobacterum strain, type of antibiotic to elimination of Agrobacterium, acetosyringone concentration and inoculation duration was investigated using p6U-Ubi-FVT1 plasmid contain HPT gene as selectable marker and fld gene. 20 mg/L of hygromaycin was identified as minimum concentration of this selectable agent to prevent of callus induction in non-transgenic cells of ajowan. Interaction effect of optical density of Agrobacterium, Agrobacterium strain and type of Agrobacterium killing antibiotic on number of regenerated plant was significant at 1% probability level and less inhibitory effect on regenerated plant was related to OD600=0.6-0.8×GV3101 Agrobacterium starin×160 mg/L of timentin antibiotic. More regenerated plant resistance to hygromaycin was related to 254.8 µm/L of acetosyringone. More regenerated plant was achieved from 30 minutes inoculation duration than 1and 20 minutes inoculation duration, nonetheless there was no statistically significant difference between means of regenerated plant from 20 and 30 minutes inoculation duration. The presence of the target gene was evaluated using PCR analysis on regenerated plants. Results of PCR analysis confirm entity of at least one copy of the target gene on plants genome. The superiority of transgenic plants against non-transformed plants for tolerance to -0.3 Mpa osmotic stress was proved by osmotic stress tolerance bioassay.}, keywords = {Agrobactrium,Ajowan,Flavodoxin,Hygromaycin,Transformation Factors}, title_fa = {بهینه کردن انتقال ژن به واسطه اگروباکتریوم در گیاه دارویی زنیان با استفاده از ژن fld}, abstract_fa = {به منظور بهینه کردن شرایط انتقال ژن به گیاه دارویی زنیان عوامل مختلف شامل رقت آگروباکتریوم، سویه آگروباکتریوم، نوع آنتی بیوتیک کشنده آگروباکتریوم، غلظت استوسرینگون و مدت زمان تلقیح بر روی تعداد گیاهان باززا شده با استفاده ازسازه ژنی p6U-Ubi-FVT دارای ژن انتخابیHPT و ژن fld بررسی شد. غلظت 20 میلی گرم در لیتر هیگرومایسین برای غربالگری سلول های تراریخت و جلوگیری از تولید کالوس در سلول های غیر تراریخت بهترین غلظت تشخیص داده شد. اثر متقابل سه عامل تراکم سلولی آگروباکتریوم، سویه آگروباکتریوم و نوع آنتی بیوتیک کشنده آگروباکتریوم بر تعداد گیاهان باززا شده در سطح احتمال یک درصد معنی دار بود و رقت 6/0-8/0آگروباکتریوم × سویه GV3101 آگروباکتریوم × غلظت 160 میلی گرم در لیتر آنتی بیوتیک کشنده تیمنتین اثر بازدارنده کمتری بر تعداد گیاهان باززا شده داشتند. بیشترین تعداد گیاهان باززا شده مقاوم به آنتی بیوتیک هیگرومایسین مربوط به غلظت 8/254 میکرومولار در لیتر استوسرینگون بود. گیاهان باززا شده بیشتری در مدت زمان تلقیح 30 دقیقه نسبت به زمان های تلقیح 20 دقیقه و 1 دقیقه حاصل شد همچنین تفاوت آماری معنی داری بین میانگین تعداد گیاهان باززا شده حاصل از 20 دقیقه و 30 دقیقه زمان تلقیح مشاهده نشد. بررسی حضور ژن مورد نظر با استفاده از واکنش زنجیره ای پلی مراز روی گیاهان باززا شده انجام شد. نتایج وجود حداقل یک نسخه از ژن هدف را در ژنوم گیاهان تائید کرد. برتری گیاهان تراریخت نسبت به گیاهان غیرتراریخت در تحمل به تنش اسمزی 3/0- مگاپاسکال توسط آزمون زیست سنجی تحمل به تنش اسمزی تایید گردید.}, keywords_fa = {آگروباکتریوم,زنیان,فاکتور های تراریختی,فلاودوکسین,هیگرومایسین}, url = {https://cell.ijbio.ir/article_1102.html}, eprint = {https://cell.ijbio.ir/article_1102_4a028d61670f4defdccb294e6e865ec1.pdf} }