بیوتکنولوژی

76. بهینه‌سازی شرایط کشت آنزیم خارج سلولی تجزیه‌کننده سیانید باکتری انتروباکتر ZS به روش سطح پاسخ

زهره جواهری؛ سعید امین زاده؛ محمدرضا زمانی؛ مصطفی مطلبی

دوره 29، شماره 3 ، پاییز 1395، ، صفحه 274-281

چکیده

  سیانید ترکیبی بسیار سمی و کشنده است که علیرغم این سمیت در بسیاری از صنایع استفاده می‌شود. فاضلاب صنایع در مقیاس وسیعی حاوی غلظت‌های بالایی از سیانید هستند؛ که به‌منظور تجزیه آن از روش‌های مختلف شیمیایی و فیزیکی استفاده می‌شود. این روش‌ها علاوه بر اینکه پرهزینه هستند؛ در صورت اختلاط با سایر مواد، ترکیبات خطرناک‌تری را نیز تولید ...  بیشتر سیانید ترکیبی بسیار سمی و کشنده است که علیرغم این سمیت در بسیاری از صنایع استفاده می‌شود. فاضلاب صنایع در مقیاس وسیعی حاوی غلظت‌های بالایی از سیانید هستند؛ که به‌منظور تجزیه آن از روش‌های مختلف شیمیایی و فیزیکی استفاده می‌شود. این روش‌ها علاوه بر اینکه پرهزینه هستند؛ در صورت اختلاط با سایر مواد، ترکیبات خطرناک‌تری را نیز تولید می‌کنند. در مقابل استفاده از روش‌ تجزیه زیستی، علاوه بر کاهش هزینه‌ها سازگار با محیط‌زیست نیز هست. مشاهده‌شده است که سیستم‌های میکروبی و گیاهی می‌توانند سیانید را به ترکیبات غیر سمی تبدیل کنند. در این پژوهش با جداسازی باکتری از پساب آلوده به سیانید معدن طلای موته و با بررسی ویژگی‌های مورفولوژیکی، بیوشیمیایی و 16S rDNA باکتری شناسایی شد. به دنبال دستیابی به بیشترین میزان تجزیه توسط این باکتری‌، شرایط کشت به‌گونه‌ای تغییر داده شد که با پی بردن به فاکتورهای تأثیرگذار بر روند تجزیه، بیشترین بازدهی صورت گیرد. بدین منظور از روش سطح پاسخ(RSM ) استفاده شد. با بهینه‌سازی مقادیر فاکتور‌های تأثیرگذار و در نظر گرفتن برهم‌کنش‌های بین فاکتورها، شرایط کشت بهینه شد.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 358.96 K

بیوتکنولوژی

77. جداسازی و شناسایی مولکولی باکتری‌های باسیلوس سرئوس و باسیلوس سوبتیلیس به عنوان تولیدکنندۀ آنزیم پکتینازی از مناطق مختلف استان گستان

رسول محمدی؛ تینا دادگر؛ حمید رضا پردلی؛ سجاد یزدان ستاد؛ رضا نجف پور؛ الیکا فرج تبریزی

دوره 29، شماره 3 ، پاییز 1395، ، صفحه 340-348

چکیده

  پکتینازها گروهی از آنزیم‌های پکتولیتیک هستند که باعث هیدرولیز پکتین موجود در بافت‌های گیاهی می‌شوند. این آنزیم‌ها از مهمترین آنزیم‌های مورد استفاده در صنایع غذایی جهت فرآوری آبمیوه، چای، قهوه و روغن هستند. یک منبع کارآمد جهت تولید صنعتی آنزیم، باکتری‌ها هستند. مطالعۀ حاضر با هدف جداسازی و شناسایی مولکولی باکتری‌های تولیدکنندۀ ...  بیشتر پکتینازها گروهی از آنزیم‌های پکتولیتیک هستند که باعث هیدرولیز پکتین موجود در بافت‌های گیاهی می‌شوند. این آنزیم‌ها از مهمترین آنزیم‌های مورد استفاده در صنایع غذایی جهت فرآوری آبمیوه، چای، قهوه و روغن هستند. یک منبع کارآمد جهت تولید صنعتی آنزیم، باکتری‌ها هستند. مطالعۀ حاضر با هدف جداسازی و شناسایی مولکولی باکتری‌های تولیدکنندۀ آنزیم پکتیناز از خاک حاوی ضایعات انجام گرفت. در این مطالعه از خاک حاوی ضایعات مرکبات در چندین منطقۀ استان گلستان نمونه‌برداری شد. جهت جداسازی باکتری‌های مولد پکتیناز، از محیط تغییر یافتۀ پکتین استفاده شد. فعالیت پکتیناری باکتری‌ها بر اساس تشکیل هالۀ شفاف در اطراف کلنی‌ها متعاقب اضافه کردن محلول لوگل مشخص گردید. جدایه‌ها با فعالیت پکتینازی مطلوب، با استفاده از روش تعیین توالی قطعۀ16S rRNA شناسایی شدند. از 50 نمونه خاک، تعداد 20 باکتری با فعالیت پکتینازی جداسازی شد که تمامی آنها تا سطح جنس و گونه شناسایی گردید. از این بین، 2 جدایه با توجه به بزرگتر بودن قطر هالۀ اطراف کلنی، فعالیت پکتینازی بیشتری را نسبت به بقیه داشتند. بررسی مولکولی نشان داد که این جدایه ها منسوب به دو گونۀ باسیلوس سرئوس و باسیلوس سوبتیلیس می‌باشند. در مطالعۀ حاضر دو گونۀ باکتری با توانایی مطلوب در تولید پکتیناز، جداسازی و معرفی شد. تحقیقات بیشتری برای دستیابی به شرایط بهینه تولید و کینتیک موثر این آنزیم توسط جدایه‌های مذکور مورد نیاز است.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 190.92 K

بیوتکنولوژی

78. ردیابی ژن‌های کنترل کننده صفات مورفولوژیک ریشه و اندام‌های هوایی برنج در رگه‌های نوترکیب جمعیت برنج ایرانی حاصل از تلاقی عنبربو × سپیدرود

حسین صبوری؛ شریفه محمد آلق؛ رضا کریم کشته؛ محبوبه نجار عجم

دوره 29، شماره 2 ، تابستان 1395، ، صفحه 218-233

چکیده

  به منظور رد‌یابی مکان‌های ژنی کنترل کننده صفات (QTLs) مورفولوژیک ریشه و اندام هوایی، تعداد 96 لاین نسل هشتم تلاقی عنبر بو × سپیدرود از تلاقی بین دو رقم سپیدرود و عنبربو در مزرعه تحقیقاتی واقع در شهرستان علی‌آباد در سال زراعی 1390 کشت شدند. صفات مورد بررسی شامل میانگین طول ریشه‌ها، مجموع طول ریشه‌ها، تعداد ریشه‌های کمتر از 5 سانتی‌متر، ...  بیشتر به منظور رد‌یابی مکان‌های ژنی کنترل کننده صفات (QTLs) مورفولوژیک ریشه و اندام هوایی، تعداد 96 لاین نسل هشتم تلاقی عنبر بو × سپیدرود از تلاقی بین دو رقم سپیدرود و عنبربو در مزرعه تحقیقاتی واقع در شهرستان علی‌آباد در سال زراعی 1390 کشت شدند. صفات مورد بررسی شامل میانگین طول ریشه‌ها، مجموع طول ریشه‌ها، تعداد ریشه‌های کمتر از 5 سانتی‌متر، تعداد ریشه‌های بین 7-6 سانتی‌متر، تعداد ریشه‌های بین 20-8 سانتی‌متر، تعداد ریشه-های بیشتر از 30 سانتی‌متر، تعداد کل ریشه، ارتفاع گیاه، وزن تر ریشه، وزن خشک ریشه، حجم ریشه، وزن خوشه‌ها، تعداد خوشه‌ها، وزن کاه، طول خوشه، تعداد دانه پر در خوشه و تعداد خوشه‌چه اولیه در خوشه بودند. نقشه پیوستگی با استفاده از 124 نشانگر ریزماهواره و 264 نشانگر AFLP در طی سال‌های 1390 تا 1392 در آزمایشگاه ژنتیک و اصلاح نباتات دانشگاه گنبد کاووس تشکیل شد که 4/1950 سانتی‌مورگان از ژنوم برنج را پوشش داد. در این مطالعه مناطقی از کروموزوم 1، 4 و 6 بترتیب در فواصل نشانگری E100-M140-7-RM3520، E060-M160-3-RM1359 و RM276-E120-M160-3 شناسایی شد که چندین صفت را در شرایط نرمال تحت کنترل داشتند. نتایج نشان داد که QTLهای کنترل کننده وزن خشک، وزن تر و تعداد ریشه روی کروموزوم 7 با همدیگر همپوشانی دارند. QTLهای حجم ریشه (qRVN-2a، qRVN-4a و qRVN-4b) و تعداد ریشه (qRNN-4) با توجیه بیش از 20 درصد از تنوع فنوتیپی صفات، بزرگ اثر تشخیص داده شدند. از QTLهای بزرگ اثر ردیابی شده در این مطالعه پس از تعیین اعتبار می‌توان در برنامه‌های اصلاحی انتخاب به کمک نشانگر استفاده نمود.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 911.75 K

بیوتکنولوژی

79. بیان دو سیسترونی ژن‌های رمز کننده آنتی‌بادی مونوکلونال trastuzumab در توتون با استفاده از یک توالی جایگاه میانی ورود ریبوزوم

مراد جعفری؛ مریم احساسات وطن

دوره 29، شماره 2 ، تابستان 1395، ، صفحه 153-169

چکیده

  آنتی‌بادی‌های مونوکلونال هترودایمرهای متشکل از چهار زنجیره پپتیدی، دو زنجیره سبک (L) یکسان و دو زنجیره سنگین (H) یکسان هستند. بیان همزمان مقدار برابر ژن‌های رمز کننده برای تولید پایدار و گردایش به صورت یک آنتی‌بادی کارکردی ضروری است. به منظور بیان هم‌زمان چندین ژن، سیستم‌های مختلفی از جمله وکتورهای مبتنی بر جایگاه میانی ورود ریبوزوم ...  بیشتر آنتی‌بادی‌های مونوکلونال هترودایمرهای متشکل از چهار زنجیره پپتیدی، دو زنجیره سبک (L) یکسان و دو زنجیره سنگین (H) یکسان هستند. بیان همزمان مقدار برابر ژن‌های رمز کننده برای تولید پایدار و گردایش به صورت یک آنتی‌بادی کارکردی ضروری است. به منظور بیان هم‌زمان چندین ژن، سیستم‌های مختلفی از جمله وکتورهای مبتنی بر جایگاه میانی ورود ریبوزوم (IRES) توسعه یافته‌اند. در مطالعه حاضر، یک حامل دی‌سیسترونیک برای بیان هم‌زمان ژن‌های رمز کننده زنجیره‌های سنگین و سبک آنتی‌بادی ضد سرطان سینه trastuzumab (Herceptin®) با استفاده از توالی IRES از فاکتور پروتئین شوک حرارتی-1 Nicotiana tabacum (NtHSF1) ساخته شد. کارایی دستواره در Nicotina tabacum به روش آگرواینفیلتراسیون ارزیابی شد. بیان دی‌سیسترونیک تراژن‌ها در سطح رونوشت RNA با آنالیز RT-PCR نیمه کمّی مشخص شد. آنالیز وسترن بلات بیان کارآمد فرم تترامر trastuzumab را در بافت برگی توتون مورد تایید قرار داد و محتوی آنتی‌بادی 7 روز پس از اینفیلتراسیون 44/0 درصد پروتئین کل محلول برآورد شد. نتایج مطالعه حاضر نشان دهنده کارایی عناصر IRES گیاهی برای بیان دی‌سیسترونیک پروتئین‌های هترومولتی‌مر در گیاهان است.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 901.93 K

بیوتکنولوژی

80. طراحی، سنتز، همسانه سازی، ارزیابی بیان و بررسی خاصیت ضد میکروبی پروتئین دفنزین گندم(Triticum aestivum) در میزبانE.coli

سیده مریم مرتضوی؛ بهناز صفار؛ ندا میراخورلی؛ محسن مبینی دهکردی

دوره 29، شماره 1 ، بهار 1395، ، صفحه 114-125

چکیده

  دفنزین های گیاهی، خانواده ای از پپتیدهای ضد میکروبی کاتیونی کوچک و غنی از سیستئین هستند که فعالیت های ضد میکروبی وسیعی دارند. هدف این مطالعه طراحی، سنتز، همسانه سازی، بیان ژن دفنزین گندم(Triticum aestivum) و بررسی خاصیت ضد باکتری پروتئین نوترکیب حاصل بود. توالی ژن دفنزین به همراه ژن سومو (sumo)جهت افزایش حلالییت پروتئین و بیان بیشتر، توسط نرم ...  بیشتر دفنزین های گیاهی، خانواده ای از پپتیدهای ضد میکروبی کاتیونی کوچک و غنی از سیستئین هستند که فعالیت های ضد میکروبی وسیعی دارند. هدف این مطالعه طراحی، سنتز، همسانه سازی، بیان ژن دفنزین گندم(Triticum aestivum) و بررسی خاصیت ضد باکتری پروتئین نوترکیب حاصل بود. توالی ژن دفنزین به همراه ژن سومو (sumo)جهت افزایش حلالییت پروتئین و بیان بیشتر، توسط نرم افزارهای مختلف بهینه سازی شده، سنتز و در وکتور pGH همسانه سازی شد. سپس توالی ترکیبی سومو- دفنزین در ناقل بیانی pET-32a(+) زیر همسانه سازی و به سلول های باکتریایی (E.coli origami) منتقل گردید. بیان ژن تحت القای IPTG یک میلی مولار در دمای 30 درجه سانتی گراد صورت گرفت و پروتئین نوترکیب توسط SDS-PAGE و وسترن بلات بررسی شد. پروتئین نوترکیب، با وزن مولکولی حدود 38 کیلودالتون روی ژل SDS-PAGE آنالیز شد و توسط وسترن بلات تائید گردید. پس از برش پروتئین با آنزیم سومو پروتئاز، محصول به دست آمده برای بررسی اثر ضد باکتریایی مورد استفاده قرار گرفت. اثر پروتئین دفنزین گندم نوترکیب بر باکتریهای بیماریزای گیاهی گرم منفی زانتوموناس آگزونوپودیس و سودوموناس سیرینگهو بر باکتریهای گرم منفی و گرم مثبت بیماریزای انسانی مانند اشریشیا کولای ، کلبسیلا پنومونیه ، استافیلوکوکوس اورئوس و باسیلوس سرئوس مورد ارزیابی قرار گرفت که در برابر باکتریهای زانتوموناس آگزونوپودیس، استافیلوکوکوس اورئوس و باسیلوس سرئوس اثر ضد باکتریایی از خود نشان داد. بر اساس ویژگی ضد میکروبی دفنزین گندم، این مطالعه می تواند در معرفی این پپتید، به عنوان یک عامل ضد میکروبی جدید، موثر باشد.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 706.01 K

بیوتکنولوژی

81. جداسازی و تعیین خصوصیت یک سویه مخمری دریازی مقاوم به سلنیت و کاربرد آن در زی پالایی سلنیت

مراحم آشنگرف

دوره 29، شماره 1 ، بهار 1395، ، صفحه 1-14

چکیده

  کاربرد میکروارگانیسم ها بعنوان کاتالیست های طبیعی ارزان قیمت جهت کاهش و حذف پساب های حاوی سلنیت از محیط زیست بطور چشمگیری در حال افزایش است. در این مطالعه، توانمندی مخمرهای بومی دریازی مقاوم به سلنیت در بهسازی زیستی آلودگی های محیطی به سلنیت مورد بررسی قرار گرفت. نمونه گیری از دریای خزر و خلیج انجام گرفت. جداسازی از طریق غنی سازی در ...  بیشتر کاربرد میکروارگانیسم ها بعنوان کاتالیست های طبیعی ارزان قیمت جهت کاهش و حذف پساب های حاوی سلنیت از محیط زیست بطور چشمگیری در حال افزایش است. در این مطالعه، توانمندی مخمرهای بومی دریازی مقاوم به سلنیت در بهسازی زیستی آلودگی های محیطی به سلنیت مورد بررسی قرار گرفت. نمونه گیری از دریای خزر و خلیج انجام گرفت. جداسازی از طریق غنی سازی در محیط های حاوی سلنیت صورت گرفت. از آزمون میکروپلیت الیزا برای تعیین مقاومت سویه های مخمری استفاده شد. سنجش میزان حذف سلنیت از طریق روش رنگ سنجی انجام شد. شناسایی ملکولی با تکثیر توالی نوکلئوتیدی ITS1-5.8S-ITS2 rDNA انجام شد. تاثیر پارامترهای مختلف از جمله غلظت های اولیه سلنیت، بیومس سلول، کلرید سدیم و اثرات دما، pH، دور شیکر و مدت زمان واکنش بر کارآیی فرآیند حذف بررسی شد. براساس نتایج بدست آمده در این مطالعه، سویه مخمری Cas se5 (جدا شده از دریای خزر) با بالاترین مقاومت (g/L22) بعنوان سویه برتر تحت نام Trichosporon شناسایی و با شماره دسترسی KT033396 در بانک ژنی ثبت شد. نتایج بدست آمده از آزمایشات حذف سلنیت نشان داد که مخمر مذکور بیش از 93 درصد از سلنیت موجود در محیط واکنش را تحت شرایط بهینه شده حذف نموده و میزان سلنیت اولیه را ازg/L 10 به حدودg/L 7/0 با نرخ تجزیهg/L/h 26/0رسانده است. این اولین گزارش از جداسازی جنس Trichosporon با قابلیت حذف سلنیت از دریای خزر است. انتظار می رود مخمر مذکور بتواند بعنوان کاتالیست نقش مهمی در بهسازی آلودگی آبها و فاضلاب کارخانه های آلوده به سلنیت ایفاء نماید.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 551.83 K

بیوتکنولوژی

82. خاموش‌سازی سیستماتیک ژن کدوئین اُ-‌دمتیلاز (CODM) با استفاده از فن القای خاموشی‌ از طریق ویروس (VIGS) در گیاه دارویی شقایق

حسین شاهی‌وند؛ احمد اسماعیلی؛ فرهاد نظریان فیروز ابادی؛ علیرضا زبرجدی

دوره 29، شماره 1 ، بهار 1395، ، صفحه 92-101

چکیده

  گیاه شقایق (Papaver somniferum L.) به عنوان مهمترین منبع اقتصادی تولید ترکیبات آلکالوئیدی نارکوتیک مانند کدئین، تبائین، نارکوتین و پاپاورین شناخته شده است و از ترکیبات آن در صنعت داروسازی به عنوان بی‌حس کننده، ضد‌ سرفه و ضد ‌اسپاسم استفاده می‌‌شود. امروزه از فن مهندسی متابولیک، برای دستورزی ژن‌های بیوسنتز آلکالوئیدها و فرآورده‌های متابولیکی ...  بیشتر گیاه شقایق (Papaver somniferum L.) به عنوان مهمترین منبع اقتصادی تولید ترکیبات آلکالوئیدی نارکوتیک مانند کدئین، تبائین، نارکوتین و پاپاورین شناخته شده است و از ترکیبات آن در صنعت داروسازی به عنوان بی‌حس کننده، ضد‌ سرفه و ضد ‌اسپاسم استفاده می‌‌شود. امروزه از فن مهندسی متابولیک، برای دستورزی ژن‌های بیوسنتز آلکالوئیدها و فرآورده‌های متابولیکی این گیاه از طریق مهندسی ژنتیک استفاده می‌شود. کدئین اُ-‌دمتیلاز (CODM)، آنزیم انتهایی در مسیر بیوسنتزی مورفینان در گیاه شقایق می‌باشد که باعث دمتیلاسیون تبائین در موقعیت 3 و تبدیل آن به اوریپاوین و همچنین دمتیلاسیون کدئین می‌شود. این پژوهش با هدف خاموشی احتمالی ژن CODM از طریق مکانیسم خاموشی ژن به واسطه ویروس (VIGS) به اجرا در آمد. ابتدا ژن CODM با استفاده از آغازگرهای اختصاصی از روی cDNA تکثیر شد. بخشی از انتهای cDNA سنتز شده در ناحیه 3́ UTR، به عنوان قطعه هدف خاموشی در ناقل ویروسی TRV2 همسانه‌سازی شد و سازه ژنی با استفاده از اگروباکتریوم به نمونه‌های برگی گیاه شقایق انتقال داده شد. بوسیله PCRژن پروتئین پوششی ویروس TRV، گیاهان تراریخت غربال اولیه شدند و سپس آنالیز نیمه کمی بیان ژن CODM روی تعدادی از آنها انجام شد. آنالیز نهایی خاموشی ژن ناشی از مکانیسم VIGS با استفاده از PCR زمان واقعی در بهترین گیاهان تراریخت انتخاب شده، کاهش 95 درصدی بیان ژن CODM در مقایسه با نمونه‌های شاهد را نشان داد.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 665.78 K

بیوتکنولوژی

83. طراحی، ساخت، مشخصه یابی و ارزیابی زیستی نانوذرات اکسید آهن پوشش داده شده با پلیمر پرشاخه ی پلی گلیسرول

عاطفه زارع پور؛ محمد رفیعی نیا؛ حسین صالحی؛ علی ضرابی

دوره 29، شماره 1 ، بهار 1395، ، صفحه 80-91

چکیده

  ساخت نانوسامانه‌های هدفمند انتقال دارو از یک طرف امکان دسترسی زیستی به دارو را بهبود بخشیده و از طرف دیگر اثرات جانبی زیان‏بار آن را بر سایر نقاط بدن به حداقل ممکن رسانده است. از جمله‌ی این نانوسامانه‌ها می‌توان به نانوذرات اکسید آهن اشاره کرد که امروزه به صورت گسترده در تصویربرداری تشدید مغناطیسی به عنوان عامل بهبود کیفیت تصویر ...  بیشتر ساخت نانوسامانه‌های هدفمند انتقال دارو از یک طرف امکان دسترسی زیستی به دارو را بهبود بخشیده و از طرف دیگر اثرات جانبی زیان‏بار آن را بر سایر نقاط بدن به حداقل ممکن رسانده است. از جمله‌ی این نانوسامانه‌ها می‌توان به نانوذرات اکسید آهن اشاره کرد که امروزه به صورت گسترده در تصویربرداری تشدید مغناطیسی به عنوان عامل بهبود کیفیت تصویر استفاده می‌شود. این خاصیت ممتاز این نانوذرات همراه با قابلیت هدفمند کردن آن‌ها از طریق میدان مغناطیسی خارجی سبب جلب توجه بسیاری از محققین به آن‌ها شده است. پوشش‌دهی سطح نانوذرات توسط پلیمرهای زیست‌سازگار سبب بهبود خواص زیستی آن‌ها می‌شود. در این زمینه می‌توان به پلیمرهای پرشاخه اشاره کرد که با دارا بودن تعداد زیادی گروه عاملی سطحی می‌توانند به صورت هدفمند داروها را منتقل کنند. هدف از این پژوهش ساخت نانوذرات اکسید آهن، پوشش‌دهی آن توسط پلیمر پرشاخه‌ی پلی‌گلیسرول و مقایسه‌ی زیست‌سازگاری نانوذرات پوشش‌دار و بدون پوشش است. در ابتدا نانوذرات با استفاده از روش تجزیه‌ی حرارتی ساخته شده و سپس توسط روش حلقه‌گشا پوشش‌دهی شد. در انتها به منظور ارزیابی زیست‌سازگاری از آزمون‌ سمیت سلولی (MTT assay) استفاده شد. نتایج مربوط به بررسی و مشخصه‌یابی نانوذرات به خوبی نشان‌دهنده‌ی ساخت نانوذرات‌ با قطر متوسط 11 نانومتر و پوشش‌دهی موفق آن‌ها توسط پلیمر پرشاخه بود. به علاوه بررسی‌های مربوط به زیست‌سازگاری سلولی نشان داد که نمونه‌های بدون پوشش از غلظت µg/ml200 به بالا دارای سمیت سلولی بودند در حالی‌که نمونه‌های پوشش‌دار فاقد این اثر سمیت بود.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 600.16 K

بیوتکنولوژی

84. بررسی اثر نانوذرات اکسید مس روی ژنوم باکتری اشریشیاکلی با استفاده از نشانگرهای مولکولی RAPD

فریبا امجدی؛ بهرام گلستانی ایمانی؛ فرخ کریمی

دوره 28، شماره 4 ، زمستان 1394، ، صفحه 475-487

چکیده

  چکیدهبا توجه به مقاومت باکتری ها نسبت به آنتی بیوتیک ها و عوامل ضد میکروبی مرسوم، تحقیقات بسیاری برای یافتن انواع جدید عوامل ضد میکروبی موثر انجام شد. با توسعه فناوری نانو، مس به طور فزاینده ای به شکل نانوذرات با فعالیت های ضد میکروبی بالا و قیمت ارزان علیه همه باکتری های گرم منفی و گرم مثبت مورد استفاده قرار گرفته است. در این تحقیق ...  بیشتر چکیدهبا توجه به مقاومت باکتری ها نسبت به آنتی بیوتیک ها و عوامل ضد میکروبی مرسوم، تحقیقات بسیاری برای یافتن انواع جدید عوامل ضد میکروبی موثر انجام شد. با توسعه فناوری نانو، مس به طور فزاینده ای به شکل نانوذرات با فعالیت های ضد میکروبی بالا و قیمت ارزان علیه همه باکتری های گرم منفی و گرم مثبت مورد استفاده قرار گرفته است. در این تحقیق از نانو ذره اکسیدمس با اندازه (کمتر از 10 نانومتر) برای بررسی اثر آن روی ژنوم باکتری اشریشیاکلی سویهO157:H7 به عنوان مدل برای باکتریهای گرم منفی استفاده شد. بدین منظور ابتدا باکتریها را با غلظتهای 30 و 60 میکروگرم بر میلی لیتر با این نانوذرات تیمار کرده و در فاصله های زمانی 2، 4 و 24 ساعت خاصیت ضد میکروبی نانوذره بررسی گردیده و استخراج DNA صورت گرفت. تکنیک واکنش زنجیره ای پلیمراز رپید ( RAPD-PCR) جهت بررسی اثر نانوذره اکسیدمس روی ژنوم به کار گرفته شد. با استفاده از نرم افزار NTSYS-PC، نتایج حاصل از الکتروفورزیس محصولات PCR روی ژل آگارز مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. در این تحقیق مشاهده گردید که علاوه بر اثر مهارکنندگی نانوذرات اکسیدمس، روی رشد باکتریها مشخص شد که این نانوذرات روی توالی DNA ژنومی این باکتری اثر گذاشته و باعث تغییر آن در نقاط مختلف گردید.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 457.5 K

بیوتکنولوژی

85. اثر تنش خشکی بر بیان ژن‏های کدکننده آنزیم‎ اس-آدنوزیل-ال‎متیونین: فسفواتانول‎آمین‎ان-متیل‎ترانسفراز (PEAMT) در آرابیدوپسیس

زهرا زنگیشه ای؛ هومن سالاری

دوره 28، شماره 4 ، زمستان 1394، ، صفحه 539-550

چکیده

  در این مطالعه با استفاده از روش آنالیز نسبی بیان ژن‎ها به‎کمک تکنیک (qRT-PCR) Quantitative Real Time PCR تاثیر دو سطح تنش خشکی 12 و 16 روزه بر بیان خانواده ژنی‎ رمزکننده آنزیم اس-آدنوزیل-ال‎متیونین: فسفواتانول‎آمین‎ان-متیل‎ترانسفراز (PEAMT) در سه اندام آرابیدوپسیس؛ شامل برگ‌های درحال توسعه، برگ‌های توسعه یافته و ریشه؛ ارزیابی شد. این آنزیم ...  بیشتر در این مطالعه با استفاده از روش آنالیز نسبی بیان ژن‎ها به‎کمک تکنیک (qRT-PCR) Quantitative Real Time PCR تاثیر دو سطح تنش خشکی 12 و 16 روزه بر بیان خانواده ژنی‎ رمزکننده آنزیم اس-آدنوزیل-ال‎متیونین: فسفواتانول‎آمین‎ان-متیل‎ترانسفراز (PEAMT) در سه اندام آرابیدوپسیس؛ شامل برگ‌های درحال توسعه، برگ‌های توسعه یافته و ریشه؛ ارزیابی شد. این آنزیم نقش کلیدی در بیوسنتز فسفوکولین دارد. تاکنون یک ژن به ‎طور قطع (AtNMT1) و دو ژن به‎ صورت احتمالی (AtNMT2 و AtNMT3) به عنوان رمزکننده آنزیم‎های خانواده PEAMT در آرابیدوپسیس معرفی شده‎اند. رفتار این سه ژن در مواجهه با تنش خشکی متفاوت بود. درحالیکه بیان ژن AtNMT2 چندان متاثر از تنش و نوع اندام نبود، بیان دو ژن AtNMT1 و AtNMT3 بسیار به این عوامل وابسته بودند. بیان AtNMT1 در پاسخ به 12 روز قطع آبیاری در برگ‎های درحال توسعه و توسعه یافته کاهشی تقریبا 8/0 برابری داشت، اما بیان آن در ریشه تا حدود 5/4 برابر شاهد افزایش یافت. پس از 16 روز قطع آبیاری بیان این ژن در برگ‎های در حال توسعه تقریبا 5/2 برابر افزایش یافت و در ریشه با کاهش روبرو و به سطح شاهد بازگشت. بیان ژن AtNMT3 در 12 و 16 روز قطع آبیاری، به رغم عدم تغییر و کاهش در اندام‎های هوایی، به ترتیب در حدود 5/3 و 9 برابر در ریشه افزایش یافت. به نظر می‎رسد AtNMT3 احتمالا ژن حساس ‎به خشکی در ریشه است. به‎طور کلی، شاید بتوان گفت که دو ژن AtNMT1 و AtNMT3 ایزوفرم‎های موثر رمزکننده آنزیم‎های PEAMTدر شرایط مواجهه با تنش خشکی در آرابیدوپسیس هستند.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 1.25 MB

بیوتکنولوژی

86. انتقال ژن کیتیناز کایمری به کلزا و بیان القائی تراژن، تحت پیشبر ساختگی القاء پذیر با بیمارگر SP-FF

مهدی مرادیار؛ محمد رضا زمانی؛ مصطفی مطلبی؛ رستم آقازاده

دوره 28، شماره 4 ، زمستان 1394، ، صفحه 599-611

چکیده

  گیاهان به صورت دائمی، در محیط زیست شان، در معرض بیمارگرهای مختلف قرار دارند. بیان ژن های مقاومت توسط پیشبرهایی که صرفا در زمان حمله بیمارگرها فعال می شوند راهبردی بسیار کارآمد در تولید گیاهان تجاری مقاوم به بیماری می باشد. در این مطالعه، ژن مقاومت کیتیناز کایمری تحت کنترل پیشبر ساختگی القاء پذیر با بیمارگر SP-FF، به گیاه کلزا منتقل شده ...  بیشتر گیاهان به صورت دائمی، در محیط زیست شان، در معرض بیمارگرهای مختلف قرار دارند. بیان ژن های مقاومت توسط پیشبرهایی که صرفا در زمان حمله بیمارگرها فعال می شوند راهبردی بسیار کارآمد در تولید گیاهان تجاری مقاوم به بیماری می باشد. در این مطالعه، ژن مقاومت کیتیناز کایمری تحت کنترل پیشبر ساختگی القاء پذیر با بیمارگر SP-FF، به گیاه کلزا منتقل شده و پتانسیل این سازه، در مهار رشد بیمارگرهای قارچی مورد ارزیابی قرار گرفت. در این راستا، سه سازه ی pGFC، pGMPC و pBISM2 به ترتیب حاوی پیشبر SP-FF ( شامل دوعنصر F بالادست پیشبر حداقل)، SP-MP (شامل فقط پیشبر حداقل) و CaMV35S ( شامل پیشبر دائمی) جهت تراریختی گیاه کلزا مورد استفاده قرار گرفت. بررسی فعالیت کیتینازی نشان داد پیشبر القاء پذیر با بیمارگر (SP-FF)، نسبت به مسیر پیام رسانی متیل جاسمونات حساس می باشد در حالی که نسبت به مسیر سالیسیلیک اسید القاء پذیری چندانی مشاهده نشد. همچنین، بررسی ها نشان داد عصاره پروتئینی برگ گیاهان تراریخت تیمار شده با متیل جاسمونات به نسبت گیاهان شاهد افزایش معنی داری در میزان مهار رشد بیمارگرهای قارچی S. sclerotiorum و R. solani داشت. به این ترتیب، پیشبر SP-FF، نه تنها نسبت به متیل جاسمونات به عنوان مولکول پیام رسان در مسیر مقاومت به بیمارگرهای نکروترف القاء پذیر می باشد، بلکه میزان بیان تراژن مقاومت، تحت کنترل این پیشبر نیز جهت افزایش مقاوت نسبت به بیمارگرهای قارچی مناسب به نظر می رسد.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 900.71 K

بیوتکنولوژی

87. مقایسه الگوریتم‌های برپایه یادگیری ماشین بر دقت تخمین داده‌های گمشده حاصل از آزمایش‌های ریزآرایه

مریم مشیری؛ مصطفی قادری زفره ای؛ فرزان قانع گلمحمدی

دوره 28، شماره 4 ، زمستان 1394، ، صفحه 612-622

چکیده

  وجود داده‌های گمشده در داده‌های ریزآرایه، سبب کاهش دقت رسم شبکه‌های تنظیمی ژن، ایجاد اشتباه در خوشه بندی و تقسیم‌بندی تخصصی ژن‌ها و سایر تحلیل‌ها می‌شود. بنابراین تخمین داده-های گمشده مرحله مهمی در پیش پردازش داده‌های ریزآرایه، محسوب می‌شود. عملکرد الگوریتم-های تخمین در مجموعه داده‌های مختلف و با درصدهای متفاوت گمشدگی، متغیر ...  بیشتر وجود داده‌های گمشده در داده‌های ریزآرایه، سبب کاهش دقت رسم شبکه‌های تنظیمی ژن، ایجاد اشتباه در خوشه بندی و تقسیم‌بندی تخصصی ژن‌ها و سایر تحلیل‌ها می‌شود. بنابراین تخمین داده-های گمشده مرحله مهمی در پیش پردازش داده‌های ریزآرایه، محسوب می‌شود. عملکرد الگوریتم-های تخمین در مجموعه داده‌های مختلف و با درصدهای متفاوت گمشدگی، متغیر است. همواره انتخاب مناسب‌ترین الگوریتم به منظور دستیابی به بیشترین دقت در محاسبات داده‌های گمشده از اهمیت خاصی برخوردار است. در این مطالعه از سه مجموعه داده آزمایش‌های ریزآرایه استفاده شد. پس از مشخص کردن ابعاد ماتریس بیانی و نرمال کردن داده‌ها، درصدهای مختلفی از گمشدگی، بر مجموعه داده‌های مورد مطالعه اعمال شد. سپس نتایج حاصل با استفاده از 11 الگوریتم بر پایه یادگیری ماشین، به منظور بررسی میزان دقت هر یک از الگوریتم‌ها در تعیین میزان درصد گمشدگی، مورد مقایسه قرار گرفت. بر اساس نتایج، دقت الگوریتم‌های مختلف به مجموعه داده به کار رفته، درصد گمشدگی و توزیع گمشدگی داده‌ها وابسته است. همچنین تعداد نمونه‌های آزمایشی موجود در مجموعه داده‌ها نیز می تواند بر دقت الگوریتم‌های تخمین داده‌های گمشده موثر باشد. نتایج بیانگر کاهش دقت تمامی الگوریتم‌ها با افزایش درصد داده‌های گمشده بود، اما الگوریتم‌های Least Square Adaptive و Local least square دقت بیشتری در مقابل افزایش درصد گمشدگی داده‌ها نسبت به سایر الگوریتم‌ها نشان دادند.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 632.57 K

بیوتکنولوژی

88. بررسی بیان ژن‌های عوامل رونویسی MADS-box موثر در تشکیل گل در زعفران (Crocus sativus L.)

سونیا جدیر؛ فاطمه دهقان نیری

دوره 28، شماره 4 ، زمستان 1394، ، صفحه 488-499

چکیده

  بسیاری از ژن‌های کنترل کننده گلدهی در گیاهان شناسایی شده‌اند که بیشتر آنها متعلق به خانواده بزرگ عوامل رونویسی MADS-box هستند. گیاه زعفران (Crocus sativus) یک گیاه تریپلوئید نرعقیم و ارزشمند است که به منظور استفاده از گل و بویژه کلاله آن کشت می‌شود. درک چگونگی تشکیل گل در گیاه زعفران به افزایش عملکرد و کاهش هزینه‌های تولید آن کمک زیادی می‌کند. ...  بیشتر بسیاری از ژن‌های کنترل کننده گلدهی در گیاهان شناسایی شده‌اند که بیشتر آنها متعلق به خانواده بزرگ عوامل رونویسی MADS-box هستند. گیاه زعفران (Crocus sativus) یک گیاه تریپلوئید نرعقیم و ارزشمند است که به منظور استفاده از گل و بویژه کلاله آن کشت می‌شود. درک چگونگی تشکیل گل در گیاه زعفران به افزایش عملکرد و کاهش هزینه‌های تولید آن کمک زیادی می‌کند. در این تحقیق بیان ژن‌های دو گروه Ag1 و Sep3 از خانواده MADS-box که در تشکیل گل بویژه در شکل‌گیری کلاله نقش دارند با روش PCR نیمه کمی (semi quantitative RT-PCR) در زعفران واریته ایرانی بررسی شد و میزان بیان این ژن‌ها در کلاله و سایر اندام‌های گل و نیز اندام‌های رویشی مورد مقایسه قرار گرفت. ژن‌های Ag1a و Ag1b از کلاس C خانوادهMADS-box در سه اندام جنسی تخمدان، کلاله و پرچم بیان شدند بطوریکه میزان بیان آنها در اندام‌های کلاله و پرچم نسبت به تخمدان بیشتر بود. بیان این ژن‌ها در اندام‌های گلبرگ، برگ، پیاز و ریشه در مقایسه با کلاله و پرچم پایین بود. بیان ژن‌های Sep3a، Sep3b، Sep3c و Sep3d از کلاس E این خانواده ژنی در چهار اندام گلبرگ، پرچم، کلاله و تخمدان تعیین شد در صورتیکه میزان بیان با روش PCR نیمه کمی در اندام‌های رویشی برگ، پیاز و ریشه تعیین نگردید.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 469.57 K

ژنتیک

89. تجزیه و تحلیل کاریوتیپی ژنوتیپ‌های بومادران با استفاده از روش‎های آماری چند متغیره

محمد ضابط؛ فاطمه افشاری

دوره 28، شماره 3 ، پاییز 1394، ، صفحه 371-383

چکیده

  به منظور مطالعه سیتوژنتیکی و تعیین سهم هر یک از صفات کاریوتیپی در ایجاد تنوع شش ژنوتیپ از دو گونه بومادران A. millefolium و A. santolina مورد بررسی قرار گرفت. برای تهیه نمونه کروموزومی مناسب 5/0 سانتی متر نوک ریشه جدا و پس از پیش تیمار تثبیت گردید. بعد از هیدرولیز، اسکواش و در نهایت عکسبرداری و تهیه کاریوتیپ صورت گرفت. عدد پایه کروموزومی در تمام ژنوتیپ‎ها ...  بیشتر به منظور مطالعه سیتوژنتیکی و تعیین سهم هر یک از صفات کاریوتیپی در ایجاد تنوع شش ژنوتیپ از دو گونه بومادران A. millefolium و A. santolina مورد بررسی قرار گرفت. برای تهیه نمونه کروموزومی مناسب 5/0 سانتی متر نوک ریشه جدا و پس از پیش تیمار تثبیت گردید. بعد از هیدرولیز، اسکواش و در نهایت عکسبرداری و تهیه کاریوتیپ صورت گرفت. عدد پایه کروموزومی در تمام ژنوتیپ‎ها x=9 بود. ژنوتیپ‌های الیگودرز، اردبیل، مشکین شهر دیپلوئید و اراک، ایلام و استهبان تتراپلوئید بودند. براساس جدول دو طرفه استبینز اراک و ایلام در کلاس 1A، اردبیل و مشکین شهر در کلاس 2A و الیگودرز و استهبان در کلاس 1B قرار گرفتند. مقایسه میانگین ها نشان داد که از نظر S، L و T استهبان دارای کمتربن و الیگودرز دارای بیشترین مقدار می‌باشد. در تجزیه به عامل‎ها دو عامل در مجموع بیش از 92/90 درصد از کل تغییرات داده‌ها را توجیه کردند. عامل اول با توجیه 65/46 درصد از تغییرات شامل ضرایب عاملی مثبت و معنی دار برای صفات L/S و L-S و ضرایب عاملی منفی و معنی دار برای صفات %F و S/L بود؛ لذا عامل نسبت بازوهای کروموزومی و شاخص‎هازیوارا نامگذاری شد. عامل دوم با توجیه 27/44 درصد ازتغییرات، دارای ضرایب عاملی مثبت و معنی دار برای صفات S، L، T و %RL بود؛ لذا عامل اندازه کروموزوم یا ژنوم نامیده شد. تجزیه خوشه‎ای ژنوتیپ‎ها را در دو خوشه گروه بندی نمود. در تجزیه‎های آماری از نرم افزارهای Excel (2007)، Photoshop (Adobe Photoshop CS2) و SPSS (PASW Statistics18) استفاده شد.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 280.13 K

بیولوژی مولکولی

90. بیان هترولوگ آنزیم کیتیناز 36 کیلو دالتونی از قارچ Trichoderma atroviride در میزبان پروکاریوتی

مهسا یزدان پناه سامانی؛ محمد رضا زمانی؛ مصطفی مطلبی؛ زهرا مقدسی جهرمی

دوره 28، شماره 3 ، پاییز 1394، ، صفحه 447-457

چکیده

  آنزیم‌های کیتینولیتیک در تجزیه پسماندهای کیتینی نظیر پوسته سخت‌پوستان و دیواره سلولی قارچ‌ها و تولید الیگوساکاریدها از کیتین نقش دارند. خصوصیات کاتالیتیک آنها، این آنزیم‌ها را هدف مناسبی جهت استفاده درصنعت یا به عنوان بیوکنترل قرار داده‌ است. در این مطالعه جهت تکثیر و همسانه‌سازی ژن chit36 از جدایه بومی ایران Trichoderma atroviride PTCC5220، ...  بیشتر آنزیم‌های کیتینولیتیک در تجزیه پسماندهای کیتینی نظیر پوسته سخت‌پوستان و دیواره سلولی قارچ‌ها و تولید الیگوساکاریدها از کیتین نقش دارند. خصوصیات کاتالیتیک آنها، این آنزیم‌ها را هدف مناسبی جهت استفاده درصنعت یا به عنوان بیوکنترل قرار داده‌ است. در این مطالعه جهت تکثیر و همسانه‌سازی ژن chit36 از جدایه بومی ایران Trichoderma atroviride PTCC5220، آغازگرهای اختصاصی (chit36pf/chi36r) طراحی و پس از تکثیر قطعه مورد نظر، به منظور تولید پری‌پلاسمی در وکتور pET26b(+) همسانه‌سازی و جهت بیان به باکتری E. coli BL21-DE3 انتقال داده شد. در بررسی نتایج حاصل از SDS-PAGE هیچگونه باندی دال بر بیان پروتئین در هیچکدام از شرایط دمایی و میزان متفاوت IPTG در بخش‌های متفاوت سلولی مشاهده نشد. لذا در ادامه، بیان پروتئین Chit36 با حذف پپتید نشانه pelB (جهت تولید به صورت سیتوپلاسمی) همراه با توالی هیستیدین در انتهای کربوکسیلی دردستور کار قرارگرفت. باکتری حاوی سازه نوترکیب تحت شرایط القایی متفاوت مورد بررسی قرار گرفت. علیرغم عدم مشاهده هیچگونه باندی در هیچکدام از شرایط القایی با روش SDS-PAGE، بیان اندک پروتئین در 2 کلنی با استفاده از روش Western blot مورد تایید قرار گرفت. به منظور بهینه سازی شرایط بیان، میزان بیان پروتئین نوترکیب نسبت به پروتئین تام باکتری درشرایط متفاوت القایی، به روش سنجش کمی باند های پروتئینی روی ژل SDS-PAGE مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج حاصله نشان داد که بهترین شرایط بیان در زمان القا OD600 : 0.3 و میزان IPTG یک میلی‌مولار و زمان انکوباسیون 6 ساعت می‌باشد، دراین شرایط میزان بیان پروتئین نوترکیب نسبت به پروتئین تام برابر %57/ 45 می‌باشد.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 298.93 K

بیولوژی مولکولی

91. جداسازی، همسانه سازی و بیان ژن زیرواحد آلفا فیکوسیانین در سیستم بیانی اشرشیاکلی

زهرا شجاع؛ حمید رجبی معماری؛ محمد رعایایی اردکانی

دوره 28، شماره 3 ، پاییز 1394، ، صفحه 352-359

چکیده

  فیکوسیانین رنگدانه آبی رنگی است که در دو گروه از جلبک ها و سیانوباکترها ازجمله Spirulina وجود دارد. این رنگدانه دارای فعالیت های متنوع زیستی است و کاربردهای گوناگونی در صنعت غذایی، آرایشی و دارویی دارد. پیشرفت های زیادی جهت تولید فیکوسیانین در مقیاس بالا انجام شده است، اما اغلب روش ها مشکل و با هزینه های بالایی قابل انجام هستند؛ درصورتی ...  بیشتر فیکوسیانین رنگدانه آبی رنگی است که در دو گروه از جلبک ها و سیانوباکترها ازجمله Spirulina وجود دارد. این رنگدانه دارای فعالیت های متنوع زیستی است و کاربردهای گوناگونی در صنعت غذایی، آرایشی و دارویی دارد. پیشرفت های زیادی جهت تولید فیکوسیانین در مقیاس بالا انجام شده است، اما اغلب روش ها مشکل و با هزینه های بالایی قابل انجام هستند؛ درصورتی که همسانه سازی و بیان فیکوسیانین به صورت نوترکیب روشی ارزان است و خالص سازی آن آسان تر انجام می پذیرد. از این رو هدف از این تحقیق، جداسازی و همسانه سازی ژن زیرواحد آلفا فیکوسیانین در ناقل بیانی و تولید این پروتئین نوترکیب در باکتری اشرشیاکلی بود تا زمینه تولید فیکوسیانین به صورت صنعتی فراهم گردد. در این پژوهش ژنوم سیانوباکتر Spirulina platensisاستخراج شد و به عنوان الگو در PCR مورد استفاده قرارگرفت. ژن زیرواحدآلفا فیکوسیانین تکثیریافته با آغازگرهای طراحی شده، در ناقل بیانی +pET-43.1a با استفاده از آنزیم های برشی NdeIوNotI کلون گردید. همسانه سازی ژن زیرواحد آلفا در ناقل بیانی با استفاده از Colony PCR، هضم آنزیمی و تعیین توالی تایید شد. بیان ژن با استفاده از آنالیز SDS-PAGE 12/5٪ تا 8ساعت پس از القا با IPTG مورد بررسی قرارگرفت. در بررسی SDS-PAGE، بیان قوی ژن زیرواحدآلفا فیکوسیانین در سیستم بیانی اشرشیاکلی تائید شد. بیان بالای ژن زیرواحدآلفا فیکوسیانین نشان داد که باکتری اشرشیاکلی می تواند به عنوان میزبان مناسب، جهت تولید فیکوسیانین نوترکیب مورد استفاده قرارگیرد. همچنین این تحقیق زمینه تولید فیکوسیانین نوترکیب در آینده را با صرف هزینه های پایین تر فراهم آورد.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 437.5 K

بیوتکنولوژی

92. تولید ترکیبات فنلی درکشت ریشه‌های مویین گیاه تربچه (Raphanus sativus L.)

سعید بیضایی؛ اکبر صفی پور افشار؛ فاطمه سعید نعمت پور

دوره 28، شماره 3 ، پاییز 1394، ، صفحه 327-335

چکیده

  اگروباکتریوم رایزوژنز سبب ایجاد بیماری ریشه مویین در گیاهان می‌شود. ریشه‌های مویین تولید شده توسط آلودگی با این باکتری، با نرخ بالای رشد و ثبات ژنتیکی مشخص می‌شوند. ایجاد ریشه مویین ممکن است سبب تغییراتی در تولید ترکیبات ثانویه گیاه شود. ترکیبات فنلی (فلاونوئیدها، تانن ها و آنتوسیانین ها) از جمله متابولیت‌های هستند که جزء آنتی ...  بیشتر اگروباکتریوم رایزوژنز سبب ایجاد بیماری ریشه مویین در گیاهان می‌شود. ریشه‌های مویین تولید شده توسط آلودگی با این باکتری، با نرخ بالای رشد و ثبات ژنتیکی مشخص می‌شوند. ایجاد ریشه مویین ممکن است سبب تغییراتی در تولید ترکیبات ثانویه گیاه شود. ترکیبات فنلی (فلاونوئیدها، تانن ها و آنتوسیانین ها) از جمله متابولیت‌های هستند که جزء آنتی اکسیدان های طبیعی به شمار آمده و در گیاه تربچه به مقدار فراوان حضور دارند. در این مطالعه جهت ایجاد ریشه‌های مویین، تراریختی ریزنمونه های برگی گیاه تربچه با استفاده از دو سویه اگروباکتریوم رایزوژنز (A4 و GUS+) انجام شد. ریشه‌های مویین ایجاد شده با استفاده از آزمون PCR مورد تایید قرار گرفتند. همچنین میزان ترکیبات فنلی در ریشه‌های مویین مورد سنجش قرار گرفت. صحت تکثیر قطعات 780 جفت بازی برای ژن rolB و 320 جفت بازی برای ژن GUS در ریشه‌ها بیانگر تراریخت بودن آن‌ها بود. نتایج مقایسه میانگین‌ها نشان داد که میزان ترکیبات فنلی در ریشه‌های مویین به طور معنی داری نسبت به ریشه‌های عادی افزایش یافت. به نظر می‌رسد افزایش ترکیبات فنلی در ریشه‌های مویین نتیجه ورود T-DNA اگروباکتریوم رایزوژنز و برانگیختن پاسخ دفاعی گیاه باشد.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 328.27 K

بیوتکنولوژی

93. بررسی امکان رشد سلول های استخوانی(Saos-2) روی داربست های پوشش دار شده با نانوذرات کیتوزان-آلژینات

حوری نصیرنیا؛ محمدرضا قلمبران؛ امیر میمندی پور؛ منصور بیات

دوره 28، شماره 3 ، پاییز 1394، ، صفحه 413-419

چکیده

  در سالهای اخیر در کشور ایران هرساله حدود 22000 مرگ و 70000 مجروح بعلت حوادث رانندگی اتفاق می افتد، که تقریبا 92٪ از مجروحین دارای شکستگی های استخوانی هستند و جهت ترمیم آسیبهای استخوانی به ارتوپدی مراجعه می کنند. طی گزارشات منتشر شده از دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، حدود 85٪ از پیوندهای مغز استخوان بعلت تهاجم باکتری ها و قارچها ناموفق بوده ...  بیشتر در سالهای اخیر در کشور ایران هرساله حدود 22000 مرگ و 70000 مجروح بعلت حوادث رانندگی اتفاق می افتد، که تقریبا 92٪ از مجروحین دارای شکستگی های استخوانی هستند و جهت ترمیم آسیبهای استخوانی به ارتوپدی مراجعه می کنند. طی گزارشات منتشر شده از دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، حدود 85٪ از پیوندهای مغز استخوان بعلت تهاجم باکتری ها و قارچها ناموفق بوده اند. تکنیک استفاده از داربست ها بعنوان بستر مناسبی برای تکثیر و رشد سلول ها و بافت ها از جمله راهکارهای ترمیم بافت های صدمه دیده می باشد. با این وجود استفاده از داربستهای زیست سازگار به منظور درمان نقایص استخوانی همواره با چالشهای زیادی از جمله عدم استحکام، زیست سازگاری پایین، طول عمر پایین سلولهای روی داربست بعلت تهاجم باکتری ها و قارچ ها روبرو بوده است. در این راستا از مهمترین اهداف این تحقیق، بررسی خواص سیتوتوکسیسیتی داربست های پوشش دار شده با نانوذرات کیتوزان - آلژینات، بررسی امکان رشد و حیات سلولهای استخوانی روی داربست های بدون پوشش و پوشش دار شده با نانوذرات بودند. نتایج بدست آمده نشان داد که سلول ها بر روی داربست های پوشش دار شده با نانوذرات در مقایسه با داربست های بدون پوشش بطور طبیعی رشد کردند. همچنین میزان چسبندگی سلول های استخوانی پس از 72 ساعت در این داربست ها به شکل نرمال صورت گرفت. از طرفی دیگر بررسی ساختار داربست ها با میکروسکوپ الکترونی نشان داد که داربست های پوشش دار شده با نانوذرات کیتوزان- آلژینات دارای خلل و فرج کافی برای رشد سلولهای استئوبلاست می‌باشند.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 694.2 K

بیوتکنولوژی

94. بهینه سازی تولید لیپاز مخمر یارروویا لیپولیتیکا با روش طراحی آزمایش تاگوچی

فرشاد درویشی؛ برومند حسینی؛ پریسا فتحی رضایی

دوره 28، شماره 3 ، پاییز 1394، ، صفحه 336-343

چکیده

  لیپاز (EC 3.1.1.3) یک دسته بسیار مهم از آنزیم های صنعتی است. مخمر غیرمعمول یارروویا لیپولیتیکا برای انسان غیر بیماریزا و برای چند فرآیند صنعتی ایمن شناخته شده است. این مخمر می تواند انواع مختلفی از لیپاز را تولید کند. تولید لیپاز خارج سلولی به ترکیب محیط کشت و شرایط محیطی وابسته است. روغن زیتون به عنوان منبع کربن، عصاره مخمر و تریپتون به ...  بیشتر لیپاز (EC 3.1.1.3) یک دسته بسیار مهم از آنزیم های صنعتی است. مخمر غیرمعمول یارروویا لیپولیتیکا برای انسان غیر بیماریزا و برای چند فرآیند صنعتی ایمن شناخته شده است. این مخمر می تواند انواع مختلفی از لیپاز را تولید کند. تولید لیپاز خارج سلولی به ترکیب محیط کشت و شرایط محیطی وابسته است. روغن زیتون به عنوان منبع کربن، عصاره مخمر و تریپتون به عنوان منابع نیتروژن و pH در سطوح مختلف برای بهینه سازی تولید لیپاز در سویه جهش یافته مخمر Yarrowia lipolytica FDY1390 توسط روش طراحی آزمایش تاگوچی مورد بررسی قرار گرفتند. نرم افزار Qualitek-4 برای طراحی آزمایش به روش تاگوچی استفاده شد. بیشترین تولید آنزیم لیپاز (340 واحد در میلی لیتر) در محیط کشت حاوی 20 گرم در لیتر روغن زیتون ، 15 گرم در لیتر عصاره مخمر و تریپتون و pH برابر 4 پس از 72 ساعت از فرآیند تخمیر بدست آمد. مطالعه و بهینه سازی تولید لیپاز می تواند سبب کاهش هزینه تولید و استفاده صنایع مختلف از این آنزیم می شود.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 241.8 K

بیوتکنولوژی

95. همسانه سازی و بررسی بیان ژن متالوتیونین smtA در باکتری اشریشیا کلی به منظور جذب فلزات سنگین

بهناز صفار؛ محسن مبینی؛ محسن پولادیان

دوره 28، شماره 2 ، تابستان 1394، ، صفحه 257-265

چکیده

  یکی از راه های جذب فلزات سنگین علاوه بر روش های شیمیایی و فیزیکی، استفاده از فرآورده‌های زیستی می باشد. یکی از این فرآورده ها، پروتئین های جاذب فلزات سنگین مانند متالوتیونین می باشد.هدف: هدف از این مطالعه، همسانه‌سازی ژن متالوتیونین smtA از سیانوباکتری سینکوکوس ایلانگاتوس سویه PCC7942 ، بیان و بررسی جذب فلز توسط آن می‌باشد.روش‌ها: ژن ...  بیشتر یکی از راه های جذب فلزات سنگین علاوه بر روش های شیمیایی و فیزیکی، استفاده از فرآورده‌های زیستی می باشد. یکی از این فرآورده ها، پروتئین های جاذب فلزات سنگین مانند متالوتیونین می باشد.هدف: هدف از این مطالعه، همسانه‌سازی ژن متالوتیونین smtA از سیانوباکتری سینکوکوس ایلانگاتوس سویه PCC7942 ، بیان و بررسی جذب فلز توسط آن می‌باشد.روش‌ها: ژن smtA در ناقل همسانه‌سازیT/A ، همسانه‌سازی و در باکتری E.coli (DH5α)تراریخت شد. صحت تراریختی با Colony-PCR بررسی شد. سپس ژن مورد نظر به داخل ناقل بیانی pET15b زیرهمسانه سازی و در باکتری E.coli (BL21) تراریخت گردید. صحت تراریختی با بررسی الگوی هضم آنزیمی و تعیین توالی تایید گردید. القای بیان ژن توسط IPTG انجام شد و بیان پروتئین توسط تریس-‌تریسین SDS-PAGEو وسترن بلات بررسی شد. بررسی جذب یون کادمیم توسط پروتئین توسط دستگاه جذب اتمی صورت گرفت.نتایج: نتایج توالی‌یابی، صحت تراریختی را تائید کرد. بیان پروتئین تولید شده با روش های SDS-PAGEو وسترن بلات تایید گردید. بررسی جذب فلز نشان داد که یک میلی گرم پروتئین SmtA می تواند به میزان 28 نانو مول یون کادمیم را جذب نماید.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 252.73 K

بیولوژی مولکولی

96. بررسی نحوه تاثیر جهش ها بر غیر فعال شدن آنزیم پیرازین آمیداز با شبیه سازی دینامیک مولکولی

مهرنوش صفرزاده؛ محمد پاژنگ؛ فرامرز مهرنژاد؛ فرحنوش دوستدار؛ نادر چاپارزاده؛ داود ربیعی فرادنبه؛ احمد یاری خسروشاهی؛ علیرضا محمدپور

دوره 28، شماره 2 ، تابستان 1394، ، صفحه 266-278

چکیده

  پیرازین آمید یکی از مهم ترین داروها برای کنترل مایکوباکتریوم توبرکلوزیس، عامل بیماری سل، است. ژن pncA آنزیم پیرازین آمیداز مایکو باکتریوم توبرکلوزیس را رمزدهی می نماید. این آنزیم مسئول تبدیل داروی پیرازین آمید به شکل فعالش یعنی پیرازینوئیک اسید است. علیرغم نقش این دارو در کوتاه سازی دوره ی درمان از نه ماه به شش ماه، ظهور سویه های مقاوم ...  بیشتر پیرازین آمید یکی از مهم ترین داروها برای کنترل مایکوباکتریوم توبرکلوزیس، عامل بیماری سل، است. ژن pncA آنزیم پیرازین آمیداز مایکو باکتریوم توبرکلوزیس را رمزدهی می نماید. این آنزیم مسئول تبدیل داروی پیرازین آمید به شکل فعالش یعنی پیرازینوئیک اسید است. علیرغم نقش این دارو در کوتاه سازی دوره ی درمان از نه ماه به شش ماه، ظهور سویه های مقاوم به پیرازین آمید مشکل مهم سلامت جهانی است. در این مطالعه دو ژن پیرازین آمیدازجهش یافته(D63G/W119Cو T160P)از سویه های مقاوم پیرازین آمیدی و نیز پیرازین آمیداز نوع وحشی از سویه ی مرجع H37Rvهمسانه سازی، بیان، تعیین توالی شده و تعیین فعالیت شدند. با استفاده از همولوژی مدل سازی و جایگزینی آمینواسیدی، ساختار پیرازین آمیدازهامورد مطالعه قرار گرفت. نتایج نشان داد که دوجهش یافته یT160P وD63G/W119Cفعالیت پیرازین آمیدازی خود را به طور کامل از دست داده اند. نتایج محاسباتی نیز تأیید کرد که فقدان فعالیت این آنزیم ها عمدتا به دلیل تاثیر موضعی جهش های ایجاد شده در ساختار دوم (در اکثر موارد ساختار های آلفا هلیکس) اطراف محل جهش ها است که موجب تغییر ساختاری شده است. این تغییراحتمالا موجب تغییر ساختار سه بعدی جایگاه فعال در مورد جهش یافته D63G/W119C وکاهش ابعاد دهانه ی پاکت اتصال در جهش یافته T160P شده است.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 1.53 MB

بیولوژی مولکولی

97. کلونینگ، بیان و تعیین خصوصیات لیپاز کایمریک باسیلوس ترموکاتنولاتوس در باکتری Escherichia coli

سیدحسین خالقی نژاد؛ علی اصغر کارخانه ای؛ غلامرضا مطلب؛ سعید امین زاده؛ باقر یخچالی

دوره 28، شماره 2 ، تابستان 1394، ، صفحه 202-210

چکیده

  لیپازهای باکتریایی عضوی از خانواده β/α هیدرولازها هستند که تری آسیل گلیسرول ها را در فاز بین آب-چربی هیدرولیز می کنند. لیپاز باکتری باسیلوس ترموکاتنولاتوس (BTL2) در دمای 75-60 درجه سانتیگراد و pH برابر 10 -8 فعالیت دارد و مناسب استفاده در صنعت شوینده می باشد. در این پژوهش لیپاز باسیلوس ترموکاتنولاتوس کایمریک حاوی توالی توافق شده لیپاز ...  بیشتر لیپازهای باکتریایی عضوی از خانواده β/α هیدرولازها هستند که تری آسیل گلیسرول ها را در فاز بین آب-چربی هیدرولیز می کنند. لیپاز باکتری باسیلوس ترموکاتنولاتوس (BTL2) در دمای 75-60 درجه سانتیگراد و pH برابر 10 -8 فعالیت دارد و مناسب استفاده در صنعت شوینده می باشد. در این پژوهش لیپاز باسیلوس ترموکاتنولاتوس کایمریک حاوی توالی توافق شده لیپاز قارچ کاندیداروگوزا (207Gly-Glu-Ser-Ala-Gly211)در ناحیه زانوی هسته دوست، در باکتری E. coli کلون و بیان شد. سپس فعالیت آنزیمی لیپاز کایمریک در حضور سوبستراهای مختلف اندازه‌گیری شد. همچنین اثر عوامل مختلف از قبیل دما، pH، دترجنت‌ها، حلال‌های آلی و یونهای فلزی بر روی فعالیت آنزیم بررسی گردید .نتایج نشان داد که آنزیم کایمریک بیشترین فعالیت را در حضور سوبسترای 4 کربنه، (pH 9.0) و دمای 60 درجه سانتیگراد دارد. همچنین فعالیت آنزیم در حضور حلال های آلی N- هگزان، N- هپتان، متانول و کلروفرم و دترجنت های ترایتون 100-X ، توین 20، توین 40 افزایش یافته است در حالیکه یون های فلزی عمدتاً اثر کاهشی بر فعالیت آنزیم کایمریک داشتند.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 229.95 K

بیوتکنولوژی

98. مطالعه توالی، خاصیت آنتی‌ژنی و ساختار سه بعدی پروتئین های غیراختصاصی ناقل لیپید2 در برنج ایرانی: ارزیابی بیوانفورماتیکی

فاطمه زهرا درویشی؛ مهران میراولیائی؛ رحمان امام زاده؛ مجید متولی باشی؛ محبوبه نظری

دوره 28، شماره 2 ، تابستان 1394، ، صفحه 211-222

چکیده

  پروتئین‌های غیراختصاصی ناقل لیپید 2(nsLTP2) یکی از اعضای خانواده پرولامین‌ها هستند که به‌ دلیل ساختار ویژه خود توانایی انتقال ترکیبات لیپوفیل مختلفی را دارند. با وجود مزیت‌های نسبی پروتئین LTP2 در انتقال دارو، خاصیت آلرژنی این پروتئین‌ها نیز گزارش شده است. هدف مطالعه حاضر بررسی توالی و ساختار پروتئین nsLTP2 برنج ایرانی و نیز بهبود برخی ...  بیشتر پروتئین‌های غیراختصاصی ناقل لیپید 2(nsLTP2) یکی از اعضای خانواده پرولامین‌ها هستند که به‌ دلیل ساختار ویژه خود توانایی انتقال ترکیبات لیپوفیل مختلفی را دارند. با وجود مزیت‌های نسبی پروتئین LTP2 در انتقال دارو، خاصیت آلرژنی این پروتئین‌ها نیز گزارش شده است. هدف مطالعه حاضر بررسی توالی و ساختار پروتئین nsLTP2 برنج ایرانی و نیز بهبود برخی از ویژگی های آن برای استفاده در سیستم‌های تحویل دارو، توسط ابزارهای بیوانفورماتیک است. مقایسه توالی‌ پروتئین های nsLTP2 انواع برنج، حداقل 51% شباهت بین گونه‌های مختلف را نشان می‌دهد. بر اساس ارزیابی های فیلوژنی مشخص شد که بیشترین شباهت بین توالی ژن این پروتئین با گونه ژاپنی (Accession NO. NP 0011048723.1) وجود دارد. موتیف‌ها و جایگاه‌های مختلف nsLTP2 برنج ایرانی با کمک آنالیز توالی به دست آمد. همچنین مطالعات بیوانفورماتیکی نشان دهنده 4 جایگاه‌ با خاصیت‌ شبه‌آنتی‌ژنی است که 3 عدد آن بعد از تغییرات پس‌ از ترجمه‌ باقی می‌ماند و حضور آنها می‌تواند خاصیت آلرژنی این پروتئین‌ها را توجیه کند. همچنین، بررسی توالی دو گونه ژاپنی و ایرانی موید این است که اسیدهای آمینه شرکت کننده در جایگاه فعال، به-طورکامل حفاظت شده است. به‌منظور مطالعه تاثیر حذف توالی‌های آلرژن بر تمایل به لیگاندهای هیدروفوب، از روش مدل‌سازی در راستای تعیین ساختار، استفاده گردید. نتایج تحقیق حاضر نشان داد که در صورت اعمال تغییراتی در توالی و حذف بخش‌های آلرژن nsLTP2، احتمالا می‌توان بازده پروتئین را در سیستم‌های تحویل دارو افزایش داد.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 1.13 MB

بیولوژی سلولی

99. اثرات عصاره آبی و اتانولی گل محمدی (Rosa damascena mill L.) بر علیه سلول‌های سرطانی معده انسان

کتایون میمندی؛ محمد مهدی یعقوبی

دوره 28، شماره 2 ، تابستان 1394، ، صفحه 299-309

چکیده

  مقدمه: سرطان معده یکی از عوامل مهم بیماری و مرگ‌ و میر در جهان است. گونه‌های گیاهی منحصر به فرد زیادی وجود دارد که برای یافتن ترکیبات ضد سرطانی باید مطالعه شوند. هدف: در این تحقیق، خاصیت ضد سرطانی عصاره اتانولی و آبی گل محمدی بر رده سلولهای سرطانی معده انسان (AGS) بررسی شد. روش بررسی: هشت غلظت متفاوت از عصاره‌ها به همراه داروی 5- فلورواوراسیل ...  بیشتر مقدمه: سرطان معده یکی از عوامل مهم بیماری و مرگ‌ و میر در جهان است. گونه‌های گیاهی منحصر به فرد زیادی وجود دارد که برای یافتن ترکیبات ضد سرطانی باید مطالعه شوند. هدف: در این تحقیق، خاصیت ضد سرطانی عصاره اتانولی و آبی گل محمدی بر رده سلولهای سرطانی معده انسان (AGS) بررسی شد. روش بررسی: هشت غلظت متفاوت از عصاره‌ها به همراه داروی 5- فلورواوراسیل بر روی رده سلولی سرطان معده اعمال شد. سمّیت عصاره‌ها با آزمون MTT و اثر عصاره‌ها بر تکثیر سلولی با سنجش مصرف BrdU بررسی گردید. روش TUNEL برای اندازه‌گیری مرگ آپوپتوزی سلول به‌کار رفت.نتایج: نتیجه نشان داد عصاره آبی و عصاره اتانولی گل محمدی بقای سلول‌های سرطانی را به‌طور معنی‌داری کاهش می‌دهند. شاخص IC50 برای این دو عصاره روی سلول AGS به ترتیب 887/3 و 517/2 میکرو‌گرم بر میلی‌لیتر به دست آمد. نتایج روش میزان مصرف BrdU نشان داد هر دو عصاره آبی و اتانولی سبب کاهش معنی‌دار تکثیر سلول‌های سرطان معده (نسبت به سلول فیبروبلاست) می‌شوند. با افزایش غلظت هر دو عصاره میزان تکثیر نیز کاهش می‌یابد. همچنین اثر کشندگی و مهاری عصاره اتانولی بیشتر از عصاره آبی است. میزان بروز مرگ آپوپتوزی ناشی از افزودن هر دو عصاره آبی و اتانولی روی سلول‌های سرطانی 90% برآورد گردید.نتیجه گیری: عصاره آبی و اتانولی گل محمدی از طرق مختلف باعث کاهش بقا و تکثیر و القای مرگ در سلول سرطانی معده انسان می‌شود.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 317.74 K