بیوتکنولوژی

1. غربالگری مجازی مبتنی بر ساختار با توان بالا جهت انتخاب ترکیب(ترکیبات) شیمیایی مهارکننده‌ی جدید علیه کمپلکس فاکتور رونویسی FOXM1 با ترادف ژنومی هدف

حمید مهدیونی؛ طاهره مراتی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 28 آبان 1399

چکیده

  پروتئین FOXM1 به عنوان یک فاکتور رونویسی مهم، در عملکردهای متنوعی ازجمله کنترل بیان ژن‌های مختلف، انتقال سلول‌ها به فاز تقسیم، آنژیوژنز، مهاجرت و غیره درگیر می‌باشد و بیش‌بیان آن در انواع مختلف سرطان گزارش شده است. بنابراین، این پروتئین یک هدف دارویی بالقوه در درمان سرطان می‌باشد. تاکنون، داروها و ترکیبات زیادی FOXM1 را هدف قرار داده‌اند، ...  بیشتر پروتئین FOXM1 به عنوان یک فاکتور رونویسی مهم، در عملکردهای متنوعی ازجمله کنترل بیان ژن‌های مختلف، انتقال سلول‌ها به فاز تقسیم، آنژیوژنز، مهاجرت و غیره درگیر می‌باشد و بیش‌بیان آن در انواع مختلف سرطان گزارش شده است. بنابراین، این پروتئین یک هدف دارویی بالقوه در درمان سرطان می‌باشد. تاکنون، داروها و ترکیبات زیادی FOXM1 را هدف قرار داده‌اند، از جمله FDI-6 و RCM-1 که عملکرد آن‌ها مهار میان-کنش‌های FOXM1-DNA می‌باشد. در این مطالعه، به منظور پیش‌گیری از تشکیل کمپلکس FOXM1-DNA، زیرمجموعه In-vitro از پایگاه داده ZINC بصورت محاسباتی مورد بررسی قرار گرفت. برای دستیابی به این هدف، ابتدا جایگاه‌های اتصال لیگاند در پروتئین، با اجرای الگوریتم MDpocket مورد جست و جو قرار گرفتند. قبل از محاسبه‌ی انرژی اتصال‌پذیری ترکیبات به پاکت‌های پیش‌بینی شده، کتابخانه‌ها (حدود 260.000 ترکیب) با استفاده از وب‌سرور FAF-Drugs4 بر اساس خواص فیزیکوشیمیایی غربال شدند. پس از آن، ترکیبات منتخب با استفاده از AutoDock VINA علیه پاکت‌های پیش‌بینی شده FOXM1 داک شدند. فرایند غربالگری بر اساس انرژی اتصال‌پذیری، هشدارهای ساختاری و گروه‌های غیر توکسیک طراحی شد. بر این اساس، سه ترکیب با انرژی داکینگ تقریبا مشابه، نمره‌ی عبور را بدست آوردند. جهت تمایز و رتبه‌بندی ترکیبات انتخاب شده، روش MM/PBSA روی سه کمپلکس FOXM1-لیگاند اعمال شد و نهایتا، لیگاند1 بر اساس انرژی آزاد اتصال انتخاب شد. لیگاند معرفی شده در این مطالعه، مولکول‌ hit جدید نویدبخشی است که امید می‌رود میان‌کنش FOXM1 با DNA مرتبطش را قطع کند. با این حال، کوشش‌های تجربی بیشتری به‌منظور شناسایی لیگاند کشف شده به عنوان یک ترکیب lead باید انجام شود.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

2. ارزیابی بیان موقت ژن های AS1 و 4'CGT در ﮔﻠﺒﺮگ‌ﻫﺎی بنفشه آفریقایی ﺑﺎ سیستم اﮔﺮواﯾﻨﻔﯿﻠﺘﺮﯾﺸﻦ جهت تولید رنگ جدید در گل

امیر رجبی؛ لیلا فهمیده؛ مجتبی کیخاصابر؛ ولی اله قاسمی عمران

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 17 دی 1399

چکیده

  تولید ارقام زینتی با رنگ‌های جدید هدف اصلی در صنعت گل و گیاهان زینتی است. بنفشه آفریقایی از لحاظ تجاری به خوبی شناخته شده و در رنگ‌های مختلفی به جز گل زرد موجود است. این پژوهش با هدف تغییر رنگ گلبرگ‌های بنفشه آفریقایی و تولید مسیر بیوسنتزی رنگدانه آئورون از طریق دست‌ورزی ژنتیکی ژنهای AS1 و 4'CGT انجام شد. بدین منظور‌، این ژن‌ها با استفاده ...  بیشتر تولید ارقام زینتی با رنگ‌های جدید هدف اصلی در صنعت گل و گیاهان زینتی است. بنفشه آفریقایی از لحاظ تجاری به خوبی شناخته شده و در رنگ‌های مختلفی به جز گل زرد موجود است. این پژوهش با هدف تغییر رنگ گلبرگ‌های بنفشه آفریقایی و تولید مسیر بیوسنتزی رنگدانه آئورون از طریق دست‌ورزی ژنتیکی ژنهای AS1 و 4'CGT انجام شد. بدین منظور‌، این ژن‌ها با استفاده از PCR با آغازگرهای اختصاصی از گلبرگ گل میمون زرد جداسازی و بترتیب در ناقل بیانی pCAMBIA1304 وpBI121 اتصال گردید. پلاسمیدهای نوترکیب4'CGT +pBI121 وAS1 ‌pCAMBIA1304+ با استفاده از بررسی‌های Colony PCR، هضم آنزیم، توالی‌یابی و هم‌ردیف سازی آن‌ها در بانک اطلاعاتی، مورد تایید قرار گرفت. سپس به روش الکتروپوریشن به آگروباکتریوم سویه LBA4404 منتقل و با استفاده از سیستم بیان موقت در گلبرگ‌های گیاه بنفشه آفریقایی مورد بررسی قرار گرفت. در این سیستم سوسپانسیون آگروباکتریوم حامل سازه‌ ژنی با استفاده از سرنگ در پایه گلبرگ‌ها تزریق شد. نتایج مورفولوژیکی پس از 3 روز به وضوح تغییر رنگ گلبرگ‌های سفید به زرد کم رنگ را نشان داد و هیچ تغییری در گلبرگ‌های شاهد مشاهده نشد. آنالیزPCR و مشاهده با میکروسکوپ نوری بترتیب بیان ژن وتغییرات فنوتیپی را تایید کردند. همچنین آئوروسیدین-6-او- گلوکزید (AOG) با استفاده از HPLC-DAD-MSn در گلبرگ‌های تراریخت شناسایی شد. با بکارگیری این سیستم می‌توان سازه ژنی را با اعتماد بیشتری برای تراریختگی دائم به گیاهان زینتی انتقال داد. همچنین این پژوهش می‌تواند راهی را برای مهندسی ایجاد رنگ زرد در گونه‌های گیاهان زینتی که فاقد این نوع رنگ هستند باز نماید.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

3. بررسی بیان ژن‌های NAC6 و NAC10 بر روی گیاه تراریخت و غیر تراریخت برنج

کبری عرب؛ رودابه راوش؛ بهروز شیران

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 21 خرداد 1399

چکیده

  پروتئین‌های متصل شونده به عناصر پاسخ دهنده به تنش خشکی از اهمیت ویژه ای در بالا بردن مقاومت گیاه به تنش خشکی برخوردارند. در این تحقیق با هدف تعیین تفاوت بیان فاکتورهای رونویسی در بافت های مختلف، بیان ژن‌های کد کننده عوامل رونویسی NAC10 و NAC6 در برنج تحت تنش خشکی در بافت‌های برگ و بساک مورد بررسی قرار گرفتند. بذور گیاه تراریخته برنج و ...  بیشتر پروتئین‌های متصل شونده به عناصر پاسخ دهنده به تنش خشکی از اهمیت ویژه ای در بالا بردن مقاومت گیاه به تنش خشکی برخوردارند. در این تحقیق با هدف تعیین تفاوت بیان فاکتورهای رونویسی در بافت های مختلف، بیان ژن‌های کد کننده عوامل رونویسی NAC10 و NAC6 در برنج تحت تنش خشکی در بافت‌های برگ و بساک مورد بررسی قرار گرفتند. بذور گیاه تراریخته برنج و غیر تراریخته رقم Nipponbare کشت شدند و از بافت‌های برگ و بساک در مرحله میکروسپور جوان در زمانهای مختلف پس از قطع آبیاری، نمونه برداری صورت گرفت. آنالیز پروموتر انجام شد و دو فاکتورهای رونویسی از خانواده NAC انتخاب شدند. مقایسه بیان داده‌های ژن های سنتز کننده فاکتورهای رونویسی به وسیله Real-time PCR از طریق روش دلتا دلتا سی تی انجام گرفت. نتایج حاصل از این بررسی نشان داد که ژنهای NAC10 و NAC6 در برنج، هر دو در بافت‌های بساک و برگ بیان می‌شوند و بیان این ژن‌ها تحت تنش خشکی بطور معنی داری افزایش یافته است که بیشترین مقدار بیان هر دو فاکتور رونویسی مربوط به بافت بساک بوده است، بیشترین مقدار بیانی NAC10 مربوط به بساک گیاه غیر تراریخت در حدود 70 برابر حالت کنترل بود و بیشترین مقدار بیانی NAC6 مربوط به بساک گیاه تراریخت به مقدار 60 برابر حالت کنترل و در هر دو مورد بیشترین بیان در زمان 24 ساعت پس از شروع تنش رخ داده است. این نتایج حاکی از نقش مهم این فاکتور‌ها در بافت بساک گیاه برنج در هنگام مواجه شدن با تنش خشکی می باشد.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

4. استفاده از روش 16S Single Specific Primer PCR (16S SSP- PCR) به منظور شناسایی و جداسازی اختصاصی جنس شیگلا

حمیدرضا ملاصالحی؛ نرگس واحدی پور؛ ماهرخ علیمی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 12 بهمن 1398

چکیده

  در این مطالعه با استفاده از ژنRNA ریبوزومی و بکارگیری روش Single Specific Primer PCR(SSP-PCR)، جنس شیگلا مورد شناسایی اختصاصی قرار گرفت. RNA های ریبوزومی که دارای پایداری بسیار بالا و تعداد کپی های فراوان در سلول هستند، یکی از ابزارهای مهم شناسایی اختصاصی سلول ها میباشند و ژن 16S rRNA به عنوان بیومارکری استاندارد برای طبقه بندی و شناسایی سلول های پروکاریوتی ...  بیشتر در این مطالعه با استفاده از ژنRNA ریبوزومی و بکارگیری روش Single Specific Primer PCR(SSP-PCR)، جنس شیگلا مورد شناسایی اختصاصی قرار گرفت. RNA های ریبوزومی که دارای پایداری بسیار بالا و تعداد کپی های فراوان در سلول هستند، یکی از ابزارهای مهم شناسایی اختصاصی سلول ها میباشند و ژن 16S rRNA به عنوان بیومارکری استاندارد برای طبقه بندی و شناسایی سلول های پروکاریوتی مورد استفاده قرار میگیرد. باتوجه به درصد بالای هموژنیسیته در این ژن و منطقه ی هتروژن اختصاصی کوتاه، در این مطالعه از روش SSP-PCR به منظور شناسایی و جداسازی ژن 16S rRNA استفاده شد. این روش با طراحی تنها یک پرایمر اختصاصی، تکثیر ژن انجام میشود. در این مطالعه، ژن 16S rRNA گونه های مختلف باکتری شیگلا با ژن مذکور در ۵۷ باکتری مرتبط دیگر، مورد الایمنت قرار گرفت و تک پرایمر اختصاصی در ناحیه ی متغییر V6 طراحی شد. امپلیکون به روش الکتروفورز دوبعدی بر روی ژل آگارز مورد بررسی قرار گرفت و تشکیل باند 253 bp به عنوان پاسخ مثبت در نمونه ها در نظر گرفته شد. مشخص گردید که در هر چهار گونه ی جنس شیگلا (شیگلا فلکسنری، شیگلا دیسانتری، شیگلابوییدی و شیگلا سونئی)، شناسایی به طور اختصاصی صورت گرفته و سایر گونه ها باند مرتبط را ایجاد نکردند. استفاده ژن 16S rRNA در کنار روش SSP-PCR ، یک ترکیب بسیار کاربردی در شناسایی اختصاصی باکتری ها در کوتاه ترین زمان با سهولت بالا میباشد. از کاربردهای این روش شناسایی میتوان به تشخیص زودهنگام عفونت های باکتریایی به ویژه در شرایط اضطرار اشاره کرد.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

5. بررسی تغییرات پروتئوم ارقام حساس و مقاوم برگ گوجه فرنگی در واکنش به قارچ بیمارگر Alternaria solani

بتول صادقی؛ محمد سالاری؛ سعید میرزایی؛ ناصر پنجه که؛ سید کاظم صباغ

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 01 مهر 1398

چکیده

  ببیماری لکه موجی یا پژمردگی زود هنگام گوجه فرنگی از بیماریهای مهم گوجه فرنگی است که باعث کاهش کمی و کیفی محصول می‌شود. اما اطلاعات کمی در زمینه مکانیسم‌های مولکولی درگیر در دفاع میزبان موجود است. در این پژوهش به منظور درک بهتر پاسخ های مولکولی دفاعی، تغییرات پروتئوم برگ ارقام حساس و مقاوم گوجه فرنگی در تعامل با A. solani با استفاده از ...  بیشتر ببیماری لکه موجی یا پژمردگی زود هنگام گوجه فرنگی از بیماریهای مهم گوجه فرنگی است که باعث کاهش کمی و کیفی محصول می‌شود. اما اطلاعات کمی در زمینه مکانیسم‌های مولکولی درگیر در دفاع میزبان موجود است. در این پژوهش به منظور درک بهتر پاسخ های مولکولی دفاعی، تغییرات پروتئوم برگ ارقام حساس و مقاوم گوجه فرنگی در تعامل با A. solani با استفاده از الکتروفورز دو بعدی مورد بررسی قرار گرفت. مجموعا از 610 لکه تکرار پذیر ، 29 لکه دارای بیان معنی داری در ارقام حساس و مقاوم تیمارشده با بیمارگر بودند. شناسایی این لکه ها نشان داد که آنها در مسیرهای عملکردی استرس و دفاع، انرژی و متابولیسم، فتوسنتز و بیوسنتز پروتئین، و انتقال سیگنال دخالت داشتند. پروتئین‌های درگیر در استرس و دفاع(پروتئین‌های وابسته به بیماریزایی و پروتئین‌های در گیر در مسیر بیوسنتز ترکیبات فنلی) بیشترین فراوانی را داشتند. نتایج نشان داد که پروتئین‌های درگیر در تقویت دیواره سلولی، متابولیت‌ها و ترکیبات فنلی مهمترین نقش را در پاسخ‌های دفاعی و افزایش مقاومت گیاه در برابر بیمارگر A. solani دارند. نتایج این پژوهش می‌تواند در به کارگیری منابع جدید ژنتیکی برای تولید ارقام مقاوم گوجه فرنگی به بیماری لکه موجی موثر واقع شود.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

6. بهبود تولید و مقاومت به اتانل در مخمر ساکارومایسس سرویزیه با راهبرد مهندسی تکاملی با استفاده از تنش 1-بوتانل

فاطمه شیخی؛ خسرو رستمی؛ مهرداد آذین؛ محمدعلی اسداللهی؛ منصور ابراهیمی؛ پیام غیاثی؛ امیر فیضی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 08 بهمن 1399

چکیده

  در فرایند تولید بیواتانل، عوامل بسیار مهمی وجود دارد که کارایی تولید را تحت تاثیر قرار می‌دهد. تجمع اتانل در طول فرآیند تخمیر و اثر بازدارندگی بر رشد اجتناب‌ناپذیر است. افزایش تحمل به اتانل در سویه ساکارومایسس سرویزیه منجر به افزایش قدرت بقا و در نهایت افزایش تولید اتانل خواهد شد. رویکرد مهندسی تکاملی یک راهبرد مناسب برای بهبود صفت ...  بیشتر در فرایند تولید بیواتانل، عوامل بسیار مهمی وجود دارد که کارایی تولید را تحت تاثیر قرار می‌دهد. تجمع اتانل در طول فرآیند تخمیر و اثر بازدارندگی بر رشد اجتناب‌ناپذیر است. افزایش تحمل به اتانل در سویه ساکارومایسس سرویزیه منجر به افزایش قدرت بقا و در نهایت افزایش تولید اتانل خواهد شد. رویکرد مهندسی تکاملی یک راهبرد مناسب برای بهبود صفت تحمل به اتانل در سویه ساکارومایسس سرویزیه است. سازوکار اثر سمیت الکل‌های کوتاه زنجیره بر مخمر مشابه است. در تحقیق حاضر، سویه آزمایشگاهی ساکارومایسس سرویزیه CEN PK 113-7D باراهبرد مهندسی تکاملی طی یک دوره کشت 144 روزه تحت تنش 1- بوتانل قرار گرفت و نرخ ویژه رشد (µ) سویه تکامل یافته از h-1 048/0بهh-1 084/0 ارتقا یافت. افزایش تحمل به تنش 1- بوتانل منجر به افزایش تحمل به اتانل و همچنین افزایش تولید اتانل در سویه تکامل یافته شد. میزان تولید اتانل از 50/68 گرم بر لیتردر سویه والد به 02/87 گرم بر لیتر در سویه تکامل یافته افزایش یافت. نتایج تعیین توالی کل ژنوم سویه‌‌های تکامل یافته و مقایسه آن با سویه والد تغییرات پلی‌مورفیسم تک نوکلئوتیدی ژن‌های درگیر در این صفت را آشکار نمود. تغییرات در ژن‌هایی مثل PGM2,MTH1, TCB1 YAP1801, UBP2, IAH1 CIA1, و FAB1 ایجاد شده بود که این ژن‌ها در ارتباط با انتقال مواد درون سلول و مسیرهای دخیل در ترکیب و ساختار غشاء سیتوپلاسمایی، ساختار دیواره سلولی، متابولیسم قند و لیپیدها بودند. در تحقیق حاضر، برای اولین بار اهمیت گروه جدیدی از ژن‌های دخیل در افزایش تحمل به اتانل گزارش شده است.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

7. تأثیر الگوریتم‌های فراابتکاری در همترازی شبکه‌های مبتنی بر میانکنش پروتئین-پروتئین در پنج گونه زیستی

الهام مهدی پور؛ محمد قاسم زاده

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 28 آبان 1399

چکیده

  از طریق همترازی توالی ژنوم می‌توان دانش زیستی گونه‌های مختلف را به نواحی حفاظت شده‌ی توالی انتقال داد. به‌طور مشابه، از طریق همترازی شبکه زیستی، می‌توان دانش نواحی حفاظت شده‌ی شبکه‌های مولکولی را به نواحی مختلف حفاظت شده‌ی گونه‌های متفاوت انتقال داد. لذا با تکیه بر همترازی شبکه‌های زیستی می‌توان «همسانی مبتنی بر توالی» را ...  بیشتر از طریق همترازی توالی ژنوم می‌توان دانش زیستی گونه‌های مختلف را به نواحی حفاظت شده‌ی توالی انتقال داد. به‌طور مشابه، از طریق همترازی شبکه زیستی، می‌توان دانش نواحی حفاظت شده‌ی شبکه‌های مولکولی را به نواحی مختلف حفاظت شده‌ی گونه‌های متفاوت انتقال داد. لذا با تکیه بر همترازی شبکه‌های زیستی می‌توان «همسانی مبتنی بر توالی» را به «همسانی مبتنی بر شبکه» تعمیم داد. کشف همترازی شبکه‌ها به جهت کاربردهای آن، مانند کشف داروهای جدید، ردیابی روند پیشرفت بیماری‌ها و یا پیش‌بینی رفتار کاربران در شبکه‌های اجتماعی، از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. در این رابطه، چالش اصلی این است که یافتن همترازی‌های موجود در دو شبکه، یک مسئله‌ی از مرتبه‌ی «اِن پی-سخت» است. در چنین وضعیتی از راه‌حل‌های تقریبی مانند الگوریتم‌های فراابتکاری که نسبتاً سریع هستند، بهره می‌گیریم. بخش اصلی این پژوهش، مقایسه الگوریتم‌های همترازی شبکه از دیدگاه معیارهای ارزیابی مربوطه، زمان اجرا، میزان مصرف حافظه و میزان پیچیدگی شبکه‌های مورد تست می‌باشد. نتایج آزمایشی از اجرای جدیدترین و مشهورترین الگوریتم‌های مرتبط بر روی مجموعه داده‌ی شبکه‌های زیستی بیوگرید به‌دست‌آمده‌اند. نتایج پیاده‌سازی و ارزیابی حاکی از آن است که با بهره‌گیری از الگوریتم‌های فراابتکاری ژنتیک، میمتیک، بهینه‌سازی توده ذرات، تبرید شبیه‌سازی شده و کلونی مورچگان می‌توان به نتایج ارزشمندی دست یافت. روش‌های یادشده با به‌کارگیری توابع مکاشفه‌ای مناسب، تنها بخش‌های کوچکی از داده‌های قابل جستجو را مورد بررسی قرار می‌دهند، لذا غالباً موفق به کشف پاسخ بهینه و یا قابل‌قبول در زمان کوتاهی می‌شوند.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

8. تنوع باکتری‌های ریزوبیومی جدا شده از گره‌های ریبوزومی ریشه گیاه یونجه آلفا آلفا (Medicago sativa) با استفاده از قطعات برشی ژن 16rRNA

شهرزاد گلابکش؛ شهرزاد خرم نژادیان؛ ابراهیم رجب زاده قطرمی؛ محمد رشنو

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 17 اسفند 1399

چکیده

  گیاه یونجه آلفا آلفا (Medicago sativa)، از منطقه پشمینه‌زار اندیمشک و در فصل بهار سال 1398 جمع آوری شد. پس از کشت همسانه‌های هر جدایه روی محیط آگار مغذی، ویژگی‌های میکروسکپی بررسی شد. جهت بیان ژن 16S rDNA ، باکتری‌های ایزوله شده در محیط YMA در شرایط هوازی و در دمای 25-28 درجه‌ی سانتی‌گراد کشت داده شدند. پرایمرهای عمومی و کامل باکتری سینوریزوبیوم ...  بیشتر گیاه یونجه آلفا آلفا (Medicago sativa)، از منطقه پشمینه‌زار اندیمشک و در فصل بهار سال 1398 جمع آوری شد. پس از کشت همسانه‌های هر جدایه روی محیط آگار مغذی، ویژگی‌های میکروسکپی بررسی شد. جهت بیان ژن 16S rDNA ، باکتری‌های ایزوله شده در محیط YMA در شرایط هوازی و در دمای 25-28 درجه‌ی سانتی‌گراد کشت داده شدند. پرایمرهای عمومی و کامل باکتری سینوریزوبیوم بر اساس ژن 16s rRNA gene sequences از سایت NCBI استخراج و در توالی یابی ژن‌های باکتری‌های جداسازی شده در این مطالعه مورد استفاده قرار گرفتند. ترادف‌های بدست آمده با استفاده از نرم افزار Chromas Pro ویرایش و با استفاده از نرم افزار بلاست در پایگاه‌ داده‌های NCBI مورد تجزیه و تحلیل و مقایسه قرار گرفتند. سه سویه از ریزوسفر گیاه یونجه‌ی آلفا آلفا (Medicago sativa) جداسازی و شناسایی شد. در بررسی میکروسکوپی و ماکروسکوپی 3 سویه باکتری شناسایی شد. باکتری شماره 1 شناسایی شده گرم منفی و با ایجاد کلنی‌های کرم رنگ و برجسته، دومین باکتری گرم منفی و دارای کلنی‌های قرمز رنگ و کلنی باکتری سوم جداشده از گیاه جنس یونجه آلفا آلفا (Medicago sativa) صورتی بود. نتایج توالی‌یابی 16S rRNA سویه جدا شده از ریزوسفر گیاه یونجه را گونه (Sequence ID= CP 021215.1) Sinorhizobium meliloti (باکتری1)(درصد همپوشانی 97 و گپ های بازی ۲ درصد)، باکتری دوم Sequence ID= CP-000738.1)) Sinorhizobium medicae (باکتری 2)(درصد همپوشانی 97 و گپ های بازی ۲درصد) و باکتری سوم (Sequence ID= DQ-145546.1) Sinorhizobium meliloti (درصد همپوشانی 04/96 و گپ های بازی 4 درصد) شناسایی شد.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

9. شناسایی miRNAهای پاسخ‌دهنده به تنش گرما در عدس و ژن‌های هدف آنها

سیده زهرا حسینی؛ احمد اسماعیلی؛ فرهاد نظریان فیروزآبادی؛ حسین فلاحی؛ عبدالحسین رضایی نژاد

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 13 اسفند 1399

چکیده

  کاهش عملکرد محصولات کشاورزی در اثر گرم شدن کره زمین، امنیت غذایی را تهدید می‌کند. واکنش گیاهان به تنش گرمایی یک فرآیند پیچیده است. miRNAها با ایجاد تغییرات پس از نسخه‌برداری به‌ویژه در فاکتورهای نسخه‌برداری، نقش مهمی را در پاسخ به تنش‌ها بازی می‌کنند. نقش miRNAها در پاسخ به تنش‌های زنده و غیرزنده در گیاه عدس به عنوان یکی از مهمترین ...  بیشتر کاهش عملکرد محصولات کشاورزی در اثر گرم شدن کره زمین، امنیت غذایی را تهدید می‌کند. واکنش گیاهان به تنش گرمایی یک فرآیند پیچیده است. miRNAها با ایجاد تغییرات پس از نسخه‌برداری به‌ویژه در فاکتورهای نسخه‌برداری، نقش مهمی را در پاسخ به تنش‌ها بازی می‌کنند. نقش miRNAها در پاسخ به تنش‌های زنده و غیرزنده در گیاه عدس به عنوان یکی از مهمترین لگوم‌ها تا کنون مورد مطالعه قرار نگرفته است. در این مطالعه‌، به‌منظور شناسایی miRNA‌های حفاظت شده و ژن‌های هدف آنها در عدس، RNA کل بافت برگ با استفاده از محلول ترایزول استخراج و توالی‌یابی شد. سپس توالی ترانسکریپت‌هایی که هیچ پروتئینی را کد نمی‌کردند به‌منظور شناسایی توالی‌های پیش‌ساز miRNA مورد بررسی قرارگرفتند. در مجموع هفت miRNAی حفاظت شده متعلق به 6 خانواده‌ی miR408، miR166، miR167، miR169، miR172 و miR156 شناسایی شدند که از بین آنها miR408، miR166d و miR169d در پاسخ به تنش گرما کاهش و miR156b-3p افزایش بیان یافتند. نتایج مطالعه‌ی ترانسکریپت‌های هدف این miRNAها نشان داد که اغلب این miRNAها، بیان فاکتورهای نسخه‌برداری دخیل در پاسخ به تنش گرما مانند HSF، NF-Y، ARR-B، WRKY، MYB، AP2 و C3H را تنظیم می‌کنند. نتایج به دست آمده در این مطالعه می‌تواند به درک بهتر تنظیم شبکه‌ی بیان ژن‌ها در پاسخ به تنش گرما کمک کند.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

10. بهینه سازی فرآیند زی تبدیلی ال تیروزین به ال دوپا توسط سویه جدید باکتری Paenibacillus sp. strain CT4W با استفاده از روش های تک عاملی و تاگوچی

مراحم آشنگرف؛ مینا صیادی؛ محمد مجدی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 17 اسفند 1399

چکیده

  ال-دوپا (3و 4 دی هیدروکسی فنیل ال-آلانین) از زمان ورود آن در ۱۹۶۰، به عنوان داروی طلایی برای درمان بیماری پارکینسون تشخیص داده شده است. در این مطالعه برای نخستین بار پتانسیل سویه جدید باکتریPaenibacillus sp. CT4W با قابلیت تبدیل زیستی ال-تیروزین به ال-دوپا بررسی شد. بهینه سازی پارامترهای موثر بر فرآیند زی تبدیلی ال-تیروزین به ال-دوپا، تحت استراتژی ...  بیشتر ال-دوپا (3و 4 دی هیدروکسی فنیل ال-آلانین) از زمان ورود آن در ۱۹۶۰، به عنوان داروی طلایی برای درمان بیماری پارکینسون تشخیص داده شده است. در این مطالعه برای نخستین بار پتانسیل سویه جدید باکتریPaenibacillus sp. CT4W با قابلیت تبدیل زیستی ال-تیروزین به ال-دوپا بررسی شد. بهینه سازی پارامترهای موثر بر فرآیند زی تبدیلی ال-تیروزین به ال-دوپا، تحت استراتژی سلول در حال استراحت، توسط روش‌های تک عاملی و طراحی تاگوچی انجام شد. براساس نتایج بدست آمده از بهینه سازی به روش تک عاملی، بهترین شرایط برای زی تبدیلی عبارت است از توده زیستی در غلظت 6 گرم در لیتر، یون مس در غلظت 045/0 گرم در لیتر، دمای 30 درجه سیلسیوس، pH برابر 7، دور شیکر 150 و عصاره مخمر در غلظت 1 گرم در لیتر بعنوان سوبسترای کمکی. تحت شرایط بهینه شده فوق غلظت ال-دوپای بدست آمده پس از 16 ساعت گرماگذاری 29/0 گرم در لیتر است. در ادامه از آرایه متعامد L18 طراحی تاگوچی برای بهینه سازی فرآیند استفاده شد. براساس نتایج بدست آمده، بهترین شرایط برای زی تبدیلی عبارت است از ال-تیروزرین در غلظت 5/1 گرم در لیتر، توده زیستی در غلظت 5 گرم در لیتر و یون مس در غلظت 03/0 گرم در لیتر. تحت شرایط بهینه شده فوق غلظت ال-دوپای بدست آمده پس از 20 ساعت گرماگذاری 96/0 گرم در لیتر با راندمان مولی 5/53% است.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

11. بررسی تنوع ژنتیکی ارقام مختلف گندم نان (Triticum aestivum L.)با استفاده از نشانگرهای مولکولی ISSR و RAPD

مژده رحمانی؛ مهدی رحیمی؛ مریم عبدلی نسب؛ محمود ملکی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 10 شهریور 1398

چکیده

  ارزیابی دقیق مقدار و پراکنش تنوع ژنتیکی در گیاهان به منظور تدوین راهبرد حفاظت و استفاده از منابع ژنتیکی از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. در این پژوهش روابط ژنتیکی بین 40 رقم گندم نان (Triticum aestivum L.) با استفاده از 10 آغازگر ISSR و 4 آغازگر RAPD مورد بررسی قرار گرفت. 10 آغازگر ISSR تعداد 92 باند چندشکل با میانگین 2/9 باند چندشکل برای هر آغازگر تولید نمودند ...  بیشتر ارزیابی دقیق مقدار و پراکنش تنوع ژنتیکی در گیاهان به منظور تدوین راهبرد حفاظت و استفاده از منابع ژنتیکی از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. در این پژوهش روابط ژنتیکی بین 40 رقم گندم نان (Triticum aestivum L.) با استفاده از 10 آغازگر ISSR و 4 آغازگر RAPD مورد بررسی قرار گرفت. 10 آغازگر ISSR تعداد 92 باند چندشکل با میانگین 2/9 باند چندشکل برای هر آغازگر تولید نمودند و میانگین درصد چندشکلی 79/86% بود. همچنین چهار آغازگر نشانگر RAPD تعداد 19 باند چندشکل با میانگین 75/4 باند چندشکل برای هر آغازگر تولید کردند و میانگین درصد چندشکلی 85/67% بود. بالا بودن معیارهای تعداد آلل مؤثر، تنوع ژنی، شاخص شانون، محتوای اطلاعات چندشکل، در مورد نشانگرهای ISSR برای پرایمرهای UBC813، UBC816 و UBC824 و در مورد نشانگرهای RAPD برای پرایمرهای OH-04 و OPA02 نشان‌دهنده کارایی بالای این آغازگرها در تمایز ژنوتیپ‌های گندم مورد مطالعه در این تحقیق بود. تجزیه خوشه‌ای به روش UPGMA و بر اساس ضریب تشابه جاکارد بر اساس کل باندهای چندشکل نشانگر ISSR و RAPD ارقام گندم را در دو گروه جداگانه قرار داد. همچنین تجزیه به مختصات اصلی و تعیین ساختار جمعیت بر اساس روش بیزی با نرم‌افزار STRUCTURE ارقام را در دو گروه قرار دادند و نتایج تجزیه خوشه‌ای را تایید نمودند. تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که تنوع درون گروه‌ها بیشتر از بین گروه‌ها است. اطلاعات به دست آمده از این تحقیق و تنوع موجود در ارقام گندم می‌تواند در پژوهش‌های به‌نژادی برای افزایش عملکرد مورد استفاده قرار گیرد.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

12. بررسی تاثیر نانوذرات نقره بر بیان ژن per1-bla در جدایه های baumannii Acinetobacter مقاوم به آنتی بیوتیک، با استفاده از روش PCR Time Real quantitative

توحید پیری قراقیه؛ سیدعطاله سادات شاندیز؛ شیدا بیرانوند

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 26 آذر 1399

چکیده

  اسینتوباکتر بومانی یکی از عوامل پاتوژن شایع بیمارستانی است که به دلیل تولید بیوفیلم به بسیاری از آنتی بیوتیک ها مقاوم شده و درمان آن را مشکل ساخته است.در این مطالعه تجربی، سویه های اسینتوباکتر بومانی از 100 نمونه بالینی جداسازی شد. بعد از شناسایی سویه های اسینتوباکتر بومانی و تعیین مقاومت میکروبی آن، سویه های تشکیل دهنده بیوفیلمی با ...  بیشتر اسینتوباکتر بومانی یکی از عوامل پاتوژن شایع بیمارستانی است که به دلیل تولید بیوفیلم به بسیاری از آنتی بیوتیک ها مقاوم شده و درمان آن را مشکل ساخته است.در این مطالعه تجربی، سویه های اسینتوباکتر بومانی از 100 نمونه بالینی جداسازی شد. بعد از شناسایی سویه های اسینتوباکتر بومانی و تعیین مقاومت میکروبی آن، سویه های تشکیل دهنده بیوفیلمی با استفاده از روش واکنش زنجیره ای پلی مرازی (PCR) شناسایی شدند. میزان MIC (Minimum Inhibitory Concentration) سویه ها علیه نانوذرات نقره تعیین شد، تیمار سویه ها با غلظت زیر حد مهارکنندگی (SubMIC)‌ انجام گرفت و استخراج RNA و سنتز cDNA انجام گرفت. در نهایت، ارزیابی بیان ژن تشکیل بیوفیلم bla-per1 با استفاده از روش Real Time PCR مورد بررسی قرار گرفت. از میان 100 نمونه بالینی، 12 نمونه مربوط به اسینتوباکتر بومانی بودند که به تمامی آنتی بیوتیک ها بجز کلیستین مقاوم بودند. نتایج PCR نشان داد که تمامی 12 سویه دارای ژن bla-per1 بودند و دارای بیوفیلم بودند. نتایج Real Time PCR نشان داد که به دنبال تیمار سویه ها با غلظت SubMIC نانوذرات نقره، تمامی سویه ها دارای کاهش بیان معناداری در ژن bla-per1 (P

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

13. طراحی مجازی و مدلسازی مولکولی ترکیبات پپتیدی پایدار کننده ساختار چهارتایی گوانین

سید احمد عبادی؛ دارا دستان؛ مریم خزایی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 06 آذر 1399

چکیده

  مدلسازی مولکولی نقش بسیار مهمی در کشف و توسعه داروهای جدید دارد. روش‌های مجازی در کشف داروهای جدید هزینه‌ تولید را بسیار کاهش می‌دهند. مدلسازی مولکولی در توسعه داروهای ضدسرطان جایگاه خاصی دارد. ساختار چهارتایی گوانین یک ساختار ثانویه یکتا است که در برخی از توالی‌های غنی از گوانین تشکیل می‌گردد. ساختار چهارتایی گوانین در فعال‌کننده ...  بیشتر مدلسازی مولکولی نقش بسیار مهمی در کشف و توسعه داروهای جدید دارد. روش‌های مجازی در کشف داروهای جدید هزینه‌ تولید را بسیار کاهش می‌دهند. مدلسازی مولکولی در توسعه داروهای ضدسرطان جایگاه خاصی دارد. ساختار چهارتایی گوانین یک ساختار ثانویه یکتا است که در برخی از توالی‌های غنی از گوانین تشکیل می‌گردد. ساختار چهارتایی گوانین در فعال‌کننده آنکوژن‌ها تشکیل شده و مانع بیان آنها می‌شود. بنابراین ترکیبات پایدار کننده چهارتایی گوانین به عنوان هدف درمانی در سرطان شناخته می‌شوند. در این مطالعه به بررسی برهم‌کنش پپتید DSM و همچنین طراحی و مدلسازی پپتیدهای پایدار کننده ساختار چهارتایی گوانین پرداخته شده است. براساس نتایج بدست آمده، مهمترین پارامتر در اتصال به ساختار چهارتایی گوانین وجود دو گروه بازی در زنجیره پپتیدی است. در بهترین زنجیره‌های بدست آمده (KGREIGYAK و KGREIGMYAK) آمینو اسیدهای لیزین و آرژنین در فاصله مناسب از یکدیگر قرار گرفته‌اند و پتانسیل بالایی برای اتصال به چهارتایی گوانین دارند. این آمینو اسیدهای بازی با گروه‌های فسفات زنجیره DNA پیوندهای یونی تشکیل می‌دهند. آمینو اسید تایروزین با حلقه گوانین برهم‌کنش‌های π-π دارد.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

14. طراحی،کلونینگ، بیان و خالص سازی پپتید هیستاتین 3 جهش یافته و بررسی اثرات ضد میکروبی آن

زهرا توکلی؛ بهناز صفار؛ کریم مهنام؛ روح الله همتی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 10 تیر 1399

چکیده

  پپتیدهای ضدمیکروبی اهداف مطلوبی به عنوان آنتی‌بیوتیک‌های جدید هستند. پپتیدهای هیستاتین،‌ پپتیدهای غنی از اسید آمینه هیستیدین هستند که به یک خانواده از پپتیدهای ضد میکروبی تعلق دارند. هیستاتین 3 انسانی، از نظر عملکردی هم خاصیت ضدمیکروبی و هم خاصیت التیام زخم دارد. در این پژوهش، طراحی جهش پپتید هیستاتین3 انجام شد. سپس به‌منظور تولید ...  بیشتر پپتیدهای ضدمیکروبی اهداف مطلوبی به عنوان آنتی‌بیوتیک‌های جدید هستند. پپتیدهای هیستاتین،‌ پپتیدهای غنی از اسید آمینه هیستیدین هستند که به یک خانواده از پپتیدهای ضد میکروبی تعلق دارند. هیستاتین 3 انسانی، از نظر عملکردی هم خاصیت ضدمیکروبی و هم خاصیت التیام زخم دارد. در این پژوهش، طراحی جهش پپتید هیستاتین3 انجام شد. سپس به‌منظور تولید این پپتید در مقیاس آزمایشگاهی، توالی ژنی آن به‌همراه پپتید الحاقی سومو در باکتری E.coli همسانه سازی و بیان شد و پس از آن توسط تکنیک‌ کروماتوگرافی تمایلی ستون نیکل خالص گردید و نتایج آن با تکنیک SDS-PAGE بررسی شد. نتایج آزمون‌‌های میکروبی آن (آزمون سنجش MIC)، نشان‌دهنده ارزش این پپتید بوده که برروی باکتری‌ گرم مثبت استافیلوکوکوس اورئوس که جز پاتوژن‌های بیمارستانی مقاوم به دارو می‌باشد، تاثیرگذار است. با توجه به پژوهش انجام شده، فعالیت ضدمیکروبی این پپتید و امکان تولید آن، امید است که از این پپتید در صنایع دارویی و پزشکی، به‌عنوان آنتی‌بیوتیک جدید یا درکنار آنتی‌بیوتیک‌های سنتی برای افزایش کارایی آن‌ها، بهره گرفت.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

15. جداسازی و شناسایی باکتری سرمادوست از روده سخت پوست گاماروس جدا شده از چشمه‌های آب سرد شهر سامان در استان چهارمحال و بختیاری وارزیابی آنزیم‌های مختلف آن

روح الله همتی؛ معصومه یوسف زاده؛ بهناز صفار؛ علیرضا نوری

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 02 آذر 1399

چکیده

  باکتری‌های سرما‌دوست به دلیل توانایی در تولید آنزیم‌هایی که در دماهای پائین قادر به کاتالیز واکنش‌های بیوشیمیایی می‌باشند، بسیار مورد توجه قرار گرفته اند. از این رو در سال‌های اخیر مطالعات زیادی بر روی این باکتری‌ها صورت گرفته است. این پژوهش نیز با هدف جداسازی و شناسایی باکتری‌های تولید کننده آنزیم‌های مقاوم به سرما از روده ...  بیشتر باکتری‌های سرما‌دوست به دلیل توانایی در تولید آنزیم‌هایی که در دماهای پائین قادر به کاتالیز واکنش‌های بیوشیمیایی می‌باشند، بسیار مورد توجه قرار گرفته اند. از این رو در سال‌های اخیر مطالعات زیادی بر روی این باکتری‌ها صورت گرفته است. این پژوهش نیز با هدف جداسازی و شناسایی باکتری‌های تولید کننده آنزیم‌های مقاوم به سرما از روده گونه جدید سخت‌پوست گاماروس، ساکن چشمه آب سرد ارتفاعات رشته کوه زاگرس واقع در استان چهارمحال و بختیاری ایران، صورت پذیرفت. ابتدا گاماروس‌ها جمع‌آوری و پس از انتقال به آزمایشگاه، از روده آنها بصورت کاملاً استریل نمونه‌برداری صورت گرفت و پس از تهیه رقت در محیط لوریا-برتانی آگار در دمای ˚C5 گرماگذاری شد. کلونی‌های رشد یافته، بر اساس ویژگی‌های مورفولوژیکی، آزمون‌های بیوشیمیایی مورد مطالعه قرار گرفتند و در نهایت تعیین هویت مولکولی بر اساس توالی‌یابی ژن 16SrRNA صورت پذیرفت. سویه بومی جدید شناسایی شده در این پژوهش با شماره دسترسی MK961220 در GenBank ثبت شد که متعلق به باکتری سرمادوست Pseudomonas fragi می‌باشد. طبق بررسی‌های صورت گرفته این سویه جدید توانایی تولید آنزیم‌های آمیلاز، زایلوز ایزومراز، کاتالاز، اکسیداز، سرین پروتئاز و لاکاز را دارد و حداکثر فعالیت آنزیم‌های بررسی شده در دمای 0 تا ˚C5 می‌باشد. این پژوهش برای اولین بار در کشور به منظور بررسی ظرفیت بالقوه و شناسایی منابع بومی تولید کننده آنزیم‌های صنعتی با کاربرد زیست فناوری انجام گرفته است. طبق بررسی‌های صورت گرفته این سویه جدید می‌تواند به عنوان کاندید مناسبی برای تخلیص و تولید آنزیم‌های سرمادوست جهت استفاده در صنایع مختلف مورد استفاده قرار گیرد.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

16. آشکار سازی اگزوزم های مترشح از سلولهای سرطان ریه در بستر میکروفلویدیک به روش ایمونوفلورسانس

کوشا ایرانی؛ رویا کلا هچی؛ حسین نادری منش؛ عبداله اله وردی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 28 آبان 1399

چکیده

  سرطان ریه عامل بیشترین موارد مرگ و میر ناشی از سرطان در سراسر جهان است و هرساله منجر به مرگ میلیون‌ها نفر در جهان می شود ، بطوریکه آمار مرگ بعلت سرطان ریه از مجموع دو سرطان بعدی یعنی سرطان سینه و پروستات بیشتر است. نتیجه درمان در سرطان ریه در مقایسه با سرطان سینه و پروستات نامطلوب تر است، زیرا اکثر بیماران مبتلا به سرطان ریه در مرحله ...  بیشتر سرطان ریه عامل بیشترین موارد مرگ و میر ناشی از سرطان در سراسر جهان است و هرساله منجر به مرگ میلیون‌ها نفر در جهان می شود ، بطوریکه آمار مرگ بعلت سرطان ریه از مجموع دو سرطان بعدی یعنی سرطان سینه و پروستات بیشتر است. نتیجه درمان در سرطان ریه در مقایسه با سرطان سینه و پروستات نامطلوب تر است، زیرا اکثر بیماران مبتلا به سرطان ریه در مرحله ای از بیماری تشخیص داده می شوند که متاستاز رخ داده است. علت عدم تشخیص زود هنگام سرطان ریه، تشابه علایم و نشانه های سرطان با علایم بیماران ریوی و نبود روشی که بتوان آنرا در مراحل اولیه شناسایی کند. امروزه توجه زیادی به نشانگرهای زیستی نظیر میکروRNA ، اگزوزمها و تتراسپانین ها به عنوان بیومارکرهایی که می توان اطلاعاتی از وقایع داخل سلول بدست آورد شده است. در این تحقیق، ابتدا چیپ میکروفلویدیک طراحی و با روش لیتوگرافی نوری ساخته شد، سپس اگزوزم‌های مترشح از سلولهای سرطان ریه داخل چیپ میکروفلویدیک تثبیت شدند، سپس توسط آنتی بادی های CD63 و CD151 کنژوگه با FITC آشکار سازی شدند. اگزوزمهای تثبیت شده با این روش از چیپ استخراج و با میکروسکوپ نیروی اتمی و DLS مطالعه شدند. متوسط سایز اگزوزمها بدست آمده توسط DLS، 19 تا 37 نانومتر بود. متوسط سایز اگزوزمها محاسبه شده توسط میکروسکوپ نیروی اتمی برابر 35-37 نانومتر است که با نتایج بدست آمده توسط DLS مطابقت دارد.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

17. اصلاح خصوصیات سطح در سیستم میکروفلوییدیک به منظور شناسایی miR-21 و miR-486 در سرطان ریه

عبداله اله وردی؛ حسین نادری منش؛ الهام کشاورز؛ مسلم صدقی؛ علیرضا نادری سهی؛ فاطمه کوه کن

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 01 مهر 1398

چکیده

  میکرو RNA های گردشی به عنوان بیومارکرهایی جدید جهت تشخیص و حتی پیش‌آگاهی سرطان مطرح شده‌اند. استفاده از این مولکول‌ها علاوه بر تشخیص زودهنگام و به ‌موقع پیش از متاستاز، بدلیل امکان دستیابی غیرتهاجمی ، موجب کاهش آسیب‌های وارد شده به بیمار خواهند‌شد. در این مطالعه، بیوسنسوری جهت جداسازی و شناسایی میکروRNAهای گردشی خون در بستر میکروفلوئیدیک ...  بیشتر میکرو RNA های گردشی به عنوان بیومارکرهایی جدید جهت تشخیص و حتی پیش‌آگاهی سرطان مطرح شده‌اند. استفاده از این مولکول‌ها علاوه بر تشخیص زودهنگام و به ‌موقع پیش از متاستاز، بدلیل امکان دستیابی غیرتهاجمی ، موجب کاهش آسیب‌های وارد شده به بیمار خواهند‌شد. در این مطالعه، بیوسنسوری جهت جداسازی و شناسایی میکروRNAهای گردشی خون در بستر میکروفلوئیدیک طراحی شده است. انتخاب بر پایه تحقیقات گذشته مبنی بر دخالت دو میکروRNA (miR-21 وmiR-486) در ایجاد و گسترش سرطان ریه و همچنین استفاده به عنوان بیومارکر تشخیصی، انجام شده است.در این سیستم بر روی چیپ میکروفلوئیدیک، با استفاده از کاوشگر گیرنده (DNA تک رشته) که بوسیله لینکر GPTMS بر روی سطح PDMS تثبیت شده، جداسازی میکروRNA انجام شد. با اتصال میکروRNA به این پروب، پروب دوم که DNA بیوتینه مکمل بخش بالایی میکروRNA است به آن متصل شده و ساختار ساندویچی ایجاد می‌کند. در نهایت میکروRNA به دام افتاده میان دو کاوشگر بوسیله استرپتاویدین متصل به FITC تشخیص داده شد.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

18. الگوی بیان ژن های کدکننده آنزیم های کاتالاز، آسکوربات پراکسیداز و پلی فنل اکسیداز تحت شرایط کمبود روی خاک در گندم نان

لیلا رحیمی جاریحانی؛ بابک عبدالهی مندولکانی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 13 مرداد 1398

چکیده

  به منظور بررسی اثر تنش کمبود روی (Zn) بر بیان ژن‌های کدکننده آنزیم‌های آنتی‌اکسیدان کاتالاز (Catalase)، آسکوربات‌پراکسیداز (Ascorbate‌peroxidase) و پلی‌فنل‌اکسیداز (Polyphenol oxidase) در ارقام روی-کارا و روی-ناکارا گندم نان، آزمایشی به صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملا تصادفی با 3 تکرار در گلخانه اجرا شد. ارقام بیات و نیک نژاد (روی-کارا) و هیرمند و کرج 1 ...  بیشتر به منظور بررسی اثر تنش کمبود روی (Zn) بر بیان ژن‌های کدکننده آنزیم‌های آنتی‌اکسیدان کاتالاز (Catalase)، آسکوربات‌پراکسیداز (Ascorbate‌peroxidase) و پلی‌فنل‌اکسیداز (Polyphenol oxidase) در ارقام روی-کارا و روی-ناکارا گندم نان، آزمایشی به صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملا تصادفی با 3 تکرار در گلخانه اجرا شد. ارقام بیات و نیک نژاد (روی-کارا) و هیرمند و کرج 1 (روی-ناکارا) در شرایط کمبود روی خاک و کفایت آن کشت و بیان ژن‌های کد کننده این سه آنزیم در برگ و ریشه ارقام در دو مرحله یک ماه بعد از جوانه‌زنی (رویشی) و 30 درصد سنبله‌دهی (زایشی) با روش Real time PCR اندازه‌گیری شد. نتایج تجزیه واریانس و مقایسه میانگین تیمارها نشان داد بیشترین افزایش میزان بیان ژن کاتالاز (74/5 برابر کنترل) در شرایط کمبود روی در ارقام روی-کارا بیات و نیک نژاد در مرحله زایشی مشاهده می‌شود. همچنین میزان بیان این ژن و ژن کدکننده آنزیم آسکوربات‌پراکسیداز در شرایط کمبود روی در بافت برگ ارقام روی-کارا بطور معنی‌داری بیشتر از بافت برگ ارقام روی-ناکارا بود. بیشترین افزایش بیان ژن کدکننده آنزیم پلی‌فنل‌اکسیداز (62/5 برابر کنترل) نیز در شرایط کمبود روی در برگ رقم روی-کارا بیات مشاهده شد. بنابراین نتایج مطالعه حاضر نشان می‌دهد ژن‌های کدکننده هر سه آنزیم آنتی اکسیدان فوق در تحمل تنش کمبود روی خاک در ارقام روی-کارا گندم دخیل می‌باشند.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

19. شناسایی و پیشگویی میکروRNA جدید و بیماری هموفیلی A

حلیمه رضائی؛ مجید متولی باشی؛ سید جواد مولی

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 15 بهمن 1399

چکیده

  جهش‌های متنوعی در لکوس فاکتور VIII منجر به ایجاد اختلال خونریزی وابسته به X در هموفیلی A می‌شود. یکی از دلایل اصلی در درمان‌های ناکارامد برای بیماری هموفیلی A، عدم وجود روشی حساس و اختصاصی به منظور تشخیص به موقع می-باشد. میکروRNAها به علت داشتن پایداری در مایعات بدن و توانایی بالا در شناسایی، می‌توانند به‌عنوان نشانگرهای زیستی در تشخیص ...  بیشتر جهش‌های متنوعی در لکوس فاکتور VIII منجر به ایجاد اختلال خونریزی وابسته به X در هموفیلی A می‌شود. یکی از دلایل اصلی در درمان‌های ناکارامد برای بیماری هموفیلی A، عدم وجود روشی حساس و اختصاصی به منظور تشخیص به موقع می-باشد. میکروRNAها به علت داشتن پایداری در مایعات بدن و توانایی بالا در شناسایی، می‌توانند به‌عنوان نشانگرهای زیستی در تشخیص و پیش‌بینی مورد استفاده قرار گیرند. همچنین ارتباطی بین تغییر سطوح بیانی میکروRNAها با آغاز و پیشرفت هموفیلی A گزارش شده است. هدف مطالعه حاضر شناسایی و پیشگویی میکروRNA جدید و معرفی آن به‌عنوان تنظیم کننده ژن FVIII می‌باشد. توانایی بیان میکروRNA جدید در لکوس FVIII از طریق پایگاه‌های اطلاعاتی معتبر از قبیل SSCprofiler، RNAFold، miREval، FOMmiR، MaturBayes، miRFIND، UCSC genome browser ، Deep Sequencing و miRBase مطالعه شد. با تجزیه و تحلیل داده‌ها از پایگاه‌های اطلاعاتی مورد نظر، یک ساختار ساقه-حلقه برای بیان میکروRNA جدید شناسایی و پیشگویی شد. ساختار ساقه-حلقه ارائه شده را بعد از مرحله تایید آزمایشگاهی می‌توان به‌عنوان نشانگر زیستی در تشخیص و تنظیم ژن فاکتور VIII مورد استفاده قرار داد.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

20. مطالعه‌ی مولکولی بیان ژن بیوفیلم icaD تحت اثر عصاره گیاهان زنجبیل و کنگر فرنگی در باکتری Staphylococcus aureus

متین قدرت؛ هادی حبیب الهی؛ محمد رضا صفری مطلق

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 29 دی 1399

چکیده

  بیوفیلم تجمعی از باکتری‌ها می‌باشد که باعث افزایش اتصال به سطوح بیولوژیکی و غیربیولوژیکی شده و در باکتری Staphylococcus aureus باعث ایجاد بیماری‌زایی و عفونت می‌گردد. ژن‌های اپرونی icaABCD در این امر دخالت دارند. ژن icaD نقش مهمی در حداکثر بیان آنزیم N – استیل گلوکزآمین ترانسفراز دارد و منجر به بیان فنوتیپیک پلی‌ساکارید خارج‌سلولی در S. aureus ...  بیشتر بیوفیلم تجمعی از باکتری‌ها می‌باشد که باعث افزایش اتصال به سطوح بیولوژیکی و غیربیولوژیکی شده و در باکتری Staphylococcus aureus باعث ایجاد بیماری‌زایی و عفونت می‌گردد. ژن‌های اپرونی icaABCD در این امر دخالت دارند. ژن icaD نقش مهمی در حداکثر بیان آنزیم N – استیل گلوکزآمین ترانسفراز دارد و منجر به بیان فنوتیپیک پلی‌ساکارید خارج‌سلولی در S. aureus می‌شود. در این تحقیق، تأثیر ضد میکروبی عصاره زنجبیل و کنگر فرنگی بر روی دو سویه از باکتری S. aureusبر اساس تست آنتی‌بیوگرام مطالعه گردید. همچنین پس از آزمون‌های پایین‌ترین غلظت مهارکنندگی (MIC) و پایین‌ترین غلظت باکتری‌کشی (MBC)، با استفاده از تکنیک Real time PCR، میزان بیان ژن بیوفیلم icaD تحت تیمار عصاره کنگر فرنگی و عصاره زنجبیل در سویه‌های مورد مطالعه ارزیابی شد. نتایج حاصل از آزمون انتشار از دیسک نشان داد که غلظت 100 میلی‌گرم بر میلی‌لیتر عصاره زنجبیل و نیز کنگر فرنگی در سویه استاندارد و پاتوژن استافیلوکوکوس اورئوس، به ترتیب هاله عدم رشد 15 میلی‌متری و حدود 9 میلی‌متری ایجاد می‌کند. آزمون MIC نیز نشان داد که سویه‌های مورد مطالعه در غلظت 5000 میکروگرم بر میلی‌لیتر عصاره‌های گیاهی نیز توان رشد دارند. نتایج حاصل از بررسی میزان بیان ژن icaD تحت تأثیر عصاره‌های کنگر فرنگی و زنجبیل در سویه استاندارد بیانگر افزایش بیان این ژن بود ولی در سویه پاتوژن استافیلوکوکوس اورئوس، عصاره زنجبیل و کنگر فرنگی با اختلاف معنی دار P0.01 به ترتیب منجر به کاهش قابل توجه بیان ژن icaD به حدود 28 درصد و 10 درصد نمونه کنترل شدند.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

21. بررسی مهارپذیری متابولیت های ثانویه گیاهی در مقایسه با داروهای شیمیایی بر روی پروتئاز اصلی Mpro و Spike گلیکوپروتئین ویروس SARS-CoV-2 ( nCov-19 ) به روش داکینگ مولکولی

دنیا پوی؛ مسعود توحیدفر؛ مهدا سادات نصراله زاده

دوره 33، شماره 4 ، زمستان 1399، ، صفحه 484-498

چکیده

  عفونت ناشی از ویروس SARS-COV-2 یکی از عوامل اصلی مرگ و میر در قرن 21 است. پژوهش های زیادی با هدف معرفی ترکیبات موثر ضد ویروس SARS-COV-2 بویژه ترکیبات گیاهی در حال انجام است. هدف از پژوهش حاضر، غربالگری بیوانفورماتیکی مهار کننده های پروتئاز اصلی (Mpro ) و پروتئین S ویروس از میان ترکیبات فنولی و ترپنوئیدی گیاهی می باشد. ساختار سه بعدی و شیمیایی پروتئین ...  بیشتر عفونت ناشی از ویروس SARS-COV-2 یکی از عوامل اصلی مرگ و میر در قرن 21 است. پژوهش های زیادی با هدف معرفی ترکیبات موثر ضد ویروس SARS-COV-2 بویژه ترکیبات گیاهی در حال انجام است. هدف از پژوهش حاضر، غربالگری بیوانفورماتیکی مهار کننده های پروتئاز اصلی (Mpro ) و پروتئین S ویروس از میان ترکیبات فنولی و ترپنوئیدی گیاهی می باشد. ساختار سه بعدی و شیمیایی پروتئین های ویروس و ترکیبات فنولی و ترپنوئیدی گیاهی از پایگاه  داده های پروتئین و Pubchem دریافت شد. در نهایت ترکیبات گیاهی بر روی پروتئاز اصلی (Mpro ) و پروتئین S ویروس به روش داکینگ مولکولی با استفاده از نرم افزار iGemdock 2.1  بررسی سپس خصوصیات فیزیکوشیمیایی ترکیبات از نظر نفوذپذیری، حلالیت و جذب گوارشی با استفاده از نرم افزار Swiss ADME پیش بینی شد. 4 ترکیب ترپنوئیدی گلیسریزیک اسید ( glycyrrhizic acid)، سیکوساپونین B2 ( Saikosaponin B2 )، پولیفیلین I ( Polyphyllin I )  و ویتافرین A ( Withaferin A ) و 7 ترکیب فنولی EGCG ، رزماریک اسید ( Rosmarinic acid ) ، سیلیبینین ( Silibinin ) ، کلروژنیک اسید ( Chlorogenic acid ) ، پروآنتوسیانیدین ( Proanthocyanidin ) ، پروسیانیدین B2 ( Procyanidin B2 ) و آنتوسیانین ( Anthocyanin ) با داشتن انرژی اتصال قوی در مقایسه با  ترکیبات دارویی مرجع مانند آزیترومایسین ( Azithramycine ) و رمدیسیویر ( Remdesivir) و غیره ، کاندیدهای فیتوشیمیایی بسیار مناسبی برای مهار گلیکوپروتئین S و پروتئاز اصلی ویروس (Mpro ) می باشند.  طبق نتایج هر دو ترکیب فنولی و ترپنوئیدی در مقایسه با داروهای شیمیایی ، قدرت مهار مناسبی برای پروتئاز Mpro و پروتئین S ویروس دارند و می توانند نامزدهای مناسبی جهت بررسی های in vitro و in vivo  باشند.

---

• مشاهده مقاله
• اصل مقاله 443.55 K

بیوتکنولوژی

22. تجزیه ارتباط عملکرد و برخی صفات گیاهی در ژنوتیپ‌های کتان ایرانی با استفاده از نشانگرهای IRAP و REMAP

حسین عباسی هولاسو؛ بابک عبدالهی مندولکانی؛ عبدالله حسن زاده قورت تپه

دوره 33، شماره 4 ، زمستان 1399، ، صفحه 585-597

چکیده

  شناسایی نشانگرهای چند شکل مرتبط با صفات کمی امکان استفاده موثر از تنوع موجود در بانک‌های ژنی را فراهم می‌سازد. در این مطالعه به منظور شناسایی نشانگرهای مرتبط با 20 صفت زراعی-موروفولوژیک در کتان زراعی (Linum usitatissimum L.) از هفت آغازگرIRAP (Inter-retrotransposon amplified polymorphism) و 13 آغازگر REMAP (Retrotransposon-microsatellite amplified polymorphism) و تجزیه ارتباط به روش مدل خطی مخلوط ...  بیشتر شناسایی نشانگرهای چند شکل مرتبط با صفات کمی امکان استفاده موثر از تنوع موجود در بانک‌های ژنی را فراهم می‌سازد. در این مطالعه به منظور شناسایی نشانگرهای مرتبط با 20 صفت زراعی-موروفولوژیک در کتان زراعی (Linum usitatissimum L.) از هفت آغازگرIRAP (Inter-retrotransposon amplified polymorphism) و 13 آغازگر REMAP (Retrotransposon-microsatellite amplified polymorphism) و تجزیه ارتباط به روش مدل خطی مخلوط (Mixed linear model) استفاده شد. صفات زراعی-موروفولوژیک مورد مطالعه شامل ارتفاع بوته، وزن ساقه اصلی، وزن شاخه فرعی، تعداد شاخه‌های اولیه، تعداد شاخه‌های ثانویه، تعداد کپسول ساقه اصلی، تعداد کپسول ساقه فرعی، وزن کپسول ساقه اصلی، وزن کپسول ساقه فرعی، وزن برگ، وزن هزار دانه، عملکرد دانه، عملکرد بیولوژیک، شاخص برداشت، درجه روز از کاشت تا سبز شدن، درجه روز از کاشت تا گلدهی، درجه روز از کاشت تا کپسول‌دهی، درصد روغن، درصد پروتئین و درصد نیتروژن بود. مطالعه ساختار جمعیت به روش بیزین (Bayesian)، بیانگر وجود دو زیر گروه احتمالی (2K=) در جمعیت مورد مطالعه بود. میانگین شاخص تثبیت یا Fst (Fixation index) در دو گروه نسبتا بالا بود که بیانگر تمایز قابل توجه بین دو گروه می‌باشد. بر اساس مدل خطی مخلوط، 21 مکان مرتبط با صفات (P≤0.01) شناسایی شد. صفت وزن برگ بیشترین تعداد مکان پیوسته را دارا بود. نشانگر LTR1833-LTR1868-3 با نواحی ژنومی کنترل‌کننده صفات شاخص برداشت، درصد پروتئین و درصد نیتروژن پیوسته بود. نتایج مطالعه حاضر می‌تواند به عنوان نقطه شروعی جهت استفاده از گزینش به کمک نشانگر در برنامه‌های اصلاحی کتان مفید باشد.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

23. طراحی و ساخت میکروحامل‌های پلیمری قابل تزریق بارگذاری شده با داروی تیکوپلانین

عطا توکلی؛ شهره مشایخان؛ حسین بنی اسدی؛ ذبیح الله حسن زاده

دوره 33، شماره 4 ، زمستان 1399، ، صفحه 575-584

چکیده

  هدف اصلی از این پروژه ساختن یک میکروحامل زیست‌سازگار و زیست تخریب‌پذیر قابل تزریق برای استفاده در دارو رسانی به استخوان و غضروف است. میکروحامل‌های مناسب متشکل از کیتوسان و ژلاتین با استفاده از پمپ سرنگ مجهز به سامانه ولتاژ بالا ساخته شدند. نمونه‌ها با استفاده از سدیم تری پلی‌فسفات (TPP) شبکه‌ای شدند و داروی تیکوپلانین بر روی آن‌ها ...  بیشتر هدف اصلی از این پروژه ساختن یک میکروحامل زیست‌سازگار و زیست تخریب‌پذیر قابل تزریق برای استفاده در دارو رسانی به استخوان و غضروف است. میکروحامل‌های مناسب متشکل از کیتوسان و ژلاتین با استفاده از پمپ سرنگ مجهز به سامانه ولتاژ بالا ساخته شدند. نمونه‌ها با استفاده از سدیم تری پلی‌فسفات (TPP) شبکه‌ای شدند و داروی تیکوپلانین بر روی آن‌ها بارگذاری شد. شبکه‌ای شدن نمونه‌ها با آزمون FTIR تأیید شد. همچنین مورفولوژی و ساختار آن‌ها با استفاده از عکسبرداری میکروسکوپ الکترونی (SEM) بررسی شد. نتایج نشان داد که میکروحامل‌هایی با ساختار تقریباً کروی و اندازه‌ی مناسب برای تزریق در بدن (قطر µm 50±350) با دبی µl/min 300 و ولتاژ KV 5/8 تولید شده‌اند. به منظور کند کردن آهنگ رهایش دارو، یک لایه‌ی نازک پلیمری از جنس کیتوسان روی میکروحامل‌ها پوشانده شد و سپس رهایش دارو مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که نرخ رهایش در نمونه‌های با پوشش پلیمری از 4 روز به 5 روز افزایش یافته است که برای کاربرد مورد نظر میکروحامل‌ها مناسب‌تر است. نتایج تست ضدمیکروبی نیز مشخص ساخت که خاصیت ضد میکروبی داروی تیکوپلانین طی فرآیند ساخت حفظ شده است. در نهایت می‌توان نتیجه گرفت که میکروحامل‌های ساخته شده پتانسیل استفاده در درمان عفونت‌های غضروفی را دارا هستند.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

24. بررسی In silico روند تکامل مولکولی و گسترش خانوادۀ پروتئینی ژرانیل‌ژرانیل‌دی فسفات‌سنتاز در گیاهان

سارا فرحبخش؛ سنبل ناظری؛ زرین مینوچهر

دوره 33، شماره 3 ، پاییز 1399، ، صفحه 444-455

چکیده

  آنزیم‌هایGGPPS مسئول سنتز ژرانیل‌ژرانیل ‌دی‌ فسفات (GGPP)، یک پیش‌مادۀ مهم برای تولید بسیاری از ترپنوئیدها، هستند. در این تحقیق با شناسایی هومولوگ‌های خانوادۀ GGPPS در پایگاه دادۀ UniProt، روند تکاملی این خانواده با استفاده از آنالیزهای فیلوژنتیک مورد مطالعه قرار گرفت. همچنین، الگوی فرایندهای مضاعف شدن و از دست دادن ژن در طی تکامل گیاهان، ...  بیشتر آنزیم‌هایGGPPS مسئول سنتز ژرانیل‌ژرانیل ‌دی‌ فسفات (GGPP)، یک پیش‌مادۀ مهم برای تولید بسیاری از ترپنوئیدها، هستند. در این تحقیق با شناسایی هومولوگ‌های خانوادۀ GGPPS در پایگاه دادۀ UniProt، روند تکاملی این خانواده با استفاده از آنالیزهای فیلوژنتیک مورد مطالعه قرار گرفت. همچنین، الگوی فرایندهای مضاعف شدن و از دست دادن ژن در طی تکامل گیاهان، با استفاده ازمعیار بهینه ‌سازی مبتنی بر پارسیمونی بررسی شد. جهت بررسی نقش فرایندهای مضاعف شدن کل ژنوم (WGD) و تکثیر تکراری ژن‌ها (TD) از پایگاه دادۀ PLAZA استفاده شد. نتایج مشخص نمود که خانوادۀ GGPPS یک خانوادۀ در حال گسترش است و در طی روند تکامل گیاهان، این خانوادۀ پروتئینی در چندین مرحلۀ متناوب فرایندهای گسترش و انقباض را تجربه نموده است. اغلب این فرایندهای گسترش در اثر پدیدۀ مضاعف شدن کل ژنوم ایجاد شده‌اند. با این وجود، فرایندهای تکثیر تکراری ژن‌ها در پدیده‌هایی که منجر به گسترش در یک تبار خاص (LSE) شده است، بیشتر به وقوع پیوسته است. همچنین بررسی تنوع جایابی پروتئین در داخل سلول(PSL) مشخص نمود که فرایند گسترش منجر به تفکیک عملکرد در این خانوادۀ پروتئینی شده است. لذا به نظر می‌رسد که گسترش خانوادۀ GGPPS در گیاهان باعث ایجاد پاسخ‌های مناسب‌تر به استرس‌ها و محرک‌های محیطی می‌شود و در نهایت به سازگاری بهتر گیاهان با محیط کمک می‌کند. بررسی اثر انتخاب طبیعی در این خانواده نشان داد که اعضای این خانواده در رده‌های مختلف گیاهان تحت تاثیر فشارهای انتخابی متفاوتی قرار دارند و انتخاب طبیعی مثبت فقط در بازدانگان مشاهده شد.

---

• مشاهده مقاله

بیوتکنولوژی

25. افزایش بیان ژن h6h و تولید تروپان آلکالوئیدها در کشت ریشه‌های موئین گیاه دارویی بذرالبنج مشبک تهییج شده با عصاره‌ی قارچ فوزاریوم گرامینه‌روم

بهمن حسینی؛ کمال رشیدی؛ علی شرفی

دوره 33، شماره 3 ، پاییز 1399، ، صفحه 420-431

چکیده

  گیاه بذرالبنج مشبک Hyoscyamus reticulatus L.)) منبع غنی از آلکالوئیدهای تروپانی هیوسیامین و اسکوپولامین می باشد. در پژوهش حاضر، ریشه‌های موئین از ریزنمونه‌های کوتیلدون دو هفته‌ای، گیاه بذرالنج مشبک با استفاده از سویه A7 آگروباکتریوم رایزوژنز تهیه شدند. اثر غلظت‌های مختلف (صفر، 5، 10 و20 میلی‌گرم بر لیتر) عصاره قارچ فوزاریوم گرامینه‌روم در زمان‌های ...  بیشتر گیاه بذرالبنج مشبک Hyoscyamus reticulatus L.)) منبع غنی از آلکالوئیدهای تروپانی هیوسیامین و اسکوپولامین می باشد. در پژوهش حاضر، ریشه‌های موئین از ریزنمونه‌های کوتیلدون دو هفته‌ای، گیاه بذرالنج مشبک با استفاده از سویه A7 آگروباکتریوم رایزوژنز تهیه شدند. اثر غلظت‌های مختلف (صفر، 5، 10 و20 میلی‌گرم بر لیتر) عصاره قارچ فوزاریوم گرامینه‌روم در زمان‌های مختلف (24، 48 و 72 ساعت) بر میزان رشد، فعالیت آنزیم‌های آنتی اکسیدانی، میزان فنل کل، میزان آلکالوئیدهای تروپانی و میزان بیان ژن هیوسیامین-6- بتا هیدروکسیلاز(h6h) در ریشه‌های موئین بذرالبنج مشبک بررسی گردید. نتایج آنالیز داده‌ها نشان داد که میزان وزن تر و خشک تحت تاثیر غلظتهای بالای محرک عصاره قارچ فوزاریوم کاهش یافت. فعالیت آنزیم‌های آنتی‌اکسیدانی شامل کاتالاز، گایاکول پراکسیداز و آسکوربات پراکسیداز و همچنین میزان فنل کل در ریشه‌های موئین تیمار شده، در مقایسه با شاهد افزایش یافت. نتایج آنالیز GC نشان داد که در تیمار قارچ فوزاریوم بیشترین میزان هیوسیامین و آسکوپولامین (5/27 و 41/40 درصد به ترتیب) در غلظت‌های 5 و 10 میلی‌گرم برلیتر و زمان 48 ساعت بدست آمدند. نتایج آنالیز بیان RT-PCR نشان داد که بیشترین میزان بیان این ژن در تیمار عصاره قارچ فوزاریوم در غلظت 10 میلی‌گرم برلیتر در 48 ساعت مشاهده شد. براساس این نتایج چنین استنباط می‌شود که محرک‌ عصاره قارچ فوزاریوم گرامینه‌روم می‌تواند به عنوان محرک موثر جهت تولید متابولیت‌های ثانویه گیاهی از جمله آلکالوئیدهای تروپانی مورد استفاده قرار گیرد.

---

• مشاهده مقاله