بیوفیزیک
1. طراحی ساختار نانودیسک از فسفولیپید اسفنگومیلین جنین جوجه (DPSM) و کلسترول (CHOL) و مطالعه شکل گیری آن: شبیه سازی دینامیک مولکولی دانه درشت

جلیل پرچکانی چوزکی؛ مجید تقدیر

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 10 شهریور 1398

چکیده
  نانودیسک‌های دولایه ساختارهایی هستند که از دولایه غشایی فسفولیپیدی تشکیل شده‌اند و بین دولایه محتویات یا مولکول‌های آبی وجود ندارد. نانودیسک‌های چهارلایه در واقع شبیه سلول طبیعی هستند که از دو طرف بر آن فشار وارد شده است مثل ساختار گلبول قرمز خون که از دوطرف فرورفتگی دارد. ساختار نانودیسک قادر است داروهای محلول در آب را در بخش ...  بیشتر

بیوفیزیک
2. شبیه‌سازی رفتار فاز لیپیدی L_α با استفاده از درشت‌دانه‌سازی سامانمند مولکول dioleoylphosphatidylethanolamine

سعید مرتضی زاده؛ یوسف جمالی؛ حسین نادری منش

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 10 دی 1397

چکیده
  در میان انواع مختلف فازهای لیپیدی، ساختار لایه‌ای از اهمیت ویژه‌ای در درک فرآیندهای مرتبط با غشای سلولی اعم از همجوشی غشای لیپیدی برخوردار است. ازاین‌رو تحقیق در مدل‌سازی فاز L_α لیپیدی، بخش قابل‌توجهی از شبیه‌سازی ماکرومولکول‌های زیستی را به خود اختصاص داده است. در این تحقیق از درشت‌دانه‌سازی سامانمند به‌منظور مدل‌سازی فاز ...  بیشتر

بیوفیزیک
3. بررسی تاثیر نوع حلال بر روی شکل گیری لیپوزوم دوناگزومه (DSPC-CHOL) با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی دانه درشت

جلیل پرچکانی چوزکی؛ مجید تقدیر

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 13 مرداد 1398

چکیده
  لیپوزوم‌ها به طور گسترده به عنوان حامل برای تعداد زیادی از مولکول‌ها در مطالعات دارویی مورد استفاده قرار می‌گیرند. پایداری و شکل‌گیری لیپوزومی، در دارو رسانی، بسیار حیاتی و مهم است و می‌تواند متاثر از ترکیب فسفولیپیدی غشاء لیپوزوم باشد. در این تحقیق اثر نوع حلال بر روی شکل‌گیری لیپوزوم دوناگزومه(DSPC-CHOL) بررسی گردید. به این منظور ...  بیشتر

بیوفیزیک
4. از مسیر تاخوردگی هماگلوتینین تا شیوع آنفولانزا در ایران، رویکردی محاسباتی

حمید هادی علیجانوند

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 13 مرداد 1398

چکیده
  ویروس آنفولانزا یکی از مرگبارترین ویروسهایی است که طی سالها جمعیت انسان را تهدید کرده است. قدرت همه گیری و شیوع ویروس آنفولانزا عامل بقاء آن و از مهمترین دلایل مرگبار بودن این ویروس است. سازوکاری هایی که این ویروس برای افزایش همه گیری خود به آنها دست یافته مورد علاقه پژوهشگران بوده است. از کلیدی ترین پروتئینهای ویروس آنفولانزا در چرخه ...  بیشتر

بیوفیزیک
5. اثر کشش سطحی و سرعت کشش بر رفتار دینامیکی غشای دولایه در فرآیند کشیدن لوله‌ی غشایی از آن با استفاده از مدل ریاضی

امیر حسین کریمی؛ حمیدرضا میردامادی؛ سعید ضیائی راد

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 13 مرداد 1398

چکیده
  تغییر شکل در غشاهای بیولوژیک، برای بسیاری از عمل‌کردهای سلولی مثل انتقال در دستگاه گلژی و شبکه‌ی اندوپلاسم و شکل‌دهی اندامک‌ها حیاتی است. بررسی رفتار دینامیکی غشاهای دولایه‌ی لیپید می‌تواند اطلاعات ارزش‌مندی را درباره‌ی کارکرد سلول‌ها در اختیار محققان قرار دهد. یکی از تغییر شکل‌های مهم در غشا، ایجاد ساختارهای لوله‌ای شکل ...  بیشتر

بیوفیزیک
6. مطالعه برهمکنش رنگ خوراکی قرمز آلورا با پپسین توسط طیف سنجی فلورسانس

فاطمه السادات محسنی شهری

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 10 شهریور 1398

چکیده
  دراین مقاله برهمکنش پپسین با رنگ خوراک قرمز آلورا با استفاده از روش طیف سنجی فلورسانس در شرایط شبه فیزیولوژیک مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد رنگ قرمز آلورا می تواند فلورسانس ذاتی پپسین را کاهش دهد، ثابت سرعت خاموشی (kq) نشان میدهد که مکانیسم خاموشی ازنوع پایا (استاتیک) است .ثابت اتصال ظاهری Ka))، تعداد جایگاه اتصال n) ) در دماهای مختلف ...  بیشتر

بیوفیزیک
7. بررسی میزان اتصال و رشد سلول های فیبروبـلاست انسانی بر روی بستـر تهیه شده از ترکیبات پلیمری (مت)آکریلاتی

مسلم صدقی؛ حسین نادری منش؛ مسعود سلیمانی

دوره 32، شماره 3 ، پاییز 1398، ، صفحه 378-393

چکیده
  - نیاز روز افزون به مواد مناسب برای کشت سلول و کاربردهای بالینی پژوهشگران علوم مواد و به عبارت درست تر زیست مواد را بر‌آن داشته است که در جستجوی مواد زیست سازگار و بهینه نوینی برای کشت سلول باشند، بستر های مورد استفاده در سامانه های کشت سلول باید علاوه بر زیست سازگاری، ویژگی های فیزیکی- شیمیایی مناسبی برای اتصال و رشد سلول، عدم القای ...  بیشتر

بیوفیزیک
8. مطالعه برهمکنش نانولوله کربنی دو‌دیواره با هورمون محرکه فولیکولی (FSH) به کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی

یاسمن محمودی؛ فرامرز مهرنژاد؛ خسرو خلیفه

دوره 32، شماره 3 ، پاییز 1398، ، صفحه 347-361

چکیده
  برهمکنش نانوذراتی همچون نانولوله‌های کربنی با درشت‌ملکول‌های زیستی به علت کاربرد گسترده آنها در حوزه‌های مختلف از جمله شناسایی و از بین بردن سلول‌های سرطانی، مهندسی بافت، بلوری کردن پروتئین‌ها، ساخت راکتورها و همچنین حس‌گرهای زیستی اهمیت زیادی پیدا کرده است. باور بر این است که نانولوله‌های کربنی از طریق برهمکنش با پروتئین‌ها ...  بیشتر

بیوفیزیک
9. بررسی تغییرات ساختاری و عملکری لیزوزیم سفیده تخم مرغ در حضور آلاینده شیمیایی بنزن با روش‌های طیف سنجی

معصومه ولی پور؛ پروانه مقامی

دوره 32، شماره 2 ، تابستان 1398، ، صفحه 166-174

چکیده
  بنزن یکی از آلاینده‌های مهم در هوا و ترکیبی شیمیایی از گروه هیدروکربن‌های عطری است که در صنعت کاربرد زیادی دارد. مواجهه با بنزن منجر به عوارض زیستی شدیدی به خصوص سرطان می‌گردد. به طوری که موارد بی‌شماری از مرگ و میر ناشی از اثرات بنزن در نشریات پزشکی و صنعتی آورده شده است. به منظور بررسی مکانیسم مولکولی بنزن در این مطالعه، برهم کنش ...  بیشتر

بیوفیزیک
10. بررسی تاثیر تغییرات پی اچ بر نیروی بازشدگی بیست و هفتمین قلمروی ایمونوگلوبولین پروتئین تایتین با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی هدایت شده

محدثه عبیدی؛ رضا سهیلی فرد

دوره 32، شماره 2 ، تابستان 1398، ، صفحه 269-279

چکیده
  تایتین طویل‌ترین پروتئین بدن است که در میوفیبریل‌های عضله‌ها‌ی قلبی و اسکلتی یافت می‌شود. این پروتئین با طولی حدود یک میکرومتر شامل ناحیه‌های PEVK(دربردارنده‌ی آمینو اسیدهای پرولین، گلوتامیک اسید، والین و لیزین)، قلمروهای ایمونوگلوبولین و فیبرونکتین است. در عضلات، تایتین دارای خاصیت الاستیک منحصر به فردی در ناحیه‌ی باند I در ...  بیشتر

بیوفیزیک
11. بررسی سازوکار انتقال انتخابی از میان کمپلکس منفذ هسته سلول با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

زینب قسمتی؛ سارا محمدی‌نژاد

دوره 31، شماره 2 ، تابستان 1397، ، صفحه 279-291

چکیده
  کمپلکس‌های منفذ هسته (NPCs) ‌گذرگاه‌های دوطرفه انتخابی بین هسته و سیتوپلاسم هستند. درحالیکه مولکول‌های کوچک می‌توانند آزادانه از میان NPCها انتشار ‌یابند، مولکول‌های بزرگ تنها به واسطه اتصال به گیرنده‌های انتقالی، می‌توانند از خلال آنها عبور کنند. کانال مرکزی NPC با پروتئین‌های نامنظم غنی از تکرارهای فنیل آلانین-گلایسین (FG) پوشیده ...  بیشتر

بیوفیزیک
12. ﺗﺄﺛﯿﺮ ﺳﻮﻧﯿﮑﺎﺳﯿﻮن ﺑﺮابعاد ﺗﺮاﻧﺴﻔﺮزوم ﺣﺎوی ﻫﻮرﻣﻮن رﺷﺪ

مریم کته شمشیری؛ مهوش خدابنده؛ فاطمه اطیابی؛ فاطمه رحیمی؛ رضا رسول زاده

دوره 29، شماره 2 ، تابستان 1395، ، صفحه 209-217

چکیده
  ترانسفرزوم ها وزیکول های بسیار تغییر شکل پذیری هستند که به دلیل خصوصیات الاستومکانیکی فوق العاده خود قادرند از منافذی بسیار کوچک تر از اندازه خودشان عبور کرده و نقش دارورسانی به پوست را ایفا نمایند. در این مطالعه ترانسفرزوم های حاوی هورمون رشد با استفاده از دو فرمول متشکل از فسفولیپید و سدیم داکسی کولات (f1) و سدیم لوریل سولفات (f2) به ...  بیشتر

بیولوژی مولکولی
13. بررسی نحوه تاثیر جهش ها بر غیر فعال شدن آنزیم پیرازین آمیداز با شبیه سازی دینامیک مولکولی

مهرنوش صفرزاده؛ محمد پاژنگ؛ فرامرز مهرنژاد؛ فرحنوش دوستدار؛ نادر چاپارزاده؛ داود ربیعی فرادنبه؛ احمد یاری خسروشاهی؛ علیرضا محمدپور

دوره 28، شماره 2 ، تابستان 1394، ، صفحه 266-278

چکیده
  پیرازین آمید یکی از مهم ترین داروها برای کنترل مایکوباکتریوم توبرکلوزیس، عامل بیماری سل، است. ژن pncA آنزیم پیرازین آمیداز مایکو باکتریوم توبرکلوزیس را رمزدهی می نماید. این آنزیم مسئول تبدیل داروی پیرازین آمید به شکل فعالش یعنی پیرازینوئیک اسید است. علیرغم نقش این دارو در کوتاه سازی دوره ی درمان از نه ماه به شش ماه، ظهور سویه های مقاوم ...  بیشتر

بیولوژی مولکولی
14. طراحی ترکیبات کرومنی جدید با فعالیت ضد سرطانی و بررسی چگونگی میانکنش آنها با توبولین به روش داکینگ مولکولی

مصطفی جواهری مقدم؛ حسن آریاپور؛ علی اکبر دهنوخلجی

دوره 28، شماره 2 ، تابستان 1394، ، صفحه 178-190

چکیده
  در حال حاضر روش‌های in silico یکی از کم هزینه‌ترین و سریعترین روش‌های موجود جهت طراحی و کشف دارو در زمینه درمان محسوب می گردد. در این مطالعه ما علاقه‌مند شدیم تا با انجام طراحی محاسباتی دارو به روش داکینگ مولکولی ترکیباتی را معرفی کنیم که نقش موثری در مهار پلی‌مریزاسیون توبولین‌ها به عنوان عوامل اصلی تقسیم سلولی در تومورهای سرطانی ...  بیشتر