بیولوژی مولکولی
سعیده قضایی؛ نفیسه امینی
مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 29 اردیبهشت 1399
چکیده
زمینه و هدف: ارزش تشخیصی جهش ها در بیماران مبتلا به لوسمی میلوئیدی حاد (AML)، در مدیریت بیماران پرخطر و بکارگیری درمان هدفمند موثر است. یکی از این جهش ها در ژن FLT3 ، گزارش شده که محققان آن را به عنوان نشانگری ارزشمند برای تشخیص AML معرفی نموده‌اند. هدف ما در مطالعه، بررسی شیوع دو جهش شایع در ژن FLT3 به عنوان یک شاخص مولکولی موثر و ارزشمند در ...
بیشتر
زمینه و هدف: ارزش تشخیصی جهش ها در بیماران مبتلا به لوسمی میلوئیدی حاد (AML)، در مدیریت بیماران پرخطر و بکارگیری درمان هدفمند موثر است. یکی از این جهش ها در ژن FLT3 ، گزارش شده که محققان آن را به عنوان نشانگری ارزشمند برای تشخیص AML معرفی نموده‌اند. هدف ما در مطالعه، بررسی شیوع دو جهش شایع در ژن FLT3 به عنوان یک شاخص مولکولی موثر و ارزشمند در تشخیص و درمان AML با کاریوتایپ طبیعی در شمال شرق ایران بود.روش کار: نمونه مغز استخوان تازه از 83 بیمار مبتلا به AML که هنوز درمان نشده اند و کاریوتایپ طبیعی داشتند، از لحاظ وجود دو نوع جهش در ژن FLT3 با انجام PCR برای تشخیص جهش FLT3-TKD و PCR-RFLP برای تشخیص جهش FLT3-ITD، مورد ارزیابی قرار گرفت.یافته ها: شیوع جهش در ژن FLT3، در بیماران AML در حدود 7/27 درصد تشخیص داده شد. از کل بیماران 3/19 درصد جهش FLT3-ITD و 4/8 درصد جهش FLT3-TKD را نشان دادند. اغلب بیماران حاوی جهش از لحاظ تشخیص ریخت‌شناسی مطابق با طبقه بندی FAB، در زیر گروه M2 قرار داشتند. برخلاف سن و جنس، افزایش تعداد گلبول سفید در میان بیماران حامل جهش های FLT3 معنی دار بود. ( 0.05>p).نتیجه گیری: استفاده از جهش های ژن FLT3 به عنوان نشانگرهای زیستی در ترسیم تصویر واضحی از پروسه های پاتوفیزیولوژیک دخیل در بیماری ها بسیار کارایی دارند و سبب می شوند تا تشخیص بیماری، پیگیری بیماران بصورت معنی داری بهبود یابد، بنابراین پزشکان تصمیمات درمانی هدفمندتری خواهند گرفت.
بیولوژی مولکولی
فاطمه ولایتی پور؛ سعید امین زاده؛ سید عبدالحمید انگجی؛ فاطمه فتوحی چاهوکی؛ مرضیه قلاسی
مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 11 اسفند 1399
چکیده
امروزه بیان هترولوگ پروتئین‌ها نقشی کلیدی در بیوتکنولوژی و صنعت دارد. تشکیل اجسام توده‌ای در بیان هترولوگ پروتئین‌ها، به خصوص بیان پروتئین‌های یوکاریوتی در میزبان‌های پروکاریوت که معروف‌ترین آنها E. coli است؛ یکی از پردردسر‌ترین چالش‌ها برای محققان می باشد. تشکیل جسم توده‌ای اغلب به دلیل بیان بالا، پیوندهای دی‌سولفیدی، بار ...
بیشتر
امروزه بیان هترولوگ پروتئین‌ها نقشی کلیدی در بیوتکنولوژی و صنعت دارد. تشکیل اجسام توده‌ای در بیان هترولوگ پروتئین‌ها، به خصوص بیان پروتئین‌های یوکاریوتی در میزبان‌های پروکاریوت که معروف‌ترین آنها E. coli است؛ یکی از پردردسر‌ترین چالش‌ها برای محققان می باشد. تشکیل جسم توده‌ای اغلب به دلیل بیان بالا، پیوندهای دی‌سولفیدی، بار و یا کانفورماسیون خاص پروتئین است. اجسام توده‌ای برخی پروتئین‌ها دارای فعالیت‌اند اما بسیاری نیز باید محلول و مجددا سرشته شوند تا فعالیت خود را به دست آورند. روشهای سرشته کردن مجدد پروتئین اغلب نه تنها روشهای چند مرحله‌ای و زمان‌برند بلکه بازده‌ی کمی نیز دارند. در این مطالعه، برای اولین بار پروتئین MO-CBP2 از گیاه گرمسیری مورینگا اولیفرا به صورت هترولوگ بیان شد اما در باکتری E. coli تشکیل جسم توده‌ای داد. روشهای مختلفی برای جلوگیری از تشکیل جسم توده‌ای و یا سرشته کردن این پروتئین به کار گرفته شد که یکی از کارآمد ترین آنها استفاده از کروماتوگرافی تمایلی ستون نیکل سفارز به همراه شیب غلظت اوره 8-0 مولار بود که با بازده‌ی زیاد، موجب خالص سازی و سرشته شدن مجدد همزمان این پروتئین در مراحل کمتر شد. این روش که در آن می‌توان پروتئین مورد نظر را تا حدود زیادی خالص و محلول کرد میتواند به عنوان روشی مناسب و کارآمد پیشنهاد شود.
بیولوژی مولکولی
لاله ضیایی؛ خدیجه شاهرخ آبادی؛ جواد بهارآرا؛ امیررضا تفرشیان
مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 03 آذر 1399
چکیده
چکیدهسرطان تخمدان بالاترین موارد مرگ‌و‌میر را در بین همه بدخیمی‌های دستگاه تناسلی زنان دارد. این سرطان ششمین سرطان در کشورهای غربی و رتبه هشتم سرطان در زنان ایرانی است که در مراحل اولیه حتی مراحل بالاتر هیچگونه علامتی ندارد. یکی از ژن‌هایی که در این سرطان بیان زیادی دارد و مهار آن باعث افزایش پاسخ به درمان میشود ژن Cox است. لذا ...
بیشتر
چکیدهسرطان تخمدان بالاترین موارد مرگ‌و‌میر را در بین همه بدخیمی‌های دستگاه تناسلی زنان دارد. این سرطان ششمین سرطان در کشورهای غربی و رتبه هشتم سرطان در زنان ایرانی است که در مراحل اولیه حتی مراحل بالاتر هیچگونه علامتی ندارد. یکی از ژن‌هایی که در این سرطان بیان زیادی دارد و مهار آن باعث افزایش پاسخ به درمان میشود ژن Cox است. لذا هدف از این مطالعه بررسی سرطان تخمدان در مراحل اولیه، بررسی بیان ژن Cox و آنزیم‌های SGPT و SGOT و همچنین بررسی تیمار غلظتهای مختلف عصاره گیاه گزنه است. در این مطالعه تجربی عصاره هیدروالکلی ساقه، برگ و ریشه گیاه گزنه تهیه و دوزهای 75 و 250 میلی‌گرم برکیلوگرم وزن بدن آماده گردید. جهت القا سرطان تخمدان در موش کوچک آزمایشگاهی از ماده DMBA استفاده گردید. پس از 28 روز برای سنجش مقدار آنزیم خونگیری انجام شد. سپس بافت تخمدان جداسازی، توزین و از لحاظ مرفولوژی با سایر اندام‌ها مقایسه گردید. استخراج RNA، نانودراپ، الکتروفورز، سنتز cDNA، و بررسی بیان ژن انجام شد. نتایج توسط نرم‌افزار SPSS مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج سنجش آنزیم SGOT نشان داد تیمارهای R250 و S75 و T2 دارای تغییرات معنی‌داری هستند. حد نرمال بیان ژن Cox مربوط به شاهد آزمایشگاهی (63/1) بوده و کمترین میزان بیان ژن مربوط به تیمار S75 در روز 28ام و بیشترین میزان بیان مربوط به R75 در همان روز است. بنابراین به نظر می‌رسد تغییرات بیان ژن Cox و آنزیم SGOT میتواند به عنوان مارکری جهت تشخیص زودرس سرطان تخمدان مورد استفاده قرار گیرد.
بیولوژی مولکولی
اعظم راسخی کازرونی؛ محمدرضا زمانی؛ فاطمه حیدریان نائینی؛ اسما راسخی کازرونی؛ علی رضا منصوریان؛ سعید سلامی
مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 01 مهر 1398
چکیده
کینوا (Chenopodium quinoa Willd) به عنوان محصولی با ارزش، دارای مقاومت طبیعی به شرایط خشکی، گزینه مناسبی برای بهبود امنیت و کیفیت غذایی، مقاوم به استرس و از خانواده تاج خروسیان بوده که از هفت هزار سال پیش در مناطق آند کشت گردیده است. دانه‌های کینوا منابع غنی از پلی‌فنل‌ها بوده که قادرند، اجزای سلولی را در برابر آسیب اکسیداتیو محافظت نموده و ...
بیشتر
کینوا (Chenopodium quinoa Willd) به عنوان محصولی با ارزش، دارای مقاومت طبیعی به شرایط خشکی، گزینه مناسبی برای بهبود امنیت و کیفیت غذایی، مقاوم به استرس و از خانواده تاج خروسیان بوده که از هفت هزار سال پیش در مناطق آند کشت گردیده است. دانه‌های کینوا منابع غنی از پلی‌فنل‌ها بوده که قادرند، اجزای سلولی را در برابر آسیب اکسیداتیو محافظت نموده و خطر بروز انواع بیماریهای وابسته به تنش اکسیداتیو را کاهش دهند. در این مطالعه، پارامترهای سلولی و بیوشیمیایی واریته‌های کینوای کشت‌شده در شرایط اقلیمی میمه اصفهان شامل محتوای فنل کل، اسید‌آمینه آزاد کل، فعالیت سوپراکسید دیسموتاز، پروتئین محلول کل، SDS-PAGE پروتئین محلول و مشاهدات کروموزومی سنجیده شد. میکروسکوپ نوری ابزار مناسبی برای مطالعه کروموزوم‌های کینوا نبود. از 5 واریته کینوا، محتوای فنل کل به طرز معنی‌داری در Q29 (62/2±90/12 میکروگرم گالیک‌اسید بر میلی‌گرم دانه)، بیشتر بود. آنالیز واریانس محتوای اسید-آمینه کل، تفاوت‌های معنی‌داری بین واریته‌ها نشان داد (p
بیولوژی مولکولی
محبوبه شیخ بهائی؛ فرخنده رضانژاد؛ حسینعلی ساسان؛ هادی روان
دوره 33، شماره 4 ، زمستان 1399، ، صفحه 515-525
چکیده
گذر به گلدهی، یک تغییر فاز اصلی در چرخه‌ی زندگی گیاهان است. ژن Flowering locus T (FT)، به عنوان ژن هدف مسیر فتوپریود، گلدهی را تحریک می‌کند. پروتئین FT، از اجزای اصلی هورمون گلدهی (فلوریژن) است. این پژوهش با هدف شناسایی و تعیین توالی این ژن در گیاه شاهی (Lepidium sativum L.) انجام شد. RNA کل از برگ جوان گیاه در مرحله‌ی زایشی، استخراج و برای ساخت cDNA استفاده ...
بیشتر
گذر به گلدهی، یک تغییر فاز اصلی در چرخه‌ی زندگی گیاهان است. ژن Flowering locus T (FT)، به عنوان ژن هدف مسیر فتوپریود، گلدهی را تحریک می‌کند. پروتئین FT، از اجزای اصلی هورمون گلدهی (فلوریژن) است. این پژوهش با هدف شناسایی و تعیین توالی این ژن در گیاه شاهی (Lepidium sativum L.) انجام شد. RNA کل از برگ جوان گیاه در مرحله‌ی زایشی، استخراج و برای ساخت cDNA استفاده گردید. آغازگرهای اختصاصی بر اساس توالی ژن‌های همساخت FT در گیاهان هم خانواده، طراحی و برای واکنش RT-PCR استفاده گردید. محصول این واکنش پس از خالص سازی، توالی یابی شد. نتایج، نشان دهندهی تکثیر قطعه‌ی مورد نظر از ژن به طول 294 نوکلئوتید بود که LsFT نامیده و در پایگاه ژن NCBI با شماره‌ی دسترسی KP070729 ثبت شد. این قطعه از ژن، کدکنندهی بخش عمده‌ی قلمرو پروتئین متصل شونده به فسفاتیدیل اتانول آمین (PEBP) است که توالی آمینواسیدی آن در گیاهان، به‌میزان بسیار زیادی حفاظت شده است. مقایسه‌ی توالی پروتئین استنباطی LsFT با سایر هم‌ساخت‌های FT نشان دهندهی شباهت بین 61 تا 94 درصدی این توالی با توالیهای مشابه بود. مطابق این نتایج، LsFT نیز به عنوان هومولوگ FT در تحریک گلدهی نقش دارد و میتواند به‌عنوان ژن محرک گلدهی در شاهی عمل کند.
بیولوژی مولکولی
فرزاد گنجعلیخانی حاکمی؛ فرخنده رضانژاد؛ محسن اسدی خانوکی
دوره 33، شماره 3 ، پاییز 1399، ، صفحه 456-467
چکیده
همواره رویش سریع‌تر و تولید انبوه دانه از نظر اقتصادی، صنعتی و دارویی مورد توجه است و شناخت ژن‌های مؤثر در رویش، گلدهی و تولید دانه، ارزش بسیار زیادی دارد. ژن CURLY LEAF (CLF) با نقش موثر خود به عنوان بازدارنده گلدهی اهمیت بسیار زیادی دارد. در این پژوهش شناسایی ژن همساخت CLF در گیاه خردل سیاه Brassica nigra L.)) بدلیل مصارف داروئی و صنعتی و هم‌خانواده ...
بیشتر
همواره رویش سریع‌تر و تولید انبوه دانه از نظر اقتصادی، صنعتی و دارویی مورد توجه است و شناخت ژن‌های مؤثر در رویش، گلدهی و تولید دانه، ارزش بسیار زیادی دارد. ژن CURLY LEAF (CLF) با نقش موثر خود به عنوان بازدارنده گلدهی اهمیت بسیار زیادی دارد. در این پژوهش شناسایی ژن همساخت CLF در گیاه خردل سیاه Brassica nigra L.)) بدلیل مصارف داروئی و صنعتی و هم‌خانواده بودن با گیاه مدل آرابیدوپسیس، مورد مطالعه قرار گرفت. برای شناسایی این ژن، RNA کل از برگ بالغ گیاه در مرحله رویشی، و برای بررسی بیان آن، RNA کل از برگ و رأس ساقه در دو مرحله رویشی و زایشی و نیز از غنچه گل، استخراج و پس از ساخت cDNA، با استفاده از آغازگرهای طراحی شده و انجام فن RT-PCR، شناسایی این ژن و بیان آن مورد بررسی قرار گرفت. در نتایج بدست آمده، قطعه اختصاصی 665 نوکلئوتیدی تکثیر و در بانک ژن با نام bnCLF (KT984485) نام‌گذاری شد. مطالعه درخت فیلوژنتیکی نشان داد که ژن bnCLF با گونه‌‌های هم‌خانواده خود (Brassicaceae) خویشاوندی نزدیک و بیشترین خویشاوندی را با گونه Brassica rapa دارد. بررسی بیان ژن نشان داد که میزان بیان در برگ و رأس ساقه در مرحله زایشی بیشتر از مرحله رویشی میباشد. همچنین، در مرحله زایشی بیشترین میزان بیان در غنچه گل در مقایسه با رأس ساقه و برگ مشاهده شد. بنابراین با شناسایی این ژن و خاموش کردن آن، می‌توان گلدهی را در برخی گیاهان سریع‌تر کرد.
بیولوژی مولکولی
سعید مهدوی؛ جعفر رازقی؛ مقصود پژوهنده؛ آرش کیانیان مومنی؛ علی موافقی؛ مرتضی کوثری نسب
دوره 33، شماره 2 ، تابستان 1399، ، صفحه 197-206
چکیده
در اکثر موجودات، گیرنده های نوری پیام رسانی به منظور درک و تفسیر علائم محیطی به‌وجود آمده‌اند. این مولکول‌ها قادرند، نور را توسط کروموفورهای خود جذب کرده، مسیرهای پیام رسانی خاصی را در سلولها به راه انداخته و سبب بروز پاسخ مناسب در سلول شوند. شاخه جدیدی از علم به نام اپتوژنتیک تلاش می‌کند تا از گیرنده های نوری به عنوان ابزارهای ...
بیشتر
در اکثر موجودات، گیرنده های نوری پیام رسانی به منظور درک و تفسیر علائم محیطی به‌وجود آمده‌اند. این مولکول‌ها قادرند، نور را توسط کروموفورهای خود جذب کرده، مسیرهای پیام رسانی خاصی را در سلولها به راه انداخته و سبب بروز پاسخ مناسب در سلول شوند. شاخه جدیدی از علم به نام اپتوژنتیک تلاش می‌کند تا از گیرنده های نوری به عنوان ابزارهای مولکولی جهت کنترل دقیق وقایع سلولی استفاده کند. یکی از راه‌های توسعه اپتوژنتیک، شناسایی ابزارهای مولکولی جدید دارای خصوصیات ویژه می باشد. بدین منظور تعیین خصوصیات ژن‌های پیش گویی شده‌ای که اورتولوگ گیرنده های نوری شناسایی شده می باشند، بسیار مفید خواهد بود. در پروژه تعیین توالی ژنوم Volvox carteri دو ژن پیش‌گویی‌شده متعلق به خانواده‌ی Cryptochrome/Photolyase شناسایی شد. هدف از این مطالعه، جداسازی توالیهای کدکنندهی این دو ژن، همسانه‌سازی دو ژن مذکور در داخل وکتور بیانی و تعیین موقعیت قالب خواندن باز آنها در خانواده کریپتوکروم/فتولیاز میباشد. بدین منظور، جلبک V.carteri تحت شرایط بهینه رشد داده شد. سپس با استفاده از تکنیک RT-PCR توالیهای کدکنندهی این دو ژن تکثیر شد. با استفاده از تکنیک مهندسی ژنتیک قطعات تکثیر شده وارد وکتور بیانی pGEX2TK گردید. به منظور همسانه‌سازی وکتور نوترکیب، پلاسمیدها وارد باکتری Escherichia coli گردیدند و سپس تعیین توالی شدند. نتیجه پژوهش نشان داد که توالیهای ثبت‌شده در پایگاه داده‌ای NCBI به عنوان توالی mRNA برای دو ژن کریپتوکروم DASH، با توالی آنها در ولوکس تفاوت هایی را نشان می دهد.
بیولوژی مولکولی
منا صراحی نوبر؛ اکبر جاهدی؛ وحید نیکنام؛ بابک مرادی؛ ناصر صفایی؛ حسن ابراهیم زاده؛ مهرداد بهمنش
دوره 33، شماره 1 ، بهار 1399، ، صفحه 42-52
چکیده
سوختگی فوزاریومی دانه رست یکی از بیماری های گندم و سایر غلات می باشد که توسط گونه های مختلفی از قارچ فوزاریوم از جمله فوزاریوم گرامیناروم (Fusarium graminearum) ایجاد می شود. بر خلاف فوزاریوم سوختگی سنبله به موضوع کنترل فوزاریوم سوختگی دانه رست توجه کمتری شده است. استفاده از مواد شیمیایی القا کننده که از یک سو سبب فعالسازی سازوکارهای دفاعی گیاه ...
بیشتر
سوختگی فوزاریومی دانه رست یکی از بیماری های گندم و سایر غلات می باشد که توسط گونه های مختلفی از قارچ فوزاریوم از جمله فوزاریوم گرامیناروم (Fusarium graminearum) ایجاد می شود. بر خلاف فوزاریوم سوختگی سنبله به موضوع کنترل فوزاریوم سوختگی دانه رست توجه کمتری شده است. استفاده از مواد شیمیایی القا کننده که از یک سو سبب فعالسازی سازوکارهای دفاعی گیاه قبل از رویایی با عوامل بیماری زا شوند و از سویی دیگر خطرات زیست محیطی نداشته باشند در سالهای اخیر مورد توجه محققین قرار گرفته است. لذا در این تحقیق اثر پیش تیمار بذرهای گندم با سالیسیلیک اسید (SA) بر کنترل بیماری فوزاریومی دانه رست ناشی از فوزاریوم گرامیناروم و امکان القای مقاومت میزبان در مقابل بیماری زا مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاکی از موثر بودن این تیمار در بهبود علایم ناشی از این بیماری در هر دو رقم مورد مطالعه است. تیمار سالیسیلیک اسید در هر دو رقم بیان ژن کیتیناز را نسبت به شاهد افزایش داد. سطح افزایش در رقم فلات پیش تیمار شده با سالیسیلیک اسید، بیشتر از رقم سومایی تری تیمار شده با سالیسیلیک اسید بود. بر اساس نتایج افزایش بیان ژن و پروتئین کیتیناز با کاربرد سالیسیلیک اسید، می تواند در القای مقاومت میزبانی در مقابله با بیماری سوختگی دانه رست ناشی از فوزاریوم گرامیناروم نقش داشته باشد.
بیولوژی مولکولی
سعیده آقایی؛ امیر موسوی؛ علی هاتف سلمانیان؛ فرانک هادی
دوره 33، شماره 1 ، بهار 1399، ، صفحه 75-86
چکیده
متحمل‌سازی گیاهان زراعی نسبت به علف‌کش گلایفوسیت از طریق دست‌ورزی‌های ژنتیکی یکی از کاراترین روشهای موجود در مدیریت علف‌های هرز محسوب میشود. راه حل مطلوب برای توسعه گیاهان متحمل در سطح تجاری، به کارگیری ژن‌های عامل آنزیم های تجزیه کننده گلایفوسیت نظیر گلایفوسیت اکسیدورداکتاز در کنار EPSPS مقاوم به گلیفوسیت میباشد. ژن گلایفوسیت ...
بیشتر
متحمل‌سازی گیاهان زراعی نسبت به علف‌کش گلایفوسیت از طریق دست‌ورزی‌های ژنتیکی یکی از کاراترین روشهای موجود در مدیریت علف‌های هرز محسوب میشود. راه حل مطلوب برای توسعه گیاهان متحمل در سطح تجاری، به کارگیری ژن‌های عامل آنزیم های تجزیه کننده گلایفوسیت نظیر گلایفوسیت اکسیدورداکتاز در کنار EPSPS مقاوم به گلیفوسیت میباشد. ژن گلایفوسیت اکسیدورداکتاز اولین بار از باکتری Ochrobactrum antrophi سویه LBAA جدا گردیده که آنزیم آن، علف‌کش گلایفوسیت را به آمینومتیل فسفونیک اسید و گلی‌اکسالات تبدیل می‌کند. در تحقیق حاضر، برای مطالعه کارایی گلایفوسیت اکسیدورداکتاز، توالی ژن آن سنتز و در ناقل بیانی pET28a همسانه سازی گردید. پس از انتقال به باکتری اشرشیاکلی، بیان پروتئین هدف با روش SDS-PAGE مورد تائید قرار گرفت. آزمایشات بهینه سازی بیان ژن در باکتری نشان داد که شرایط بهینه شامل دمای 37 درجه سانتیگراد برای کشت، 4 ساعت پس از القا با IPTG یک میلی‌مولار در OD600=0.6 میباشد. در مرحله بعد، به منظور انجام آزمون زیستی باکتری‌های تراریخت، حد آستانه تحمل باکتری‌های شاهد در محیط حداقل فاقد فسفات با غلظتهای مختلف گلایفوسیت انجام و با باکتری‌های نوترکیب مقایسه گردید. نتایج نشان داد که باکتری‌های شاهد غلظت بیشتر از 5/0 میلی‌مولار گلایفوسیت را نمی‌توانند تحمل کنند؛ در صورتی که باکتری‌های نوترکیب تا غلظت 1 میلی‌مولار زنده می‌مانند. این نتایج با انجام روش شمارش کلونی و پس از سه تکرار تایید گردید. بنابراین ژن گلایفوسیت اکسیدورداکتاز میتواند کاندید مناسبی در کنار سایر ژن‌های عامل مقاومت به گلایفوسیت جهت دست‌ورزی ژنتیکی گیاهان استراتژیک با هدف بدست آوردن سطوح بالاتر و پایدارتر مقاومت به این علف‌کش باشد.
بیولوژی مولکولی
سارا قشقایی؛ زهرا اعتمادی فر؛ منوچهر توسلی
دوره 32، شماره 4 ، زمستان 1398، ، صفحه 492-503
چکیده
سابقه و هدف: غربال‌گری پلی‌کتاید سنتازها و پپتید سنتتازهای غیرریبوزومی راهی سریع برای اثبات پتانسیل تولید عامل ضدمیکروبی و کشف عوامل دارویی جدید میباشد. در این راستا حضور و جایگاه تکاملی این خوشه‌های ژنی در سه سویه استرپتومایسس مطالعه شد. مواد و روش‌ها: حضور احتمالی سه گروه ژنی پلی‌کتاید سنتازهای تیپ I و II و پپتید سنتتازهای غیرریبوزومی ...
بیشتر
سابقه و هدف: غربال‌گری پلی‌کتاید سنتازها و پپتید سنتتازهای غیرریبوزومی راهی سریع برای اثبات پتانسیل تولید عامل ضدمیکروبی و کشف عوامل دارویی جدید میباشد. در این راستا حضور و جایگاه تکاملی این خوشه‌های ژنی در سه سویه استرپتومایسس مطالعه شد. مواد و روش‌ها: حضور احتمالی سه گروه ژنی پلی‌کتاید سنتازهای تیپ I و II و پپتید سنتتازهای غیرریبوزومی به ترتیب در سه سویه استرپتومایسس Iz8،F6 و F9 با استفاده از پرایمرهای لغزشی بررسی و اثبات شد. برای تفکیک قطعات مختلف با اندازه یکسان و توالی متفاوت، محصولات PCR با اندازه مربوطه به وکتور pTG19-T پیوند و سپس در سلول‌های اشرشیا کلی سویه TOP10 ترانسفورم شدند. برای بررسی دقیق‌تر تنوع قطعات، از ژل پلی‌آکریل آمید استفاده شد. از هر گروه ژنی چند کلون تعببن توالی و درخت فیلوژنی در نرم‌افزار مستربیز رسم شد. نتایج: کلون‌های 3 و 8 از پلی‌کتاید سنتاز تیپ I، کلون 4 از پلی‌کتاید سنتاز تیپ II و کلون 5 از پپتید سنتتازهای غیرریبوزومی در پایگاه داده GenBank در سایت NCBI ثبت شدند. درخت‌های فیلوژنی با هم‌ردیفی نوکلئوتیدی و آمینواسیدی نشان دهنده قرارگیری کلون 8 از پلی‌کتاید سنتاز تیپ I و کلون 4 از پلی‌کتاید سنتاز تیپ II در کلادهای جداگانه و احتمال تولید عوامل ضدمیکروبی جدید میباشد. نتیجه‌گیری: با رسم درخت فیلوژنی و تعیین رابطه تکاملی احتمال حضور خوشه‌های ژنی با ترکیب بندی جدید و بنابراین تولید محصول جدید در سویه‌های Iz8 و F9 نشان داده شد.
بیولوژی مولکولی
امین باقی زاده؛ نعیمه سالاری؛ حسن کریمی مله؛ مهلا اسدی
دوره 32، شماره 3 ، پاییز 1398، ، صفحه 280-291
چکیده
روش های فیزیکی و شیمیایی متعددی جهت تولید نانو ذرات فلزی در مقیاس تجاری، جهت دستیابی به اهداف زیستی و غیر زیستی مورد بررسی قرار گرفته است. امروزه یکی از کارآمدترین روش های سنتز نانو ذرات، روش سنتز سبز یا بیوسنتز نانو ذرات توسط گیاهان می باشد. در این تحقیق، بیوسنتز نانو ذرات طلا با استفاده از عصاره زیست توده اندامهای هوایی زیره سبز ...
بیشتر
روش های فیزیکی و شیمیایی متعددی جهت تولید نانو ذرات فلزی در مقیاس تجاری، جهت دستیابی به اهداف زیستی و غیر زیستی مورد بررسی قرار گرفته است. امروزه یکی از کارآمدترین روش های سنتز نانو ذرات، روش سنتز سبز یا بیوسنتز نانو ذرات توسط گیاهان می باشد. در این تحقیق، بیوسنتز نانو ذرات طلا با استفاده از عصاره زیست توده اندامهای هوایی زیره سبز انجام شد. بیشترین تبدیل یون‌های طلا به نانو ذرات طلا در شرایط بهینه دمای40 درجه سانتیگراد ،10= pH و مدت زمان 20 دقیقه صورت گرفت. آنالیزهای اسپکتروفتومتری، میکروسکوپ الکترونی عبوری و پراش اشعه ایکس به منظور بررسی تولید نانو ذرات انجام شد. آنالیز طیف سنجی و وجود پیک در 550 نانومتر، حاکی از سنتز زیستی این نانو ذرات در عصاره زیست توده اندامهای هوایی زیره سبز می باشد. نتایج میکروسکوپ الکترونی عبوری، تولید نانو ذرات تقریبا کروی شکل با میانگین اندازه حدود 2 تا10 نانومتر را تائید کرد. همچنین نتایج آنالیز پراش اشعه ایکس، نانو کریستال‌های سنتز شده به وسیله عصاره زیست توده اندامهای هوایی زیره را نشان داد. منحنی نایکوئیست الکترود خمیر کربن ساده وخمیر کربن اصلاح شده با نانو ذرات طلا، تاییدی بر هدایت الکتریکی نانو ذرات طلا و وجود آنها در عصاره گیاهی است.
بیولوژی مولکولی
ارمغان زاهدی؛ طاهره ناجی؛ رحیم احمدی
دوره 32، شماره 3 ، پاییز 1398، ، صفحه 394-408
چکیده
سرطان روده بزرگ سومین سرطان شایع در جهان است. با توجه به افزایش بروز سرطان استفاده از مولکول های جدید شیمی درمانی مورد نیاز می باشد. بسیاری از مطالعات و تحقیقات نشان داده است که سرطان روده می تواند از طریق محصولات دریایی طبیعی که دارای مقادیر بسیاری از مواد فعال بیولوژیکی با ساختارهای شیمیایی و فعالیت های دارویی جدید هستند درمان شود. ...
بیشتر
سرطان روده بزرگ سومین سرطان شایع در جهان است. با توجه به افزایش بروز سرطان استفاده از مولکول های جدید شیمی درمانی مورد نیاز می باشد. بسیاری از مطالعات و تحقیقات نشان داده است که سرطان روده می تواند از طریق محصولات دریایی طبیعی که دارای مقادیر بسیاری از مواد فعال بیولوژیکی با ساختارهای شیمیایی و فعالیت های دارویی جدید هستند درمان شود. هدف از این مطالعه بررسی اثرات عصاره هیدروالکلی جلبک Sargassum ciliforium بررده سلولی سرطان کولون HT-29 و ارزیابی بیان ژن های P53 و APC با روش Real time PCR می باشد. در این پژوهش تعیین سمیت عصاره جلبک Sargassum ciliforium با روش MTT در5 غلظت مختلف001/0,01/0,1/0,1,10میلی گرم بر میلی لیتر و یک گروه کنترل بر روی رده های سلولی سرطان کولون HT-29 و رده سلولی نرمال کلیه جنین انسان HEK مورد بررسی قرار گرفت. آنالیز داده ها با استفاده از نرم افزار SPSS و آزمون آماری One way ANOVA انجام شد. همچنین بیان ژن های P53 و APC به روش Real time PCR ارزیابی شد. یافته ها نشان داد که عصاره جلبک Sargassum ciliforium در غلظت 10 میلی گرم بر میلی لیتر درکاهش زیستایی رده سلولی سرطان روده در انسان HT-29 وممانعت از رشد سلول های توموری تاثیر دارد و می توان از عصاره این جلبک جهت توسعه داروهای ضد سرطانی استفاده نمود ونتایج حاصل از Real time PCR نشان داد که مرگ سلولی القا شده با عصاره جلبک Sargassum ciliforium از طریق فعال سازی پروتئین APC می باشد.
بیولوژی مولکولی
شیوا ولایی؛ مخمد مهدی یعقوبی؛ عباس جمشیدی زاد؛ مهدی شمس ارا
دوره 32، شماره 2 ، تابستان 1398، ، صفحه 225-235
چکیده
سرطان معده چهارمین سرطان شایع و دومین سرطان منجر به مرگ در دنیا است که بالاترین مرگ و میر را در آسیا دارد. این سرطان یک بدخیمی پیشرونده می باشد که در 79% موارد در مرحله متاستاز تشخیص داده می شود. سلول های سرطانی برای افزایش قابلیت تهاجم تحت فرآیندی به نام گذر از حالت اپیتلیال به مزانشیم (EMT) قرار می گیرند. در سطح اپی ژنتیکی microRNAها (miRها) نقش ...
بیشتر
سرطان معده چهارمین سرطان شایع و دومین سرطان منجر به مرگ در دنیا است که بالاترین مرگ و میر را در آسیا دارد. این سرطان یک بدخیمی پیشرونده می باشد که در 79% موارد در مرحله متاستاز تشخیص داده می شود. سلول های سرطانی برای افزایش قابلیت تهاجم تحت فرآیندی به نام گذر از حالت اپیتلیال به مزانشیم (EMT) قرار می گیرند. در سطح اپی ژنتیکی microRNAها (miRها) نقش به سزایی در سرکوب یا فعال سازی EMT ایفا می کنند. خانواده miR-200 در سرکوب EMT نقش دارند و بیان آنها در بافت سرطانی معده کاهش نشان می دهد. شاید بتوان از این خانواده برای تشخیص بیماری و درمان استفاده نمود. هدف از این مطالعه بررسی اثر متفورمین در دو محیط با غلظت متفاوت گلوکز بر بیان دو miR-141 و miR-200a در رده سلولی AGS سرطان معده بود. بدین منظور، پس از تعیین دوز موثر متفورمین mM) 10) با روش MTT، سلول ها به مدت 72 ساعت تحت تیمار با متفورمین قرار گرفته و سپس به روش Real-time PCR میزان بیان دو miR ارزیابی شد. نتایج بیانگر افزایش معنی دار وابسته به دوز هر دو miR-14 و miR-200a بود. این افزایش بیان تحت تاثیر گلوکز در دو خوشه ژنی مرتبط با خانواده miR-200 میزان متفاوتی را نشان داد. از آنجا که کاهش بیان خانواده miR-200 با کاهش بقای بیماران مرتبط شناخته شده است، امید می رود استفاده از متفورمین در کنار سایر روش های درمان سرطان معده گامی موثر در جهت بهبود روش های معمول درمان این بیماری باشد.
بیولوژی مولکولی
احمد زارع زاده؛ غلامرضا مطلب؛ هادی میراحمدی؛ علیرضا سلیمی خراشاد
دوره 32، شماره 1 ، بهار 1398، ، صفحه 125-135
چکیده
لیشمانیوزیک بیماری انگلی ناشی ازگونه های لیشمانیا می باشد. تشخیص اولیه توسط علام بالینی و مشاهده مستقیم انگل است. حساسیت روشهای مولکولی نسبت به دید مستقیم توسط میکروسکوپ بیشتر است. تاکنون مطالعات جامع و کاملی در زمینه تعیین هویت گونه انگل در استان سیستان و بلوچستان صورت نگرفته است. در این پژوهش گونه های لیشمانیا با استفاده از روشهای ...
بیشتر
لیشمانیوزیک بیماری انگلی ناشی ازگونه های لیشمانیا می باشد. تشخیص اولیه توسط علام بالینی و مشاهده مستقیم انگل است. حساسیت روشهای مولکولی نسبت به دید مستقیم توسط میکروسکوپ بیشتر است. تاکنون مطالعات جامع و کاملی در زمینه تعیین هویت گونه انگل در استان سیستان و بلوچستان صورت نگرفته است. در این پژوهش گونه های لیشمانیا با استفاده از روشهای مولکولی با هدف قرار دادن ژن ITS-rDNA در بیماران مراجعه کننده به مراکز درمانی استان سیستان و بلوچستان صورت گرفت. این مطالعه در سال 1393تا1394 انجام گرفت. 82 نمونه لام مثبت جهت مطالعات مولکولی جمع آوری گردید. بخشی از نمونه های برداشت شده به محیط کشت N. N. N تلقیح و برای تکثیر سریع و ازدیاد به محیط کشت RPMI-1640همراه با 10 درصد سرم جنین گوساله انتقال داده شد. پس ازاستخراجDNA با استفاده از تکنیک RFLP PCR- تعیین گونه های لیشمانیا صورت گرفت. نرم افزارهای SPSS و multalin جهت آنالیز نتایج استفاده گردید. تعداد 46 بیمار (٪56)آلوده به لیشمانیا ماژور و36بیمار(٪44)آلوده به لیشمانیا تروپیکا تشخیص داده شد. گونه غالب در شهرستان چابهار گونه لیشمانیا تروپیکا ودر شهرستان میرجاوه لیشمانیا ماژور بود. در مرکز استان هردو گونه لیشمانیا ماژور وتروپیکا مسؤل بیماری تشخیص داده شد. روش PCR-RFLP دارای حساسیت و اختصاصیت بالا بوده و برای تشخیص لیشمانیوزها و تعیین گونه سریع انگل های عامل بیماری مناسب می باشد.
بیولوژی مولکولی
گیتا امینی؛ هانیه محجل شجا؛ الهام محجل کاظمی؛ روح اله متفکر آزاد
دوره 32، شماره 1 ، بهار 1398، ، صفحه 47-62
چکیده
آگروباکتریوم ریزو‍‍ژنز(Agrobacterium rhizogenes) باکتری گرم منفی خاکزی است که در گیاهان موجب القای ریشه های موئین می گردد. وجود DNA انتقالی (transferred DNA or T-DNA) در پلاسمید القاگر ریشه root-inducing plasmid)) باکتری-که حامل ژن های لوکوس ریشه (root locus or rol) rolA، rolB و rolC می باشد- مسئول انتقال مواد ژنتیکی باکتری به درون ژنوم گیاه میزبان است. در این پژوهش تأثیر ژن rolC باکتریایی ...
بیشتر
آگروباکتریوم ریزو‍‍ژنز(Agrobacterium rhizogenes) باکتری گرم منفی خاکزی است که در گیاهان موجب القای ریشه های موئین می گردد. وجود DNA انتقالی (transferred DNA or T-DNA) در پلاسمید القاگر ریشه root-inducing plasmid)) باکتری-که حامل ژن های لوکوس ریشه (root locus or rol) rolA، rolB و rolC می باشد- مسئول انتقال مواد ژنتیکی باکتری به درون ژنوم گیاه میزبان است. در این پژوهش تأثیر ژن rolC باکتریایی و هومولوگ گیاهی آن، trolC، بر ویژگی های رشدی گیاهچه های تراژن توتون (Nicotiana tabacum) در شرایط کشت in vitro و در قالب یک طرح کاملاً تصادفی با 3 تکرار مورد بررسی قرار گرفت. ژن های rolC و trolC در این گیاهان تحت کنترل پروموتر القایی با گلوکوکورتیکوئید دگزامتازون بودند که به منظور بیان آنها از غلظتهای مختلف دگزامتازون (10،3،1،0و Mµ30) استفاده شد. نتایج آماری نشان دادند که استعمال حتی مقادیر بسیار اندک از دگزامتازون (Mµ1) موجب بیان ژن های مذکور شده و اثر معنی داری بر اغلب ویژگی های رشدی گیاهچه های تراژن داشت. به لحاظ ویژگی های فنوتیپی ظاهر ریشه در گیاهچه های تراژن پیچ خورده و برگ ها نیز در مقایسه با گیاهچه های شاهد کلروزه و کوچکتر بودند. از آنجایی که این ویژگی ها در هر دو گروه از گیاهچه های تراژن rolC و trolC مشاهده شد؛ می توان نتیجه گیری نمود که ژن rolC باکتریایی پس از انتقال افقی به گیاه مذکور در طول زمان و تکامل گیاه توانسته است ویژگیهای عملکردی خود را حفظ نماید.
بیولوژی مولکولی
مریم اعتباری؛ مصطفی مطلبی؛ محمدرضا زمانی؛ زهرا مقدسی جهرمی
دوره 32، شماره 1 ، بهار 1398، ، صفحه 136-145
چکیده
امروزه مطالعات نشان داده است که گیاهان، با تولید پپتیدهای ضدقارچی به نام دفنسین ها، سبب ایجاد منافذی درغشاء سلولی قارچ مهاجم و در نتیجه خروج ترکیبات سلولی به بیرون ازغشاء، تغییر در پتانسیل غشاء و نهایتاً مرگ سلولی را منجر می شوند. هدف این تحقیق جداسازی، شناسایی و بررسی ساختار ژن Def1 تربچه خوراکی (Raphanus sativus) با کلون کردن و تعیین توالی ...
بیشتر
امروزه مطالعات نشان داده است که گیاهان، با تولید پپتیدهای ضدقارچی به نام دفنسین ها، سبب ایجاد منافذی درغشاء سلولی قارچ مهاجم و در نتیجه خروج ترکیبات سلولی به بیرون ازغشاء، تغییر در پتانسیل غشاء و نهایتاً مرگ سلولی را منجر می شوند. هدف این تحقیق جداسازی، شناسایی و بررسی ساختار ژن Def1 تربچه خوراکی (Raphanus sativus) با کلون کردن و تعیین توالی آن است. برای این منظور پس از استخراج DNA ژنومی به روش CTAB، تکثیر این ژن با استفاده از آغازگرهای اختصاصی RDeff و RDefr انجام شد. قطعه تکثیر شده به طول تقریبی 356 جفت باز در ناقل pJET1.2 کلون شد. سازه به دست آمده با استفاده ازالگوهای هضم آنزیمی و PCR تأیید شد. همچنین cDNA این ژن، که به طول تقریبی 243 جفت باز بود، پس از استخراج RNA با استفاده ازآغازگرهای اختصاصی فوق سنتز گردید. قطعه تکثیرشده از cDNA پس از تأیید در ناقل pJET1.2 کلون و تعیین توالی گردید. مقایسه توالی DNA ژنومی و cDNA این ژن نشان داد که ژن Def1 گیاه تربچه حاوی یک اینترون به طول 11۳ جفت باز بوده و open reading frame آن یک پپتید به طول 80 اسید آمینه را کد می کند. مقایسه توالی پپتید بدست آمده از ژن Def1 از گیاه تربچه با توالی های ثبت شده مرتبط در بانک ژنی مشابهتی بین 90 تا 8/98 درصد را نشان داد. شناسایی و همسانه سازی این ژن می تواند در آینده در راستای مدیریت کنترل و مبارزه با بیماری های قارچی مورد استفاده قرار گیرند.
بیولوژی مولکولی
علی محمد احدی؛ سمیه خاتمی؛ هدا آیت
دوره 31، شماره 3 ، پاییز 1397، ، صفحه 342-352
چکیده
سیستم کمپلمان از اجزاء اصلی سیستم دفاعی بدن بسیاری از موجودات میباشد. وجود این سیستم در موجودات متعددی تایید شده است اما در مورد مکانیسم های تنظیم بیان آن در سطح ژنومی برخی از موجودات اطلاعاتی وجود ندارد. در این مطالعه به بررسی ناحیه بالادستی ژن C3 از ماهی قزل آلا پرداخته ایم. بافتهای مختلف ماهی تهیه و DNA با روش تغییر یافته فنل-کلروفرم ...
بیشتر
سیستم کمپلمان از اجزاء اصلی سیستم دفاعی بدن بسیاری از موجودات میباشد. وجود این سیستم در موجودات متعددی تایید شده است اما در مورد مکانیسم های تنظیم بیان آن در سطح ژنومی برخی از موجودات اطلاعاتی وجود ندارد. در این مطالعه به بررسی ناحیه بالادستی ژن C3 از ماهی قزل آلا پرداخته ایم. بافتهای مختلف ماهی تهیه و DNA با روش تغییر یافته فنل-کلروفرم استخراج شد. به کمک پرایمرهای دجنره طراحی شده برای ناحیه بالادستی این ژن که بر اساس اطلاعات سایر گونه ها انجام شد، با واکنش زنجیره پلیمراز غیر کلاسیک، قطعه هدف تکثیر و تعیین توالی و در نهایت در بانک اطلاعات ژنومی ثبت شد. در مرحله بعد به کمک سرورها و نرم افزارهای مختلف آناتومی کامل توالی بدست آمده از نظر وجود عناصر تنظیمی بررسی گردید. توالی ناحیه پروموتوری ژن C3 ماهی قزل آلا در بانک ژنومی NCBI با شماره دستیابی JQ799884.1 به ثبت رسید. وجود توالیهای حفاظت شده جعبه TATA و همچنین عناصر پاسخگو به فاکتورهایی مانند abaA ، C/EBP،CTCF، IL-6، GR و PPAR ردگیری شد، هرچند وجود نواحی پاسخگو مانند Sp1، CRE، ERE تایید نشد. نتایج این مطالعه علاوه بر تایید وجود سیستم نسبتا تکامل یافته ای از تنظیم روی سیستم کمپلمان در ماهی های استخوانی میتواند از قدیمی بودن این سیستم حمایت نماید. این مطالعه اولین گزارش دقیق از عناصر تنظیمی کنترل کننده بیان ژنی از سیستم کمپلمان است و شاید موید نقشهای جدیدی مانند دخالت مشتقات کمپلمان در تکوین اولیه جنین باشد که در مطالعاتی مطرح شده است.
بیولوژی مولکولی
فاطمه مستاجران؛ حامد یوسف زاده؛ مسلم اکبری نیا
دوره 31، شماره 3 ، پاییز 1397، ، صفحه 398-408
چکیده
لرگ گیاهی است درختی، با قدمت کهن در شمال ایران، که به تازگی جمعیت‌های کوچکی از آن در غرب ایران، در استان‌های لرستان و ایلام نیز گزارش شد. این تحقیق به منظور بررسی میزان تنوع جمعیتی و تمایز جمعیت‌های غرب از جمعیت‌های هیرکانی و میزان آسیب پذیری آنها براساس نشانگر ISSR انجام پذیرفت. بدین منظور از حدود 10-8 پایه درختی از هر یک از رویشگاه‌های ...
بیشتر
لرگ گیاهی است درختی، با قدمت کهن در شمال ایران، که به تازگی جمعیت‌های کوچکی از آن در غرب ایران، در استان‌های لرستان و ایلام نیز گزارش شد. این تحقیق به منظور بررسی میزان تنوع جمعیتی و تمایز جمعیت‌های غرب از جمعیت‌های هیرکانی و میزان آسیب پذیری آنها براساس نشانگر ISSR انجام پذیرفت. بدین منظور از حدود 10-8 پایه درختی از هر یک از رویشگاه‌های غرب (استان‌های ایلام و لرستان) به همراه چهار رویشگاه در شمال ایران (رضوانشهر، پارک جنگلی نور، سوادکوه و کردکوی) انتخاب، DNA از برگ استخراج و تنوع ژنتیکی مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج حاصل از آنالیز واریانس مولکولی، نشان داد که تنوع مربوط به درون جمعیت‌ها 88 درصد و بین جمعیت ها 12 درصد است. میانگین شاخص شانون برای جمعیت‌های مورد مطالعه 157/0 و میانگین هتروزیگوسیتی درون جمعیتی از 064/0 تا 119/0 متغییر است. دندروگرام حاصل از الگوریتم نزدیکترین همسایه، جمعیت‌ها را به دو گروه اصلی طبقه بندی کرد که جمعیت های غربی (لرستان و ایلام) در گروه اصلی اول به همراه جمعیت سوادکوه از شمال ایران قرار گرفتند. آنالیز PCoA نشان داد که جمعیت لرستان با یک فاصله نسبتا زیاد از سایر جمعیت‌ها متمایز است.
بیولوژی مولکولی
مهدی صادقی پور مروی؛ احمد علی پوربابایی؛ حسینعلی علیخانی؛ احمد حیدری؛ زهرا منافی
دوره 30، شماره 1 ، بهار 1396، ، صفحه 40-54
چکیده
چکیدهیکی از راهکارهای افزایش راندمان عملیات فروشویی فلزات از کانی های سولفیدی موجود در معادن فلزی، استفاده از گونه-های کارامد باکتری‌های اکسید کننده گوگردی میباشد. بنابرین هدف از این پژوهش، جداسازی و شناسایی باکتری‌های اکسید کننده گوگرد از خاک های معدن مس سرچشمه کرمان و بررسی عملکرد آنها در اکسایش گوگرد بوده است. بعد از غنی‌سازی ...
بیشتر
چکیدهیکی از راهکارهای افزایش راندمان عملیات فروشویی فلزات از کانی های سولفیدی موجود در معادن فلزی، استفاده از گونه-های کارامد باکتری‌های اکسید کننده گوگردی میباشد. بنابرین هدف از این پژوهش، جداسازی و شناسایی باکتری‌های اکسید کننده گوگرد از خاک های معدن مس سرچشمه کرمان و بررسی عملکرد آنها در اکسایش گوگرد بوده است. بعد از غنی‌سازی نمونه‌ها، خالص‌سازی گردیدند و سپس جدایه‌ها بر اساس خصوصیات ریخت‌شناسی و روشهای فیلوژنیک، شناسایی شدند. بر اساس نتایج، 3 سویه اکسید کننده گوگرد متعلق به جنس‌های Acidithiobacillus sp و Sulfobacillus sp ، جداسازی و شناسایی شدند. از این میان، سویه 184 با 95 درصد شباهت به Acidithiobacillus ferridurans ، به علت سرعت رشد بالاتر (تغییر 2 واحد pH و mg S/L 385 در طی 2 هفته) در محیط پایه معدنی حاوی گوگرد، به عنوان سویه برتر انتخاب شد که میتواند به عنوان سویه‌ای کاربردی در فروشویی زیستی فلز مس مورد استفاده قرار گیرد.واژه‌های کلیدی: خاک، باکتری اکسید کننده گوگرد، Thiobacillus
بیولوژی مولکولی
علی خدادوست؛ حامد یوسف زاده؛ نرجس امیر چخماقی؛ حمید عبداللهی؛ اباصلت حسین زاده کلاگر
دوره 29، شماره 4 ، زمستان 1395، ، صفحه 359-369
چکیده
سیب شرقی (Malus orientalis) دارای پراکنش وسیع در سرتاسر جنگل هیرکانی از مناطق پایین‌بند تا نواحی کوهستانی و شیب‌دار میباشد. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی، نمونه های برگ 104 پایه از چهارده رویشگاه جنگل‌های هیرکانی جمع آوری شدند. پس از استخراج DNAی ژنومی، چند شکلی DNAی های تکثیر شده با استفاده از 4 آغازگر 8YC(GA)، 8YA(AC)، (AG)8AT و (AC)8G به روش ISSR-PCR بررسی گردید. ...
بیشتر
سیب شرقی (Malus orientalis) دارای پراکنش وسیع در سرتاسر جنگل هیرکانی از مناطق پایین‌بند تا نواحی کوهستانی و شیب‌دار میباشد. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی، نمونه های برگ 104 پایه از چهارده رویشگاه جنگل‌های هیرکانی جمع آوری شدند. پس از استخراج DNAی ژنومی، چند شکلی DNAی های تکثیر شده با استفاده از 4 آغازگر 8YC(GA)، 8YA(AC)، (AG)8AT و (AC)8G به روش ISSR-PCR بررسی گردید. این مطالعه نشان داد کل آلل های تکثیر شده برای 4 آغازگر، برابر 385 آلل با میانگین هتروزیگوسیتی 049/0 است. بطوریکه بیشترین میزان هتروزیگوسیتی در جمعیت کدیر و لمزر (059/0) و کمترین میزان آن نیز مربوط به جمعیت افراتخته (031/0) در شرق استان گلستان است. بر اساس شاخص شباهت ژنتیکی Nei بیشترین فاصله ژنتیکی مربوط به جمعیت‌های سیاه‌بیل و ماسال و کمترین آن مربوط به جمعیت‌های یوش، افراتخته و دینکوه از یکدیگر بود. آنالیز واریانس مولکولی تنوع درون جمعیت‌ها و بین جمعیتی، را به ترتیب 94% و 6% از کل تنوع را نشان داد، که بیانگر تنوع درون جمعیتی قابل ملاحظه در جمعیت‌های این گونه است. این تحقیق نشان داد علیرغم شرایط رویشگاهی متفاوت و فاصله جغرافیایی زیاد جمعیت‌ها از یکدیگر، سطح تمایز ژنتیکی بین جمعیت‌های مورد مطالعه (به استثنای جمعیت جلگه‌ای سیاه بیل) پایین و هتروزیگوسیتی درون جمعیت‌ها بسیار مشابه با یکدیگر است. این مسئله می تواند حاکی از سطح بالای برقراری جریان ژن و تبادل ژنتیکی بین جمعیت‌های سیب جنگلی شمال ایران باشد.
بیولوژی مولکولی
مجید تفریحی؛ روح الله نخعی سیستانی
دوره 29، شماره 1 ، بهار 1395، ، صفحه 48-58
چکیده
پروتئین E-cadherin یکی از اعضاء فوق خانواده پروتئین‌های E-cadherin است که بطور عمده در سطح سلول‌های بافتهای اپیتلیال بیان میشود. کاهش بیان این پروتئین علاوه بر تضعیف اتصالات بین سلولی، موجب بروز پدیده Epithelial-mesenchymal transition (EMT) و مهاجرت و متاستاز سلول‌های سرطانی بافت-های اپیتلیال میشود. در طب سنتی، از انار (Punica granatum) برای درمان بسیاری از ...
بیشتر
پروتئین E-cadherin یکی از اعضاء فوق خانواده پروتئین‌های E-cadherin است که بطور عمده در سطح سلول‌های بافتهای اپیتلیال بیان میشود. کاهش بیان این پروتئین علاوه بر تضعیف اتصالات بین سلولی، موجب بروز پدیده Epithelial-mesenchymal transition (EMT) و مهاجرت و متاستاز سلول‌های سرطانی بافت-های اپیتلیال میشود. در طب سنتی، از انار (Punica granatum) برای درمان بسیاری از بیماری‌ها از جمله اسهال، بیماریهای قلبی و فشار خون استفاده میشود. در این تحقیق اثر عصاره استونی میوه انار بر میزان بیان پروتئین‌های β-catenin و E-cadherin در سلول‌های PC-3 بررسی شد. نتایج آزمایشات MTT نشان داد که عصاره استونی میوه انار قادر است حیات سلول‌های PC-3 را بخصوص در غلظتهای بالاتر از μg/ml 100 مهار کند. همچنین IC50 عصاره استونی دانه انار در حدود μg/ml 86 تخمین زده شد. نتایج آزمایشات وسترن بلاتینگ نیز نشان داد که تیمار سلول‌های PC-3 با غلظتهای μg/ml 20 و μg/ml50 عصاره میوه انار موجب افزایش مقدار پروتئین β-catenin و E-cadherin به میزان تقریبی 5/1 و 2/2 برابر میشود. نتایج این پژوهش پیشنهاد می‌کند احتمالا میوه انار پتانسیل بالایی در مهار متاستاز سلول‌های سرطانی دارد.
بیولوژی مولکولی
نگار باقری؛ مسعود احمدزاده؛ حمیده افشارمنش؛ زهرا صابرباغبان؛ ملیحه محمدزاده کاشانی
دوره 29، شماره 1 ، بهار 1395، ، صفحه 15-32
چکیده
چکیدهدر این تحقیق، خصوصیات زیستی و مولکولی سویه Pseudomonas fluorescens UTPF5 به عنوان یک باکتری مهم بیوکنترل در ایران، مورد ارزیابی قرارگرفته است. تاثیر نانوذرات نقره، تاثیر باکتری در لاکاز قارچی و همچنین جنبه های مولکولی باکتری از جمله ردیابی ژن های phlA و phlD و hcnAB بررسی شد. مقدار بازدارندگی این سویه از بیماریزایی نماتد Meloidogyne javanica، تعیین شد. عصاره، ...
بیشتر
چکیدهدر این تحقیق، خصوصیات زیستی و مولکولی سویه Pseudomonas fluorescens UTPF5 به عنوان یک باکتری مهم بیوکنترل در ایران، مورد ارزیابی قرارگرفته است. تاثیر نانوذرات نقره، تاثیر باکتری در لاکاز قارچی و همچنین جنبه های مولکولی باکتری از جمله ردیابی ژن های phlA و phlD و hcnAB بررسی شد. مقدار بازدارندگی این سویه از بیماریزایی نماتد Meloidogyne javanica، تعیین شد. عصاره، سوسپانسیون و ترکیبات فرّار باکتری به ترتیب باعث کاهش 35، 25 و 85 درصدی در تفریخ تخم شده و افزایش مرگ و میر لارو در اثر عصاره و ترکیبات فرّار باکتری به ترتیب به میزان 53-34 و 85 درصد تعیین شد درحالی که سوسپانسیون باکتری در مرگ و میر لارو تاثیری ندارد. افزایش غلظت نانوذرات نقره از 25/0 تا 2 میکرولیتر بر لیتر سبب افزایش تشکیل بیوفیلم و از این غلظت به بعد روند کاهش در تشکیل بیوفیلم می شود. سویه UTPF5 واجد ژن های phlD، phlA و hcnAB است. افزودن عصاره باکتری به محیط کشت جدایه قارچی، بر تولید آنزیم لاکاز توسط آنها تاثیر داشت و میزان تولید آنزیم در سه غلظت منتخب عصاره باکتری تفاوت معنی داری در سطح احتمال 01/0 درصد نشان داد. در بررسی های گلخانه توانایی بیوکنترل بیمارگرهای هدف و افزایش رشد گیاهان به اثبات رسید. بطور کلی این سویه P. fluorescens UTPF5 اثرات بیوکنترلی بسیار خوبی نشان داد و ویژگی های مولکولی آن نیز از طریق ردیابی ژن های مهم مورد بررسی قرار گرفت.
بیولوژی مولکولی
مریم حسین پور؛ مقصود پژوهنده؛ فاطمه محمودی کردی
دوره 29، شماره 1 ، بهار 1395، ، صفحه 59-71
چکیده
آغاز گلدهی در گیاهان توسط عوامل مختلفی از قبیل طول دوره نوری، دوره سرما، هورمون ها و عوامل اپی ژنتیک کنترل می شود. یک مسیر مهم در این فرآیند، کنترل اپی ژنتیکی ژن FLC است که بیان آن موجب مهار گلدهی میگردد. حذف گروههای استیل از روی هیستون های ژن FLC توسط پروتئینMSI4 باعث توقف بیان FLC شده و بنابراین، گلدهی آغاز میشود. با این حال، مکانیسم عمل ...
بیشتر
آغاز گلدهی در گیاهان توسط عوامل مختلفی از قبیل طول دوره نوری، دوره سرما، هورمون ها و عوامل اپی ژنتیک کنترل می شود. یک مسیر مهم در این فرآیند، کنترل اپی ژنتیکی ژن FLC است که بیان آن موجب مهار گلدهی میگردد. حذف گروههای استیل از روی هیستون های ژن FLC توسط پروتئینMSI4 باعث توقف بیان FLC شده و بنابراین، گلدهی آغاز میشود. با این حال، مکانیسم عمل این پروتئین هنوز تا حدود زیادی ناشناخته است. در این تحقیق، برای یافتن شریک مولکولی پروتئین MSI4 در انجام فرآیند داستیلاسیون، از سیستم دوبل هیبرید مخمر که یکی از مهمترین روشهای ردیابی میان کنشهای مولکولی میباشد، استفاده شد. برای این کار، ابتدا ژن MSI4 در ناقل دوبل هیبرید مخمر همسانه سازی شد. سپس، MSI4 به عنوان طعمه برای غربال در کتابخانه cDNA گیاه آرابیدوپسیس به روش دوبل هیبرید مخمر استفاده شد. پروتئینی که با این روش به دام افتاد، PKT3 (Peroxisomal 3-Ketoacyl-CoA Thiolase 3) بود که یک استیل کوآسیل ترانسفراز است. وظیفه این پروتئین آزاد کردن و انتقال بنیانهای استیل به مولکول ها است و از این رو در بسیاری از فرآیندهای حیاتی سلول نقش دارد. این میان کنش به وسیله همسانه سازی cDNA کامل پروتئین PKT3 و همچنین هومولوگ آن PKT4 بطور مستقل تایید شد. گزارش میان کنش MSI4-PKT3 می تواند افق های روشنی را برای مطالعات بیشتر در مورد مکانیسم عمل MSI4 پیش روی پژوهشگران قرار دهد. از این دستاورد مثلا با تغییر بیان ژن PKT4 می‌توان برای تنظیم زمان گلدهی در تولید محصولات زراعی و باغی استفاده کاربردی کرد.
بیولوژی مولکولی
لیلا شرقی؛ فاطمه محمودی؛ محمد احمدآبادی
دوره 28، شماره 4 ، زمستان 1394، ، صفحه 551-559
چکیده
افزایش در سطح بیان برخی ژن‌های دخیل در تحمل به شوری منجر به بهبود عملکرد گیاه در تنش شوری می شود. تنش شوری مسیر SOS ( (SALT OVERLY SENSITIVE را در آرابیدوپسیس تالیانا القا می‌کند. پروتئین 3 SOS نقش مهمی در این مسیر تنظیمی دارد. در این مطالعه cDNAی ژن حسگر کلسیم 3 SOS از گیاه آرابیدوپسیس تالیانا جداسازی و در ناقلpBIN61 و پایین دست پروموتر بیانی CaMV35S کلون ...
بیشتر
افزایش در سطح بیان برخی ژن‌های دخیل در تحمل به شوری منجر به بهبود عملکرد گیاه در تنش شوری می شود. تنش شوری مسیر SOS ( (SALT OVERLY SENSITIVE را در آرابیدوپسیس تالیانا القا می‌کند. پروتئین 3 SOS نقش مهمی در این مسیر تنظیمی دارد. در این مطالعه cDNAی ژن حسگر کلسیم 3 SOS از گیاه آرابیدوپسیس تالیانا جداسازی و در ناقلpBIN61 و پایین دست پروموتر بیانی CaMV35S کلون شد. پس از انتقال ناقل حاصل به آگروباکتریوم، گیاهان آرابیدوپسیس با استفاده از این سلولها و به روش فلورال دیپ تراریخت شدند. بذرهای گیاهان تراریخت شده جمع‌آوری و در محیط حاوی آنتی‌بیوتیک کانامایسین انتخاب شدند. از گیاهان انتخاب شده، DNA استخراج شده و وجود ژن 3SOS انتقال یافته در ژنوم گیاهان تراریخت به وسیله PCR تایید شد. آزمون میزان تحمل به شوری گیاهان نسل دوم که در محیط‌های با درجات شوری صفر، 50، 100 و 150 میلی‌مولار NaCl کشت شده نشان داد که گیاهان تراریخت حاصل، تحمل بیشتری نسبت به گیاهان وحشی در شرایط شوری دارند.
بیولوژی مولکولی
معصومه اسماعیل نژاد؛ مهدی زین الدینی؛ نادر مقصودی
دوره 28، شماره 4 ، زمستان 1394، ، صفحه 468-474
چکیده
زمینه: فوتوپروتئین اکورین جدا شده از عروس دریایی اکوریا ویکتوریا ، فوتوپروتئین حساس به کلسیم است که از اپواکورین و گروه پروستاتیک کوالنترازین تشکیل شده و دراثر اتصال به کلسیم سبب نشر نور آبی می شود. این پروتئین مونومری شامل چهار موتیف EF hand است که سه موتیف آن می تواند به کلسیم متصل شود. از سوی دیگر افزایش کلسیم در مغز می تواند منجر به ...
بیشتر
زمینه: فوتوپروتئین اکورین جدا شده از عروس دریایی اکوریا ویکتوریا ، فوتوپروتئین حساس به کلسیم است که از اپواکورین و گروه پروستاتیک کوالنترازین تشکیل شده و دراثر اتصال به کلسیم سبب نشر نور آبی می شود. این پروتئین مونومری شامل چهار موتیف EF hand است که سه موتیف آن می تواند به کلسیم متصل شود. از سوی دیگر افزایش کلسیم در مغز می تواند منجر به بیماری های عصبی نظیر آلزایمر، پارکینسون و سکته مغری گردد. اکورین با توجه به اینکه در گروه پروتئین های متصل شونده به کلسیم (CBPs) قرار دارد، همانند یک اسفنج می تواند کلسیم مازاد را در نرون های عصبی جذب نماید. هدف تحقیق حاضر ایجاد جهش های هدفمند در اکورین به منظور افزایش حساسیت آن به کلسیم است.مواد وروش‌ها: در این تحقیق ، با استفاده از روش جهش زایی هدفمند، دو جهش نقطه ای در اسیدهای آمینه آسپاراژین 28 و لیزین 30 K30T)و (N28D در ناحیه EF hand طراحی گردید و درون سیستم بیانی pET21 کلون و بیان شد. با توجه به طراحی دنباله هیستیدین، تخلیص پروتئین های جهش یافته به کمک ستون های نیکله انجام شد و در نهایت حساسیت جهش های مذکور به کلسیم با نمونه اولیه، مقایسه گردید. نتیجه گیری: نتایج حساسیت پروتئین های تولیدی به کلسیم، نشان داد که جهش K30T در مقایسه با نمونه اولیه ، حساسیت و میل ترکیبی بالاتری به کلسیم از خود نشان می دهد.
